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species-specific inhibition of alpha V integrins by monoclonal antibody 17E6 is revealed by the crystal structure of alpha V beta 3 ectodomain-17E6 Fab complex. ; _citation.journal_abbrev J.Biol.Chem. _citation.journal_volume 289 _citation.page_first 13801 _citation.page_last 13809 _citation.year 2014 _citation.journal_id_ASTM JBCHA3 _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0021-9258 _citation.journal_id_CSD 0071 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 24692540 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1074/jbc.M113.546929 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Mahalingam, B.' 1 ? primary 'Van Agthoven, J.F.' 2 ? primary 'Xiong, J.P.' 3 ? primary 'Alonso, J.L.' 4 ? primary 'Adair, B.D.' 5 ? primary 'Rui, X.' 6 ? primary 'Anand, S.' 7 ? primary 'Mehrbod, M.' 8 ? primary 'Mofrad, M.R.' 9 ? primary 'Burger, C.' 10 ? primary 'Goodman, S.L.' 11 ? primary 'Arnaout, M.A.' 12 ? # 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? 13859 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 1.374 ? ? 18980 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 14.889 ? ? 4259 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 0.051 ? ? 2252 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 0.007 ? ? 2573 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_obs 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.6054 3.7218 1635 0.3249 54.00 0.3724 . . 87 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7218 3.8547 1988 0.3107 65.00 0.3729 . . 99 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8547 4.0090 2236 0.2805 74.00 0.3220 . . 115 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.0090 4.1914 2572 0.2704 85.00 0.3191 . . 146 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.1914 4.4122 2774 0.2405 91.00 0.3236 . . 162 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.4122 4.6885 2945 0.2161 96.00 0.2812 . . 152 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.6885 5.0502 3035 0.2126 99.00 0.2913 . . 144 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.0502 5.5578 3071 0.2369 100.00 0.2912 . . 167 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.5578 6.3606 3085 0.2648 100.00 0.3483 . . 167 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 6.3606 8.0083 3147 0.2826 100.00 0.3395 . . 156 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 8.0083 49.8665 3236 0.2234 98.00 0.2884 . . 167 . . . . # _struct.entry_id 4O02 _struct.title 'AlphaVBeta3 integrin in complex with monoclonal antibody FAB fragment.' _struct.pdbx_descriptor 'Integrin alpha-V, Integrin beta-3, 17E6 light chain, 17E6 heavy chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4O02 _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN BINDING' _struct_keywords.text 'Protein binding' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 8 ? K N N 8 ? L N N 10 ? M N N 11 ? N N N 11 ? O N N 11 ? P N N 11 ? Q N N 12 ? R N N 12 ? S N N 10 ? T N N 10 ? U N N 11 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY A 175 ? GLN A 180 ? GLY A 175 GLN A 180 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 2 GLN A 187 ? TYR A 195 ? GLN A 187 TYR A 195 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 3 GLN A 214 ? ASP A 218 ? GLN A 214 ASP A 218 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 4 ARG A 245 ? LEU A 250 ? ARG A 245 LEU A 250 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 5 GLY A 366 ? LYS A 370 ? 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ASN B 339 ARG B 352 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 20 LEU B 574 ? GLY B 577 ? LEU B 574 GLY B 577 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 21 ALA B 607 ? ASP B 621 ? ALA B 607 ASP B 621 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 22 ASP C 79 ? ILE C 83 ? ASP L 79 ILE L 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 23 THR C 182 ? HIS C 189 ? THR L 182 HIS L 189 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 24 THR D 28 ? PHE D 32 ? THR H 28 PHE H 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 THR D 87 ? SER D 91 ? THR H 87 SER H 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 26 SER D 161 ? SER D 163 ? SER H 161 SER H 163 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 59 SG ? ? ? 1_555 A CYS 67 SG ? ? A CYS 59 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 108 SG ? ? ? 1_555 A CYS 128 SG ? ? A CYS 108 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 142 SG ? ? ? 1_555 A CYS 155 SG ? ? A CYS 142 A CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 478 SG ? ? ? 1_555 A CYS 535 SG ? ? A CYS 478 A CYS 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 596 SG ? ? ? 1_555 A CYS 602 SG ? ? A CYS 596 A CYS 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? A CYS 668 SG ? ? ? 1_555 A CYS 681 SG ? ? A CYS 668 A CYS 681 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 5 SG ? ? ? 1_555 B CYS 23 SG ? ? B CYS 5 B CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 13 SG ? ? ? 1_555 B CYS 435 SG ? ? B CYS 13 B CYS 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 16 SG ? ? ? 1_555 B CYS 38 SG ? ? B CYS 16 B CYS 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 26 SG ? ? ? 