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N 242 'interatomic distance' # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 5.500 _refine_ls_shell.d_res_low 5.640 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 4099 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.374 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 86.07 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.408 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 219 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 1 A 2 2 G 2 1 A 3 2 H 3 1 A 4 2 M 4 1 A 5 2 N 5 1 B 6 2 G 6 1 B 7 2 H 7 1 B 8 2 M 8 1 B 9 2 N 9 1 C 10 2 I 10 1 C 11 2 O 11 1 D 12 2 J 12 1 D 13 2 P 13 1 E 14 2 K 14 1 E 15 2 Q 15 1 F 16 2 L 16 1 F 17 2 R 17 1 1 18 2 4 18 1 1 19 2 7 19 1 2 20 2 5 20 1 2 21 2 8 21 1 G 22 2 H 22 1 G 23 2 M 23 1 G 24 2 N 24 1 H 25 2 M 25 1 H 26 2 N 26 1 I 27 2 O 27 1 J 28 2 P 28 1 K 29 2 Q 29 1 L 30 2 R 30 1 4 31 2 7 31 1 5 32 2 8 32 1 M 33 2 N 33 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 A 6 A 232 0 0 ? 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_struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 4YLP _struct_keywords.text 'RNA Polymerase, Initiation Complex, DNA Bubble, TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION/DNA/RNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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ASN P 1249 LEU P 1261 1 ? 13 HELX_P HELX_P369 BO9 TYR V 1282 ? GLY V 1296 ? TYR P 1282 GLY P 1296 1 ? 15 HELX_P HELX_P370 BP1 GLY V 1308 ? THR V 1316 ? GLY P 1308 THR P 1316 1 ? 9 HELX_P HELX_P371 BP2 SER V 1318 ? GLN V 1326 ? SER P 1318 GLN P 1326 1 ? 9 HELX_P HELX_P372 BP3 GLU V 1327 ? GLY V 1339 ? GLU P 1327 GLY P 1339 1 ? 13 HELX_P HELX_P373 BP4 GLY V 1346 ? GLY V 1354 ? GLY P 1346 GLY P 1354 1 ? 9 HELX_P HELX_P374 BP5 GLY V 1360 ? ALA V 1375 ? GLY P 1360 ALA P 1375 1 ? 16 HELX_P HELX_P375 BP6 VAL W 5 ? GLY W 13 ? VAL Q 6 GLY Q 14 1 ? 9 HELX_P HELX_P376 BP7 ASN W 14 ? VAL W 31 ? ASN Q 15 VAL Q 32 1 ? 18 HELX_P HELX_P377 BP8 LYS W 44 ? GLY W 56 ? LYS Q 45 GLY Q 57 1 ? 13 HELX_P HELX_P378 BP9 ASN W 59 ? ARG W 90 ? ASN Q 60 ARG Q 91 1 ? 32 HELX_P HELX_P379 BQ1 ALA X 95 ? ILE X 106 ? ALA R 80 ILE R 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P380 BQ2 ASP X 111 ? GLY X 121 ? ASP R 96 GLY R 106 1 ? 11 HELX_P HELX_P381 BQ3 GLU X 129 ? TYR X 152 ? GLU R 114 TYR R 137 1 ? 24 HELX_P HELX_P382 BQ4 TYR X 152 ? 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'DT-DG MISPAIR' ? ? hydrog25 hydrog ? ? G DT 15 N3 ? ? ? 1_555 H DA 35 N1 ? ? 1 DT 26 2 DA 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog26 hydrog ? ? G DT 15 O4 ? ? ? 1_555 H DA 35 N6 ? ? 1 DT 26 2 DA 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog27 hydrog ? ? G DC 16 N4 ? ? ? 1_555 H DT 33 O4 ? ? 1 DC 27 2 DT 35 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DT MISPAIR' ? ? hydrog28 hydrog ? ? G DC 16 O2 ? ? ? 