data_4D0Z # _entry.id 4D0Z # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.397 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 4D0Z pdb_00004d0z 10.2210/pdb4d0z/pdb PDBE EBI-60516 ? ? WWPDB D_1290060516 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2014-05-28 2 'Structure model' 1 1 2014-07-02 3 'Structure model' 1 2 2014-08-13 4 'Structure model' 1 3 2020-07-29 5 'Structure model' 1 4 2023-12-20 6 'Structure model' 1 5 2024-10-23 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 4 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' Advisory 4 4 'Structure model' 'Derived calculations' 5 4 'Structure model' Other 6 4 'Structure model' 'Structure summary' 7 5 'Structure model' Advisory 8 5 'Structure model' 'Data collection' 9 5 'Structure model' 'Database references' 10 5 'Structure model' 'Refinement description' 11 5 'Structure model' 'Structure summary' 12 6 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' chem_comp 2 4 'Structure model' entity 3 4 'Structure model' pdbx_database_status 4 4 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 5 4 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 6 4 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 7 4 'Structure model' struct_conn 8 4 'Structure model' struct_site 9 4 'Structure model' struct_site_gen 10 5 'Structure model' chem_comp 11 5 'Structure model' chem_comp_atom 12 5 'Structure model' chem_comp_bond 13 5 'Structure model' database_2 14 5 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model 15 5 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 16 5 'Structure model' struct_ncs_dom_lim 17 6 'Structure model' pdbx_entry_details 18 6 'Structure model' pdbx_modification_feature # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_chem_comp.name' 2 4 'Structure model' '_chem_comp.type' 3 4 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 4 4 'Structure model' '_pdbx_database_status.status_code_sf' 5 4 'Structure model' '_pdbx_entity_nonpoly.name' 6 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id' 7 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id' 8 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id' 9 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id' 10 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id' 11 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id' 12 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id' 13 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id' 14 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id' 15 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id' 16 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id' 17 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id' 18 4 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.value' 19 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 20 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 21 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 22 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 23 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 24 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 25 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 26 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 27 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 28 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 29 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 30 