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_citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 25654333 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1371/JOURNAL.PBIO.1002049 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lukoyanova, N.' 1 ? primary 'Kondos, S.C.' 2 ? primary 'Farabella, I.' 3 ? primary 'Law, R.H.P.' 4 ? primary 'Reboul, C.F.' 5 ? primary 'Caradoc-Davies, T.T.' 6 ? primary 'Spicer, B.A.' 7 ? primary 'Kleifeld, O.' 8 ? primary 'Traore, D.A.K.' 9 ? primary 'Ekkel, S.M.' 10 ? primary 'Voskoboinik, I.' 11 ? primary 'Trapani, J.A.' 12 ? primary 'Hatfaludi, T.' 13 ? primary 'Oliver, K.' 14 ? primary 'Hotze, E.M.' 15 ? primary 'Tweten, R.K.' 16 ? primary 'Whisstock, J.C.' 17 ? primary 'Topf, M.' 18 ? primary 'Saibil, H.R.' 19 ? primary 'Dunstone, M.A.' 20 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation 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(DEPOSITION ID: 12858).' _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '50 MM NACL, 20 MM HEPES' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.details '50 MM NACL, 20 MM HEPES' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'PLEUROTOLYSIN PREPORE ON LIPOSOMES (TMH2 HELIX LOCK) TRAPPED WITH ENGINEERED DISULPHIDE' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 4V3M _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 154 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 4V3M _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI POLARA 300' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2013-01-30 _em_imaging.temperature 94 _em_imaging.nominal_defocus_min 700 _em_imaging.nominal_defocus_max 3700 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.3 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 59000 _em_imaging.calibrated_magnification 76148 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 4V3M _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details ;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 80,INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- PLEUROTOLYSIN A WAS FIRST ADDED TO SPHINGOMYELIN-CHOLESTEROL LIPOSOMES AT A MOLAR RATIO OF 1 TO 2000 ROTEIN TO LIPID IN THE ABOVE BUFFER. AFTER 5 MIN INCUBATION AT ROOM TEMPERATURE,PLEUROTOLYSIN B WAS ADDED TO THE MIXTURE AT A MOLAR RATIO OF 1 TO 2 TO PLEUROTOLYSIN A. