data_5GAR # _entry.id 5GAR # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 5GAR pdb_00005gar 10.2210/pdb5gar/pdb WWPDB D_1001300043 ? ? EMDB EMD-8016 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2016-03-09 2 'Structure model' 1 1 2016-03-23 3 'Structure model' 1 2 2016-05-25 4 'Structure model' 1 3 2020-01-15 5 'Structure model' 1 4 2024-03-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database 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_pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2016-02-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Thermus thermophilus V/A-ATPase map, rotational conformation 1' EMD-8016 'associated EM volume' EMDB 'Thermus thermophilus V/A-ATPase map, rotational conformation 2' EMD-8017 'other EM volume' EMDB 'Saccharomyces cerevisiae V-ATPase map aligned and averaged to analyze the a subunit' EMD-8070 'other EM volume' PDB 'Thermus thermophilus V/A-ATPase, rotational conformation 2' 5GAS unspecified PDB 'Saccharomyces cerevisiae V/A-ATPase subunit a' 5I1M unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Schep, D.G.' 1 'Zhao, J.' 2 'Rubinstein, J.L.' 3 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Proc.Natl.Acad.Sci.USA _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 113 _citation.language ? _citation.page_first 3245 _citation.page_last 3250 _citation.title ;Models for the a subunits of the Thermus thermophilus V/A-ATPase and Saccharomyces cerevisiae V-ATPase enzymes by cryo-EM and evolutionary covariance. ; _citation.year 2016 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.1521990113 _citation.pdbx_database_id_PubMed 26951669 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Schep, D.G.' 1 ? primary 'Zhao, J.' 2 ? primary 'Rubinstein, J.L.' 3 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'V-type ATP synthase alpha chain' 63628.902 3 3.6.3.14 ? ? ? 2 polymer nat 'V-type ATP synthase beta chain' 50850.738 3 ? ? ? ? 3 polymer nat 'V-type ATP synthase subunit E' 20481.418 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'V-type ATPase subunit G' 11752.551 2 ? ? ? ? 5 polymer nat 'V-type ATP synthase subunit D' 23350.973 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'V-type ATP synthase subunit F' 10824.321 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'V-type ATP synthase subunit C' 35968.570 1 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I' 72272.453 1 ? ? ? ? 