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 31 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_seq_id' 32 5 'Structure model' '_chem_comp.pdbx_synonyms' 33 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 34 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 35 5 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id' 36 5 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id' 37 5 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id' 38 5 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id' 39 5 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id' 40 5 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id' 41 5 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id' 42 5 'Structure model' '_struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 4D0Z _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2014-04-30 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details PDB 4D0T unspecified 'GALNAC-T2 CRYSTAL SOAKED WITH UDP-GALNAC, EA2 PEPTIDE AND MANGANESE' PDB 4D11 unspecified 'GALNAC-T2 CRYSTAL SOAKED WITH UDP-5SGALNAC, MEA2 PEPTIDE AND MANGANESE (LOWER RESOLUTION DATASET)' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Lira-Navarrete, E.' 1 'Iglesias-Fernandez, J.' 2 'Zandberg, W.F.' 3 'Companon, I.' 4 'Kong, Y.' 5 'Corzana, F.' 6 'Pinto, B.M.' 7 'Clausen, H.' 8 'Peregrina, J.M.' 9 'Vocadlo, D.' 10 'Rovira, C.' 11 'Hurtado-Guerrero, R.' 12 # _citation.id primary _citation.title ;Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2. ; _citation.journal_abbrev Angew.Chem.Int.Ed.Engl. _citation.journal_volume 53 _citation.page_first 8206 _citation.page_last ? _citation.year 2014 _citation.journal_id_ASTM ? _citation.country GE _citation.journal_id_ISSN 1433-7851 _citation.journal_id_CSD 9999 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 24954443 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1002/ANIE.201402781 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lira-Navarrete, E.' 1 ? primary 'Iglesias-Fernandez, J.' 2 ? primary 'Zandberg, W.F.' 3 ? primary 'Companon, I.' 4 ? primary 'Kong, Y.' 5 ? primary 'Corzana, F.' 6 ? primary 'Pinto, B.M.' 7 ? primary 'Clausen, H.' 8 ? primary 'Peregrina, J.M.' 9 ? primary 'Vocadlo, D.' 10 ? primary 'Rovira, C.' 11 ? primary 'Hurtado-Guerrero, R.' 12 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2' 64824.703 6 2.4.1.41 YES ? ? 2 polymer man PEPTIDE 548.610 2 ? ? ? ? 3 non-polymer syn 'MANGANESE (II) ION' 54.938 6 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 1,2-ETHANEDIOL 62.068 37 ? ? ? ? 5 non-polymer man 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-alpha-D-galactopyranose 237.273 4 ? ? ? ? 6 non-polymer syn ;(2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-thiopyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate ; 623.419 6 ? ? ? ? 7 water nat water 18.015 633 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name ;POLYPEPTIDE GALNAC TRANSFERASE 2, GALNAC-T2, PP-GANTASE 2, PROTEIN-UDP ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2, UDP-GALNAC\: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2, POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MRRRSRMLLCFAFLWVLGIAYYMYSGGGSALAGGAGGGAGRKEDWNEIDPIKKKDLHHSNGEEKAQSMETLPPGKVRWPD FNQEAYVGGTMVRSGQDPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVL 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A,B,C,D,E,F ? 