data_5L9U # _entry.id 5L9U # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.315 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 5L9U WWPDB D_1200000261 # _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' _pdbx_database_related.db_id EMD-3432 _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details . # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 5L9U _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2016-06-11 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Brown, N.G.' 1 'VanderLinden, R.' 2 'Dube, P.' 3 'Haselbach, D.' 4 'Peters, J.M.' 5 'Stark, H.' 6 'Schulman, B.A.' 7 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Cell _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1097-4172 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 165 _citation.language ? _citation.page_first 1440 _citation.page_last 1453 _citation.title 'Dual RING E3 Architectures Regulate Multiubiquitination and Ubiquitin Chain Elongation by APC/C.' _citation.year 2016 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.cell.2016.05.037 _citation.pdbx_database_id_PubMed 27259151 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Brown, N.G.' 1 ? primary 'VanderLinden, R.' 2 ? primary 'Watson, E.R.' 3 ? primary 'Weissmann, F.' 4 ? primary 'Ordureau, A.' 5 ? primary 'Wu, K.P.' 6 ? primary 'Zhang, W.' 7 ? primary 'Yu, S.' 8 ? primary 'Mercredi, P.Y.' 9 ? primary 'Harrison, J.S.' 10 ? primary 'Davidson, I.F.' 11 ? primary 'Qiao, R.' 12 ? primary 'Lu, Y.' 13 ? primary 'Dube, P.' 14 ? primary 'Brunner, M.R.' 15 ? primary 'Grace, C.R.' 16 ? primary 'Miller, D.J.' 17 ? primary 'Haselbach, D.' 18 ? primary 'Jarvis, M.A.' 19 ? primary 'Yamaguchi, M.' 20 ? primary 'Yanishevski, D.' 21 ? primary 'Petzold, G.' 22 ? primary 'Sidhu, S.S.' 23 ? primary 'Kuhlman, B.' 24 ? primary 'Kirschner, M.W.' 25 ? primary 'Harper, J.W.' 26 ? primary 'Peters, J.M.' 27 ? primary 'Stark, H.' 28 ? primary 'Schulman, B.A.' 29 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 1' 216725.469 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 11' 9854.647 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Cell division cycle protein 23 homolog' 68921.031 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 15' 14286.727 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 16' 11677.995 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'Cell division cycle protein 27 homolog' 91973.125 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit CDC26' 9793.999 2 ? ? ? ? 8 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 4' 93207.328 1 ? ? ? 