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 40 C OR ROOM TEMPERATURE FOR 30 MIN AFTER WHICH 3.5 UL WERE PLACED ON NEGATIVELY GLOW DISCHARGED LACEY GRIDS AND VITRIFIED IN LIQUID ETHANE USING A VITROBOT. BLOTTING WAS CARRIED OUT AT 36 C AND 80 PERCENT HUMIDITY. ; _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 4V3M _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 4V3M _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C13 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 C MET -47 ? C MET 1 2 1 Y 1 C GLU -46 ? C GLU 2 3 1 Y 1 C ALA -45 ? C ALA 3 4 1 Y 1 C VAL -44 ? C VAL 4 5 1 Y 1 C LEU -43 ? C LEU 5 6 1 Y 1 C SER -42 ? C SER 6 7 1 Y 1 C ARG -41 ? C ARG 7 8 1 Y 1 C GLN -40 ? C GLN 8 9 1 Y 1 C ALA -39 ? C ALA 9 10 1 Y 1 C ALA -38 ? C ALA 10 11 1 Y 1 C THR -37 ? C THR 11 12 1 Y 1 C ALA -36 ? C ALA 12 13 1 Y 1 C GLU -35 ? C GLU 13 14 1 Y 1 C ALA -34 ? C ALA 14 15 1 Y 1 C ILE -33 ? C ILE 15 16 1 Y 1 C GLY -32 ? C GLY 16 17 1 Y 1 C ARG -31 ? C ARG 17 18 1 Y 1 C PHE -30 ? C PHE 18 19 1 Y 1 C GLN -29 ? C GLN 19 20 1 Y 1 C ASP -28 ? C ASP 20 21 1 Y 1 C SER -27 ? C SER 21 22 1 Y 1 C SER -26 ? C SER 22 23 1 Y 1 C THR -25 ? C THR 23 24 1 Y 1 C SER -24 ? C SER 24 25 1 Y 1 C VAL -23 ? C VAL 25 26 1 Y 1 C GLY -22 ? C GLY 26 27 1 Y 1 C LEU -21 ? C LEU 27 28 1 Y 1 C VAL -20 ? C VAL 28 29 1 Y 1 C ALA -19 ? C ALA 29 30 1 Y 1 C GLY -18 ? C GLY 30 31 1 Y 1 C SER -17 ? C SER 31 32 1 Y 1 C PRO -16 ? C PRO 32 33 1 Y 1 C SER -15 ? C SER 33 34 1 Y 1 C THR -14 ? C THR 34 35 1 Y 1 C ARG -13 ? C ARG 35 36 1 Y 1 C ILE -12 ? C ILE 36 37 1 Y 1 C ARG -11 ? C ARG 37 38 1 Y 1 C ARG -10 ? C ARG 38 39 1 Y 1 C GLN -9 ? C GLN 39 40 1 Y 1 C ALA -8 ? C ALA 40 41 1 Y 1 C ASP -7 ? C ASP 41 42 1 Y 1 C ASN -6 ? C ASN 42 43 1 Y 1 C VAL -5 ? C VAL 43 44 1 Y 1 C VAL -4 ? C VAL 44 45 1 Y 1 C LEU -3 ? C LEU 45 46 1 Y 1 C LYS -2 ? C LYS 46 47 1 Y 1 C SER -1 ? C SER 47 48 1 Y 1 C THR 0 ? C THR 48 49 1 Y 1 C GLU 67 ? C GLU 115 50 1 Y 1 C ALA 68 ? C ALA 116 51 1 Y 1 C GLU 69 ? C GLU 117 52 1 Y 1 C PHE 70 ? C PHE 118 53 1 Y 1 C THR 71 ? C THR 119 54 1 Y 1 C GLU 72 ? C GLU 120 55 1 Y 1 C THR 73 ? C THR 121 56 1 Y 1 C LEU 74 ? C LEU 122 57 1 Y 1 C MET 75 ? C MET 123 58 1 Y 1 C GLU 76 ? C GLU 124 59 1 Y 1 C SER 77 ? C SER 125 60 1 Y 1 C ASN 78 ? C ASN 126 61 1 Y 1 C TYR 79 ? C TYR 127 62 1 Y 1 C ASN 80 ? C ASN 128 63 1 Y 1 C SER 81 ? C SER 129 64 1 Y 1 C ALA 82 ? C ALA 130 65 1 Y 1 C SER 83 ? C SER 131 66 1 Y 1 C VAL 84 ? C VAL 132 67 1 Y 1 C LYS 85 ? C LYS 133 68 1 Y 1 C VAL 86 ? C VAL 134 69 1 Y 1 C SER 87 ? C SER 135 70 1 Y 1 C ALA 88 ? C ALA 136 71 1 Y 1 C PRO 89 ? C PRO 137 72 1 Y 1 C PHE 90 ? C PHE 138 73 1 Y 1 C ILE 91 ? C ILE 139 74 1 Y 1 C THR 92 ? C THR 140 75 1 Y 1 C ALA 93 ? C ALA 141 76 1 Y 1 C ASN 94 ? C ASN 142 77 1 Y 1 C SER 95 ? C SER 143 78 1 Y 1 C GLU 96 ? C GLU 144 79 1 Y 1 C TYR 97 ? C TYR 145 80 1 Y 1 C SER 98 ? C SER 146 81 1 Y 1 C