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IDTAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGTVFGSLIIGYARNPSLKQQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMVAFLILF J,K,L,M,N,O,P,Q ? 7 'polypeptide(L)' no no ;FAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLNPYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSP LTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDETTLTELKTVLKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMG GMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; ;FAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLNPYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSP LTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDETTLTELKTVLKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMG GMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; S ? 8 'polypeptide(L)' no no ;PYVLGTGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGEFADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKS QQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHISVQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKET IAKCIADLKLLSKK ; ;PYVLGTGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGEFADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKS QQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHISVQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKET IAKCIADLKLLSKK ; T ? 9 'polypeptide(L)' no no ;AGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPI PEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNI ; ;AGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPI PEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNI ; U ? 10 'polypeptide(L)' no no FNKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQMYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS FNKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQMYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS V ? 11 'polypeptide(L)' no no ;ITPVILGLPLVTLIVLFPSLLFPTSNRLVSNRFVTLQQWMLQLVSKQMMSIHNSKGQTWTLMLMSLILFIGSTNLLGLLP HSFTPTTQLSMNLGMAIPLWAGAVITGFRNKTKASLAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLFIQPMALAVRLTANITAGHL LIHLIGGATLALMSISTTTALITFTILILLTILEFAVAMIQAYVFTLLVSLYLHDNT ; ;ITPVILGLPLVTLIVLFPSLLFPTSNRLVSNRFVTLQQWMLQLVSKQMMSIHNSKGQTWTLMLMSLILFIGSTNLLGLLP HSFTPTTQLSMNLGMAIPLWAGAVITGFRNKTKASLAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLFIQPMALAVRLTANITAGHL LIHLIGGATLALMSISTTTALITFTILILLTILEFAVAMIQAYVFTLLVSLYLHDNT ; W ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num 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VAL n 1 89 LYS n 1 90 ARG n 1 91 THR n 1 92 GLY n 1 93 ALA n 1 94 ILE n 1 95 VAL n 1 96 ASP n 1 97 VAL n 1 98 PRO n 1 99 VAL n 1 100 GLY n 1 101 GLU n 1 102 GLU n 1 103 LEU n 1 104 LEU n 1 105 GLY n 1 106 ARG n 1 107 VAL n 1 108 VAL n 1 109 ASP n 1 110 ALA n 1 111 LEU n 1 112 GLY n 1 113 ASN n 1 114 ALA n 1 115 ILE n 1 116 ASP n 1 117 GLY n 1 118 LYS n 1 119 GLY n 1 120 PRO n 1 121 ILE n 1 122 GLY n 1 123 SER n 1 124 LYS n 1 125 ALA n 1 126 ARG n 1 127 ARG n 1 128 ARG n 1 129 VAL n 1 130 GLY n 1 131 LEU n 1 132 LYS n 1 133 ALA n 1 134 PRO n 1 135 GLY n 1 136 ILE n 1 137 ILE n 1 138 