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This pre-mRNA is added to a yeast splicing extract and the first step of splicing yields the 5' exon and the lariat intron-3' exon intermediate, which both remain associated with the spliceosome. ; 3 polymer nat 'Intron of UBC4 pre-mRNA' 24109.115 1 ? ? ? ;This RNA was produced from an in vitro transcribed yeast UBC4 pre-mRNA with two stem-loops added at the 5' end for binding by the MS2 bacteriophage coat protein. This pre-mRNA is added to a yeast splicing extract and the first step of splicing yields the 5' exon and the lariat intron-3' exon intermediate (this RNA), which both remain associated with the spliceosome. ; 4 polymer nat 'U2 snRNA (small nuclear RNA)' 376267.406 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'U6 snRNA (small nuclear RNA)' 35883.176 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing factor 8' 279867.469 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Protein CWC16' 32371.086 1 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing factor CWC25' 20412.477 1 ? ? ? ? 9 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing factor SNU114' 114174.008 1 ? ? ? ? 10 polymer nat ISY1 28120.896 1 ? ? ? ? 11 polymer nat CWC22 69118.984 1 ? ? ? ? 12 polymer nat PRP46 50801.316 1 ? ? ? ? 13 polymer nat 'Pre-mRNA-processing protein 45' 42548.727 1 ? ? ? ? 14 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing factor BUD31' 18484.502 1 ? ? ? ? 15 polymer nat CWC2 38458.508 1 ? ? ? ? 16 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing factor SLT11' 40988.590 1 ? ? ? ? 17 polymer nat CEF1 67819.789 1 ? ? ? ? 18 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_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polyribonucleotide no no ;AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACG AACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCU UGCCAUAUUUUUUGGAACU ; ;AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACG AACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCU UGCCAUAUUUUUUGGAACU ; U ? 2 polyribonucleotide no no UAAGUGAUCUAGAAAG UAAGUGAUCUAGAAAG E ? 3 polyribonucleotide no no GUAUGUCUAAAGUUAUGGCCACGUUUCAAAUGCGUGCUUUUUUUUUAAAACUUAUGCUCUUAUUUACUAACAAAAU GUAUGUCUAAAGUUAUGGCCACGUUUCAAAUGCGUGCUUUUUUUUUAAAACUUAUGCUCUUAUUUACUAACAAAAU I ? 