'Construct contains the remnant of PreScission Protease site at C-terminus.' 9 polymer man 'Cell division cycle protein 16 homolog' 71747.516 2 ? ? ? ? 10 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 10' 21282.143 1 ? ? ? ? 11 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 13' 8528.309 1 ? ? ? ? 12 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 2' 93938.977 1 ? ? ? ? 13 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 5' 85179.766 1 ? ? ? ? 14 polymer man 'Fizzy-related protein homolog' 54838.688 1 ? ? ? ? 15 polymer man 'Hsl1(substrate)_peptide-Ubiquitin_variant fusion' 17057.281 1 2.7.11.1 K788C,K788C,K788C ? ;This construct comprises 768-842 of HSL1 with an N-terminal Gemini-IM motif and linker and a C-terminal UB variant (CHAIN V). K788C of this construct is cross-linked to UBE2C C115 (CHAIN U) and to UbG75C (not visible) via TMEA. ; 16 polymer man 'Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C' 20768.289 1 2.3.2.23,2.3.2.24 C102A ? ? 17 polymer man 'Anaphase-promoting complex subunit 7' 63204.020 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'APC1,Cyclosome subunit 1,Mitotic checkpoint regulator,Testis-specific gene 24 protein' 2 'APC11,Cyclosome subunit 11,Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein' 3 'Anaphase-promoting complex subunit 8,APC8,Cyclosome subunit 8' 4 APC15 5 'APC16,Cyclosome subunit 16' 6 'Anaphase-promoting complex subunit 3,APC3,CDC27 homolog,CDC27Hs,H-NUC' 7 'Anaphase-promoting complex subunit 12,APC12,Cell division cycle protein 26 homolog' 8 'APC4,Cyclosome subunit 4' 9 'Anaphase-promoting complex subunit 6,APC6,CDC16 homolog,CDC16Hs,Cyclosome subunit 6' 10 'APC10,Cyclosome subunit 10' 11 'APC13,Cyclosome subunit 13' 12 'APC2,Cyclosome subunit 2' 13 'APC5,Cyclosome subunit 5' 14 'Fzr,CDC20-like protein 1,Cdh1/Hct1 homolog,hCDH1' 16 ;(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme C,E2 ubiquitin-conjugating enzyme C,UbcH10,Ubiquitin carrier protein C,Ubiquitin-protein ligase C ; 17 'APC7,Cyclosome subunit 7' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSNFYEERTTMIAARDLQEFVPFGRDHCKHHPNALNLQLRQLQPASELWSSDGAAGLVGSLQEVTIHEKQKESWQLRKGV SEIGEDVDYDEELYVAGNMVIWSKGSKSQALAVYKAFTVDSPVQQALWCDFIISQDKSEKAYSSNEVEKCICILQSSCIN MHSIEGKDYIASLPFQVANVWPTKYGLLFERSASSHEVPPGSPREPLPTMFSMLHPLDEITPLVCKSGSLFGSSRVQYVV DHAMKIVFLNTDPSIVMTYDAVQNVHSVWTLRRVKSEEENVVLKFSEQGGTPQNVATSSSLTAHLRSLSKGDSPVTSPFQ NYSSIHSQSRSTSSPSLHSRSPSISNMAALSRAHSPALGVHSFSGVQRFNISSHNQSPKRHSISHSPNSNSNGSFLAPET 