PRO n 1 139 ARG n 1 140 ILE n 1 141 SER n 1 142 VAL n 1 143 ARG n 1 144 GLU n 1 145 PRO n 1 146 MET n 1 147 GLN n 1 148 THR n 1 149 GLY n 1 150 ILE n 1 151 LYS n 1 152 ALA n 1 153 VAL n 1 154 ASP n 1 155 SER n 1 156 LEU n 1 157 VAL n 1 158 PRO n 1 159 ILE n 1 160 GLY n 1 161 ARG n 1 162 GLY n 1 163 GLN n 1 164 ARG n 1 165 GLU n 1 166 LEU n 1 167 ILE n 1 168 ILE n 1 169 GLY n 1 170 ASP n 1 171 ARG n 1 172 GLN 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PLASMID PRUN ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample ? ? COW 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? HEART MITOCHONDRIA ? ? ? ? 2 1 sample ? ? COW 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? HEART MITOCHONDRIA ? ? ? ? 3 1 sample ? ? 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P00847 10 ? 226 ? 10 226 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 5ARI GLY A 481 ? UNP P19483 SER 524 conflict 481 1 2 5ARI GLY B 481 ? UNP P19483 SER 524 conflict 481 2 3 5ARI GLY C 481 ? UNP P19483 SER 524 conflict 481 3 18 5ARI THR S 129 ? UNP P13621 ALA 152 conflict 129 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 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'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 5ARI _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 5ARI _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 7.40 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 18545 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 18545 _refine_hist.d_res_high 7.40 _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 5ARI _struct.title 'Bovine mitochondrial ATP synthase state 2b' _struct.pdbx_descriptor ;ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL, ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL (E.C.3.6.3.14), ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL, ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL, ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL, ATP SYNTHASE F(0) COMPLEX SUBUNIT C1, MITOCHONDRIAL, ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL, ATP SYNTHASE F(0) COMPLEX SUBUNIT B1, MITOCHONDRIAL, ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL, ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 5ARI _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text 'HYDROLASE, ATP SYNTHASE, ROTARY ATPASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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THR B 380 VAL B 400 1 ? 21 HELX_P HELX_P32 32 ASP B 411 ? LYS B 429 ? ASP B 411 LYS B 429 1 ? 19 HELX_P HELX_P33 33 ALA B 437 ? ARG B 450 ? ALA B 437 ARG B 450 1 ? 14 HELX_P HELX_P34 34 PRO B 458 ? GLN B 475 ? PRO B 458 GLN B 475 1 ? 18 HELX_P HELX_P35 35 HIS B 476 ? GLY B 487 ? HIS B 476 GLY B 487 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 36 SER B 490 ? GLY B 507 ? SER B 490 GLY B 507 1 ? 18 HELX_P HELX_P37 37 ILE C 150 ? VAL C 157 ? ILE C 150 VAL C 157 1 ? 8 HELX_P HELX_P38 38 GLY C 174 ? ASP C 191 ? GLY C 174 ASP C 191 1 ? 18 HELX_P HELX_P39 39 LYS C 209 ? ALA C 223 ? LYS C 209 ALA C 223 1 ? 15 HELX_P HELX_P40 40 ASP C 224 ? LYS C 227 ? ASP C 224 LYS C 227 5 ? 