4 polyribonucleotide no no ;ACGAAUCUCUUUGCCUUUUGGCUUAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUUUCAGUGUAACAACUGAAAUGACCUCAAUGAG GCUCAUUACCUUUUAAUUUGUUACAAUACACAUUUUUUGGCACCCAAAAUAAUAAAAUGGACGGGAAGAGACUUUUUAAG 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IYRLTISCPRCANSIAFRTDPGNSDYVMEVGGVRNYVPQKPNDDLNAKTAVESIDETLQRLVREKEMEQNEKMGIKEQAD DKMDLLEKRLAKIQQEQEDDEELENLRKKNLEMSQRAEMINRSKHAQQEKAVTTDDLDNLVDQVFDNHRQRTNKPGNNND EKRTPLFNPTSTKGKIQKKSSVRTNPLGIVIKRGKSLK ; D ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MGSGDLNLLKSWNPKLMKNRKKVWETEQDLITEQQKLNTRLKEIEKERELNELLNESSKDKPETLKNDLALKKSGLEWMY QDAKLSDEKEDYLLGKKKLDSSILNQPATPPVRAATTISASGAATSISSQKKKSKLLKDDPMSKFKVTKQQRRTPDSTKK RAMSQRGKPLSKPAPDLDY ; ;MGSGDLNLLKSWNPKLMKNRKKVWETEQDLITEQQKLNTRLKEIEKERELNELLNESSKDKPETLKNDLALKKSGLEWMY QDAKLSDEKEDYLLGKKKLDSSILNQPATPPVRAATTISASGAATSISSQKKKSKLLKDDPMSKFKVTKQQRRTPDSTKK RAMSQRGKPLSKPAPDLDY ; F ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MEGDDLFDEFGNLIGVDPFDSDEEESVLDEQEQYQTNTFEGSGNNNEIESRQLTSLGSKKELGISLEHPYGKEVEVLMET KNTQSPQTPLVEPVTERTKLQEHTIFTQLKKNIPKTRYNRDYMLSMANIPERIINVGVIGPLHSGKTSLMDLLVIDSHKR IPDMSKNVELGWKPLRYLDNLKQEIDRGLSIKLNGSTLLCTDLESKSRMINFLDAPGHVNFMDETAVALAASDLVLIVID VVEGVTFVVEQLIKQSIKNNVAMCFVINKLDRLILDLKLPPMDAYLKLNHIIANINSFTKGNVFSPIDNNIIFASTKLGF 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VVEGVTFVVEQLIKQSIKNNVAMCFVINKLDRLILDLKLPPMDAYLKLNHIIANINSFTKGNVFSPIDNNIIFASTKLGF TFTIKEFVSYYYAHSIPSSKIDDFTTRLWGSVYYHKGNFRTKPFENVEKYPTFVEFILIPLYKIFSYALSMEKDKLKNLL RSNFRVNLSQEALQYDPQPFLKHVLQLIFRQQTGLVDAITRCYQPFELFDNKTAHLSIPGKSTPEGTLWAHVLKTVDYGG AEWSLVRIYSGLLKRGDTVRILDTSQSESRQKRQLHDISKTETSNEDEDEDDETPSCEVEEIGLLGGRYVYPVHEAHKGQ IVLIKGISSAYIKSATLYSVKSKEDMKQLKFFKPLDYITEAVFKIVLQPLLPRELPKLLDALNKISKYYPGVIIKVEESG EHVILGNGELYMDCLLYDLRASYAKIEIKISDPLTVFSESCSNESFASIPVSNSISRLGEENLPGLSISVAAEPMDSKMI QDLSRNTLGKGQNCLDIDGIMDNPRKLSKILRTEYGWDSLASRNVWSFYNGNVLINDTLPDEISPELLSKYKEQIIQGFY WAVKEGPLAEEPIYGVQYKLLSISVPSDVNIDVMKSQIIPLMKKACYVGLLTAIPILLEPIYEVDITVHAPLLPIVEELM KKRRGSRIYKTIKVAGTPLLEVRGQVPVIESAGFETDLRLSTNGLGMCQLYFWHKIWRKVPGDVLDKDAFIPKLKPAPIN SLSRDFVMKTRRRKGISTGGFMSNDGPTLEKYISAELYAQLRENGLVP ; C ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MSRNVDKANSVLVRFQEQQAESAGGYKDYSRYQRPRNVSKVKSIKEANEWKRQVSKEIKQKSTRIYDPSLNEMQIAELND ELNNLFKEWKRWQWHIDHTLMEKKTKRKRLEDSHVLMNSGKLINGKRYFGRALELPEVREWLKQSQRQNDGGSINTKCIP 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;MNDEINEPPPNICEQCLGDEANIRMTKIPQGSECKICTLPFTLYHFKTSKRSNNIIKTLICVRCATQRNICQCCMLDSRW HIPIQLRDHLISLVNEENVMTEEAKNDMMKRFLSLKNVKLGGAQITSDPSEADNIVDKLKNILLRATSDGPSTPLIKNTT ALYKNEKGANEVKNLEKYASVDISHILKKLPLNESFLKNPSTKSFFLYNIDASIPEWKITDTVSQLLGIKKWKDGNSLSL IVNHKAKCGGLRFQSSELGERFVSKISETLVTPKGLKRGVLLIDRFRIFIIPWSSGFSAASFGTNTAENIKLSLSLNKLI QLELGLSFPTKSTDNAKNDKKKTSKKVHKDRSKKSKPRANKLTI ; N ? 