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'X-RAY DIFFRACTION' # _database_PDB_matrix.entry_id 4ORY _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4ORY _struct.title ;Three-dimensional structure of the C65A-K59A double mutant of Human lipocalin-type Prostaglandin D Synthase holo, second crystal form ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4ORY _struct_keywords.pdbx_keywords ISOMERASE _struct_keywords.text 'LIPOCALIN-TYPE PROSTAGLANDIN-D SYNTHASE, ISOMERASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP P41222 CYS 65 'engineered mutation' 65 16 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 2 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 3 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 4 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 5 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 6 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 7 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 8 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,K 2 1 B 3 1 C,L 4 1 D,M 5 1 E,I,N 6 1 F,O 7 1 G,J,P 8 1 H,Q # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLN A 35 ? LEU A 40 ? GLN A 35 LEU A 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 2 SER A 52 ? ALA A 61 ? SER A 52 ALA A 61 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 3 THR A 73 ? GLY A 75 ? THR A 73 GLY A 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 4 GLY A 138 ? ASP A 142 ? GLY A 138 ASP A 142 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 5 ARG A 156 ? GLN A 170 ? ARG A 156 GLN A 170 1 ? 15 HELX_P HELX_P6 6 THR A 173 ? ASP A 175 ? THR A 173 ASP A 175 5 ? 3 HELX_P HELX_P7 7 GLN B 35 ? LEU B 40 ? GLN B 35 LEU B 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 8 SER B 53 ? ALA B 61 ? SER B 53 ALA B 61 1 ? 9 HELX_P HELX_P9 9 GLY B 138 ? ASP B 142 ? GLY B 138 ASP B 142 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 10 ARG B 156 ? ALA B 169 ? ARG B 156 ALA B 169 1 ? 14 HELX_P HELX_P11 11 GLN C 35 ? LEU C 40 ? GLN C 35 LEU C 40 5 ? 6 HELX_P HELX_P12 12 SER C 52 ? ALA C 60 ? SER C 52 ALA C 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 13 THR C 73 ? GLY C 75 ? THR C 73 GLY C 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 14 ARG C 156 ? GLN C 170 ? ARG C 156 GLN C 170 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 15 THR C 173 ? ASP C 175 ? THR C 173 ASP C 175 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 16 GLN D 35 ? PHE D 39 ? GLN D 35 PHE D 39 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 17 SER D 52 ? ALA D 61 ? SER D 52 ALA D 61 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 18 GLY D 138 ? ASP D 142 ? GLY D 138 ASP D 142 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 19 ARG D 156 ? GLN D 170 ? ARG D 156 GLN D 170 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 20 THR D 173 ? ASP D 175 ? THR D 173 ASP D 175 5 ? 3 HELX_P HELX_P21 21 GLN E 35 ? LEU E 40 ? GLN E 35 LEU E 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 22 SER E 52 ? ALA E 61 ? SER E 52 ALA E 61 1 ? 10 HELX_P HELX_P23 23 THR E 73 ? GLY E 75 ? THR E 73 GLY E 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P24 24 GLY E 138 ? ASP E 142 ? GLY E 138 ASP E 142 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 ARG E 156 ? GLN E 170 ? ARG E 156 GLN E 170 1 ? 