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EPIVPELCIDHLWTETITNIREKNSQASKVFITSDLCGQKFLCFLVESQLQLRCVKFQESNDKTQLIFGSVTNIPAKDAA PVEKIDTMLVLEGSGNLVLYTGVVRVGKVFIPGLPAPSLTMSNTMPRPSTPLDGVSTPKPLSKLLGSLDEVVLLSPVPEL RDSSKLHDSLYNEDCTFQQLGTYIHSIRDPVHNRVTLELSNGSMVRITIPEIATSELVQTCLQAIKFILPKEIAVQMLVK WYNVHSAPGGPSYHSEWNLFVTCLMNMMGYNTDRLAWTRNFDFEGSLSPVIAPKKARPSETGSDDDWEYLLNSDYHQNVE SHLLNRSLCLSPSEASQMKDEDFSQNLSLDSSTLLFTHIPAIFFVLHLVYEELKLNTLMGEGICSLVELLVQLARDLKLG PYVDHYYRDYPTLVRTTGQVCTIDPGQTGFMHHPSFFTSEPPSIYQWVSSCLKGEGMPPYPYLPGICERSRLVVLSIALY ILGDESLVSDESSQYLTRITIAPQKLQVEQEENRFSFRHSTSVSSLAERLVVWMTNVGFTLRDLETLPFGIALPIRDAIY HCREQPASDWPEAVCLLIGRQDLSKQACEGNLPKGKSVLSSDVPSGTETEEEDDGMNDMNHEVMSLIWSEDLRVQDVRRL LQSAHPVRVNVVQYPELSDHEFIEEKENRLLQLCQRTMALPVGRGMFTLFSYHPVPTEPLPIPKLNLTGRAPPRNTTVDL NSGNIDVPPNMTSWASFHNGVAAGLKIAPASQIDSAWIVYNKPKHAELANEYAGFLMALGLNGHLTKLATLNIHDYLTKG HEMTSIGLLLGVSAAKLGTMDMSITRLLSIHIPALLPPTSTELDVPHNVQVAAVVGIGLVYQGTAHRHTAEVLLAEIGRP PGPEMEYCTDRESYSLAAGLALGMVCLGHGSNLIGMSDLNVPEQLYQYMVGGHRRFQTGMHREKHKSPSYQIKEGDTINV DVTCPGATLALAMIYLKTNNRSIADWLRAPDTMYLLDFVKPEFLLLRTLARCLILWDDILPNSKWVDSNVPQIIRENSIS LSEIELPCSEDLNLETLSQAHVYIIAGACLSLGFRFAGSENLSAFNCLHKFAKDFMTYLSAPNASVTGPHNLETCLSVVL LSLAMVMAGSGNLKVLQLCRFLHMKTGGEMNYGFHLAHHMALGLLFLGGGRYSLSTSNSSIAALLCALYPHFPAHSTDNR YHLQALRHLYVLAAEPRLLVPVDVDTNTPCYALLEVTYKGTQWYEQTKEELMAPTLLPELHLLKQIKVKGPRYWELLIDL SKGTQHLKSILSKDGVLYVKLRAGQLSYKEDPMGWQSLLAQTVANRNSEARAFKPETISAFTSDPALLSFAEYFCKPTVN MGQKQEILDLFSSVLYECVTQETPEMLPAYIAMDQAIRRLGRREMSETSELWQIKLVLEFFSSRSHQERLQNHPKRGLFM NSEFLPVVKCTIDNTLDQWLQVGGDMCVHAYLSGQPLEESQLSMLACFLVYHSVPAPQHLPPIGLEGSTSFAELLFKFKQ LKMPVRALLRLAPLLLGNPQPMVM ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MKVKIKCWNGVATWLWVANDENCGICRMAFNGCCPDCKVPGDDCPLVWGQCSHCFHMHCILKWLHAQQVQQHCPMCRQEW KFKE ; ;MKVKIKCWNGVATWLWVANDENCGICRMAFNGCCPDCKVPGDDCPLVWGQCSHCFHMHCILKWLHAQQVQQHCPMCRQEW KFKE ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MAASTSMVPVAVTAAVAPVLSINSDFSDLREIKKQLLLIAGLTRERGLLHSSKWSAELAFSLPALPLAELQPPPPITEED AQDMDAYTLAKAYFDVKEYDRAAHFLHGCNSKKAYFLYMYSRYLSGEKKKDDETVDSLGPLEKGQVKNEALRELRVELSK KHQARELDGFGLYLYGVVLRKLDLVKEAIDVFVEATHVLPLHWGAWLELCNLITDKEMLKFLSLPDTWMKEFFLAHIYTE LQLIEEALQKYQNLIDVGFSKSSYIVSQIAVAYHNIRDIDKALSIFNELRKQDPYRIENMDTFSNLLYVRSMKSELSYLA HNLCEIDKYRVETCCVIGNYYSLRSQHEKAALYFQRALKLNPRYLGAWTLMGHEYMEMKNTSAAIQAYRHAIEVNKRDYR AWYGLGQTYEILKMPFYCLYYYRRAHQLRPNDSRMLVALGECYEKLNQLVEAKKCYWRAYAVGDVEKMALVKLAKLHEQL TESEQAAQCYIKYIQDIYSCGEIVEHLEESTAFRYLAQYYFKCKLWDEASTCAQKCCAFNDTREEGKALLRQILQLRNQG ETPTTEVPAPFFLPASLSANNTPTRRVSPLNLSSVTP ; ;MAASTSMVPVAVTAAVAPVLSINSDFSDLREIKKQLLLIAGLTRERGLLHSSKWSAELAFSLPALPLAELQPPPPITEED AQDMDAYTLAKAYFDVKEYDRAAHFLHGCNSKKAYFLYMYSRYLSGEKKKDDETVDSLGPLEKGQVKNEALRELRVELSK