1_555 H DG 34 N2 ? ? 1 DC 27 2 DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog29 hydrog ? ? G DC 18 O2 ? ? ? 1_555 H DG 32 N2 ? ? 1 DC 29 2 DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog30 hydrog ? ? G DG 19 N1 ? ? ? 1_555 H DA 30 N1 ? ? 1 DG 30 2 DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? hydrog31 hydrog ? ? G DG 19 O6 ? ? ? 1_555 H DA 30 N6 ? ? 1 DG 30 2 DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? hydrog32 hydrog ? ? G DG 19 N1 ? ? ? 1_555 H DC 31 N3 ? ? 1 DG 30 2 DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog33 hydrog ? ? G DG 19 N2 ? ? ? 1_555 H DC 31 O2 ? ? 1 DG 30 2 DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog34 hydrog ? ? G DG 19 O6 ? ? ? 1_555 H DC 31 N4 ? ? 1 DG 30 2 DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog35 hydrog ? ? G DT 20 N3 ? ? ? 1_555 H DA 30 N1 ? ? 1 DT 31 2 DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? hydrog36 hydrog ? ? G DA 21 N1 ? ? ? 1_555 H DT 29 N3 ? ? 1 DA 32 2 DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog37 hydrog ? ? G DA 21 N6 ? ? ? 1_555 H DT 29 O4 ? ? 1 DA 32 2 DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog38 hydrog ? ? G DT 22 N3 ? ? ? 1_555 H DA 28 N1 ? ? 1 DT 33 2 DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog39 hydrog ? ? G DT 22 O4 ? ? ? 1_555 H DA 28 N6 ? ? 1 DT 33 2 DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog40 hydrog ? ? G DG 23 N1 ? ? ? 1_555 H DC 27 O2 ? ? 1 DG 34 2 DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog41 hydrog ? ? G DG 23 N2 ? ? ? 1_555 H DC 27 N3 ? ? 1 DG 34 2 DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog42 hydrog ? ? G DC 24 O2 ? ? ? 1_555 H DG 26 N2 ? ? 1 DC 35 2 DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog43 hydrog ? ? G DT 25 O2 ? ? ? 1_555 H DG 26 N2 ? ? 1 DT 36 2 DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DG MISPAIR' ? ? hydrog44 hydrog ? ? G DT 41 N3 ? ? ? 1_555 H DA 9 N1 ? ? 1 DT 52 2 DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? hydrog45 hydrog ? ? G DG 42 N1 ? ? ? 1_555 H DC 8 N3 ? ? 1 DG 53 2 DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog46 hydrog ? ? G DG 42 N2 ? ? ? 1_555 H DC 8 O2 ? ? 1 DG 53 2 DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog47 hydrog ? ? G DG 42 O6 ? ? ? 1_555 H DC 8 N4 ? ? 1 DG 53 2 DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog48 hydrog ? ? G DC 44 N3 ? ? ? 1_555 H DG 6 N1 ? ? 1 DC 55 2 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog49 hydrog ? ? G DC 44 N4 ? ? ? 1_555 H DG 6 O6 ? ? 1 DC 55 2 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog50 hydrog ? ? G DC 44 O2 ? ? ? 1_555 H DG 6 N2 ? ? 1 DC 55 2 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog51 hydrog ? ? G DG 45 N1 ? ? ? 1_555 H DC 5 N3 ? ? 1 DG 56 2 DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog52 hydrog ? ? G DG 45 N2 ? ? ? 