2 'polypeptide(L)' no no STCPAA STCPAA X,Y ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 3 'MANGANESE (II) ION' MN 4 1,2-ETHANEDIOL EDO 5 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-alpha-D-galactopyranose BBK 6 ;(2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-thiopyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate ; HWU 7 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ARG n 1 3 ARG n 1 4 ARG n 1 5 SER n 1 6 ARG n 1 7 MET n 1 8 LEU n 1 9 LEU n 1 10 CYS n 1 11 PHE n 1 12 ALA n 1 13 PHE n 1 14 LEU n 1 15 TRP n 1 16 VAL n 1 17 LEU n 1 18 GLY n 1 19 ILE n 1 20 ALA n 1 21 TYR n 1 22 TYR n 1 23 MET n 1 24 TYR n 1 25 SER n 1 26 GLY n 1 27 GLY n 1 28 GLY n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 LEU n 1 32 ALA n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 ALA n 1 36 GLY n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 ALA n 1 40 GLY n 1 41 ARG n 1 42 LYS n 1 43 GLU n 1 44 ASP n 1 45 TRP n 1 46 ASN n 1 47 GLU n 1 48 ILE n 1 49 ASP n 1 50 PRO n 1 51 ILE n 1 52 LYS n 1 53 LYS n 1 54 LYS n 1 55 ASP n 1 56 LEU n 1 57 HIS n 1 58 HIS n 1 59 SER n 1 60 ASN n 1 61 GLY n 1 62 GLU n 1 63 GLU n 1 64 LYS n 1 65 ALA n 1 66 GLN n 1 67 SER n 1 68 MET n 1 69 GLU n 1 70 THR n 1 71 LEU n 1 72 PRO n 1 73 PRO n 1 74 GLY n 1 75 LYS n 1 76 VAL n 1 77 ARG n 1 78 TRP n 1 79 PRO n 1 80 ASP n 1 81 PHE n 1 82 ASN n 1 83 GLN n 1 84 GLU n 1 85 ALA n 1 86 TYR n 1 87 VAL n 1 88 GLY n 1 89 GLY n 1 90 THR n 1 91 MET n 1 92 VAL n 1 93 ARG n 1 94 SER n 1 95 GLY n 1 96 GLN n 1 97 ASP n 1 98 PRO n 1 99 TYR n 1 100 ALA n 1 101 ARG n 1 102 ASN n 1 103 LYS n 1 104 PHE n 1 105 ASN n 1 106 GLN n 1 107 VAL n 1 108 GLU n 1 109 SER n 1 110 ASP n 1 111 LYS n 1 112 LEU n 1 113 ARG n 1 114 MET n 1 115 ASP n 1 116 ARG n 1 117 ALA n 1 118 ILE n 1 119 PRO n 1 120 ASP n 1 121 THR n 1 122 ARG n 1 123 HIS n 1 124 ASP n 1 125 GLN n 1 126 CYS n 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C LEU 567 . C LYS 75 C LEU 567 0 ? 11 1 0 B LYS 75 . B LEU 569 . B LYS 75 B LEU 569 0 ? 11 2 0 D LYS 75 . D LEU 569 . D LYS 75 D LEU 569 0 ? 12 1 0 B LYS 75 . B LEU 569 . B LYS 75 B LEU 569 0 ? 12 2 0 F LYS 75 . F LEU 569 . F LYS 75 F LEU 569 0 ? 13 1 0 C LYS 75 . C LEU 567 . C LYS 75 C LEU 567 0 ? 13 2 0 D LYS 75 . D LEU 567 . D LYS 75 D LEU 567 0 ? 14 1 0 C LYS 75 . C LEU 567 . C LYS 75 C LEU 567 0 ? 14 2 0 F LYS 75 . F LEU 567 . F LYS 75 F LEU 567 0 ? 15 1 0 D LYS 75 . D LEU 569 . D LYS 75 D LEU 569 0 ? 15 2 0 F LYS 75 . F LEU 569 . F LYS 75 F LEU 569 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ? 10 ? 11 ? 12 ? 13 ? 14 ? 15 ? # _database_PDB_matrix.entry_id 4D0Z _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4D0Z _struct.title 'GalNAc-T2 crystal soaked with UDP-5SGalNAc, mEA2 and manganese (Higher resolution dataset)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4D0Z _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE/PEPTIDE _struct_keywords.text ;TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX, RETAINING GALNAC-T2, SUBSTRATE-GUIDED SNI-TYPE REACTION, QM/MM METADYNAMICS, BI-BI KINETIC MECHANISM, SUBSTRATE SPECIFICITY, ACETAMIDO GROUP ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 4 ? N N N 4 ? O N N 4 ? P N N 4 ? Q N N 4 ? R N N 4 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 3 ? W N N 6 ? X N N 4 ? Y N N 4 ? Z N N 4 ? AA N N 4 ? BA N N 4 ? CA N N 4 ? DA N N 4 ? EA N N 4 ? FA N N 5 ? GA N N 6 ? HA N N 3 ? IA N N 3 ? JA N N 6 ? KA N N 5 ? LA N N 4 ? MA N N 4 ? NA N N 4 ? OA N N 4 ? PA N N 4 ? QA N N 4 ? RA N N 4 ? SA N N 4 ? TA N N 4 ? UA N N 4 ? VA N N 4 ? WA N N 4 ? XA N N 4 ? YA N N 4 ? ZA N N 4 ? AB N N 4 ? BB N N 4 ? CB N N 4 ? DB N N 4 ? EB N N 5 ? FB N N 6 ? GB N N 3 ? HB N N 3 ? IB N N 6 ? JB N N 7 ? KB N N 7 ? LB N N 7 ? MB N N 7 ? NB N N 7 ? OB N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP GALT2_HUMAN 1 ? ? Q10471 ? 