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H 32648 'interatomic distance' ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.d_res_high 2.560 _refine_ls_shell.d_res_low 2.626 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 337 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 6593 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.17 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.355 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.333 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 1 A 2 2 C 2 1 A 3 2 D 3 1 A 4 2 E 4 1 A 5 2 F 5 1 A 6 2 G 6 1 A 7 2 H 7 1 B 8 2 C 8 1 B 9 2 D 9 1 B 10 2 E 10 1 B 11 2 F 11 1 B 12 2 G 12 1 B 13 2 H 13 1 C 14 2 D 14 1 C 15 2 E 15 1 C 16 2 F 16 1 C 17 2 G 17 1 C 18 2 H 18 1 D 19 2 E 19 1 D 20 2 F 20 1 D 21 2 G 21 1 D 22 2 H 22 1 E 23 2 F 23 1 E 24 2 G 24 1 E 25 2 H 25 1 F 26 2 G 26 1 F 27 2 H 27 1 G 28 2 H 28 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 1 0 A ARG 34 . 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H TYR 15 H ARG 386 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ? 10 ? 11 ? 12 ? 13 ? 14 ? 15 ? 16 ? 17 ? 18 ? 19 ? 20 ? 21 ? 22 ? 23 ? 24 ? 25 ? 26 ? 27 ? 28 ? # _struct.entry_id 5HY4 _struct.title 'Structure-function analysis of functionally diverse members of the cyclic amide hydrolase family of Toblerone fold enzymes' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5HY4 _struct_keywords.text 'Toblerone fold, pyrimidine catabolism, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 51 ? SER A 60 ? THR A 31 SER A 40 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 64 ? ALA A 66 ? ASP A 44 ALA A 46 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 83 ? GLY A 102 ? ASP A 63 GLY A 82 1 ? 20 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 104 ? SER A 111 ? PRO A 84 SER A 91 5 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 159 ? ILE A 163 ? LEU A 139 ILE A 143 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ARG A 165 ? GLY A 184 ? 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GLU H 340 GLY H 358 1 ? 19 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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G CYS 304 H CYS 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 35 ? 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VAL C 327 LEU C 328 AB3 2 GLN C 351 ? HIS C 352 ? GLN C 331 HIS C 332 AB4 1 TYR D 35 ? PRO D 44 ? TYR D 15 PRO D 24 AB4 2 HIS D 127 ? VAL D 136 ? HIS D 107 VAL D 116 AB4 3 VAL D 68 ? SER D 75 ? VAL D 48 SER D 55 AB4 4 THR D 113 ? GLY D 118 ? THR D 93 GLY D 98 AB5 1 GLY D 147 ? PRO D 157 ? GLY D 127 PRO D 137 AB5 2 GLY D 278 ? SER D 287 ? GLY D 258 SER D 267 AB5 3 VAL D 191 ? GLY D 198 ? VAL D 171 GLY D 178 AB5 4 ALA D 268 ? SER D 272 ? ALA D 248 SER D 252 AB6 1 LEU D 294 ? THR D 301 ? LEU D 274 THR D 281 AB6 2 ASN D 399 ? ARG D 406 ? ASN D 379 ARG D 386 AB6 3 VAL D 333 ? PHE D 340 ? VAL D 313 PHE D 320 AB6 4 PHE D 383 ? GLY D 386 ? PHE D 363 GLY D 366 AB7 1 VAL D 347 ? LEU D 348 ? VAL D 327 LEU D 328 AB7 2 GLN D 351 ? HIS D 352 ? GLN D 331 HIS D 332 AB8 1 TYR E 35 ? PRO E 44 ? TYR E 15 PRO E 24 AB8 2 HIS E 127 ? VAL E 136 ? HIS E 107 VAL E 116 AB8 3 VAL E 68 ? SER E 75 ? VAL E 48 SER E 55 AB8 4 THR E 113 ? GLY E 118 ? THR E 93 GLY E 98 AB9 1 GLY E 147 ? HIS E 154 ? 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343 TYR CB HB3 sing N N 344 TYR CG CD1 doub Y N 345 TYR CG CD2 sing Y N 346 TYR CD1 CE1 sing Y N 347 TYR CD1 HD1 sing N N 348 TYR CD2 CE2 doub Y N 349 TYR CD2 HD2 sing N N 350 TYR CE1 CZ doub Y N 351 TYR CE1 HE1 sing N N 352 TYR CE2 CZ sing Y N 353 TYR CE2 HE2 sing N N 354 TYR CZ OH sing N N 355 TYR OH HH sing N N 356 TYR OXT HXT sing N N 357 VAL N CA sing N N 358 VAL N H sing N N 359 VAL N H2 sing N N 360 VAL CA C sing N N 361 VAL CA CB sing N N 362 VAL CA HA sing N N 363 VAL C O doub N N 364 VAL C OXT sing N N 365 VAL CB CG1 sing N N 366 VAL CB CG2 sing N N 367 VAL CB HB sing N N 368 VAL CG1 HG11 sing N N 369 VAL CG1 HG12 sing N N 370 VAL CG1 HG13 sing N N 371 VAL CG2 HG21 sing N N 372 VAL CG2 HG22 sing N N 373 VAL CG2 HG23 sing N N 374 VAL OXT HXT sing N N 375 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 2 _pdbx_entity_nonpoly.name water _pdbx_entity_nonpoly.comp_id HOH # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 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