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YSPQEAFTNAITDLISELSLLEERFRVAIKDKQEGIE ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no MDTQKDVQPPKQQPMIYICGECHTENEIKSRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR MDTQKDVQPPKQQPMIYICGECHTENEIKSRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR L ? 13 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT) ; GGCAGTACTAGTAAACTAGTATTGAAAGTACTTGAGCTT N ? 14 polyribonucleotide no no UAUAUGCAUAAAGACCAGGC UAUAUGCAUAAAGACCAGGC P ? 15 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC) ; AAGCTCAAGTACTTAAGCCTGGTCATTACTAGTACTGCC T ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 HIS n 1 3 GLY n 1 4 GLY n 1 5 GLY n 1 6 PRO n 1 7 PRO n 1 8 SER n 1 9 GLY n 1 10 ASP n 1 11 SER n 1 12 ALA n 1 13 CYS n 1 14 PRO n 1 15 LEU 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n 12 55 PHE n 12 56 ASP n 12 57 ALA n 12 58 ARG n 13 1 DG n 13 2 DG n 13 3 DC n 13 4 DA n 13 5 DG n 13 6 DT n 13 7 DA n 13 8 DC n 13 9 DT n 13 10 DA n 13 11 DG n 13 12 DT n 13 13 DA n 13 14 DA n 13 15 DA n 13 16 DC n 13 17 DT n 13 18 DA n 13 19 DG n 13 20 DT n 13 21 DA n 13 22 DT n 13 23 DT n 13 24 DG n 13 25 DA n 13 26 DA n 13 27 DA n 13 28 DG n 13 29 DT n 13 30 DA n 13 31 DC n 13 32 DT n 13 33 DT n 13 34 DG n 13 35 DA n 13 36 DG n 13 37 DC n 13 38 DT n 13 39 DT n 14 1 U n 14 2 A n 14 3 U n 14 4 A n 14 5 U n 14 6 G n 14 7 C n 14 8 A n 14 9 U n 14 10 A n 14 11 A n 14 12 A n 14 13 G n 14 14 A n 14 15 C n 14 16 C n 14 17 A n 14 18 G n 14 19 G n 14 20 C n 15 1 DA n 15 2 DA n 15 3 DG n 15 4 DC n 15 5 DT n 15 6 DC n 15 7 DA n 15 8 DA n 15 9 DG n 15 10 DT n 15 11 DA n 15 12 DC n 15 13 DT n 15 14 DT n 15 15 DA n 15 16 DA n 15 17 DG n 15 18 DC n 15 19 DC n 15 20 DT n 15 21 DG n 15 22 DG n 15 23 DT n 15 24 DC n 15 25 DA n 15 26 DT n 15 27 DT n 15 28 DA n 15 29 DC n 15 30 DT n 15 31 DA n 15 32 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BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample ? ? BOVINE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? THYMUS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 13 1 sample ? ? 'SYNTHETIC CONSTRUCT' ? 32630 ? 14 1 sample ? ? 'SYNTHETIC CONSTRUCT' ? 32630 ? 15 1 sample ? ? 'SYNTHETIC CONSTRUCT' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 PDB 5FLM 1 ? ? 5FLM ? 2 UNP A5PJW8_BOVIN 2 ? ? A5PJW8 ? 3 UNP RPB3_BOVIN 3 ? ? Q3T0Q3 ? 4 UNP Q1JQ91_BOVIN 4 ? ? Q1JQ91 ? 5 UNP RPAB1_BOVIN 5 ? ? Q2T9T3 ? 6 PDB 5FLM 6 ? ? 5FLM ? 7 UNP RPB7_BOVIN 7 ? ? Q5E9B8 ? 8 UNP F2Z4H3_BOVIN 8 ? ? F2Z4H3 ? 9 UNP RPB9_BOVIN 9 ? ? 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'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 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A MG 2490 A ASP 499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc11 metalc ? ? R MG . MG ? ? ? 1_555 N C 20 "O3'" ? ? A MG 2490 P C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc12 metalc ? ? S ZN . ZN ? ? ? 1_555 B CYS 1137 SG ? ? B ZN 2175 B CYS 1137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? metalc13 metalc ? ? S ZN . ZN ? ? ? 1_555 B CYS 1119 SG ? ? B ZN 2175 B CYS 1119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc14 metalc ? ? S ZN . ZN ? ? ? 1_555 B CYS 1122 SG ? ? B ZN 2175 B CYS 1122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc15 metalc ? ? S ZN . ZN ? ? ? 1_555 B CYS 1140 SG ? ? B ZN 2175 B CYS 1140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc16 metalc ? ? T ZN . ZN ? ? ? 1_555 C CYS 88 SG ? ? C ZN 1272 C CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc17 metalc ? ? T ZN . ZN ? ? ? 