data_5FMG # _entry.id 5FMG # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.284 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 5FMG PDBE EBI-65444 WWPDB D_1290065444 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.db_id EMD-3231 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' _pdbx_database_related.details . # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 5FMG _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2015-11-04 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Li, H.' 1 ;O'Donoghue, A.J. ; 2 'van der Linden, W.A.' 3 'Xie, S.C.' 4 'Yoo, E.' 5 'Foe, I.T.' 6 'Tilley, L.' 7 'Craik, C.S.' 8 'da Fonseca, P.C.A.' 9 'Bogyo, M.' 10 # _citation.id primary _citation.title 'Structure and Function Based Design of Plasmodium-Selective Proteasome Inhibitors' _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_volume 530 _citation.page_first 233 _citation.page_last ? _citation.year 2016 _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0028-0836 _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 26863983 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/NATURE16936 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Li, H.' 1 primary ;O'Donoghue, A.J. ; 2 primary 'Van Der Linden, W.A.' 3 primary 'Xie, S.C.' 4 primary 'Yoo, E.' 5 primary 'Foe, I.T.' 6 primary 'Tilley, L.' 7 primary 'Craik, C.S.' 8 primary 'Da Fonseca, P.C.A.' 9 primary 'Bogyo, M.' 10 # _cell.entry_id 5FMG _cell.length_a 1.000 _cell.length_b 1.000 _cell.length_c 1.000 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5FMG _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT ALPHA, PUTATIVE' 29531.656 2 3.4.25.1 ? ? ? 2 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE 2, PUTATIVE' 26556.391 2 3.4.25.1 ? ? ? 3 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE' 27977.664 2 3.4.25.1 ? ? ? 4 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE' 27263.285 2 3.4.25.1 ? ? ? 5 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE' 28417.367 2 3.4.25.1 ? ? ? 6 polymer nat 'PROTEOSOME SUBUNIT ALPHA TYPE 1, PUTATIVE' 28871.697 2 ? ? ? ? 7 polymer nat 'PROTEASOME COMPONENT C8, PUTATIVE' 29324.295 2 ? ? ? ? 8 polymer nat 'PROTEASOME, PUTATIVE' 29143.936 2 3.4.25.1 ? ? ? 9 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE' 25104.885 2 3.4.25.1 ? ? ? 10 polymer nat 'BETA3 PROTEASOME SUBUNIT, PUTATIVE' 24533.131 2 3.4.25.1 ? ? ? 11 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE' 22889.105 2 3.4.25.1 ? ? ? 