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LYS 716 A PRO 717 A ? PRO 717 A 1 0.69 5 ASN 312 B . ? ASN 318 B PRO 313 B ? PRO 319 B 1 0.09 6 SER 403 B . ? SER 403 B PRO 404 B ? PRO 404 B 1 0.84 7 GLU 678 B . ? GLU 678 B PRO 679 B ? PRO 679 B 1 -1.17 8 LYS 716 B . ? LYS 716 B PRO 717 B ? PRO 717 B 1 0.76 9 ASN 312 C . ? ASN 318 C PRO 313 C ? PRO 319 C 1 0.16 10 SER 403 C . ? SER 403 C PRO 404 C ? PRO 404 C 1 -0.37 11 GLU 678 C . ? GLU 678 C PRO 679 C ? PRO 679 C 1 -0.43 12 LYS 716 C . ? LYS 716 C PRO 717 C ? PRO 717 C 1 -0.91 13 ASN 312 D . ? ASN 318 D PRO 313 D ? PRO 319 D 1 0.09 14 SER 403 D . ? SER 403 D PRO 404 D ? PRO 404 D 1 -0.35 15 GLU 678 D . ? GLU 678 D PRO 679 D ? PRO 679 D 1 -0.44 16 LYS 716 D . ? LYS 716 D PRO 717 D ? PRO 717 D 1 -0.92 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 5 ? AB ? 8 ? AC ? 2 ? AD ? 3 ? AE ? 2 ? AF ? 2 ? AG ? 2 ? AH ? 4 ? BA ? 5 ? BB ? 8 ? BC ? 2 ? BD ? 3 ? BE ? 2 ? BF ? 2 ? BG ? 2 ? BH ? 4 ? CA ? 5 ? CB ? 8 ? CC ? 2 ? CD ? 3 ? CE ? 2 ? CF ? 2 ? CG ? 2 ? CH ? 4 ? DA ? 5 ? DB ? 8 ? DC ? 2 ? DD ? 3 ? DE ? 2 ? DF ? 2 ? DG ? 2 ? DH ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? parallel AB 1 2 ? parallel AB 2 3 ? parallel AB 3 4 ? parallel AB 4 5 ? parallel AB 5 6 ? anti-parallel AB 6 7 ? anti-parallel AB 7 8 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AD 1 2 ? parallel AD 2 3 ? parallel AE 1 2 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? parallel AH 2 3 ? anti-parallel AH 3 4 ? anti-parallel BA 1 2 ? parallel BA 2 3 ? parallel BA 3 4 ? parallel BA 4 5 ? parallel BB 1 2 ? parallel BB 2 3 ? parallel BB 3 4 ? parallel BB 4 5 ? parallel BB 5 6 ? anti-parallel BB 6 7 ? anti-parallel BB 7 8 ? anti-parallel BC 1 2 ? anti-parallel BD 1 2 ? parallel BD 2 3 ? parallel BE 1 2 ? anti-parallel BF 1 2 ? anti-parallel BG 1 2 ? anti-parallel BH 1 2 ? parallel BH 2 3 ? anti-parallel BH 3 4 ? anti-parallel CA 1 2 ? parallel CA 2 3 ? parallel CA 3 4 ? parallel CA 4 5 ? parallel CB 1 2 ? parallel CB 2 3 ? parallel CB 3 4 ? parallel CB 4 5 ? parallel CB 5 6 ? anti-parallel CB 6 7 ? anti-parallel CB 7 8 ? anti-parallel CC 1 2 ? anti-parallel CD 1 2 ? parallel CD 2 3 ? parallel CE 1 2 ? anti-parallel CF 1 2 ? anti-parallel CG 1 2 ? anti-parallel CH 1 2 ? parallel CH 2 3 ? anti-parallel CH 3 4 ? anti-parallel DA 1 2 ? parallel DA 2 3 ? parallel DA 3 4 ? parallel DA 4 5 ? parallel DB 1 2 ? parallel DB 2 3 ? parallel DB 3 4 ? parallel DB 4 5 ? parallel DB 5 6 ? anti-parallel DB 6 7 ? anti-parallel DB 7 8 ? anti-parallel DC 1 2 ? anti-parallel DD 1 2 ? parallel DD 2 3 ? parallel DE 1 2 ? anti-parallel DF 1 2 ? anti-parallel DG 1 2 ? anti-parallel DH 1 2 ? parallel DH 2 3 ? anti-parallel DH 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 ARG A 36 ? 