2 PDB 4D0Z 2 ? ? 4D0Z ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 4D0Z A 1 ? 571 ? Q10471 1 ? 571 ? 1 571 2 1 4D0Z B 1 ? 571 ? Q10471 1 ? 571 ? 1 571 3 1 4D0Z C 1 ? 571 ? Q10471 1 ? 571 ? 1 571 4 1 4D0Z D 1 ? 571 ? Q10471 1 ? 571 ? 1 571 5 1 4D0Z E 1 ? 571 ? Q10471 1 ? 571 ? 1 571 6 1 4D0Z F 1 ? 571 ? Q10471 1 ? 571 ? 1 571 7 2 4D0Z X 1 ? 6 ? 4D0Z 5 ? 10 ? 5 10 8 2 4D0Z Y 1 ? 6 ? 4D0Z 5 ? 10 ? 5 10 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 4D0Z ASP A 516 ? UNP Q10471 ASN 516 'engineered mutation' 516 1 2 4D0Z ASP B 516 ? UNP Q10471 ASN 516 'engineered mutation' 516 2 3 4D0Z ASP C 516 ? UNP Q10471 ASN 516 'engineered mutation' 516 3 4 4D0Z ASP D 516 ? UNP Q10471 ASN 516 'engineered mutation' 516 4 5 4D0Z ASP E 516 ? UNP Q10471 ASN 516 'engineered mutation' 516 5 6 4D0Z ASP F 516 ? UNP Q10471 ASN 516 'engineered mutation' 516 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 software_defined_assembly PISA monomeric 1 3 software_defined_assembly PISA monomeric 1 4 software_defined_assembly PISA monomeric 1 5 software_defined_assembly PISA monomeric 1 6 software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 3390 ? 1 MORE 18.7 ? 1 'SSA (A^2)' 21710 ? 6 'ABSA (A^2)' 3060 ? 6 MORE 13.0 ? 6 'SSA (A^2)' 21050 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 B,G,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,KB 2 1 A,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,JB 3 1 C,GA,HA,LB 4 1 D,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,MB 5 1 F,HB,IB,OB 6 1 E,H,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,NB # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ARG A 77 ? PHE A 81 ? ARG A 77 PHE A 81 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 2 ASN A 82 ? GLY A 88 ? ASN A 82 GLY A 88 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 3 ASN A 105 ? LYS A 111 ? ASN A 105 LYS A 111 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 4 HIS A 123 ? LYS A 129 ? HIS A 123 LYS A 129 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 5 ALA A 148 ? SER A 163 ? ALA A 148 SER A 163 1 ? 16 HELX_P HELX_P6 6 PRO A 164 ? HIS A 166 ? PRO A 164 HIS A 166 5 ? 3 HELX_P HELX_P7 7 PRO A 181 ? LEU A 186 ? PRO A 181 LEU A 186 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 8 LEU A 187 ? LYS A 189 ? LEU A 187 LYS A 189 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 9 GLU A 202 ? ALA A 215 ? GLU A 202 ALA A 215 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 10 LEU A 234 ? ASP A 244 ? LEU A 234 ASP A 244 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 11 THR A 286 ? GLN A 294 ? THR A 286 GLN A 294 1 ? 9 HELX_P HELX_P12 12 LYS A 315 ? LEU A 321 ? LYS A 315 LEU A 321 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 13 GLY A 333 ? CYS A 345 ? GLY A 333 CYS A 345 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 14 GLY A 372 ? MET A 389 ? GLY A 372 MET A 389 1 ? 18 HELX_P HELX_P15 15 TYR A 392 ? VAL A 400 ? TYR A 392 VAL A 400 1 ? 9 HELX_P HELX_P16 16 PRO A 401 ? VAL A 406 ? PRO A 401 VAL A 406 5 ? 