data_4WZJ # _entry.id 4WZJ # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.383 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 4WZJ pdb_00004wzj 10.2210/pdb4wzj/pdb WWPDB D_1000204505 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2015-01-14 2 'Structure model' 1 1 2015-04-08 3 'Structure model' 1 2 2016-01-13 4 'Structure model' 1 3 2018-04-18 5 'Structure model' 1 4 2024-01-10 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 2 'Structure model' 'Structure summary' 3 3 'Structure model' 'Database references' 4 4 'Structure model' 'Data collection' 5 4 'Structure model' 'Database references' 6 4 'Structure model' 'Source and taxonomy' 7 5 'Structure model' 'Data collection' 8 5 'Structure model' 'Database references' 9 5 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' citation 2 4 'Structure model' citation_author 3 4 'Structure model' entity_src_gen 4 5 'Structure model' chem_comp_atom 5 5 'Structure model' chem_comp_bond 6 5 'Structure model' database_2 7 5 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_citation.country' 2 4 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 4 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 4 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 4 'Structure model' '_citation.page_first' 6 4 'Structure model' '_citation.page_last' 7 4 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 8 4 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 9 4 'Structure model' '_citation.title' 10 4 'Structure model' '_citation_author.name' 11 4 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name' 12 4 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_host_org_strain' 13 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 14 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id SPRSDE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2015-01-14 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 4WZJ _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 4V5U _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 4WZJ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2014-11-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB ;Spliceosomal U4 snRNP core domain, solved from Se-MET MAD phases by approximation in a reduced cell in P6(1)22 and refined with twinning after expansion to the true cell in P3(1). ; 4v5u re-refinement PDB ;minimal U1 snRNP comprising the seven Sm proteins, the N-terminal peptide of U1-70K, U1-C, a pre-mRNA fragment and a truncated U1 snRNA. ; 4PJO unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Leung, A.K.W.' 1 ? 'Nagai, K.' 2 ? 'Li, J.' 3 ? # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 473 ? 536 539 'Structure of the spliceosomal U4 snRNP core domain and its implication for snRNP biogenesis.' 2011 ? 10.1038/nature09956 21516107 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 'Cell(Cambridge,Mass.)' CELLB5 0998 0092-8674 ? ? 96 ? 375 387 'Crystal structures of two Sm protein complexes and their implications for the assembly of the spliceosomal snRNPs.' 1999 ? ? 10025403 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 2 'Embo J.' EMJODG 0897 0261-4189 ? ? 20 ? 2293 2303 'RNA binding in an Sm core domain: X-ray structure and functional analysis of an archaeal Sm protein complex.' 2001 ? 10.1093/emboj/20.9.2293 11331594 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 3 Elife ? ? 2050-084X ? ? 