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_reflns.pdbx_Rpim_I_all 0.145 _reflns.pdbx_d_opt ? _reflns.pdbx_number_measured_all 90035 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_CC_half 0.994 _reflns.pdbx_R_split ? # loop_ _reflns_shell.d_res_high _reflns_shell.d_res_low _reflns_shell.meanI_over_sigI_all _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs _reflns_shell.number_measured_all _reflns_shell.number_measured_obs _reflns_shell.number_possible _reflns_shell.number_unique_all _reflns_shell.number_unique_obs _reflns_shell.percent_possible_all _reflns_shell.percent_possible_obs _reflns_shell.Rmerge_F_all _reflns_shell.Rmerge_F_obs _reflns_shell.Rmerge_I_all _reflns_shell.Rmerge_I_obs _reflns_shell.meanI_over_sigI_gt _reflns_shell.meanI_over_uI_all _reflns_shell.meanI_over_uI_gt _reflns_shell.number_measured_gt _reflns_shell.number_unique_gt _reflns_shell.percent_possible_gt _reflns_shell.Rmerge_F_gt _reflns_shell.Rmerge_I_gt _reflns_shell.pdbx_redundancy _reflns_shell.pdbx_Rsym_value _reflns_shell.pdbx_chi_squared _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_all _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_obs _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all _reflns_shell.pdbx_rejects _reflns_shell.pdbx_ordinal _reflns_shell.pdbx_diffrn_id _reflns_shell.pdbx_CC_half _reflns_shell.pdbx_R_split 3.200 3.420 ? 1.600 15537 ? ? 2198 ? 99.800 ? ? ? ? 1.756 ? ? ? ? ? ? ? ? 7.100 ? ? ? ? ? 0.697 0 1 1 0.500 ? 9.050 47.890 ? 17.500 4014 ? ? 619 ? 99.100 ? ? ? ? 0.056 ? ? ? ? ? ? ? ? 6.500 ? ? ? ? ? 0.024 0 2 1 1.000 ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max 133.930 _refine.B_iso_mean 50.5547 _refine.B_iso_min 7.130 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ;Author's note for MPG: Densities corresponding to partially ordered monoolein molecules (1-MONOOLEOYL-RAC-GLYCEROL) were modelled using alkane chains of varying length (n=4-18). We cannot exclude that a small subset of these densities may correspond to partially ordered detergent or poly-prenyl lipid molecules. ; _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 5F15 _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.2000 _refine.ls_d_res_low 47.8880 _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs 12427 _refine.ls_number_reflns_R_free 668 _refine.ls_number_reflns_R_work 21669 _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs 99.7000 _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.4500 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs 0.2242 _refine.ls_R_factor_R_free 0.2633 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.2219 _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 1.340 _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.1100 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.9000 _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error 25.3100 _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML 0.4100 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _refine_hist.cycle_id final _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.d_res_high 3.2000 _refine_hist.d_res_low 47.8880 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 627 _refine_hist.number_atoms_solvent 6 _refine_hist.number_atoms_total 4804 _refine_hist.pdbx_number_residues_total 541 _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand 57.40 _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent 44.21 _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 4171 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.002 ? 