12 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE' 23620.646 2 3.4.25.1 ? ? ? 13 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE' 27301.203 2 3.4.25.1 ? ? ? 14 polymer nat 'PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE' 30909.893 2 3.4.25.1 ? ? 'THE SAMPLE PROTEIN COMPONENTS ARE DEPOSITED IN THE PLASMODB (THE PLASMODIUM GENOME RESOURCE)' 15 non-polymer syn ;(2S)-N-[(E,2S)-1-(1H-indol-3-yl)-4-methylsulfonyl-but-3-en-2-yl]-2-[[(2S)-3-(1H-indol-3-yl)-2-(2-morpholin-4-ylethanoylamino)propanoyl]amino]-4-methyl-pentanamide ; 690.852 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MVRPSQSMYDRHLTIFSPDGNLYQIEYAIKAVKNTNITSVGVKGENCAVIISQKKMATQYISQDKLLDYNNITNIYNITD EIGCSMVGMPGDCLSMVYKARSEASEFLYSNGYNVNAETLCRNICDKIQVYTQHAYMRLHACSGMIIGIDENNKPELFKF DPSGFCAGYRACVIGNKEQESISVLERLLEKRKKKIQQETIDEDIRNTTILAIEALQTILAFDLKASEIEVAIVSTKNRN FTQISEKEIDNYLTYIAERD ; ;MVRPSQSMYDRHLTIFSPDGNLYQIEYAIKAVKNTNITSVGVKGENCAVIISQKKMATQYISQDKLLDYNNITNIYNITD EIGCSMVGMPGDCLSMVYKARSEASEFLYSNGYNVNAETLCRNICDKIQVYTQHAYMRLHACSGMIIGIDENNKPELFKF DPSGFCAGYRACVIGNKEQESISVLERLLEKRKKKIQQETIDEDIRNTTILAIEALQTILAFDLKASEIEVAIVSTKNRN FTQISEKEIDNYLTYIAERD ; A,O ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MADGEYSFSLTTFSPTGKLVQIEYALNRVSSSSPALGIRAKNGVIIATEKKSPNELIEENSIFKIQQISEHIGIVYAGMP GDFRVLLKRARKEAIRYSLQYGSEILVKELVKIIASIVQEFTQTGGVRPFGLSLLICGVDVYGYHLYQIDPSGCYFNWMA TCVGKDYQNNMSFLEKRYNKDIEIEDAIHTAILTLKESYEGVLNEKNIEIGVAYDNKPFKILTQNEIKDYLIEIE ; ;MADGEYSFSLTTFSPTGKLVQIEYALNRVSSSSPALGIRAKNGVIIATEKKSPNELIEENSIFKIQQISEHIGIVYAGMP GDFRVLLKRARKEAIRYSLQYGSEILVKELVKIIASIVQEFTQTGGVRPFGLSLLICGVDVYGYHLYQIDPSGCYFNWMA TCVGKDYQNNMSFLEKRYNKDIEIEDAIHTAILTLKESYEGVLNEKNIEIGVAYDNKPFKILTQNEIKDYLIEIE ; B,P ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MARRYDSRTTTFSPEGRLYQVEYALEAINNASITIGLITKDGVILGADKVFISKLIDKANNYEKIYKIDKHIFCGVAGLN ADANILINQSRLYAQRYLYNYNEVQPVSQLVVQICDIKQSYTQYGGLRPYGVSFLIGGYDTKDGYQLYHTDPSGNYSGWF ATAIGTNNLTASSVLKQEWKNDMTLEEGLLLALKTLAKSTDTEIPKSEKIELAYLTNKDGEVYQKYLTEKEIEELIKLYT QKYIKE ; ;MARRYDSRTTTFSPEGRLYQVEYALEAINNASITIGLITKDGVILGADKVFISKLIDKANNYEKIYKIDKHIFCGVAGLN ADANILINQSRLYAQRYLYNYNEVQPVSQLVVQICDIKQSYTQYGGLRPYGVSFLIGGYDTKDGYQLYHTDPSGNYSGWF ATAIGTNNLTASSVLKQEWKNDMTLEEGLLLALKTLAKSTDTEIPKSEKIELAYLTNKDGEVYQKYLTEKEIEELIKLYT QKYIKE ; C,Q ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSYDRAITVFSPDGHLLQVEHALEAVKKGGCAVAIKSSNFAVLAVEKKNIPKLQNPKTTEKLIKLDEHNCLAFAGLNADA