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_citation.book_publisher _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'Study of the structural dynamics of the E. coli 70S ribosome using real space refinement' 'Cell(Cambridge,Mass.)' 113 789 801 2003 CELLB5 US 0092-8674 0998 ? 12809609 '10.1016/S0092-8674(03)00427-6' 1 'Solution structure of the E. coli 70S ribosome at 11.5 A resolution' 'Cell(Cambridge,Mass.)' 100 537 549 2000 CELLB5 US 0092-8674 0998 ? ? ? 2 'A ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation' Nature 406 318 322 2000 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Gao, H.' 1 ? primary 'Sengupta, J.' 2 ? primary 'Valle, M.' 3 ? primary 'Korostelev, A.' 4 ? primary 'Eswar, N.' 5 ? primary 'Stagg, S.M.' 6 ? primary 'Van Roey, P.' 7 ? primary 'Agrawal, R.K.' 8 ? primary 'Harvey, S.T.' 9 ? primary 'Sali, A.' 10 ? primary 'Chapman, M.S.' 11 ? primary 'Frank, J.' 12 ? 1 'Gabashvili, I.S.' 13 ? 1 'Agrawal, R.K.' 14 ? 1 'Spahn, C.M.T.' 15 ? 1 'Grassucci, R.' 16 ? 1 'Svergun, D.I.' 17 ? 1 'Frank, J.' 18 ? 1 'Penczek, P.' 19 ? 2 'Frank, J.' 20 ? 2 'Agrawal, R.K.' 21 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat '23S ribosomal RNA' 941612.375 1 ? ? ? ? 2 polymer nat '5S ribosomal RNA' 38790.090 1 ? ? ? ? 3 polymer nat tRNA-PHE 24518.570 1 ? ? ? ? 4 polymer nat '50S ribosomal protein L2' 29792.424 1 ? ? ? ? 5 polymer nat '50S ribosomal protein L3' 22277.535 1 ? ? ? ? 6 polymer nat '50S ribosomal protein L4' 22121.566 1 ? ? ? ? 7 polymer nat '50S ribosomal protein L5' 20202.416 1 ? ? ? ? 8 polymer nat '50S ribosomal protein L6' 18801.598 1 ? ? ? ? 9 polymer nat '50S ribosomal protein L9' 15789.020 1 ? ? ? ? 10 polymer nat '50S ribosomal protein L11' 14763.165 1 ? ? 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;MIGLVGKKVGMTRIFTEDGVSIPVTVIEVEANRVTQVKDLANDGYRAIQVTTGAKKANRVTKPEAGHFAKAGVEAGRGLW EFRLAEGEEFTVGQSISVELFADVKKVDVTGTSKGKGFAGTVKRWNFRTQDATHGNSLSHRVPGSIGQNQTPGKVFKGKK MAGQMGNERVTVQSLDVVRVDAERNLLLVKGAVPGATGSDLIVKPAVKA ; AB ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MELVLKDAQSALTVSETTFGRDFNEALVHQVVVAYAAGARQGTRAQKTRAEVTGSGKKPWRQKGTGRARSGSIKSPIWRS GGVTFAARPQDHSQKVNKKMYRGALKSILSELVRQDRLIVVEKFSVEAPKTKLLAQKLKDMALEDVLIITGELDENLFLA ARNLHKVDVRDATGIDPVSLIAFDKVVMTADAVKQVEEMLA ; ;MELVLKDAQSALTVSETTFGRDFNEALVHQVVVAYAAGARQGTRAQKTRAEVTGSGKKPWRQKGTGRARSGSIKSPIWRS GGVTFAARPQDHSQKVNKKMYRGALKSILSELVRQDRLIVVEKFSVEAPKTKLLAQKLKDMALEDVLIITGELDENLFLA ARNLHKVDVRDATGIDPVSLIAFDKVVMTADAVKQVEEMLA ; AC ? 