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ILE A 489 PHE A 491 AF 2 ALA A 735 ? PRO A 737 ? ALA A 735 PRO A 737 AG 1 MET A 496 ? LEU A 498 ? MET A 496 LEU A 498 AG 2 LYS A 730 ? TYR A 732 ? LYS A 730 TYR A 732 AH 1 ALA A 646 ? GLY A 648 ? ALA A 646 GLY A 648 AH 2 TYR A 700 ? GLU A 705 ? TYR A 700 GLU A 705 AH 3 ILE A 500 ? LYS A 505 ? ILE A 500 LYS A 505 AH 4 THR A 720 ? VAL A 723 ? THR A 720 VAL A 723 BA 1 ARG B 36 ? LEU B 44 ? ARG B 42 LEU B 50 BA 2 SER B 5 ? PRO B 13 ? SER B 11 PRO B 19 BA 3 ALA B 66 ? GLY B 69 ? ALA B 72 GLY B 75 BA 4 SER B 89 ? THR B 92 ? SER B 95 THR B 98 BA 5 VAL B 104 ? GLN B 106 ? VAL B 110 GLN B 112 BB 1 GLN B 153 ? ASN B 158 ? GLN B 159 ASN B 164 BB 2 LYS B 126 ? TYR B 131 ? LYS B 132 TYR B 137 BB 3 ARG B 185 ? ASP B 189 ? ARG B 191 ASP B 195 BB 4 HIS B 213 ? ILE B 216 ? HIS B 219 ILE B 222 BB 5 GLU B 235 ? GLN B 240 ? GLU B 241 GLN B 246 BB 6 THR B 351 ? LEU B 357 ? THR B 357 LEU B 363 BB 7 PRO B 362 ? SER B 369 ? PRO B 368 SER B 375 BB 8 LYS B 373 ? LEU B 376 ? LYS B 379 LEU B 382 BC 1 GLU B 333 ? GLY B 334 ? GLU B 339 GLY B 340 BC 2 GLY B 337 ? ASN B 338 ? GLY B 343 ASN B 344 BD 1 TYR B 440 ? ILE B 444 ? TYR B 440 ILE B 444 BD 2 VAL B 395 ? THR B 399 ? VAL B 395 THR B 399 BD 3 ILE B 474 ? ALA B 475 ? ILE B 474 ALA B 475 BE 1 MET B 407 ? MET B 408 ? MET B 407 MET B 408 BE 2 TYR B 421 ? GLU B 422 ? TYR B 421 GLU B 422 BF 1 ILE B 489 ? PHE B 491 ? ILE B 489 PHE B 491 BF 2 ALA B 735 ? PRO B 737 ? ALA B 735 PRO B 737 BG 1 MET B 496 ? LEU B 498 ? MET B 496 LEU B 498 BG 2 LYS B 730 ? TYR B 732 ? LYS B 730 TYR B 732 BH 1 ALA B 646 ? GLY B 648 ? ALA B 646 GLY B 648 BH 2 TYR B 700 ? GLU B 705 ? TYR B 700 GLU B 705 BH 3 ILE B 500 ? LYS B 505 ? ILE B 500 LYS B 505 BH 4 THR B 720 ? VAL B 723 ? THR B 720 VAL B 723 CA 1 ARG C 36 ? LEU C 44 ? ARG C 42 LEU C 50 CA 2 SER C 5 ? PRO C 13 ? SER C 11 PRO C 19 CA 3 ALA C 66 ? GLY C 69 ? ALA C 72 GLY C 75 CA 4 SER C 89 ? THR C 92 ? SER C 95 THR C 98 CA 5 VAL C 104 ? GLN C 106 ? VAL C 110 GLN C 112 CB 1 GLN C 153 ? ASN C 158 ? 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TYR C 700 GLU C 705 CH 3 ILE C 500 ? LYS C 505 ? ILE C 500 LYS C 505 CH 4 THR C 720 ? VAL C 723 ? THR C 720 VAL C 723 DA 1 ARG D 36 ? LEU D 44 ? ARG D 42 LEU D 50 DA 2 SER D 5 ? PRO D 13 ? SER D 11 PRO D 19 DA 3 ALA D 66 ? GLY D 69 ? ALA D 72 GLY D 75 DA 4 SER D 89 ? THR D 92 ? SER D 95 THR D 98 DA 5 VAL D 104 ? GLN D 106 ? VAL D 110 GLN D 112 DB 1 GLN D 153 ? ASN D 158 ? GLN D 159 ASN D 164 DB 2 LYS D 126 ? TYR D 131 ? LYS D 132 TYR D 137 DB 3 ARG D 185 ? ASP D 189 ? ARG D 191 ASP D 195 DB 4 HIS D 213 ? ILE D 216 ? HIS D 219 ILE D 222 DB 5 GLU D 235 ? GLN D 240 ? GLU D 241 GLN D 246 DB 6 THR D 351 ? LEU D 357 ? THR D 357 LEU D 363 DB 7 PRO D 362 ? SER D 369 ? PRO D 368 SER D 375 DB 8 LYS D 373 ? LEU D 376 ? LYS D 379 LEU D 382 DC 1 GLU D 333 ? GLY D 334 ? GLU D 339 GLY D 340 DC 2 GLY D 337 ? ASN D 338 ? GLY D 343 ASN D 344 DD 1 TYR D 440 ? ILE D 444 ? TYR D 440 ILE D 444 DD 2 VAL D 395 ? THR D 399 ? VAL