4 ? ? ? ;Crystal structure of human U1 snRNP, a small nuclear ribonucleoprotein particle, reveals the mechanism of 5' splice site recognition. ; 2015 ? 10.7554/eLife.04986 25555158 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 4 'Acta Crystallogr.,Sect.D' ABCRE6 ? 1399-0047 ? ? 72 ? 131 146 'Re-refinement of the spliceosomal U4 snRNP core-domain structure' 2016 ? 10.1107/S2059798315022111 26894541 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Leung, A.K.' 1 ? primary 'Nagai, K.' 2 ? primary 'Li, J.' 3 ? 1 'Kambach, C.' 4 ? 1 'Walke, S.' 5 ? 1 'Young, R.' 6 ? 1 'Avis, J.M.' 7 ? 1 'de la Fortelle, E.' 8 ? 1 'Raker, V.A.' 9 ? 1 'Luhrmann, R.' 10 ? 1 'Li, J.' 11 ? 1 'Nagai, K.' 12 ? 2 'Toro, I.' 13 ? 2 'Thore, S.' 14 ? 2 'Mayer, C.' 15 ? 2 'Basquin, J.' 16 ? 2 'Seraphin, B.' 17 ? 2 'Suck, D.' 18 ? 3 'Kondo, Y.' 19 ? 3 'Oubridge, C.' 20 ? 3 'van Roon, A.M.' 21 ? 3 'Nagai, K.' 22 ? 4 'Li, J.' 23 ? 4 'Leung, A.K.' 24 ? 4 'Kondo, Y.' 25 ? 4 'Oubridge, C.' 26 ? 4 'Nagai, K.' 27 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3' 13783.114 12 ? ? ? 'engineered, co-expressed with SM B' 2 polymer man ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; 10911.931 12 ? ? ? 'engineered; residues 1-95 of sequence expressed, co-expressed with SM D3' 3 polymer man 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1' 13153.460 12 ? ? ? 'engineered, co-expressed with SM D2' 4 polymer man 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2' 13551.928 12 ? ? ? 'engineered, co-expressed with SM D1' 5 polymer man 'Small nuclear ribonucleoprotein F' 9734.171 12 ? ? ? 'engineered, co-expressed with SM E and SM G' 6 polymer man 'Small nuclear ribonucleoprotein E' 10817.601 12 ? ? ? 'engineered, co-expressed with SM F and SM G' 7 polymer man 'Small nuclear ribonucleoprotein G' 8508.084 12 ? ? ? 'engineered, co-expressed with SM E and SM F' 8 polymer man ;U4 small nuclear RNA variant: Native sequence 85-145, of which nucleotides 97-104 are replaced with GAAA tetraloop and nucleotides 134-137 are replaced with GAAA tetraloop receptor. ; 21957.041 12 ? ? ? 'In vitro transcription with T7 RNA polymerase.' 9 water nat water 18.015 3 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Sm-D3,snRNP core protein D3' 2 ;snRNP-B,Sm protein B/B',SmB/B' ; 3 'Sm-D1,Sm-D autoantigen,snRNP core protein D1' 4 'Sm-D2,snRNP core protein D2' 5 'snRNP-F,Sm protein F,SmF' 6 'snRNP-E,Sm protein E,SmE' 7 'snRNP-G,Sm protein G,SmG' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNA PMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKR ; ;MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNA PMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKR ; A,H,O,AA,HH,OO,AAA,HHH,OOO,AAAA,HHHH,OOOO ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSM TVEGPPPKDTGIARV ; ;MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSM TVEGPPPKDTGIARV ; B,I,P,BB,II,PP,BBB,III,PPP,BBBB,IIII,PPPP ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL VDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPR ; ;MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL VDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPR ; C,J,Q,CC,JJ,QQ,CCC,JJJ,QQQ,CCCC,JJJJ,QQQQ ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; D,K,R,DD,KK,RR,DDD,KKK,RRR,DDDD,KKKK,RRRR ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEE DGEMRE ; ;MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEE DGEMRE ; F,M,T,FF,MM,TT,FFF,MMM,TTT,FFFF,MMMM,TTTT ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLK GDNITLLQSVSN ; ;MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLK GDNITLLQSVSN ; E,L,S,EE,LL,SS,EEE,LLL,SSS,EEEE,LLLL,SSSS ? 