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F TYR 25 OH 2140 1 Y 1 F THR 26 ? OG1 ? F THR 26 OG1 2141 1 Y 1 F THR 26 ? CG2 ? F THR 26 CG2 2142 1 Y 1 F LYS 27 ? CG ? F LYS 27 CG 2143 1 Y 1 F LYS 27 ? CD ? F LYS 27 CD 2144 1 Y 1 F LYS 27 ? CE ? F LYS 27 CE 2145 1 Y 1 F LYS 27 ? NZ ? F LYS 27 NZ 2146 1 Y 1 F HIS 28 ? CG ? F HIS 28 CG 2147 1 Y 1 F HIS 28 ? ND1 ? F HIS 28 ND1 2148 1 Y 1 F HIS 28 ? CD2 ? F HIS 28 CD2 2149 1 Y 1 F HIS 28 ? CE1 ? F HIS 28 CE1 2150 1 Y 1 F HIS 28 ? NE2 ? F HIS 28 NE2 2151 1 Y 1 F LEU 29 ? CG ? F LEU 29 CG 2152 1 Y 1 F LEU 29 ? CD1 ? F LEU 29 CD1 2153 1 Y 1 F LEU 29 ? CD2 ? F LEU 29 CD2 2154 1 Y 1 F ILE 30 ? CG1 ? F ILE 30 CG1 2155 1 Y 1 F ILE 30 ? CG2 ? F ILE 30 CG2 2156 1 Y 1 F ILE 30 ? CD1 ? F ILE 30 CD1 2157 1 Y 1 F ARG 31 ? CG ? F ARG 31 CG 2158 1 Y 1 F ARG 31 ? CD ? F ARG 31 CD 2159 1 Y 1 F ARG 31 ? NE ? F ARG 31 NE 2160 1 Y 1 F ARG 31 ? CZ ? F ARG 31 CZ 2161 1 Y 1 F ARG 31 ? NH1 ? F ARG 31 NH1 2162 1 Y 1 F ARG 31 ? NH2 ? F ARG 31 NH2 2163 1 Y 1 F GLU 33 ? CG ? F GLU 33 CG 2164 1 Y 1 F GLU 33 ? CD ? F GLU 33 CD 2165 1 Y 1 F GLU 33 ? OE1 ? F GLU 33 OE1 2166 1 Y 1 F GLU 33 ? OE2 ? F GLU 33 OE2 2167 1 Y 1 F PHE 37 ? CG ? F PHE 37 CG 2168 1 Y 1 F PHE 37 ? CD1 ? F PHE 37 CD1 2169 1 Y 1 F PHE 37 ? CD2 ? F PHE 37 CD2 2170 1 Y 1 F PHE 37 ? CE1 ? F PHE 37 CE1 2171 1 Y 1 F PHE 37 ? CE2 ? F PHE 37 CE2 2172 1 Y 1 F PHE 37 ? CZ ? F PHE 37 CZ 2173 1 Y 1 F ARG 38 ? CG ? F ARG 38 CG 2174 1 Y 1 F ARG 38 ? CD ? F ARG 38 CD 2175 1 Y 1 F ARG 38 ? NE ? F ARG 38 NE 2176 1 Y 1 F ARG 38 ? CZ ? F ARG 38 CZ 2177 1 Y 1 F ARG 38 ? NH1 ? F ARG 38 NH1 2178 1 Y 1 F ARG 38 ? NH2 ? F ARG 38 NH2 2179 1 Y 1 F PHE 42 ? CG ? F PHE 42 CG 2180 1 Y 1 F PHE 42 ? CD1 ? F PHE 42 CD1 2181 1 Y 1 F PHE 42 ? CD2 ? F PHE 42 CD2 2182 1 Y 1 F PHE 42 ? CE1 ? F PHE 42 CE1 2183 1 Y 1 F PHE 42 ? CE2 ? F PHE 42 CE2 2184 1 Y 1 F PHE 42 ? CZ ? F PHE 42 CZ 2185 1 Y 1 F LEU 44 ? CG ? F LEU 44 CG 2186 1 Y 1 F LEU 44 ? CD1 ? F LEU 44 CD1 2187 1 Y 1 F LEU 44 ? CD2 ? F LEU 44 CD2 2188 1 Y 1 F ILE 49 ? CG1 ? F ILE 49 CG1 2189 1 Y 1 F ILE 49 ? CG2 ? F ILE 49 CG2 2190 1 Y 1 F ILE 49 ? CD1 ? F ILE 49 CD1 2191 1 Y 1 F LEU 52 ? CG ? F LEU 52 CG 2192 1 Y 1 F LEU 52 ? CD1 ? F LEU 52 CD1 2193 1 Y 1 F LEU 52 ? CD2 ? F LEU 52 CD2 2194 1 Y 1 F LEU 53 ? CG ? F LEU 53 CG 2195 1 Y 1 F LEU 53 ? CD1 ? F LEU 53 CD1 2196 1 Y 1 F LEU 53 ? CD2 ? F LEU 53 CD2 2197 1 Y 1 F SER 58 ? OG ? F SER 58 OG 2198 1 Y 1 F GLN 59 ? CG ? F GLN 59 CG 2199 1 Y 1 F GLN 59 ? CD ? F GLN 59 CD 2200 1 Y 1 F GLN 59 ? OE1 ? F GLN 59 OE1 2201 1 Y 1 F GLN 59 ? NE2 ? F GLN 59 NE2 2202 1 Y 1 F LYS 60 ? CG ? F LYS 60 CG 2203 1 Y 1 F LYS 60 ? CD ? F LYS 60 CD 2204 1 Y 1 F LYS 60 ? CE ? F LYS 60 CE 2205 1 Y 1 F LYS 60 ? NZ ? F LYS 60 NZ 2206 1 Y 1 F ILE 62 ? CG1 ? F ILE 62 CG1 2207 1 Y 1 F ILE 62 ? CG2 ? F ILE 62 CG2 2208 1 Y 1 F ILE 62 ? CD1 ? F ILE 62 CD1 2209 1 Y 1 F LEU 64 ? CG ? F LEU 64 CG 2210 1 Y 1 F LEU 64 ? CD1 ? F LEU 64 CD1 2211 1 Y 1 F LEU 64 ? CD2 ? F LEU 64 CD2 2212 1 Y 1 F MET 66 ? CG ? F MET 66 CG 2213 1 Y 1 F MET 66 ? SD ? F MET 66 SD 2214 1 Y 1 F MET 66 ? CE ? F MET 66 CE 2215 1 Y 1 F ILE 67 ? CG1 ? F ILE 67 CG1 2216 1 Y 1 F ILE 67 ? CG2 ? F ILE 67 CG2 2217 1 Y 1 F ILE 67 ? CD1 ? F ILE 67 CD1 2218 1 Y 1 F LEU 68 ? CG ? F LEU 68 CG 2219 1 Y 1 F LEU 68 ? CD1 ? F LEU 68 CD1 2220 1 Y 1 F LEU 68 ? CD2 ? F LEU 68 CD2 2221 1 Y 1 F ILE 70 ? CG1 ? F ILE 70 CG1 2222 1 Y 1 F ILE 70 ? CG2 ? F ILE 70 CG2 2223 1 Y 1 F ILE 70 ? CD1 ? F ILE 70 CD1 2224 1 Y 1 F TYR 74 ? CG ? F TYR 74 CG 2225 1 Y 1 F TYR 74 ? CD1 ? F TYR 74 CD1 2226 1 Y 1 F TYR 74 ? CD2 ? F TYR 74 CD2 2227 1 Y 1 F TYR 74 ? CE1 ? F TYR 74 CE1 2228 1 Y 1 F TYR 74 ? CE2 ? F TYR 74 CE2 2229 1 Y 1 F TYR 74 ? CZ ? F TYR 74 CZ 2230 1 Y 1 F TYR 74 ? OH ? F TYR 74 OH # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5IRE _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5IRE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5IRE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5IRE _struct.title 'The cryo-EM structure of Zika Virus' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? # _struct_keywords.entry_id 5IRE _struct_keywords.text 'Zika virus, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A060H177_9FLAV A0A060H177 ? 1 ;IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEA YLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHET DENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKE ALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAE TLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHW HRSGSTIGKAFEATVRGAKRMAVLGDTAWDFGSVGGALNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLMWLGLNTK NGSISLMCLALGGVLIFLSTAVSA ; 1 2 UNP A0A096XFQ2_9FLAV A0A096XFQ2 ? 2 AVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLVMILLIAPAYS 179 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5IRE A 1 ? 504 ? A0A060H177 1 ? 504 ? 1 504 2 2 5IRE B 1 ? 75 ? A0A096XFQ2 179 ? 253 ? 1 75 3 1 5IRE C 1 ? 504 ? A0A060H177 1 ? 504 ? 1 504 4 2 5IRE D 1 ? 75 ? A0A096XFQ2 179 ? 253 ? 1 75 5 1 5IRE E 1 ? 504 ? A0A060H177 1 ? 504 ? 1 504 6 2 5IRE F 1 ? 75 ? A0A096XFQ2 179 ? 253 ? 1 75 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 360-meric 360 2 'icosahedral asymmetric unit' ? hexameric 6 3 'icosahedral pentamer' ? 30-meric 30 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 36-meric 36 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.42532548 0.30901701 -0.85065077 0.00000 0.58778531 -0.80901696 0.00000008 -0.00001 -0.68819087 -0.50000006 -0.52573118 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.36180336 0.58778521 -0.72360685 0.00000 -0.26286563 0.80901703 0.52573102 0.00000 0.89442719 0.00000012 0.44721360 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.67082050 0.68819082 -0.27639330 0.00002 0.16245969 0.50000008 0.85065079 0.00000 0.72360673 0.52573122 -0.44721357 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.67082050 0.16245969 0.72360673 0.00001 0.68819081 0.50000008 0.52573122 0.00000 -0.27639330 0.85065079 -0.44721357 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.36180336 -0.26286563 0.89442719 0.00000 0.58778521 0.80901703 0.00000012 0.00000 -0.72360685 0.52573103 0.44721361 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.05278666 0.68819095 0.72360679 0.00001 0.68819094 -0.49999989 0.52573124 -0.00002 0.72360679 0.52573124 -0.44721345 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.44721345 