7 'polypeptide(L)' no no ;AKLHDYYKDEVVKKLMTEFNYNSVMQVPRVEKITLNMGVGEAIADKKLLDNAAADLAAISGQKPLITKARKSVAGFKIRQ GYPIGCKVTLRGERMWEFFERLITIAVPRIRDFRGLSAKSFDGRGNYSMGVREQIIFPEIDYDKVDRVRGLDITITTTAK SDEEGRALLAAFDFPFRK ; ;AKLHDYYKDEVVKKLMTEFNYNSVMQVPRVEKITLNMGVGEAIADKKLLDNAAADLAAISGQKPLITKARKSVAGFKIRQ GYPIGCKVTLRGERMWEFFERLITIAVPRIRDFRGLSAKSFDGRGNYSMGVREQIIFPEIDYDKVDRVRGLDITITTTAK SDEEGRALLAAFDFPFRK ; AD ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SRVAKAPVVVPAGVDVKINGQVITIKGKNGELTRTLNDAVEVKHADNTLTFGPRDGYADGWAQAGTARALLNSMVIGVTE GFTKKLQLVGVGYRAAVKGNVINLSLGFSHPVDHQLPAGITAECPTQTEIVLKGADKQVIGQVAADLRAYRRPEPYKGKG VRYADEVVRTKEAKKK ; ;SRVAKAPVVVPAGVDVKINGQVITIKGKNGELTRTLNDAVEVKHADNTLTFGPRDGYADGWAQAGTARALLNSMVIGVTE GFTKKLQLVGVGYRAAVKGNVINLSLGFSHPVDHQLPAGITAECPTQTEIVLKGADKQVIGQVAADLRAYRRPEPYKGKG VRYADEVVRTKEAKKK ; AE ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MQVILLDKVANLGSLGDQVNVKAGYARNFLVPQGKAVPATKKNIEFFEARRAELEAKLAEVLAAANARAEKINALETVTI ASKAGDEGKLFGSIGTRDIADAVTAAGVEVAKSEVRLPNGVLRTTGEHEVSFQVHSEVFAKVIVNVVAE ; ;MQVILLDKVANLGSLGDQVNVKAGYARNFLVPQGKAVPATKKNIEFFEARRAELEAKLAEVLAAANARAEKINALETVTI ASKAGDEGKLFGSIGTRDIADAVTAAGVEVAKSEVRLPNGVLRTTGEHEVSFQVHSEVFAKVIVNVVAE ; AF ? 10 'polypeptide(L)' no no ;AKKVQAYVKLQVAAGMANPSPPVGPALGQQGVNIMEFCKAFNAKTDSIEKGLPIPVVITVYADRSFTFVTKTPPAAVLLK 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;MIREERLLKVLRAPHVSEKASTAMEKSNTIVLKVAKDATKAEIKAAVQKLFEVEVEVVNTLVVKGKVKRHGQRIGRRSDW KKAYVTLKEGQNLDFVGGAE ; AR ? 21 'polypeptide(L)' no no ;AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKAD RVGFRFEDGKKVRFFKSNSETIK ; ;AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKAD RVGFRFEDGKKVRFFKSNSETIK ; AS ? 22 'polypeptide(L)' no no ;MFTINAEVRKEQGKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAPLAIELDHDKVMNMQAKAEFYSEVLTIVVDGKEIKVKAQDVQRH PYKPKLQHIDFVRA ; ;MFTINAEVRKEQGKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAPLAIELDHDKVMNMQAKAEFYSEVLTIVVDGKEIKVKAQDVQRH PYKPKLQHIDFVRA ; AT ? 23 'polypeptide(L)' no no ;AHKKAGGSTRNGRDSEAKRLGVKRFGGESVLAGSIIVRQRGTKFHAGANVGCGRDHTLFAKADGKVKFEVKGPKNRKFIS IEAE ; ;AHKKAGGSTRNGRDSEAKRLGVKRFGGESVLAGSIIVRQRGTKFHAGANVGCGRDHTLFAKADGKVKFEVKGPKNRKFIS IEAE ; AU ? 24 'polypeptide(L)' no no MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEKAGA MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEKAGA AW ? 25 'polypeptide(L)' no no AKTIKITQTRSAIGRLPKHKATLLGLGLRRIGHTVEREDTPAIRGMINAVSFMVKVEE AKTIKITQTRSAIGRLPKHKATLLGLGLRRIGHTVEREDTPAIRGMINAVSFMVKVEE AX ? 26 'polypeptide(L)' no no AVQQNKPTRSKRGMRRSHDALTAVTSLSVDKTSGEKHLRHHITADGYYRGRKVIAK AVQQNKPTRSKRGMRRSHDALTAVTSLSVDKTSGEKHLRHHITADGYYRGRKVIAK AZ ? 27 'polypeptide(L)' no no AKGIREKIKLVSSAGTGHFYTTTKNKRTKPEKLELKKFDPVVRQHVIYKEAKIK AKGIREKIKLVSSAGTGHFYTTTKNKRTKPEKLELKKFDPVVRQHVIYKEAKIK A1 ? 28 'polypeptide(L)' no no MKVRASVKKLCRNCKIVKRDGVIRVICSAEPKHKQRQG MKVRASVKKLCRNCKIVKRDGVIRVICSAEPKHKQRQG A4 ? 