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UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 6 ? 10048 10048 'Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin.' 2015 ? 10.1038/ncomms10048 26640131 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 'Acta Crystallogr F Struct Biol Commun' ACSFEN ? 2053-230X ? ? 71 ? 1242 1246 ;Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide. ; 2015 ? 10.1107/S2053230X15015290 26457513 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Chan, P.F.' 1 primary 'Srikannathasan, V.' 2 primary 'Huang, J.' 3 primary 'Cui, H.' 4 primary 'Fosberry, A.P.' 5 primary 'Gu, M.' 6 primary 'Hann, M.M.' 7 primary 'Hibbs, M.' 8 primary 'Homes, P.' 9 primary 'Ingraham, K.' 10 primary 'Pizzollo, J.' 11 primary 'Shen, C.' 12 primary 'Shillings, A.J.' 13 primary 'Spitzfaden, C.E.' 14 primary 'Tanner, R.' 15 primary 'Theobald, A.J.' 16 primary 'Stavenger, R.A.' 17 primary 'Bax, B.D.' 18 primary 'Gwynn, M.N.' 19 1 'Srikannathasan, V.' 20 1 'Wohlkonig, A.' 21 1 'Shillings, A.' 22 1 'Singh, O.' 23 1 'Chan, P.F.' 24 1 'Huang, J.' 25 1 'Gwynn, M.N.' 26 1 'Fosberry, A.P.' 27 1 'Homes, P.' 28 1 'Hibbs, M.' 29 1 'Theobald, A.J.' 30 1 'Spitzfaden, C.' 31 1 'Bax, B.D.' 32 # _cell.angle_alpha 90.000 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 102.750 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.000 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5CDO _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 90.472 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 170.211 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 124.579 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 8 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5CDO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'DNA gyrase subunit A' 54777.379 4 5.99.1.3 ? ? ? 2 polymer man 'DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B' 21111.018 4 5.99.1.3,5.99.1.3 ? 'residues 417-638,residues 417-638' ? 3 polymer man ;DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3') ; 6150.966 4 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 'SULFATE ION' 96.063 3 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'SODIUM ION' 22.990 5 ? ? ? ? 6 non-polymer syn GLYCEROL 92.094 5 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'MANGANESE (II) ION' 54.938 4 ? ? ? ? 8 non-polymer syn ;(2R,4S,4aS)-4',6'-dihydroxy-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidin]-2'-one ; 374.348 2 ? ? ? ? 9 non-polymer syn ;(2R,4S,4aS,5S)-6'-hydroxy-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4'(3'H)-dione ; 374.348 1 ? ? ? ? 10 non-polymer syn ;(2R,4S,4aS,5R)-6'-hydroxy-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4'(3'H)-dione ; 374.348 1 ? ? ? ? 11 water nat water 18.015 82 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no yes ;INERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYE AMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMR(PTR)TEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARF PNLLANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMR SRAVIEERGGGRQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQ TPLQTSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTD KVAMESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDR RTEIQL ; ;INERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYE AMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRYTEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARFPNLL ANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMRSRAV IEERGGGRQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQTPLQ TSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTDKVAM ESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDRRTEI QL ; A,C,R,T ? 2 'polypeptide(L)' no no ;KLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLA KARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLED AIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAV ; ;KLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLA KARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLED AIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAV ; B,D,S,U ? 3 polydeoxyribonucleotide no no '(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)' GAGCGTACGGCCGTACGCTT E,F,V,W ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ILE n 1 2 ASN n 1 3 GLU n 1 4 ARG n 1 5 ASN n 1 6 ILE n 1 7 THR n 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_refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _refine_hist.cycle_id final _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.d_res_high 3.1500 _refine_hist.d_res_low 58.4150 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 274 _refine_hist.number_atoms_solvent 82 _refine_hist.number_atoms_total 22818 _refine_hist.pdbx_number_residues_total 2751 _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand 31.29 _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent 30.75 _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 20865 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 1597 # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.005 ? 23130 ? f_bond_d ? ? 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AA N N 4 ? BA N N 4 ? CA N N 5 ? DA N N 7 ? EA N N 6 ? FA N N 6 ? GA N N 8 ? HA N N 11 ? IA N N 11 ? JA N N 11 ? KA N N 11 ? LA N N 11 ? MA N N 11 ? NA N N 11 ? OA N N 11 ? PA N N 11 ? QA N N 11 ? RA N N 11 ? SA N N 11 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 6 ? ARG A 25 ? ILE A 14 ARG A 33 1 ? 20 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 35 ? GLN A 48 ? LYS A 43 GLN A 56 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 59 ? TYR A 70 ? 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ILE C 14 ALA C 32 1 ? 19 HELX_P HELX_P32 AD5 LYS C 35 ? GLN C 48 ? LYS C 43 GLN C 56 1 ? 14 HELX_P HELX_P33 AD6 SER C 59 ? TYR C 70 ? SER C 67 TYR C 78 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY C 74 ? GLN C 87 ? GLY C 82 GLN C 95 1 ? 