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HOOGSTEEN ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 HIS 3 A . ? HIS 3 A ARG 4 A ? ARG 4 A 1 10.39 2 LYS 5 A . ? LYS 5 A PHE 6 A ? PHE 6 A 1 24.18 3 PHE 6 A . ? PHE 6 A GLU 7 A ? GLU 7 A 1 7.30 4 LYS 41 D . ? LYS 41 D VAL 42 D ? VAL 42 D 1 -0.74 5 MET 1 E . ? MET 1 E SER 2 E ? SER 2 E 1 4.24 6 SER 2 E . ? SER 2 E LYS 3 E ? LYS 3 E 1 3.78 7 GLN 5 E . ? GLN 5 E ALA 6 E ? ALA 6 E 1 -1.56 8 ALA 6 E . ? ALA 6 E VAL 7 E ? VAL 7 E 1 20.65 9 HIS 118 I . ? HIS 118 I PRO 119 I ? PRO 119 I 1 -14.70 10 LYS 164 J . ? LYS 164 J MET 165 J ? MET 165 J 1 8.61 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 4 ? AB ? 5 ? AC ? 4 ? AD ? 2 ? BA ? 3 ? BB ? 3 ? BC ? 4 ? BD ? 3 ? CA ? 5 ? DA ? 2 ? EA ? 6 ? EB ? 2 ? EC ? 2 ? FA ? 2 ? FB ? 3 ? FC ? 3 ? FD ? 2 ? GA ? 2 ? GB ? 2 ? HA ? 2 ? IA ? 3 ? IB ? 2 ? IC ? 3 ? ID ? 3 ? IE ? 3 ? JA ? 4 ? JB ? 4 ? KA ? 2 ? KB ? 2 ? KC ? 2 ? KD ? 2 ? KE ? 2 ? KF ? 2 ? KG ? 2 ? KH ? 2 ? KI ? 3 ? KJ ? 2 ? KK ? 3 ? KL ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AB 4 5 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AC 3 4 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel BA 2 3 ? anti-parallel BB 1 2 ? anti-parallel BB 2 3 ? anti-parallel BC 1 2 ? anti-parallel BC 2 3 ? anti-parallel BC 3 4 ? anti-parallel BD 1 2 ? anti-parallel BD 2 3 ? anti-parallel CA 1 2 ? anti-parallel CA 2 3 ? anti-parallel CA 3 4 ? anti-parallel CA 4 5 ? anti-parallel DA 1 2 ? anti-parallel EA 1 2 ? anti-parallel EA 2 3 ? anti-parallel EA 3 4 ? anti-parallel EA 4 5 ? anti-parallel EA 5 6 ? parallel EB 1 2 ? anti-parallel EC 1 2 ? parallel FA 1 2 ? anti-parallel FB 1 2 ? anti-parallel FB 2 3 ? anti-parallel FC 1 2 ? anti-parallel FC 2 3 ? anti-parallel FD 1 2 ? anti-parallel GA 1 2 ? anti-parallel GB 1 2 ? anti-parallel HA 1 2 ? anti-parallel IA 1 2 ? parallel IA 2 3 ? anti-parallel IB 1 2 ? anti-parallel IC 1 2 ? anti-parallel IC 2 3 ? parallel ID 1 2 ? anti-parallel ID 2 3 ? parallel IE 1 2 ? anti-parallel IE 2 3 ? parallel JA 1 2 ? anti-parallel JA 2 3 ? anti-parallel JA 3 4 ? anti-parallel JB 1 2 ? anti-parallel JB 2 3 ? anti-parallel JB 3 4 ? anti-parallel KA 1 2 ? anti-parallel KB 1 2 ? anti-parallel KC 1 2 ? parallel KD 1 2 ? anti-parallel KE 1 2 ? anti-parallel KF 1 2 ? anti-parallel KG 1 2 ? anti-parallel KH 1 2 ? anti-parallel KI 1 2 ? anti-parallel KI 2 3 ? anti-parallel KJ 1 2 ? anti-parallel KK 1 2 ? anti-parallel KK 2 3 ? parallel KL 1 2 ? anti-parallel KL 2 3 ? anti-parallel KL 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 ALA A 45 ? 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TYR B 133 ARG B 134 BC 2 ILE B 142 ? GLY B 146 ? ILE B 142 GLY B 146 BC 3 TYR B 86 ? VAL B 93 ? TYR B 86 VAL B 93 BC 4 GLY B 176 ? VAL B 184 ? GLY B 176 VAL B 184 BD 1 VAL B 101 ? THR B 104 ? VAL B 101 THR B 104 BD 2 VAL B 109 ? ILE B 112 ? VAL B 109 ILE B 112 BD 3 ARG B 122 ? GLU B 125 ? ARG B 122 GLU B 125 CA 1 VAL C 52 ? LEU C 53 ? VAL C 52 LEU C 53 CA 2 CYS C 86 ? CYS C 90 ? CYS C 86 CYS C 90 CA 3 LYS C 25 ? GLU C 30 ? LYS C 25 GLU C 30 CA 4 GLU C 187 ? TYR C 192 ? GLU C 187 TYR C 192 CA 5 CYS C 197 ? TYR C 198 ? CYS C 197 TYR C 198 DA 1 VAL D 13 ? PHE D 14 ? VAL D 13 PHE D 14 DA 2 THR D 63 ? ILE D 64 ? THR D 63 ILE D 64 EA 1 VAL E 22 ? ASN E 24 ? VAL E 22 ASN E 24 EA 2 ASN E 33 ? VAL E 39 ? ASN E 33 VAL E 39 EA 3 MET E 57 ? VAL E 62 ? MET E 57 VAL E 62 EA 4 LYS E 71 ? ARG E 80 ? LYS E 71 ARG E 80 EA 5 ALA E 99 ? MET E 102 ? ALA E 99 MET E 102 EA 6 VAL E 22 ? ASN E 24 ? VAL E 22 ASN E 24 EB 1 TRP E 85 ? LYS E 86 ? TRP E 85 LYS E 86 EB 2 TYR E 92 ? ILE E 93 ? 