KHQARELDGFGLYLYGVVLRKLDLVKEAIDVFVEATHVLPLHWGAWLELCNLITDKEMLKFLSLPDTWMKEFFLAHIYTE LQLIEEALQKYQNLIDVGFSKSSYIVSQIAVAYHNIRDIDKALSIFNELRKQDPYRIENMDTFSNLLYVRSMKSELSYLA HNLCEIDKYRVETCCVIGNYYSLRSQHEKAALYFQRALKLNPRYLGAWTLMGHEYMEMKNTSAAIQAYRHAIEVNKRDYR AWYGLGQTYEILKMPFYCLYYYRRAHQLRPNDSRMLVALGECYEKLNQLVEAKKCYWRAYAVGDVEKMALVKLAKLHEQL TESEQAAQCYIKYIQDIYSCGEIVEHLEESTAFRYLAQYYFKCKLWDEASTCAQKCCAFNDTREEGKALLRQILQLRNQG ETPTTEVPAPFFLPASLSANNTPTRRVSPLNLSSVTP ; C,P ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSTLFPSLFPRVTETLWFNLDRPCVEETELQQQEQQHQAWLQSIAEKDNNLVPIGKPASEHYDDEEEEDDEDDEDSEEDS EDDEDMQDMDEMNDYNESPDDGEVNEVDMEGNEQDQDQWMI ; ;MSTLFPSLFPRVTETLWFNLDRPCVEETELQQQEQQHQAWLQSIAEKDNNLVPIGKPASEHYDDEEEEDDEDDEDSEEDS EDDEDMQDMDEMNDYNESPDDGEVNEVDMEGNEQDQDQWMI ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MAASSSSSSAGGVSGSSVTGSGFSVSDLAPPRKALFTYPKGAGEMLEDGSERFLCESVFSYQVASTLKQVKHDQQVARME KLAGLVEELEADEWRFKPIEQLLGFTPSSG ; ;MAASSSSSSAGGVSGSSVTGSGFSVSDLAPPRKALFTYPKGAGEMLEDGSERFLCESVFSYQVASTLKQVKHDQQVARME KLAGLVEELEADEWRFKPIEQLLGFTPSSG ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTVLQEPVQAAIWQALNHYAYRDAVFLAERLYAEVHSEEALFLLATCYYRSGKAYKAYRLLKGHSCTTPQCKYLLAKCCV DLSKLAEGEQILSGGVFNKQKSHDDIVTEFGDSACFTLSLLGHVYCKTDRLAKGSECYQKSLSLNPFLWSPFESLCEIGE KPDPDQTFKFTSLQNFSNCLPNSCTTQVPNHSLSHRQPETVLTETPQDTIELNRLNLESSNSKYSLNTDSSVSYIDSAVI 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ADYKSDESYTPSKISVRVGNNFHNLQEIRQLELVEPSGWIHVPLTDNHKKPTRTFMIQIAVLANHQNGRDTHMRQIKIYT PVEESSIGKFPRCTTIDFMMYRSIR ; L ? 11 'polypeptide(L)' no no MDSEVQRDGRILDLIDDAWREDKLPYEDVAIPLNELPEPEQDNGGTTESVKEQEMKWTDLALQYLHENVPPIGN MDSEVQRDGRILDLIDDAWREDKLPYEDVAIPLNELPEPEQDNGGTTESVKEQEMKWTDLALQYLHENVPPIGN M ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MAAAVVVAEGDSDSRPGQELLVAWNTVSTGLVPPAALGLVSSRTSGAVPPKEEELRAAVEVLRGHGLHSVLEEWFVEVLQ NDLQANISPEFWNAISQCENSADEPQCLLLLLDAFGLLESRLDPYLRSLELLEKWTRLGLLMGTGAQGLREEVHTMLRGV LFFSTPRTFQEMIQRLYGCFLRVYMQSKRKGEGGTDPELEGELDSRYARRRYYRLLQSPLCAGCSSDKQQCWCRQALEQF HQLSQVLHRLSLLERVSAEAVTTTLHQVTRERMEDRCRGEYERSFLREFHKWIERVVGWLGKVFLQDGPARPASPEAGNT LRRWRCHVQRFFYRIYASLRIEELFSIVRDFPDSRPAIEDLKYCLERTDQRQQLLVSLKAALETRLLHPGVNTCDIITLY ISAIKALRVLDPSMVILEVACEPIRRYLRTREDTVRQIVAGLTGDSDGTGDLAVELSKTDPASLETGQDSEDDSGEPEDW VPDPVDADPGKSSSKRRSSDIISLLVSIYGSKDLFINEYRSLLADRLLHQFSFSPEREIRNVELLKLRFGEAPMHFCEVM LKDMADSRRINANIREEDEKRPAEEQPPFGVYAVILSSEFWPPFKDEKLEVPEDIRAALEAYCKKYEQLKAMRTLSWKHT 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1 15 ARG n 1 16 ASP n 1 17 LEU n 1 18 GLN n 1 19 GLU n 1 20 PHE n 1 21 VAL n 1 22 PRO n 1 23 PHE n 1 24 GLY n 1 