15 HELX_P HELX_P26 26 THR E 173 ? ASP E 175 ? THR E 173 ASP E 175 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 27 GLN F 35 ? LEU F 40 ? GLN F 35 LEU F 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 28 SER F 52 ? ALA F 61 ? SER F 52 ALA F 61 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 29 GLY F 138 ? ASP F 142 ? GLY F 138 ASP F 142 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 30 ARG F 156 ? GLN F 170 ? ARG F 156 GLN F 170 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 31 THR F 173 ? ASP F 175 ? THR F 173 ASP F 175 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 32 GLN G 35 ? LEU G 40 ? GLN G 35 LEU G 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 33 SER G 52 ? ALA G 60 ? SER G 52 ALA G 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 34 THR G 73 ? GLY G 75 ? THR G 73 GLY G 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P35 35 GLY G 138 ? ASP G 142 ? GLY G 138 ASP G 142 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 36 ARG G 156 ? GLN G 170 ? ARG G 156 GLN G 170 1 ? 15 HELX_P HELX_P37 37 THR G 173 ? ASP G 175 ? THR G 173 ASP G 175 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 38 GLN H 35 ? LEU H 40 ? GLN H 35 LEU H 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 39 SER H 52 ? ALA H 60 ? SER H 52 ALA H 60 1 ? 9 HELX_P HELX_P40 40 GLY H 138 ? ASP H 142 ? GLY H 138 ASP H 142 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 41 ARG H 156 ? GLN H 170 ? ARG H 156 GLN H 170 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 42 THR H 173 ? ASP H 175 ? THR H 173 ASP H 175 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 89 SG ? ? ? 1_555 A CYS 186 SG ? ? A CYS 89 A CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 89 SG ? ? ? 1_555 B CYS 186 SG ? ? B CYS 89 B CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 89 SG ? ? ? 1_555 C CYS 186 SG ? ? C CYS 89 C CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 89 SG ? ? ? 1_555 D CYS 186 SG ? ? D CYS 89 D CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 89 SG ? ? ? 1_555 E CYS 186 SG ? ? E CYS 89 E CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 89 SG ? ? ? 1_555 F CYS 186 SG ? ? F CYS 89 F CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf7 disulf ? ? G CYS 89 SG ? ? ? 1_555 G CYS 186 SG ? ? G CYS 89 G CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf8 disulf ? ? H CYS 89 SG ? ? ? 1_555 H CYS 186 SG ? ? H CYS 89 H CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 89 ? CYS A 186 ? CYS A 89 ? 1_555 CYS A 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS B 89 ? CYS B 186 ? CYS B 89 ? 1_555 CYS B 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS C 89 ? CYS C 186 ? CYS C 89 ? 1_555 CYS C 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS D 89 ? CYS D 186 ? CYS D 89 ? 1_555 CYS D 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS E 89 ? CYS E 186 ? CYS E 89 ? 1_555 CYS E 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS F 89 ? CYS F 186 ? CYS F 89 ? 1_555 CYS F 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS G 89 ? CYS G 186 ? CYS G 89 ? 1_555 CYS G 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS H 89 ? CYS H 186 ? CYS H 89 ? 1_555 CYS H 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 10 ? B ? 10 ? C ? 10 ? D ? 10 ? E ? 10 ? F ? 10 ? G ? 10 ? H ? 