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_audit_author.pdbx_ordinal 'Vianello, P.' 1 'Botrugno, O.' 2 'Cappa, A.' 3 'Ciossani, G.' 4 'Dessanti, P.' 5 'Mai, A.' 6 'Mattevi, A.' 7 'Meroni, G.' 8 'Minucci, S.' 9 'Thaler, F.' 10 'Tortorici, M.' 11 'Trifiro, P.' 12 'Valente, S.' 13 'Villa, M.' 14 'Varasi, M.' 15 'Mercurio, C.' 16 # _citation.id primary _citation.title ;Synthesis, Biological Activity and Mechanistic Insights of 1-Substituted Cyclopropylamine Derivatives: A Novel Class of Irreversible Inhibitors of Histone Demethylase Kdm1A. ; _citation.journal_abbrev Eur.J.Med.Chem. _citation.journal_volume 86C _citation.page_first 352 _citation.page_last ? _citation.year 2014 _citation.journal_id_ASTM EJMCA5 _citation.country FR _citation.journal_id_ISSN 0223-5234 _citation.journal_id_CSD 0493 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 25173853 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/J.EJMECH.2014.08.068 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Vianello, P.' 1 ? primary 'Botrugno, O.A.' 2 ? primary 'Cappa, A.' 3 ? primary 'Ciossani, G.' 4 ? primary 'Dessanti, P.' 5 ? primary 'Mai, A.' 6 ? primary 'Mattevi, A.' 7 ? primary 'Meroni, G.' 8 ? primary 'Minucci, S.' 9 ? primary 'Thaler, F.' 10 ? primary 'Tortorici, M.' 11 ? primary 'Trifiro, P.' 12 ? primary 'Valente, S.' 13 ? primary 'Villa, M.' 14 ? primary 'Varasi, M.' 15 ? primary 'Mercurio, C.' 16 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1A' 94846.234 1 1.-.-.- ? ? ? 2 polymer man 'REST COREPRESSOR 1' 53101.961 1 ? ? ? ? 3 non-polymer syn ;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl 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;MVEKGPEVSGKRRGRNNAAASASAAAASAAASAACASPAATAASGAAASSASAAAASAAAAPNNGQNKSLAAAAPNGNSS SNSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIAIAKEKHGYN MEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKT SVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVPQVKKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQED VEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGR DFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVRYAS AS ; B ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 3 _pdbx_entity_nonpoly.name ;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3S,3aS,7aS)-1-amino-1,10,11-trimethyl-4,6-dioxo-3-phenyl-2,3,5,6,7,7a-hexahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate ; _pdbx_entity_nonpoly.comp_id D51 # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LEU n 1 3 SER n 1 4 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 2.800 _refine_ls_shell.d_res_low 2.873 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 4448 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.350 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.82 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.371 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 92 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _database_PDB_matrix.entry_id 4UVB _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4UVB _struct.title 'LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Methyl-Tranylcypromine (1S,2R)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4UVB _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION _struct_keywords.text 'TRANSCRIPTION, COVALENT INHIBITOR' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP KDM1A_HUMAN 1 ? ? O60341 ? 2 UNP RCOR1_HUMAN 2 ? ? Q9UKL0 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 4UVB A 1 ? 872 ? O60341 1 ? 876 ? -19 852 2 2 4UVB B 1 ? 482 ? 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ASN B 429 ALA B 439 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 260 A . ? ALA 240 A PRO 261 A ? PRO 241 A 1 0.48 2 PRO 490 A . ? PRO 470 A PRO 491 A ? PRO 471 A 1 0.50 3 GLN 653 A . ? GLN 633 A PRO 654 A ? PRO 634 A 1 0.06 4 VAL 660 A . ? VAL 640 A PRO 661 A ? PRO 641 A 1 -1.60 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 5 ? AB ? 2 ? AC ? 3 ? AD ? 2 ? AE ? 4 ? AF ? 2 ? AG ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? parallel AB 1 2 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? parallel AF 1 2 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AG 2 3 ? anti-parallel AG 3 4 ? anti-parallel AG 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 ASP A 603 ? 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