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_pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details PDB 5AKB unspecified 'MUTS IN COMPLEX WITH THE N-TERMINAL DOMAIN OF MUTL - CRYSTAL FORM 1' PDB 5AKD unspecified 'MUTS IN COMPLEX WITH THE N-TERMINAL DOMAIN OF MUTL - CRYSTAL FORM 3' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Groothuizen, F.S.' 1 'Winkler, I.' 2 'Cristovao, M.' 3 'Fish, A.' 4 'Winterwerp, H.H.K.' 5 'Reumer, A.' 6 'Marx, A.D.' 7 'Hermans, N.' 8 'Nicholls, R.A.' 9 'Murshudov, G.N.' 10 'Lebbink, J.H.G.' 11 'Friedhoff, P.' 12 'Sixma, T.K.' 13 # _citation.id primary _citation.title 'MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA.' _citation.journal_abbrev Elife _citation.journal_volume 4 _citation.page_first e06744 _citation.page_last e06744 _citation.year 2015 _citation.journal_id_ASTM ? _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 2050-084X _citation.journal_id_CSD ? _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 26163658 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.7554/eLife.06744 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Groothuizen, F.S.' 1 ? primary 'Winkler, I.' 2 ? primary 'Cristovao, M.' 3 ? primary 'Fish, A.' 4 ? primary 'Winterwerp, H.H.' 5 ? primary 'Reumer, A.' 6 ? primary 'Marx, A.D.' 7 ? primary 'Hermans, N.' 8 ? primary 'Nicholls, R.A.' 9 ? primary 'Murshudov, G.N.' 10 ? primary 'Lebbink, J.H.' 11 ? primary 'Friedhoff, P.' 12 ? primary 'Sixma, T.K.' 13 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS' 89476.086 6 ? 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PAQKVEIGPIDRIFTRVGAADDLASGRSTFMVEMTETANILHNATEYSLVLMDEIGRGTSTYDGLSLAWAVAENLANKIK ALTLFATHYFELTQLPEKMEGVANVHLDALEHGDTIAFMHSVQDGAASKSYGLAVAALAGVPKEVIKRARQKLRELESIS ; A,B,E,F,I,J ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMPIQVLPPQLANQIAAGEVVERPASVVKELVENSLDAGATRIDIDIERGGAKLIRIRDNG SGIKKDELALALARHATSKIASLDDLEAIISLGFRGEALASISSVSRLTLTSRTAEQQEAWQAYAEGRDMCVTVKPAAHP VGTTLEVLDLFYNTPARRKFLRTEKTEFNHIDEIIRRIALARFDVTINLSHNGKIVRQYRAVPEGGQKERRLGAILGTAF LEQALAIEWQHGDLTLRGWVADPNHTTPALAEIQYFYVNGRMMRDRLINHAIRQAYEDKLGADQQPAFVLYLEIDPHQVD VNVHPAKHEVRFHQSRLVHDFIYQGVLSVLQQQLETPLPLDDEPQPAPR ; ;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMPIQVLPPQLANQIAAGEVVERPASVVKELVENSLDAGATRIDIDIERGGAKLIRIRDNG SGIKKDELALALARHATSKIASLDDLEAIISLGFRGEALASISSVSRLTLTSRTAEQQEAWQAYAEGRDMCVTVKPAAHP VGTTLEVLDLFYNTPARRKFLRTEKTEFNHIDEIIRRIALARFDVTINLSHNGKIVRQYRAVPEGGQKERRLGAILGTAF LEQALAIEWQHGDLTLRGWVADPNHTTPALAEIQYFYVNGRMMRDRLINHAIRQAYEDKLGADQQPAFVLYLEIDPHQVD VNVHPAKHEVRFHQSRLVHDFIYQGVLSVLQQQLETPLPLDDEPQPAPR ; C,D,G,H,K,L ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 3 _pdbx_entity_nonpoly.name 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ANP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 ALA n 1 4 ILE n 1 5 GLU n 1 6 ASN n 1 7 PHE n 1 8 ASP n 1 9 ALA n 1 10 HIS n 1 11 THR n 1 12 PRO n 1 13 MET n 1 14 MET n 1 15 GLN n 1 16 GLN n 1 17 TYR n 1 18 LEU n 1 19 ARG n 1 20 LEU n 1 21 LYS n 1 22 ALA n 1 23 GLN n 1 24 HIS n 1 25 PRO n 1 26 GLU n 1 27 ILE n 1 28 LEU n 1 29 LEU n 1 30 PHE n 1 31 TYR n 1 32 ARG n 1 33 MET n 1 34 GLY n 1 35 ASP n 1 36 PHE n 1 37 TYR n 1 38 GLU n 1 39 LEU n 1 40 PHE n 1 41 TYR n 1 42 ASP n 1 43 ASP n 1 44 ALA n 1 45 LYS n 1 46 ARG n 1 47 ALA n 1 48 SER n 1 49 GLN n 1 50 LEU n 1 51 LEU n 1 52 ASP n 1 53 ILE n 1 54 SER n 1 55 LEU n 1 56 THR n 1 57 LYS n 1 58 ARG n 1 59 GLY n 1 60 ALA n 1 61 SER n 1 62 ALA n 1 63 GLY n 1 64 GLU n 1 65 PRO n 1 66 ILE n 1 67 PRO n 1 68 MET n 1 69 ALA n 1 70 GLY 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L . n L 2 363 GLU 363 343 ? ? ? L . n L 2 364 PRO 364 344 ? ? ? L . n L 2 365 GLN 365 345 ? ? ? L . n L 2 366 PRO 366 346 ? ? ? L . n L 2 367 ALA 367 347 ? ? ? L . n L 2 368 PRO 368 348 ? ? ? L . n L 2 369 ARG 369 349 ? ? ? L . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 ANP 1 1801 1801 ANP ANP A . N 3 ANP 1 1801 1801 ANP ANP B . O 3 ANP 1 1801 1801 ANP ANP E . P 3 ANP 1 1801 1801 ANP ANP F . Q 3 ANP 1 1801 1801 ANP ANP I . R 3 ANP 1 1801 1801 ANP ANP J . # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal REFMAC refinement 5.8.0107 ? 1 MOSFLM 'data reduction' . ? 2 Aimless 'data scaling' . ? 3 PHASER phasing . ? 4 # _cell.entry_id 5AKC _cell.length_a 380.630 _cell.length_b 126.460 _cell.length_c 243.350 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 91.41 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5AKC _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 # _exptl.entry_id 5AKC _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.73 _exptl_crystal.density_percent_sol 68 _exptl_crystal.description NONE # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH ? _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector PIXEL _diffrn_detector.type 'DECTRIS PILATUS 2M-F' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2012-09-23 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.00809 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SLS BEAMLINE X06DA' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X06DA _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.00809 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 5AKC _reflns.observed_criterion_sigma_I 1.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 49.94 _reflns.d_resolution_high 6.60 _reflns.number_obs 21305 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 96.8 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.21 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 3.40 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 2.9 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 6.60 _reflns_shell.d_res_low 7.13 _reflns_shell.percent_possible_all 97.7 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.80 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.10 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.0 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 5AKC _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 20185 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F . _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 243.28 _refine.ls_d_res_high 6.60 _refine.ls_percent_reflns_obs 95.96 _refine.ls_R_factor_obs 0.26067 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.25895 _refine.ls_R_factor_R_free 0.29142 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.1 _refine.ls_number_reflns_R_free 1088 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.882 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.831 _refine.B_iso_mean 253.138 _refine.aniso_B[1][1] -24.46 _refine.aniso_B[2][2] 14.89 _refine.aniso_B[3][3] 9.32 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 4.92 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details MASK _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.30 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 1.20 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES ABEFIJ1-127, ABEFIJ660-669, CDGHKLF1-19, CDGHKLF74-79, CDGHKLF126-131, CDGHKL300-314, CDGHKL332- -349 ARE DISORDERED. CROSSLINKER BMPEO3 IS DISORDERED. IN THIS STRUCTURE SINGLE CYSTEINES IN MUTS AND THE LN40 DOMAIN OF MUTL HAVE BEEN PLACED SUCH THAT CROSSLINKING OCCURS ONLY IN THE PRESENCE OF A DNA MISMATCH AND A NUCLEOTIDE (SEE WINKLER ET AL 2011, JBC). TO OBTAIN HOMOGENEOUS MATERIAL BOTH MUTS SUBUNITS HAVE BEEN CROSSLINKED TO A MUTL(LN40), WHEREAS FOR BIOLOGICAL FUNCTION ONLY ONE MUTL PER MUTS DIMER IS REQUIRED. ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRIES 1W7A AND 1BKN' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 2.965 _refine.overall_SU_ML 3.306 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 919.149 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 44868 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 186 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 45054 _refine_hist.d_res_high 6.60 _refine_hist.d_res_low 243.28 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.013 0.019 ? 45792 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 1.504 1.976 ? 62016 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_other_deg ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_1_deg 6.029 5.000 ? 5652 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_2_deg 33.796 23.288 ? 2190 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_3_deg 17.118 15.000 ? 8070 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_4_deg 15.441 15.000 ? 486 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_chiral_restr 0.091 0.200 ? 7080 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_refined 0.007 0.021 ? 34494 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_rigid_bond_restr ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_free ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_bonded ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 1 A 1770 0.02 0.05 'interatomic distance' 1 1 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 B 1770 0.02 0.05 'interatomic distance' 1 2 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 A 1770 0.02 0.05 'interatomic distance' 2 3 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 E 1770 0.02 0.05 'interatomic distance' 2 4 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 A 1764 0.01 0.05 'interatomic distance' 3 5 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 F 1764 0.01 0.05 'interatomic distance' 3 6 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 A 1770 0.02 0.05 'interatomic distance' 4 7 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 I 1770 0.02 0.05 'interatomic distance' 4 8 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 A 1776 0.03 0.05 'interatomic distance' 5 9 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 J 1776 0.03 0.05 'interatomic distance' 5 10 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 B 1772 0.02 0.05 'interatomic distance' 6 11 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 E 1772 0.02 0.05 'interatomic distance' 6 12 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 B 1776 0.02 0.05 'interatomic distance' 7 13 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 F 1776 0.02 0.05 'interatomic distance' 7 14 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 B 1784 0.02 0.05 'interatomic distance' 8 15 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 I 1784 0.02 0.05 'interatomic distance' 8 16 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 B 1788 0.03 0.05 'interatomic distance' 9 17 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 J 1788 0.03 0.05 'interatomic distance' 9 18 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 C 708 0.06 0.05 'interatomic distance' 10 19 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 D 708 0.06 0.05 'interatomic distance' 10 20 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 C 720 0.09 0.05 'interatomic distance' 11 21 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 G 720 0.09 0.05 'interatomic distance' 11 22 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 C 708 0.09 0.05 'interatomic distance' 12 23 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 H 708 0.09 0.05 'interatomic distance' 12 24 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 C 726 0.06 0.05 'interatomic distance' 13 25 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 K 726 0.06 0.05 'interatomic distance' 13 26 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 C 744 0.04 0.05 'interatomic distance' 14 27 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 L 744 0.04 0.05 'interatomic distance' 14 28 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 D 720 0.09 0.05 'interatomic distance' 15 29 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 G 720 0.09 0.05 'interatomic distance' 15 30 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 D 718 0.05 0.05 'interatomic distance' 16 31 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 H 718 0.05 0.05 'interatomic distance' 16 32 'X-RAY DIFFRACTION' ? 