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Biol.' _citation.journal_volume 13 _citation.page_first 600 _citation.page_last 608 _citation.year 2018 _citation.journal_id_ASTM ? _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 1554-8937 _citation.journal_id_CSD ? _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 29272097 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1021/acschembio.7b00958 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Porkolab, V.' 1 ? primary 'Chabrol, E.' 2 ? primary 'Varga, N.' 3 ? primary 'Ordanini, S.' 4 ? primary 'Sutkeviciu Te, I.' 5 ? primary 'Thepaut, M.' 6 ? primary 'Garcia-Jimenez, M.J.' 7 ? primary 'Girard, E.' 8 ? primary 'Nieto, P.M.' 9 ? primary 'Bernardi, A.' 10 ? primary 'Fieschi, F.' 11 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man LANGERIN 29465.326 4 ? ? 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_refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.11 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.90 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 3C22' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.16 _refine.pdbx_overall_phase_error 17.68 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 4190 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 147 _refine_hist.number_atoms_solvent 524 _refine_hist.number_atoms_total 4861 _refine_hist.d_res_high 1.844 _refine_hist.d_res_low 36.401 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.023 ? 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'X-RAY DIFFRACTION' . 1.8816 1.9225 2736 0.1972 100.00 0.2347 . . 108 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 1.9225 1.9672 2687 0.1865 100.00 0.2212 . . 132 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 1.9672 2.0164 2724 0.1749 100.00 0.2105 . . 158 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.0164 2.0709 2675 0.1762 100.00 0.2304 . . 140 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.0709 2.1319 2717 0.1655 100.00 0.1917 . . 139 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.1319 2.2007 2730 0.1586 100.00 0.1995 . . 126 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.2007 2.2793 2734 0.1615 100.00 0.1878 . . 134 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.2793 2.3706 2692 0.1638 100.00 0.2059 . . 154 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.3706 2.4784 2698 0.1605 100.00 0.1758 . . 140 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.4784 2.6091 2701 0.1537 100.00 0.1974 . . 152 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.6091 2.7725 2698 0.1605 100.00 0.1964 . . 157 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.7725 2.9865 2702 0.1603 100.00 0.1871 . . 150 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.9865 3.2868 2719 0.1533 100.00 0.2024 . . 154 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.2868 3.7620 2732 0.1338 100.00 0.1640 . . 150 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7620 4.7381 2714 0.1164 100.00 0.1355 . . 152 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.7381 36.4083 2747 0.1530 99.00 0.1581 . . 149 . . . . # _database_PDB_matrix.entry_id 5G6U _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 5G6U _struct.title 'Crystal structure of langerin carbohydrate recognition domain with GlcNS6S' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 5G6U _struct_keywords.pdbx_keywords 'CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN' _struct_keywords.text 'CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN, LANGERIN, CD207, CLEC4K, C-TYPE LECTINS, CLRS, SULFATED CARBOHYDRATES' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 4 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 4 ? N N N 5 ? O N N 6 ? P N N 6 ? Q N N 6 ? R N N 6 ? S N N 6 ? T N N 4 ? U N N 3 ? V N N 5 ? W N N 4 ? X N N 4 ? Y N N 6 ? Z N N 6 ? AA N N 6 ? BA N N 2 ? CA N N 3 ? DA N N 5 ? EA N N 6 ? FA N N 6 ? GA N N 6 ? HA N N 7 ? IA N N 7 ? JA N N 7 ? 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Q9UJ71 68 ? 328 ? 68 328 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 7430 ? 1 MORE -169 ? 1 'SSA (A^2)' 22790 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR A 148 ? 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ASN D 273 VAL D 278 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 16 ASN D 221 ? ASN D 225 ? ASN D 288 ASN D 292 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 156 SG ? ? ? 1_555 A CYS 252 SG ? ? A CYS 223 A CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.050 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 228 SG ? ? ? 1_555 A CYS 244 SG ? ? A CYS 295 A CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 156 SG ? ? ? 1_555 B CYS 252 SG ? ? B CYS 223 B CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 228 SG ? ? ? 1_555 B CYS 244 SG ? ? B CYS 295 B CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.060 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 156 SG ? ? ? 