7 'polypeptide(L)' no no MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV G,N,U,GG,NN,UU,GGG,NNN,UUU,GGGG,NNNN,UUUU ? 8 polyribonucleotide no no GCCGUGACGACUGAAAAGUCGGCAUUGGCAAUUUUUGACAGUCUCUAUGGGUAACCUAAGGAGACUGG GCCGUGACGACUGAAAAGUCGGCAUUGGCAAUUUUUGACAGUCUCUAUGGGUAACCUAAGGAGACUGG V,X,Y,VV,XX,YY,VVV,XXX,YYY,VVVV,XXXX,YYYY ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name water _pdbx_entity_nonpoly.comp_id HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 ILE n 1 4 GLY n 1 5 VAL n 1 6 PRO n 1 7 ILE n 1 8 LYS n 1 9 VAL n 1 10 LEU n 1 11 HIS n 1 12 GLU n 1 13 ALA n 1 14 GLU n 1 15 GLY n 1 16 HIS n 1 17 ILE n 1 18 VAL n 1 19 THR n 1 20 CYS n 1 21 GLU n 1 22 THR n 1 23 ASN n 1 24 THR n 1 25 GLY n 1 26 GLU n 1 27 VAL n 1 28 TYR n 1 29 ARG n 1 30 GLY n 1 31 LYS n 1 32 LEU n 1 33 ILE n 1 34 GLU n 1 35 ALA n 1 36 GLU n 1 37 ASP n 1 38 ASN n 1 39 MET n 1 40 ASN n 1 41 CYS n 1 42 GLN n 1 43 MET n 1 44 SER n 1 45 ASN n 1 46 ILE n 1 47 THR n 1 48 VAL n 1 49 THR n 1 50 TYR n 1 51 ARG n 1 52 ASP n 1 53 GLY n 1 54 ARG n 1 55 VAL n 1 56 ALA n 1 57 GLN n 1 58 LEU n 1 59 GLU n 1 60 GLN n 1 61 VAL n 1 62 TYR n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 GLY n 1 66 SER n 1 67 LYS n 1 68 ILE n 1 69 ARG n 1 70 PHE n 1 71 LEU n 1 72 ILE n 1 73 LEU n 1 74 PRO n 1 75 ASP n 1 76 MET n 1 77 LEU n 1 78 LYS n 1 79 ASN n 1 80 ALA n 1 81 PRO n 1 82 MET n 1 83 LEU n 1 84 LYS n 1 85 SER n 1 86 MET n 1 87 LYS n 1 88 ASN n 1 89 LYS n 1 90 ASN n 1 91 GLN n 1 92 GLY n 1 93 SER n 1 94 GLY n 1 95 ALA n 1 96 GLY n 1 97 ARG n 1 98 GLY n 1 99 LYS n 1 100 ALA n 1 101 ALA n 1 102 ILE n 1 103 LEU n 1 104 LYS n 1 105 ALA n 1 106 GLN n 1 107 VAL n 1 108 ALA n 1 109 ALA n 1 110 ARG n 1 111 GLY n 1 112 ARG n 1 113 GLY n 1 114 ARG n 1 115 GLY n 1 116 MET n 1 117 GLY n 1 118 ARG n 1 119 GLY n 1 120 ASN n 1 121 ILE n 1 122 PHE n 1 123 GLN n 1 124 LYS n 1 125 ARG n 2 1 MET n 2 2 THR n 2 3 VAL n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 SER n 2 7 SER n 2 8 LYS n 2 9 MET n 2 10 LEU n 2 11 GLN n 2 12 HIS n 2 13 ILE n 2 14 ASP n 2 15 TYR n 2 16 ARG n 2 17 MET n 2 18 ARG n 2 19 CYS n 2 20 ILE n 2 21 LEU n 2 22 GLN n 2 23 ASP n 2 24 GLY n 2 25 ARG n 2 26 ILE n 2 27 PHE n 2 28 ILE n 2 29 GLY n 2 30 THR n 2 31 PHE n 2 32 LYS n 2 33 ALA n 2 34 PHE n 2 35 ASP n 2 36 LYS n 2 37 HIS n 2 38 MET n 2 39 ASN n 2 40 LEU n 2 41 ILE n 2 42 LEU n 2 43 CYS n 2 44 ASP n 2 45 CYS n 2 46 ASP n 2 47 GLU n 2 48 PHE n 2 49 ARG n 2 50 LYS n 2 51 ILE n 2 52 LYS 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog693 hydrog ? ? RC G 9 O6 ? ? ? 1_555 RC C 20 N4 ? ? YYYY G 9 YYYY C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog694 hydrog ? ? RC A 10 N1 ? ? ? 1_555 RC U 19 N3 ? ? YYYY A 10 YYYY U 19 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog695 hydrog ? ? RC A 10 N6 ? ? ? 1_555 RC U 19 O4 ? ? YYYY A 10 YYYY U 19 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog696 hydrog ? ? RC C 11 N3 ? ? ? 1_555 RC G 18 N1 ? ? YYYY C 11 YYYY G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog697 hydrog ? ? RC C 11 N4 ? ? ? 1_555 RC G 18 O6 ? ? YYYY C 11 YYYY G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog698 hydrog ? ? RC C 11 O2 ? ? ? 