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UNP P23909 CYS 239 'engineered mutation' 239 131 9 5AKC CYS I 246 ? UNP P23909 ASP 246 'engineered mutation' 246 132 9 5AKC SER I 297 ? UNP P23909 CYS 297 'engineered mutation' 297 133 9 5AKC SER I 569 ? UNP P23909 CYS 569 'engineered mutation' 569 134 9 5AKC VAL I 711 ? UNP P23909 CYS 711 'engineered mutation' 711 135 10 5AKC ALA J 93 ? UNP P23909 CYS 93 'engineered mutation' 93 136 10 5AKC SER J 235 ? UNP P23909 CYS 235 'engineered mutation' 235 137 10 5AKC ALA J 239 ? UNP P23909 CYS 239 'engineered mutation' 239 138 10 5AKC CYS J 246 ? UNP P23909 ASP 246 'engineered mutation' 246 139 10 5AKC SER J 297 ? UNP P23909 CYS 297 'engineered mutation' 297 140 10 5AKC SER J 569 ? UNP P23909 CYS 569 'engineered mutation' 569 141 10 5AKC VAL J 711 ? UNP P23909 CYS 711 'engineered mutation' 711 142 11 5AKC MET K 1 ? UNP P23367 ? ? 'expression tag' -19 143 11 5AKC GLY K 2 ? UNP P23367 ? ? 'expression tag' -18 144 11 5AKC SER K 3 ? UNP P23367 ? ? 'expression tag' -17 145 11 5AKC SER K 4 ? 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UNP P23367 CYS 276 'engineered mutation' 276 192 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PQS tetrameric 4 2 author_and_software_defined_assembly PQS tetrameric 4 3 author_and_software_defined_assembly PQS tetrameric 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 11970 ? 1 MORE -52.9 ? 1 'SSA (A^2)' 105410 ? 2 'ABSA (A^2)' 12350 ? 2 MORE -46.3 ? 2 'SSA (A^2)' 105980 ? 3 'ABSA (A^2)' 11710 ? 3 MORE -51.3 ? 3 'SSA (A^2)' 106410 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,M,N 2 1 E,F,G,H,O,P 3 1 I,J,K,L,Q,R # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;IN THIS STRUCTURE SINGLE CYSTEINES IN MUTS AND THE LN40 DOMAIN OF MUTL HAVE BEEN PLACED SUCH THAT CROSSLINKING OCCURS ONLY IN THE PRESENCE OF A DNA MISMATCH AND A NUCLEOTIDE (SEE WINKLER ET AL 2011, JBC). TO OBTAIN HOMOGENEOUS MATERIAL BOTH MUTS SUBUNITS HAVE BEEN CROSSLINKED TO A MUTL(LN40), WHEREAS FOR BIOLOGICAL FUNCTION ONLY ONE MUTL PER MUTS DIMER IS REQUIRED. ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 162 ? ASN A 174 ? ASP A 162 ASN A 174 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 2 GLU A 186 ? ILE A 190 ? GLU A 186 ILE A 190 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 LEU A 201 ? PHE A 204 ? LEU A 201 PHE A 204 5 ? 4 HELX_P HELX_P4 4 GLU A 205 ? GLY A 218 ? GLU A 205 GLY A 218 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 5 LEU A 222 ? GLY A 226 ? LEU A 222 GLY A 226 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 6 ALA A 230 ? ARG A 249 ? ALA A 230 ARG A 249 1 ? 20 HELX_P HELX_P7 7 ASP A 270 ? LEU A 277 ? ASP A 270 LEU A 277 1 ? 8 HELX_P HELX_P8 8 THR A 290 ? ASP A 296 ? THR A 290 ASP A 296 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 9 THR A 300 ? MET A 313 ? THR A 300 MET A 313 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 10 ASP A 317 ? GLN A 332 ? ASP A 317 GLN A 332 1 ? 16 HELX_P HELX_P11 11 PHE A 334 ? GLY A 346 ? PHE A 334 GLY A 346 1 ? 