1_555 C CYS 252 SG ? ? C CYS 223 C CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 228 SG ? ? ? 1_555 C CYS 244 SG ? ? C CYS 295 C CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf7 disulf ? ? D CYS 156 SG ? ? ? 1_555 D CYS 252 SG ? ? D CYS 223 D CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf8 disulf ? ? D CYS 228 SG ? ? ? 1_555 D CYS 244 SG ? ? D CYS 295 D CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? metalc1 metalc ? ? A GLU 218 OE1 ? ? ? 1_555 H CA . CA A ? A GLU 285 A CA 1329 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? ? metalc2 metalc ? ? 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PRO 286 D 1 -2.02 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 5 ? AB ? 4 ? AC ? 2 ? AD ? 6 ? BA ? 5 ? BB ? 4 ? BC ? 2 ? BD ? 6 ? CA ? 5 ? CB ? 4 ? CC ? 2 ? CD ? 6 ? DA ? 5 ? DB ? 4 ? DC ? 2 ? DD ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AC 1 2 ? parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AD 3 4 ? parallel AD 4 5 ? anti-parallel AD 5 6 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel BA 2 3 ? anti-parallel BA 3 4 ? parallel BA 4 5 ? anti-parallel BB 1 2 ? anti-parallel BB 2 3 ? anti-parallel BB 3 4 ? anti-parallel BC 1 2 ? anti-parallel BD 1 2 ? anti-parallel BD 2 3 ? anti-parallel BD 3 4 ? parallel BD 4 5 ? parallel BD 5 6 ? parallel CA 1 2 ? anti-parallel CA 2 3 ? anti-parallel CA 3 4 ? parallel CA 4 5 ? anti-parallel CB 1 2 ? anti-parallel CB 2 3 ? anti-parallel CB 3 4 ? anti-parallel CC 1 2 ? anti-parallel CD 1 2 ? anti-parallel CD 2 3 ? anti-parallel CD 3 4 ? parallel CD 4 5 ? parallel CD 5 6 ? parallel DA 1 2 ? anti-parallel DA 2 3 ? anti-parallel DA 3 4 ? parallel DA 4 5 ? anti-parallel DB 1 2 ? anti-parallel DB 2 3 ? anti-parallel DB 3 4 ? anti-parallel DC 1 2 ? anti-parallel DD 1 2 ? anti-parallel DD 2 3 ? anti-parallel DD 3 4 ? parallel DD 4 5 ? parallel DD 5 6 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 TRP A 132 ? 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'(CHAIN C AND RESID 226:239)' 'X-RAY DIFFRACTION' 15 15 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN C AND RESID 240:273)' 'X-RAY DIFFRACTION' 16 16 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN C AND RESID 274:279)' 'X-RAY DIFFRACTION' 17 17 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN C AND RESID 280:320)' 'X-RAY DIFFRACTION' 18 18 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN C AND RESID 321:325)' 'X-RAY DIFFRACTION' 19 19 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN D AND RESID 198:208)' 'X-RAY DIFFRACTION' 20 20 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN D AND RESID 209:260)' 'X-RAY DIFFRACTION' 21 21 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN D AND RESID 261:277)' 'X-RAY DIFFRACTION' 22 22 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN D AND RESID 278:310)' 'X-RAY DIFFRACTION' 23 23 ? ? ? ? ? ? ? ? ? '(CHAIN D AND RESID 311:325)' # loop_ _pdbx_distant_solvent_atoms.id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_model_num _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_atom_id _pdbx_distant_solvent_atoms.label_alt_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_comp_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_ins_code _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance 1 1 O ? A HOH 2001 ? . 7.03 2 1 O ? B HOH 2075 ? 5.87 . 3 1 O ? C HOH 2092 ? 6.64 . 4 1 O ? C HOH 2110 ? 5.83 . 5 1 O ? D HOH 2104 ? 6.52 . 6 1 O ? D HOH 2105 ? 6.06 . # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 68 ? A MET 1 2 1 Y 1 A GLY 69 ? A GLY 2 3 1 Y 1 A THR 70 ? A THR 3 4 1 Y 1 A ILE 71 ? A ILE 4 5 1 Y 1 A SER 72 ? A SER 5 6 1 Y 1 A ASP 73 ? A ASP 6 7 1 Y 1 A VAL 74 ? A VAL 7 8 1 Y 1 A LYS 75 ? A LYS 8 9 1 Y 1 A THR 76 ? A THR 9 10 1 Y 1 A ASN 77 ? A ASN 10 11 1 Y 1 A VAL 78 ? A VAL 11 12 1 Y 1 A GLN 79 ? A GLN 12 13 1 Y 1 A LEU 80 ? A LEU 13 14 1 Y 1 A LEU 81 ? A LEU 14 15 1 Y 1 A LYS 82 ? A LYS 15 16 1 Y 1 A GLY 83 ? A GLY 16 17 1 Y 1 A ARG 84 ? A ARG 17 18 1 Y 1 A VAL 85 ? A VAL 18 19 1 Y 1 A ASP 86 ? A ASP 19 20 1 Y 1 A ASN 87 ? A ASN 20 21 1 Y 1 A ILE 88 ? A ILE 21 22 1 Y 1 A SER 89 ? A SER 22 23 1 Y 1 A THR 90 ? A THR 23 24 1 Y 1 A LEU 91 ? A LEU 24 25 1 Y 1 A ASP 92 ? A ASP 25 26 1 Y 1 A SER 93 ? A SER 26 27 1 Y 1 A GLU 94 ? A GLU 27 28 1 Y 1 A ILE 95 ? A ILE 28 29 1 Y 1 A LYS 96 ? A LYS 29 30 1 Y 1 A LYS 97 ? A LYS 30 31 1 Y 1 A ASN 98 ? A ASN 31 32 1 Y 1 A SER 99 ? A SER 32 33 1 Y 1 A ASP 100 ? A ASP 33 34 1 Y 1 A GLY 101 ? A GLY 34 35 1 Y 1 A MET 102 ? A MET 35 36 1 Y 1 A GLU 103 ? A GLU 36 37 1 Y 1 A ALA 104 ? A ALA 37 38 1 Y 1 A ALA 105 ? A ALA 38 39 1 Y 1 A GLY 106 ? A GLY 39 40 1 Y 1 A VAL 107 ? A VAL 40 41 1 Y 1 A GLN 108 ? A GLN 41 42 1 Y 1 A ILE 109 ? A ILE 42 43 1 Y 1 A GLN 110 ? A GLN 43 44 1 Y 1 A MET 111 ? A MET 44 45 1 Y 1 A VAL 112 ? A VAL 45 46 1 Y 1 A ASN 113 ? A ASN 46 47 1 Y 1 A GLU 114 ? A GLU 47 48 1 Y 1 A SER 115 ? A SER 48 49 1 Y 1 A LEU 116 ? A LEU 49 50 1 Y 1 A GLY 117 ? 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