D 395 THR D 399 DD 3 ILE D 474 ? ALA D 475 ? ILE D 474 ALA D 475 DE 1 MET D 407 ? MET D 408 ? MET D 407 MET D 408 DE 2 TYR D 421 ? GLU D 422 ? TYR D 421 GLU D 422 DF 1 ILE D 489 ? PHE D 491 ? ILE D 489 PHE D 491 DF 2 ALA D 735 ? PRO D 737 ? ALA D 735 PRO D 737 DG 1 MET D 496 ? LEU D 498 ? MET D 496 LEU D 498 DG 2 LYS D 730 ? TYR D 732 ? LYS D 730 TYR D 732 DH 1 ALA D 646 ? GLY D 648 ? ALA D 646 GLY D 648 DH 2 TYR D 700 ? GLU D 705 ? TYR D 700 GLU D 705 DH 3 ILE D 500 ? LYS D 505 ? ILE D 500 LYS D 505 DH 4 THR D 720 ? VAL D 723 ? THR D 720 VAL D 723 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA 1 2 N THR A 38 ? 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D . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 QUS 1 1803 1803 QUS QUS A . F 2 QUS 1 1803 1803 QUS QUS B . G 2 QUS 1 1803 1803 QUS QUS C . H 2 QUS 1 1803 1803 QUS QUS D . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2014-08-13 2 'Structure model' 1 1 2014-08-27 3 'Structure model' 1 2 2014-10-22 4 'Structure model' 1 3 2017-08-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' # _pdbx_audit_revision_category.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 4 _pdbx_audit_revision_category.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_category.category em_software # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 2 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 3 4 'Structure model' '_em_software.name' # _pdbx_entry_details.entry_id 4UQK _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;SEQUENCE IS FROM PDB 3KG2 TRUNCATED TO THAT USED TO FIT EM MAPS ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 4UQK _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1MM7 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.details ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 4UQK _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 4795 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 16.4 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;FOUR ASSEMBLIES CONSISTING OF TWO ATD DIMERS FROM PDB 3KG2 AND TWO LBD DIMERS FROM PDB 1MM7 WERE FIT AS INDEPENDENT RIGID BODIES TO EM MAPS GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY OUTLIERS ARE THOSE PRESENT IN THE PDB ENTRIES USED FOR RIGID BODY FITTING SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2689. (DEPOSITION ID: 12609). ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'GLU A2 ATD AND GLUA2 LBD' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 4UQK _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 1303 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 4UQK _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2013-08-01 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.nominal_defocus_min 2000 _em_imaging.nominal_defocus_max 3500 _em_imaging.tilt_angle_min ? 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