9 polymer nat 'Vacuolar type ATP synthase subunit' 9841.714 12 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'V-ATPase subunit A' 2 'V-ATPase subunit B' 3 'V-ATPase subunit E' 5 'V-ATPase subunit D' 6 'V-ATPase subunit F' 7 'V-ATPase subunit C, subunit d' 8 'Subunit a' 9 'Subunit c' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MIQGVIQKIAGPAVIAKGMLGARMYDICKVGEEGLVGEIIRLDGDTAFVQVYEDTSGLKVGEPVVSTGLPLAVELGPGML NGIYDGIQRPLERIREKTGIYITRGVVVHALDREKKWAWTPMVKPGDEVRGGMVLGTVPEFGFTHKILVPPDVRGRVKEV KPAGEYTVEEPVVVLEDGTELKMYHTWPVRRARPVQRKLDPNTPFLTGMRILDVLFPVAMGGTAAIPGPFGSGKTVTQQS LAKWSNADVVVYVGCGERGNEMTDVLVEFPELTDPKTGGPLMHRTVLIANTSNMPVAAREASIYVGVTIAEYFRDQGFSV ALMADSTSRWAEALREISSRLEEMPAEEGYPPYLAARLAAFYERAGKVITLGGEEGAVTIVGAVSPPGGDMSEPVTQSTL RIVGAFWRLDASLAFRRHFPAINWNGSYSLFTSALDPWYRENVAEDYPELRDAISELLQREAGLQEIVQLVGPDALQDAE RLVIEVGRIIREDFLQQNAYHEVDAYCSMKKAYGIMKMILAFYKEAEAAIKRGVSIDEILQLPVLERIGRARYVSEEEFP AYFEEAMKEIQGAFKAL ; ;MIQGVIQKIAGPAVIAKGMLGARMYDICKVGEEGLVGEIIRLDGDTAFVQVYEDTSGLKVGEPVVSTGLPLAVELGPGML NGIYDGIQRPLERIREKTGIYITRGVVVHALDREKKWAWTPMVKPGDEVRGGMVLGTVPEFGFTHKILVPPDVRGRVKEV KPAGEYTVEEPVVVLEDGTELKMYHTWPVRRARPVQRKLDPNTPFLTGMRILDVLFPVAMGGTAAIPGPFGSGKTVTQQS LAKWSNADVVVYVGCGERGNEMTDVLVEFPELTDPKTGGPLMHRTVLIANTSNMPVAAREASIYVGVTIAEYFRDQGFSV ALMADSTSRWAEALREISSRLEEMPAEEGYPPYLAARLAAFYERAGKVITLGGEEGAVTIVGAVSPPGGDMSEPVTQSTL RIVGAFWRLDASLAFRRHFPAINWNGSYSLFTSALDPWYRENVAEDYPELRDAISELLQREAGLQEIVQLVGPDALQDAE RLVIEVGRIIREDFLQQNAYHEVDAYCSMKKAYGIMKMILAFYKEAEAAIKRGVSIDEILQLPVLERIGRARYVSEEEFP AYFEEAMKEIQGAFKAL ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;EYTGITYISGPLLFVENAKDLAYGAIVDIKDGTGRVRGGQVIEVSEEYAVIQVFEETTGLDLATTSVSLVEDVARLGVSK EMLGRRFNGIGKPIDGLPPITPEKRLPITGLPLNPVARRKPEQFIQTGISTIDVMNTLVRGQKLPIFSGSGLPANEIAAQ IARQATVRPDLSGEGEKEEPFAVVFAAMGITQRELSYFIQEFERTGALSRSVLFLNKADDPTIERILTPRMALTVAEYLA FEHDYHVLVILTDMTNYCEALREIGAAREEIPGRRGYPGYMYTDLATIYERAGVVEGKKGSVTQIPILSMPDDDRTHPIP DLTGYITEGQIQLSRELHRKGIYPPIDPLPSLSRLMNNGVGKGKTREDHKQVSDQLYSAYANGVDIRKLVAIIGEDALTE NDRRYLQFADAFERFFINQGQQNRSIEESLQIAWALLSMLPQGELKRISKDHIGKYY ; ;EYTGITYISGPLLFVENAKDLAYGAIVDIKDGTGRVRGGQVIEVSEEYAVIQVFEETTGLDLATTSVSLVEDVARLGVSK EMLGRRFNGIGKPIDGLPPITPEKRLPITGLPLNPVARRKPEQFIQTGISTIDVMNTLVRGQKLPIFSGSGLPANEIAAQ IARQATVRPDLSGEGEKEEPFAVVFAAMGITQRELSYFIQEFERTGALSRSVLFLNKADDPTIERILTPRMALTVAEYLA FEHDYHVLVILTDMTNYCEALREIGAAREEIPGRRGYPGYMYTDLATIYERAGVVEGKKGSVTQIPILSMPDDDRTHPIP DLTGYITEGQIQLSRELHRKGIYPPIDPLPSLSRLMNNGVGKGKTREDHKQVSDQLYSAYANGVDIRKLVAIIGEDALTE NDRRYLQFADAFERFFINQGQQNRSIEESLQIAWALLSMLPQGELKRISKDHIGKYY ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;KLEAILSQEVEAEIQALLQEAEAKAEAVKREAEEKAKALLQARERALEAQYRAALRRAESAGELLVATARTQARGEVLEE