RVLVNKTRLECQRYYLNMDEPAPVDYIAKYVAKVQQKFTHRGGVRPFGIATLIAGFKNNKEICIYQTEPSGIYAAWKAQA IGKNAKIVQEFLEKNYQENMEQKDCIFLALKAIFEVVELSSKNVEVALLTEKDLTFIEEQEINSMVELIDQERTKNNEQN E ; ;MSYDRAITVFSPDGHLLQVEHALEAVKKGGCAVAIKSSNFAVLAVEKKNIPKLQNPKTTEKLIKLDEHNCLAFAGLNADA RVLVNKTRLECQRYYLNMDEPAPVDYIAKYVAKVQQKFTHRGGVRPFGIATLIAGFKNNKEICIYQTEPSGIYAAWKAQA IGKNAKIVQEFLEKNYQENMEQKDCIFLALKAIFEVVELSSKNVEVALLTEKDLTFIEEQEINSMVELIDQERTKNNEQN E ; D,R ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MFSTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYALGAIKLGSTAVGICVNDGVILASERRISSTLIEKDSVEKLLSIDDHIGCAMSG LMADARTLIDYARVECNHYKFIYNENINIKSCVELISELALDFSNLSDSKRKKIMSRPFGVALLIGGVDKNGPCLWYTEP SGTNTRFSAASIGSAQEGAELLLQENYKKDMTFEQAEILALTVLRQVMEDKLSTSNVEICAIKKSDQTFYKYNTDDISRI IDVLPSPVYPTIDMTA ; ;MFSTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYALGAIKLGSTAVGICVNDGVILASERRISSTLIEKDSVEKLLSIDDHIGCAMSG LMADARTLIDYARVECNHYKFIYNENINIKSCVELISELALDFSNLSDSKRKKIMSRPFGVALLIGGVDKNGPCLWYTEP SGTNTRFSAASIGSAQEGAELLLQENYKKDMTFEQAEILALTVLRQVMEDKLSTSNVEICAIKKSDQTFYKYNTDDISRI IDVLPSPVYPTIDMTA ; E,S ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MYRNLYDTDNIIYSPEGRLYQVEYASEAIKQGTCAVAIKSKDYVVVSGLKKCISKLSFPQEKIFKIDDYIGISMSGITSD AKVLTKFMQNECLSHKFLYNENINIESLVRSVADKYQKNTQKSSKRAFGVGLMIAAYHNEPCIFETRPNGSYFEYDALSF GARSHASKTYLEKNLHLFEECSLEELILHCLKALKCSLSSESELTISNTALAVVGKNHPWQEISSLQLEEYLSKVKMDAE QEQVEENVQNEANE ; ;MYRNLYDTDNIIYSPEGRLYQVEYASEAIKQGTCAVAIKSKDYVVVSGLKKCISKLSFPQEKIFKIDDYIGISMSGITSD AKVLTKFMQNECLSHKFLYNENINIESLVRSVADKYQKNTQKSSKRAFGVGLMIAAYHNEPCIFETRPNGSYFEYDALSF GARSHASKTYLEKNLHLFEECSLEELILHCLKALKCSLSSESELTISNTALAVVGKNHPWQEISSLQLEEYLSKVKMDAE QEQVEENVQNEANE ; F,T ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAGLSAGYDLSVSTFSPDGRLYQVEYIYKSINNNNTALCLECKDGIICCCINSNMDKNKMIKKNSYNRIYHVNNNIIITY SGFDGDARNIIDRARSEANTYYYNFHTNIPLHILVNRISLYIHAYTLYWHMRPFAASIIISSFNEKDKGDIYCIEPNGAC YKYSGIVIGKNKEMFKTEIEKKDYKDINVRDAIEDIYKFILTSDDHMNKNNLQNLVNFSWICKESSYEFQNIHEEILTPA LNKAVEYIEKLN ; ;MAGLSAGYDLSVSTFSPDGRLYQVEYIYKSINNNNTALCLECKDGIICCCINSNMDKNKMIKKNSYNRIYHVNNNIIITY SGFDGDARNIIDRARSEANTYYYNFHTNIPLHILVNRISLYIHAYTLYWHMRPFAASIIISSFNEKDKGDIYCIEPNGAC YKYSGIVIGKNKEMFKTEIEKKDYKDINVRDAIEDIYKFILTSDDHMNKNNLQNLVNFSWICKESSYEFQNIHEEILTPA LNKAVEYIEKLN ; G,U ? 