17 'polypeptide(L)' no no ;MPPVPIYVKGGVWTNVEDQILKAAVQKYGTHQWSKVASLLQKKTARQSELRWNEYLNPKLNFTEFSKEEDAQLLDLAREL PNQWRTIADMMARPAQVCVERYNRLLESEDSGGAALSTGVTDLKVGDINPNAETQMARPDNGDLEDEEKEMLAEARARLL NTQGKKATRKIRERMLEESKRIAELQKRRELKQAGINVAIKKPKKKYGTDIDYNEDIVYEQAPMPGIYDTSTEDRQIKKK FEQFERKVNRKGLDGNKDKPSKKNKDKKRKHDENEHVEKAALGEPTTLTDEYKKPKLILSAPGTKQGKVTYKKKLESKRQ KLIEAQATGTVLTPKELLPHEPGQEDNERSNIKSGKQLKSRIRKFLVQMFASLPSPKNDFEIVLSEDEKEEDAEIAEYEK EFENERAMNEEDNFIESPSQNDAPPVSLVAVPLAYSTLPIPEFKNNPQSAIDNKYNLLVANAINKEPHMVPEDTVDFLKE VESRMQHITQGRTSMKIQFKTAMPPTEVLLESIQSKVESIEQLQRKLQQVQPLEQQNNEMCSTLCHHSLPALIEGQRKYY ADYYAYRQEIRSLEGRRKRLQAMLNSSSSI 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19 'polypeptide(L)' no no ;MSYNGIGLKSAKGSSTSGHVQRSLASNNRRRPQGSQQQRQQRQNAIKKASHDKASRPLAVQKQIETHMEKREIEVQVSEL RDRLEEEETLSEEQIDKKCEALRAKLTNEWQEQQRMSSLYTPRKARLTEEQHRHE ; ;MSYNGIGLKSAKGSSTSGHVQRSLASNNRRRPQGSQQQRQQRQNAIKKASHDKASRPLAVQKQIETHMEKREIEVQVSEL RDRLEEEETLSEEQIDKKCEALRAKLTNEWQEQQRMSSLYTPRKARLTEEQHRHE ; R ? 20 'polypeptide(L)' no no ;MDTLEPTAVDTHVSAEQILRDVYKKGQKARGSTNIDILDLEELREYQRRKRTEYEGYLKRNRLDMGQWIRYAQFEIEQHD MRRARSIFERALLVDSSFIPLWIRYIDAELKVKCINHARNLMNRAISTLPRVDKLWYKYLIVEESLNNVEIVRSLYTKWC SLEPGVNAWNSFVDFEIRQKNWNGVREIYSKYVMAHPQMQTWLKWVRFENRHGNTEFTRSVYSLAIDTVANLQNLQIWSD MEVAKLVNSFAHWEAAQQEYERSSALYQVAIEKWPSNQLLKAGLLDFEKQFGDINSIEETISYKRKMDYETILSNNAYDY DTWWLYLDLISESFPKQIMQTFEKAIVDSRPKELSKNVQWKRYIYLWMRYICYVELELENSLLEEELFQRLIDDIIPHKH FTFSKIWLMYAKFLIRHDDVPKARKILGKAIGLCPKAKTFKGYIELEVKLKEFDRVRKIYEKFIEFQPSDLQIWSQYGEL EENLGDWDRVRGIYTIALDENSDFLTKEAKIVLLQKYITFETESQEFEKARKLYRRYLELNQYSPQSWIEFAMYQTSTPT KQQLLDLAKLQSENVDEDIEFEITDENKLEARKVFEEAIVFFKEKDDKQGRLSIMEALKDYEETYGTELDQETVKKRFPK 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ITIKSVYEKYLPQDENSGKYLPSSELPFELNFNYLASLEKLGLDNQYEEFMRQMNGIYPDKWLFLILSLAKYYISRGRLD SCGDLLKKSLQQTLRYSDFDRIYNFYLLFEQECSQFILGKLKENDSKFFNQKDWTEKLQAHMATFESLINLYDIYLNDVA LRQDSNLVETWMKRVSLQKSAAEKCNVYSEAILKIDPRKVGTPGSFGRLWCSYGDLYWRSNAISTARKLWTQSLKVPYPY IEDLEEIYLNWADRELDKEGVERAFSILEDALHVPTNPEILLEKYKNGHRKIPAQTVLFNSLRIWSKYIDYLEAYCPKDA NSSDKIFNKTKMAYNTVIDLRLITPAMAENFALFLQNHYEVMESFQVYEKTIPLFPPEIQYELWIEYLEVATSHQLSSLS PEHIRFLFEKALKNLCSNGIDCKTIFIAYSVFEERISGLISKSIEILRRGAVIGIVSVSTHLESRLQLWRMCISKAESTL GPSVTRELYQECIQILPNSKAVEFVIKFSDFESSIGETIRAREILAYGAKLLPPSRNTELWDSFEIFELKHGDKETYKDM LKMKKVLESNMLIDSASVSHEEGNINFVAAATSHAPNSHTLTQSTSSYSINPDEIELDI ; T ? 22 'polypeptide(L)' no no ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; ;MSKIQVAHSSRLANLIDYKLRVLTQDGRVYIGQLMAFDKHMNLVLNECIEERVPKTQLDKLRPRKDSKDGTTLNIKVEKR VLGLTILRGEQILSTVVEDKPLLSKKERLVRDKKEKKQAQKQTKLRKEKEKKPGKIAKPNTANAKHTSSNSREIAQPSSS RYNGGNDNIGANRSRFNNEAPPQTRKFQPPPGFKRK ; b,k ? 23 'polypeptide(L)' no no ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; d,n ? 24 'polypeptide(L)' no no ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; e,p ? 25 'polypeptide(L)' no no ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; f,q ? 26 'polypeptide(L)' no no MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI g,r ? 27 'polypeptide(L)' no no ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; h,l ? 