6 HELX_P HELX_P17 17 ILE A 411 ? LEU A 421 ? ILE A 411 LEU A 421 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 18 PRO A 425 ? VAL A 433 ? PRO A 425 VAL A 433 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 19 GLY A 477 ? GLU A 481 ? GLY A 477 GLU A 481 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 20 ASP A 517 ? GLN A 520 ? ASP A 517 GLN A 520 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 21 ALA A 558 ? GLN A 562 ? ALA A 558 GLN A 562 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 22 ARG B 77 ? PHE B 81 ? ARG B 77 PHE B 81 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 23 ASN B 82 ? GLY B 88 ? ASN B 82 GLY B 88 1 ? 7 HELX_P HELX_P24 24 ASN B 105 ? LYS B 111 ? ASN B 105 LYS B 111 1 ? 7 HELX_P HELX_P25 25 HIS B 123 ? LYS B 129 ? HIS B 123 LYS B 129 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 26 ALA B 148 ? SER B 163 ? ALA B 148 SER B 163 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 27 PRO B 164 ? HIS B 166 ? PRO B 164 HIS B 166 5 ? 3 HELX_P HELX_P28 28 PRO B 181 ? LEU B 186 ? PRO B 181 LEU B 186 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 29 LEU B 187 ? LYS B 189 ? LEU B 187 LYS B 189 5 ? 3 HELX_P HELX_P30 30 GLU B 202 ? ALA B 215 ? GLU B 202 ALA B 215 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 31 LEU B 234 ? ASP B 244 ? LEU B 234 ASP B 244 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 32 THR B 286 ? GLN B 294 ? THR B 286 GLN B 294 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 33 LYS B 315 ? LEU B 321 ? LYS B 315 LEU B 321 1 ? 7 HELX_P HELX_P34 34 GLY B 333 ? CYS B 345 ? GLY B 333 CYS B 345 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 35 GLY B 372 ? MET B 389 ? GLY B 372 MET B 389 1 ? 18 HELX_P HELX_P36 36 TYR B 392 ? VAL B 400 ? TYR B 392 VAL B 400 1 ? 9 HELX_P HELX_P37 37 PRO B 401 ? VAL B 406 ? PRO B 401 VAL B 406 5 ? 6 HELX_P HELX_P38 38 ILE B 411 ? LEU B 421 ? ILE B 411 LEU B 421 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 39 PRO B 425 ? VAL B 433 ? PRO B 425 VAL B 433 1 ? 9 HELX_P HELX_P40 40 GLY B 477 ? GLU B 481 ? GLY B 477 GLU B 481 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 41 ASP B 517 ? GLN B 520 ? ASP B 517 GLN B 520 5 ? 4 HELX_P HELX_P42 42 ALA B 558 ? GLN B 562 ? ALA B 558 GLN B 562 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 43 ARG C 77 ? PHE C 81 ? ARG C 77 PHE C 81 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 44 ASN C 82 ? GLY C 89 ? ASN C 82 GLY C 89 1 ? 8 HELX_P HELX_P45 45 ASN C 105 ? LEU C 112 ? ASN C 105 LEU C 112 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 46 HIS C 123 ? LYS C 129 ? HIS C 123 LYS C 129 1 ? 7 HELX_P HELX_P47 47 ALA C 148 ? SER C 163 ? ALA C 148 SER C 163 1 ? 16 HELX_P HELX_P48 48 PRO C 164 ? HIS C 166 ? PRO C 164 HIS C 166 5 ? 3 HELX_P HELX_P49 49 PRO C 181 ? LEU C 186 ? PRO C 181 LEU C 186 1 ? 6 HELX_P HELX_P50 50 LEU C 187 ? LYS C 189 ? LEU C 187 LYS C 189 5 ? 3 HELX_P HELX_P51 51 GLY C 203 ? ALA C 215 ? GLY C 203 ALA C 215 1 ? 13 HELX_P HELX_P52 52 LEU C 234 ? ASP C 244 ? LEU C 234 ASP C 244 1 ? 11 HELX_P HELX_P53 53 THR C 286 ? GLN C 294 ? THR C 286 GLN C 294 1 ? 9 HELX_P HELX_P54 54 LYS C 315 ? LEU C 321 ? LYS C 315 LEU C 321 1 ? 7 HELX_P HELX_P55 55 GLY C 333 ? CYS C 345 ? GLY C 333 CYS C 345 1 ? 13 HELX_P HELX_P56 56 ASN C 380 ? MET C 389 ? ASN C 380 MET C 389 1 ? 10 HELX_P HELX_P57 57 TYR C 392 ? VAL C 400 ? 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ASN E 82 GLY E 88 1 ? 