4845 ? f_bond_d ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.482 ? 6369 ? f_angle_d ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.040 ? 671 ? f_chiral_restr ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.005 ? 736 ? f_plane_restr ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 14.964 ? 2828 ? f_dihedral_angle_d ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.wR_factor_all _refine_ls_shell.wR_factor_obs _refine_ls_shell.wR_factor_R_free _refine_ls_shell.wR_factor_R_work _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.pdbx_phase_error _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free 'X-RAY DIFFRACTION' 3.2003 3.3284 2546 . 123 2423 99.0000 . . . 0.3747 . 0.3172 . . . . . . 9 . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.3284 3.4799 2533 . 162 2371 100.0000 . . . 0.3464 . 0.2985 . . . . . . 9 . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.4799 3.6633 2538 . 157 2381 100.0000 . . . 0.3370 . 0.2747 . . . . . . 9 . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.6633 3.8927 2541 . 127 2414 100.0000 . . . 0.2533 . 0.2424 . . . . . . 9 . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.8927 4.1931 2566 . 154 2412 100.0000 . . . 0.2365 . 0.2125 . . . . . . 9 . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.1931 4.6148 2561 . 143 2418 100.0000 . . . 0.2132 . 0.1810 . . . . . . 9 . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.6148 5.2818 2546 . 141 2405 100.0000 . . . 0.2626 . 0.2019 . . . . . . 9 . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 5.2818 6.6517 2557 . 124 2433 100.0000 . . . 0.2677 . 0.2184 . . . . . . 9 . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 6.6517 47.8930 2530 . 118 2412 99.0000 . . . 0.2132 . 0.1828 . . . . . . 9 . . . # _struct.entry_id 5F15 _struct.title 'Crystal Structure of ArnT from Cupriavidus metallidurans bound to Undecaprenyl phosphate' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5F15 _struct_keywords.text ;membrane protein, lipid glycosyltransferase, GT-C fold, undecaprenyl phosphate, Structural Genomics, PSI-Biology, New York Consortium on Membrane Protein Structure, NYCOMPS, TRANSFERASE ; _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 2 ? V N N 2 ? W N N 2 ? X N N 2 ? Y N N 2 ? Z N N 2 ? AA N N 2 ? BA N N 2 ? CA N N 2 ? DA N N 2 ? EA N N 2 ? FA N N 2 ? GA N N 2 ? HA N N 2 ? IA N N 2 ? JA N N 2 ? KA N N 2 ? LA N N 2 ? MA N N 2 ? NA N N 2 ? OA N N 2 ? PA N N 2 ? QA N N 2 ? RA N N 2 ? SA N N 2 ? TA N N 2 ? UA N N 2 ? VA N N 2 ? WA N N 2 ? XA N N 2 ? YA N N 2 ? ZA N N 2 ? AB N N 2 ? BB N N 2 ? CB N N 2 ? DB N N 2 ? EB N N 2 ? FB N N 2 ? GB N N 2 ? HB N N 2 ? IB N N 2 ? JB N N 2 ? KB N N 2 ? LB N N 2 ? MB N N 2 ? NB N N 2 ? OB N N 2 ? PB N N 2 ? QB N N 2 ? RB N N 2 ? SB N N 2 ? TB N N 2 ? UB N N 2 ? VB N N 2 ? WB N N 2 ? XB N N 2 ? YB N N 2 ? ZB N N 3 ? AC N N 4 ? BC N N 5 ? CC N N 5 ? DC N N 6 ? EC N N 7 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code Q1LDT6_CUPMC _struct_ref.pdbx_db_accession Q1LDT6 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MPQPTSQQRASVASSQSTQGAVGWSAATGWVVLFVAVALVVWFVSLDMRHLVGPDEGRYAEISREMFASGDWVTIRYNAL