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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 21 ? V N N 22 ? W N N 23 ? X N N 24 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 PDB 4V1A 1 ? ? 4V1A ? 2 UNP F1RW03_PIG 2 ? ? F1RW03 ? 3 PDB 4V1A 3 ? ? 4V1A ? 4 UNP F1RK59_PIG 4 ? ? F1RK59 ? 5 PDB 4V1A 5 ? ? 4V1A ? 6 PDB 4V1A 6 ? ? 4V1A ? 7 UNP F1S8U4_PIG 7 ? ? F1S8U4 ? 8 UNP F1SR64_PIG 8 ? ? F1SR64 ? 9 PDB 4V1A 9 ? ? 4V1A ? 10 UNP F1SRT0_PIG 10 ? ? F1SRT0 ? 11 PDB 4V1A 11 ? ? 4V1A ? 12 PDB 4V1A 12 ? ? 4V1A ? 13 UNP I3L9H6_PIG 13 ? ? I3L9H6 ? 14 PDB 4V1A 14 ? ? 4V1A ? 15 UNP F1S9B7_PIG 15 ? ? F1S9B7 ? 16 UNP F1SLH8_PIG 16 ? ? F1SLH8 ? 17 PDB 4V1A 17 ? ? 4V1A ? 18 PDB 4V1A 18 ? ? 4V1A ? 19 UNP W5IDC0_PIG 19 ? ? 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F1RRH6 1 ? 196 ? 1 196 27 26 4V1A z 1 ? 47 ? 4V1A 9 ? 211 ? 9 211 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 23-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 23 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 47 ? 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THR b 73 PHE b 78 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 16 SER B 98 ? ALA B 115 ? SER b 98 ALA b 115 1 ? 18 HELX_P HELX_P17 17 ASN B 116 ? LEU B 125 ? ASN b 116 LEU b 125 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 18 PRO B 131 ? THR B 142 ? PRO b 131 THR b 142 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 19 CYS B 143 ? CYS B 155 ? CYS b 143 CYS b 155 1 ? 13 HELX_P HELX_P20 20 THR B 196 ? GLN B 200 ? THR b 196 GLN b 200 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 21 HIS B 299 ? GLN B 308 ? HIS b 299 GLN b 308 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 22 SER B 326 ? LEU B 334 ? SER b 326 LEU b 334 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 23 PRO B 362 ? TYR B 369 ? PRO b 362 TYR b 369 5 ? 8 HELX_P HELX_P24 24 SER C 33 ? SER C 54 ? SER c 33 SER c 54 1 ? 22 HELX_P HELX_P25 25 THR C 84 ? MET C 90 ? THR c 84 MET c 90 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 26 SER C 93 ? SER C 100 ? SER c 93 SER c 100 1 ? 8 HELX_P HELX_P27 27 PRO C 132 ? ARG C 153 ? PRO c 132 ARG c 153 1 ? 22 HELX_P HELX_P28 28 LYS C 184 ? ASP C 187 ? LYS c 184 ASP c 187 5 ? 4 HELX_P HELX_P29 29 THR C 192 ? LYS C 209 ? THR c 192 LYS c 209 1 ? 18 HELX_P HELX_P30 30 ALA C 220 ? GLN C 228 ? ALA c 220 GLN c 228 1 ? 9 HELX_P HELX_P31 31 ASN C 230 ? ASN C 244 ? ASN c 230 ASN c 244 1 ? 15 HELX_P HELX_P32 32 HIS C 305 ? SER C 316 ? HIS c 305 SER c 316 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 33 PRO D 91 ? LEU D 95 ? PRO d 91 LEU d 95 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 LEU D 95 ? GLN D 100 ? LEU d 95 GLN d 100 5 ? 6 HELX_P HELX_P35 35 PRO D 107 ? SER D 154 ? PRO d 107 SER d 154 1 ? 48 HELX_P HELX_P36 36 PRO D 155 ? ALA D 161 ? PRO d 155 ALA d 161 1 ? 7 HELX_P HELX_P37 37 ASP D 165 ? PHE D 169 ? ASP d 165 PHE d 169 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 38 LYS E 52 ? ILE E 55 ? LYS e 52 ILE e 55 5 ? 4 HELX_P HELX_P39 39 THR E 85 ? THR E 93 ? THR e 85 THR e 93 1 ? 9 HELX_P HELX_P40 40 THR E 93 ? ALA E 104 ? THR e 93 ALA e 104 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 41 LEU E 112 ? GLY E 116 ? LEU e 112 GLY e 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 42 PRO F 68 ? THR F 72 ? PRO f 68 THR f 72 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 43 UNK F 88 ? UNK F 95 ? UNK f 88 UNK f 95 1 ? 8 HELX_P HELX_P44 44 GLU F 104 ? PHE F 116 ? GLU f 104 PHE f 116 1 ? 13 HELX_P HELX_P45 45 GLY F 127 ? ARG F 133 ? GLY f 127 ARG f 133 1 ? 