VRRRVREALEALPQKPEWPEVVRKLALEALEALPGAKALVANPEDLPHLEAMARERGVELQAEPALRLGVRAVGAEGKTQ VENSLLARMDRAWDAMSSKVAQALWG ; ;KLEAILSQEVEAEIQALLQEAEAKAEAVKREAEEKAKALLQARERALEAQYRAALRRAESAGELLVATARTQARGEVLEE VRRRVREALEALPQKPEWPEVVRKLALEALEALPGAKALVANPEDLPHLEAMARERGVELQAEPALRLGVRAVGAEGKTQ VENSLLARMDRAWDAMSSKVAQALWG ; G,H ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GMGGLGLIKSLAEKEKQLLERLEAAKKEAEERVKRAEAEAKALLEEAEAKAKALEAQYRERERAETEALLARYRERAEAE AKAVREKAMARLDEAVALVLKEVLP ; ;GMGGLGLIKSLAEKEKQLLERLEAAKKEAEERVKRAEAEAKALLEEAEAKAKALEAQYRERERAETEALLARYRERAEAE AKAVREKAMARLDEAVALVLKEVLP ; I,J ? 5 'polypeptide(L)' no no ;SQVSPTRMNLLQRRGQLRLAQKGVDLLKKKRDALVAEFFGLVREAMEARKALDQAAKEAYAALLLAQAFDGPEVVAGAAL GVPPLEGVEAEVENVWGSKVPRLKATFPDGALLSPVGTPAYTLEASRAFRRYAEALIRVANTETRLKKIGEEIKKTTRRV NALEQVVIPGIRAQIRFIQQVLEQREREDTFRLKRIKGKIEAREAEEEGG ; ;SQVSPTRMNLLQRRGQLRLAQKGVDLLKKKRDALVAEFFGLVREAMEARKALDQAAKEAYAALLLAQAFDGPEVVAGAAL GVPPLEGVEAEVENVWGSKVPRLKATFPDGALLSPVGTPAYTLEASRAFRRYAEALIRVANTETRLKKIGEEIKKTTRRV NALEQVVIPGIRAQIRFIQQVLEQREREDTFRLKRIKGKIEAREAEEEGG ; K ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MAVIADPETAQGFRLAGLEGYGASSAEEAQSLLETLVERGGYALVAVDEALLPDPERAVERLMRGRDLPVLLPIAGLKEA FQGHDVEGYMRELVRKTIGF ; ;MAVIADPETAQGFRLAGLEGYGASSAEEAQSLLETLVERGGYALVAVDEALLPDPERAVERLMRGRDLPVLLPIAGLKEA FQGHDVEGYMRELVRKTIGF ; L ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MADDFAYLNARVRVRRGTLLKESFFQEALDLSFADFLRLLSETVYGGELAGQGLPDVDRAVLRTQAKLVGDLPRLVTGEA REAVRLLLLRNDLHNLQALLRAKATGRPFEEVLLLPGTLREEVWRQAYEAQDPAGMAQVLAVPGHPLARALRAVLRETQD LARVEALLAKRFFEDVAKAAKGLDQPALRDYLALEVDAENLRTAFKLQGSGLAPDAFFLKGGRFVDRVRFARLMEGDYAV LDELSGTPFSGLSGVRDLKALERGLRCVLLKEAKKGVQDPLGVGLVLAYVKEREWEAVRLRLLARRAYFGLPRAQVEEEV VCP ; ;MADDFAYLNARVRVRRGTLLKESFFQEALDLSFADFLRLLSETVYGGELAGQGLPDVDRAVLRTQAKLVGDLPRLVTGEA REAVRLLLLRNDLHNLQALLRAKATGRPFEEVLLLPGTLREEVWRQAYEAQDPAGMAQVLAVPGHPLARALRAVLRETQD LARVEALLAKRFFEDVAKAAKGLDQPALRDYLALEVDAENLRTAFKLQGSGLAPDAFFLKGGRFVDRVRFARLMEGDYAV LDELSGTPFSGLSGVRDLKALERGLRCVLLKEAKKGVQDPLGVGLVLAYVKEREWEAVRLRLLARRAYFGLPRAQVEEEV VCP ; M ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MIAPMEKLVLAGPKGRAKELLQSLQQAGVVHLETLRPEALSAYQLSPEERAELRRWEAVSAGAEHTLSLLGLEAEPARPF PEGLEAAEKALSPIQAHAEGLTRQKQELEEELALAQAYLEPLERLAALAHGLDKSPFLRVIPFLLTEKELPLVEEALRKA LEDRYLLAHEAYAGGVPALVVVHRKEVDQAKAALSRAGVAELRLPGALGELPLSEAARRLKERAEAAPRELSEVRQHLAK LARESASTLQSLWTRAQDEVARLKALEELASGRFGFALLGYVPVKAKPKVEEALARHKENVVYAFEPVDEHHEADRIPVV LDNPPWVKPFELLVSFLNTPKYGTFDPTPVVPIFFPFWFGMIVGDIGYALLFYLVGRWLSGYVKRNEPLVIDLFALKLKP