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WWPDB D_1000087039 ? ? # _pdbx_database_status.entry_id 4R8P _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2014-09-02 _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'McGinty, R.K.' 1 'Henrici, R.C.' 2 'Tan, S.' 3 # _citation.id primary _citation.title 'Crystal structure of the PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome.' _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_volume 514 _citation.page_first 591 _citation.page_last 596 _citation.year 2014 _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0028-0836 _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 25355358 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nature13890 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'McGinty, R.K.' 1 ? primary 'Henrici, R.C.' 2 ? primary 'Tan, S.' 3 ? # _cell.entry_id 4R8P _cell.length_a 104.923 _cell.length_b 180.049 _cell.length_c 375.251 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 4R8P _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15303.930 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A' 13978.241 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13524.752 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (147-mer)' 45138.770 1 ? ? 'Widom 601 147-mer (+ strand)' ? 6 polymer man 'DNA (147-mer)' 45610.043 1 ? ? 'Widom 601 147-mer (- strand)' ? 7 polymer man 'Polycomb complex protein BMI-1' 12595.749 2 ? ? 'Residues 2-109' ? 8 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase RING2, Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3' 30118.637 2 '6.3.2.-, 6.3.2.19' ? 'Residues 2-116 of Ring1B and Residues 2-148 of UbcH5c' ? 9 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 8 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 4 H2B1.1 7 'Polycomb group RING finger protein 4, RING finger protein 51' 8 ;Huntingtin-interacting protein 2-interacting protein 3, HIP2-interacting protein 3, Protein DinG, RING finger protein 1B, RING1b, RING finger protein 2, RING finger protein BAP-1, Ubiquitin carrier protein D3, Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 3, Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 3, Ubiquitin-protein ligase D3 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GSHRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIV YKLVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANG ; ;GSHRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIV YKLVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANG ; K,M ? 8 'polypeptide(L)' no no ;GSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITAL RSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSGSGSRSALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMG PNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPL VPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM ; ;GSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITAL RSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSGSGSRSALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMG PNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPL VPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM ; L,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 MET n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 LYS n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 2 61 PHE n 2 62 LEU n 2 63 