8 'polypeptide(L)' no no ;TTIIGIIYDNGVMLACDSRTSSGTFISNKCSRKINRINENLYVCRSGASAHSQKIIEIIKHYCVSMKNENRKKGRFHEGE TIYDETTYDEEIDIDSINYLDYNNNNDNNLVTKNKYFYEDKFNDYNPLVENVAHITKKIIYTNNNFLSCALIFGGYDKIK KQQLYAVNLNGSIIEKHDFAVSGSGSIYIQSYLQDKYKKFMTKKECFNLILNCVKYAMHNDNSSGGLIRIVNITKSFVEE FTVVNTQMNFQY ; ;TTIIGIIYDNGVMLACDSRTSSGTFISNKCSRKINRINENLYVCRSGASAHSQKIIEIIKHYCVSMKNENRKKGRFHEGE TIYDETTYDEEIDIDSINYLDYNNNNDNNLVTKNKYFYEDKFNDYNPLVENVAHITKKIIYTNNNFLSCALIFGGYDKIK KQQLYAVNLNGSIIEKHDFAVSGSGSIYIQSYLQDKYKKFMTKKECFNLILNCVKYAMHNDNSSGGLIRIVNITKSFVEE FTVVNTQMNFQY ; H,V ? 9 'polypeptide(L)' no no ;TTICGLVCQNAVILGADTRATEGPIVADKNCSKLHYISKNIWCAGAGVAGDLEHTTLWLQHNVELHRLNTNTQPRVSMCV SRLTQELFKYQGYKVCAIVLGGVDVNGPQLYGIHPHGSSCLLPFTALGSGSLNAMAVLEAKYRDNMTIEEGKNLVCEAIC AGIFNDLGSGGNVDICVITKDSYQHIRPYKEPNMRLYHLPHPTIYPKGTTPILSEKIEYIKKFISVEDA ; ;TTICGLVCQNAVILGADTRATEGPIVADKNCSKLHYISKNIWCAGAGVAGDLEHTTLWLQHNVELHRLNTNTQPRVSMCV SRLTQELFKYQGYKVCAIVLGGVDVNGPQLYGIHPHGSSCLLPFTALGSGSLNAMAVLEAKYRDNMTIEEGKNLVCEAIC AGIFNDLGSGGNVDICVITKDSYQHIRPYKEPNMRLYHLPHPTIYPKGTTPILSEKIEYIKKFISVEDA ; I,W ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MGSIYNYNGGCVLGMSGSNCVAIACDLRLGANTFTTVSTKFSKIFKMNNNVYVGLSGLATDIQTLYEILRYRVNLYEVRQ DAEMDVECFANMLSSILYSNRFSPYFVNPIVVGFKLKHYVDEEGEKKVNYEPYLTAYDLIGAKCETRDFVVNGVTSEQLF GMCESLYVKDQDENGLFETISQCLLSALDRDCISGWGAEVLVLTPEKIIKKKLKARMD ; ;MGSIYNYNGGCVLGMSGSNCVAIACDLRLGANTFTTVSTKFSKIFKMNNNVYVGLSGLATDIQTLYEILRYRVNLYEVRQ DAEMDVECFANMLSSILYSNRFSPYFVNPIVVGFKLKHYVDEEGEKKVNYEPYLTAYDLIGAKCETRDFVVNGVTSEQLF GMCESLYVKDQDENGLFETISQCLLSALDRDCISGWGAEVLVLTPEKIIKKKLKARMD ; J,X ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MDTLIGLRGNNFVVLAADTYSINSIIKLKNDDNTKFYDIHGNKCLLLGGSIGDRLQFGEFIRKNVHLYQYQNNTDMFVKS FAFFTRKNLAYYLRRNPFEVNCLIAGYDKKDGYQLYWCDYLSNMDSVNKGAHGYGAYLVSAILDKYYHENLTVDEALDIF KLCFEELKKRFLLTQINYELRIMYDNKVETQYVTV ; ;MDTLIGLRGNNFVVLAADTYSINSIIKLKNDDNTKFYDIHGNKCLLLGGSIGDRLQFGEFIRKNVHLYQYQNNTDMFVKS FAFFTRKNLAYYLRRNPFEVNCLIAGYDKKDGYQLYWCDYLSNMDSVNKGAHGYGAYLVSAILDKYYHENLTVDEALDIF KLCFEELKKRFLLTQINYELRIMYDNKVETQYVTV ; K,Y ? 12 'polypeptide(L)' no no ;TTTLAFKFKDGIIVAVDSRASMGSFISSQNVEKIIEINKNILGTMAGGAADCLYWEKYLGKIIKIYELRNNEKISVRAAS TILSNILYQYKGYGLCCGIILSGYDHTGFNMFYVDDSGKKVEGNLFSCGSGSTYAYSILDSAYDYNLNLDQAVELARNAI YHATFRDGGSGGKVRVFHIHKNGYDKIIEGEDVFDLHYHYTNPEQKDQYVM ; ;TTTLAFKFKDGIIVAVDSRASMGSFISSQNVEKIIEINKNILGTMAGGAADCLYWEKYLGKIIKIYELRNNEKISVRAAS TILSNILYQYKGYGLCCGIILSGYDHTGFNMFYVDDSGKKVEGNLFSCGSGSTYAYSILDSAYDYNLNLDQAVELARNAI YHATFRDGGSGGKVRVFHIHKNGYDKIIEGEDVFDLHYHYTNPEQKDQYVM ; L,Z ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MDLILYNDNLTEKKTEKENVIEHGRGFKRWYPYIDNGGTVIGLTGKDYVILAADTRLSLSYSIYTRFCPKISKLTDKCII GSSGMQSDIKTLHSLLQKKIQLFVLEHSHYPDIHVIARLLCVILYSRRFFPYYAFNILAGVDENNKGVLYNYDSVGSYCE