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_pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 5 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 2 'Structure model' 'Structure summary' 3 3 'Structure model' 'Database references' 4 4 'Structure model' 'Database references' 5 5 'Structure model' 'Data collection' 6 5 'Structure model' 'Database references' 7 5 'Structure model' 'Derived calculations' 8 5 'Structure model' Other 9 5 'Structure model' 'Refinement description' 10 5 'Structure model' 'Source and taxonomy' 11 5 'Structure model' 'Structure summary' 12 6 'Structure model' 'Data collection' 13 6 'Structure model' 'Database references' 14 6 'Structure model' 'Structure summary' 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_citation.year 2014 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nature13548 _citation.pdbx_database_id_PubMed 25008524 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lee, C.H.' 1 ? primary 'Lu, W.' 2 ? primary 'Michel, J.C.' 3 ? primary 'Goehring, A.' 4 ? primary 'Du, J.' 5 ? primary 'Song, X.' 6 ? primary 'Gouaux, E.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'receptor subunit GluN1' 92722.305 2 ? ;C22A, K51F, K52F, N300Q, N350Q, N368D, N440D, N469D, K493A, K494A, E495A, G610R, I617L, D656R, N769E, Del(K588-E595), Replacement of 845-853 with SRAEAKRMK ; 'UNP residues 22-836' ? 2 polymer man 'receptor subunit GluN2B' 93088.461 2 ? ;M20S, G21R, C22A, A64E, N69Q, K216C, N343D, T490V, C585A, E654R, E655R, V615L, Del(K382-V385), Del(R584-G593), Replacement of 854-864 with YKSRAEAKRMK ; 'UNP residues 20-839' ? 3 non-polymer syn 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 4 ? ? ? ? 4 non-polymer syn '1-AMINOCYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID' 101.104 1 ? ? ? ? 5 non-polymer syn '4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol' 339.471 2 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'trans-1-aminocyclobutane-1,3-dicarboxylic acid' 159.140 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-8a' 2 'Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ADPKIVNIGAVLSTKKHEQIFREAVNQANFFHFTRKIQLNATSVTHRPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPAPTDH 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A CYS 58 SG ? ? ? 1_555 A CYS 287 SG ? ? A CYS 79 A CYS 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 399 SG ? ? ? 1_555 A CYS 431 SG ? ? A CYS 420 A CYS 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 415 SG ? ? ? 1_555 A CYS 432 SG ? ? A CYS 436 A CYS 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 713 SG ? ? ? 1_555 A CYS 767 SG ? ? A CYS 734 A CYS 788 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 62 SG ? ? ? 1_555 B CYS 297 SG ? ? B CYS 81 B CYS 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 197 SG ? ? ? 1_555 D CYS 197 SG ? ? B CYS 216 D CYS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 403 SG ? ? ? 1_555 B CYS 430 SG ? ? B CYS 422 B CYS 449 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 410 SG ? ? ? 1_555 B CYS 431 SG ? ? B CYS 429 B CYS 450 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 710 SG ? ? ? 1_555 B CYS 765 SG ? ? B CYS 729 B CYS 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf10 disulf ? ? C CYS 58 SG ? ? ? 1_555 C CYS 287 SG ? ? C CYS 79 C CYS 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 399 SG ? ? ? 1_555 C CYS 431 SG ? ? C CYS 420 C CYS 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 415 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? C CYS 436 C CYS 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 713 SG ? ? ? 1_555 C CYS 767 SG ? ? C CYS 734 C CYS 788 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf14 disulf ? ? D CYS 62 SG ? ? ? 1_555 D CYS 297 SG ? ? D CYS 81 D CYS 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf15 disulf ? ? D CYS 403 SG ? ? ? 1_555 D CYS 430 SG ? ? D CYS 422 D CYS 449 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf16 disulf ? ? D CYS 410 SG ? ? ? 1_555 D CYS 431 SG ? ? D CYS 429 D CYS 450 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf17 disulf ? ? D CYS 710 SG ? ? ? 