4 HELX_P HELX_P41 41 ALA C 239 ? ASN C 260 ? ALA C 239 ASN C 260 1 ? 22 HELX_P HELX_P42 42 ASP C 270 ? LEU C 285 ? ASP C 270 LEU C 285 1 ? 16 HELX_P HELX_P43 43 GLY C 290 ? TYR C 294 ? GLY C 290 TYR C 294 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 44 ASP C 297 ? ARG C 308 ? ASP C 297 ARG C 308 1 ? 12 HELX_P HELX_P45 45 ASN C 313 ? GLY C 317 ? ASN C 313 GLY C 317 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 46 ALA C 336 ? THR C 346 ? ALA C 336 THR C 346 1 ? 11 HELX_P HELX_P47 47 GLU C 353 ? GLY C 360 ? GLU C 353 GLY C 360 1 ? 8 HELX_P HELX_P48 48 GLY C 375 ? GLN C 379 ? GLY C 375 GLN C 379 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 49 THR C 380 ? PHE C 403 ? THR C 380 PHE C 403 1 ? 24 HELX_P HELX_P50 50 ASP C 411 ? LYS C 429 ? ASP C 411 LYS C 429 1 ? 19 HELX_P HELX_P51 51 ALA C 437 ? ARG C 450 ? ALA C 437 ARG C 450 1 ? 14 HELX_P HELX_P52 52 GLU C 457 ? GLN C 475 ? GLU C 457 GLN C 475 1 ? 19 HELX_P HELX_P53 53 HIS C 476 ? GLY C 487 ? HIS C 476 GLY C 487 1 ? 12 HELX_P HELX_P54 54 SER C 490 ? GLU C 509 ? SER C 490 GLU C 509 1 ? 20 HELX_P HELX_P55 55 GLY D 91 ? THR D 94 ? GLY D 87 THR D 90 5 ? 4 HELX_P HELX_P56 56 ILE D 141 ? ALA D 148 ? ILE D 137 ALA D 144 1 ? 8 HELX_P HELX_P57 57 GLY D 165 ? HIS D 181 ? GLY D 161 HIS D 177 1 ? 17 HELX_P HELX_P58 58 ARG D 193 ? GLY D 208 ? ARG D 189 GLY D 204 1 ? 16 HELX_P HELX_P59 59 PRO D 229 ? GLN D 250 ? 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139 SER 139 148 148 SER SER W . n V 11 140 LEU 140 149 149 LEU LEU W . n V 11 141 PHE 141 150 150 PHE PHE W . n V 11 142 ILE 142 151 151 ILE ILE W . n V 11 143 GLN 143 152 152 GLN GLN W . n V 11 144 PRO 144 153 153 PRO PRO W . n V 11 145 MET 145 154 154 MET MET W . n V 11 146 ALA 146 155 155 ALA ALA W . n V 11 147 LEU 147 156 156 LEU LEU W . n V 11 148 ALA 148 157 157 ALA ALA W . n V 11 149 VAL 149 158 158 VAL VAL W . n V 11 150 ARG 150 159 159 ARG ARG W . n V 11 151 LEU 151 160 160 LEU LEU W . n V 11 152 THR 152 161 161 THR THR W . n V 11 153 ALA 153 162 162 ALA ALA W . n V 11 154 ASN 154 163 163 ASN ASN W . n V 11 155 ILE 155 164 164 ILE ILE W . n V 11 156 THR 156 165 165 THR THR W . n V 11 157 ALA 157 166 166 ALA ALA W . n V 11 158 GLY 158 167 167 GLY GLY W . n V 11 159 HIS 159 168 168 HIS HIS W . n V 11 160 LEU 160 169 169 LEU LEU W . n V 11 161 LEU 161 170 170 LEU LEU W . n V 11 162 ILE 162 171 171 ILE ILE W . n V 11 163 HIS 163 172 172 HIS HIS W . n V 11 164 LEU 164 173 173 LEU LEU W . n V 11 165 ILE 165 174 174 ILE ILE W . n V 11 166 GLY 166 175 175 GLY GLY W . n V 11 167 GLY 167 176 176 GLY GLY W . n V 11 168 ALA 168 177 177 ALA ALA W . n V 11 169 THR 169 178 178 THR THR W . n V 11 170 LEU 170 179 179 LEU LEU W . n V 11 171 ALA 171 180 180 ALA ALA W . n V 11 172 LEU 172 181 181 LEU LEU W . n V 11 173 MET 173 182 182 MET MET W . n V 11 174 SER 174 183 183 SER SER W . n V 11 175 ILE 175 184 184 ILE ILE W . n V 11 176 SER 176 185 185 SER SER W . n V 11 177 THR 177 186 186 THR THR W . n V 11 178 THR 178 187 187 THR THR W . n V 11 179 THR 179 188 188 THR THR W . n V 11 180 ALA 180 189 189 ALA ALA W . n V 11 181 LEU 181 190 190 LEU LEU W . n V 11 182 ILE 182 191 191 ILE