GLU n 2 64 ASN n 2 65 VAL n 2 66 ILE n 2 67 ARG n 2 68 ASP n 2 69 ALA n 2 70 VAL n 2 71 THR n 2 72 TYR n 2 73 THR n 2 74 GLU n 2 75 HIS n 2 76 ALA n 2 77 LYS n 2 78 ARG n 2 79 LYS n 2 80 THR n 2 81 VAL n 2 82 THR n 2 83 ALA n 2 84 MET n 2 85 ASP n 2 86 VAL n 2 87 VAL n 2 88 TYR n 2 89 ALA n 2 90 LEU n 2 91 LYS n 2 92 ARG n 2 93 GLN n 2 94 GLY n 2 95 ARG n 2 96 THR n 2 97 LEU n 2 98 TYR n 2 99 GLY n 2 100 PHE n 2 101 GLY n 2 102 GLY n 3 1 SER n 3 2 GLY n 3 3 ARG n 3 4 GLY n 3 5 LYS n 3 6 GLN n 3 7 GLY n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 THR n 3 11 ARG n 3 12 ALA n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 LYS n 3 16 THR n 3 17 ARG n 3 18 SER n 3 19 SER n 3 20 ARG n 3 21 ALA n 3 22 GLY n 3 23 LEU n 3 24 GLN n 3 25 PHE n 3 26 PRO n 3 27 VAL n 3 28 GLY n 3 29 ARG n 3 30 VAL n 3 31 HIS n 3 32 ARG n 3 33 LEU n 3 34 LEU n 3 35 ARG n 3 36 LYS n 3 37 GLY n 3 38 ASN n 3 39 TYR n 3 40 ALA n 3 41 GLU n 3 42 ARG n 3 43 VAL n 3 44 GLY n 3 45 ALA n 3 46 GLY n 3 47 ALA n 3 48 PRO n 3 49 VAL n 3 50 TYR n 3 51 LEU n 3 52 ALA n 3 53 ALA n 3 54 VAL n 3 55 LEU n 3 56 GLU n 3 57 TYR n 3 58 LEU n 3 59 THR n 3 60 ALA n 3 61 GLU n 3 62 ILE n 3 63 LEU n 3 64 GLU n 3 65 LEU n 3 66 ALA n 3 67 GLY n 3 68 ASN n 3 69 ALA n 3 70 ALA n 3 71 ARG n 3 72 ASP n 3 73 ASN n 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'BAP1, DING, HIPI3, RING1B, Ring1B-UbcH5c fusion, RNF2, UBC5C, UBCH5C, UBE2D3' ? ? ? ? ;Ring1B(2-116) fragment linked to UBE2D3/UbcH5c (2-148) through a linker encodin g the GSGSRS sequence ; ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? 'Rosetta(DE3)pLysS' ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? pST44 ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP H32_XENLA P84233 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 ? 2 UNP H4_XENLA P62799 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 ? 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 ? 4 UNP H2B11_XENLA P02281 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 ? 5 UNP BMI1_HUMAN P35226 7 ;HRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIVYK LVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANG ; 2 ? 6 UNP RING2_HUMAN Q99496 8 ;SQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALR SGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPS ; 2 ? 7 UNP UB2D3_HUMAN P61077 8 ;ALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSN GSICLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM ; 2 ? 8 PDB 4R8P 4R8P 5 ? ? ? 9 PDB 4R8P 4R8P 6 ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 4R8P A 1 ? 135 ? 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UNP Q99496 ? ? linker 117 8 10 4R8P SER L 118 ? UNP Q99496 ? ? linker 118 9 10 4R8P GLY L 119 ? UNP Q99496 ? ? linker 119 10 10 4R8P SER L 120 ? UNP Q99496 ? ? linker 120 11 10 4R8P ARG L 121 ? UNP Q99496 ? ? linker 121 12 10 4R8P SER L 122 ? UNP Q99496 ? ? linker 122 13 12 4R8P GLY M 1 ? UNP P35226 ? ? 'expression tag' 0 14 12 4R8P SER M 2 ? UNP P35226 ? ? 'expression tag' 1 15 13 4R8P GLY N 1 ? UNP Q99496 ? ? 'expression tag' 1 16 13 4R8P GLY N 117 ? UNP Q99496 ? ? linker 117 17 13 4R8P SER N 118 ? UNP Q99496 ? ? linker 118 18 13 4R8P GLY N 119 ? UNP Q99496 ? ? linker 119 19 13 4R8P SER N 120 ? UNP Q99496 ? ? linker 120 20 13 4R8P ARG N 121 ? UNP Q99496 ? ? linker 121 21 13 4R8P SER N 122 ? UNP Q99496 ? ? linker 122 22 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 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'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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I DT 129 N3 ? ? ? 