10 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel A 6 7 ? anti-parallel A 7 8 ? anti-parallel A 8 9 ? anti-parallel A 9 10 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel B 4 5 ? anti-parallel B 5 6 ? anti-parallel B 6 7 ? anti-parallel B 7 8 ? anti-parallel B 8 9 ? anti-parallel B 9 10 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel C 4 5 ? anti-parallel C 5 6 ? anti-parallel C 6 7 ? anti-parallel C 7 8 ? anti-parallel C 8 9 ? anti-parallel C 9 10 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? anti-parallel D 5 6 ? anti-parallel D 6 7 ? anti-parallel D 7 8 ? anti-parallel D 8 9 ? anti-parallel D 9 10 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel E 4 5 ? anti-parallel E 5 6 ? anti-parallel E 6 7 ? anti-parallel E 7 8 ? anti-parallel E 8 9 ? anti-parallel E 9 10 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel F 4 5 ? anti-parallel F 5 6 ? anti-parallel F 6 7 ? anti-parallel F 7 8 ? anti-parallel F 8 9 ? anti-parallel F 9 10 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel G 4 5 ? anti-parallel G 5 6 ? anti-parallel G 6 7 ? anti-parallel G 7 8 ? anti-parallel G 8 9 ? anti-parallel G 9 10 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? anti-parallel H 5 6 ? anti-parallel H 6 7 ? anti-parallel H 7 8 ? anti-parallel H 8 9 ? anti-parallel H 9 10 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 ILE A 177 ? PHE A 179 ? ILE A 177 PHE A 179 A 2 GLY A 41 ? SER A 50 ? GLY A 41 SER A 50 A 3 ARG A 144 ? SER A 150 ? ARG A 144 SER A 150 A 4 TYR A 128 ? LYS A 137 ? TYR A 128 LYS A 137 A 5 SER A 114 ? THR A 123 ? SER A 114 THR A 123 A 6 SER A 104 ? SER A 109 ? SER A 104 SER A 109 A 7 GLN A 88 ? PRO A 98 ? GLN A 88 PRO A 98 A 8 LEU A 77 ? ARG A 85 ? LEU A 77 ARG A 85 A 9 SER A 63 ? PRO A 71 ? SER A 63 PRO A 71 A 10 GLY A 41 ? SER A 50 ? GLY A 41 SER A 50 B 1 ILE B 177 ? PHE B 179 ? ILE B 177 PHE B 179 B 2 GLY B 41 ? SER B 50 ? GLY B 41 SER B 50 B 3 ARG B 144 ? SER B 150 ? ARG B 144 SER B 150 B 4 TYR B 128 ? LYS B 137 ? TYR B 128 LYS B 137 B 5 SER B 114 ? THR B 123 ? SER B 114 THR B 123 B 6 SER B 104 ? SER B 109 ? SER B 104 SER B 109 B 7 GLN B 88 ? PRO B 98 ? GLN B 88 PRO B 98 B 8 LEU B 77 ? ARG B 85 ? LEU B 77 ARG B 85 B 9 SER B 63 ? PRO B 71 ? SER B 63 PRO B 71 B 10 GLY B 41 ? SER B 50 ? GLY B 41 SER B 50 C 1 ILE C 177 ? PHE C 179 ? ILE C 177 PHE C 179 C 2 GLY C 41 ? SER C 50 ? GLY C 41 SER C 50 C 3 ARG C 144 ? SER C 150 ? ARG C 144 SER C 150 C 4 TYR C 128 ? LYS C 137 ? TYR C 128 LYS C 137 C 5 SER C 114 ? THR C 123 ? SER C 114 THR C 123 C 6 SER C 104 ? SER C 109 ? SER C 104 SER C 109 C 7 GLN C 88 ? PRO C 98 ? GLN C 88 PRO C 98 C 8 GLY C 76 ? ARG C 85 ? GLY C 76 ARG C 85 C 9 SER C 63 ? ALA C 72 ? SER C 63 ALA C 72 C 10 GLY C 41 ? SER C 50 ? GLY C 41 SER C 50 D 1 ILE D 177 ? PHE D 179 ? ILE D 177 PHE D 179 D 2 GLY D 41 ? SER D 50 ? GLY D 41 SER D 50 D 3 ARG D 144 ? SER D 150 ? ARG D 144 SER D 150 D 4 TYR D 128 ? LYS D 137 ? TYR D 128 LYS D 137 D 5 THR D 115 ? THR D 123 ? THR D 115 THR D 123 D 6 SER D 104 ? ARG D 108 ? SER D 104 ARG D 108 D 7 GLN D 88 ? PRO D 98 ? GLN D 88 PRO D 98 D 8 LEU D 77 ? ARG D 85 ? LEU D 77 ARG D 85 D 9 SER D 63 ? PRO D 71 ? SER D 63 PRO D 71 D 10 GLY D 41 ? SER D 50 ? GLY D 41 SER D 50 E 1 ILE E 177 ? PHE E 179 ? ILE E 177 PHE E 179 E 2 GLY E 41 ? SER E 50 ? GLY E 41 SER E 50 E 3 ARG E 144 ? SER E 150 ? 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