25 ARG n 1 26 ASP n 1 27 HIS n 1 28 CYS n 1 29 LYS n 1 30 HIS n 1 31 HIS n 1 32 PRO n 1 33 ASN n 1 34 ALA n 1 35 LEU n 1 36 ASN n 1 37 LEU n 1 38 GLN n 1 39 LEU n 1 40 ARG n 1 41 GLN n 1 42 LEU n 1 43 GLN n 1 44 PRO n 1 45 ALA n 1 46 SER n 1 47 GLU n 1 48 LEU n 1 49 TRP n 1 50 SER n 1 51 SER n 1 52 ASP n 1 53 GLY n 1 54 ALA n 1 55 ALA n 1 56 GLY n 1 57 LEU n 1 58 VAL n 1 59 GLY n 1 60 SER n 1 61 LEU n 1 62 GLN n 1 63 GLU n 1 64 VAL n 1 65 THR n 1 66 ILE n 1 67 HIS n 1 68 GLU n 1 69 LYS n 1 70 GLN n 1 71 LYS n 1 72 GLU n 1 73 SER n 1 74 TRP n 1 75 GLN n 1 76 LEU n 1 77 ARG n 1 78 LYS n 1 79 GLY n 1 80 VAL n 1 81 SER n 1 82 GLU n 1 83 ILE n 1 84 GLY n 1 85 GLU n 1 86 ASP n 1 87 VAL n 1 88 ASP n 1 89 TYR n 1 90 ASP n 1 91 GLU n 1 92 GLU n 1 93 LEU n 1 94 TYR n 1 95 VAL n 1 96 ALA n 1 97 GLY n 1 98 ASN n 1 99 MET n 1 100 VAL n 1 101 ILE n 1 102 TRP n 1 103 SER n 1 104 LYS n 1 105 GLY n 1 106 SER n 1 107 LYS n 1 108 SER n 1 109 GLN n 1 110 ALA n 1 111 LEU n 1 112 ALA n 1 113 VAL n 1 114 TYR n 1 115 LYS n 1 116 ALA n 1 117 PHE n 1 118 THR n 1 119 VAL n 1 120 ASP n 1 121 SER n 1 122 PRO n 1 123 VAL n 1 124 GLN n 1 125 GLN n 1 126 ALA n 1 127 LEU n 1 128 TRP n 1 129 CYS n 1 130 ASP n 1 131 PHE n 1 132 ILE n 1 133 ILE n 1 134 SER n 1 135 GLN n 1 136 ASP n 1 137 LYS n 1 138 SER n 1 139 GLU n 1 140 LYS n 1 141 ALA n 1 142 TYR n 1 143 SER n 1 144 SER n 1 145 ASN n 1 146 GLU n 1 147 VAL n 1 148 GLU n 1 149 LYS n 1 150 CYS n 1 151 ILE n 1 152 CYS n 1 153 ILE n 1 154 LEU n 1 155 GLN n 1 156 SER n 1 157 SER n 1 158 CYS n 1 159 ILE n 1 160 ASN n 1 161 MET n 1 162 HIS n 1 163 SER n 1 164 ILE n 1 165 GLU n 1 166 GLY n 1 167 LYS n 1 168 ASP n 1 169 TYR n 1 170 ILE n 1 171 ALA n 1 172 SER n 1 173 LEU n 1 174 PRO n 1 175 PHE n 1 176 GLN n 1 177 VAL n 1 178 ALA n 1 179 ASN n 1 180 VAL n 1 181 TRP n 1 182 PRO n 1 183 THR n 1 184 LYS n 1 185 TYR n 1 186 GLY n 1 187 LEU n 1 188 LEU 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13 ;MASVHESLYFNPMMTNGVVHANVFGIKDWVTPYKIAVLVLLNEMSRTGEGAVSLMERRRLNQLLLPLLQGPDITLSKLYK LIEESCPQLANSVQIRIKLMAEGELKDMEQFFDDLSDSFSGTEPEVHKTSVVGLFLRHMILAYSKLSFSQVFKLYTALQQ YFQNGEKKTVEDADMELTSRDEGERKMEKEELDVSVREEEVSCSGPLSQKQAEFFLSQQASLLKNDETKALTPASLQKEL NNLLKFNPDFAEAHYLSYLNNLRVQDVFSSTHSLLHYFDRLILTGAESKSNGEEGYGRSLRYAALNLAALHCRFGHYQQA ELALQEAIRIAQESNDHVCLQHCLSWLYVLGQKRSDSYVLLEHSVKKAVHFGLPYLASLGIQSLVQQRAFAGKTANKLMD ALKDSDLLHWKHSLSELIDISIAQKTAIWRLYGRSTMALQQAQMLLSMNSLEAVNAGVQQNNTESFAVALCHLAELHAEQ GCFAAASEVLKHLKERFPPNSQHAQLWMLCDQKIQFDRAMNDGKYHLADSLVTGITALNSIEGVYRKAVVLQAQNQMSEA HKLLQKLLVHCQKLKNTEMVISVLLSVAELYWRSSSPTIALPMLLQALALSKEYRLQYLASETVLNLAFAQLILGIPEQA