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VAL A 539 VAL A 543 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 20 THR A 568 ? SER A 580 ? THR A 568 SER A 580 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 21 SER A 595 ? VAL A 626 ? SER A 595 VAL A 626 1 ? 32 HELX_P HELX_P22 22 ALA A 636 ? GLN A 642 ? ALA A 636 GLN A 642 1 ? 7 HELX_P HELX_P23 23 GLY A 653 ? SER A 662 ? GLY A 653 SER A 662 1 ? 10 HELX_P HELX_P24 24 ILE A 664 ? ALA A 677 ? ILE A 664 ALA A 677 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 25 THR A 685 ? LYS A 695 ? THR A 685 LYS A 695 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 26 SER A 706 ? GLN A 714 ? SER A 706 GLN A 714 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 27 LEU A 742 ? GLN A 756 ? LEU A 742 GLN A 756 1 ? 15 HELX_P HELX_P28 28 GLY A 757 ? TYR A 768 ? GLY A 757 TYR A 768 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 29 SER A 790 ? LYS A 817 ? SER A 790 LYS A 817 1 ? 28 HELX_P HELX_P30 30 ALA B 16 ? PHE B 30 ? ALA B 22 PHE B 36 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 31 ASN B 48 ? ARG B 62 ? ASN B 54 ARG B 68 1 ? 15 HELX_P HELX_P32 32 SER B 75 ? LEU B 86 ? SER B 81 LEU B 92 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 33 LEU B 111 ? TYR B 122 ? 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ALA B 522 VAL B 538 1 ? 17 HELX_P HELX_P48 48 VAL B 539 ? VAL B 543 ? VAL B 539 VAL B 543 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 49 THR B 568 ? SER B 580 ? THR B 568 SER B 580 1 ? 13 HELX_P HELX_P50 50 SER B 595 ? VAL B 626 ? SER B 595 VAL B 626 1 ? 32 HELX_P HELX_P51 51 ALA B 636 ? GLN B 642 ? ALA B 636 GLN B 642 1 ? 7 HELX_P HELX_P52 52 GLY B 653 ? SER B 662 ? GLY B 653 SER B 662 1 ? 10 HELX_P HELX_P53 53 ILE B 664 ? ALA B 677 ? ILE B 664 ALA B 677 1 ? 14 HELX_P HELX_P54 54 THR B 685 ? LYS B 695 ? THR B 685 LYS B 695 1 ? 11 HELX_P HELX_P55 55 SER B 706 ? GLN B 714 ? SER B 706 GLN B 714 1 ? 9 HELX_P HELX_P56 56 LEU B 742 ? GLN B 756 ? LEU B 742 GLN B 756 1 ? 15 HELX_P HELX_P57 57 GLY B 757 ? TYR B 768 ? GLY B 757 TYR B 768 1 ? 12 HELX_P HELX_P58 58 SER B 790 ? LYS B 817 ? SER B 790 LYS B 817 1 ? 28 HELX_P HELX_P59 59 ALA C 16 ? PHE C 30 ? ALA C 22 PHE C 36 1 ? 15 HELX_P HELX_P60 60 ASN C 48 ? ARG C 62 ? ASN C 54 ARG C 68 1 ? 15 HELX_P HELX_P61 61 SER C 75 ? LEU C 86 ? 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SER D 790 LYS D 817 1 ? 28 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? 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D CYS 718 D CYS 773 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 312 A . ? ASN 318 A PRO 313 A ? PRO 319 A 1 0.06 2 SER 403 A . ? SER 403 A PRO 404 A ? PRO 404 A 1 -0.73 3 GLU 678 A . ? GLU 678 A PRO 679 A ? PRO 679 A 1 -1.18 4 LYS 716 A . ? LYS 716 A PRO 717 A ? PRO 717 A 1 -0.23 5 ASN 312 B . ? ASN 318 B PRO 313 B ? PRO 319 B 1 0.15 6 SER 403 B . ? SER 403 B PRO 404 B ? PRO 404 B 1 -0.59 7 GLU 678 B . ? GLU 678 B PRO 679 B ? PRO 679 B 1 -1.15 8 LYS 716 B . ? LYS 716 B PRO 717 B ? PRO 717 B 1 -0.27 9 ASN 312 C . ? ASN 318 C PRO 313 C ? PRO 319 C 1 0.15 10 SER 403 C . ? SER 403 C PRO 404 C ? PRO 404 C 1 -0.73 11 GLU 678 C . ? GLU 678 C PRO 679 C ? PRO 679 C 1 -1.08 12 LYS 716 C . ? LYS 716 C PRO 717 C ? PRO 717 C 1 -0.29 13 ASN 312 D . ? ASN 318 D PRO 313 D ? PRO 319 D 1 0.14 14 SER 403 D . ? SER 403 D PRO 404 D ? PRO 404 D 1 -0.65 15 GLU 678 D . ? GLU 678 D PRO 679 D ? PRO 679 D 1 -1.10 16 LYS 716 D . ? LYS 716 D PRO 717 D ? PRO 717 D 1 -0.20 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 5 ? AB ? 8 ? AC ? 2 ? AD ? 3 ? AE ? 2 ? AF ? 2 ? AG ? 2 ? AH ? 4 ? BA ? 5 ? BB ? 8 ? BC ? 2 ? BD ? 3 ? BE ? 2 ? BF ? 2 ? BG ? 2 ? BH ? 4 ? CA ? 5 ? 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H 2 ZK1 1 833 833 ZK1 ZK1 D . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2014-08-13 2 'Structure model' 1 1 2014-08-27 3 'Structure model' 1 2 2014-10-22 4 'Structure model' 1 3 2017-08-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' em_image_scans 2 4 'Structure model' em_software # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 2 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 3 4 'Structure model' '_em_software.name' # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 4UQJ _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 3KG2 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.details ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 4UQJ _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 26795 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 10.4 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;COORDINATES FROM 3KG2 WERE FIT AS FIVE INDEPENDENT RIGID BODIES CONSISTING OF TWO ATD DIMERS AND TWO LBD DIMERS AND THE TMD. GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY OUTLIERS ARE THOSE PRESENT IN PDB 3KG2 USED FOR RIGID BODY FITS SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2680. (DEPOSITION ID: 12574). ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '150 MM NACL, 20 MM TRIS, 0.75 MM DDM, 0.12 MM CHS, 0.3 MM ZK200775' _em_buffer.pH 8 _em_buffer.details '150 MM NACL, 20 MM TRIS, 0.75 MM DDM, 0.12 MM CHS, 0.3 MM ZK200775' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name GLUA2 _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 4UQJ _em_imaging.id 1 _em_imaging.nominal_magnification 47000 _em_imaging.nominal_defocus_min 2000 _em_imaging.nominal_defocus_max 3500 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.date 2013-08-01 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 4UQJ _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details ETHANE _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 4UQJ _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 4UQJ _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 NE A ARG 628 ? ? 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