ATHSCVGSGSQLILPILDNRVEQKNQLIKNTNFNLGDDINFVKDAITSATERDIYTGDKTLIYVIDKMGINVNTLDLKQD ; ;MDLILYNDNLTEKKTEKENVIEHGRGFKRWYPYIDNGGTVIGLTGKDYVILAADTRLSLSYSIYTRFCPKISKLTDKCII GSSGMQSDIKTLHSLLQKKIQLFVLEHSHYPDIHVIARLLCVILYSRRFFPYYAFNILAGVDENNKGVLYNYDSVGSYCE ATHSCVGSGSQLILPILDNRVEQKNQLIKNTNFNLGDDINFVKDAITSATERDIYTGDKTLIYVIDKMGINVNTLDLKQD ; M,a ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MTLGPVVTGTSVIAIKYKHGIMIAADRKASYGSYAKFQNVERIFKINNKTVMGFSGELADAQYLHELLTRKNINNLSEKK RKEDMYTPQHYHSYVSRVFYVRKNRIDPLFNNIIIAGINSQKYDNNDDNVLLYTNKNNDDEQNEYKNNEEYKEIHKDDLY IGFVDMHGTNFCDDYITTGYARYFALTLLRDHYKDNMTEEEARILINECLRILYFRDATSSNFIQIVKVTSKGVEYEEPY ILPCVLNSADYVYPSTLLPPAGCMW ; ;MTLGPVVTGTSVIAIKYKHGIMIAADRKASYGSYAKFQNVERIFKINNKTVMGFSGELADAQYLHELLTRKNINNLSEKK RKEDMYTPQHYHSYVSRVFYVRKNRIDPLFNNIIIAGINSQKYDNNDDNVLLYTNKNNDDEQNEYKNNEEYKEIHKDDLY IGFVDMHGTNFCDDYITTGYARYFALTLLRDHYKDNMTEEEARILINECLRILYFRDATSSNFIQIVKVTSKGVEYEEPY ILPCVLNSADYVYPSTLLPPAGCMW ; N,b ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 VAL n 1 3 ARG n 1 4 PRO n 1 5 SER n 1 6 GLN n 1 7 SER n 1 8 MET n 1 9 TYR n 1 10 ASP n 1 11 ARG n 1 12 HIS n 1 13 LEU n 1 14 THR n 1 15 ILE n 1 16 PHE n 1 17 SER n 1 18 PRO n 1 19 ASP n 1 20 GLY n 1 21 ASN n 1 22 LEU n 1 23 TYR n 1 24 GLN n 1 25 ILE n 1 26 GLU n 1 27 TYR n 1 28 ALA n 1 29 ILE n 1 30 LYS n 1 31 ALA n 1 32 VAL n 1 33 LYS n 1 34 ASN n 1 35 THR n 1 36 ASN n 1 37 ILE n 1 38 THR n 1 39 SER n 1 40 VAL n 1 41 GLY n 1 42 VAL n 1 43 LYS n 1 44 GLY n 1 45 GLU n 1 46 ASN n 1 47 CYS n 1 48 ALA n 1 49 VAL n 1 50 ILE n 1 51 ILE n 1 52 SER n 1 53 GLN n 1 54 LYS n 1 55 LYS n 1 56 MET n 1 57 ALA n 1 58 THR n 1 59 GLN n 1 60 TYR n 1 61 ILE n 1 62 SER n 1 63 GLN n 1 64 ASP n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 LEU n 1 68 ASP n 1 69 TYR n 1 70 ASN n 1 71 ASN n 1 72 ILE n 1 73 THR n 1 74 ASN n 1 75 ILE n 1 76 TYR n 1 77 ASN n 1 78 ILE n 1 79 THR n 1 80 ASP n 1 81 GLU n 1 82 ILE n 1 83 GLY n 1 84 CYS n 1 85 SER n 1 86 MET n 1 87 VAL n 1 88 GLY n 1 89 MET n 1 90 PRO n 1 91 GLY n 1 92 ASP n 1 93 CYS n 1 94 LEU n 1 95 SER n 1 96 MET n 1 97 VAL n 1 98 TYR n 1 99 LYS n 1 100 ALA n 1 101 ARG n 1 102 SER n 1 103 GLU n 1 104 ALA n 1 105 SER n 1 106 GLU n 1 107 PHE n 1 108 LEU n 1 109 TYR n 1 110 SER n 1 111 ASN n 1 112 GLY n 1 113 TYR n 1 114 ASN n 1 115 VAL n 1 116 ASN n 1 117 ALA n 1 118 GLU n 1 119 THR n 1 120 LEU n 1 121 CYS n 1 122 ARG n 1 123 ASN n 1 124 ILE n 1 125 CYS n 1 126 ASP n 1 127 LYS n 1 128 ILE n 1 129 GLN n 1 130 VAL n 1 131 TYR n 1 132 THR n 1 