1_555 H DC 5 O2 ? ? 1 DG 56 2 DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog53 hydrog ? ? G DG 45 O6 ? ? ? 1_555 H DC 5 N4 ? ? 1 DG 56 2 DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog54 hydrog ? ? G DC 46 O2 ? ? ? 1_555 H DG 4 N2 ? ? 1 DC 57 2 DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog55 hydrog ? ? G DG 47 N1 ? ? ? 1_555 H DC 3 O2 ? ? 1 DG 58 2 DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog56 hydrog ? ? G DG 48 N1 ? ? ? 1_555 H DC 2 N3 ? ? 1 DG 59 2 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog57 hydrog ? ? G DC 49 N3 ? ? ? 1_555 H DG 1 N1 ? ? 1 DC 60 2 DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog58 hydrog ? ? G DC 49 N4 ? ? ? 1_555 H DG 1 O6 ? ? 1 DC 60 2 DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog59 hydrog ? ? G DC 49 O2 ? ? ? 1_555 H DG 1 N2 ? ? 1 DC 60 2 DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog60 hydrog ? ? H DA 11 N1 ? ? ? 1_555 I U 4 N3 ? ? 2 DA 13 3 U 16 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-U PAIR' ? ? hydrog61 hydrog ? ? H DC 12 O2 ? ? ? 1_555 I G 3 N2 ? ? 2 DC 14 3 G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-G PAIR' ? ? hydrog62 hydrog ? ? H DC 14 O2 ? ? ? 1_555 I GTP 1 N2 ? ? 2 DC 16 3 GTP 13 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-GTP MISPAIR' ? ? hydrog63 hydrog ? ? P DA 1 N1 ? ? ? 1_555 Q DT 49 N3 ? ? 4 DA 12 5 DT 51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog64 hydrog ? ? P DA 1 N6 ? ? ? 1_555 Q DT 49 O4 ? ? 4 DA 12 5 DT 51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog65 hydrog ? ? P DC 2 N3 ? ? ? 1_555 Q DG 48 N1 ? ? 4 DC 13 5 DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog66 hydrog ? ? P DC 2 N4 ? ? ? 1_555 Q DG 48 O6 ? ? 4 DC 13 5 DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog67 hydrog ? ? P DC 2 O2 ? ? ? 1_555 Q DG 48 N2 ? ? 4 DC 13 5 DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog68 hydrog ? ? P DT 3 N3 ? ? ? 1_555 Q DA 47 N1 ? ? 4 DT 14 5 DA 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog69 hydrog ? ? P DT 3 O4 ? ? ? 1_555 Q DA 47 N6 ? ? 4 DT 14 5 DA 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog70 hydrog ? ? P DT 4 N3 ? ? ? 1_555 Q DA 46 N1 ? ? 4 DT 15 5 DA 48 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog71 hydrog ? ? P DT 4 O4 ? ? ? 1_555 Q DA 46 N6 ? ? 4 DT 15 5 DA 48 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog72 hydrog ? ? P DG 5 N1 ? ? ? 1_555 Q DC 45 N3 ? ? 4 DG 16 5 DC 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog73 hydrog ? ? P DG 5 N2 ? ? ? 1_555 Q DC 45 O2 ? ? 4 DG 16 5 DC 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog74 hydrog ? ? P DG 5 O6 ? ? ? 1_555 Q DC 45 N4 ? ? 4 DG 16 5 DC 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog75 hydrog ? ? P DA 6 N1 ? ? ? 1_555 Q DG 43 N1 ? ? 4 DA 17 5 DG 45 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? hydrog76 hydrog ? ? P DA 6 N6 ? ? ? 