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ALA v 71 TRP v 76 5 ? 6 HELX_P HELX_P118 118 SER T 78 ? TYR T 93 ? SER v 78 TYR v 93 1 ? 16 HELX_P HELX_P119 119 SER T 95 ? UNK T 154 ? SER v 95 UNK v 154 1 ? 60 HELX_P HELX_P120 120 SER U 55 ? ALA U 72 ? SER w 55 ALA w 72 1 ? 18 HELX_P HELX_P121 121 SER U 75 ? LYS U 85 ? SER w 75 LYS w 85 1 ? 11 HELX_P HELX_P122 122 ASN U 101 ? LYS U 111 ? ASN w 101 LYS w 111 1 ? 11 HELX_P HELX_P123 123 ASP U 132 ? PHE U 149 ? ASP w 132 PHE w 149 1 ? 18 HELX_P HELX_P124 124 ASP U 162 ? VAL U 184 ? ASP w 162 VAL w 184 1 ? 23 HELX_P HELX_P125 125 ASN U 186 ? ALA U 191 ? ASN w 186 ALA w 191 5 ? 6 HELX_P HELX_P126 126 LYS U 261 ? LEU U 265 ? LYS w 261 LEU w 265 5 ? 5 HELX_P HELX_P127 127 PRO U 297 ? LEU U 300 ? PRO w 297 LEU w 300 5 ? 4 HELX_P HELX_P128 128 LYS U 301 ? GLN U 308 ? LYS w 301 GLN w 308 1 ? 8 HELX_P HELX_P129 129 ASP U 312 ? GLN U 337 ? ASP w 312 GLN w 337 1 ? 26 HELX_P HELX_P130 130 TRP U 340 ? ASP U 344 ? TRP w 340 ASP w 344 5 ? 5 HELX_P HELX_P131 131 THR U 374 ? ASN U 381 ? THR w 374 ASN w 381 1 ? 8 HELX_P HELX_P132 132 ASN U 408 ? LEU U 420 ? ASN w 408 LEU w 420 1 ? 13 HELX_P HELX_P133 133 CYS V 70 ? TRP V 75 ? CYS x 70 TRP x 75 1 ? 6 HELX_P HELX_P134 134 ASP V 85 ? SER V 90 ? ASP x 85 SER x 90 1 ? 6 HELX_P HELX_P135 135 PRO V 101 ? GLY V 106 ? PRO x 101 GLY x 106 1 ? 6 HELX_P HELX_P136 136 CYS V 108 ? ALA V 125 ? CYS x 108 ALA x 125 1 ? 18 HELX_P HELX_P137 137 LEU V 128 ? ARG V 132 ? LEU x 128 ARG x 132 5 ? 5 HELX_P HELX_P138 138 LEU V 135 ? PHE V 139 ? LEU x 135 PHE x 139 5 ? 5 HELX_P HELX_P139 139 SER V 178 ? LYS V 182 ? SER x 178 LYS x 182 5 ? 5 HELX_P HELX_P140 140 UNK W 1 ? UNK W 27 ? UNK z 9 UNK z 35 1 ? 27 HELX_P HELX_P141 141 UNK W 37 ? UNK W 46 ? UNK z 201 UNK z 210 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc1 metalc ? ? 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ZN ? ? ? 1_555 V CYS 73 SG ? ? x ZN 500 x CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TYR 66 L . ? TYR 66 l PRO 67 L ? PRO 67 l 1 0.14 2 LEU 265 U . ? LEU 265 w PRO 266 U ? PRO 266 w 1 4.27 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 4 ? AB ? 7 ? AC ? 2 ? AD ? 2 ? BA ? 2 ? BB ? 4 ? BC ? 6 ? CA ? 6 ? CB ? 4 ? CC ? 3 ? DA ? 5 ? EA ? 2 ? FA ? 2 ? FB ? 4 ? GA ? 5 ? IA ? 2 ? IB ? 2 ? IC ? 4 ? ID ? 4 ? JA ? 4 ? JB ? 4 ? JC ? 2 ? JD ? 3 ? KA ? 2 ? KB ? 3 ? LA ? 2 ? LB ? 4 ? PA ? 6 ? UA ? 3 ? WA ? 4 ? WB ? 4 ? WC ? 7 ? WD ? 2 ? WE ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AB 4 5 ? parallel AB 5 6 ? anti-parallel AB 6 7 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? parallel BB 1 2 ? anti-parallel BB 2 3 ? anti-parallel BB 3 4 ? anti-parallel BC 1 2 ? parallel BC 2 3 ? anti-parallel BC 3 4 ? anti-parallel BC 4 5 ? anti-parallel BC 5 6 ? anti-parallel CA 1 2 ? anti-parallel CA 2 3 ? anti-parallel CA 3 4 ? parallel CA 4 5 ? anti-parallel CA 5 6 ? anti-parallel CB 1 2 ? anti-parallel CB 2 3 ? anti-parallel CB 3 4 ? anti-parallel CC 1 2 ? anti-parallel CC 2 3 ? anti-parallel DA 1 2 ? anti-parallel DA 2 3 ? anti-parallel DA 3 4 ? anti-parallel DA 4 5 ? anti-parallel EA 1 2 ? anti-parallel FA 1 2 ? anti-parallel FB 1 2 ? anti-parallel FB 2 3 ? anti-parallel FB 3 4 ? anti-parallel GA 1 2 ? anti-parallel GA 2 3 ? anti-parallel GA 3 4 ? parallel GA 4 5 ? parallel IA 1 2 ? parallel IB 1 2 ? anti-parallel IC 1 2 ? anti-parallel IC 2 3 ? anti-parallel IC 3 4 ? anti-parallel ID 1 2 ? anti-parallel ID 2 3 ? anti-parallel ID 3 4 ? parallel JA 1 2 ? anti-parallel JA 2 3 ? parallel JA 3 4 ? parallel JB 1 2 ? anti-parallel JB 2 3 ? parallel JB 3 4 ? anti-parallel JC 1 2 ? parallel JD 1 2 ? anti-parallel JD 2 3 ? anti-parallel KA 1 2 ? anti-parallel KB 1 2 ? anti-parallel KB 2 3 ? parallel LA 1 2 ? anti-parallel LB 1 2 ? anti-parallel LB 2 3 ? anti-parallel LB 3 4 ? anti-parallel PA 1 2 ? parallel PA 2 3 ? anti-parallel PA 3 4 ? anti-parallel PA 4 5 ? parallel PA 5 6 ? anti-parallel UA 1 2 ? anti-parallel UA 2 3 ? anti-parallel WA 1 2 ? anti-parallel WA 2 3 ? parallel WA 3 4 ? anti-parallel WB 1 2 ? parallel WB 2 3 ? anti-parallel WB 3 4 ? anti-parallel WC 1 2 ? parallel WC 2 3 ? anti-parallel WC 3 4 ? anti-parallel WC 4 5 ? parallel WC 5 6 ? anti-parallel WC 6 7 ? anti-parallel WD 1 2 ? anti-parallel WE 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 THR A 208 ? 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LYS u 190 ARG u 191 BC 1 ASN B 191 ? GLU B 192 ? ASN b 191 GLU b 192 BC 2 MET B 311 ? CYS B 321 ? MET b 311 CYS b 321 BC 3 HIS B 266 ? GLN B 275 ? HIS b 266 GLN b 275 BC 4 TRP B 214 ? ASN B 220 ? TRP b 214 ASN b 220 BC 5 TYR B 232 ? ILE B 240 ? TYR b 232 ILE b 240 BC 6 GLN B 249 ? CYS B 252 ? GLN b 249 CYS b 252 CA 1 GLN C 108 ? ASP C 111 ? GLN c 108 ASP c 111 CA 2 LEU C 102 ? VAL C 105 ? LEU c 102 VAL c 105 CA 3 CYS C 120 ? LEU C 125 ? CYS c 120 LEU c 125 CA 4 LYS C 61 ? HIS C 66 ? LYS c 61 HIS c 66 CA 5 THR C 74 ? ASN C 79 ? THR c 74 ASN c 79 CA 6 VAL I 280 ? ILE I 282 ? VAL i 280 ILE i 282 CB 1 VAL C 161 ? LEU C 163 ? VAL c 161 LEU c 163 CB 2 PHE C 176 ? LEU C 182 ? PHE c 176 LEU c 182 CB 3 LEU C 289 ? PRO C 299 ? LEU c 289 PRO c 299 CB 4 CYS C 272 ? GLN C 284 ? CYS c 272 GLN c 284 CC 1 GLU C 214 ? GLU C 219 ? GLU c 214 GLU c 219 CC 2 ILE C 248 ? PHE C 254 ? ILE c 248 PHE c 254 CC 3 PHE C 257 ? VAL C 260 ? PHE c 257 VAL c 260 DA 1 GLU D 172 ? GLN D 174 ? GLU d 172 GLN d 174 DA 2 VAL K 182 ? GLU K 188 ? VAL k 182 GLU k 188 DA 3 LEU K 91 ? ALA K 97 ? LEU k 91 ALA k 97 DA 4 THR K 152 ? ILE K 159 ? THR k 152 ILE k 159 DA 5 VAL K 121 ? LYS K 130 ? VAL k 121 LYS k 130 EA 1 GLY E 40 ? HIS E 42 ? GLY e 40 HIS e 42 EA 2 PHE E 48 ? GLN E 50 ? PHE e 48 GLN e 50 FA 1 GLU F 48 ? LEU F 51 ? GLU f 48 LEU f 51 FA 2 ILE F 58 ? TYR F 61 ? ILE f 58 TYR f 61 FB 1 LYS F 73 ? PRO F 74 ? LYS f 73 PRO f 74 FB 2 PRO H 253 ? SER H 261 ? PRO h 253 SER h 261 FB 3 VAL H 269 ? CYS H 276 ? VAL h 269 CYS h 276 FB 4 LYS H 279 ? GLY H 286 ? LYS h 279 GLY h 286 GA 1 VAL G 84 ? SER G 88 ? VAL g 84 SER g 88 GA 2 ARG G 74 ? TYR G 79 ? ARG g 74 TYR g 79 GA 3 LEU G 26 ? LEU G 33 ? LEU g 26 LEU g 33 GA 4 VAL G 62 ? PRO G 67 ? VAL g 62 PRO g 67 GA 5 LEU M 153 ? ILE M 155 ? LEU m 153 ILE m 155 IA 1 THR I 180 ? GLU I 187 ? THR i 180 GLU i 187 IA 2 ILE I 208 ? TYR I 225 ? ILE i 208 TYR i 225 IB 1 GLN I 193 ? SER I 201 ? GLN i 193 SER i 201 IB 2 ILE I 208 ? TYR I 225 ? 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V CYS 73 ? x CYS 73 ? 1_555 109.6 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2014-10-08 2 'Structure model' 1 1 2014-10-15 3 'Structure model' 1 2 2014-11-19 4 'Structure model' 1 3 2017-08-02 5 'Structure model' 1 4 2019-10-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 5 'Structure model' 'Data collection' 5 5 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' em_image_scans 2 4 'Structure model' em_software 3 5 'Structure model' atom_sites 4 5 'Structure model' cell # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 2 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 3 4 'Structure model' '_em_software.name' 4 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 5 