ILE W . n V 11 183 THR 183 192 192 THR THR W . n V 11 184 PHE 184 193 193 PHE PHE W . n V 11 185 THR 185 194 194 THR THR W . n V 11 186 ILE 186 195 195 ILE ILE W . n V 11 187 LEU 187 196 196 LEU LEU W . n V 11 188 ILE 188 197 197 ILE ILE W . n V 11 189 LEU 189 198 198 LEU LEU W . n V 11 190 LEU 190 199 199 LEU LEU W . n V 11 191 THR 191 200 200 THR THR W . n V 11 192 ILE 192 201 201 ILE ILE W . n V 11 193 LEU 193 202 202 LEU LEU W . n V 11 194 GLU 194 203 203 GLU GLU W . n V 11 195 PHE 195 204 204 PHE PHE W . n V 11 196 ALA 196 205 205 ALA ALA W . n V 11 197 VAL 197 206 206 VAL VAL W . n V 11 198 ALA 198 207 207 ALA ALA W . n V 11 199 MET 199 208 208 MET MET W . n V 11 200 ILE 200 209 209 ILE ILE W . n V 11 201 GLN 201 210 210 GLN GLN W . n V 11 202 ALA 202 211 211 ALA ALA W . n V 11 203 TYR 203 212 212 TYR TYR W . n V 11 204 VAL 204 213 213 VAL VAL W . n V 11 205 PHE 205 214 214 PHE PHE W . n V 11 206 THR 206 215 215 THR THR W . n V 11 207 LEU 207 216 216 LEU LEU W . n V 11 208 LEU 208 217 217 LEU LEU W . n V 11 209 VAL 209 218 218 VAL VAL W . n V 11 210 SER 210 219 219 SER SER W . n V 11 211 LEU 211 220 220 LEU LEU W . n V 11 212 TYR 212 221 221 TYR TYR W . n V 11 213 LEU 213 222 222 LEU LEU W . n V 11 214 HIS 214 223 223 HIS HIS W . n V 11 215 ASP 215 224 224 ASP ASP W . n V 11 216 ASN 216 225 225 ASN ASN W . n V 11 217 THR 217 226 226 THR THR W . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 22-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 22 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2015-10-14 2 'Structure model' 1 1 2016-12-21 3 'Structure model' 1 2 2017-08-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 3 'Structure model' em_image_scans 2 3 'Structure model' em_software # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 2 3 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 3 3 'Structure model' '_em_software.name' # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 5ARI _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'METHOD--FLEXIBLE FITTING' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details 1 1 2WSS ? ? 1 2 2XND ? ? 1 3 2CLY ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5ARI _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 17610 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'PROJECTION MATCHING AND MAXIMUM LIKELIHOOD CLASSIFICATION' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 7.4 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;THE A SUBUNIT WAS MODELED USING EVOLUTIONARY CO-VARIANCE. THE N-TERMINAL TRANSMEMBRANE HELICES OF THE B SUBUNIT WERE MODELED BASED ON TRANSMEMBRANE HELIX PREDICTIONS. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3167. (DEPOSITION ID: 13799). ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '20 MM TRIS-HCL, 100 MM NACL, 10% (V/V) DODECYLMALTOSIDE, 2 MM ATP, 0.02% (WT/V) NAN3' _em_buffer.pH 7.2 _em_buffer.details '20 MM TRIS-HCL, 100 MM NACL, 10% (V/V) DODECYLMALTOSIDE, 2 MM ATP, 0.02% (WT/V) NAN3' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'BOVINE MITOCHONDRIAL ATP SYNTHASE' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 5ARI _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2015-03-15 _em_imaging.temperature 80 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 4100 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 18000 _em_imaging.calibrated_magnification 30487 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ;K2 SUMMIT DIRECT DETECTOR DEVICE (GATAN INC.) OPERATED IN SUPER-RESOLUTION MODE WITH A 1.64 ANGSTROM PHYSICAL PIXEL AND 0. 82 ANGSTROM SUPER- RESOLUTION PIXEL. WITH NO SPECIMEN PRESENT, THE RATE OF EXPOSURE OF THE DETECTOR WAS 8 ELECTRONS PER PIXEL PER SECOND. EXPOSURE- FRACTIONATED MOVIES OF 20.1 S WERE RECORDED AS STACKS OF 67 FRAMES, SO THAT SELECTED SPECIMEN AREAS WERE EXPOSED WITH A TOTAL OF 60.3 ELECTRONS PER SQUARE ANGSTROM. ; _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 5ARI _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE-PROPANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details ;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 27 SECONDS BEFORE PLUNGING, ; _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5ARI _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 5ARI _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O U ASN 121 ? ? 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? -69.81 -176.20 116 1 LYS C 455 ? ? -20.38 -85.36 117 1 LEU C 456 ? ? -45.82 -177.54 118 1 HIS C 476 ? ? -94.32 30.56 119 1 GLU C 509 ? ? -90.87 -88.21 120 1 LEU D 33 ? ? 99.03 -6.22 121 1 ARG D 44 ? ? -56.81 97.92 122 1 GLU D 55 ? ? 20.78 67.92 123 1 ASP D 64 ? ? -60.42 -176.02 124 1 THR D 66 ? ? -148.75 -26.08 125 1 GLU D 67 ? ? -37.51 126.30 126 1 VAL D 86 ? ? -124.23 -150.63 127 1 ASN D 96 ? ? -112.36 -143.86 128 1 ARG D 105 ? ? -148.79 19.82 129 1 PRO D 107 ? ? -41.74 171.13 130 1 ILE D 108 ? ? -119.79 61.10 131 1 LYS D 111 ? ? -95.32 -72.39 132 1 VAL D 173 ? ? -104.69 -60.58 133 1 LYS D 209 ? ? -169.24 -4.22 134 1 THR D 212 ? ? -60.71 -165.81 135 1 SER D 213 ? ? -158.17 -83.71 136 1 LYS D 214 ? ? 174.26 -7.50 137 1 ASN D 223 ? ? -59.49 3.58 138 1 PRO D 276 ? ? -82.86 -111.30 139 1 SER D 277 ? ? -170.01 -157.31 140 1 TYR D 281 ? ? -43.54 -178.29 141 1 THR D 297 ? ? 174.87 -174.64 142 1 ASP D 319 ? ? -26.47 108.95 143 1 ASP D 330 ? ? -153.05 -6.13 144 1 ASN D 361 ? ? -96.73 -85.13 145 1 ASP D 394 ? ? 20.37 91.40 146 1 GLU D 395 ? ? -164.94 51.51 147 1 LEU D 396 ? ? -138.00 -136.76 148 1 ASP D 450 ? ? 155.14 84.70 149 1 HIS D 451 ? ? 155.18 9.01 150 1 PRO D 453 ? ? -63.57 -159.47 151 1 GLU D 454 ? ? -143.94 -29.18 152 1 MET D 459 ? ? 32.36 67.23 153 1 VAL D 460 ? ? -140.24 -156.29 154 1 PRO D 462 ? ? -20.67 124.61 155 1 ALA D 474 ? ? -72.40 32.16 156 1 PRO E 30 ? ? -93.54 -159.33 157 1 LEU E 33 ? ? 80.02 0.56 158 1 GLU E 55 ? ? 36.80 52.73 159 1 SER E 56 ? ? 35.73 57.81 160 1 THR E 66 ? ? -124.35 -116.19 161 1 GLU E 67 ? ? 19.46 85.89 162 1 ILE E 102 ? ? -159.25 12.49 163 1 PRO E 107 ? ? -35.65 147.76 164 1 LYS E 109 ? ? -104.86 49.23 165 1 PRO E 121 ? ? -30.73 124.79 166 1 GLU E 131 ? ? 174.79 140.88 167 1 THR E 135 ? ? -148.48 15.41 168 1 TYR E 180 ? ? -55.20 -163.37 169 1 ASP E 210 ? ? 