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'ELECTRON MICROSCOPY' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 1 1 ? 0.00 0.05 ? ? A 53244 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 1 2 ? 0.00 0.05 ? ? B 53244 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 2 3 ? 0.00 0.05 ? ? A 53244 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 2 4 ? 0.00 0.05 ? ? C 53244 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 3 5 ? 0.00 0.05 ? ? A 53246 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 3 6 ? 0.00 0.05 ? ? D 53246 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 4 7 ? 0.00 0.05 ? ? B 53244 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 4 8 ? 0.00 0.05 ? ? C 53244 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 5 9 ? 0.00 0.05 ? ? B 53244 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 5 10 ? 0.00 0.05 ? ? D 53244 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 6 11 ? 0.00 0.05 ? ? C 53246 'interatomic distance' 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 6 12 ? 0.00 0.05 ? ? D 53246 'interatomic distance' # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 4.200 _refine_ls_shell.d_res_low 4.309 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 2688 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.447 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.R_factor_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 1 A 2 2 C 2 1 A 3 2 D 3 1 B 4 2 C 4 1 B 5 2 D 5 1 C 6 2 D 6 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 A 213 A 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 2 B 213 B 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 1 A 213 A 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 2 C 213 C 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 1 A 213 A 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 2 D 213 D 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 1 B 213 B 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? 2 C 213 C 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? 1 B 213 B 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 5 ? 2 D 213 D 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 5 ? 1 C 213 C 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 6 ? 2 D 213 D 702 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 6 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? # _struct.entry_id 5K47 _struct.title 'CryoEM structure of the human Polycystin-2/PKD2 TRP channel' _struct.pdbx_descriptor Polycystin-2 _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5K47 _struct_keywords.text ;ion channel, transient receptor potential channel, polycystic kidney disease, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, transport protein ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 30 ? MET A 59 ? ARG A 213 MET A 242 1 ? 30 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 62 ? LEU A 75 ? ASN A 245 LEU A 258 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 92 ? GLY A 102 ? SER A 275 GLY A 285 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 102 ? TYR A 109 ? GLY A 285 TYR A 292 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 151 ? ARG A 155 ? PRO A 334 ARG A 338 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR A 215 ? VAL A 230 ? THR A 398 VAL A 413 1 ? 16 HELX_P HELX_P7 AA7 THR A 284 ? HIS A 315 ? THR A 467 HIS A 498 1 ? 32 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 322 ? ARG A 345 ? SER A 505 ARG A 528 1 ? 24 HELX_P HELX_P9 AA9 VAL A 349 ? ASP A 358 ? VAL A 532 ASP A 541 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 AB1 PHE A 365 ? LEU A 390 ? PHE A 548 LEU A 573 1 ? 26 HELX_P HELX_P11 AB2 PHE A 391 ? ILE A 394 ? PHE A 574 ILE A 577 5 ? 4 HELX_P HELX_P12 AB3 ASN A 397 ? GLY A 437 ? ASN A 580 GLY A 620 1 ? 41 HELX_P HELX_P13 AB4 THR A 445 ? GLY A 459 ? THR A 628 GLY A 642 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN A 462 ? ASN A 470 ? ASN A 645 ASN A 653 1 ? 9 HELX_P HELX_P15 AB6 LEU A 473 ? PHE A 486 ? LEU A 656 PHE A 669 1 ? 14 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU A 489 ? ASP A 519 ? LEU A 672 ASP A 702 1 ? 31 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU B 31 ? MET B 59 ? GLU B 214 MET B 242 1 ? 29 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN B 62 ? LEU B 75 ? ASN B 245 LEU B 258 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 SER B 92 ? GLY B 102 ? SER B 275 GLY B 285 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY B 102 ? TYR B 109 ? GLY B 285 TYR B 292 1 ? 8 HELX_P HELX_P21 AC3 PRO B 151 ? ARG B 155 ? PRO B 334 ARG B 338 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 THR B 215 ? VAL B 230 ? THR B 398 VAL B 413 1 ? 