PVLAKLVYILNWMVFWTVVWGLIYGEFFGTFLEHLGVFGTPEHPGLIPILIHRIDTAKTANLLILLSVAFGVVMVFAGLI LRAYLGLKHRHMAHFWEGVGYLGGLLGILALAASYLGNLQAGWLSALMYLGFGVFLLSVVMSSIWLMIPEIFTQAGHILS HIRIYAVGAAGGILAGLLTDVGFAMAERLGLIGVLLGIVVAGVLHLLILLLTTLGHMLQPIRLIWVEFFTKFGFYEENGR PYRPFKSVRETQ ; ;MIAPMEKLVLAGPKGRAKELLQSLQQAGVVHLETLRPEALSAYQLSPEERAELRRWEAVSAGAEHTLSLLGLEAEPARPF PEGLEAAEKALSPIQAHAEGLTRQKQELEEELALAQAYLEPLERLAALAHGLDKSPFLRVIPFLLTEKELPLVEEALRKA LEDRYLLAHEAYAGGVPALVVVHRKEVDQAKAALSRAGVAELRLPGALGELPLSEAARRLKERAEAAPRELSEVRQHLAK LARESASTLQSLWTRAQDEVARLKALEELASGRFGFALLGYVPVKAKPKVEEALARHKENVVYAFEPVDEHHEADRIPVV LDNPPWVKPFELLVSFLNTPKYGTFDPTPVVPIFFPFWFGMIVGDIGYALLFYLVGRWLSGYVKRNEPLVIDLFALKLKP PVLAKLVYILNWMVFWTVVWGLIYGEFFGTFLEHLGVFGTPEHPGLIPILIHRIDTAKTANLLILLSVAFGVVMVFAGLI LRAYLGLKHRHMAHFWEGVGYLGGLLGILALAASYLGNLQAGWLSALMYLGFGVFLLSVVMSSIWLMIPEIFTQAGHILS HIRIYAVGAAGGILAGLLTDVGFAMAERLGLIGVLLGIVVAGVLHLLILLLTTLGHMLQPIRLIWVEFFTKFGFYEENGR PYRPFKSVRETQ ; N ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MKKLLVTVLLAVFGALAFAAEEAAASGGLDRGLIAVGMGLAVGLAALGTGVAQARIGAAGVGAIAEDRSNFGTALIFLLL PETLVIFGLLIAFILNGRL ; ;MKKLLVTVLLAVFGALAFAAEEAAASGGLDRGLIAVGMGLAVGLAALGTGVAQARIGAAGVGAIAEDRSNFGTALIFLLL PETLVIFGLLIAFILNGRL ; O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ILE n 1 3 GLN n 1 4 GLY n 1 5 VAL n 1 6 ILE n 1 7 GLN n 1 8 LYS n 1 9 ILE n 1 10 ALA n 1 11 GLY n 1 12 PRO n 1 13 ALA n 1 14 VAL n 1 15 ILE n 1 16 ALA n 1 17 LYS n 1 18 GLY n 1 19 MET n 1 20 LEU n 1 21 GLY n 1 22 ALA n 1 23 ARG n 1 24 MET n 1 25 TYR n 1 26 ASP n 1 27 ILE n 1 28 CYS n 1 29 LYS n 1 30 VAL n 1 31 GLY n 1 32 GLU n 1 33 GLU n 1 34 GLY n 1 35 LEU n 1 36 VAL n 1 37 GLY n 1 38 GLU n 1 39 ILE n 1 40 ILE n 1 41 ARG n 1 42 LEU n 1 43 ASP n 1 44 GLY n 1 45 ASP n 1 46 THR n 1 47 ALA n 1 48 PHE n 1 49 VAL n 1 50 GLN n 1 51 VAL n 1 52 TYR n 1 53 GLU n 1 54 ASP n 1 55 THR n 1 56 SER n 1 57 GLY n 1 58 LEU n 1 59 LYS n 1 60 VAL n 1 61 GLY n 1 62 GLU n 1 63 PRO n 1 64 VAL n 1 65 VAL n 1 66 SER n 1 67 THR n 1 68 GLY n 1 69 LEU n 1 70 PRO n 1 71 LEU n 1 72 ALA n 1 73 VAL n 1 74 GLU n 1 75 LEU n 1 76 GLY n 1 77 PRO n 1 78 GLY n 1 79 MET n 1 80 LEU n 1 81 ASN n 1 82 GLY n 1 83 ILE n 1 84 TYR n 1 85 ASP n 1 86 GLY n 1 87 ILE n 1 88 GLN n 1 89 ARG n 1 90 PRO n 1 91 LEU n 1 92 GLU n 1 93 ARG n 1 94 ILE n 1 95 ARG n 1 96 GLU n 1 97 LYS n 1 98 THR n 1 99 GLY n 1 100 ILE n 1 101 TYR n 1 102 ILE n 1 103 THR n 1 104 ARG n 1 105 GLY n 1 106 VAL n 1 107 VAL n 1 108 VAL n 1 109 HIS n 1 110 ALA n 1 111 LEU n 1 112 ASP n 1 113 ARG n 1 114 GLU n 1 115 LYS n 1 116 LYS n 1 117 TRP n 1 118 ALA n 1 119 TRP