0.52573106 0.72360692 0.00000 0.85065089 0.00000010 -0.52573098 -0.00001 -0.27639318 0.85065084 -0.44721355 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.67082041 0.68819092 0.27639327 0.00000 -0.16245975 0.50000003 -0.85065080 0.00000 -0.72360681 0.52573114 0.44721355 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.95105652 -0.00000009 0.00001 -0.95105651 0.30901699 -0.00000009 0.00000 -0.00000006 0.00000012 1.00000000 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.13819677 0.95105654 0.27639306 0.00001 -0.42532547 -0.30901694 0.85065079 0.00000 0.89442713 0.00000018 0.44721371 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.30901686 -0.95105656 0.00000009 0.00000 -0.95105656 0.30901686 -0.00000013 0.00000 0.00000009 -0.00000013 -1.00000000 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? 0.13819682 -0.95105649 -0.27639318 0.00000 -0.42532548 -0.30901707 0.85065074 0.00000 -0.89442712 -0.00000017 -0.44721374 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.05278657 -0.68819088 -0.72360686 0.00000 0.68819092 -0.50000000 0.52573115 -0.00002 -0.72360682 -0.52573122 0.44721344 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? -0.44721357 -0.52573106 -0.72360685 0.00000 0.85065084 0.00000000 -0.52573106 -0.00001 0.27639315 -0.85065084 0.44721357 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? -0.67082038 -0.68819099 -0.27639316 0.00000 -0.16245982 0.49999992 -0.85065086 0.00000 0.72360681 -0.52573116 -0.44721352 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? -0.63819648 0.26286561 -0.72360689 0.00001 0.26286561 -0.80901698 -0.52573111 -0.00002 -0.72360689 -0.52573111 0.44721345 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? -0.94721363 -0.16245978 0.27639311 0.00001 -0.16245978 -0.50000005 -0.85065079 -0.00001 0.27639311 -0.85065079 0.44721369 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.05278647 -0.68819086 0.72360689 0.00000 -0.68819086 -0.50000011 -0.52573114 0.00000 0.72360689 -0.52573114 -0.44721342 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? 0.80901707 -0.58778514 0.00000021 0.00000 -0.58778514 -0.80901707 -0.00000007 -0.00001 0.00000021 -0.00000007 -1.00000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? 0.44721379 0.00000008 -0.89442709 0.00000 0.00000008 -1.00000000 -0.00000005 -0.00002 -0.89442709 -0.00000005 -0.44721379 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? -0.44721352 0.52573098 -0.72360694 0.00001 -0.85065089 0.00000000 0.52573098 0.00000 0.27639306 0.85065090 0.44721352 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -0.94721368 0.16245973 0.27639299 0.00001 0.16245973 -0.49999995 0.85065086 -0.00001 0.27639299 0.85065087 0.44721363 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.13819677 -0.42532547 0.89442713 0.00000 0.95105653 -0.30901694 0.00000018 -0.00002 0.27639306 0.85065080 0.44721371 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.86180334 -0.42532546 0.27639331 0.00000 0.42532554 0.30901699 -0.85065074 0.00000 0.27639318 0.85065079 0.44721366 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.67082048 0.16245975 -0.72360674 0.00000 -0.68819088 0.49999997 -0.52573124 0.00000 0.27639318 0.85065085 0.44721354 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? -0.13819669 -0.95105650 0.27639321 0.00000 0.42532553 -0.30901705 -0.85065072 -0.00001 0.89442712 -0.00000003 0.44721374 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? 