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'The Y54(L)W Mutation of Anti-leukotriene C4 Single-chain Antibody Increases Affinity to Leukotriene E4' ? ? ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sugahara, M.' 1 ? primary 'Ago, H.' 2 ? primary 'Saino, H.' 3 ? primary 'Miyano, M.' 4 ? primary 'Yamamoto, S.' 5 ? primary 'Takahashi, Y.' 6 ? 1 'Kawakami, Y.' 7 ? 1 'Kinoshita, M.' 8 ? 1 'Mori, Y.' 9 ? 1 'Okochi, S.' 10 ? 1 'Hirano, S.' 11 ? 1 'Shimoda, I.' 12 ? 1 'Kanzaki, K.' 13 ? 1 'Suzuki-Yamamoto, T.' 14 ? 1 'Kimotoi, M.' 15 ? 1 'Hori, T.' 16 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.63 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5B6F _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 74.600 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 173.980 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 75.460 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 8 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ARG D 108 THR D 112 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 SER D 180 ? SER D 182 ? SER D 180 SER D 182 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 AC1 PRO D 224 ? SER D 227 ? PRO D 224 SER D 227 5 ? 4 HELX_P HELX_P20 AC2 GLU E 103 ? LEU E 107 ? GLU E 103 LEU E 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 SER E 145 ? GLY E 152 ? SER E 145 GLY E 152 1 ? 8 HELX_P HELX_P22 AC4 LYS E 207 ? ARG E 212 ? LYS E 207 ARG E 212 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 47 ? TYR F 51 ? THR F 47 TYR F 51 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 72 ? ASN F 76 ? LEU F 72 ASN F 76 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 GLU F 83 ? LYS F 86 ? GLU F 83 LYS F 86 5 ? 4 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP F 95 ? LYS F 97 ? ASP F 95 LYS F 97 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG F 108 ? THR F 112 ? ARG F 108 THR F 112 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 SER F 180 ? SER F 182 ? SER F 180 SER F 182 5 ? 3 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO F 224 ? SER F 227 ? PRO F 224 SER F 227 5 ? 4 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU G 103 ? LEU G 107 ? GLU G 103 LEU G 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 SER G 145 ? GLY G 152 ? SER G 145 GLY G 152 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 LYS G 207 ? ARG G 212 ? LYS G 207 ARG G 212 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU H 72 ? ASN H 76 ? LEU H 72 ASN H 76 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU H 83 ? LYS H 86 ? GLU H 83 LYS H 86 5 ? 4 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP H 95 ? LYS H 97 ? ASP H 95 LYS H 97 5 ? 3 HELX_P HELX_P36 AD9 ARG H 108 ? THR H 112 ? ARG H 108 THR H 112 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 SER H 180 ? SER H 182 ? SER H 180 SER H 182 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? A CYS 42 SG ? ? ? 1_555 A CYS 112 SG ? ? A CYS 42 A CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf2 disulf ? ? A CYS 158 SG ? ? ? 1_555 A CYS 218 SG ? ? A CYS 158 A CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf3 disulf ? ? B CYS 41 SG ? ? ? 1_555 B CYS 117 SG A ? B CYS 41 B CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? disulf4 disulf ? ? B CYS 41 SG ? ? ? 1_555 B CYS 117 SG B ? B CYS 41 B CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf5 disulf ? ? B CYS 164 SG A ? ? 1_555 B CYS 219 SG A ? B CYS 164 B CYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf6 disulf ? ? B CYS 164 SG B ? ? 1_555 B CYS 219 SG B ? B CYS 164 B CYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf7 disulf ? ? C CYS 42 SG ? ? ? 1_555 C CYS 112 SG ? ? C CYS 42 C CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf8 disulf ? ? C CYS 158 SG A ? ? 1_555 C CYS 218 SG A ? C CYS 158 C CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? disulf9 disulf ? ? C CYS 158 SG B ? ? 1_555 C CYS 218 SG B ? C CYS 158 C CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf10 disulf ? ? D CYS 41 SG ? ? ? 