1_555 C CYS 94 SG ? ? C ZN 1272 C CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc18 metalc ? ? T ZN . ZN ? ? ? 1_555 C CYS 90 SG ? ? C ZN 1272 C CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc19 metalc ? ? T ZN . ZN ? ? ? 1_555 C CYS 97 SG ? ? C ZN 1272 C CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc20 metalc ? ? U ZN . ZN ? ? ? 1_555 I CYS 39 SG ? ? I ZN 1126 I CYS 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? metalc21 metalc ? ? U ZN . ZN ? ? ? 1_555 I CYS 17 SG ? ? I ZN 1126 I CYS 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc22 metalc ? ? U ZN . ZN ? ? ? 1_555 I CYS 42 SG ? ? I ZN 1126 I CYS 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc23 metalc ? ? U ZN . ZN ? ? ? 1_555 I CYS 20 SG ? ? I ZN 1126 I CYS 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc24 metalc ? ? V ZN . ZN ? ? ? 1_555 I CYS 89 SG ? ? I ZN 1127 I CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc25 metalc ? ? V ZN . ZN ? ? ? 1_555 I CYS 114 SG ? ? I ZN 1127 I CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc26 metalc ? ? V ZN . ZN ? ? ? 1_555 I CYS 119 SG ? ? I ZN 1127 I CYS 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc27 metalc ? ? V ZN . ZN ? ? ? 1_555 I CYS 86 SG ? ? I ZN 1127 I CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc28 metalc ? ? W ZN . ZN ? ? ? 1_555 J CYS 7 SG ? ? J ZN 1068 J CYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc29 metalc ? ? W ZN . ZN ? ? ? 1_555 J CYS 10 SG ? ? J ZN 1068 J CYS 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc30 metalc ? ? W ZN . ZN ? ? ? 1_555 J CYS 44 SG ? ? J ZN 1068 J CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc31 metalc ? ? W ZN . ZN ? ? ? 1_555 J CYS 45 SG ? ? J ZN 1068 J CYS 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.590 ? metalc32 metalc ? ? X ZN . ZN ? ? ? 1_555 L CYS 39 SG ? ? L ZN 1059 L CYS 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc33 metalc ? ? X ZN . ZN ? ? ? 1_555 L CYS 19 SG ? ? L ZN 1059 L CYS 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc34 metalc ? ? X ZN . ZN ? ? ? 1_555 L CYS 36 SG ? ? L ZN 1059 L CYS 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc35 metalc ? ? X ZN . ZN ? ? ? 1_555 L CYS 22 SG ? ? L ZN 1059 L CYS 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? hydrog1 hydrog ? ? M DG 1 N1 ? ? ? 1_555 O DC 39 N3 ? ? N DG 1 T DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2 hydrog ? ? M DG 1 N2 ? ? ? 1_555 O DC 39 O2 ? ? N DG 1 T DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog3 hydrog ? ? M DG 1 O6 ? ? ? 1_555 O DC 39 N4 ? ? N DG 1 T DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog4 hydrog ? ? M DG 2 N1 ? ? ? 1_555 O DC 38 N3 ? ? N DG 2 T DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog5 hydrog ? ? M DG 2 N2 ? ? ? 1_555 O DC 38 O2 ? ? N DG 2 T DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog6 hydrog ? ? M DG 2 O6 ? ? ? 1_555 O DC 38 N4 ? ? N DG 2 T DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog7 hydrog ? ? M DC 3 N3 ? ? ? 1_555 O DG 37 N1 ? ? N DC 3 T DG 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog8 hydrog ? ? M DC 3 N4 ? ? ? 1_555 O DG 37 O6 ? ? N DC 3 T DG 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog9 hydrog ? ? M DC 3 O2 ? ? ? 1_555 O DG 37 N2 ? ? N DC 3 T DG 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog10 hydrog ? ? M DA 4 N1 ? ? ? 1_555 O DT 36 N3 ? ? N DA 4 T DT 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog11 hydrog ? ? M DA 4 N6 ? ? ? 