1_555 J DA 19 N1 ? ? I DT 55 J DA -55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog215 hydrog ? ? I DT 129 O4 ? ? ? 1_555 J DA 19 N6 ? ? I DT 55 J DA -55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog216 hydrog ? ? I DC 130 N3 ? ? ? 1_555 J DG 18 N1 ? ? I DC 56 J DG -56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? I DC 130 N4 ? ? ? 1_555 J DG 18 O6 ? ? I DC 56 J DG -56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? I DC 130 O2 ? ? ? 1_555 J DG 18 N2 ? ? I DC 56 J DG -56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog219 hydrog ? ? I DA 131 N1 ? ? ? 1_555 J DT 17 N3 ? ? I DA 57 J DT -57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog220 hydrog ? ? I DA 131 N6 ? ? ? 1_555 J DT 17 O4 ? ? I DA 57 J DT -57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog221 hydrog ? ? I DG 132 N1 ? ? ? 1_555 J DC 16 N3 ? ? I DG 58 J DC -58 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog222 hydrog ? ? I DA 133 N1 ? ? ? 1_555 J DT 15 N3 ? ? I DA 59 J DT -59 1_555 ? ? ? ? ? ? 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'DG-DC PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 122 L . ? SER 122 L ALA 123 L ? ALA 202 L 1 -1.68 2 TYR 181 L . ? TYR 260 L PRO 182 L ? PRO 261 L 1 1.75 3 THR 250 L . ? THR 329 L ASP 251 L ? ASP 330 L 1 3.60 4 TYR 181 N . ? 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N ARG A 83 O VAL B 81 ? O VAL B 81 B 1 2 N ILE A 119 ? N ILE A 119 O ARG B 45 ? O ARG B 45 C 1 2 N THR B 96 ? N THR B 96 O THR G 101 ? O THR G 101 D 1 2 N ARG C 42 ? N ARG C 42 O ILE D 86 ? O ILE D 89 E 1 2 N ILE C 78 ? N ILE C 78 O GLY D 50 ? O GLY D 53 F 1 2 N THR C 101 ? N THR C 101 O THR F 96 ? O THR F 96 G 1 2 N ARG E 83 ? N ARG E 83 O VAL F 81 ? O VAL F 81 H 1 2 N ILE E 119 ? N ILE E 119 O ARG F 45 ? O ARG F 45 I 1 2 N ARG G 42 ? N ARG G 42 O ILE H 86 ? O ILE H 89 J 1 2 N ILE G 78 ? N ILE G 78 O GLY H 50 ? O GLY H 53 K 1 2 N ILE K 8 ? N ILE K 7 O ILE L 38 ? O ILE L 38 L 1 2 O PHE K 39 ? O PHE K 38 N THR K 30 ? N THR K 29 L 2 3 N THR K 31 ? N THR K 30 O ARG K 71 ? O ARG K 70 M 1 2 O PHE L 71 ? O PHE L 71 N MET L 62 ? N MET L 62 M 2 3 N THR L 63 ? N THR L 63 O ARG L 101 ? O ARG L 101 N 1 2 N GLY L 145 ? N GLY L 224 O GLN L 155 ? O GLN L 234 N 2 3 N ALA L 156 ? N ALA L 235 O LEU L 173 ? O LEU L 252 N 3 4 N THR L 174 ? N THR L 253 O ALA L 189 ? O ALA L 268 O 1 2 N ILE M 8 ? 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sing N N 314 ILE CG2 HG23 sing N N 315 ILE CD1 HD11 sing N N 316 ILE CD1 HD12 sing N N 317 ILE CD1 HD13 sing N N 318 ILE OXT HXT sing N N 319 LEU N CA sing N N 320 LEU N H sing N N 321 LEU N H2 sing N N 322 LEU CA C sing N N 323 LEU CA CB sing N N 324 LEU CA HA sing N N 325 LEU C O doub N N 326 LEU C OXT sing N N 327 LEU CB CG sing N N 328 LEU CB HB2 sing N N 329 LEU CB HB3 sing N N 330 LEU CG CD1 sing N N 331 LEU CG CD2 sing N N 332 LEU CG HG sing N N 333 LEU CD1 HD11 sing N N 334 LEU CD1 HD12 sing N N 335 LEU CD1 HD13 sing N N 336 LEU CD2 HD21 sing N N 337 LEU CD2 HD22 sing N N 338 LEU CD2 HD23 sing N N 339 LEU OXT HXT sing N N 340 LYS N CA sing N N 341 LYS N H sing N N 342 LYS N H2 sing