1_555 RC G 18 N2 ? ? YYYY C 11 YYYY G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog699 hydrog ? ? RC U 12 N3 ? ? ? 1_555 RC A 17 N1 ? ? YYYY U 12 YYYY A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog700 hydrog ? ? RC U 12 O4 ? ? ? 1_555 RC A 17 N6 ? ? YYYY U 12 YYYY A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog701 hydrog ? ? RC G 13 N2 ? ? ? 1_555 RC A 16 N7 ? ? YYYY G 13 YYYY A 16 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog702 hydrog ? ? RC C 39 N3 ? ? ? 1_555 RC G 67 N1 ? ? YYYY C 39 YYYY G 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog703 hydrog ? ? RC C 39 N4 ? ? ? 1_555 RC G 67 O6 ? ? YYYY C 39 YYYY G 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog704 hydrog ? ? RC C 39 O2 ? ? ? 1_555 RC G 67 N2 ? ? YYYY C 39 YYYY G 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog705 hydrog ? ? RC A 40 N1 ? ? ? 1_555 RC U 66 N3 ? ? YYYY A 40 YYYY U 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog706 hydrog ? ? RC A 40 N6 ? ? ? 1_555 RC U 66 O4 ? ? YYYY A 40 YYYY U 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog707 hydrog ? ? RC G 41 N1 ? ? ? 1_555 RC C 65 N3 ? ? YYYY G 41 YYYY C 65 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog708 hydrog ? ? RC U 42 N3 ? ? ? 1_555 RC A 64 N1 ? ? YYYY U 42 YYYY A 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog709 hydrog ? ? RC U 42 O4 ? ? ? 1_555 RC A 64 N6 ? ? YYYY U 42 YYYY A 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog710 hydrog ? ? RC C 43 N3 ? ? ? 1_555 RC G 63 N1 ? ? YYYY C 43 YYYY G 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog711 hydrog ? ? RC C 43 N4 ? ? ? 1_555 RC G 63 O6 ? ? YYYY C 43 YYYY G 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog712 hydrog ? ? RC C 43 O2 ? ? ? 1_555 RC G 63 N2 ? ? YYYY C 43 YYYY G 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog713 hydrog ? ? RC U 44 N3 ? ? ? 1_555 RC A 62 N1 ? ? YYYY U 44 YYYY A 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog714 hydrog ? ? RC U 44 O4 ? ? ? 1_555 RC A 62 N6 ? ? YYYY U 44 YYYY A 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog715 hydrog ? ? RC C 45 N3 ? ? ? 1_555 RC G 61 N1 ? ? YYYY C 45 YYYY G 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog716 hydrog ? ? RC C 45 N4 ? ? ? 1_555 RC G 61 O6 ? ? YYYY C 45 YYYY G 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog717 hydrog ? ? RC C 45 O2 ? ? ? 1_555 RC G 61 N2 ? ? YYYY C 45 YYYY G 61 1_555 ? ? ? ? ? ? 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'A-G MISPAIR' ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 80 A . ? ALA 80 A PRO 81 A ? PRO 81 A 1 -10.54 2 ALA 80 H . ? ALA 80 H PRO 81 H ? PRO 81 H 1 -10.54 3 ALA 80 O . ? ALA 80 O PRO 81 O ? PRO 81 O 1 -10.32 4 ALA 80 V . ? ALA 80 AA PRO 81 V ? 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VAL OO 55 ILE OO 63 AA6 5 ILE PA 67 ? ALA PA 72 ? ILE UU 67 ALA UU 72 AA6 6 LYS PA 16 ? LEU PA 21 ? LYS UU 16 LEU UU 21 AA6 7 ARG PA 25 ? PHE PA 34 ? ARG UU 25 PHE UU 34 AA6 8 LEU PA 40 ? MET PA 48 ? LEU UU 40 MET UU 48 AA6 9 GLN PA 54 ? ILE PA 62 ? GLN UU 54 ILE UU 62 AA6 10 ILE OA 84 ? VAL OA 90 ? ILE SS 84 VAL SS 90 AA6 11 ARG OA 30 ? LEU OA 35 ? ARG SS 30 LEU SS 35 AA6 12 GLN OA 38 ? PHE OA 50 ? GLN SS 38 PHE SS 50 AA6 13 LEU OA 56 ? HIS OA 65 ? LEU SS 56 HIS SS 65 AA6 14 SER OA 70 ? LEU OA 79 ? SER SS 70 LEU SS 79 AA6 15 VAL NA 69 ? GLY NA 74 ? VAL TT 69 GLY TT 74 AA6 16 PRO NA 18 ? LEU NA 23 ? PRO TT 18 LEU TT 23 AA6 17 GLU NA 28 ? VAL NA 36 ? GLU TT 28 VAL TT 36 AA6 18 MET NA 42 ? ILE NA 51 ? MET TT 42 ILE TT 51 AA6 19 ALA NA 54 ? ILE NA 64 ? ALA TT 54 ILE TT 64 AA6 20 VAL MA 106 ? ARG MA 111 ? VAL RR 106 ARG RR 111 AA6 21 GLN MA 41 ? CYS MA 46 ? GLN RR 41 CYS RR 46 AA6 22 LYS MA 51 ? PHE MA 59 ? LYS RR 51 PHE RR 59 AA6 23 MET MA 65 ? GLU MA 76 ? 