16 HELX_P HELX_P23 AC5 THR B 284 ? HIS B 315 ? THR B 467 HIS B 498 1 ? 32 HELX_P HELX_P24 AC6 SER B 322 ? ARG B 345 ? SER B 505 ARG B 528 1 ? 24 HELX_P HELX_P25 AC7 VAL B 349 ? ASP B 358 ? VAL B 532 ASP B 541 1 ? 10 HELX_P HELX_P26 AC8 PHE B 365 ? LEU B 390 ? PHE B 548 LEU B 573 1 ? 26 HELX_P HELX_P27 AC9 PHE B 391 ? ILE B 394 ? PHE B 574 ILE B 577 5 ? 4 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN B 397 ? GLY B 437 ? ASN B 580 GLY B 620 1 ? 41 HELX_P HELX_P29 AD2 THR B 445 ? GLY B 459 ? THR B 628 GLY B 642 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN B 462 ? ASN B 470 ? ASN B 645 ASN B 653 1 ? 9 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU B 473 ? PHE B 486 ? LEU B 656 PHE B 669 1 ? 14 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU B 489 ? ASP B 519 ? 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ASN C 645 ASN C 653 1 ? 9 HELX_P HELX_P47 AF2 LEU C 473 ? PHE C 486 ? LEU C 656 PHE C 669 1 ? 14 HELX_P HELX_P48 AF3 LEU C 489 ? ASP C 519 ? LEU C 672 ASP C 702 1 ? 31 HELX_P HELX_P49 AF4 GLU D 31 ? MET D 59 ? GLU D 214 MET D 242 1 ? 29 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN D 62 ? LEU D 75 ? ASN D 245 LEU D 258 1 ? 14 HELX_P HELX_P51 AF6 SER D 92 ? GLY D 102 ? SER D 275 GLY D 285 1 ? 11 HELX_P HELX_P52 AF7 GLY D 102 ? TYR D 109 ? GLY D 285 TYR D 292 1 ? 8 HELX_P HELX_P53 AF8 PRO D 151 ? ARG D 155 ? PRO D 334 ARG D 338 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 AF9 THR D 215 ? VAL D 230 ? THR D 398 VAL D 413 1 ? 16 HELX_P HELX_P55 AG1 THR D 284 ? HIS D 315 ? THR D 467 HIS D 498 1 ? 32 HELX_P HELX_P56 AG2 SER D 322 ? ARG D 345 ? SER D 505 ARG D 528 1 ? 24 HELX_P HELX_P57 AG3 VAL D 349 ? ASP D 358 ? VAL D 532 ASP D 541 1 ? 10 HELX_P HELX_P58 AG4 PHE D 365 ? LEU D 390 ? PHE D 548 LEU D 573 1 ? 26 HELX_P HELX_P59 AG5 PHE D 391 ? ILE D 394 ? PHE D 574 ILE D 577 5 ? 4 HELX_P HELX_P60 AG6 ASN D 397 ? GLY D 437 ? 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LEU D 672 ASP D 702 1 ? 31 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? A ASN 145 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 328 A NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 179 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 362 A NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 192 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 375 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 145 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 328 B NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? B ASN 179 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 362 B NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 192 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? B ASN 375 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? C ASN 145 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 328 C NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? C ASN 179 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 362 C NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 192 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? C ASN 375 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? D ASN 145 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? D ASN 328 D NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? D ASN 179 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? D ASN 362 D NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 192 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? D ASN 375 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale13 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale14 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale15 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale16 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 PHE A 125 ? 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_software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name REFMAC _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 5.8.0135 _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 5K47 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details 'Model was built directly into map de novo' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5K47 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details 'Resolution determined by gold-standard FSC procedure as implemented in RELION' _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 19546 _em_3d_reconstruction.resolution 4.22 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? 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