29 polyribonucleotide no no ;AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGA AGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGA AACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUG GGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGA ACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGC 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;ARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRLM DLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; ;ARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRLM DLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; BM ? 42 'polypeptide(L)' no no ;AKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLSR IKVREAAMRGEIPGLKKASW ; ;AKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLSR IKVREAAMRGEIPGLKKASW ; BN ? 43 'polypeptide(L)' no no ;SLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQL IERLGLRR ; ;SLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQL IERLGLRR ; BO ? 44 'polypeptide(L)' no no ;MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNK AA ; ;MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNK AA ; BP ? 45 'polypeptide(L)' no no ;TDKIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVEK AVL ; ;TDKIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVEK AVL ; BQ ? 46 'polypeptide(L)' no no ARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ ARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ BR ? 47 'polypeptide(L)' no no ;PRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTYR GHAADKKAKKK ; ;PRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTYR GHAADKKAKKK ; BS ? 48 'polypeptide(L)' no no ;ANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLTA QINKLA ; ;ANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLTA QINKLA ; BT ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 G n 1 3 U n 1 4 U n 1 5 A n 1 6 A n 1 7 G n 1 8 C n 1 9 G n 1 10 A n 1 11 C n 1 12 U n 1 13 A n 1 14 A n 1 15 G n 1 16 C n 1 17 G n 1 18 U n 1 19 A n 1 20 C n 1 21 A n 1 22 C n 1 23 G n 1 24 G n 1 25 U n 1 26 G n 1 27 G n 1 28 A n 1 29 U n 1 30 G n 1 31 C n 1 32 C n 1 33 C n 1 34 U n 1 35 G n 1 36 G n 1 37 C n 1 38 A n 1 39 G n 1 40 U n 1 41 C n 1 42 A n 1 43 G n 1 44 A n 1 45 G n 1 46 G n 1 47 C n 1 48 G n 1 49 A n 1 50 U n 1 51 G n 1 52 A n 1 53 A n 1 54 G n 1 55 G n 1 56 A n 1 57 C n 1 58 G n 1 59 U n 1 60 G n 1 61 C n 1 62 U n 1 63 A n 1 64 A n 1 65 U n 1 66 C n 1 67 U n 1 68 G n 1 69 C n 1 70 G n 1 71 A n 1 72 U n 1 73 A n 1 74 A n 1 75 G n 1 76 C n 1 77 G n 1 78 U n 1 79 C n 1 80 G n 1 81 G n 1 82 U n 1 83 A n 1 84 A n 1 85 G n 1 86 G n 1 