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N . n L 12 3714 G 3714 3714 ? ? ? N . n L 12 3715 G 3715 3715 ? ? ? N . n L 12 3716 G 3716 3716 ? ? ? N . n L 12 3717 G 3717 3717 ? ? ? N . n L 12 3718 U 3718 3718 ? ? ? N . n L 12 3719 U 3719 3719 ? ? ? N . n L 12 3720 G 3720 3720 ? ? ? N . n L 12 3721 A 3721 3721 ? ? ? N . n L 12 3722 G 3722 3722 ? ? ? N . n L 12 3723 G 3723 3723 ? ? ? N . n L 12 3724 C 3724 3724 ? ? ? N . n L 12 3725 U 3725 3725 ? ? ? N . n L 12 3726 U 3726 3726 ? ? ? N . n L 12 3727 U 3727 3727 ? ? ? N . n L 12 3728 U 3728 3728 ? ? ? N . n L 12 3729 C 3729 3729 ? ? ? N . n L 12 3730 C 3730 3730 ? ? ? N . n L 12 3731 A 3731 3731 ? ? ? N . n L 12 3732 U 3732 3732 ? ? ? N . n L 12 3733 U 3733 3733 ? ? ? N . n L 12 3734 A 3734 3734 ? ? ? N . n L 12 3735 G 3735 3735 ? ? ? N . n L 12 3736 U 3736 3736 ? ? ? N . n L 12 3737 U 3737 3737 ? ? ? N . n L 12 3738 C 3738 3738 ? ? ? N . n L 12 3739 U 3739 3739 ? ? ? N . n L 12 3740 U 3740 3740 ? ? ? N . n L 12 3741 U 3741 3741 ? ? ? N . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2015-10-21 2 'Structure model' 1 1 2015-10-28 3 'Structure model' 1 2 2015-12-02 4 'Structure model' 1 3 2017-04-19 5 'Structure model' 2 0 2017-08-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' Other 4 5 'Structure model' 'Atomic model' 5 5 'Structure model' 'Data collection' 6 5 'Structure model' 'Derived calculations' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 5 'Structure model' atom_site 2 5 'Structure model' em_image_scans 3 5 'Structure model' em_software 4 5 'Structure model' struct_conn # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 5 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv' 2 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 3 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 4 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 5 5 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 6 5 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 7 5 'Structure model' '_em_software.name' # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 5ANB _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;RESIDUES 1-205 PRESENT IN THE MODEL RESIDUES 1-69 IN THE MODELS NO UBIQUITIN IN MODEL RESIDUES 1-224 IN THE MODEL FRAGMENTS A1221-A1270, C1356-C1602, A2392-U2700 AND A2925- C3480 IN THE MODEL ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 5ANB _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.overall_b_value 128.9 _em_3d_fitting.target_criteria FSCAVERAGE _em_3d_fitting.details 'REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5ANB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 11970 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.33 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.33 _em_3d_reconstruction.resolution 4.1 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details 'SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3146. (DEPOSITION ID: 13760).' _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '50 MM HEPES-KOH, 100 MM K(CH3COO), 10 MM MG(CH3COO)2, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details '50 MM HEPES-KOH, 100 MM K(CH3COO), 10 MM MG(CH3COO)2, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'DICTYOSTELIUM 60S CARRYING ENDOGENOUS EIF6 WITH RECOMBINANT HUMAN SBDS AND HUMAN EFL1' _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 5ANB _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2013-09-03 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.nominal_defocus_min 2200 _em_imaging.nominal_defocus_max 2800 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 59000 _em_imaging.calibrated_magnification 105263 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 5ANB _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- 6.5S BLOT,' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5ANB _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 5ANB _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N1 N A 2425 ? ? 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