1_555 Q DG 43 O6 ? ? 4 DA 17 5 DG 45 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? hydrog77 hydrog ? ? P DA 6 N1 ? ? ? 1_555 Q DT 44 N3 ? ? 4 DA 17 5 DT 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog78 hydrog ? ? 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P DA 17 N6 ? ? ? 1_555 Q DT 33 O4 ? ? 4 DA 28 5 DT 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog97 hydrog ? ? P DC 18 O2 ? ? ? 1_555 Q DG 32 N2 ? ? 4 DC 29 5 DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog98 hydrog ? ? P DG 19 N1 ? ? ? 1_555 Q DC 31 O2 ? ? 4 DG 30 5 DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog99 hydrog ? ? P DT 20 N3 ? ? ? 1_555 Q DA 30 N1 ? ? 4 DT 31 5 DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? hydrog100 hydrog ? ? P DA 21 N1 ? ? ? 1_555 Q DT 29 N3 ? ? 4 DA 32 5 DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? hydrog101 hydrog ? ? P DT 22 N3 ? ? ? 1_555 Q DA 28 N1 ? ? 4 DT 33 5 DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? hydrog102 hydrog ? ? P DG 23 N1 ? ? ? 1_555 Q DC 27 N3 ? ? 4 DG 34 5 DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog103 hydrog ? ? P DC 24 O2 ? ? ? 1_555 Q DG 26 N2 ? ? 4 DC 35 5 DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog104 hydrog ? ? P DG 42 N1 ? ? ? 1_555 Q DC 8 N3 ? ? 4 DG 53 5 DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog105 hydrog ? ? P DC 44 N3 ? ? ? 1_555 Q DG 6 N1 ? ? 4 DC 55 5 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog106 hydrog ? ? P DC 44 N4 ? ? ? 1_555 Q DG 6 O6 ? ? 4 DC 55 5 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog107 hydrog ? ? P DC 44 O2 ? ? ? 1_555 Q DG 6 N2 ? ? 4 DC 55 5 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog108 hydrog ? ? P DG 45 N2 ? ? ? 1_555 Q DC 5 O2 ? ? 4 DG 56 5 DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog109 hydrog ? ? P DC 46 O2 ? ? ? 1_555 Q DG 4 N2 ? ? 4 DC 57 5 DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog110 hydrog ? ? P DG 47 N1 ? ? ? 1_555 Q DC 3 O2 ? ? 4 DG 58 5 DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog111 hydrog ? ? P DG 48 N2 ? ? ? 1_555 Q DC 2 O2 ? ? 4 DG 59 5 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog112 hydrog ? ? P DC 49 N4 ? ? ? 1_555 Q DG 1 O6 ? ? 4 DC 60 5 DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog113 hydrog ? ? Q DA 11 N1 ? ? ? 1_555 R U 4 N3 ? ? 5 DA 13 6 U 16 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-U PAIR' ? ? hydrog114 hydrog ? ? 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Y DG 19 O6 ? ? ? 1_555 Z DC 31 N4 ? ? 7 DG 30 8 DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog142 hydrog ? ? Y DT 20 N3 ? ? ? 1_555 Z DA 30 N1 ? ? 7 DT 31 8 DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? hydrog143 hydrog ? ? Y DA 21 N1 ? ? ? 1_555 Z DT 29 N3 ? ? 7 DA 32 8 DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? hydrog144 hydrog ? ? Y DT 22 N3 ? ? ? 