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'C2 H5 N O2' 75.067 GOL non-polymer . GLYCEROL 'GLYCERIN; PROPANE-1,2,3-TRIOL' 'C3 H8 O3' 92.094 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SIA 'D-saccharide, alpha linking' . 'N-acetyl-alpha-neuraminic acid' ? 'C11 H19 N O9' 309.270 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 4FMI _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.64 _exptl_crystal.density_percent_sol 53.35 _exptl_crystal.description 'THE CRYSTAL SUFFERED FROM RADIATION DAMAGE DURING DATA COLLECTION.' _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 293 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 6% w/v PEG3350, 0.3 M magnesium chloride, soaked in 20 mM 3'-sialyllactosamine, cryoprotection: 25% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 93 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 225 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2010-09-27 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator DCCM _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.000 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SLS BEAMLINE X06DA' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X06DA _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.000 # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 4FMI _reflns.observed_criterion_sigma_I -3 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 50 _reflns.d_resolution_high 2.0 _reflns.number_obs 395073 _reflns.number_all 440784 _reflns.percent_possible_obs 89.6 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.085 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 8.24 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 2.1 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 2.0 _reflns_shell.d_res_low 2.05 _reflns_shell.percent_possible_all ? _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.471 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.62 _reflns_shell.pdbx_redundancy 1.9 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 4FMI _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 391137 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F . _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 50.00 _refine.ls_d_res_high 2.00 _refine.ls_percent_reflns_obs 89.65 _refine.ls_R_factor_obs 0.19600 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.19559 _refine.ls_R_factor_R_free 0.23589 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 1.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 3934 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.942 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.915 _refine.B_iso_mean 23.911 _refine.aniso_B[1][1] -0.54 _refine.aniso_B[2][2] 1.37 _refine.aniso_B[3][3] -1.16 _refine.aniso_B[1][2] -0.11 _refine.aniso_B[1][3] -0.63 _refine.aniso_B[2][3] -0.21 _refine.solvent_model_details MASK _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.40 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;THE BINDING SITES IN CHAINS B, C, H, J, K, O, Q, R AND S CONTAIN ONLY VERY WEAK ELECTRON DENSITY FEATURES FOR THE LIGAND. RESIDUES 71 AND 72 ADOPT MULTIPLE CONFORMATIONS IN THE STRUCTURE. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.196 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 0.170 _refine.overall_SU_ML 0.132 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 8.948 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 42708 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 291 _refine_hist.number_atoms_solvent 3677 _refine_hist.number_atoms_total 46676 _refine_hist.d_res_high 2.00 _refine_hist.d_res_low 50.00 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.008 0.022 ? 44469 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d ? ? ? ? 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LC 7 HOH 139 639 640 HOH HOH T . LC 7 HOH 140 640 641 HOH HOH T . LC 7 HOH 141 641 642 HOH HOH T . LC 7 HOH 142 642 643 HOH HOH T . LC 7 HOH 143 643 644 HOH HOH T . LC 7 HOH 144 644 645 HOH HOH T . LC 7 HOH 145 645 646 HOH HOH T . LC 7 HOH 146 646 647 HOH HOH T . LC 7 HOH 147 647 648 HOH HOH T . LC 7 HOH 148 648 649 HOH HOH T . LC 7 HOH 149 649 650 HOH HOH T . LC 7 HOH 150 650 651 HOH HOH T . LC 7 HOH 151 651 652 HOH HOH T . LC 7 HOH 152 652 653 HOH HOH T . LC 7 HOH 153 653 654 HOH HOH T . LC 7 HOH 154 654 655 HOH HOH T . LC 7 HOH 155 655 656 HOH HOH T . LC 7 HOH 156 656 657 HOH HOH T . LC 7 HOH 157 657 658 HOH HOH T . LC 7 HOH 158 658 659 HOH HOH T . LC 7 HOH 159 659 660 HOH HOH T . LC 7 HOH 160 660 661 HOH HOH T . LC 7 HOH 161 661 662 HOH HOH T . LC 7 HOH 162 662 663 HOH HOH T . LC 7 HOH 163 663 664 HOH HOH T . LC 7 HOH 164 664 665 HOH HOH T . LC 7 HOH 165 665 666 HOH HOH T . LC 7 HOH 166 666 667 HOH HOH T . LC 7 HOH 167 667 668 HOH HOH T . LC 7 HOH 168 668 669 HOH HOH T . LC 7 HOH 169 669 670 HOH HOH T . LC 7 HOH 170 670 671 HOH HOH T . LC 7 HOH 171 671 672 HOH HOH T . LC 7 HOH 172 672 673 HOH HOH T . LC 7 HOH 173 673 674 HOH HOH T . LC 7 HOH 174 674 675 HOH HOH T . LC 7 HOH 175 675 676 HOH HOH T . LC 7 HOH 176 676 677 