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_pdbx_database_status.entry_id 5L3Q _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2016-05-24 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Wild, K.' 1 'Segnitz, B.' 2 'Sinning, I.' 3 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev J.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM JMOBAK _citation.journal_id_CSD 0070 _citation.journal_id_ISSN 1089-8638 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 428 _citation.language ? _citation.page_first 2880 _citation.page_last 2897 _citation.title 'Structural Basis for Conserved Regulation and Adaptation of the Signal Recognition Particle Targeting Complex.' _citation.year 2016 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.jmb.2016.05.015 _citation.pdbx_database_id_PubMed 27241309 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wild, K.' 1 ? primary 'Bange, G.' 2 ? primary 'Motiejunas, D.' 3 ? primary 'Kribelbauer, J.' 4 ? primary 'Hendricks, A.' 5 ? primary 'Segnitz, B.' 6 ? primary 'Wade, R.C.' 7 ? primary 'Sinning, I.' 8 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Signal recognition particle 54 kDa protein' 49130.633 2 ? ? ? 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_refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 8782 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 247 _refine_hist.number_atoms_solvent 129 _refine_hist.number_atoms_total 9158 _refine_hist.d_res_high 3.200 _refine_hist.d_res_low 76.335 # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.014 ? 9175 ? f_bond_d ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 1.263 ? 12456 ? f_angle_d ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 16.779 ? 3384 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.080 ? 1438 ? f_chiral_restr ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.005 ? 1550 ? f_plane_restr ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.wR_factor_all _refine_ls_shell.wR_factor_obs _refine_ls_shell.wR_factor_R_free _refine_ls_shell.wR_factor_R_work _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.pdbx_phase_error _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free 'X-RAY DIFFRACTION' 3.2001 3.2802 . . 143 2608 100.00 . . . 0.3094 . 0.2481 . . . . . . . . . . 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L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 5 ? P N N 6 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 7 ? W N N 3 ? X N N 3 ? Y N N 4 ? Z N N 5 ? AA N N 6 ? BA N N 8 ? CA N N 8 ? DA N N 8 ? EA N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SRP54_HUMAN P61011 ? 1 ;MVLADLGRKITSALRSLSNATIINEEVLNAMLKEVCTALLEADVNIKLVKQLRENVKSAIDLEEMASGLNKRKMIQHAVF KELVKLVDPGVKAWTPTKGKQNVIMFVGLQGSGKTTTCSKLAYYYQRKGWKTCLICADTFRAGAFDQLKQNATKARIPFY GSYTEMDPVIIASEGVEKFKNENFEIIIVDTSGRHKQEDSLFEEMLQVANAIQPDNIVYVMDASIGQACEAQAKAFKDKV DVASVIVTKLDGHAKGGGALSAVAATKSPIIFIGTGEHIDDFEPFKTQPFISKLLGMGDIEGLIDKVNELKLDDNEALIE KLKHGQFTLRDMYEQFQNIMKMGPFSQILGMIPGFGTDFMSKGNEQESMARLKKLMTIMDSMNDQELDSTDGAKVFSKQP GRIQRVARGSGVSTRDVQELLTQYTKFAQMVKKMGG ; 1 2 UNP SRPRA_HUMAN P08240 ? 2 ;MLDFFTIFSKGGLVLWCFQGVSDSCTGPVNALIRSVLLQERGGNNSFTHEALTLKYKLDNQFELVFVVGFQKILTLTYVD KLIDDVHRLFRDKYRTEIQQQSALSLLNGTFDFQNDFLRLLREAEESSKIRAPTTMKKFEDSEKAKKPVRSMIETRGEKP KEKAKNSKKKGAKKEGSDGPLATSKPVPAEKSGLPVGPENGVELSKEELIRRKREEFIQKHGRGMEKSNKSTKSDAPKEK GKKAPRVWELGGCANKEVLDYSTPTTNGTPEAALSEDINLIRGTGSGGQLQDLDCSSSDDEGAAQNSTKPSATKGTLGGM FGMLKGLVGSKSLSREDMESVLDKMRDHLIAKNVAADIAVQLCESVANKLEGKVMGTFSTVTSTVKQALQESLVQILQPQ RRVDMLRDIMDAQRRQRPYVVTFCGVNGVGKSTNLAKISFWLLENGFSVLIAACDTFRAGAVEQLRTHTRRLSALHPPEK HGGRTMVQLFEKGYGKDAAGIAMEAIAFARNQGFDVVLVDTAGRMQDNAPLMTALAKLITVNTPDLVLFVGEALVGNEAV DQLVKFNRALADHSMAQTPRLIDGIVLTKFDTIDDKVGAAISMTYITSKPIVFVGTGQTYCDLRSLNAKAVVAALMKA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5L3Q A 7 ? 442 ? P61011 1 ? 436 ? 1 436 2 2 5L3Q B 1 ? 638 ? P08240 1 ? 638 ? 1 638 3 1 5L3Q C 7 ? 442 ? P61011 1 ? 436 ? 1 436 4 2 5L3Q D 1 ? 638 ? P08240 1 ? 638 ? 