1_555 Z DA 28 N1 ? ? 7 DT 33 8 DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? hydrog145 hydrog ? ? Y DG 23 N1 ? ? ? 1_555 Z DC 27 O2 ? ? 7 DG 34 8 DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog146 hydrog ? ? Y DG 23 N2 ? ? ? 1_555 Z DC 27 N3 ? ? 7 DG 34 8 DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog147 hydrog ? ? Y DC 24 O2 ? ? ? 1_555 Z DG 26 N2 ? ? 7 DC 35 8 DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog148 hydrog ? ? Y DT 25 N3 ? ? ? 1_555 Z DA 25 N1 ? ? 7 DT 36 8 DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? hydrog149 hydrog ? ? Y DT 41 N3 ? ? ? 1_555 Z DA 9 N1 ? ? 7 DT 52 8 DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? hydrog150 hydrog ? ? Y DG 42 N2 ? ? ? 1_555 Z DC 8 O2 ? ? 7 DG 53 8 DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog151 hydrog ? ? Y DC 44 N3 ? ? ? 1_555 Z DG 6 N1 ? ? 7 DC 55 8 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog152 hydrog ? ? Y DC 44 N4 ? ? ? 1_555 Z DG 6 O6 ? ? 7 DC 55 8 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog153 hydrog ? ? Y DC 44 O2 ? ? ? 1_555 Z DG 6 N2 ? ? 7 DC 55 8 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog154 hydrog ? ? Y DC 46 O2 ? ? ? 1_555 Z DG 4 N2 ? ? 7 DC 57 8 DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog155 hydrog ? ? Y DG 47 N1 ? ? ? 1_555 Z DC 3 O2 ? ? 7 DG 58 8 DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog156 hydrog ? ? Y DG 48 N2 ? ? ? 1_555 Z DC 2 O2 ? ? 7 DG 59 8 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog157 hydrog ? ? Y DC 49 N3 ? ? ? 1_555 Z DG 1 N1 ? ? 7 DC 60 8 DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog158 hydrog ? ? Y DC 49 N4 ? ? ? 1_555 Z DG 1 O6 ? ? 7 DC 60 8 DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? 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'DC-GTP MISPAIR' ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? covale ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 36 A . ? GLU 29 A PRO 37 A ? PRO 30 A 1 -3.41 2 GLU 36 B . ? GLU 29 B PRO 37 B ? PRO 30 B 1 -11.89 3 PHE 57 C . ? PHE 57 C PRO 58 C ? 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parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF8 1 2 ? parallel AF8 2 3 ? parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? 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? -96.17 34.41 172 1 PHE D 1274 ? ? -68.19 -118.69 173 1 LEU D 1275 ? ? 104.34 -167.82 174 1 LYS D 1297 ? ? 42.31 163.46 175 1 ILE D 1309 ? ? 27.89 -80.69 176 1 PHE D 1325 ? ? -65.18 -77.86 177 1 PRO D 1358 ? ? -82.57 42.26 178 1 ALA F 80 ? ? -133.50 -62.02 179 1 ILE F 91 ? ? -47.10 104.26 180 1 THR F 94 ? ? -65.18 96.71 181 1 ARG F 113 ? ? 70.24 -113.56 182 1 GLU F 155 ? ? 46.67 -98.17 183 1 ALA F 156 ? ? -160.59 78.09 184 1 SER F 159 ? ? -91.50 -154.32 185 1 ASP F 160 ? ? 51.22 -116.72 186 1 VAL F 166 ? ? 