7 HELX_P HELX_P86 86 ASN E 105 ? LEU E 112 ? ASN E 105 LEU E 112 1 ? 8 HELX_P HELX_P87 87 HIS E 123 ? LYS E 129 ? HIS E 123 LYS E 129 1 ? 7 HELX_P HELX_P88 88 ALA E 148 ? SER E 163 ? ALA E 148 SER E 163 1 ? 16 HELX_P HELX_P89 89 PRO E 164 ? HIS E 166 ? PRO E 164 HIS E 166 5 ? 3 HELX_P HELX_P90 90 PRO E 181 ? LEU E 186 ? PRO E 181 LEU E 186 1 ? 6 HELX_P HELX_P91 91 LEU E 187 ? LYS E 189 ? LEU E 187 LYS E 189 5 ? 3 HELX_P HELX_P92 92 GLU E 202 ? ALA E 215 ? GLU E 202 ALA E 215 1 ? 14 HELX_P HELX_P93 93 LEU E 234 ? ASP E 244 ? LEU E 234 ASP E 244 1 ? 11 HELX_P HELX_P94 94 THR E 286 ? SER E 292 ? THR E 286 SER E 292 1 ? 7 HELX_P HELX_P95 95 LYS E 315 ? LEU E 321 ? LYS E 315 LEU E 321 1 ? 7 HELX_P HELX_P96 96 GLY E 333 ? CYS E 345 ? GLY E 333 CYS E 345 1 ? 13 HELX_P HELX_P97 97 GLY E 372 ? MET E 389 ? GLY E 372 MET E 389 1 ? 18 HELX_P HELX_P98 98 TYR E 392 ? VAL E 400 ? TYR E 392 VAL E 400 1 ? 9 HELX_P HELX_P99 99 PRO E 401 ? VAL E 406 ? 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ALA F 558 GLN F 562 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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D CYS 456 D CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? ? disulf19 disulf ? ? D CYS 496 SG ? ? ? 1_555 D CYS 513 SG ? ? D CYS 496 D CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? ? disulf20 disulf ? ? D CYS 539 SG ? ? ? 1_555 D CYS 555 SG ? ? D CYS 539 D CYS 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 126 SG ? ? ? 1_555 E CYS 354 SG ? ? E CYS 126 E CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? ? disulf22 disulf ? ? E CYS 345 SG ? ? ? 1_555 E CYS 423 SG ? ? E CYS 345 E CYS 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 456 SG ? ? ? 1_555 E CYS 473 SG ? ? E CYS 456 E CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? ? disulf24 disulf ? ? E CYS 496 SG ? ? ? 1_555 E CYS 513 SG ? ? E CYS 496 E CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? ? disulf25 disulf ? ? E CYS 539 SG ? ? ? 1_555 E CYS 555 SG ? ? E CYS 539 E CYS 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? ? disulf26 disulf ? ? F CYS 126 SG ? ? ? 1_555 F CYS 354 SG ? ? F CYS 126 F CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? ? disulf27 disulf ? ? 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MN ? ? ? 1_555 JB HOH . O ? ? A MN 1570 A HOH 2067 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? ? metalc7 metalc ? ? B ASP 224 OD2 ? ? ? 1_555 V MN . MN ? ? B ASP 224 B MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? ? metalc8 metalc ? ? B HIS 226 NE2 ? ? ? 1_555 V MN . MN ? ? B HIS 226 B MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? ? metalc9 metalc ? ? B HIS 359 NE2 ? ? ? 1_555 V MN . MN ? ? B HIS 359 B MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? ? metalc10 metalc ? ? V MN . MN ? ? ? 1_555 W HWU . O2B ? ? B MN 1570 B HWU 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? ? metalc11 metalc ? ? V MN . MN ? ? ? 1_555 W HWU . O2A ? ? B MN 1570 B HWU 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? metalc12 metalc ? ? V MN . MN ? ? ? 1_555 KB HOH . O ? ? B MN 1570 B HOH 2044 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc13 metalc ? ? C ASP 224 OD2 ? ? ? 1_555 HA MN . MN ? ? C ASP 224 C MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? ? metalc14 metalc ? ? C HIS 226 NE2 ? ? ? 1_555 HA MN . MN ? ? C HIS 226 C MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.921 ? ? metalc15 metalc ? ? C HIS 359 NE2 ? ? ? 