1_555 O DT 36 O4 ? ? N DA 4 T DT 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog12 hydrog ? ? M DG 5 N1 ? ? ? 1_555 O DC 35 N3 ? ? N DG 5 T DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog13 hydrog ? ? M DG 5 N2 ? ? ? 1_555 O DC 35 O2 ? ? N DG 5 T DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog14 hydrog ? ? M DG 5 O6 ? ? ? 1_555 O DC 35 N4 ? ? N DG 5 T DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog15 hydrog ? ? M DT 6 N3 ? ? ? 1_555 O DA 34 N1 ? ? N DT 6 T DA 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog16 hydrog ? ? M DT 6 O4 ? ? ? 1_555 O DA 34 N6 ? ? N DT 6 T DA 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog17 hydrog ? ? M DA 7 N1 ? ? ? 1_555 O DT 33 N3 ? ? N DA 7 T DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog18 hydrog ? ? M DA 7 N6 ? ? ? 1_555 O DT 33 O4 ? ? N DA 7 T DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog19 hydrog ? ? M DC 8 N3 ? ? ? 1_555 O DG 32 N1 ? ? N DC 8 T DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog20 hydrog ? ? M DC 8 N4 ? ? ? 1_555 O DG 32 O6 ? ? N DC 8 T DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog21 hydrog ? ? M DC 8 O2 ? ? ? 1_555 O DG 32 N2 ? ? N DC 8 T DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog22 hydrog ? ? M DT 9 N3 ? ? ? 1_555 O DA 31 N1 ? ? N DT 9 T DA 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog23 hydrog ? ? M DT 9 O4 ? ? ? 1_555 O DA 31 N6 ? ? N DT 9 T DA 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog24 hydrog ? ? M DA 10 N1 ? ? ? 1_555 O DT 30 N3 ? ? N DA 10 T DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog25 hydrog ? ? M DA 10 N6 ? ? ? 1_555 O DT 30 O4 ? ? N DA 10 T DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog26 hydrog ? ? M DG 11 N1 ? ? ? 1_555 O DC 29 N3 ? ? N DG 11 T DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog27 hydrog ? ? M DG 11 N2 ? ? ? 1_555 O DC 29 O2 ? ? N DG 11 T DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog28 hydrog ? ? M DG 11 O6 ? ? ? 1_555 O DC 29 N4 ? ? N DG 11 T DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog29 hydrog ? ? M DT 12 N3 ? ? ? 1_555 O DA 28 N1 ? ? N DT 12 T DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog30 hydrog ? ? M DT 12 O4 ? ? ? 1_555 O DA 28 N6 ? ? N DT 12 T DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog31 hydrog ? ? M DA 13 N1 ? ? ? 1_555 O DT 27 N3 ? ? N DA 13 T DT 27 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog32 hydrog ? ? M DA 13 N6 ? ? ? 1_555 O DT 27 O2 ? ? N DA 13 T DT 27 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog33 hydrog ? ? M DA 26 N6 ? ? ? 1_555 O DT 14 O4 ? ? N DA 26 T DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? hydrog34 hydrog ? ? M DA 27 N1 ? ? ? 1_555 O DT 13 N3 ? ? N DA 27 T DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog35 hydrog ? ? M DA 27 N6 ? ? ? 1_555 O DT 13 O4 ? ? N DA 27 T DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog36 hydrog ? ? M DG 28 N1 ? ? ? 1_555 O DC 12 N3 ? ? N DG 28 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog37 hydrog ? ? M DG 28 N2 ? ? ? 1_555 O DC 12 O2 ? ? N DG 28 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog38 hydrog ? ? M DG 28 O6 ? ? ? 1_555 O DC 12 N4 ? ? N DG 28 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog39 hydrog ? ? M DT 29 N3 ? ? ? 1_555 O DA 11 N1 ? ? N DT 29 T DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog40 hydrog ? ? M DT 29 O4 ? ? ? 1_555 O DA 11 N6 ? ? N DT 29 T DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog41 hydrog ? ? M DA 30 N1 ? ? ? 