71.59 -113.58 187 1 LYS F 238 ? ? 68.34 -76.91 188 1 SER F 241 ? ? -141.88 59.04 189 1 ALA F 243 ? ? 10.80 -65.66 190 1 CYS F 295 ? ? -101.15 -72.53 191 1 LYS F 296 ? ? 118.52 81.13 192 1 GLU F 310 ? ? 44.04 -65.90 193 1 MET F 322 ? ? -83.86 36.09 194 1 ASN F 323 ? ? 56.48 -135.19 195 1 LYS F 324 ? ? 76.50 71.05 196 1 PRO F 325 ? ? -27.64 -6.72 197 1 THR F 395 ? ? -81.44 41.58 198 1 ARG F 397 ? ? -21.93 60.81 199 1 LEU F 399 ? ? -119.14 -107.05 200 1 GLN F 446 ? ? -89.97 -114.62 201 1 ALA F 447 ? ? 49.27 -90.38 202 1 ARG F 476 ? ? -131.31 -145.72 203 1 LEU F 488 ? ? 83.72 26.47 204 1 GLU F 515 ? ? -54.58 59.83 205 1 LEU F 519 ? ? -47.05 -15.56 206 1 ALA F 553 ? ? 1.82 -80.91 207 1 ASP F 581 ? ? 148.49 89.80 208 1 VAL F 582 ? ? 60.71 -79.06 209 1 VAL G 14 ? ? -108.74 -76.74 210 1 ILE G 130 ? ? -118.17 -71.48 211 1 THR G 134 ? ? -87.64 -95.70 212 1 ARG G 195 ? ? -56.35 101.07 213 1 THR G 210 ? ? -21.52 -72.56 214 1 VAL H 14 ? ? -106.93 -76.10 215 1 ILE H 16 ? ? -142.01 59.58 216 1 HIS H 117 ? ? 35.94 -79.87 217 1 ASP H 118 ? ? 54.32 111.73 218 1 LYS H 125 ? ? -115.39 77.34 219 1 ILE H 130 ? ? -121.55 -50.37 220 1 THR H 134 ? ? -86.77 -91.79 221 1 ASP H 164 ? ? -67.51 81.04 222 1 CYS H 176 ? ? -101.60 79.02 223 1 ALA H 184 ? ? -172.96 -174.53 224 1 ARG H 191 ? ? 45.40 73.19 225 1 GLU H 193 ? ? -38.93 117.31 226 1 GLN H 194 ? ? 85.97 -58.88 227 1 GLU I 40 ? ? -39.84 104.64 228 1 VAL I 71 ? ? -102.77 -67.36 229 1 GLU I 111 ? ? -152.38 57.24 230 1 THR I 113 ? ? -64.40 42.81 231 1 LYS I 115 ? ? -91.92 -81.93 232 1 GLN I 120 ? ? -172.33 -176.70 233 1 LYS I 163 ? ? 67.50 -91.32 234 1 HIS I 165 ? ? 95.53 150.35 235 1 SER I 167 ? ? -28.54 -44.07 236 1 ARG I 201 ? ? -104.38 -88.14 237 1 ASN I 214 ? ? 81.15 23.09 238 1 ASP I 234 ? ? 58.23 -116.50 239 1 ARG I 247 ? ? -8.62 86.89 240 1 ASN I 258 ? ? 57.56 -94.15 241 1 ASP I 281 ? ? 79.21 33.86 242 1 ALA I 298 ? ? -83.91 -79.27 243 1 ASN I 314 ? ? 90.57 40.43 244 1 ASN I 339 ? ? -100.51 48.50 245 1 ASP I 340 ? ? 38.96 -137.20 246 1 LEU I 341 ? ? 41.59 -84.39 247 1 PRO I 345 ? ? -73.22 30.95 248 1 ASP I 354 ? ? -50.40 97.90 249 1 ASN I 357 ? ? -98.32 -110.92 250 1 ARG I 371 ? ? -117.85 76.29 251 1 SER I 398 ? ? 54.22 -171.84 252 1 LEU I 410 ? ? 80.02 62.79 253 1 LEU I 481 ? ? -62.25 -73.58 254 1 LEU I 533 ? ? -89.94 -145.97 255 1 THR I 563 ? ? 170.84 141.31 256 1 GLU I 625 ? ? 16.64 70.92 257 1 HIS I 628 ? ? -101.67 -152.64 258 1 PHE I 670 ? ? -116.59 62.47 259 1 SER I 730 ? ? -178.52 -32.67 260 1 ASN I 762 ? ? 80.92 14.01 261 1 SER I 788 ? ? -90.66 56.26 262 1 LEU I 791 ? ? -46.22 74.74 263 1 MET I 805 ? ? 177.82 157.06 264 1 ASN I 808 ? ? -50.71 55.38 265 1 PHE I 812 ? ? -32.06 -97.00 266 1 ASP I 814 ? ? 59.22 10.61 267 1 ALA I 910 ? ? 59.03 78.23 268 1 VAL I 913 ? ? -176.57 124.44 269 1 ILE I 929 ? ? -97.78 -61.64 270 1 ALA I 986 ? ? -61.95 -83.68 271 1 GLU I 999 ? ? -90.89 36.47 272 1 LEU I 1002 ? ? -94.24 -115.59 273 1 GLU I 1005 ? ? -120.92 -150.11 274 1 LEU I 1042 ? ? -117.90 -152.22 275 1 MET I 1107 ? ? 