164.23 102.27 170 1 ALA E 211 ? ? -79.09 20.73 171 1 THR E 212 ? ? -65.35 35.69 172 1 GLN E 249 ? ? -36.38 127.77 173 1 ARG E 274 ? ? -28.94 148.73 174 1 SER E 277 ? ? -73.62 -151.08 175 1 GLN E 282 ? ? -24.84 132.72 176 1 ARG E 295 ? ? -77.81 24.89 177 1 THR E 297 ? ? 176.18 -168.18 178 1 LEU E 317 ? ? -131.18 -33.17 179 1 ASP E 319 ? ? -29.83 114.14 180 1 ILE E 344 ? ? 0.43 114.58 181 1 VAL E 348 ? ? -28.23 149.93 182 1 MET E 358 ? ? 135.40 137.71 183 1 LEU E 391 ? ? -162.54 26.24 184 1 MET E 393 ? ? -102.53 -65.58 185 1 ASP E 394 ? ? -167.41 67.99 186 1 GLU E 395 ? ? 169.20 132.45 187 1 LEU E 396 ? ? -156.18 -90.59 188 1 ASP E 450 ? ? 177.67 -57.47 189 1 MET E 459 ? ? 57.06 73.85 190 1 LEU F 33 ? ? 99.39 -18.11 191 1 ARG F 44 ? ? -53.39 97.81 192 1 GLU F 67 ? ? 143.54 150.78 193 1 LEU F 69 ? ? -92.84 57.62 194 1 PRO F 101 ? ? -36.61 101.13 195 1 THR F 110 ? ? -145.32 -137.12 196 1 ALA F 118 ? ? 176.43 110.81 197 1 ALA F 120 ? ? 15.38 83.15 198 1 VAL F 128 ? ? -62.81 0.55 199 1 VAL F 173 ? ? -102.67 -65.17 200 1 LYS F 175 ? ? -66.98 -71.45 201 1 GLN F 221 ? ? -67.67 -171.61 202 1 LEU F 272 ? ? -64.94 9.94 203 1 SER F 277 ? ? -47.99 -138.34 204 1 GLN F 282 ? ? -6.55 120.55 205 1 THR F 299 ? ? -71.69 -129.56 206 1 LYS F 300 ? ? -83.27 -91.59 207 1 ASP F 319 ? ? -22.54 109.98 208 1 ASP F 359 ? ? 159.08 173.69 209 1 ILE F 362 ? ? -133.82 -70.49 210 1 VAL F 420 ? ? -68.84 -87.04 211 1 HIS F 427 ? ? 163.46 157.82 212 1 LEU F 428 ? ? -35.54 137.37 213 1 LYS F 430 ? ? -137.56 -153.20 214 1 TYR F 449 ? ? -84.87 32.90 215 1 ASP F 450 ? ? 50.87 -119.60 216 1 PRO F 453 ? ? -16.17 131.12 217 1 ARG G 9 ? ? -50.56 -81.96 218 1 LEU G 10 ? ? -25.81 -52.05 219 1 ALA G 50 ? ? -69.30 79.83 220 1 LEU G 51 ? ? -173.76 -54.28 221 1 ALA G 55 ? ? 165.58 91.02 222 1 PRO G 60 ? ? -141.98 16.41 223 1 ILE G 69 ? ? 176.80 127.64 224 1 VAL G 71 ? ? -147.29 44.93 225 1 SER G 72 ? ? -78.81 -143.06 226 1 LEU G 77 ? ? 92.91 -3.68 227 1 CYS G 78 ? ? -67.91 -121.97 228 1 LYS G 87 ? ? -51.01 -83.30 229 1 GLN G 88 ? ? -48.96 -8.71 230 1 GLU G 92 ? ? -49.91 -74.21 231 1 ALA G 93 ? ? -22.26 -25.66 232 1 ARG G 113 ? ? -83.24 41.56 233 1 SER G 114 ? ? -167.18 49.48 234 1 ILE G 115 ? ? 167.09 29.88 235 1 LEU G 116 ? ? -171.50 -0.79 236 1 ARG G 118 ? ? -162.12 -74.99 237 1 HIS G 120 ? ? -99.60 32.12 238 1 GLU G 130 ? ? 55.22 78.08 239 1 ARG G 133 ? ? 91.77 12.24 240 1 ARG G 134 ? ? 130.82 130.57 241 1 THR G 137 ? ? -129.30 -164.26 242 1 VAL G 143 ? ? -63.88 -71.14 243 1 ASP G 156 ? ? -145.33 22.43 244 1 GLU G 157 ? ? 81.88 -59.49 245 1 ARG G 166 ? ? -131.65 -33.72 246 1 VAL G 168 ? ? -65.92 11.28 247 1 SER G 180 ? ? -173.21 21.19 248 1 THR G 183 ? ? -74.10 -122.14 249 1 SER G 185 ? ? -60.35 85.03 250 1 SER G 186 ? ? 173.37 5.21 251 1 GLU G 188 ? ? 67.40 -82.80 252 1 ASP G 195 ? ? 40.28 84.58 253 1 ASP G 197 ? ? 164.25 156.46 254 1 ALA G 198 ? ? -59.87 -5.74 255 1 ASP G 199 ? ? -65.98 -107.95 256 1 VAL G 200 ? ? -34.40 -29.68 257 1 LEU G 201 ? ? -56.52 -75.25 258 1 ASN G 203 ? ? -93.21 35.16 259 1 TYR G 204 ? ? -145.60 -46.04 260 1 GLU G 206 ? ? -65.17 -74.51 261 1 PHE G 250 ? ? -50.17 -85.29 262 1 ASN G 251 ? ? -38.08 -36.40 263 1 VAL G 257 ? ? -54.90 -82.28 264 1 ILE G 258 ? ? -28.78 -53.19 265 1 ALA G 269 ? ? -170.37 0.50 266 1 ALA G 270 ? ? -161.96 8.51 267 1 ALA G 271 ? ? -117.92 59.07 268 1 LEU G 272 ? ? -175.46 1.72 269 1 THR H 42 ? ? 