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_refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI 0.447 _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _refine_analyze.entry_id 4ZDI _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free ? _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.810 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free_details ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs_details ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.RG_d_res_high ? _refine_analyze.RG_d_res_low ? _refine_analyze.RG_free ? _refine_analyze.RG_work ? _refine_analyze.RG_free_work_ratio ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id 1 _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 30929 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 8 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 30937 _refine_hist.d_res_high 3.52 _refine_hist.d_res_low 49.21 # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'X-RAY DIFFRACTION' ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 35111 ? t_ideal_dist_contact 4.00 SEMIHARMONIC # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.d_res_high 3.52 _refine_ls_shell.d_res_low 3.61 _refine_ls_shell.number_reflns_all 6285 _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 323 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 5962 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 98.62 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 5.14 _refine_ls_shell.R_factor_all 0.2520 _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.2577 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.2516 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # _struct.entry_id 4ZDI _struct.title 'Crystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG (apo form)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 4ZDI _struct_keywords.text 'CTP synthase, PyrG, amidotransferase, ligase' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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P9WHK7 1 ? 586 ? 1 586 2 1 4ZDI B 2 ? 587 ? P9WHK7 1 ? 586 ? 1 586 3 1 4ZDI C 2 ? 587 ? P9WHK7 1 ? 586 ? 1 586 4 1 4ZDI D 2 ? 587 ? P9WHK7 1 ? 586 ? 1 586 5 1 4ZDI E 2 ? 587 ? P9WHK7 1 ? 586 ? 1 586 6 1 4ZDI F 2 ? 587 ? P9WHK7 1 ? 586 ? 1 586 7 1 4ZDI G 2 ? 587 ? P9WHK7 1 ? 586 ? 1 586 8 1 4ZDI H 2 ? 587 ? P9WHK7 1 ? 586 ? 1 586 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 4ZDI GLY A 1 ? UNP P9WHK7 ? ? 'expression tag' 0 1 2 4ZDI GLY B 1 ? UNP P9WHK7 ? ? 'expression tag' 0 2 3 4ZDI GLY C 1 ? UNP P9WHK7 ? ? 'expression tag' 0 3 4 4ZDI GLY D 1 ? UNP P9WHK7 ? ? 'expression tag' 0 4 5 4ZDI GLY E 1 ? UNP P9WHK7 ? ? 'expression tag' 0 5 6 4ZDI GLY F 1 ? UNP P9WHK7 ? ? 'expression tag' 0 6 7 4ZDI GLY G 1 ? UNP P9WHK7 ? ? 'expression tag' 0 7 8 4ZDI GLY H 1 ? UNP P9WHK7 ? ? 'expression tag' 0 8 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 software_defined_assembly PISA dimeric 2 3 software_defined_assembly PISA dimeric 2 4 software_defined_assembly PISA dimeric 2 5 software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 2458 ? 1 MORE -27.4 ? 1 'SSA (A^2)' 39935 ? 2 'ABSA (A^2)' 2460 ? 2 MORE -27 ? 2 'SSA (A^2)' 39940 ? 3 'ABSA (A^2)' 2940 ? 3 MORE -33 ? 3 'SSA (A^2)' 39080 ? 4 'ABSA (A^2)' 2650 ? 4 MORE -30 ? 4 'SSA (A^2)' 39720 ? 5 'ABSA (A^2)' 2950 ? 5 MORE -33 ? 5 'SSA (A^2)' 39480 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 B,J 1 3 A,I 2 1 A,I 2 2 B,J 3 1 C,D,K,L 4 1 E,H,M,P 5 1 F,G,N,O # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 3_554 -y,x,z-1/4 0.0000000000 -1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 -46.0117500000 3 'crystal symmetry operation' 4_555 y,-x,z+1/4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 -1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 46.0117500000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 24 ? 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GLY G 409 ? CYS G 393 GLY G 408 1 ? 16 HELX_P HELX_P170 AS8 SER G 460 ? GLN G 467 ? SER G 459 GLN G 466 1 ? 8 HELX_P HELX_P171 AS9 TYR G 485 ? ALA G 490 ? TYR G 484 ALA G 489 1 ? 6 HELX_P HELX_P172 AT1 GLU G 491 ? GLY G 493 ? GLU G 490 GLY G 492 5 ? 3 HELX_P HELX_P173 AT2 HIS G 525 ? LYS G 529 ? HIS G 524 LYS G 528 5 ? 5 HELX_P HELX_P174 AT3 HIS G 536 ? ALA G 551 ? HIS G 535 ALA G 550 1 ? 16 HELX_P HELX_P175 AT4 LYS H 25 ? ARG H 39 ? LYS H 24 ARG H 38 1 ? 15 HELX_P HELX_P176 AT5 ASN H 60 ? GLY H 65 ? ASN H 59 GLY H 64 1 ? 6 HELX_P HELX_P177 AT6 LEU H 78 ? ASP H 88 ? LEU H 77 ASP H 87 1 ? 11 HELX_P HELX_P178 AT7 PRO H 92 ? SER H 94 ? PRO H 91 SER H 93 5 ? 3 HELX_P HELX_P179 AT8 THR H 99 ? GLY H 113 ? THR H 98 GLY H 112 1 ? 15 HELX_P HELX_P180 AT9 PRO H 124 ? ALA H 136 ? PRO H 123 ALA H 135 1 ? 13 HELX_P HELX_P181 AU1 SER H 163 ? GLY H 178 ? SER H 162 GLY H 177 1 ? 16 HELX_P HELX_P182 AU2 THR H 201 ? ILE H 214 ? THR H 200 ILE H 213 1 ? 14 HELX_P HELX_P183 AU3 PRO H 230 ? ASP H 242 ? 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F ASP 76 F CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.176 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _pdbx_struct_conn_angle.id 1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id OD1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id F _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id ASP _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id 77 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id F _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ASP _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id 76 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id CA _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id N _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id CA _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id . _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id F _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id CA _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id 601 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id OD2 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id F _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id ASP _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id 77 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id F _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id ASP _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id 76 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.value 40.4 _pdbx_struct_conn_angle.value_esd ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ILE 123 A . ? 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