1_555 HA MN . MN ? ? C HIS 359 C MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc16 metalc ? ? GA HWU . O2A ? ? ? 1_555 HA MN . MN ? ? C HWU 1569 C MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? ? metalc17 metalc ? ? GA HWU . O2B ? ? ? 1_555 HA MN . MN ? ? C HWU 1569 C MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? ? metalc18 metalc ? ? D ASP 224 OD2 ? ? ? 1_555 IA MN . MN ? ? D ASP 224 D MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? ? metalc19 metalc ? ? D HIS 226 NE2 ? ? ? 1_555 IA MN . MN ? ? D HIS 226 D MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc20 metalc ? ? D HIS 359 NE2 ? ? ? 1_555 IA MN . MN ? ? D HIS 359 D MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? ? metalc21 metalc ? ? IA MN . MN ? ? ? 1_555 JA HWU . O2A ? ? D MN 1570 D HWU 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? ? metalc22 metalc ? ? IA MN . MN ? ? ? 1_555 JA HWU . O2B ? ? D MN 1570 D HWU 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? ? metalc23 metalc ? ? IA MN . MN ? ? ? 1_555 MB HOH . O ? ? D MN 1570 D HOH 2052 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc24 metalc ? ? 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F HOH 2041 ? 1_555 91.2 ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 126 ? 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A GLY 36 37 1 Y 1 A GLY 37 ? A GLY 37 38 1 Y 1 A GLY 38 ? A GLY 38 39 1 Y 1 A ALA 39 ? A ALA 39 40 1 Y 1 A GLY 40 ? A GLY 40 41 1 Y 1 A ARG 41 ? A ARG 41 42 1 Y 1 A LYS 42 ? A LYS 42 43 1 Y 1 A GLU 43 ? A GLU 43 44 1 Y 1 A ASP 44 ? A ASP 44 45 1 Y 1 A TRP 45 ? A TRP 45 46 1 Y 1 A ASN 46 ? A ASN 46 47 1 Y 1 A GLU 47 ? A GLU 47 48 1 Y 1 A ILE 48 ? A ILE 48 49 1 Y 1 A ASP 49 ? A ASP 49 50 1 Y 1 A PRO 50 ? A PRO 50 51 1 Y 1 A ILE 51 ? A ILE 51 52 1 Y 1 A LYS 52 ? A LYS 52 53 1 Y 1 A LYS 53 ? A LYS 53 54 1 Y 1 A LYS 54 ? A LYS 54 55 1 Y 1 A ASP 55 ? A ASP 55 56 1 Y 1 A LEU 56 ? A LEU 56 57 1 Y 1 A HIS 57 ? A HIS 57 58 1 Y 1 A HIS 58 ? A HIS 58 59 1 Y 1 A SER 59 ? A SER 59 60 1 Y 1 A ASN 60 ? A ASN 60 61 1 Y 1 A GLY 61 ? A GLY 61 62 1 Y 1 A GLU 62 ? A GLU 62 63 1 Y 1 A GLU 63 ? A GLU 63 64 1 Y 1 A LYS 64 ? A LYS 64 65 1 Y 1 A ALA 65 ? A ALA 65 66 1 Y 1 A GLN 66 ? A GLN 66 67 1 Y 1 A SER 67 ? A SER 67 68 1 Y 1 A MET 68 ? A MET 68 69 1 Y 1 A GLU 69 ? A GLU 69 70 1 Y 1 A THR 70 ? 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B GLY 28 105 1 Y 1 B SER 29 ? B SER 29 106 1 Y 1 B ALA 30 ? B ALA 30 107 1 Y 1 B LEU 31 ? B LEU 31 108 1 Y 1 B ALA 32 ? B ALA 32 109 1 Y 1 B GLY 33 ? B GLY 33 110 1 Y 1 B GLY 34 ? B GLY 34 111 1 Y 1 B ALA 35 ? B ALA 35 112 1 Y 1 B GLY 36 ? B GLY 36 113 1 Y 1 B GLY 37 ? B GLY 37 114 1 Y 1 B GLY 38 ? B GLY 38 115 1 Y 1 B ALA 39 ? B ALA 39 116 1 Y 1 B GLY 40 ? B GLY 40 117 1 Y 1 B ARG 41 ? B ARG 41 118 1 Y 1 B LYS 42 ? B LYS 42 119 1 Y 1 B GLU 43 ? B GLU 43 120 1 Y 1 B ASP 44 ? B ASP 44 121 1 Y 1 B TRP 45 ? B TRP 45 122 1 Y 1 B ASN 46 ? B ASN 46 123 1 Y 1 B GLU 47 ? B GLU 47 124 1 Y 1 B ILE 48 ? B ILE 48 125 1 Y 1 B ASP 49 ? B ASP 49 126 1 Y 1 B PRO 50 ? B PRO 50 127 1 Y 1 B ILE 51 ? B ILE 51 128 1 Y 1 B LYS 52 ? B LYS 52 129 1 Y 1 B LYS 53 ? B LYS 53 130 1 Y 1 B LYS 54 ? B LYS 54 131 1 Y 1 B ASP 55 ? B ASP 55 132 1 Y 1 B LEU 56 ? B LEU 56 133 1 Y 1 B HIS 57 ? B HIS 57 134 1 Y 1 B HIS 58 ? B HIS 58 135 1 Y 1 B SER 59 ? B SER 59 136 1 Y 1 B ASN 60 ? B ASN 60 137 1 Y 1 B GLY 61 ? 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