HOH HOH T . LC 7 HOH 177 677 678 HOH HOH T . LC 7 HOH 178 678 679 HOH HOH T . # _pdbx_molecule_features.prd_id PRD_900067 _pdbx_molecule_features.name "3'-sialyl-N-acetyllactosamine" _pdbx_molecule_features.type Oligosaccharide _pdbx_molecule_features.class 'Substrate analog' _pdbx_molecule_features.details oligosaccharide # _pdbx_molecule.instance_id 1 _pdbx_molecule.prd_id PRD_900067 _pdbx_molecule.asym_id U # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA pentameric 5 2 author_and_software_defined_assembly PISA pentameric 5 3 author_and_software_defined_assembly PISA pentameric 5 4 author_and_software_defined_assembly PISA pentameric 5 5 software_defined_assembly PISA decameric 10 6 software_defined_assembly PISA decameric 10 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,E,U,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,SB,TB,UB,VB,WB 2 1 F,G,H,I,J,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,XB,YB,ZB,AC,BC 3 1 K,L,M,N,O,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,CC,DC,EC,FC,GC 4 1 P,Q,R,S,T,V,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,HC,IC,JC,KC,LC 5 1 A,B,C,D,E,K,L,M,N,O,U,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,SB,TB,UB,VB,WB,CC,DC,EC,FC,GC 6 1 F,G,H,I,J,P,Q,R,S,T,V,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,XB,YB,ZB,AC,BC,HC,IC,JC,KC,LC # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 26250 ? 1 MORE -234 ? 1 'SSA (A^2)' 49880 ? 2 'ABSA (A^2)' 25030 ? 2 MORE -235 ? 2 'SSA (A^2)' 49340 ? 3 'ABSA (A^2)' 26430 ? 3 MORE -238 ? 3 'SSA (A^2)' 49510 ? 4 'ABSA (A^2)' 25590 ? 4 MORE -239 ? 4 'SSA (A^2)' 49430 ? 5 'ABSA (A^2)' 56580 ? 5 MORE -499 ? 5 'SSA (A^2)' 95500 ? 6 'ABSA (A^2)' 54250 ? 6 MORE -495 ? 6 'SSA (A^2)' 95140 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2012-09-05 2 'Structure model' 2 0 2020-07-29 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Atomic model' 2 2 'Structure model' 'Data collection' 3 2 'Structure model' 'Database references' 4 2 'Structure model' 'Derived calculations' 5 2 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' atom_site 2 2 'Structure model' chem_comp 3 2 'Structure model' entity 4 2 'Structure model' entity_name_com 5 2 'Structure model' pdbx_branch_scheme 6 2 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 7 2 'Structure model' pdbx_entity_branch 8 2 'Structure model' pdbx_entity_branch_descriptor 9 2 'Structure model' pdbx_entity_branch_link 10 2 'Structure model' pdbx_entity_branch_list 11 2 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 12 2 'Structure model' pdbx_molecule_features 13 2 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 14 2 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 15 2 'Structure model' struct_asym 16 2 'Structure model' struct_conn 17 2 'Structure model' struct_ref_seq_dif 18 2 'Structure model' struct_site 19 2 'Structure model' struct_site_gen # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv' 2 2 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 3 2 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 4 2 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 5 2 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id' 6 2 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id' 7 2 'Structure model' '_atom_site.auth_comp_id' 8 2 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 9 2 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id' 10 2 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id' 11 2 'Structure model' '_atom_site.label_comp_id' 12 2 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id' 13 2 'Structure model' '_atom_site.occupancy' 14 2 'Structure model' '_atom_site.type_symbol' 15 2 'Structure model' '_chem_comp.name' 16 2 'Structure model' '_chem_comp.type' 17 2 'Structure model' '_entity.formula_weight' 18 2 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 19 2 'Structure model' '_entity.pdbx_number_of_molecules' 20 2 'Structure model' '_entity.src_method' 21 2 'Structure model' '_entity.type' 22 2 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 23 2 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 24 2 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 25 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 26 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 27 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 28 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 29 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 30 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 31 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 32 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 33 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 34 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 35 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 36 2 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 37 2 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' # loop_ _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? 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