1_555 O DT 10 N3 ? ? N DA 30 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog42 hydrog ? ? M DA 30 N6 ? ? ? 1_555 O DT 10 O4 ? ? N DA 30 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog43 hydrog ? ? M DC 31 N3 ? ? ? 1_555 O DG 9 N1 ? ? N DC 31 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog44 hydrog ? ? M DC 31 N4 ? ? ? 1_555 O DG 9 O6 ? ? N DC 31 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog45 hydrog ? ? M DC 31 O2 ? ? ? 1_555 O DG 9 N2 ? ? N DC 31 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog46 hydrog ? ? M DT 32 N3 ? ? ? 1_555 O DA 8 N1 ? ? N DT 32 T DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog47 hydrog ? ? M DT 32 O4 ? ? ? 1_555 O DA 8 N6 ? ? N DT 32 T DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog48 hydrog ? ? M DT 33 N3 ? ? ? 1_555 O DA 7 N1 ? ? N DT 33 T DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog49 hydrog ? ? M DT 33 O4 ? ? ? 1_555 O DA 7 N6 ? ? N DT 33 T DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog50 hydrog ? ? M DG 34 N1 ? ? ? 1_555 O DC 6 N3 ? ? N DG 34 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog51 hydrog ? ? M DG 34 N2 ? ? ? 1_555 O DC 6 O2 ? ? N DG 34 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog52 hydrog ? ? M DG 34 O6 ? ? ? 1_555 O DC 6 N4 ? ? N DG 34 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog53 hydrog ? ? M DA 35 N1 ? ? ? 1_555 O DT 5 N3 ? ? N DA 35 T DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog54 hydrog ? ? M DA 35 N6 ? ? ? 1_555 O DT 5 O4 ? ? N DA 35 T DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog55 hydrog ? ? M DG 36 N1 ? ? ? 1_555 O DC 4 N3 ? ? N DG 36 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog56 hydrog ? ? M DG 36 N2 ? ? ? 1_555 O DC 4 O2 ? ? N DG 36 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog57 hydrog ? ? M DG 36 O6 ? ? ? 1_555 O DC 4 N4 ? ? N DG 36 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog58 hydrog ? ? M DC 37 N3 ? ? ? 1_555 O DG 3 N1 ? ? N DC 37 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog59 hydrog ? ? M DC 37 N4 ? ? ? 1_555 O DG 3 O6 ? ? N DC 37 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog60 hydrog ? ? M DC 37 O2 ? ? ? 1_555 O DG 3 N2 ? ? N DC 37 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog61 hydrog ? ? M DT 38 N3 ? ? ? 1_555 O DA 2 N1 ? ? N DT 38 T DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog62 hydrog ? ? M DT 38 O4 ? ? ? 1_555 O DA 2 N6 ? ? N DT 38 T DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog63 hydrog ? ? M DT 39 N3 ? ? ? 1_555 O DA 1 N1 ? ? N DT 39 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog64 hydrog ? ? M DT 39 O4 ? ? ? 1_555 O DA 1 N6 ? ? N DT 39 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog65 hydrog ? ? N A 11 N1 ? ? ? 1_555 O DT 26 N3 ? ? P A 11 T DT 26 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog66 hydrog ? ? N A 11 N6 ? ? ? 1_555 O DT 26 O2 ? ? P A 11 T DT 26 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog67 hydrog ? ? N A 12 N6 ? ? ? 1_555 O DA 25 N1 ? ? P A 12 T DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-DA MISPAIR' ? ? hydrog68 hydrog ? ? N G 13 N1 ? ? ? 1_555 O DC 24 N3 ? ? P G 13 T DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog69 hydrog ? ? N G 13 N2 ? ? ? 1_555 O DC 24 O2 ? ? P G 13 T DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog70 hydrog ? ? N G 13 O6 ? ? ? 1_555 O DC 24 N4 ? ? P G 13 T DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog71 hydrog ? ? N A 14 N1 ? ? ? 