133 GLN n 1 134 HIS n 1 135 ALA n 1 136 TYR n 1 137 MET n 1 138 ARG n 1 139 LEU n 1 140 HIS n 1 141 ALA n 1 142 CYS n 1 143 SER n 1 144 GLY n 1 145 MET n 1 146 ILE n 1 147 ILE n 1 148 GLY n 1 149 ILE n 1 150 ASP n 1 151 GLU n 1 152 ASN n 1 153 ASN n 1 154 LYS n 1 155 PRO n 1 156 GLU n 1 157 LEU n 1 158 PHE n 1 159 LYS n 1 160 PHE n 1 161 ASP n 1 162 PRO n 1 163 SER n 1 164 GLY n 1 165 PHE n 1 166 CYS n 1 167 ALA n 1 168 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_entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 14 1 sample ? ? ? 'PLASMODIUM FALCIPARUM' 5833 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP Q8IAR3_PLAF7 1 ? ? Q8IAR3 ? 2 UNP C6KST3_PLAF7 2 ? ? C6KST3 ? 3 UNP Q8IDG3_PLAF7 3 ? ? Q8IDG3 ? 4 UNP Q8IDG2_PLAF7 4 ? ? Q8IDG2 ? 5 UNP Q8IBI3_PLAF7 5 ? ? Q8IBI3 ? 6 UNP Q8IK90_PLAF7 6 ? ? Q8IK90 ? 7 UNP O77396_PLAF7 7 ? ? O77396 ? 8 UNP Q8I0U7_PLAF7 8 ? ? Q8I0U7 ? 9 UNP Q8I6T3_PLAF7 9 ? ? Q8I6T3 ? 10 UNP Q8I261_PLAF7 10 ? ? Q8I261 ? 11 UNP Q8IKC9_PLAF7 11 ? ? Q8IKC9 ? 12 UNP Q8IJT1_PLAF7 12 ? ? Q8IJT1 ? 13 UNP C0H4E8_PLAF7 13 ? ? C0H4E8 ? 14 UNP Q7K6A9_PLAF7 14 ? ? 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'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 5FMG _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 5FMG _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 3.60 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 39236 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 98 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 39334 _refine_hist.d_res_high 3.60 _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 5FMG _struct.title 'Structure and function based design of Plasmodium-selective proteasome inhibitors' _struct.pdbx_descriptor ;PROTEASOME SUBUNIT ALPHA, PUTATIVE (E.C.3.4.25.1), PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE 2, PUTATIVE (E.C.3.4.25.1), PROTEOSOME SUBUNIT ALPHA TYPE 1, PUTATIVE, PROTEASOME COMPONENT C8, PUTATIVE, PROTEASOME, PUTATIVE (E.C.3.4.25.1), PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE (E.C.3.4.25.1), BETA3 PROTEASOME SUBUNIT, PUTATIVE (E.C.3.4.25.1) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 5FMG _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text 'HYDROLASE, PROTEASOME, 20S, PLASMODIUM, MALARIA, INHIBITOR, DRUG DESIGN, CRYO-EM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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ILE W 148 ASN W 165 1 ? 