n 1 120 THR n 1 121 PRO n 1 122 MET n 1 123 VAL n 1 124 LYS n 1 125 PRO n 1 126 GLY n 1 127 ASP n 1 128 GLU n 1 129 VAL n 1 130 ARG n 1 131 GLY n 1 132 GLY n 1 133 MET n 1 134 VAL n 1 135 LEU n 1 136 GLY n 1 137 THR n 1 138 VAL n 1 139 PRO n 1 140 GLU n 1 141 PHE n 1 142 GLY n 1 143 PHE n 1 144 THR n 1 145 HIS n 1 146 LYS n 1 147 ILE n 1 148 LEU n 1 149 VAL n 1 150 PRO n 1 151 PRO n 1 152 ASP n 1 153 VAL n 1 154 ARG n 1 155 GLY n 1 156 ARG n 1 157 VAL n 1 158 LYS n 1 159 GLU n 1 160 VAL n 1 161 LYS n 1 162 PRO n 1 163 ALA n 1 164 GLY n 1 165 GLU n 1 166 TYR n 1 167 THR n 1 168 VAL n 1 169 GLU n 1 170 GLU n 1 171 PRO n 1 172 VAL n 1 173 VAL n 1 174 VAL n 1 175 LEU n 1 176 GLU n 1 177 ASP n 1 178 GLY n 1 179 THR n 1 180 GLU n 1 181 LEU n 1 182 LYS n 1 183 MET n 1 184 TYR n 1 185 HIS n 1 186 THR n 1 187 TRP n 1 188 PRO n 1 189 VAL n 1 190 ARG n 1 191 ARG n 1 192 ALA n 1 193 ARG n 1 194 PRO n 1 195 VAL n 1 196 GLN n 1 197 ARG n 1 198 LYS n 1 199 LEU n 1 200 ASP n 1 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Z PHE 87 CB 21424 1 Y 1 Z PHE 68 ? CG ? Z PHE 87 CG 21425 1 Y 1 Z PHE 68 ? CD1 ? Z PHE 87 CD1 21426 1 Y 1 Z PHE 68 ? CD2 ? Z PHE 87 CD2 21427 1 Y 1 Z PHE 68 ? CE1 ? Z PHE 87 CE1 21428 1 Y 1 Z PHE 68 ? CE2 ? Z PHE 87 CE2 21429 1 Y 1 Z PHE 68 ? CZ ? Z PHE 87 CZ 21430 1 Y 1 Z LEU 70 ? CB ? Z LEU 89 CB 21431 1 Y 1 Z LEU 70 ? CG ? Z LEU 89 CG 21432 1 Y 1 Z LEU 70 ? CD1 ? Z LEU 89 CD1 21433 1 Y 1 Z LEU 70 ? CD2 ? Z LEU 89 CD2 21434 1 Y 1 Z LEU 71 ? CB ? Z LEU 90 CB 21435 1 Y 1 Z LEU 71 ? CG ? Z LEU 90 CG 21436 1 Y 1 Z LEU 71 ? CD1 ? Z LEU 90 CD1 21437 1 Y 1 Z LEU 71 ? CD2 ? Z LEU 90 CD2 21438 1 Y 1 Z ILE 72 ? CB ? Z ILE 91 CB 21439 1 Y 1 Z ILE 72 ? CG1 ? Z ILE 91 CG1 21440 1 Y 1 Z ILE 72 ? CG2 ? Z ILE 91 CG2 21441 1 Y 1 Z ILE 72 ? CD1 ? Z ILE 91 CD1 21442 1 Y 1 Z ALA 73 ? CB ? Z ALA 92 CB 21443 1 Y 1 Z PHE 74 ? CB ? Z PHE 93 CB 21444 1 Y 1 Z PHE 74 ? CG ? Z PHE 93 CG 21445 1 Y 1 Z PHE 74 ? CD1 ? Z PHE 93 CD1 21446 1 Y 1 Z PHE 74 ? CD2 ? Z PHE 93 CD2 21447 1 Y 1 Z PHE 74 ? CE1 ? Z PHE 93 CE1 21448 1 Y 1 Z PHE 74 ? CE2 ? Z PHE 93 CE2 21449 1 Y 1 Z PHE 74 ? CZ ? Z PHE 93 CZ 21450 1 Y 1 Z ILE 75 ? CB ? Z ILE 94 CB 21451 1 Y 1 Z ILE 75 ? CG1 ? Z ILE 94 CG1 21452 1 Y 1 Z ILE 75 ? CG2 ? Z ILE 94 CG2 21453 1 Y 1 Z ILE 75 ? CD1 ? Z ILE 94 CD1 21454 1 Y 1 Z LEU 76 ? CB ? Z LEU 95 CB 21455 1 Y 1 Z LEU 76 ? CG ? Z LEU 95 CG 21456 1 Y 1 Z LEU 76 ? CD1 ? Z LEU 95 CD1 21457 1 Y 1 Z LEU 76 ? CD2 ? Z LEU 95 CD2 21458 1 Y 1 Z ASN 77 ? CB ? Z ASN 96 CB 21459 1 Y 1 Z ASN 77 ? CG ? Z ASN 96 CG 