1_555 O DT 23 N3 ? ? P A 14 T DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog72 hydrog ? ? N A 14 N6 ? ? ? 1_555 O DT 23 O4 ? ? P A 14 T DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog73 hydrog ? ? N C 15 N3 ? ? ? 1_555 O DG 22 N1 ? ? P C 15 T DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog74 hydrog ? ? N C 15 N4 ? ? ? 1_555 O DG 22 O6 ? ? P C 15 T DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog75 hydrog ? ? N C 15 O2 ? ? ? 1_555 O DG 22 N2 ? ? 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'G-DC PAIR' ? ? hydrog85 hydrog ? ? N C 20 N3 ? ? ? 1_555 O DG 17 N1 ? ? P C 20 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog86 hydrog ? ? N C 20 N4 ? ? ? 1_555 O DG 17 O6 ? ? P C 20 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog87 hydrog ? ? N C 20 O2 ? ? ? 1_555 O DG 17 N2 ? ? P C 20 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 461 A . ? GLN 461 A PRO 462 A ? PRO 462 A 1 -5.16 2 LYS 581 A . ? LYS 581 A PRO 582 A ? 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A CYS 71 ? A CYS 71 ? 1_555 ZN ? P ZN . ? A ZN 2488 ? 1_555 SG ? A CYS 74 ? A CYS 74 ? 1_555 79.9 ? 2 SG ? A CYS 71 ? A CYS 71 ? 1_555 ZN ? P ZN . ? A ZN 2488 ? 1_555 SG ? A CYS 81 ? A CYS 81 ? 1_555 82.5 ? 3 SG ? A CYS 74 ? A CYS 74 ? 1_555 ZN ? P ZN . ? A ZN 2488 ? 1_555 SG ? A CYS 81 ? A CYS 81 ? 1_555 101.2 ? 4 SG ? A CYS 71 ? A CYS 71 ? 1_555 ZN ? P ZN . ? A ZN 2488 ? 1_555 NE2 ? A HIS 84 ? A HIS 84 ? 1_555 150.8 ? 5 SG ? A CYS 74 ? A CYS 74 ? 1_555 ZN ? P ZN . ? A ZN 2488 ? 1_555 NE2 ? A HIS 84 ? A HIS 84 ? 1_555 100.2 ? 6 SG ? A CYS 81 ? A CYS 81 ? 1_555 ZN ? P ZN . ? A ZN 2488 ? 1_555 NE2 ? A HIS 84 ? A HIS 84 ? 1_555 125.4 ? 7 SG ? A CYS 111 ? A CYS 111 ? 1_555 ZN ? Q ZN . ? A ZN 2489 ? 1_555 SG ? A CYS 114 ? A CYS 114 ? 1_555 123.5 ? 8 SG ? A CYS 111 ? A CYS 111 ? 1_555 ZN ? Q ZN . ? A ZN 2489 ? 1_555 SG ? A CYS 184 ? A CYS 184 ? 1_555 84.5 ? 9 SG ? A CYS 114 ? A CYS 114 ? 1_555 ZN ? Q ZN . ? A ZN 2489 ? 1_555 SG ? A CYS 184 ? A CYS 184 ? 1_555 115.9 ? 10 OD1 ? A ASP 495 ? A ASP 495 ? 1_555 MG ? R MG . ? A MG 2490 ? 1_555 OD1 ? A ASP 499 ? A ASP 499 ? 1_555 129.0 ? 11 OD1 ? A ASP 495 ? A ASP 495 ? 1_555 MG ? R MG . ? A MG 2490 ? 1_555 OD2 ? A ASP 499 ? A ASP 499 ? 1_555 81.8 ? 12 OD1 ? A ASP 499 ? A ASP 499 ? 1_555 MG ? R MG . ? A MG 2490 ? 1_555 OD2 ? A ASP 499 ? A ASP 499 ? 1_555 57.9 ? 13 OD1 ? A ASP 495 ? A ASP 495 ? 1_555 MG ? R MG . ? A MG 2490 ? 1_555 "O3'" ? N C 20 ? P C 20 ? 1_555 134.5 ? 14 OD1 ? A ASP 499 ? A ASP 499 ? 1_555 MG ? R MG . ? A MG 2490 ? 1_555 "O3'" ? N C 20 ? P C 20 ? 1_555 81.5 ? 15 OD2 ? A ASP 499 ? A ASP 499 ? 1_555 MG ? R MG . ? A MG 2490 ? 1_555 "O3'" ? N C 20 ? P C 20 ? 1_555 139.0 ? 16 SG ? B CYS 1137 ? B CYS 1137 ? 1_555 ZN ? S ZN . ? B ZN 2175 ? 1_555 SG ? B CYS 1119 ? B CYS 1119 ? 1_555 95.1 ? 17 SG ? B CYS 1137 ? B CYS 1137 ? 1_555 ZN ? S ZN . ? B ZN 2175 ? 1_555 SG ? B CYS 1122 ? B CYS 1122 ? 1_555 88.1 ? 18 SG ? B CYS 1119 ? B CYS 1119 ? 1_555 ZN ? S ZN . ? B ZN 2175 ? 1_555 SG ? B CYS 1122 ? B CYS 1122 ? 1_555 97.3 ? 19 SG ? B CYS 1137 ? B CYS 1137 ? 1_555 ZN ? S ZN . ? B ZN 2175 ? 1_555 SG ? B CYS 1140 ? B CYS 1140 ? 1_555 128.1 ? 20 SG ? B CYS 1119 ? B CYS 1119 ? 1_555 ZN ? S ZN . ? B ZN 2175 ? 1_555 SG ? B CYS 1140 ? B CYS 1140 ? 1_555 136.6 ? 21 SG ? B CYS 1122 ? B CYS 1122 ? 1_555 ZN ? S ZN . ? B ZN 2175 ? 1_555 SG ? B CYS 1140 ? B CYS 1140 ? 1_555 89.5 ? 22 SG ? C CYS 88 ? C CYS 88 ? 1_555 ZN ? T ZN . ? C ZN 1272 ? 1_555 SG ? C CYS 94 ? C CYS 94 ? 1_555 96.4 ? 23 SG ? C CYS 88 ? C CYS 88 ? 