75.61 47.00 276 1 GLN I 1134 ? ? -97.04 33.05 277 1 GLN I 1135 ? ? 62.24 -115.89 278 1 GLN I 1136 ? ? 74.40 -172.72 279 1 GLN I 1157 ? ? -69.47 90.80 280 1 VAL I 1159 ? ? -101.60 78.41 281 1 SER I 1162 ? ? -9.60 -43.73 282 1 PHE I 1187 ? ? 77.87 -59.13 283 1 ASP I 1188 ? ? -85.57 44.64 284 1 ALA I 1190 ? ? -59.15 102.29 285 1 GLU I 1192 ? ? -28.27 -57.70 286 1 ASP I 1203 ? ? 73.18 38.14 287 1 ARG I 1246 ? ? -163.96 112.41 288 1 SER I 1247 ? ? -95.48 -70.47 289 1 THR I 1292 ? ? -120.64 -79.63 290 1 SER I 1295 ? ? -135.80 -96.24 291 1 GLU I 1316 ? ? 32.03 80.16 292 1 THR J 43 ? ? -101.28 -63.26 293 1 PHE J 49 ? ? -69.40 10.84 294 1 ARG J 53 ? ? -9.88 -104.12 295 1 ARG J 77 ? ? 62.73 169.08 296 1 THR J 93 ? ? -156.36 -152.83 297 1 LEU J 117 ? ? -109.22 -62.74 298 1 SER J 122 ? ? 87.12 98.06 299 1 PHE J 141 ? ? 71.82 32.71 300 1 GLU J 148 ? ? -163.83 112.03 301 1 GLU J 155 ? ? -132.30 -130.69 302 1 GLN J 157 ? ? 75.44 30.02 303 1 PHE J 172 ? ? -107.90 -108.34 304 1 ASP J 174 ? ? 46.59 -82.26 305 1 GLU J 207 ? ? -104.40 -86.83 306 1 ASN J 320 ? ? -66.78 -71.32 307 1 LYS J 321 ? ? 168.63 -27.91 308 1 LEU J 342 ? ? -121.09 -51.83 309 1 SER J 353 ? ? 176.76 -167.73 310 1 LYS J 378 ? ? -25.82 -58.02 311 1 GLU J 418 ? ? 73.38 -0.97 312 1 ASP J 462 ? ? -167.38 42.33 313 1 GLN J 504 ? ? 43.32 -109.36 314 1 ASN J 519 ? ? 14.66 -67.36 315 1 ALA J 520 ? ? 48.87 -147.44 316 1 GLU J 523 ? ? -48.93 93.69 317 1 ASP J 558 ? ? -94.29 -152.43 318 1 VAL J 583 ? ? -18.73 114.59 319 1 SER J 590 ? ? -37.20 -17.41 320 1 ALA J 595 ? ? -61.06 98.70 321 1 GLU J 704 ? ? -28.47 76.33 322 1 THR J 705 ? ? -107.89 42.25 323 1 ARG J 709 ? ? -97.94 46.89 324 1 GLN J 712 ? ? -89.37 -123.96 325 1 GLN J 716 ? ? -134.85 -157.68 326 1 PHE J 719 ? ? -102.13 54.54 327 1 ARG J 731 ? ? -177.60 -61.01 328 1 LYS J 749 ? ? -72.31 -162.01 329 1 PRO J 750 ? ? -30.41 -70.89 330 1 ASP J 751 ? ? -121.29 -63.83 331 1 VAL J 769 ? ? -29.39 -61.76 332 1 ALA J 804 ? ? -111.52 68.10 333 1 ILE J 826 ? ? -119.80 56.29 334 1 GLU J 833 ? ? -161.04 117.30 335 1 GLU J 846 ? ? 70.00 154.93 336 1 ALA J 854 ? ? -155.04 -21.68 337 1 ASP J 855 ? ? 83.50 50.13 338 1 ASN J 861 ? ? 81.83 20.43 339 1 SER J 876 ? ? 76.79 55.85 340 1 ARG J 943 ? ? 177.27 -111.18 341 1 ALA J 944 ? ? 102.83 45.08 342 1 ALA J 945 ? ? -52.49 64.67 343 1 GLU J 947 ? ? -109.48 41.51 344 1 SER J 948 ? ? -65.81 -76.47 345 1 LYS J 953 ? ? -83.38 -71.12 346 1 ASN J 962 ? ? 63.60 62.45 347 1 ASN J 968 ? ? -111.37 -157.97 348 1 ASP J 986 ? ? -95.08 -142.10 349 1 LEU J 1003 ? ? -111.32 -167.74 350 1 ALA J 1004 ? ? -119.96 -81.64 351 1 ASN J 1019 ? ? -160.01 115.38 352 1 THR J 1024 ? ? 138.72 141.15 353 1 THR J 1045 ? ? -139.58 -39.07 354 1 GLU J 1052 ? ? -78.93 -165.94 355 1 LEU J 1053 ? ? 