N N 343 LYS CA C sing N N 344 LYS CA CB sing N N 345 LYS CA HA sing N N 346 LYS C O doub N N 347 LYS C OXT sing N N 348 LYS CB CG sing N N 349 LYS CB HB2 sing N N 350 LYS CB HB3 sing N N 351 LYS CG CD sing N N 352 LYS CG HG2 sing N N 353 LYS CG HG3 sing N N 354 LYS CD CE sing N N 355 LYS CD HD2 sing N N 356 LYS CD HD3 sing N N 357 LYS CE NZ sing N N 358 LYS CE HE2 sing N N 359 LYS CE HE3 sing N N 360 LYS NZ HZ1 sing N N 361 LYS NZ HZ2 sing N N 362 LYS NZ HZ3 sing N N 363 LYS OXT HXT sing N N 364 MET N CA sing N N 365 MET N H sing N N 366 MET N H2 sing N N 367 MET CA C sing N N 368 MET CA CB sing N N 369 MET CA HA sing N N 370 MET C O doub N N 371 MET C OXT sing N N 372 MET CB CG sing N N 373 MET CB HB2 sing N N 374 MET CB HB3 sing N N 375 MET CG SD sing N N 376 MET CG HG2 sing N N 377 MET CG HG3 sing N N 378 MET SD CE sing N N 379 MET CE HE1 sing N N 380 MET CE HE2 sing N N 381 MET CE HE3 sing N N 382 MET OXT HXT sing N N 383 PHE N CA sing N N 384 PHE N H sing N N 385 PHE N H2 sing N N 386 PHE CA C sing N N 387 PHE CA CB sing N N 388 PHE CA HA sing N N 389 PHE C O doub N N 390 PHE C OXT sing N N 391 PHE CB CG sing N N 392 PHE CB HB2 sing N N 393 PHE CB HB3 sing N N 394 PHE CG CD1 doub Y N 395 PHE CG CD2 sing Y N 396 PHE CD1 CE1 sing Y N 397 PHE CD1 HD1 sing N N 398 PHE CD2 CE2 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J 47 ? 1 I DT 27 1_555 J DA 121 1_555 I DC 28 1_555 J DG 120 1_555 1.235 1.994 3.755 3.298 -1.460 43.678 2.831 -1.293 3.769 -1.958 -4.423 43.820 22 II_DT-47DC-46:DG46DA47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 I DC 28 1_555 J DG 120 1_555 I DA 29 1_555 J DT 119 1_555 0.082 1.949 3.608 -3.275 -8.566 37.313 4.075 -0.550 3.085 -13.147 5.026 38.384 23 II_DC-46DA-45:DT45DG46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 I DA 29 1_555 J DT 119 1_555 I DT 31 1_555 J DA 117 1_555 -0.330 0.568 6.409 -6.301 -4.202 71.397 0.762 -0.135 6.379 -3.590 5.384 71.744 24 II_DA-45DT-43:DA43DT45_JJ I -45 ? J 45 ? I -43 ? J 43 ? 1 I DT 31 1_555 J DA 117 1_555 I DT 32 1_555 J DA 116 1_555 0.560 -0.032 3.539 9.240 7.319 32.845 -1.284 0.619 3.480 12.454 -15.724 34.841 25 II_DT-43DT-42:DA42DA43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? J 42 ? 1 I DT 32 1_555 J DA 116 1_555 I DG 33 1_555 J DC 115 1_555 0.101 -0.074 4.350 1.198 26.063 37.245 -3.228 0.012 3.575 35.926 -1.652 45.207 26 II_DT-42DG-41:DC41DA42_JJ I -42 ? J 42 ? I -41 ? J 41 ? 1 I DG 33 1_555 J DC 115 1_555 I DG 34 1_555 J DC 114 1_555 -0.258 0.144 3.476 -6.352 13.469 25.866 -2.781 -0.941 3.145 27.388 12.917 29.783 27 II_DG-41DG-40:DC40DC41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? J 40 ? 1 I DG 34 1_555 J DC 114 1_555 I DC 36 1_555 J DG 112 1_555 -0.022 1.168 6.516 3.758 2.750 70.517 0.819 0.281 6.544 2.379 -3.251 70.650 28 II_DG-40DC-38:DG38DC40_JJ I -40 ? J 40 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DC 36 1_555 J DG 112 1_555 I DG 37 1_555 J DC 111 1_555 0.891 -0.353 3.481 -11.849 -4.876 75.716 -0.135 -1.082 3.348 -3.945 9.588 76.632 29 II_DC-38DG-37:DC37DG38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 37 1_555 J DC 111 1_555 I DT 38 1_555 J DA 110 1_555 0.906 1.543 3.143 6.934 -0.008 -3.685 -11.252 23.378 0.678 0.068 62.046 -7.852 30 II_DG-37DT-36:DA36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DT 38 1_555 J DA 110 1_555 I DA 39 1_555 J DT 109 1_555 -0.146 