1_555 D CYS 765 SG ? ? D CYS 729 D CYS 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 40 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? 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N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 388 B . ? ALA 407 B PRO 389 B ? PRO 408 B 1 -6.70 2 SER 642 B . ? SER 661 B PRO 643 B ? PRO 662 B 1 -0.95 3 ALA 388 D . ? ALA 407 D PRO 389 D ? PRO 408 D 1 -7.07 4 SER 642 D . ? SER 661 D PRO 643 D ? PRO 662 D 1 0.11 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 8 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 8 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 3 ? 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refined 109.9746 88.4154 413.3668 0.4775 0.3553 0.7616 0.1190 -0.0109 0.0159 7.6091 3.4100 1.8424 -0.8438 -1.3837 0.3220 0.0554 -0.2649 1.3834 -0.3326 0.2309 0.1494 -0.3220 -0.1082 -0.2144 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ? refined 81.5356 76.7680 454.0727 1.1713 2.1544 1.3401 0.6898 0.3867 -0.0273 6.0803 4.2186 3.6642 0.0491 -0.0011 -2.3591 -0.1656 -1.1198 -0.2654 0.5481 0.1311 0.4397 0.4746 0.2178 0.0705 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ? refined 67.3541 50.1516 506.0754 2.6046 3.8390 4.3662 -0.3977 2.0495 -0.4667 0.9254 2.6217 1.2686 1.0747 -0.8121 -1.9534 -2.4825 -0.1712 1.2907 0.1186 -0.9481 1.0277 3.3041 -0.7238 2.0637 'X-RAY DIFFRACTION' 4 ? refined 114.1060 56.4981 422.7222 0.6762 -0.1995 1.4334 0.0488 0.4029 -0.2716 2.9239 5.4004 7.1369 0.5156 -0.2567 0.6640 -0.9757 -0.7829 -1.0744 -0.2477 -0.2519 0.4335 1.1951 -0.7103 0.7326 'X-RAY DIFFRACTION' 5 ? refined 109.9105 43.7790 473.1219 3.3304 3.0162 2.5396 1.5167 0.1075 0.6745 6.0872 3.8806 3.2559 -0.4529 -1.1422 1.1244 -0.0678 0.1592 -3.3268 0.9598 -0.9717 -0.2460 2.6280 1.2768 0.5401 'X-RAY DIFFRACTION' 6 ? refined 78.2331 61.2874 518.7895 4.3710 5.4186 1.8399 -0.5993 -0.5188 -0.1841 0.6429 0.1758 5.0486 0.4512 -0.6972 -0.6003 -1.1980 -0.1744 0.9709 -2.5039 1.7987 0.5704 1.4894 1.5809 -0.2294 'X-RAY DIFFRACTION' 7 ? refined 162.4540 64.0978 454.1609 1.6119 2.2357 1.3448 0.8600 -0.2264 -0.1815 6.2439 6.7937 4.7212 0.6508 -1.4256 -3.6442 -0.1035 -1.2923 -1.3373 -0.0761 -0.1285 0.0599 1.2076 1.4717 0.2382 'X-RAY DIFFRACTION' 8 ? refined 125.3741 62.6439 490.6193 2.1805 2.9739 2.0021 0.9354 0.3073 0.5675 3.4918 7.9337 4.1585 -1.4827 1.8744 -1.8029 -1.1835 -1.7180 -0.1763 1.1104 -0.4903 -2.4208 1.6416 2.1305 1.4628 'X-RAY DIFFRACTION' 9 ? refined 73.7233 78.0591 504.6186 1.7523 4.8660 2.5827 -0.1328 2.8302 -0.5123 1.8765 1.7464 0.0311 0.7500 -0.1684 -0.7746 0.0033 -0.8708 3.6810 -0.8841 3.1445 0.0593 -0.7167 -1.1564 -1.5680 'X-RAY DIFFRACTION' 10 ? refined 150.1367 94.1145 458.5828 1.4649 1.8762 1.1124 0.3182 -0.4744 -0.4848 8.1401 4.2503 5.6016 1.0016 1.9574 0.8145 -0.0329 -1.4495 1.0796 0.8663 0.5263 -0.7758 -0.0930 1.3842 -0.4490 'X-RAY DIFFRACTION' 11 ? 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NE sing N N 41 ARG CD HD2 sing N N 42 ARG CD HD3 sing N N 43 ARG NE CZ sing N N 44 ARG NE HE sing N N 45 ARG CZ NH1 sing N N 46 ARG CZ NH2 doub N N 47 ARG NH1 HH11 sing N N 48 ARG NH1 HH12 sing N N 49 ARG NH2 HH21 sing N N 50 ARG NH2 HH22 sing N N 51 ARG OXT HXT sing N N 52 ASN N CA sing N N 53 ASN N H sing N N 54 ASN N H2 sing N N 55 ASN CA C sing N N 56 ASN CA CB sing N N 57 ASN CA HA sing N N 58 ASN C O doub N N 59 ASN C OXT sing N N 60 ASN CB CG sing N N 61 ASN CB HB2 sing N N 62 ASN CB HB3 sing N N 63 ASN CG OD1 doub N N 64 ASN CG ND2 sing N N 65 ASN ND2 HD21 sing N N 66 ASN ND2 HD22 sing N N 67 ASN OXT HXT sing N N 68 ASP N CA sing N N 69 ASP N H sing N N 70 ASP N H2 sing N N 71 ASP CA C sing N N 72 ASP CA CB sing N N 73 ASP CA HA sing N N 74 ASP C O doub N N 75 ASP C OXT sing N N 76 ASP CB CG sing N N 77 ASP CB HB2 sing N N 78 ASP CB HB3 sing N N 79 ASP CG OD1 doub N N 80 ASP CG OD2 sing N N 81 ASP OD2 HD2 sing N N 82 ASP OXT HXT sing N N 83 CYS N CA sing N N 84 CYS N H sing N N 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