0.44721364 -0.85065084 -0.27639303 0.00000 -0.52573097 -0.00000010 -0.85065089 0.00000 0.72360687 0.52573106 -0.44721354 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? 0.13819683 -0.42532548 -0.89442712 0.00000 -0.95105649 -0.30901707 -0.00000017 0.00000 -0.27639318 0.85065074 -0.44721374 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? -0.63819640 -0.26286562 -0.72360695 0.00000 -0.26286562 -0.80901701 0.52573106 -0.00001 -0.72360695 0.52573106 0.44721342 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.58778525 -0.00000019 0.00000 0.58778525 -0.80901699 0.00000010 -0.00002 -0.00000021 -0.00000003 1.00000000 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? -0.36180344 0.58778519 0.72360683 0.00001 0.26286552 0.80901704 -0.52573106 0.00000 -0.89442719 -0.00000002 -0.44721360 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.36180340 0.26286560 0.89442718 0.00000 -0.58778529 0.80901696 -0.00000001 0.00000 -0.72360676 -0.52573114 0.44721363 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.86180334 0.42532554 0.27639318 0.00000 -0.42532546 0.30901699 0.85065078 0.00000 0.27639331 -0.85065074 0.44721366 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? 0.44721345 0.85065089 -0.27639318 0.00001 0.52573106 0.00000010 0.85065084 -0.00001 0.72360692 -0.52573098 -0.44721355 0.00000 35 'point symmetry operation' ? 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LEU C 82 SER C 86 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY C 100 ? GLY C 104 ? GLY C 100 GLY C 104 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 HIS C 148 ? ILE C 152 ? HIS C 148 ILE C 152 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU C 191 ? LEU C 196 ? GLU C 191 LEU C 196 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN C 261 ? LEU C 269 ? GLN C 261 LEU C 269 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 AC2 THR C 406 ? VAL C 423 ? THR C 406 VAL C 423 1 ? 18 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY C 425 ? ASP C 430 ? GLY C 425 ASP C 430 5 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY C 436 ? LYS C 454 ? GLY C 436 LYS C 454 1 ? 19 HELX_P HELX_P23 AC5 TRP C 462 ? ASN C 478 ? TRP C 462 ASN C 478 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY C 482 ? SER C 499 ? GLY C 482 SER C 499 1 ? 18 HELX_P HELX_P25 AC7 SER D 6 ? ARG D 10 ? SER D 6 ARG D 10 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU D 21 ? ASN D 39 ? GLU D 21 ASN D 39 1 ? 19 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO D 40 ? LEU D 52 ? PRO D 40 LEU D 52 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 SER D 56 ? ALA D 71 ? SER D 56 ALA D 71 1 ? 