1.890 3.424 1.124 -24.447 36.291 4.643 0.294 1.846 -34.816 -1.601 43.540 31 II_DT-36DA-35:DT35DA36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DA 39 1_555 J DT 109 1_555 I DG 40 1_555 J DC 108 1_555 0.035 0.192 3.645 3.965 5.803 42.450 -0.381 0.392 3.628 7.949 -5.431 43.002 32 II_DA-35DG-34:DC34DT35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DG 40 1_555 J DC 108 1_555 I DA 41 1_555 J DT 107 1_555 -0.642 -0.194 2.852 -12.669 2.491 33.874 -0.631 -0.585 2.881 4.096 20.829 36.184 33 II_DG-34DA-33:DT33DC34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DA 41 1_555 J DT 107 1_555 I DC 42 1_555 J DG 106 1_555 0.346 -0.757 3.182 1.842 3.172 36.299 -1.633 -0.307 3.121 5.076 -2.947 36.477 34 II_DA-33DC-32:DG32DT33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DC 42 1_555 J DG 106 1_555 I DA 43 1_555 J DT 105 1_555 -0.622 0.414 2.953 -3.509 -2.592 30.131 1.259 0.547 2.960 -4.954 6.706 30.438 35 II_DC-32DA-31:DT31DG32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 43 1_555 J DT 105 1_555 I DG 44 1_555 J DC 104 1_555 0.725 -1.108 3.201 -7.541 -1.962 35.952 -1.499 -2.142 3.047 -3.133 12.043 36.760 36 II_DA-31DG-30:DC30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DG 44 1_555 J DC 104 1_555 I DC 45 1_555 J DG 103 1_555 0.158 -0.981 4.159 -1.418 4.375 36.004 -2.342 -0.502 4.007 7.043 2.282 36.286 37 II_DG-30DC-29:DG29DC30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DC 45 1_555 J DG 103 1_555 I DT 46 1_555 J DA 102 1_555 -1.798 -0.769 2.955 7.412 -7.881 30.429 -0.164 4.385 2.572 -14.454 -13.594 32.252 38 II_DC-29DT-28:DA28DG29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DT 46 1_555 J DA 102 1_555 I DC 47 1_555 J DG 101 1_555 1.899 0.438 3.684 1.810 -1.815 38.729 0.910 -2.608 3.742 -2.734 -2.726 38.811 39 II_DT-28DC-27:DG27DA28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 47 1_555 J DG 101 1_555 I DT 48 1_555 J DA 100 1_555 -2.475 0.710 3.117 1.663 -13.901 37.084 2.522 3.834 2.588 -20.962 -2.508 39.552 40 II_DC-27DT-26:DA26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DT 48 1_555 J DA 100 1_555 I DA 49 1_555 J DT 99 1_555 2.674 0.822 3.398 4.878 -10.727 37.431 2.585 -3.369 3.356 -16.230 -7.380 39.179 41 II_DT-26DA-25:DT25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DA 49 1_555 J DT 99 1_555 I DG 50 1_555 J DC 98 1_555 -1.279 0.384 3.196 -4.691 -3.309 37.465 1.013 1.372 3.282 -5.115 7.251 37.887 42 II_DA-25DG-24:DC24DT25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DG 50 1_555 J DC 98 1_555 I DC 51 1_555 J DG 97 1_555 -0.118 -0.958 4.026 3.991 8.047 35.307 -2.876 0.855 3.692 13.009 -6.452 36.396 43 II_DG-24DC-23:DG23DC24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DC 51 1_555 J DG 97 1_555 I DA 52 1_555 J DT 96 1_555 -0.111 0.329 4.112 15.030 9.221 33.398 -1.013 2.653 3.697 14.830 -24.173 37.650 44 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DA 52 1_555 J DT 96 1_555 I DC 53 1_555 J DG 95 1_555 -0.493 0.433 3.059 -5.774 10.027 38.702 -0.463 0.087 3.111 14.733 8.484 40.330 45 II_DA-22DC-21:DG21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DC 53 1_555 J DG 95 1_555 I DC 54 1_555 J DG 94 1_555 0.787 0.031 3.519 0.386 25.431 16.517 -5.605 -1.422 1.973 57.517 -0.874 30.252 46 II_DC-21DC-20:DG20DG21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? 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