21460 1 Y 1 Z ASN 77 ? OD1 ? Z ASN 96 OD1 21461 1 Y 1 Z ASN 77 ? ND2 ? Z ASN 96 ND2 21462 1 Y 1 Z ARG 79 ? CB ? Z ARG 98 CB 21463 1 Y 1 Z ARG 79 ? CG ? Z ARG 98 CG 21464 1 Y 1 Z ARG 79 ? CD ? Z ARG 98 CD 21465 1 Y 1 Z ARG 79 ? NE ? Z ARG 98 NE 21466 1 Y 1 Z ARG 79 ? CZ ? Z ARG 98 CZ 21467 1 Y 1 Z ARG 79 ? NH1 ? Z ARG 98 NH1 21468 1 Y 1 Z ARG 79 ? NH2 ? Z ARG 98 NH2 21469 1 Y 1 Z LEU 80 ? O ? Z LEU 99 O 21470 1 Y 1 Z LEU 80 ? CB ? Z LEU 99 CB 21471 1 Y 1 Z LEU 80 ? CG ? Z LEU 99 CG 21472 1 Y 1 Z LEU 80 ? CD1 ? Z LEU 99 CD1 21473 1 Y 1 Z LEU 80 ? CD2 ? Z LEU 99 CD2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5GAR _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5GAR _struct.title 'Thermus thermophilus V/A-ATPase, conformation 1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5GAR _struct_keywords.text 'V/A-ATPase, V-ATPase, A-ATPase, Thermus thermophilus, rotary ATPase, membrane protein, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 7 ? N N N 8 ? O N N 9 ? P N N 9 ? Q N N 9 ? R N N 9 ? S N N 9 ? T N N 9 ? U N N 9 ? V N N 9 ? W N N 9 ? X N N 9 ? Y N N 9 ? Z N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VATA_THET8 Q56403 ? 1 ;MIQGVIQKIAGPAVIAKGMLGARMYDICKVGEEGLVGEIIRLDGDTAFVQVYEDTSGLKVGEPVVSTGLPLAVELGPGML NGIYDGIQRPLERIREKTGIYITRGVVVHALDREKKWAWTPMVKPGDEVRGGMVLGTVPEFGFTHKILVPPDVRGRVKEV KPAGEYTVEEPVVVLEDGTELKMYHTWPVRRARPVQRKLDPNTPFLTGMRILDVLFPVAMGGTAAIPGPFGSGKTVTQQS LAKWSNADVVVYVGCGERGNEMTDVLVEFPELTDPKTGGPLMHRTVLIANTSNMPVAAREASIYVGVTIAEYFRDQGFSV ALMADSTSRWAEALREISSRLEEMPAEEGYPPYLAARLAAFYERAGKVITLGGEEGAVTIVGAVSPPGGDMSEPVTQSTL RIVGAFWRLDASLAFRRHFPAINWNGSYSLFTSALDPWYRENVAEDYPELRDAISELLQREAGLQEIVQLVGPDALQDAE RLVIEVGRIIREDFLQQNAYHEVDAYCSMKKAYGIMKMILAFYKEAEAAIKRGVSIDEILQLPVLERIGRARYVSEEEFP AYFEEAMKEIQGAFKAL ; 1 2 UNP VATB_THET2 Q72J73 ? 2 ;EYTGITYISGPLLFVENAKDLAYGAIVDIKDGTGRVRGGQVIEVSEEYAVIQVFEETTGLDLATTSVSLVEDVARLGVSK EMLGRRFNGIGKPIDGLPPITPEKRLPITGLPLNPVARRKPEQFIQTGISTIDVMNTLVRGQKLPIFSGSGLPANEIAAQ IARQATVRPDLSGEGEKEEPFAVVFAAMGITQRELSYFIQEFERTGALSRSVLFLNKADDPTIERILTPRMALTVAEYLA FEHDYHVLVILTDMTNYCEALREIGAAREEIPGRRGYPGYMYTDLATIYERAGVVEGKKGSVTQIPILSMPDDDRTHPIP DLTGYITEGQIQLSRELHRKGIYPPIDPLPSLSRLMNNGVGKGKTREDHKQVSDQLYSAYANGVDIRKLVAIIGEDALTE NDRRYLQFADAFERFFINQGQQNRSIEESLQIAWALLSMLPQGELKRISKDHIGKYY ; 7 3 UNP VATE_THET8 P74901 ? 3 ;KLEAILSQEVEAEIQALLQEAEAKAEAVKREAEEKAKALLQARERALEAQYRAALRRAESAGELLVATARTQARGEVLEE VRRRVREALEALPQKPEWPEVVRKLALEALEALPGAKALVANPEDLPHLEALARERGVELQAEPALRLGVRAVGAEGKTQ VENSLLARLDRAWDALSSKVAQALWG ; 3 4 UNP Q72J66_THET2 Q72J66 ? 