1_555 ZN ? T ZN . ? C ZN 1272 ? 1_555 SG ? C CYS 90 ? C CYS 90 ? 1_555 97.0 ? 24 SG ? C CYS 94 ? C CYS 94 ? 1_555 ZN ? T ZN . ? C ZN 1272 ? 1_555 SG ? C CYS 90 ? C CYS 90 ? 1_555 99.5 ? 25 SG ? C CYS 88 ? C CYS 88 ? 1_555 ZN ? T ZN . ? C ZN 1272 ? 1_555 SG ? C CYS 97 ? C CYS 97 ? 1_555 93.0 ? 26 SG ? C CYS 94 ? C CYS 94 ? 1_555 ZN ? T ZN . ? C ZN 1272 ? 1_555 SG ? C CYS 97 ? C CYS 97 ? 1_555 93.9 ? 27 SG ? C CYS 90 ? C CYS 90 ? 1_555 ZN ? T ZN . ? C ZN 1272 ? 1_555 SG ? C CYS 97 ? C CYS 97 ? 1_555 162.2 ? 28 SG ? I CYS 39 ? I CYS 39 ? 1_555 ZN ? U ZN . ? I ZN 1126 ? 1_555 SG ? I CYS 17 ? I CYS 17 ? 1_555 126.4 ? 29 SG ? I CYS 39 ? I CYS 39 ? 1_555 ZN ? U ZN . ? I ZN 1126 ? 1_555 SG ? I CYS 42 ? I CYS 42 ? 1_555 93.8 ? 30 SG ? I CYS 17 ? I CYS 17 ? 1_555 ZN ? U ZN . ? I ZN 1126 ? 1_555 SG ? I CYS 42 ? I CYS 42 ? 1_555 98.8 ? 31 SG ? I CYS 39 ? I CYS 39 ? 1_555 ZN ? U ZN . ? I ZN 1126 ? 1_555 SG ? I CYS 20 ? I CYS 20 ? 1_555 92.4 ? 32 SG ? I CYS 17 ? I CYS 17 ? 1_555 ZN ? U ZN . ? I ZN 1126 ? 1_555 SG ? I CYS 20 ? I CYS 20 ? 1_555 128.9 ? 33 SG ? I CYS 42 ? I CYS 42 ? 1_555 ZN ? U ZN . ? I ZN 1126 ? 1_555 SG ? I CYS 20 ? I CYS 20 ? 1_555 111.6 ? 34 SG ? I CYS 89 ? I CYS 89 ? 1_555 ZN ? V ZN . ? I ZN 1127 ? 1_555 SG ? I CYS 114 ? I CYS 114 ? 1_555 117.5 ? 35 SG ? I CYS 89 ? I CYS 89 ? 1_555 ZN ? V ZN . ? I ZN 1127 ? 1_555 SG ? I CYS 119 ? I CYS 119 ? 1_555 99.4 ? 36 SG ? I CYS 114 ? I CYS 114 ? 1_555 ZN ? V ZN . ? I ZN 1127 ? 1_555 SG ? I CYS 119 ? I CYS 119 ? 1_555 115.0 ? 37 SG ? I CYS 89 ? I CYS 89 ? 1_555 ZN ? V ZN . ? I ZN 1127 ? 1_555 SG ? I CYS 86 ? I CYS 86 ? 1_555 117.1 ? 38 SG ? I CYS 114 ? I CYS 114 ? 1_555 ZN ? V ZN . ? I ZN 1127 ? 1_555 SG ? I CYS 86 ? I CYS 86 ? 1_555 107.5 ? 39 SG ? I CYS 119 ? I CYS 119 ? 1_555 ZN ? V ZN . ? I ZN 1127 ? 1_555 SG ? I CYS 86 ? I CYS 86 ? 1_555 98.7 ? 40 SG ? J CYS 7 ? J CYS 7 ? 1_555 ZN ? W ZN . ? J ZN 1068 ? 1_555 SG ? J CYS 10 ? J CYS 10 ? 1_555 101.1 ? 41 SG ? J CYS 7 ? J CYS 7 ? 1_555 ZN ? W ZN . ? J ZN 1068 ? 1_555 SG ? J CYS 44 ? J CYS 44 ? 1_555 132.0 ? 42 SG ? J CYS 10 ? J CYS 10 ? 1_555 ZN ? W ZN . ? J ZN 1068 ? 1_555 SG ? J CYS 44 ? J CYS 44 ? 1_555 96.5 ? 43 SG ? J CYS 7 ? J CYS 7 ? 1_555 ZN ? W ZN . ? J ZN 1068 ? 1_555 SG ? J CYS 45 ? J CYS 45 ? 1_555 110.3 ? 44 SG ? J CYS 10 ? J CYS 10 ? 1_555 ZN ? W ZN . ? J ZN 1068 ? 1_555 SG ? J CYS 45 ? J CYS 45 ? 1_555 85.8 ? 45 SG ? J CYS 44 ? J CYS 44 ? 1_555 ZN ? W ZN . ? J ZN 1068 ? 1_555 SG ? J CYS 45 ? J CYS 45 ? 1_555 115.3 ? 46 SG ? L CYS 39 ? L CYS 39 ? 1_555 ZN ? X ZN . ? L ZN 1059 ? 1_555 SG ? L CYS 19 ? L CYS 19 ? 1_555 96.6 ? 47 SG ? L CYS 39 ? L CYS 39 ? 1_555 ZN ? X ZN . ? L ZN 1059 ? 1_555 SG ? L CYS 36 ? L CYS 36 ? 1_555 96.9 ? 48 SG ? L CYS 19 ? L CYS 19 ? 1_555 ZN ? X ZN . ? L ZN 1059 ? 1_555 SG ? L CYS 36 ? L CYS 36 ? 1_555 105.7 ? 49 SG ? L CYS 39 ? L CYS 39 ? 1_555 ZN ? X ZN . ? L ZN 1059 ? 1_555 SG ? L CYS 22 ? L CYS 22 ? 1_555 93.8 ? 50 SG ? L CYS 19 ? L CYS 19 ? 1_555 ZN ? X ZN . ? L ZN 1059 ? 1_555 SG ? L CYS 22 ? L CYS 22 ? 1_555 125.1 ? 51 SG ? L CYS 36 ? L CYS 36 ? 1_555 ZN ? X ZN . ? L ZN 1059 ? 1_555 SG ? L CYS 22 ? L CYS 22 ? 