1_555 D CYS 117 SG B ? D CYS 41 D CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? disulf11 disulf ? ? D CYS 41 SG ? ? ? 1_555 D CYS 117 SG A ? D CYS 41 D CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf12 disulf ? ? D CYS 164 SG ? ? ? 1_555 D CYS 219 SG A ? D CYS 164 D CYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf13 disulf ? ? D CYS 164 SG ? ? ? 1_555 D CYS 219 SG B ? D CYS 164 D CYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf14 disulf ? ? E CYS 42 SG ? ? ? 1_555 E CYS 112 SG ? ? E CYS 42 E CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf15 disulf ? ? E CYS 158 SG ? ? ? 1_555 E CYS 218 SG ? ? E CYS 158 E CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf16 disulf ? ? F CYS 41 SG ? ? ? 1_555 F CYS 117 SG ? ? F CYS 41 F CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.000 ? disulf17 disulf ? ? F CYS 164 SG A ? ? 1_555 F CYS 219 SG ? ? F CYS 164 F CYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.050 ? disulf18 disulf ? ? F CYS 164 SG B ? ? 1_555 F CYS 219 SG ? ? F CYS 164 F CYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? disulf19 disulf ? ? 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H CYS 164 H CYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 THR 26 A . ? THR 26 A PRO 27 A ? PRO 27 A 1 -1.99 2 VAL 118 A . ? VAL 118 A PRO 119 A ? PRO 119 A 1 3.32 3 TYR 164 A . ? TYR 164 A PRO 165 A ? PRO 165 A 1 5.08 4 PHE 170 B . ? PHE 170 B PRO 171 B ? PRO 171 B 1 -6.52 5 GLU 172 B . ? GLU 172 B PRO 173 B ? PRO 173 B 1 1.83 6 TRP 212 B . ? TRP 212 B PRO 213 B ? PRO 213 B 1 6.87 7 THR 26 C . ? THR 26 C PRO 27 C ? PRO 27 C 1 -4.35 8 VAL 118 C . ? VAL 118 C PRO 119 C ? PRO 119 C 1 -0.20 9 TYR 164 C . ? TYR 164 C PRO 165 C ? PRO 165 C 1 2.72 10 PHE 170 D . ? PHE 170 D PRO 171 D ? PRO 171 D 1 -4.42 11 GLU 172 D . ? GLU 172 D PRO 173 D ? PRO 173 D 1 -0.94 12 TRP 212 D . ? TRP 212 D PRO 213 D ? PRO 213 D 1 5.36 13 THR 26 E . ? THR 26 E PRO 27 E ? PRO 27 E 1 -1.81 14 VAL 118 E . ? VAL 118 E PRO 119 E ? PRO 119 E 1 4.90 15 TYR 164 E . ? TYR 164 E PRO 165 E ? PRO 165 E 1 5.41 16 PHE 170 F . ? PHE 170 F PRO 171 F ? PRO 171 F 1 -7.15 17 GLU 172 F . ? GLU 172 F PRO 173 F ? PRO 173 F 1 1.31 18 TRP 212 F . ? TRP 212 F PRO 213 F ? PRO 213 F 1 3.27 19 THR 26 G . ? THR 26 G PRO 27 G ? PRO 27 G 1 -1.27 20 VAL 118 G . ? VAL 118 G PRO 119 G ? PRO 119 G 1 1.68 21 TYR 164 G . ? TYR 164 G PRO 165 G ? PRO 165 G 1 1.87 22 PHE 170 H . ? PHE 170 H PRO 171 H ? PRO 171 H 1 -5.74 23 GLU 172 H . ? GLU 172 H PRO 173 H ? PRO 173 H 1 -1.22 24 TRP 212 H . ? TRP 212 H PRO 213 H ? PRO 213 H 1 2.75 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 6 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 6 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 6 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 6 ? AE1 ? 4 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC8 5 6 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD4 5 6 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 MET A 23 ? 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A ALA 16 17 1 Y 1 A SER 17 ? A SER 17 18 1 Y 1 A SER 18 ? A SER 18 19 1 Y 1 A SER 19 ? A SER 19 20 1 Y 1 A ASN 236 ? A ASN 236 21 1 Y 1 A GLU 237 ? A GLU 237 22 1 Y 1 A CYS 238 ? A CYS 238 23 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 24 1 Y 1 B TYR 2 ? B TYR 2 25 1 Y 1 B LEU 3 ? B LEU 3 26 1 Y 1 B GLY 4 ? B GLY 4 27 1 Y 1 B LEU 5 ? B LEU 5 28 1 Y 1 B ASN 6 ? B ASN 6 29 1 Y 1 B CYS 7 ? B CYS 7 30 1 Y 1 B VAL 8 ? B VAL 8 31 1 Y 1 B PHE 9 ? B PHE 9 32 1 Y 1 B ILE 10 ? B ILE 10 33 1 Y 1 B VAL 11 ? B VAL 11 34 1 Y 1 B PHE 12 ? B PHE 12 35 1 Y 1 B LEU 13 ? B LEU 13 36 1 Y 1 B LEU 14 ? B LEU 14 37 1 Y 1 B LYS 15 ? B LYS 15 38 1 Y 1 B GLY 16 ? B GLY 16 39 1 Y 1 B VAL 17 ? B VAL 17 40 1 Y 1 B GLN 18 ? B GLN 18 41 1 Y 1 B SER 19 ? B SER 19 42 1 Y 1 B GLU 20 ? B GLU 20 43 1 Y 1 B SER 152 ? B SER 152 44 1 Y 1 B ALA 153 ? B ALA 153 45 1 Y 1 B ALA 154 ? B ALA 154 46 1 Y 1 B GLN 155 ? B GLN 155 47 1 Y 1 B THR 156 ? B THR 156 48 1 Y 1 B ASN 157 ? B ASN 157 49 1 Y 1 C MET 1 ? C MET 1 50 1 Y 1 C LYS 2 ? 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