KYFEKPPFHMWVTVVGYELFGLGEWQARLAVALSGLLGIGVSMMAARRWFGARAAAFTGLALLAAPMWSVAAHFNTLDMT LAGVMSCVLAFMLMGQHPDASVAARRGWMVACWAAMGVAILTKGLVGIALPGLVLVVYTLVTRDWGLWRRLHLALGVVVM LVITVPWFYLVSVRNPEFPNFFFIHEHWQRYTSNIHSRSGSVFYFLPLVIGGFLPWAGIFPKLWTAMRAPVEGTQARFRP ALMAGIWAIAIFVFFSISRSKLPGYIVPVIPALGILAGVALDRLSPRSWGKQLIGMAIVAACGLLASPVVATLNANHIPN SFYRAYAVWVAVAFVVMLLGIAVARLLLRRGVLPSVAVYAMGMYLGFTVALLGHETVGRPASGADIAPQIAQKLTPEMPL YGVQMLDHTLPFYLRHPLMMVGQADELTFGATVEPQRVVPDVDSFTKLWKNGQPAMAVMSPDTYLALAPTLSMYVVARDW RRVVVANVASLAGPQ ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # _struct_ref_seq.align_id 1 _struct_ref_seq.ref_id 1 _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code 5F15 _struct_ref_seq.pdbx_strand_id A _struct_ref_seq.seq_align_beg 4 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.seq_align_end 578 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_db_accession Q1LDT6 _struct_ref_seq.db_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.db_align_end 575 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 575 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 5F15 SER A 1 ? UNP Q1LDT6 ? ? 'expression tag' -2 1 1 5F15 TYR A 2 ? UNP Q1LDT6 ? ? 'expression tag' -1 2 1 5F15 VAL A 3 ? UNP Q1LDT6 ? ? 'expression tag' 0 3 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 30 ? SER A 48 ? ALA A 27 SER A 45 1 ? 19 HELX_P HELX_P2 AA2 LEU A 49 ? MET A 51 ? LEU A 46 MET A 48 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 57 ? GLY A 73 ? PRO A 54 GLY A 70 1 ? 17 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 90 ? GLY A 104 ? PRO A 87 GLY A 101 1 ? 15 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 106 ? ARG A 111 ? GLY A 103 ARG A 108 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 ARG A 111 ? GLY A 134 ? ARG A 108 GLY A 131 1 ? 24 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY A 134 ? ALA A 148 ? GLY A 131 ALA A 145 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 AA8 ALA A 148 ? ALA A 155 ? ALA A 145 ALA A 152 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 AA9 THR A 159 ? GLN A 179 ? THR A 156 GLN A 176 1 ? 21 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 184 ? GLY A 207 ? SER A 181 GLY A 204 1 ? 24 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU A 208 ? ARG A 226 ? LEU A 205 ARG A 223 1 ? 19 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP A 227 ? LEU A 234 ? ASP A 224 LEU A 231 5 ? 8 HELX_P HELX_P13 AB4 HIS A 235 ? ASN A 258 ? HIS A 232 ASN A 255 1 ? 24 HELX_P HELX_P14 AB5 GLU A 260 ? HIS A 268 ? GLU A 257 HIS A 265 1 ? 9 HELX_P HELX_P15 AB6 HIS A 270 ? SER A 276 ? 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A ALA 13 14 1 Y 1 A SER 11 ? A SER 14 15 1 Y 1 A VAL 12 ? A VAL 15 16 1 Y 1 A ALA 13 ? A ALA 16 17 1 Y 1 A SER 14 ? A SER 17 18 1 Y 1 A SER 15 ? A SER 18 19 1 Y 1 A GLN 16 ? A GLN 19 20 1 Y 1 A SER 17 ? A SER 20 21 1 Y 1 A THR 18 ? A THR 21 22 1 Y 1 A GLN 19 ? A GLN 22 23 1 Y 1 A GLY 20 ? A GLY 23 24 1 Y 1 A ALA 21 ? A ALA 24 25 1 Y 1 A VAL 22 ? A VAL 25 26 1 Y 1 A GLY 23 ? A GLY 26 27 1 Y 1 A TRP 24 ? A TRP 27 28 1 Y 1 A SER 25 ? A SER 28 29 1 Y 1 A ILE 275 ? A ILE 278 30 1 Y 1 A HIS 276 ? A HIS 279 31 1 Y 1 A SER 277 ? A SER 280 32 1 Y 1 A VAL 311 ? A VAL 314 33 1 Y 1 A GLU 312 ? A GLU 315 34 1 Y 1 A GLY 313 ? A GLY 316 35 1 Y 1 A THR 314 ? A THR 317 36 1 Y 1 A GLN 315 ? A GLN 318 37 1 Y 1 A ALA 316 ? 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