18 HELX_P HELX_P129 137 ALA X 59 ? ARG X 79 ? ALA X 59 ARG X 79 1 ? 21 HELX_P HELX_P130 138 VAL X 86 ? TYR X 98 ? VAL X 86 TYR X 98 1 ? 13 HELX_P HELX_P131 139 SER X 156 ? LEU X 166 ? SER X 156 LEU X 166 1 ? 11 HELX_P HELX_P132 140 GLU X 173 ? ARG X 190 ? GLU X 173 ARG X 190 1 ? 18 HELX_P HELX_P133 141 ILE Y 51 ? GLN Y 71 ? ILE Y 51 GLN Y 71 1 ? 21 HELX_P HELX_P134 142 VAL Y 78 ? TYR Y 91 ? VAL Y 78 TYR Y 91 1 ? 14 HELX_P HELX_P135 143 TYR Y 134 ? TYR Y 146 ? TYR Y 134 TYR Y 146 1 ? 13 HELX_P HELX_P136 144 VAL Y 153 ? GLU Y 165 ? VAL Y 153 GLU Y 165 1 ? 13 HELX_P HELX_P137 145 ALA Z 49 ? ASN Z 70 ? ALA Z 49 ASN Z 70 1 ? 22 HELX_P HELX_P138 146 VAL Z 76 ? TYR Z 88 ? VAL Z 76 TYR Z 88 1 ? 13 HELX_P HELX_P139 147 SER Z 132 ? SER Z 141 ? SER Z 132 SER Z 141 1 ? 10 HELX_P HELX_P140 148 LEU Z 149 ? ARG Z 166 ? LEU Z 149 ARG Z 166 1 ? 18 HELX_P HELX_P141 75 GLN AA 86 ? HIS AA 107 ? GLN a 86 HIS a 107 1 ? 22 HELX_P HELX_P142 76 ILE AA 113 ? ARG AA 127 ? ILE a 113 ARG a 127 1 ? 15 HELX_P HELX_P143 77 SER AA 170 ? ASP AA 178 ? SER a 170 ASP a 178 1 ? 9 HELX_P HELX_P144 78 LEU AA 195 ? ARG AA 212 ? LEU a 195 ARG a 212 1 ? 18 HELX_P HELX_P145 79 LEU BA 58 ? ILE BA 73 ? LEU b 58 ILE b 73 1 ? 16 HELX_P HELX_P146 80 PRO BA 88 ? LYS BA 103 ? PRO b 88 LYS b 103 1 ? 16 HELX_P HELX_P147 81 TYR BA 180 ? HIS BA 192 ? TYR b 180 HIS b 192 1 ? 13 HELX_P HELX_P148 82 GLU BA 199 ? ARG BA 216 ? GLU b 199 ARG b 216 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? 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W THR 1 W 7F1 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.824 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details 1 ? 1 ? 2 ? 1 ? 3 ? 1 ? 4 ? 1 ? 5 ? 1 ? 6 ? 1 ? 7 ? 1 ? 8 ? 1 ? 9 ? 1 ? 10 ? 1 ? 11 ? 1 ? 12 ? 1 ? 13 ? 1 ? 14 ? 1 ? 15 ? 1 ? 16 ? 1 ? 17 ? 1 ? 18 ? 1 ? 19 ? 1 ? 20 ? 1 ? 21 ? 1 ? 22 ? 1 ? 23 ? 1 ? 24 ? 1 ? 25 ? 1 ? 26 ? 1 ? 27 ? 1 ? 28 ? 1 ? 29 ? 1 ? 30 ? 1 ? 31 ? 1 ? 32 ? 1 ? 33 ? 1 ? 34 ? 1 ? 35 ? 1 ? 36 ? 1 ? 37 ? 1 ? 38 ? 1 ? 39 ? 1 ? 40 ? 1 ? 41 ? 1 ? 42 ? 1 ? 43 ? 1 ? 44 ? 1 ? 45 ? 1 ? 46 ? 1 ? 47 ? 1 ? 48 ? 1 ? 49 ? 1 ? 50 ? 1 ? 51 ? 1 ? 52 ? 1 ? 53 ? 1 ? 54 ? 1 ? 55 ? 1 ? 56 ? 1 ? 57 ? 1 ? 58 ? 1 ? 59 ? 1 ? 60 ? 1 ? 61 ? 1 ? 62 ? 1 ? 63 ? 1 ? 64 ? 1 ? 65 ? 1 ? 66 ? 1 ? 67 ? 1 ? 68 ? 1 ? 69 ? 1 ? 70 ? 1 ? 71 ? 1 ? 72 ? 1 ? 73 ? 1 ? 74 ? 1 ? 75 ? 1 ? 76 ? 1 ? 77 ? 1 ? 78 ? 1 ? 79 ? 1 ? 80 ? 1 ? 81 ? 1 ? 82 ? 1 ? 83 ? 1 ? 84 ? 1 ? 85 ? 1 ? 86 ? 1 ? 87 ? 1 ? 88 ? 1 ? 89 ? 1 ? 90 ? 1 ? 91 ? 1 ? 92 ? 