1_555 126.3 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2016-01-20 2 'Structure model' 1 1 2016-02-03 3 'Structure model' 1 2 2016-02-10 4 'Structure model' 2 0 2018-10-03 5 'Structure model' 2 1 2019-12-18 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Atomic model' 4 4 'Structure model' 'Data collection' 5 4 'Structure model' 'Derived calculations' 6 5 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' atom_site 2 4 'Structure model' em_software 3 4 'Structure model' ndb_struct_conf_na 4 4 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair 5 4 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair_step 6 4 'Structure model' struct_conn 7 5 'Structure model' atom_sites # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 2 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 3 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 4 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 5 4 'Structure model' '_em_software.name' 6 4 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.buckle' 7 4 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12' 8 4 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28' 9 4 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.propeller' 10 4 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.roll' 11 4 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.tilt' 12 4 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.tip' 13 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 14 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 15 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AJ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BO" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -3-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -2-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -1-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 0-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 5FLM _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;SYNTHETIC CONSTRUCT, CHAINS N, P, T GENBANK ACCESSION FOR CHAIN A GI|329663165 GENBANK ACCESSION FOR CHAIN F GI|269315856 ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 5FLM _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value 137 _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5FLM _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 264134 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.35 _em_3d_reconstruction.resolution 3.4 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;THE FOLLOWING REGIONS WERE MODELED INTO THE UNSHARPENED EC1 MAP (EMDB-3218) DUE TO WEAKER DENSITY. RPB1 433-437, RPB1 1103-1108 (POLY-ALANINE), RPB1 1198-1205, RPB1 1262-1267, RPB1 1278-1281, RPB2 242-252, RPB2 326-331, RPB2 457-461 SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3218. (DEPOSITION ID: 13928). ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '150 MM NACL, 5 MM HEPES, 0.01 MM ZNCL2, 10 MM DTT' _em_buffer.pH 7.25 _em_buffer.details '150 MM NACL, 5 MM HEPES, 0.01 MM ZNCL2, 10 MM DTT' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'BOVINE POL II ELONGATION COMPLEX' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5FLM _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 1172 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 5FLM _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2014-12-01 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_defocus_max 3100 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_magnification 37000 _em_imaging.calibrated_magnification 37037 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 5FLM _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 5FLM _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 5FLM _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N1 N DA 13 ? ? O2 T DT 27 ? ? 2.03 2 1 O A PHE 312 ? ? OG1 A THR 316 ? ? 2.10 3 1 O D ASN 34 ? ? OG1 D THR 68 ? ? 2.11 4 1 OD2 B ASP 851 ? ? OH L TYR 17 ? ? 