1_555 B CYS 49 SG ? ? B CYS 26 B CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 177 SG ? ? ? 1_555 B CYS 184 SG ? ? B CYS 177 B CYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 232 SG ? ? ? 1_555 B CYS 273 SG ? ? B CYS 232 B CYS 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 374 SG ? ? ? 1_555 B CYS 386 SG ? ? B CYS 374 B CYS 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 406 SG ? ? ? 1_555 B CYS 433 SG ? ? B CYS 406 B CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 437 SG ? ? ? 1_555 B CYS 457 SG ? ? B CYS 437 B CYS 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 448 SG ? ? ? 1_555 B CYS 460 SG ? ? B CYS 448 B CYS 460 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 462 SG ? ? ? 1_555 B CYS 471 SG ? ? B CYS 462 B CYS 471 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 486 SG ? ? ? 1_555 B CYS 501 SG ? ? B CYS 486 B CYS 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 495 SG ? ? ? 1_555 B CYS 506 SG ? ? B CYS 495 B CYS 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 508 SG ? ? ? 1_555 B CYS 521 SG ? ? B CYS 508 B CYS 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 523 SG ? ? ? 1_555 B CYS 544 SG ? ? B CYS 523 B CYS 544 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 528 SG ? ? ? 1_555 B CYS 542 SG ? ? B CYS 528 B CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 536 SG ? ? ? 1_555 B CYS 547 SG ? ? B CYS 536 B CYS 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 549 SG ? ? ? 1_555 B CYS 558 SG ? ? B CYS 549 B CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 560 SG ? ? ? 1_555 B CYS 583 SG ? ? B CYS 560 B CYS 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 567 SG ? ? ? 1_555 B CYS 581 SG ? ? B CYS 567 B CYS 581 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf27 disulf ? ? B CYS 575 SG ? ? ? 1_555 B CYS 586 SG ? ? B CYS 575 B CYS 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf28 disulf ? ? B CYS 588 SG ? ? ? 1_555 B CYS 598 SG ? ? B CYS 588 B CYS 598 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf29 disulf ? ? B CYS 601 SG ? ? ? 1_555 B CYS 604 SG ? ? B CYS 601 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf30 disulf ? ? B CYS 608 SG ? ? ? 1_555 B CYS 655 SG ? ? B CYS 608 B CYS 655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf31 disulf ? ? B CYS 614 SG ? ? ? 1_555 B CYS 635 SG ? ? B CYS 614 B CYS 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf32 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 631 SG ? ? B CYS 617 B CYS 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 23 SG ? ? ? 1_555 C CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 134 SG ? ? ? 1_555 C CYS 194 SG ? ? L CYS 134 L CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf35 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf36 disulf ? ? D CYS 145 SG ? ? ? 1_555 D CYS 200 SG ? ? H CYS 145 H CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 44 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 44 C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 260 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 260 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 266 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 524 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 524 A NAG 1016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 585 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 585 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 943 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 943 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 99 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? B ASN 99 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 320 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 320 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? B ASN 371 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 371 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 559 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 559 B NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale11 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? C NAG 1 C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale12 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? C NAG 2 C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale13 covale both ? E BMA . O6 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? C BMA 3 C MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale14 covale both ? E BMA . O3 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? C BMA 3 C MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale15 covale both ? E MAN . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? C MAN 4 C BMA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale16 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? 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A TYR 419 A MN 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? ? metalc23 metalc ? ? A ASP 421 OD2 ? ? ? 1_555 P MN . MN ? ? A ASP 421 A MN 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? ? metalc24 metalc ? ? A ASP 421 OD1 ? ? ? 