7 HELX_P HELX_P46 46 SER G 13 ? ASN G 17 ? SER g 13 ASN g 17 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 47 ALA G 37 ? SER G 39 ? ALA g 37 SER g 39 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 48 SER G 40 ? ARG G 49 ? SER g 40 ARG g 49 1 ? 10 HELX_P HELX_P49 49 ARG G 49 ? ASN G 58 ? ARG g 49 ASN g 58 1 ? 10 HELX_P HELX_P50 50 SER G 93 ? ASP G 106 ? SER g 93 ASP g 106 1 ? 14 HELX_P HELX_P51 51 THR G 139 ? LEU G 143 ? THR g 139 LEU g 143 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 52 GLY H 34 ? CYS H 53 ? GLY h 34 CYS h 53 1 ? 20 HELX_P HELX_P53 53 ASP H 67 ? LEU H 79 ? ASP h 67 LEU h 79 1 ? 13 HELX_P HELX_P54 54 SER H 84 ? PHE H 92 ? SER h 84 PHE h 92 1 ? 9 HELX_P HELX_P55 55 ASN H 94 ? LEU H 108 ? ASN h 94 LEU h 108 1 ? 15 HELX_P HELX_P56 56 LYS H 112 ? ASN H 118 ? LYS h 112 ASN h 118 1 ? 7 HELX_P HELX_P57 57 ASN H 122 ? PHE H 145 ? ASN h 122 PHE h 145 1 ? 24 HELX_P HELX_P58 58 PRO H 149 ? 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ASN i 167 ARG i 177 1 ? 11 HELX_P HELX_P73 73 THR J 64 ? ARG J 81 ? THR j 64 ARG j 81 1 ? 18 HELX_P HELX_P74 74 SER J 85 ? ASP J 104 ? SER j 85 ASP j 104 1 ? 20 HELX_P HELX_P75 75 LEU J 116 ? HIS J 130 ? LEU j 116 HIS j 130 1 ? 15 HELX_P HELX_P76 76 THR J 183 ? GLU J 197 ? THR j 183 GLU j 197 1 ? 15 HELX_P HELX_P77 77 SER J 256 ? LEU J 264 ? SER j 256 LEU j 264 1 ? 9 HELX_P HELX_P78 78 PRO J 266 ? GLN J 271 ? PRO j 266 GLN j 271 1 ? 6 HELX_P HELX_P79 79 ASP K 99 ? LEU K 117 ? ASP k 99 LEU k 117 1 ? 19 HELX_P HELX_P80 80 SER K 163 ? ASN K 177 ? SER k 163 ASN k 177 1 ? 15 HELX_P HELX_P81 81 VAL L 42 ? GLU L 44 ? VAL l 42 GLU l 44 5 ? 3 HELX_P HELX_P82 82 TYR L 45 ? ARG L 50 ? TYR l 45 ARG l 50 1 ? 6 HELX_P HELX_P83 83 ASP L 116 ? GLY L 133 ? ASP l 116 GLY l 133 1 ? 18 HELX_P HELX_P84 84 PHE L 153 ? LYS L 164 ? PHE l 153 LYS l 164 1 ? 12 HELX_P HELX_P85 85 ASP M 66 ? GLY M 80 ? ASP m 66 GLY m 80 1 ? 15 HELX_P HELX_P86 86 ASP M 94 ? LEU M 109 ? 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ZN ? ? x CYS 108 x ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 SG ? 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(DEPOSITION ID: 12830). THE COMBINED COORDINATES (SPLIT ENTRIES 4V19 AND 4V1A) WERE REFINED IN RECIPROCAL SPACE USING PHENIX.REFINE AGAINST THE MLHL TARGET. FOR THIS, THE CRYO-EM MAPS (EMD-2787) WERE CONVERTED TO RECIPROCAL SPACE STRUCTURE FACTORS. ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.details '20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'SUS SCROFA 55S MITOCHONDRIAL RIBOSOME' _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details 'QUANTIFOIL HOLEY CARBON GRIDS WERE COATED WITH A THIN CARBON FILM' _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 4V1A _em_imaging.id 1 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2014-05-30 _em_imaging.temperature 85 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_magnification 59000 _em_imaging.calibrated_magnification 100000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details 'IMAGES WERE ACQUIRED IN 2 SESSIONS ON A FEI TITAN KRIOS IN MAY 2014' _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details CARBON _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 4V1A _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE-PROPANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'MIXTURE OF LIQUID ETHANE AND PROPANE' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 4V1A _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 4V1A _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 a MET 1 ? 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