167.83 8.08 270 1 ALA H 44 ? ? -147.90 -137.57 271 1 PHE H 45 ? ? 130.67 164.44 272 1 ALA H 49 ? ? -39.46 46.15 273 1 ALA H 50 ? ? 153.68 -126.77 274 1 HIS H 51 ? ? 141.96 152.56 275 1 VAL H 52 ? ? -63.03 -151.69 276 1 HIS H 66 ? ? -69.04 94.34 277 1 GLU H 68 ? ? -59.44 58.55 278 1 ASP H 69 ? ? 170.74 29.13 279 1 SER H 78 ? ? -102.54 -117.23 280 1 SER H 79 ? ? -90.16 -155.92 281 1 ASP H 87 ? ? -46.02 -178.99 282 1 GLU H 95 ? ? -63.30 -97.81 283 1 ASP H 101 ? ? -30.66 -25.13 284 1 ALA H 123 ? ? -149.83 -26.82 285 1 TYR I 3 ? ? -27.84 -50.61 286 1 LEU I 9 ? ? 66.14 -128.16 287 1 ALA I 25 ? ? -84.10 -151.77 288 1 LEU I 26 ? ? 79.57 119.00 289 1 THR I 28 ? ? 30.76 -88.25 290 1 ASN I 33 ? ? -45.00 -19.36 291 1 SER I 38 ? ? -48.94 167.40 292 1 SER I 40 ? ? -168.25 59.63 293 1 THR I 41 ? ? 143.58 30.65 294 1 LYS I 46 ? ? -48.77 -18.05 295 1 ASN J 39 ? ? 69.32 161.88 296 1 GLN J 44 ? ? 71.77 157.63 297 1 GLN J 45 ? ? 91.61 -52.21 298 1 ASN K 39 ? ? 66.34 164.97 299 1 GLN K 44 ? ? 66.52 169.21 300 1 GLN K 45 ? ? 64.98 -73.43 301 1 THR L 4 ? ? -91.04 34.31 302 1 ALA L 5 ? ? -138.69 -58.86 303 1 PHE L 29 ? ? -80.84 38.37 304 1 ASN L 39 ? ? 64.33 166.77 305 1 SER L 41 ? ? -102.74 60.63 306 1 GLN L 44 ? ? 69.65 -28.02 307 1 GLN L 45 ? ? -116.03 -74.46 308 1 LEU L 72 ? ? -148.91 -54.46 309 1 ASN M 39 ? ? 63.88 164.25 310 1 GLN M 44 ? ? -148.12 -77.17 311 1 ILE M 71 ? ? -92.05 37.05 312 1 LEU M 72 ? ? -147.89 -14.16 313 1 ILE N 9 ? ? -101.89 48.67 314 1 ASN N 39 ? ? 66.23 166.37 315 1 GLN N 44 ? ? 61.99 179.15 316 1 GLN N 45 ? ? 65.64 -59.86 317 1 LEU N 72 ? ? -93.52 -66.23 318 1 ASN O 39 ? ? 62.76 -177.82 319 1 SER O 41 ? ? -69.55 79.00 320 1 LEU O 42 ? ? -72.46 -77.15 321 1 GLN O 44 ? ? 80.55 154.82 322 1 GLN O 45 ? ? 68.37 -67.98 323 1 ASN P 39 ? ? 63.70 163.41 324 1 LEU P 42 ? ? -65.46 -78.30 325 1 GLN P 44 ? ? 70.30 154.52 326 1 GLN P 45 ? ? 69.24 -72.91 327 1 ASN Q 39 ? ? 68.98 169.79 328 1 LYS Q 43 ? ? -83.24 36.93 329 1 GLN Q 44 ? ? 167.33 159.26 330 1 GLN Q 45 ? ? 68.67 -65.03 331 1 ALA S 2 ? ? -82.33 -151.46 332 1 PRO S 7 ? ? -46.49 155.14 333 1 VAL S 9 ? ? 54.51 75.90 334 1 GLN S 10 ? ? 108.47 -67.09 335 1 ILE S 11 ? ? 54.69 -170.55 336 1 ILE S 14 ? ? 76.51 100.07 337 1 GLN S 29 ? ? 57.91 -15.55 338 1 LEU S 46 ? ? -83.03 -78.21 339 1 LYS S 47 ? ? -30.38 -13.36 340 1 LYS S 50 ? ? 172.94 -116.33 341 1 VAL S 60 ? ? -148.69 -3.30 342 1 LYS S 61 ? ? 62.81 103.94 343 1 SER S 68 ? ? -175.30 -52.28 344 1 ASP S 71 ? ? -60.40 -73.68 345 1 LYS S 75 ? ? 162.83 18.01 346 1 LYS S 77 ? ? -170.42 50.60 347 1 SER S 79 ? ? -142.05 -65.56 348 1 PRO S 80 ? ? 3.24 -88.67 349 1 ASN S 87 ? ? -54.94 -7.72 350 1 ASN S 92 ? ? -70.92 24.17 351 1 THR S 107 ? ? -67.94 94.89 352 1 MET S 108 ? ? 172.26 166.48 353 1 MET S 109 ? ? -27.26 84.99 354 1 SER S 110 ? ? 156.30 -87.89 355 1 ARG S 113 ? ? -99.34 56.03 356 1 THR S 121 ? ? 56.78 -144.63 357 1 ALA S 123 ? ? -88.93 -103.05 358 1 ALA S 125 ? 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