4 ;MGGLGLIKSLAEKEKQLLERLEAAKKEAEERVKRAEAEAKALLEEAEAKAKALEAQYRERERAETEALLARYRERAEAEA KAVREKAMARLDEAVALVLKEVLP ; 1 5 UNP VATD_THET2 Q72J74 ? 5 ;SQVSPTRMNLLQRRGQLRLAQKGVDLLKKKRDALVAEFFGLVREAMEARKALDQAAKEAYAALLLAQAFDGPEVVAGAAL GVPPLEGVEAEVENVWGSKVPRLKATFPDGALLSPVGTPAYTLEASRAFRRYAEALIRVANTETRLKKIGEEIKKTTRRV NALEQVVIPGIRAQIRFIQQVLEQREREDTFRLKRIKGKIEAREAEEEGG ; 2 6 UNP VATF_THET8 P74903 ? 6 ;MAVIADPETAQGFRLAGLEGYGASSAEEAQSLLETLVERGGYALVAVDEALLPDPERAVERLMRGRDLPVLLPIAGLKEA FQGHDVEGYMRELVRKTIGF ; 1 7 UNP VATC_THET8 P74902 ? 7 ;MADDFAYLNARVRVRRGTLLKESFFQEALDLSFADFLRLLSETVYGGELAGQGLPDVDRAVLRTQAKLVGDLPRLVTGEA REAVRLLLLRNDLHNLQALLRAKATGRPFEEVLLLPGTLREEVWRQAYEAQDPAGMAQVLAVPGHPLARALRAVLRETQD LARVEALLAKRFFEDVAKAAKGLDQPALRDYLALEVDAENLRTAFKLQGSGLAPDAFFLKGGRFVDRVRFARLMEGDYAV LDELSGTPFSGLSGVRDLKALERGLRCVLLKEAKKGVQDPLGVGLVLAYVKEREWEAVRLRLLARRAYFGLPRAQVEEEV VCP ; 1 8 UNP H9ZQR4_THETH H9ZQR4 ? 8 ;MIAPMEKLVLAGPKGRAKELLQSLQQAGVVHLETLRPEALSAYQLSPEERAELRRWEAVSAGAEHTLSLLGLEAEPARPF PEGLEAAEKALSPIQAHAEGLTRQKQELEEELALAQAYLEPLERLAALAHGLDKSPFLRVIPFLLTEKELPLVEEALKKA LEDRYLLVHEAYAGGVAALVVVHRKEVDQAKAALSRAGVAELRLPGALGELPLSEAARRLKERAEAAPRELSEVRQHLAK LARESASTLQSLWTRAQDEVARLKALEELASGRFGFALLGYVPVKAKPKVEEALARHKENVVYAFEPVDEHHEADRIPVV LDNPPWVKPFELLVSFLNTPKYGTFDPTPVVPIFFPFWFGMIVGDIGYALLFYLVGRWLSGYVKRNEPLVIDLFALKLKP PVLAKLVYILNWMVFWTVVWGLIYGEFFGTFLEHLGVFGTPEHPGLIPILIHRIDTAKTANLLILLSVAFGVVMVFAGLI LRAYLGLKHRHMAHFWEGVGYLGGLLGILALAASYLGNLQAGWLSALMYLGFGVFLLSVVMSSIWLMIPEIFTQAGHILS HIRIYAVGAAGGILAGLLTDVGFAMAERLGLIGVLLGIVVAGVLHLLILLLTTLGHMLQPIRLIWVEFFTKFGFYEENGR PYRPFKSVRETQ ; 1 9 UNP P74900_THETH P74900 ? 9 ;MKKLLVTVLLAVFGALAFAAEEAAASGGLDRGLIAVGMGLAVGLAALGTGVAQARIGAAGVGAIAEDRSNFGTALIFLLL PETLVIFGLLIAFILNGRL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5GAR A 1 ? 577 ? Q56403 1 ? 577 ? 1 577 2 1 5GAR B 1 ? 577 ? Q56403 1 ? 577 ? 1 577 3 1 5GAR C 1 ? 577 ? Q56403 1 ? 577 ? 1 577 4 2 5GAR D 1 ? 457 ? Q72J73 7 ? 463 ? 7 463 5 2 5GAR E 1 ? 457 ? Q72J73 7 ? 463 ? 7 463 6 2 5GAR F 1 ? 457 ? Q72J73 7 ? 463 ? 7 463 7 3 5GAR G 1 ? 186 ? P74901 3 ? 188 ? 3 188 8 3 5GAR H 1 ? 186 ? P74901 3 ? 188 ? 3 188 9 4 5GAR I 2 ? 105 ? Q72J66 1 ? 104 ? 17 120 10 4 5GAR J 2 ? 105 ? Q72J66 1 ? 104 ? 17 120 11 5 5GAR K 1 ? 210 ? Q72J74 2 ? 211 ? 2 211 12 6 5GAR L 1 ? 100 ? P74903 1 ? 100 ? 1 100 13 7 5GAR M 1 ? 323 ? P74902 1 ? 323 ? 1 323 14 8 5GAR N 1 ? 652 ? H9ZQR4 1 ? 652 ? -3 652 15 9 5GAR O 1 ? 99 ? P74900 1 ? 99 ? -18 80 16 9 5GAR P 1 ? 99 ? P74900 1 ? 99 ? -18 80 17 9 5GAR Q 1 ? 99 ? P74900 1 ? 99 ? -18 80 18 9 5GAR R 1 ? 99 ? P74900 1 ? 99 ? -18 80 19 9 5GAR S 1 ? 