GLU 99 ? C GLU 147 82 1 Y 1 C SER 100 ? C SER 148 83 1 Y 1 C SER 101 ? C SER 149 84 1 Y 1 C SER 102 ? C SER 150 85 1 Y 1 C PHE 103 ? C PHE 151 86 1 Y 1 C LYS 104 ? C LYS 152 87 1 Y 1 C ASN 105 ? C ASN 153 88 1 Y 1 C THR 106 ? C THR 154 89 1 Y 1 C GLU 107 ? C GLU 155 90 1 Y 1 C THR 108 ? C THR 156 91 1 Y 1 C GLU 109 ? C GLU 157 92 1 Y 1 C ARG 195 ? C ARG 243 93 1 Y 1 C SER 196 ? C SER 244 94 1 Y 1 C GLU 197 ? C GLU 245 95 1 Y 1 C ASN 198 ? C ASN 246 96 1 Y 1 C GLU 199 ? C GLU 247 97 1 Y 1 C THR 200 ? C THR 248 98 1 Y 1 C GLU 201 ? C GLU 249 99 1 Y 1 C VAL 202 ? C VAL 250 100 1 Y 1 C LYS 203 ? C LYS 251 101 1 Y 1 C GLN 204 ? C GLN 252 102 1 Y 1 C ASP 205 ? C ASP 253 103 1 Y 1 C VAL 206 ? C VAL 254 104 1 Y 1 C LYS 207 ? C LYS 255 105 1 Y 1 C ALA 208 ? C ALA 256 106 1 Y 1 C GLY 209 ? C GLY 257 107 1 Y 1 C LEU 210 ? C LEU 258 108 1 Y 1 C GLU 211 ? C GLU 259 109 1 Y 1 C GLY 212 ? C GLY 260 110 1 Y 1 C ALA 213 ? C ALA 261 111 1 Y 1 C VAL 214 ? C VAL 262 112 1 Y 1 C LYS 215 ? C LYS 263 113 1 Y 1 C GLY 216 ? C GLY 264 114 1 Y 1 C TRP 217 ? C TRP 265 115 1 Y 1 C GLY 218 ? C GLY 266 116 1 Y 1 C GLY 219 ? C GLY 267 117 1 Y 1 C GLY 220 ? C GLY 268 118 1 Y 1 C ALA 221 ? C ALA 269 119 1 Y 1 C THR 222 ? C THR 270 120 1 Y 1 C ALA 223 ? C ALA 271 121 1 Y 1 C GLY 224 ? C GLY 272 122 1 Y 1 C HIS 225 ? C HIS 273 123 1 Y 1 C GLY 226 ? C GLY 274 124 1 Y 1 C ASN 227 ? C ASN 275 125 1 Y 1 C THR 228 ? C THR 276 126 1 Y 1 C GLN 229 ? C GLN 277 127 1 Y 1 C GLY 230 ? C GLY 278 128 1 Y 1 C THR 231 ? C THR 279 129 1 Y 1 C ILE 232 ? C ILE 280 130 1 Y 1 C THR 233 ? C THR 281 131 1 Y 1 C THR 234 ? C THR 282 132 1 Y 1 C SER 235 ? C SER 283 133 1 Y 1 C GLN 236 ? C GLN 284 134 1 Y 1 C ASN 237 ? C ASN 285 135 1 Y 1 C ARG 238 ? C ARG 286 136 2 Y 1 C MET -47 ? C MET 1 137 2 Y 1 C GLU -46 ? C GLU 2 138 2 Y 1 C ALA -45 ? C ALA 3 139 2 Y 1 C VAL -44 ? C VAL 4 140 2 Y 1 C LEU -43 ? C LEU 5 141 2 Y 1 C SER -42 ? C SER 6 142 2 Y 1 C ARG -41 ? C ARG 7 143 2 Y 1 C GLN -40 ? C GLN 8 144 2 Y 1 C ALA -39 ? C ALA 9 145 2 Y 1 C ALA -38 ? C ALA 10 146 2 Y 1 C THR -37 ? C THR 11 147 2 Y 1 C ALA -36 ? C ALA 12 148 2 Y 1 C GLU -35 ? C GLU 13 149 2 Y 1 C ALA -34 ? C ALA 14 150 2 Y 1 C ILE -33 ? C ILE 15 151 2 Y 1 C GLY -32 ? C GLY 16 152 2 Y 1 C ARG -31 ? C ARG 17 153 2 Y 1 C PHE -30 ? C PHE 18 154 2 Y 1 C GLN -29 ? C GLN 19 155 2 Y 1 C ASP -28 ? C ASP 20 156 2 Y 1 C SER -27 ? C SER 21 157 2 Y 1 C SER -26 ? C SER 22 158 2 Y 1 C THR -25 ? C THR 23 159 2 Y 1 C SER -24 ? C SER 24 160 2 Y 1 C VAL -23 ? C VAL 25 161 2 Y 1 C GLY -22 ? C GLY 26 162 2 Y 1 C LEU -21 ? 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