1_555 P MN . MN ? ? A ASP 421 A MN 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? ? metalc25 metalc ? ? B SER 123 O ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B SER 123 B MN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? ? metalc26 metalc ? ? B ASP 126 OD1 ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B ASP 126 B MN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? ? metalc27 metalc ? ? B ASP 126 OD2 ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B ASP 126 B MN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? ? metalc28 metalc ? ? B ASP 127 OD1 ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B ASP 127 B MN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? ? metalc29 metalc ? ? B MET 335 O ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B MET 335 B MN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 4 ? B ? 4 ? C ? 2 ? D ? 3 ? E ? 4 ? F ? 4 ? G ? 4 ? H ? 4 ? I ? 2 ? J ? 4 ? K ? 5 ? L ? 4 ? M ? 4 ? N ? 4 ? O ? 4 ? P ? 6 ? Q ? 6 ? R ? 4 ? S ? 6 ? T ? 2 ? U ? 2 ? V ? 2 ? W ? 2 ? X ? 3 ? Y ? 4 ? Z ? 5 ? AA ? 4 ? AB ? 4 ? AC ? 4 ? AD ? 4 ? AE ? 6 ? AF ? 4 ? AG ? 4 ? AH ? 3 ? 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'_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 49 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' # loop_ _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? refined -84.5908 56.9412 -19.8699 0.9356 0.8230 2.1034 -0.1459 0.2458 0.1094 4.6461 2.8360 4.2343 1.7337 3.0601 0.9286 -0.2277 0.1657 0.4345 -1.4185 -0.1278 0.2979 -0.3427 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D ARG 218 NH2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A LYS 834 ? A LYS 834 2 1 Y 1 A ILE 835 ? A ILE 835 3 1 Y 1 A SER 836 ? A SER 836 4 1 Y 1 A SER 837 ? A SER 837 5 1 Y 1 A LEU 838 ? A LEU 838 6 1 Y 1 A GLN 839 ? A GLN 839 7 1 Y 1 A THR 840 ? A THR 840 8 1 Y 1 A THR 841 ? A THR 841 9 1 Y 1 A GLU 842 ? A GLU 842 10 1 Y 1 A LYS 843 ? A LYS 843 11 1 Y 1 A ASN 844 ? A ASN 844 12 1 Y 1 A ASP 845 ? A ASP 845 13 1 Y 1 A THR 846 ? A THR 846 14 1 Y 1 A VAL 847 ? A VAL 847 15 1 Y 1 A ALA 848 ? A ALA 848 16 1 Y 1 A GLY 849 ? A GLY 849 17 1 Y 1 A GLN 850 ? A GLN 850 18 1 Y 1 A GLY 851 ? A GLY 851 19 1 Y 1 A GLU 852 ? A GLU 852 20 1 Y 1 A ARG 853 ? A ARG 853 21 1 Y 1 A ASP 854 ? A ASP 854 22 1 Y 1 A HIS 855 ? A HIS 855 23 1 Y 1 A LEU 856 ? A LEU 856 24 1 Y 1 A ILE 857 ? A ILE 857 25 1 Y 1 A THR 858 ? A THR 858 26 1 Y 1 A LYS 859 ? A LYS 859 27 1 Y 1 A ARG 860 ? A ARG 860 28 1 Y 1 A ASP 861 ? A ASP 861 29 1 Y 1 A LEU 862 ? A LEU 862 30 1 Y 1 A ALA 863 ? A ALA 863 31 1 Y 1 A LEU 864 ? A LEU 864 32 1 Y 1 A SER 865 ? A SER 865 33 1 Y 1 A GLU 866 ? A GLU 866 34 1 Y 1 A GLY 867 ? A GLY 867 35 1 Y 1 A ASP 868 ? A ASP 868 36 1 Y 1 A ILE 869 ? A ILE 869 37 1 Y 1 A HIS 870 ? A HIS 870 38 1 Y 1 A THR 871 ? A THR 871 39 1 Y 1 A GLY 954 ? A GLY 954 40 1 Y 1 A ILE 955 ? A ILE 955 41 1 Y 1 A GLN 956 ? A GLN 956 42 1 Y 1 A PRO 957 ? A PRO 957 43 1 Y 1 A ALA 958 ? A ALA 958 44 1 Y 1 A PRO 959 ? A PRO 959 45 1 Y 1 A MET 960 ? A MET 960 46 1 Y 1 A PRO 961 ? A PRO 961 47 1 Y 1 A VAL 962 ? A VAL 962 48 1 Y 1 B PRO 688 ? 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B ASP 692 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero E 5 NAG 1 C NAG 1 A NAG 1001 n E 5 NAG 2 C NAG 2 A NAG 1002 n E 5 BMA 3 C BMA 3 A BMA 1003 n E 5 MAN 4 C MAN 4 A MAN 1004 n E 5 BMA 5 C BMA 5 A BMA 1005 n E 5 MAN 6 C MAN 6 A MAN 1006 n F 6 NAG 1 D NAG 1 A NAG 1007 n F 6 NAG 2 D NAG 2 A NAG 1008 n F 6 BMA 3 D BMA 3 A BMA 1009 n G 7 NAG 1 E NAG 1 A NAG 1010 n G 7 NAG 2 E NAG 2 A NAG 1011 n G 7 BMA 3 E BMA 3 A BMA 1012 n G 7 MAN 4 E MAN 4 A MAN 1013 n G 7 MAN 5 E MAN 5 A MAN 1014 n G 7 MAN 6 E MAN 6 A MAN 1015 n H 8 NAG 1 F NAG 1 A NAG 1017 n H 8 NAG 2 F NAG 2 A NAG 1018 n I 9 NAG 1 G NAG 1 A NAG 1019 n I 9 NAG 2 G NAG 2 A NAG 1020 n I 9 BMA 3 G BMA 3 A BMA 1021 n I 9 MAN 4 G MAN 4 A MAN 1022 n I 9 MAN 5 G MAN 5 A MAN 1023 n I 9 MAN 6 G MAN 6 A MAN 1024 n J 8 NAG 1 I NAG 1 B NAG 702 n J 8 NAG 2 I NAG 2 B NAG 703 n K 8 NAG 1 J NAG 1 B NAG 704 n K 8 NAG 2 J NAG 2 B NAG 705 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpb1-4DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e4-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 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# loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 4 5 5 BMA C1 O1 4 MAN O4 HO4 sing ? 5 5 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 6 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 8 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 9 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 10 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 11 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 12 7 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 13 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 14 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 15 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 16 9 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 17 9 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 18 9 6 MAN C1 O1 5 MAN O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 BMA 5 n 5 MAN 6 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n 7 MAN 6 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 BMA 3 n 9 MAN 4 n 9 MAN 5 n 9 MAN 6 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 11 'MANGANESE (II) ION' MN 12 'NITRATE ION' NO3 #