99 ? P74900 1 ? 99 ? -18 80 20 9 5GAR T 1 ? 99 ? P74900 1 ? 99 ? -18 80 21 9 5GAR U 1 ? 99 ? P74900 1 ? 99 ? -18 80 22 9 5GAR V 1 ? 99 ? P74900 1 ? 99 ? -18 80 23 9 5GAR W 1 ? 99 ? 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UNP Q72J66 ? ? insertion 16 8 14 5GAR ARG N 158 ? UNP H9ZQR4 LYS 158 conflict 154 9 14 5GAR ALA N 168 ? UNP H9ZQR4 VAL 168 conflict 164 10 14 5GAR PRO N 177 ? 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GLY N 79 ALA N 125 1 ? 47 HELX_P HELX_P156 AR3 GLU N 149 ? GLU N 162 ? GLU N 145 GLU N 158 1 ? 14 HELX_P HELX_P157 AR4 GLU N 186 ? GLY N 198 ? GLU N 182 GLY N 194 1 ? 13 HELX_P HELX_P158 AR5 PRO N 205 ? LEU N 211 ? PRO N 201 LEU N 207 1 ? 7 HELX_P HELX_P159 AR6 PRO N 212 ? SER N 271 ? PRO N 208 SER N 267 1 ? 60 HELX_P HELX_P160 AR7 ALA N 286 ? ALA N 293 ? ALA N 282 ALA N 289 1 ? 8 HELX_P HELX_P161 AR8 PRO N 324 ? VAL N 334 ? PRO N 324 VAL N 334 1 ? 11 HELX_P HELX_P162 AR9 PRO N 349 ? GLY N 360 ? PRO N 349 GLY N 360 1 ? 12 HELX_P HELX_P163 AS1 TYR N 368 ? SER N 380 ? TYR N 368 SER N 380 1 ? 13 HELX_P HELX_P164 AS2 ILE N 391 ? ALA N 395 ? ILE N 391 ALA N 395 5 ? 5 HELX_P HELX_P165 AS3 PRO N 400 ? VAL N 407 ? PRO N 400 VAL N 407 1 ? 8 HELX_P HELX_P166 AS4 VAL N 407 ? PHE N 428 ? VAL N 407 PHE N 428 1 ? 22 HELX_P HELX_P167 AS5 GLY N 429 ? PHE N 431 ? GLY N 429 PHE N 431 5 ? 3 HELX_P HELX_P168 AS6 THR N 456 ? ARG N 490 ? THR N 456 ARG N 490 1 ? 35 HELX_P HELX_P169 AS7 HIS N 491 ? GLY N 517 ? HIS N 491 GLY N 517 1 ? 27 HELX_P HELX_P170 AS8 MET N 528 ? VAL N 539 ? MET N 528 VAL N 539 1 ? 12 HELX_P HELX_P171 AS9 VAL N 540 ? SER N 543 ? VAL N 540 SER N 543 5 ? 4 HELX_P HELX_P172 AT1 GLU N 550 ? LEU N 578 ? GLU N 550 LEU N 578 1 ? 29 HELX_P HELX_P173 AT2 THR N 579 ? GLY N 582 ? THR N 579 GLY N 582 5 ? 4 HELX_P HELX_P174 AT3 ILE N 592 ? GLY N 597 ? ILE N 592 GLY N 597 5 ? 6 HELX_P HELX_P175 AT4 ILE N 598 ? LEU N 618 ? ILE N 598 LEU N 618 1 ? 21 HELX_P HELX_P176 AT5 LEU N 618 ? PHE N 629 ? LEU N 618 PHE N 629 1 ? 12 HELX_P HELX_P177 AT6 PRO N 644 ? GLU N 650 ? PRO N 644 GLU N 650 1 ? 7 HELX_P HELX_P178 AT7 GLY O 27 ? ASP O 67 ? GLY O 8 ASP O 48 1 ? 41 HELX_P HELX_P179 AT8 PHE O 71 ? LEU O 80 ? PHE O 52 LEU O 61 1 ? 10 HELX_P HELX_P180 AT9 GLU O 82 ? ASN O 96 ? GLU O 63 ASN O 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P181 AU1 GLY P 28 ? ASP P 67 ? GLY P 9 ASP P 48 1 ? 40 HELX_P HELX_P182 AU2 ASN P 70 ? LEU P 80 ? ASN P 51 LEU P 61 1 ? 11 HELX_P HELX_P183 AU3 PRO P 81 ? ASN P 96 ? 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