87 U n 1 88 G n 1 89 A n 1 90 U n 1 91 A n 1 92 U n 1 93 G n 1 94 A n 1 95 A n 1 96 C n 1 97 C n 1 98 G n 1 99 U n 1 100 U n 1 101 A n 1 102 U n 1 103 A n 1 104 A n 1 105 C n 1 106 C n 1 107 G n 1 108 G n 1 109 C n 1 110 G n 1 111 A n 1 112 U n 1 113 U n 1 114 U n 1 115 C n 1 116 C n 1 117 G n 1 118 A n 1 119 A n 1 120 U n 1 121 G 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n 1 222 A n 1 223 A n 1 224 U n 1 225 C n 1 226 A n 1 227 A n 1 228 C n 1 229 C n 1 230 G n 1 231 A n 1 232 G n 1 233 A n 1 234 U n 1 235 U n 1 236 C n 1 237 C n 1 238 C n 1 239 C n 1 240 C n 1 241 A n 1 242 G n 1 243 U n 1 244 A n 1 245 G n 1 246 C n 1 247 G n 1 248 G n 1 249 C n 1 250 G n 1 251 A n 1 252 G n 1 253 C n 1 254 G n 1 255 A n 1 256 A n 1 257 C n 1 258 G n 1 259 G n 1 260 G n 1 261 G n 1 262 A n 1 263 G n 1 264 C n 1 265 A n 1 266 G n 1 267 C n 1 268 C n 1 269 C n 1 270 A n 1 271 G n 1 272 A n 1 273 G n 1 274 C n 1 275 C n 1 276 U n 1 277 G n 1 278 A n 1 279 A n 1 280 U n 1 281 C n 1 282 A n 1 283 G n 1 284 U n 1 285 G n 1 286 U n 1 287 G n 1 288 U n 1 289 G n 1 290 U n 1 291 G n 1 292 U n 1 293 U n 1 294 A n 1 295 G n 1 296 U n 1 297 G n 1 298 G n 1 299 A n 1 300 A n 1 301 G n 1 302 C n 1 303 G n 1 304 U n 1 305 C n 1 306 U n 1 307 G n 1 308 G n 1 309 A n 1 310 A n 1 311 A n 1 312 G n 1 313 G n 1 314 C n 1 315 G n 1 316 C n 1 317 G n 1 318 C n 1 319 G n 1 320 A n 1 321 U 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2 EMBL X00414 42753 2 ;UGCCUGGCGGCCGUAGCGCGGUGGUCCCACCUGACCCCAUGCCGAACUCAGAAGUGAAACGCCGUAGCGCCGAUGGUAGU GUGGGGUCUCCCCAUGCGAGAGUAGGGAACUGCCAGGCAU ; 1 ? 3 UNP RL2_ECOLI P60422 4 ;AVVKCKPTSPGRRHVVKVVNPELHKGKPFAPLLEKNSKSGGRNNNGRITTRHIGGGHKQAYRIVDFKRNKDGIPAVVERL EYDPNRSANIALVLYKDGERRYILAPKGLKAGDQIQSGVDAAIKPGNTLPMRNIPVGSTVHNVEMKPGKGGQLARSAGTY VQIVARDGAYVTLRLRSGEMRKVEADCRATLGEVGNAEHMLRVLGKAGAARWRGVRPTVRGTAMNPVDHPHGGGEGRNFG KHPVTPWGVQTKGKKTRSNKRTDKFIVRRRSK ; 1 ? 4 UNP RL3_ECOLI P60438 5 ;MIGLVGKKVGMTRIFTEDGVSIPVTVIEVEANRVTQVKDLANDGYRAIQVTTGAKKANRVTKPEAGHFAKAGVEAGRGLW EFRLAEGEEFTVGQSISVELFADVKKVDVTGTSKGKGFAGTVKRWNFRTQDATHGNSLSHRVPGSIGQNQTPGKVFKGKK MAGQMGNERVTVQSLDVVRVDAERNLLLVKGAVPGATGSDLIVKPAVKA ; 1 ? 5 UNP RL4_ECOLI P60723 6 ;MELVLKDAQSALTVSETTFGRDFNEALVHQVVVAYAAGARQGTRAQKTRAEVTGSGKKPWRQKGTGRARSGSIKSPIWRS GGVTFAARPQDHSQKVNKKMYRGALKSILSELVRQDRLIVVEKFSVEAPKTKLLAQKLKDMALEDVLIITGELDENLFLA ARNLHKVDVRDATGIDPVSLIAFDKVVMTADAVKQVEEMLA ; 1 ? 6 UNP RL5_ECOLI P62399 7 ;AKLHDYYKDEVVKKLMTEFNYNSVMQVPRVEKITLNMGVGEAIADKKLLDNAAADLAAISGQKPLITKARKSVAGFKIRQ GYPIGCKVTLRGERMWEFFERLITIAVPRIRDFRGLSAKSFDGRGNYSMGVREQIIFPEIDYDKVDRVRGLDITITTTAK SDEEGRALLAAFDFPFRK ; 1 ? 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