1 ? 93 ? 1 ? 94 ? 1 ? 95 ? 1 ? 96 ? 1 ? 97 ? 1 ? 98 ? 1 ? 99 ? 1 ? 100 ? 1 ? 101 ? 1 ? 102 ? 1 ? 103 ? 1 ? 104 ? 1 ? 105 ? 1 ? 106 ? 1 ? 107 ? 1 ? 108 ? 1 ? 109 ? 1 ? 110 ? 1 ? 111 ? 1 ? 112 ? 1 ? 113 ? 1 ? 114 ? 1 ? 115 ? 1 ? 116 ? 1 ? 117 ? 1 ? 118 ? 1 ? 119 ? 1 ? 120 ? 1 ? 121 ? 1 ? 122 ? 1 ? 123 ? 1 ? 124 ? 1 ? 125 ? 1 ? 126 ? 1 ? 127 ? 1 ? 128 ? 1 ? 129 ? 1 ? 130 ? 1 ? 131 ? 1 ? 132 ? 1 ? 133 ? 1 ? 134 ? 1 ? 135 ? 1 ? 136 ? 1 ? 137 ? 1 ? 138 ? 1 ? 139 ? 1 ? 140 ? 1 ? 141 ? 1 ? 142 ? 1 ? 143 ? 1 ? 144 ? 1 ? 145 ? 1 ? 146 ? 1 ? 147 ? 1 ? 148 ? 1 ? 149 ? 1 ? 150 ? 1 ? 151 ? 1 ? 152 ? 1 ? 153 ? 1 ? 154 ? 1 ? 155 ? 1 ? 156 ? 1 ? 157 ? 1 ? 158 ? 1 ? 159 ? 1 ? 160 ? 1 ? 161 ? 1 ? 162 ? 1 ? 163 ? 1 ? 164 ? 1 ? 165 ? 1 ? 166 ? 1 ? 167 ? 1 ? 168 ? 1 ? 169 ? 1 ? 170 ? 1 ? 171 ? 1 ? 172 ? 1 ? 173 ? 1 ? 174 ? 1 ? 175 ? 1 ? 176 ? 1 ? 177 ? 1 ? 178 ? 1 ? 179 ? 1 ? 180 ? 1 ? 181 ? 1 ? 182 ? 1 ? 183 ? 1 ? 184 ? 1 ? 185 ? 1 ? 186 ? 1 ? 187 ? 1 ? 188 ? 1 ? 189 ? 1 ? 190 ? 1 ? 191 ? 1 ? 192 ? 1 ? 193 ? 1 ? 194 ? 1 ? 195 ? 1 ? 196 ? 1 ? 197 ? 1 ? 198 ? 1 ? 199 ? 1 ? 200 ? 1 ? 201 ? 1 ? 202 ? 1 ? 203 ? 1 ? 204 ? 1 ? 205 ? 1 ? 206 ? 1 ? 207 ? 1 ? 208 ? 1 ? 209 ? 1 ? 210 ? 1 ? 211 ? 1 ? 212 ? 1 ? 213 ? 1 ? 214 ? 1 ? 215 ? 1 ? 216 ? 1 ? 217 ? 1 ? 218 ? 1 ? 219 ? 1 ? 220 ? 1 ? # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id 1 1 SER A 39 ? 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PHE D 40 VAL D 45 23 1 CYS D 70 ? ALA D 74 ? CYS D 70 ALA D 74 24 1 ILE D 129 ? ALA D 134 ? ILE D 129 ALA D 134 25 1 TYR D 145 ? GLU D 148 ? TYR D 145 GLU D 148 26 1 GLY D 151 ? ALA D 155 ? GLY D 151 ALA D 155 27 1 GLN D 159 ? ILE D 161 ? GLN D 159 ILE D 161 28 1 GLU D 205 ? THR D 210 ? GLU D 205 THR D 210 29 1 ASP D 213 ? PHE D 216 ? ASP D 213 PHE D 216 30 1 ALA E 37 ? VAL E 42 ? ALA E 37 VAL E 42 31 1 GLY E 45 ? LEU E 48 ? GLY E 45 LEU E 48 32 1 LEU E 143 ? ILE E 145 ? LEU E 143 ILE E 145 33 1 TRP E 156 ? GLU E 159 ? TRP E 156 GLU E 159 34 1 GLY E 162 ? ARG E 166 ? GLY E 162 ARG E 166 35 1 ALA E 169 ? ILE E 172 ? ALA E 169 ILE E 172 36 1 CYS E 220 ? LYS E 223 ? CYS E 220 LYS E 223 37 1 ALA F 35 ? SER F 40 ? ALA F 35 SER F 40 38 1 TYR F 43 ? SER F 47 ? TYR F 43 SER F 47 39 1 MET F 133 ? ALA F 136 ? MET F 133 ALA F 136 40 1 CYS F 142 ? THR F 146 ? CYS F 142 THR F 146 41 1 TYR F 152 ? GLU F 154 ? TYR F 152 GLU F 154 42 1 LEU F 158 ? PHE F 160 ? LEU F 158 PHE F 160 43 1 LEU F 211 ? 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