LSLLHMAIEPILADGAILDKGRAMFLVAKCQVASAASYDQPKKAEALEAAIENLNEAKNYFAKVDCKERIRDVVYFQARL YHTLGKTQERNRCAMLFRQLHQELPSHGVPLINHL ; 1 14 UNP FZR_HUMAN Q9UM11 Q9UM11-2 14 ;MDQDYERRLLRQIVIQNENTMPRVTEMRRTLTPASSPVSSPSKHGDRFIPSRAGANWSVNFHRINENEKSPSQNRKAKDA TSDNGKDGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPSTPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKL LRSPRKPTRKISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSERRLQGHRQEVCGLK WSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGS QVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTK ESVSVLNLFTRIR ; 1 15 PDB 5L9U 5L9U ? 15 ? 1 16 UNP HSL1_YEAST P34244 ? 15 ISGVSTNKENEGPEYPTKIEKNQFNMSYKPSENMSGLSSFPIFEKENTLSSSYLEEQKPKRAALSDITNSFNKMN 768 17 UNP UBC_RAT Q63429 ? 15 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGMQ 1 18 UNP UBE2C_HUMAN O00762 ? 16 ;MASQNRDPAATSVAAARKGAEPSGGAARGPVGKRLQQELMTLMMSGDKGISAFPESDNLFKWVGTIHGAAGTVYEDLRYK LSLEFPSGYPYNAPTVKFLTPCYHPNVDTQGNICLDILKEKWSALYDVRTILLSIQSLLGEPNIDSPLNTHAAELWKNPT AFKKYLQETYSKQVTSQEP ; 1 19 UNP APC7_HUMAN Q9UJX3 ? 17 ;MNVIDHVRDMAAAGLHSNVRLLSSLLLTMSNNNPELFSPPQKYQLLVYHADSLFHDKEYRNAVSKYTMALQQKKALSKTS KVRPSTGNSASTPQSQCLPSEIEVKYKMAECYTMLKQDKDAIAILDGIPSRQRTPKINMMLANLYKKAGQERPSVTSYKE VLRQCPLALDAILGLLSLSVKGAEVASMTMNVIQTVPNLDWLSVWIKAYAFVHTGDNSRAISTICSLEKKSLLRDNVDLL GSLADLYFRAGDNKNSVLKFEQAQMLDPYLIKGMDVYGYLLAREGRLEDVENLGCRLFNISDQHAEPWVVSGCHSFYSKR YSRALYLGAKAIQLNSNSVQALLLKGAALRNMGRVQEAIIHFREAIRLAPCRLDCYEGLIECYLASNSIREAMVMANNVY KTLGANAQTLTLLATVCLEDPVTQEKAKTLLDKALTQRPDYIKAVVKKAELLSREQKYEDGIALLRNALANQSDCVLHRI LGDFLVAVNEYQEAMDQYSIALSLDPNDQKSLEGMQKMEKEESPTDATQEEDVDDMEGSGEEGDLEGSDSEAAQWADQEQ WFGMQ ; 35 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5L9U A 1 ? 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UNP Q63429 GLN 49 'engineered mutation' 901 67 20 5L9U LYS S 143 ? UNP Q63429 GLU 64 'engineered mutation' 916 68 20 5L9U SER S 145 ? UNP Q63429 THR 66 'engineered mutation' 918 69 20 5L9U LEU S 147 ? UNP Q63429 HIS 68 'engineered mutation' 920 70 20 5L9U ALA S 149 ? UNP Q63429 VAL 70 'engineered mutation' 922 71 20 5L9U MET S 150 ? UNP Q63429 LEU 71 'engineered mutation' 923 72 20 5L9U VAL S 152 ? UNP Q63429 LEU 73 'engineered mutation' 925 73 20 5L9U PRO S 153 ? UNP Q63429 ARG 74 'engineered mutation' 926 74 20 5L9U LYS S 155 ? UNP Q63429 GLY 76 'engineered mutation' 928 75 20 5L9U LYS S 157 ? UNP Q63429 GLN 78 'engineered mutation' 930 76 21 5L9U SEC U 1 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' -1 77 21 5L9U ASX U 2 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' 0 78 21 