13 HELX_P HELX_P12 12 ASP A 347 ? LEU A 357 ? ASP A 347 LEU A 357 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 13 ARG A 361 ? GLN A 373 ? ARG A 361 GLN A 373 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 14 GLN A 374 ? THR A 384 ? GLN A 374 THR A 384 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 15 SER A 387 ? GLY A 398 ? SER A 387 GLY A 398 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 16 PHE A 400 ? ILE A 411 ? PHE A 400 ILE A 411 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 17 ASN A 430 ? GLY A 442 ? ASN A 430 GLY A 442 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 18 ALA A 443 ? GLY A 459 ? ALA A 443 GLY A 459 1 ? 17 HELX_P HELX_P19 19 GLN A 481 ? ALA A 485 ? GLN A 481 ALA A 485 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 20 ILE A 503 ? LEU A 536 ? ILE A 503 LEU A 536 1 ? 34 HELX_P HELX_P21 21 HIS A 538 ? LEU A 565 ? HIS A 538 LEU A 565 1 ? 28 HELX_P HELX_P22 22 VAL A 587 ? LEU A 592 ? VAL A 587 LEU A 592 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 23 GLY A 619 ? TYR A 635 ? GLY A 619 TYR A 635 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 24 PHE A 670 ? ALA A 684 ? PHE A 670 ALA A 684 1 ? 15 HELX_P HELX_P25 25 TYR A 702 ? LYS A 718 ? TYR A 702 LYS A 718 1 ? 17 HELX_P HELX_P26 26 TYR A 729 ? THR A 733 ? TYR A 729 THR A 733 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 27 GLN A 734 ? MET A 739 ? GLN A 734 MET A 739 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 28 TYR A 771 ? VAL A 781 ? TYR A 771 VAL A 781 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 29 PRO A 782 ? GLU A 797 ? PRO A 782 GLU A 797 1 ? 16 HELX_P HELX_P30 30 ASP B 162 ? ASN B 174 ? ASP B 162 ASN B 174 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 31 GLU B 186 ? ILE B 190 ? GLU B 186 ILE B 190 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 32 LEU B 201 ? PHE B 204 ? LEU B 201 PHE B 204 5 ? 4 HELX_P HELX_P33 33 GLU B 205 ? GLY B 218 ? GLU B 205 GLY B 218 1 ? 14 HELX_P HELX_P34 34 LEU B 222 ? GLY B 226 ? LEU B 222 GLY B 226 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 ALA B 230 ? ARG B 249 ? ALA B 230 ARG B 249 1 ? 20 HELX_P HELX_P36 36 ASP B 270 ? LEU B 277 ? ASP B 270 LEU B 277 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 37 THR B 290 ? ASP B 296 ? THR B 290 ASP B 296 1 ? 7 HELX_P HELX_P38 38 THR B 300 ? MET B 313 ? THR B 300 MET B 313 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 39 ASP B 317 ? GLN B 332 ? ASP B 317 GLN B 332 1 ? 16 HELX_P HELX_P40 40 PHE B 334 ? GLY B 346 ? PHE B 334 GLY B 346 1 ? 13 HELX_P HELX_P41 41 ASP B 347 ? LEU B 357 ? ASP B 347 LEU B 357 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 42 ARG B 361 ? GLN B 373 ? ARG B 361 GLN B 373 1 ? 13 HELX_P HELX_P43 43 GLN B 374 ? THR B 384 ? GLN B 374 THR B 384 1 ? 11 HELX_P HELX_P44 44 SER B 387 ? MET B 397 ? SER B 387 MET B 397 1 ? 11 HELX_P HELX_P45 45 PHE B 400 ? ILE B 411 ? PHE B 400 ILE B 411 1 ? 12 HELX_P HELX_P46 46 ASN B 430 ? GLY B 442 ? ASN B 430 GLY B 442 1 ? 13 HELX_P HELX_P47 47 ALA B 443 ? GLY B 459 ? ALA B 443 GLY B 459 1 ? 17 HELX_P HELX_P48 48 GLN B 481 ? ALA B 485 ? GLN B 481 ALA B 485 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 49 ILE B 503 ? LEU B 536 ? ILE B 503 LEU B 536 1 ? 34 HELX_P HELX_P50 50 HIS B 538 ? LEU B 565 ? HIS B 538 LEU B 565 1 ? 28 HELX_P HELX_P51 51 VAL B 587 ? LEU B 592 ? VAL B 587 LEU B 592 1 ? 6 HELX_P HELX_P52 52 GLY B 619 ? TYR B 635 ? GLY B 619 TYR B 635 1 ? 17 HELX_P HELX_P53 53 PHE B 670 ? ALA B 684 ? PHE B 670 ALA B 684 1 ? 15 HELX_P HELX_P54 54 TYR B 702 ? LYS B 718 ? TYR B 702 LYS B 718 1 ? 17 HELX_P HELX_P55 55 TYR B 729 ? THR B 733 ? TYR B 729 THR B 733 5 ? 5 HELX_P HELX_P56 56 GLN B 734 ? MET B 739 ? GLN B 734 MET B 739 1 ? 6 HELX_P HELX_P57 57 TYR B 771 ? VAL B 781 ? TYR B 771 VAL B 781 1 ? 11 HELX_P HELX_P58 58 PRO B 782 ? GLU B 797 ? PRO B 782 GLU B 797 1 ? 16 HELX_P HELX_P59 59 ARG C 42 ? ALA C 57 ? ARG C 22 ALA C 37 1 ? 16 HELX_P HELX_P60 60 LYS C 84 ? ALA C 91 ? 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