1 638 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 5L3Q HIS A 1 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -5 1 1 5L3Q HIS A 2 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -4 2 1 5L3Q HIS A 3 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -3 3 1 5L3Q HIS A 4 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -2 4 1 5L3Q HIS A 5 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -1 5 1 5L3Q HIS A 6 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' 0 6 3 5L3Q HIS C 1 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -5 7 3 5L3Q HIS C 2 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -4 8 3 5L3Q HIS C 3 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -3 9 3 5L3Q HIS C 4 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -2 10 3 5L3Q HIS C 5 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' -1 11 3 5L3Q HIS C 6 ? UNP P61011 ? ? 'expression tag' 0 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 7360 ? 1 MORE -101 ? 1 'SSA (A^2)' 23590 ? 2 'ABSA (A^2)' 7160 ? 2 MORE -84 ? 2 'SSA (A^2)' 23660 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,BA,CA 2 1 C,D,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,DA,EA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 30 ? ALA A 48 ? ASN A 24 ALA A 42 1 ? 19 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 51 ? ALA A 65 ? ASN A 45 ALA A 59 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 77 ? ILE A 81 ? LYS A 71 ILE A 75 1 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 ILE A 81 ? ASP A 94 ? ILE A 75 ASP A 88 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 119 ? LYS A 134 ? GLY A 113 LYS A 128 1 ? 16 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 149 ? ALA A 161 ? GLY A 143 ALA A 155 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 173 ? ASN A 187 ? ASP A 167 ASN A 181 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 AA8 GLU A 204 ? GLN A 219 ? GLU A 198 GLN A 213 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 AA9 ALA A 234 ? VAL A 246 ? ALA A 228 VAL A 240 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 263 ? LYS A 273 ? GLY A 257 LYS A 267 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 LYS A 292 ? GLY A 302 ? LYS A 286 GLY A 296 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 AB3 SER B 334 ? LYS B 352 ? SER B 334 LYS B 352 1 ? 19 HELX_P HELX_P13 AB4 ALA B 355 ? GLU B 371 ? ALA B 355 GLU B 371 1 ? 17 HELX_P HELX_P14 AB5 THR B 380 ? GLN B 398 ? THR B 380 GLN B 398 1 ? 19 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP B 404 ? ARG B 415 ? ASP B 404 ARG B 415 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY B 430 ? ASN B 445 ? GLY B 430 ASN B 445 1 ? 16 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY B 460 ? HIS B 476 ? GLY B 460 HIS B 476 1 ? 17 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO B 477 ? HIS B 481 ? PRO B 477 HIS B 481 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP B 497 ? GLY B 513 ? ASP B 497 GLY B 513 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN B 528 ? THR B 543 ? ASN B 528 THR B 543 1 ? 16 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN B 557 ? HIS B 573 ? ASN B 557 HIS B 573 1 ? 17 HELX_P HELX_P22 AC4 LYS B 589 ? ILE B 593 ? LYS B 589 ILE B 593 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 GLY B 598 ? THR B 607 ? GLY B 598 THR B 607 1 ? 10 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN B 627 ? ALA B 638 ? ASN B 627 ALA B 638 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 GLU C 31 ? GLU C 47 ? GLU C 25 GLU C 41 1 ? 17 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN C 51 ? ALA C 65 ? ASN C 45 ALA C 59 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 AC9 LYS C 79 ? ASP C 94 ? LYS C 73 ASP C 88 1 ? 16 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY C 119 ? LYS C 134 ? GLY C 113 LYS C 128 1 ? 16 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY C 149 ? ALA C 161 ? 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ASN D 528 THR D 543 1 ? 16 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN D 557 ? HIS D 573 ? ASN D 557 HIS D 573 1 ? 17 HELX_P HELX_P45 AE9 LYS D 589 ? ILE D 593 ? LYS D 589 ILE D 593 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 GLY D 598 ? THR D 607 ? GLY D 598 THR D 607 1 ? 10 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN D 627 ? LYS D 637 ? 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