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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 4UJ4 _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2015-04-08 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details PDB 4UJ3 unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RAB11-RABIN8-FIP3' PDB 4UJ5 unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RAB11-RABIN8-FIP3' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Vetter, M.' 1 ? 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RGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHADSNIVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNGLSFIETSALDSTNV EAAFQTILTEIYRIVSQKQMSDRRE ; A,D,G,J ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GAASNKSTSSAMSGSHQDLSVIQPIVKDCKEADLSLYNEFRLWKDEPTMDRTCPFLDKIYQEDIFPCLTFSKSELASAVL EAVENNTLSIEPVGLQPIRFVKASAVECGGPKKCALTGQSKSCKHRIKLGDSSNYYYISPFCRYRITSVCNFFTYIRYIQ QGLVKQQDVDQMFWEVMQLRKEMSLAKLGYFKEEL ; ;GAASNKSTSSAMSGSHQDLSVIQPIVKDCKEADLSLYNEFRLWKDEPTMDRTCPFLDKIYQEDIFPCLTFSKSELASAVL EAVENNTLSIEPVGLQPIRFVKASAVECGGPKKCALTGQSKSCKHRIKLGDSSNYYYISPFCRYRITSVCNFFTYIRYIQ QGLVKQQDVDQMFWEVMQLRKEMSLAKLGYFKEEL ; B,E,H,K ? 3 'polypeptide(L)' no no GAASGAKSLFSTAFSESLAAEISSVSRDELMEAIQKQEEINFRLQDYIDRIIVAIMETNPSILEVK GAASGAKSLFSTAFSESLAAEISSVSRDELMEAIQKQEEINFRLQDYIDRIIVAIMETNPSILEVK C,F,I,L ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' GNP 5 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 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'X-RAY DIFFRACTION' . 7.6243 49.4727 2624 0.2155 100.00 0.2318 . . 147 . . . . # _database_PDB_matrix.entry_id 4UJ4 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4UJ4 _struct.title 'Crystal structure of human Rab11-Rabin8-FIP3' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4UJ4 _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' _struct_keywords.text 'TRANSPORT PROTEIN, CILIARY TARGETING COMPLEX, CILIUM, VESICULAR TRANSPORT, MEMBRANE TRAFFICKING, RABIN8, RAB11, FIP3' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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'expression tag' 694 44 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 2 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 3 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 D,E,F,G,H,I,O,P,Q,R 2 1 J,K,L,S,T 2 2 A,B,C,M,N 3 1 A,B,C,M,N 3 3 J,K,L,S,T # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 1_655 x+1,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 66.1200000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 'crystal symmetry operation' 1_455 x-1,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 -66.1200000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY A 22 ? 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GLY D 23 ASN D 34 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 16 ILE D 75 ? ARG D 81 ? ILE D 76 ARG D 82 1 ? 7 HELX_P HELX_P17 17 LYS D 94 ? ASN D 100 ? LYS D 95 ASN D 101 1 ? 7 HELX_P HELX_P18 18 ASN D 100 ? ALA D 112 ? ASN D 101 ALA D 113 1 ? 13 HELX_P HELX_P19 19 PRO D 134 ? ASN D 145 ? PRO D 135 ASN D 146 1 ? 12 HELX_P HELX_P20 20 ASN D 159 ? GLN D 179 ? ASN D 160 GLN D 180 1 ? 21 HELX_P HELX_P21 21 ASP E 33 ? GLU E 46 ? ASP E 298 GLU E 311 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 22 CYS E 53 ? ASP E 63 ? CYS E 318 ASP E 328 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 23 ASP E 63 ? LEU E 68 ? ASP E 328 LEU E 333 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 24 LYS E 72 ? ASN E 85 ? LYS E 337 ASN E 350 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 25 SER E 139 ? GLN E 161 ? SER E 404 GLN E 426 1 ? 23 HELX_P HELX_P26 26 ASP E 168 ? LEU E 188 ? ASP E 433 LEU E 453 1 ? 21 HELX_P HELX_P27 27 GLU F 32 ? ASN F 59 ? GLU F 722 ASN F 749 1 ? 28 HELX_P HELX_P28 28 PRO F 60 ? LEU F 63 ? PRO F 750 LEU F 753 5 ? 4 HELX_P HELX_P29 29 GLY G 22 ? ASN G 33 ? GLY G 23 ASN G 34 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 30 ILE G 75 ? ARG G 81 ? ILE G 76 ARG G 82 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 31 LYS G 94 ? ASN G 100 ? LYS G 95 ASN G 101 1 ? 7 HELX_P HELX_P32 32 ASN G 100 ? ALA G 112 ? ASN G 101 ALA G 113 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 33 PRO G 134 ? ASN G 145 ? PRO G 135 ASN G 146 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 34 ASN G 159 ? LYS G 178 ? ASN G 160 LYS G 179 1 ? 20 HELX_P HELX_P35 35 ASP H 33 ? GLU H 46 ? ASP H 298 GLU H 311 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 36 CYS H 53 ? ASP H 63 ? CYS H 318 ASP H 328 1 ? 11 HELX_P HELX_P37 37 ASP H 63 ? LEU H 68 ? ASP H 328 LEU H 333 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 38 LYS H 72 ? ASN H 85 ? LYS H 337 ASN H 350 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 39 SER H 139 ? GLN H 161 ? SER H 404 GLN H 426 1 ? 23 HELX_P HELX_P40 40 ASP H 168 ? GLY H 189 ? ASP H 433 GLY H 454 1 ? 22 HELX_P HELX_P41 41 GLU I 29 ? THR I 58 ? GLU I 719 THR I 748 1 ? 