14 HELX_P HELX_P35 AD8 ALA C 112 ? PTR C 115 ? ALA C 120 PTR C 123 5 ? 4 HELX_P HELX_P36 AD9 LYS C 122 ? ARG C 129 ? LYS C 130 ARG C 137 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO C 157 ? GLY C 163 ? PRO C 165 GLY C 171 1 ? 7 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN C 179 ? ASN C 193 ? ASN C 187 ASN C 201 1 ? 15 HELX_P HELX_P39 AE3 SER C 197 ? MET C 202 ? SER C 205 MET C 210 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 LYS C 219 ? GLY C 229 ? LYS C 227 GLY C 237 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN C 261 ? ASP C 275 ? ASN C 269 ASP C 283 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 AE6 ASN C 305 ? THR C 317 ? ASN C 313 THR C 325 1 ? 13 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN C 339 ? HIS C 382 ? ASN C 347 HIS C 390 1 ? 44 HELX_P HELX_P44 AE8 HIS C 382 ? GLU C 392 ? HIS C 390 GLU C 400 1 ? 11 HELX_P HELX_P45 AE9 THR C 395 ? PHE C 407 ? 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T PTR 123 T THR 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale13 covale none ? I PTR 115 O3P ? ? ? 1_555 L DG 9 "C5'" ? ? T PTR 123 W DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.400 ? metalc17 metalc ? ? I TYR 314 O ? ? ? 1_555 CA NA . NA ? ? T TYR 322 T NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? metalc18 metalc ? ? I THR 317 O ? ? ? 1_555 CA NA . NA ? ? T THR 325 T NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? metalc19 metalc ? ? I GLN 320 O ? ? ? 1_555 CA NA . NA ? ? T GLN 328 T NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? metalc20 metalc ? ? J ASP 92 OD2 ? ? ? 1_555 DA MN . MN ? ? U ASP 508 U MN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc21 metalc ? ? J ASP 94 OD2 ? ? ? 1_555 DA MN . MN ? ? U ASP 510 U MN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc22 metalc ? ? P MN . MN ? ? ? 1_555 IA HOH . O ? ? B MN 701 B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc23 metalc ? ? P MN . MN ? ? ? 1_555 IA HOH . O ? ? B MN 701 B HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc24 metalc ? ? P MN . MN ? ? ? 1_555 IA HOH . O ? ? B MN 701 B HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.280 ? metalc25 metalc ? ? P MN . MN ? ? ? 1_555 LA HOH . O ? ? B MN 701 E HOH 2202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc26 metalc ? ? S MN . MN ? ? ? 1_555 KA HOH . O ? ? D MN 1001 D HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.360 ? metalc27 metalc ? ? S MN . MN ? ? ? 1_555 KA HOH . O ? ? D MN 1001 D HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc28 metalc ? ? S MN . MN ? ? ? 1_555 KA HOH . O ? ? D MN 1001 D HOH 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc29 metalc ? ? S MN . MN ? ? ? 1_555 KA HOH . O ? ? D MN 1001 D HOH 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc30 metalc ? ? Y MN . MN ? ? ? 1_555 OA HOH . O ? ? S MN 6001 S HOH 6104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc31 metalc ? ? Y MN . MN ? ? ? 1_555 OA HOH . O ? ? S MN 6001 S HOH 6107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc32 metalc ? ? Y MN . MN ? ? ? 1_555 OA HOH . O ? ? S MN 6001 S HOH 6103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.810 ? metalc33 metalc ? ? Y MN . MN ? ? ? 1_555 OA HOH . O ? ? S MN 6001 S HOH 6106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? metalc34 metalc ? ? CA NA . NA ? ? ? 1_555 PA HOH . O ? ? T NA 503 T HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc35 metalc ? ? DA MN . MN ? ? ? 1_555 QA HOH . O ? ? U MN 5001 U HOH 5101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.779 ? metalc36 metalc ? ? DA MN . MN ? ? ? 1_555 QA HOH . O ? ? U MN 5001 U HOH 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc37 metalc ? ? DA MN . MN ? ? ? 1_555 QA HOH . O ? ? U MN 5001 U HOH 5107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc38 metalc ? ? DA MN . MN ? ? ? 1_555 RA HOH . O ? ? U MN 5001 V HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? hydrog1 hydrog ? ? E DG 3 N1 ? ? ? 1_555 F DC 18 N3 ? ? E DG 3 F DC 2018 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? hydrog2 hydrog ? ? E DC 4 N3 ? ? ? 1_555 F DG 17 N1 ? ? E DC 4 F DG 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog3 hydrog ? ? E DC 4 N4 ? ? ? 1_555 F DG 17 O6 ? ? E DC 4 F DG 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog4 hydrog ? ? E DC 4 O2 ? ? ? 1_555 F DG 17 N2 ? ? E DC 4 F DG 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog14 hydrog ? ? E DG 9 N1 ? ? ? 1_555 F DC 12 N3 ? ? E DG 2009 F DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog15 hydrog ? ? E DG 9 N2 ? ? ? 1_555 F DC 12 O2 ? ? E DG 2009 F DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog16 hydrog ? ? E DG 9 O6 ? ? ? 1_555 F DC 12 N4 ? ? E DG 2009 F DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog17 hydrog ? ? E DG 10 N1 ? ? ? 1_555 F DC 11 N3 ? ? E DG 2010 F DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog18 hydrog ? ? E DG 10 N2 ? ? ? 1_555 F DC 11 O2 ? ? E DG 2010 F DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog19 hydrog ? ? E DG 10 O6 ? ? ? 1_555 F DC 11 N4 ? ? E DG 2010 F DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog20 hydrog ? ? E DC 11 N4 ? ? ? 1_555 F DG 9 O6 ? ? E DC 2011 F DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog21 hydrog ? ? E DC 11 O2 ? ? ? 1_555 F DG 10 N2 ? ? E DC 2011 F DG 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? hydrog22 hydrog ? ? E DC 12 O2 ? ? ? 1_555 F DG 9 N1 ? ? 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J VAL 188 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5CDO 'double helix' 5CDO 'a-form double helix' 5CDO 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 E DG 3 1_555 F DC 18 1_555 -0.176 0.278 0.677 14.556 7.233 11.021 1 E_DG3:DC2018_F E 3 ? 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