5L9U ALA U 104 ? UNP O00762 CYS 102 'engineered mutation' 102 79 21 5L9U TRP U 182 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' 180 80 21 5L9U SER U 183 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' 181 81 21 5L9U HIS U 184 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' 182 82 21 5L9U PRO U 185 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' 183 83 21 5L9U GLN U 186 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' 184 84 21 5L9U GLU U 187 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' 185 85 21 5L9U LYS U 188 ? UNP O00762 ? ? 'expression tag' 186 86 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ASX 'L-peptide linking' y 'ASP/ASN AMBIGUOUS' ? 'C4 H6 N O2 X2' 100.096 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SEC 'L-peptide linking' y SELENOCYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 Se' 168.053 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5L9U _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5L9U _struct.title ;Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) with a cross linked Ubiquitin variant-substrate-UBE2C (UBCH10) complex representing key features of multiubiquitination ; _struct.pdbx_descriptor ;Anaphase-promoting complex subunit 1, Anaphase-promoting complex subunit 11, Cell division cycle protein 23 homolog, Anaphase-promoting complex subunit 15, Anaphase-promoting complex subunit 16, Cell division cycle protein 27 homolog, Anaphase-promoting complex subunit CDC26, Anaphase-promoting complex subunit 4, Cell division cycle protein 16 homolog, Anaphase-promoting complex subunit 10, Anaphase-promoting complex subunit 13, Anaphase-promoting complex subunit 2, Anaphase-promoting complex subunit 5, Fizzy-related protein homolog, HSL1 peptide, Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C (E.C.2.3.2.23,2.3.2.24), Anaphase-promoting complex subunit 7 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5L9U _struct_keywords.text 'ubiquitination, multi-protein complex, cell division, signaling protein' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 6 ? I N N 8 ? J N N 9 ? K N N 9 ? L N N 10 ? M N N 11 ? N N N 12 ? O N N 13 ? P N N 3 ? Q N N 14 ? R N N 15 ? S N N 16 ? T N N 7 ? U N N 17 ? V N N 17 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 PHE A 23 ? HIS A 30 ? PHE A 23 HIS A 30 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 2 GLU A 616 ? ILE A 628 ? GLU A 616 ILE A 628 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 3 GLU A 632 ? SER A 646 ? 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