30 HELX_P HELX_P42 42 ASN I 59 ? LEU I 63 ? ASN I 749 LEU I 753 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 43 GLY J 22 ? ASN J 33 ? GLY J 23 ASN J 34 1 ? 12 HELX_P HELX_P44 44 ILE J 75 ? ARG J 81 ? ILE J 76 ARG J 82 1 ? 7 HELX_P HELX_P45 45 LYS J 94 ? ASN J 100 ? LYS J 95 ASN J 101 1 ? 7 HELX_P HELX_P46 46 ASN J 100 ? ALA J 112 ? ASN J 101 ALA J 113 1 ? 13 HELX_P HELX_P47 47 PRO J 134 ? ASN J 145 ? PRO J 135 ASN J 146 1 ? 12 HELX_P HELX_P48 48 ASN J 159 ? LYS J 178 ? ASN J 160 LYS J 179 1 ? 20 HELX_P HELX_P49 49 ASP K 33 ? GLU K 46 ? ASP K 298 GLU K 311 1 ? 14 HELX_P HELX_P50 50 CYS K 53 ? ASP K 63 ? CYS K 318 ASP K 328 1 ? 11 HELX_P HELX_P51 51 ASP K 63 ? LEU K 68 ? ASP K 328 LEU K 333 1 ? 6 HELX_P HELX_P52 52 LYS K 72 ? ASN K 85 ? LYS K 337 ASN K 350 1 ? 14 HELX_P HELX_P53 53 SER K 139 ? GLN K 161 ? SER K 404 GLN K 426 1 ? 23 HELX_P HELX_P54 54 ASP K 168 ? LEU K 188 ? ASP K 433 LEU K 453 1 ? 21 HELX_P HELX_P55 55 GLU L 29 ? THR L 58 ? GLU L 719 THR L 748 1 ? 30 HELX_P HELX_P56 56 ASN L 59 ? LEU L 63 ? ASN L 749 LEU L 753 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A SER 24 OG ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A SER 25 A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.817 ? ? metalc2 metalc ? ? A THR 42 OG1 ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A THR 43 A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? ? metalc3 metalc ? ? M GNP . O3G ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A GNP 200 A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? ? metalc4 metalc ? ? M GNP . O2B ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A GNP 200 A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.929 ? ? metalc5 metalc ? ? D SER 24 OG ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? D SER 25 D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.895 ? ? metalc6 metalc ? ? D THR 42 OG1 ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? D THR 43 D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? ? metalc7 metalc ? ? O GNP . O3G ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? D GNP 200 D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.933 ? ? metalc8 metalc ? ? O GNP . O2B ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? D GNP 200 D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? ? metalc9 metalc ? ? G SER 24 OG ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? G SER 25 G MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? metalc10 metalc ? ? G THR 42 OG1 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? G THR 43 G MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? ? metalc11 metalc ? ? Q GNP . O3G ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? G GNP 200 G MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? ? metalc12 metalc ? ? Q GNP . O2B ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? G GNP 200 G MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? ? metalc13 metalc ? ? J SER 24 OG ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? J SER 25 J MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? ? metalc14 metalc ? ? J THR 42 OG1 ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? J THR 43 J MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.000 ? ? metalc15 metalc ? ? S GNP . O2B ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? J GNP 200 J MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.570 ? ? metalc16 metalc ? ? S GNP . O3G ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? J GNP 200 J MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG ? 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J GNP 200 ? 1_555 71.2 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 130 B . ? GLY 395 B ASP 131 B ? ASP 396 B 1 1.21 2 GLY 162 B . ? GLY 427 B LEU 163 B ? LEU 428 B 1 -5.92 3 VAL 121 D . ? VAL 122 D GLY 122 D ? GLY 123 D 1 13.75 4 GLY 162 E . ? GLY 427 E LEU 163 E ? LEU 428 E 1 1.56 5 VAL 121 G . ? VAL 122 G GLY 122 G ? GLY 123 G 1 15.93 6 GLY 162 H . ? GLY 427 H LEU 163 H ? LEU 428 H 1 -0.69 7 GLY 162 K . ? GLY 427 K LEU 163 K ? LEU 428 K 1 8.35 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 6 ? BA ? 2 ? BB ? 3 ? DA ? 6 ? EA ? 2 ? EB ? 3 ? EC ? 2 ? GA ? 6 ? HA ? 3 ? JA ? 6 ? KA ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? parallel AA 5 6 ? parallel BA 1 2 ? anti-parallel BB 1 2 ? anti-parallel BB 2 3 ? anti-parallel DA 1 2 ? anti-parallel DA 2 3 ? parallel DA 3 4 ? parallel DA 4 5 ? parallel DA 5 6 ? parallel EA 1 2 ? anti-parallel EB 1 2 ? anti-parallel EB 2 3 ? anti-parallel EC 1 2 ? anti-parallel GA 1 2 ? anti-parallel GA 2 3 ? parallel GA 3 4 ? parallel GA 4 5 ? parallel GA 5 6 ? parallel HA 1 2 ? anti-parallel HA 2 3 ? anti-parallel JA 1 2 ? anti-parallel JA 2 3 ? parallel JA 3 4 ? parallel JA 4 5 ? parallel JA 5 6 ? parallel KA 1 2 ? anti-parallel KA 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 VAL A 45 ? 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