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R . n R 1 447 GLY 447 529 ? ? ? R . n R 1 448 ASN 448 530 ? ? ? R . n R 1 449 SER 449 531 ? ? ? R . n R 1 450 ARG 450 532 ? ? ? R . n R 1 451 GLU 451 533 ? ? ? R . n R 1 452 ARG 452 534 ? ? ? R . n R 1 453 CYS 453 535 ? ? ? R . n R 1 454 GLN 454 536 ? ? ? R . n R 1 455 LEU 455 537 ? ? ? R . n R 1 456 CYS 456 538 ? ? ? R . n R 1 457 ASN 457 539 ? ? ? R . n R 1 458 GLY 458 540 ? ? ? R . n R 1 459 MET 459 541 ? ? ? R . n R 1 460 GLY 460 542 ? ? ? R . n R 1 461 HIS 461 543 ? ? ? R . n R 1 462 ASN 462 544 ? ? ? R . n R 1 463 ALA 463 545 ? ? ? R . n R 1 464 LYS 464 546 ? ? ? R . n R 1 465 GLN 465 547 ? ? ? R . n R 1 466 CYS 466 548 ? ? ? R . n R 1 467 ARG 467 549 ? ? ? R . n R 1 468 LYS 468 550 ? ? ? R . n R 1 469 ARG 469 551 ? ? ? R . n R 1 470 ASP 470 552 ? ? ? R . n R 1 471 GLY 471 553 ? ? ? R . n R 1 472 ASN 472 554 ? ? ? R . n R 1 473 GLN 473 555 ? ? ? R . n R 1 474 GLY 474 556 ? ? ? R . n R 1 475 GLN 475 557 ? ? ? R . n R 1 476 ARG 476 558 ? ? ? R . n R 1 477 PRO 477 559 ? ? ? R . n R 1 478 GLY 478 560 ? ? ? R . n R 1 479 LYS 479 561 ? ? ? R . n R 1 480 GLY 480 562 ? ? ? R . n R 1 481 LEU 481 563 ? ? ? R . n R 1 482 SER 482 564 ? ? ? R . n R 1 483 SER 483 565 ? ? ? R . n R 1 484 GLY 484 566 ? ? ? R . n R 1 485 PRO 485 567 ? ? ? R . n R 1 486 TRP 486 568 ? ? ? R . n R 1 487 PRO 487 569 ? ? ? R . n R 1 488 GLY 488 570 ? ? ? R . n R 1 489 PRO 489 571 ? ? ? R . n R 1 490 GLU 490 572 ? ? ? R . n R 1 491 GLN 491 573 ? ? ? R . n R 1 492 PRO 492 574 ? ? ? R . n R 1 493 ALA 493 575 ? ? ? R . n R 1 494 VAL 494 576 ? ? ? R . n R 1 495 SER 495 577 ? ? ? R . n # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 software_defined_assembly ? hexameric 6 2 software_defined_assembly ? hexameric 6 3 software_defined_assembly ? hexameric 6 4 software_defined_assembly ? hexameric 6 5 software_defined_assembly ? hexameric 6 6 software_defined_assembly ? hexameric 6 7 software_defined_assembly ? hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,E,F 2 1 K,R 2 2 B,C,D,E 3 1 L,M 3 3 B,C,D,E 4 1 G,N 4 4 B,C,D,E 5 1 H,O 5 5 B,C,D,E 6 1 I,P 6 6 B,C,D,E 7 1 J,Q 7 7 B,C,D,E # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' ? ? 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.457800 0.858100 0.232700 13.180000 -0.879500 0.475400 -0.022600 176.500000 -0.130000 -0.194300 0.972300 33.790000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.516200 0.850400 0.101400 110.700000 -0.846800 -0.489000 -0.209500 245.600000 -0.128600 -0.194000 0.972500 33.630000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.991400 -0.005075 -0.130700 223.200000 0.030830 -0.980200 -0.195800 196.200000 -0.127100 -0.198200 0.971900 34.030000 5 'point symmetry operation' ? ? -0.477100 -0.847900 -0.231200 236.200000 0.870400 -0.492300 0.009042 76.210000 -0.121500 -0.196900 0.972900 33.280000 6 'point symmetry operation' ? ? 0.514900 -0.851100 -0.102700 138.100000 0.847600 0.487600 0.209300 2.811000 -0.128100 -0.194800 0.972400 33.870000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.99210000 0.00015700 0.12530000 26.20000 -0.02517000 0.97980000 0.19810000 51.31000 -0.12270000 -0.19970000 0.97210000 33.70000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2015-08-12 2 'Structure model' 1 1 2015-10-07 3 'Structure model' 1 2 2017-08-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 2 'Structure model' 'Derived calculations' 3 2 'Structure model' Other 4 3 'Structure model' 'Data collection' # _pdbx_audit_revision_category.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 3 _pdbx_audit_revision_category.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_category.category em_software # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 2 3 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 3 3 'Structure model' '_em_software.name' # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 5A9E _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'METHOD--MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5A9E _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 8375 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method CROSS-CORRELATION _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 2.07 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 2.07 _em_3d_reconstruction.resolution 7.7 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;RECONSTRUCTION CARRIED OUT USING SUBTOMOGRAM AVERAGING. SUBTOMOGRAM AVERAGING WAS PERFORMED USING SCRIPTS DERIVED FROM THE AV3 (FOERSTER, ET AL) TOM (NICKELL, ET AL) AND DYNAMO (CASTANO-DIEZ, ET AL) PACKAGES. STRUCTURES FOR P10 AND CA-NTD (PDB 1P7N) AND CA-CTD (PDB 3G1I, ONE MONOMER) WERE RIGID BODY DOCKED INTO THE EM-MAP USING THE FIT-IN-MAP OPTION IN CHIMERA. REDUNDANT RESIDUES OF THE ANTIPARALLEL DIMER OF PDB 1P7N WERE REMOVED. MISSING RESIDUES IN THE HELIX 7-HELIX 8 LINKER REGION OF CA, THE CONNECTION LOOP BETWEEN P10 AND CA-NTD AND RESIDUES UPSTREAM OF THE HELIX IN P10 WERE MANUALLY MODELED USING COOT. THE FIT WAS FURTHER REFINED USING MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3101. (DEPOSITION ID: 13603). ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name 'MES PH6.5, 100MM NACL, 2UM ZNCL2, 2MM TCEP' _em_buffer.pH 6.5 _em_buffer.details 'MES PH6.5, 100MM NACL, 2UM ZNCL2, 2MM TCEP' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'IMMATURE ROUS-SARCOMA VIRUS GAG PARTICLES' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5A9E _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 31 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 5A9E _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2014-09-10 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.tilt_angle_min -45 _em_imaging.tilt_angle_max 45 _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 5A9E _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK II' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details ;DEGASSED C-FLAT 2 2-3C GRIDS WERE GLOW DISCHARGED FOR 30 SECONDS AT 20 MA. VIRUS SOLUTION WAS DILUTED IN OBS CONTAINING 10NM COLLOIDAL GOLD. 2.5UL OF THIS MIXTURE WAS APPLIED TO A GRID. BLOTTING TIME 2.5 SECONDS. ; _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5A9E _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method TOMOGRAPHY # _em_single_particle_entity.entry_id 5A9E _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C6 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 C A GLY 301 ? ? N A PRO 302 ? ? 1.223 1.338 -0.115 0.019 Y 2 1 CA B GLY 390 ? ? C B GLY 390 ? ? 1.407 1.514 -0.107 0.016 N 3 1 C R GLN 437 ? ? 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