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114 _citation.page_last 117 _citation.title 'Crystal structure of the RNA-dependent RNA polymerase from influenza C virus.' _citation.year 2015 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nature15525 _citation.pdbx_database_id_PubMed 26503046 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hengrung, N.' 1 ? primary 'El Omari, K.' 2 ? primary 'Serna Martin, I.' 3 ? primary 'Vreede, F.T.' 4 ? primary 'Cusack, S.' 5 ? primary 'Rambo, R.P.' 6 ? primary 'Vonrhein, C.' 7 ? primary 'Bricogne, G.' 8 ? primary 'Stuart, D.I.' 9 ? primary 'Grimes, J.M.' 10 ? primary 'Fodor, E.' 11 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Polymerase acidic protein' 82025.531 4 ? ? ? ? 2 polymer man 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;MEINPYLMFLNNDVTSLISTTYPYTGPPPMSHGSSTKYTLETIKRTYDYSRTSVEKTSKVFNIPRRKFCNCLEDKDELVK PTGNVDISSLLGLAEMMEKRMGEGFFKHCVMEAETEILKMHFSRLTEGRQTYDWTSERNMPAATALQLTVDAIKETEGPF KGTTMLEYCNKMIEMLDWKEIKFKKVKTVVRREKDKRSGKEIKTKVPVMGIDSIKHDEFLIRALTINTMAKDGERGKLQR RAIATPGMIVRPFSKIVETVAQKICEKLKESGLPVGGNEKKAKLKTTVTSLNARMNSDQFAVNITGDNSKWNECQQPEAY LALLAYITKDSSDLMKDLCSVAPVLFCNKFVKLGQGIRLSNKRKTKEVIIKAEKMGKYKNLMREEYKNLFEPLEKYIQKD VCFLPGGMLMGMFNMLSTVLGVSTLCYMDEELKAKGCFWTGLQSSDDFVLFAVASNWSNIHWTIRRFNAVCKLIGINMSL EKSYGSLPELFEFTSMFFDGEFVSNLAMELPAFTTAGVNEGVDFTAAMSIIKTNMINNSLSPSTALMALRICLQEFRATY RVHPWDSRVKGGRMKIINEFIKTIENKDGLLIADGGKLMNNISTLHIPEEVLKFEKMDEQYRNRVFNPKNPFTNFDKTID IFRAHGPIRVEENEAVVSTHSFRTRANRTLLNTDMRAMMAEEKRYQMVCDMFKSVFESADINPPIGAMSIGEAIEEKLLE RAKMKRDIGAIEDSEYEEIKDIIRDAKKARLESR ; B,E,H,K ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSLLLTIAKEYKRLCQDAKAAQMMTVGTVSNYTTFKKWTTSRKEKNPSLRMRWAMSSKFPIIANKRMLEEAQIPKEHNNV ALWEDTEDVSKRDHVLASASCINYWNFCGPCVNNSEVIKEVYKSRFGRLERRKEIMWKELRFTLVDRQRRRVDTQPVEQR 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_exptl_crystal_grow.time ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;Drops were set up by mixing polymerase (5 mg/ml in 25 mM Hepes:NaOH, pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM CaCl2) with 0.2 M NaCl, 0.1 M Na:HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG4000 and microseeds in a 2:1:1 protein:precipitant:seed ratio. ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # _diffrn.ambient_environment ? _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.ambient_temp_esd ? _diffrn.crystal_id 1 _diffrn.crystal_support ? _diffrn.crystal_treatment ? _diffrn.details ? _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_pressure ? _diffrn.ambient_pressure_esd ? _diffrn.ambient_pressure_gt ? _diffrn.ambient_pressure_lt ? _diffrn.ambient_temp_gt ? _diffrn.ambient_temp_lt ? # _diffrn_detector.details ? _diffrn_detector.detector PIXEL _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.type 'DECTRIS PILATUS 6M-F' _diffrn_detector.area_resol_mean ? _diffrn_detector.dtime ? _diffrn_detector.pdbx_frames_total ? _diffrn_detector.pdbx_collection_time_total ? 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A THR 708 . A THR 4 A THR 708 0 ? 1 2 0 D THR 4 . D THR 708 . D THR 4 D THR 708 0 ? 2 1 0 A THR 4 . A THR 708 . A THR 4 A THR 708 0 ? 2 2 0 G THR 4 . G THR 708 . G THR 4 G THR 708 0 ? 3 1 0 A THR 4 . A THR 708 . A THR 4 A THR 708 0 ? 3 2 0 J THR 4 . J THR 708 . J THR 4 J THR 708 0 ? 4 1 0 B MET 1 . B SER 753 . B MET 1 B SER 753 0 ? 4 2 0 E MET 1 . E SER 753 . E MET 1 E SER 753 0 ? 5 1 0 B MET 1 . B SER 753 . B MET 1 B SER 753 0 ? 5 2 0 H MET 1 . H SER 753 . H MET 1 H SER 753 0 ? 6 1 0 B MET 1 . B SER 753 . B MET 1 B SER 753 0 ? 6 2 0 K MET 1 . K SER 753 . K MET 1 K SER 753 0 ? 7 1 0 C MET 1 . C LYS 771 . C MET 1 C LYS 771 0 ? 7 2 0 F MET 1 . F LYS 771 . F MET 1 F LYS 771 0 ? 8 1 0 C MET 1 . C LYS 771 . C MET 1 C LYS 771 0 ? 8 2 0 I MET 1 . I LYS 771 . I MET 1 I LYS 771 0 ? 9 1 0 C MET 1 . C LYS 771 . C MET 1 C LYS 771 0 ? 9 2 0 L MET 1 . L LYS 771 . L MET 1 L LYS 771 0 ? 10 1 0 D THR 4 . D THR 708 . D THR 4 D THR 708 0 ? 10 2 0 G THR 4 . G THR 708 . 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L MET 1 L LYS 771 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ? 10 ? 11 ? 12 ? 13 ? 14 ? 15 ? 16 ? 17 ? 18 ? # _struct.entry_id 5D9A _struct.title 'Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P212121' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5D9A _struct_keywords.text 'RNA-dependent RNA polymerase, Influenza, Influenza C virus, Negative-strand virus, viral protein' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 1 ? K N N 2 ? 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'expression tag' 782 32 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 2 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 3 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 4 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 35400 ? 1 MORE -193 ? 1 'SSA (A^2)' 91520 ? 2 'ABSA (A^2)' 35710 ? 2 MORE -193 ? 2 'SSA (A^2)' 91650 ? 3 'ABSA (A^2)' 35450 ? 3 MORE -193 ? 3 'SSA (A^2)' 91900 ? 4 'ABSA (A^2)' 35420 ? 4 MORE -194 ? 4 'SSA (A^2)' 92040 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C 2 1 D,E,F 3 1 G,H,I 4 1 J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 4 ? 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