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 6 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 7 5 'Structure model' '_cell.length_a' 8 5 'Structure model' '_cell.length_b' 9 5 'Structure model' '_cell.length_c' # _pdbx_entry_details.entry_id 4V1A _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ;UNKNOWN (UNK): UNASSIGNED AMINO ACIDS BUILT AS UNK ZINC ION (ZN): ZN IONS COORDINATED BY ZINC FINGER PROTEINS CYS x70, CYS x73 AND CYS x108 FORM A MIXED ZINC FINGER TOGETHER WITH RESIDUE CYS J64 OF SPLIT ENTRY 4V19 ; _pdbx_entry_details.sequence_details ;UNASSIGNED SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS BUILT AS UNK RESIDUES OF v144-155 BUILT AS UNASSIGNED UNK RESIDUES OF u164-173 BUILT AS UNASSIGNED UNK RESIDUES OF f77-100 BUILT AS UNASSIGNED UNK GENBANK REFERENCE FOR CHAIN a AK237653.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN c XP_003132793.4 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN e AW787117.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN f AY609966.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN i AK232067.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN k AK391730.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN l NP_001231942.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN n EW306587.2 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN q XP_003123104.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN t AK347505.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN w AK236026.1 ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 4V1A _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 4V1A _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 141675 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'MAXIMUM LIKELIHOOD BASED REFINEMENT IMPLEMENTED IN RELION' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.4 _em_3d_reconstruction.resolution 3.4 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;FOR VISUALIZATION PURPOSES THE FINAL MAP WAS FILTERED AND AMPLITUDE CORRECTED IN RELION SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2787. (DEPOSITION ID: 12830). THE COMBINED COORDINATES (SPLIT ENTRIES 4V19 AND 4V1A) WERE REFINED IN RECIPROCAL SPACE USING PHENIX.REFINE AGAINST THE MLHL TARGET. FOR THIS, THE CRYO-EM MAPS (EMD-2787) WERE CONVERTED TO RECIPROCAL SPACE STRUCTURE FACTORS. ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.details '20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'SUS SCROFA 55S MITOCHONDRIAL RIBOSOME' _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details 'QUANTIFOIL HOLEY CARBON GRIDS WERE COATED WITH A THIN CARBON FILM' _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 4V1A _em_imaging.id 1 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2014-05-30 _em_imaging.temperature 85 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_magnification 59000 _em_imaging.calibrated_magnification 100000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details 'IMAGES WERE ACQUIRED IN 2 SESSIONS ON A FEI TITAN KRIOS IN MAY 2014' _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details CARBON _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 4V1A _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE-PROPANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'MIXTURE OF LIQUID ETHANE AND PROPANE' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 4V1A _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 4V1A _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NH1 a ARG 173 ? ? 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