16 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU E 82 ? SER E 86 ? LEU E 82 SER E 86 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY E 100 ? GLY E 104 ? GLY E 100 GLY E 104 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 HIS E 148 ? ILE E 152 ? HIS E 148 ILE E 152 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU E 191 ? LEU E 196 ? GLU E 191 LEU E 196 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 GLN E 261 ? LEU E 269 ? GLN E 261 LEU E 269 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 AD7 THR E 406 ? LEU E 424 ? THR E 406 LEU E 424 1 ? 19 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY E 425 ? ASP E 430 ? GLY E 425 ASP E 430 5 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY E 436 ? LYS E 454 ? GLY E 436 LYS E 454 1 ? 19 HELX_P HELX_P37 AE1 TRP E 462 ? ASN E 478 ? TRP E 462 ASN E 478 1 ? 17 HELX_P HELX_P38 AE2 SER E 483 ? SER E 499 ? SER E 483 SER E 499 1 ? 17 HELX_P HELX_P39 AE3 SER F 6 ? ARG F 10 ? SER F 6 ARG F 10 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU F 21 ? ASN F 39 ? GLU F 21 ASN F 39 1 ? 19 HELX_P HELX_P41 AE5 PRO F 40 ? LEU F 52 ? PRO F 40 LEU F 52 1 ? 13 HELX_P HELX_P42 AE6 SER F 56 ? ALA F 71 ? SER F 56 ALA F 71 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 74 SG ? ? ? 1_555 A CYS 105 SG ? ? A CYS 74 A CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 92 SG ? ? ? 1_555 A CYS 116 SG ? ? A CYS 92 A CYS 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 74 SG ? ? ? 1_555 C CYS 105 SG ? ? C CYS 74 C CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? ? disulf4 disulf ? ? C CYS 92 SG ? ? ? 1_555 C CYS 116 SG ? ? C CYS 92 C CYS 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 74 SG ? ? ? 1_555 E CYS 105 SG ? ? E CYS 74 E CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? disulf6 disulf ? ? E CYS 92 SG ? ? ? 1_555 E CYS 116 SG ? ? E CYS 92 E CYS 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 154 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? C ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? C ASN 154 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.010 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? E ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? E ASN 154 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.078 ? N-Glycosylation covale4 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 ? ? covale5 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.385 ? ? covale6 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG G . ? 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PHENIX 1.10.1-2155 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? jspr 2015 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? jspr 2015 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? jspr 2015 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? jspr 2015 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 9606 _em_virus_natural_host.organism 'Homo sapiens' _em_virus_natural_host.strain ? # _em_virus_shell.id 1 _em_virus_shell.entity_assembly_id 1 _em_virus_shell.diameter 490 _em_virus_shell.name 'capsid shell' _em_virus_shell.triangulation 3 # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' R01AI073755 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' R01AI07633 2 # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 3 NAG 1 n 3 NAG 2 n # _atom_sites.entry_id 5IRE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_