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O ILE LL 64 AA5 13 14 N ALA HA 61 ? N ALA LL 61 O LEU HA 74 ? O LEU LL 74 AA5 14 15 O MET HA 78 ? O MET LL 78 N ILE GA 72 ? N ILE MM 72 AA5 15 16 O ARG GA 73 ? O ARG MM 73 N MET GA 20 ? N MET MM 20 AA5 16 17 N VAL GA 19 ? N VAL MM 19 O GLY GA 31 ? O GLY MM 31 AA5 17 18 N GLU GA 28 ? N GLU MM 28 O TYR GA 50 ? O TYR MM 50 AA5 18 19 N GLU GA 49 ? N GLU MM 49 O SER GA 56 ? O SER MM 56 AA5 19 20 O LEU GA 63 ? O LEU MM 63 N VAL FA 109 ? N VAL KK 109 AA5 20 21 O LEU FA 110 ? O LEU KK 110 N LEU FA 43 ? N LEU KK 43 AA5 21 22 N ILE FA 44 ? N ILE KK 44 O LEU FA 52 ? O LEU KK 52 AA5 22 23 N LEU FA 53 ? N LEU KK 53 O LYS FA 71 ? O LYS KK 71 AA5 23 24 N LEU FA 67 ? N LEU KK 67 O MET FA 99 ? O MET KK 99 AA5 24 25 O PHE FA 100 ? O PHE KK 100 N PHE EA 68 ? N PHE JJ 68 AA5 25 26 O ILE EA 69 ? O ILE JJ 69 N THR EA 16 ? N THR JJ 16 AA5 26 27 N ILE EA 17 ? N ILE JJ 17 O VAL EA 25 ? O VAL JJ 25 AA5 27 28 N GLN EA 24 ? N GLN JJ 24 O THR EA 46 ? O THR JJ 46 AA5 28 29 N THR EA 38 ? N THR JJ 38 O ILE EA 60 ? 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N N 520 VAL CG1 C N N 521 VAL CG2 C N N 522 VAL OXT O N N 523 VAL H H N N 524 VAL H2 H N N 525 VAL HA H N N 526 VAL HB H N N 527 VAL HG11 H N N 528 VAL HG12 H N N 529 VAL HG13 H N N 530 VAL HG21 H N N 531 VAL HG22 H N N 532 VAL HG23 H N N 533 VAL HXT H N N 534 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal A OP3 P sing N N 1 A OP3 HOP3 sing N N 2 A P OP1 doub N N 3 A P OP2 sing N N 4 A P "O5'" sing N N 5 A OP2 HOP2 sing N N 6 A "O5'" "C5'" sing N N 7 A "C5'" "C4'" sing N N 8 A "C5'" "H5'" sing N N 9 A "C5'" "H5''" sing N N 10 A "C4'" "O4'" sing N N 11 A "C4'" "C3'" sing N N 12 A "C4'" "H4'" sing N N 13 A "O4'" "C1'" sing N N 14 A "C3'" "O3'" sing N N 15 A "C3'" "C2'" sing N N 16 A "C3'" "H3'" sing N N 17 A "O3'" "HO3'" sing N N 18 A "C2'" "O2'" sing N N 19 A "C2'" "C1'" sing N N 20 A "C2'" "H2'" sing N N 21 A "O2'" "HO2'" 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P "O5'" sing N N 113 C OP2 HOP2 sing N N 114 C "O5'" "C5'" sing N N 115 C "C5'" "C4'" sing N N 116 C "C5'" "H5'" sing N N 117 C "C5'" "H5''" sing N N 118 C "C4'" "O4'" sing N N 119 C "C4'" "C3'" sing N N 120 C "C4'" "H4'" sing N N 121 C "O4'" "C1'" sing N N 122 C "C3'" "O3'" sing N N 123 C "C3'" "C2'" sing N N 124 C "C3'" "H3'" sing N N 125 C "O3'" "HO3'" sing N N 126 C "C2'" "O2'" sing N N 127 C "C2'" "C1'" sing N N 128 C "C2'" "H2'" sing N N 129 C "O2'" "HO2'" sing N N 130 C "C1'" N1 sing N N 131 C "C1'" "H1'" sing N N 132 C N1 C2 sing N N 133 C N1 C6 sing N N 134 C C2 O2 doub N N 135 C C2 N3 sing N N 136 C N3 C4 doub N N 137 C C4 N4 sing N N 138 C C4 C5 sing N N 139 C N4 H41 sing N N 140 C N4 H42 sing N N 141 C C5 C6 doub N N 142 C C5 H5 sing N N 143 C C6 H6 sing N N 144 CYS N CA sing N N 145 CYS N H sing N N 146 CYS N H2 sing N N 147 CYS CA C sing N N 148 CYS CA CB sing N N 149 CYS CA HA sing N N 150 CYS C O doub N N 151 CYS C OXT sing N N 152 CYS CB SG sing N N 153 CYS CB HB2 sing 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