2.16 5 1 NE2 A GLN 904 ? ? O A CYS 981 ? ? 2.17 6 1 OD2 D ASP 16 ? ? OG D SER 18 ? ? 2.17 7 1 N B GLY 535 ? ? OE2 B GLU 600 ? ? 2.17 8 1 OH B TYR 785 ? ? O B ASP 953 ? ? 2.18 9 1 O B GLY 1031 ? ? NH2 C ARG 36 ? ? 2.18 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 C F ILE 102 ? ? N F PRO 103 ? ? 1.564 1.338 0.226 0.019 Y 2 1 "O3'" T DT 26 ? ? P T DT 27 ? ? 1.416 1.607 -0.191 0.012 Y # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "O4'" T DG 3 ? ? "C1'" T DG 3 ? ? N9 T DG 3 ? ? 110.15 108.30 1.85 0.30 N 2 1 "C3'" T DT 26 ? ? "O3'" T DT 26 ? ? P T DT 27 ? ? 133.35 119.70 13.65 1.20 Y 3 1 "O3'" T DT 26 ? ? P T DT 27 ? ? "O5'" T DT 27 ? ? 119.51 104.00 15.51 1.90 Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLU A 48 ? ? -127.99 -63.69 2 1 GLU A 66 ? ? 79.10 -11.12 3 1 ARG A 67 ? ? 73.51 -19.22 4 1 ASN A 77 ? ? 64.37 -3.15 5 1 MET A 78 ? ? 69.71 -10.77 6 1 THR A 79 ? ? -105.68 -63.15 7 1 PHE A 113 ? ? 48.10 26.59 8 1 CYS A 114 ? ? -132.82 -60.55 9 1 SER A 115 ? ? 86.37 -5.69 10 1 CYS A 184 ? ? 60.57 72.87 11 1 THR A 251 ? ? -125.19 -62.71 12 1 GLN A 267 ? ? 64.07 -4.29 13 1 ALA A 298 ? ? 50.11 -142.84 14 1 ALA A 300 ? ? 75.43 -18.94 15 1 LYS A 344 ? ? -102.38 -77.03 16 1 GLU A 347 ? ? 80.24 -4.07 17 1 SER A 411 ? ? -82.44 -71.86 18 1 HIS A 432 ? ? 67.06 165.56 19 1 PRO A 478 ? ? -69.99 -175.19 20 1 TRP A 479 ? ? 54.53 -153.17 21 1 LEU A 518 ? ? -128.11 -62.51 22 1 GLN A 529 ? ? -57.12 -72.76 23 1 GLN A 539 ? ? 64.24 -131.48 24 1 SER A 622 ? ? 53.20 77.83 25 1 ASP A 625 ? ? 66.72 -0.08 26 1 THR A 626 ? ? -74.33 -165.49 27 1 LYS A 627 ? ? 60.90 -154.72 28 1 CYS A 641 ? ? -161.42 -169.21 29 1 SER A 644 ? ? -122.63 -70.37 30 1 MET A 660 ? ? -94.95 -67.66 31 1 ASN A 723 ? ? 73.27 -1.55 32 1 ALA A 786 ? ? -107.31 -77.22 33 1 ALA A 877 ? ? 66.59 -6.10 34 1 ASN A 884 ? ? 75.20 -1.13 35 1 GLU A 893 ? ? 74.83 -18.89 36 1 ALA A 907 ? ? 69.13 -15.59 37 1 PHE A 922 ? ? 59.53 75.54 38 1 GLU A 927 ? ? 73.78 -19.41 39 1 THR A 972 ? ? 67.44 -8.15 40 1 GLU A 1056 ? ? -105.99 -74.87 41 1 LEU A 1104 ? ? 71.40 -4.36 42 1 THR A 1106 ? ? 57.20 -116.75 43 1 PHE A 1107 ? ? 76.34 -2.58 44 1 THR A 1184 ? ? 53.15 72.95 45 1 GLU A 1191 ? ? -58.08 -70.77 46 1 ALA A 1205 ? ? -57.87 -72.94 47 1 ARG A 1206 ? ? 177.69 160.00 48 1 MET A 1279 ? ? 65.95 -5.42 49 1 ASP A 1280 ? ? 52.65 -140.59 50 1 ASP A 1281 ? ? -131.35 -62.97 51 1 THR A 1297 ? ? 59.43 71.35 52 1 GLN A 1303 ? 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? 57.68 73.54 84 1 TYR B 785 ? ? -109.29 -80.34 85 1 GLU B 791 ? ? 62.20 -132.95 86 1 LYS B 821 ? ? -121.66 -64.86 87 1 THR B 836 ? ? -140.52 -60.88 88 1 GLN B 838 ? ? -79.84 -73.13 89 1 ASP B 863 ? ? 78.70 -12.42 90 1 SER B 899 ? ? 73.51 -0.94 91 1 THR B 901 ? ? 58.54 75.88 92 1 ASP B 1004 ? ? 66.57 -13.93 93 1 ARG B 1064 ? ? 38.65 65.74 94 1 PHE B 1108 ? ? -130.36 -63.02 95 1 HIS B 1133 ? ? 70.62 -3.28 96 1 SER B 1166 ? ? 82.60 -4.15 97 1 THR C 12 ? ? -93.65 -64.81 98 1 ILE C 39 ? ? -98.68 -63.93 99 1 ALA C 40 ? ? -59.11 -70.13 100 1 ASP C 53 ? ? -95.60 -66.84 101 1 ASP C 61 ? ? -49.66 -70.47 102 1 ASP C 77 ? ? -123.92 -63.68 103 1 GLU C 92 ? ? 48.03 -120.91 104 1 PRO C 129 ? ? -77.16 49.75 105 1 ARG C 228 ? ? 61.17 70.12 106 1 THR C 261 ? ? -57.96 -70.26 107 1 GLU D 27 ? ? -132.77 -65.72 108 1 ALA D 51 ? ? 55.47 73.40 109 1 ARG E 55 ? ? 83.10 -4.99 110 1 ASP E 57 ? ? 82.54 -10.75 111 1 GLN E 71 ? ? 55.14 -142.30 112 1 MET E 72 ? ? 175.17 173.56 113 1 ASN E 98 ? ? 66.29 -5.02 114 1 GLN E 108 ? 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