53.57 -132.81 356 1 ASP J 1082 ? ? -101.35 -168.71 357 1 ALA J 1097 ? ? -60.27 92.46 358 1 PHE J 1100 ? ? -63.03 97.16 359 1 LYS J 1104 ? ? 85.26 33.75 360 1 ILE J 1106 ? ? -66.04 90.18 361 1 ASP J 1111 ? ? -48.51 105.38 362 1 GLN J 1114 ? ? -56.37 98.61 363 1 SER J 1117 ? ? -54.83 107.23 364 1 LEU J 1121 ? ? -92.59 -76.66 365 1 LYS J 1132 ? ? 85.76 139.53 366 1 ASP J 1133 ? ? 97.54 -137.91 367 1 LYS J 1170 ? ? 87.35 -26.36 368 1 GLU J 1200 ? ? -162.41 -129.90 369 1 ASN J 1268 ? ? 111.79 144.86 370 1 ASP J 1273 ? ? -105.90 69.04 371 1 PHE J 1274 ? ? -112.14 -121.97 372 1 LEU J 1275 ? ? 101.91 -156.83 373 1 LYS J 1297 ? ? 39.29 -179.09 374 1 ILE J 1309 ? ? 22.03 -78.75 375 1 SER J 1318 ? ? 172.51 109.96 376 1 PHE J 1325 ? ? -65.97 -81.91 377 1 GLU J 1327 ? ? 39.34 47.87 378 1 LEU J 1344 ? ? 73.60 57.82 379 1 PRO J 1358 ? ? -92.95 53.66 380 1 ARG L 93 ? ? 85.21 59.32 381 1 ASP L 96 ? ? -56.83 106.40 382 1 THR L 107 ? ? -51.74 -74.45 383 1 ARG L 113 ? ? 54.48 -88.95 384 1 GLU L 154 ? ? -65.25 91.92 385 1 GLU L 155 ? ? 43.61 -91.27 386 1 ALA L 156 ? ? -169.11 97.10 387 1 SER L 159 ? ? -94.20 -149.39 388 1 ASP L 160 ? ? 51.12 -116.40 389 1 VAL L 166 ? ? 80.06 -133.13 390 1 LYS L 238 ? ? 67.04 -73.44 391 1 ALA L 243 ? ? 7.24 -62.51 392 1 CYS L 295 ? ? -106.57 -83.77 393 1 LYS L 296 ? ? 117.13 91.11 394 1 GLU L 310 ? ? 45.35 -74.26 395 1 MET L 322 ? ? -88.18 43.47 396 1 ASN L 323 ? ? 57.43 -133.24 397 1 LYS L 324 ? ? 72.51 72.11 398 1 PRO L 325 ? ? -12.11 -29.07 399 1 GLU L 328 ? ? -109.73 66.18 400 1 LYS L 329 ? ? -159.32 33.26 401 1 LEU L 399 ? ? -104.93 -60.03 402 1 GLN L 400 ? ? 159.95 145.50 403 1 GLN L 446 ? ? -87.33 -120.92 404 1 ALA L 447 ? ? 42.84 -76.85 405 1 ARG L 476 ? ? -155.49 -128.81 406 1 GLU L 515 ? ? -48.66 61.76 407 1 ASP L 516 ? ? -103.50 -69.50 408 1 LEU L 519 ? ? 28.45 -57.49 409 1 ALA L 553 ? ? 4.80 -74.59 410 1 ASP L 581 ? ? 168.09 79.52 411 1 VAL L 582 ? ? 64.64 -72.24 412 1 THR L 583 ? ? -21.52 105.77 413 1 PHE L 610 ? ? -98.26 48.37 414 1 VAL M 14 ? ? -107.03 -65.29 415 1 LYS M 125 ? ? -117.14 78.38 416 1 THR M 134 ? ? -82.72 -78.45 417 1 ARG M 191 ? ? -109.16 55.18 418 1 GLN M 194 ? ? -88.49 -73.91 419 1 VAL N 14 ? ? -97.44 -68.15 420 1 HIS N 117 ? ? -23.29 -57.20 421 1 ASP N 118 ? ? 43.32 88.51 422 1 THR N 134 ? ? -79.03 -76.31 423 1 HIS N 160 ? ? -40.92 -72.56 424 1 ALA N 190 ? ? -102.07 71.62 425 1 ARG N 191 ? ? -40.21 104.77 426 1 GLN N 194 ? ? 90.88 -58.37 427 1 ASN N 208 ? ? -100.24 58.90 428 1 GLN O 41 ? ? -87.55 47.17 429 1 ARG O 107 ? ? -64.65 -95.86 430 1 GLU O 111 ? ? -51.32 50.23 431 1 THR O 113 ? ? -52.89 39.50 432 1 LYS O 115 ? ? -95.54 -94.21 433 1 ASP O 160 ? ? -102.51 77.72 434 1 LYS O 163 ? ? 62.74 -92.26 435 1 HIS O 165 ? ? 93.52 126.33 436 1 ARG O 200 ? ? 34.76 65.45 437 1 ARG O 201 ? ? -107.60 -107.22 438 1 ASN O 214 ? ? 83.76 24.15 439 1 ASP O 234 ? ? 59.92 -122.01 440 1 ARG O 247 ? 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