28 'polypeptide(L)' no no ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; j,m ? 29 'polypeptide(L)' no no ;MKFTPSIVIDAPQYYVDHFNGKYNVDKCVILRDLQLETDSESMPSSLKHLTKPTHILDLTNNDLIMIPDLSRRDDIHTLL LGRNNIVEVDGRLLPMNVQNLTLSNNSIRRFEDLQRLRRAPRTLKNLTLIGNQVCHLANYREHVLRLVPHLETLDFQNVT AEERKSAMSFPRQADGDTLGPVNTAIRDNGSRDKTMEIMNLVVSKMTVERRNELKKQLAEATSLEEIARLEKLLSGGV ; ;MKFTPSIVIDAPQYYVDHFNGKYNVDKCVILRDLQLETDSESMPSSLKHLTKPTHILDLTNNDLIMIPDLSRRDDIHTLL LGRNNIVEVDGRLLPMNVQNLTLSNNSIRRFEDLQRLRRAPRTLKNLTLIGNQVCHLANYREHVLRLVPHLETLDFQNVT AEERKSAMSFPRQADGDTLGPVNTAIRDNGSRDKTMEIMNLVVSKMTVERRNELKKQLAEATSLEEIARLEKLLSGGV ; W ? 30 'polypeptide(L)' no no ;MVEPARKKQRIDRDTHHTVAEPVTEAKNTLYVSQLNEKINMQRLRVNLFLLFATFGEVLKVSMNFKKQRGQAFITMRTID QASLAQISLNGERFFGKPLKVEFSKSETKTL ; ;MVEPARKKQRIDRDTHHTVAEPVTEAKNTLYVSQLNEKINMQRLRVNLFLLFATFGEVLKVSMNFKKQRGQAFITMRTID QASLAQISLNGERFFGKPLKVEFSKSETKTL ; Y ? 31 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; ;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ; x ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 A n 1 2 A n 1 3 G n 1 4 C n 1 5 A n 1 6 G n 1 7 C n 1 8 U n 1 9 U n 1 10 U n 1 11 A n 1 12 C n 1 13 A n 1 14 G n 1 15 A n 1 16 U n 1 17 C n 1 18 A n 1 19 A n 1 20 U n 1 21 G n 1 22 G n 1 23 C n 1 24 G n 1 25 G n 1 26 A n 1 27 G n 1 28 G n 1 29 G n 1 30 A n 1 31 G n 1 32 G n 1 33 U n 1 34 C n 1 35 A n 1 36 A n 1 37 C n 1 38 A n 1 39 U n 1 40 C n 1 41 A n 1 42 A n 1 43 G n 1 44 A n 1 45 A n 1 46 C n 1 47 U n 1 48 G n 1 49 U n 1 50 G n 1 51 G n 1 52 G n 1 53 C n 1 54 C n 1 55 U n 1 56 U n 1 57 U n 1 58 U n 1 59 A n 1 60 U n 1 61 U n 1 62 G n 1 63 C n 1 64 C n 1 65 U n 1 66 A n 1 67 U n 1 68 A n 1 69 G n 1 70 A n 1 71 A n 1 72 C n 1 73 U n 1 74 U n 1 75 A n 1 76 U n 1 77 A n 1 78 A n 1 79 C n 1 80 G n 1 81 A n 1 82 A n 1 83 C n 1 84 A n 1 85 U n 1 86 G n 1 87 G n 1 88 U n 1 89 U n 1 90 C n 1 91 U n 1 92 U n 1 93 G n 1 94 C n 1 95 C n 1 96 U n 1 97 U n 1 98 U n 1 99 U n 1 100 A n 1 101 C n 1 102 C n 1 103 A n 1 104 G n 1 105 A n 1 106 A n 1 107 C n 1 108 C n 1 109 A n 1 110 U n 1 111 C n 1 112 C n 1 113 G n 1 114 G n 1 115 G n 1 116 U n 1 117 G n 1 118 U n 1 119 U n 1 120 G n 1 121 U n 1 122 C n 1 123 U n 1 124 C n 1 125 C n 1 126 A n 1 127 U n 1 128 A n 1 129 G n 1 130 A n 1 131 A n 1 132 A n 1 133 C n 1 134 A n 1 135 G n 1 136 G n 1 137 U n 1 138 A n 1 139 A n 1 140 A n 1 141 G n 1 142 C n 1 143 U n 1 144 G n 1 145 U n 1 146 C n 1 147 C n 1 148 G n 1 149 U n 1 150 U n 1 151 A n 1 152 C n 1 153 U n 1 154 G n 1 155 U n 1 156 G n 1 157 G n 1 158 G n 1 159 C n 1 160 U n 1 161 U n 1 162 G n 1 163 C n 1 164 C n 1 165 A n 1 166 U n 1 167 A n 1 168 U n 1 169 U n 1 170 U n 1 171 U n 1 172 U n 1 173 U n 1 174 G n 1 175 G n 1 176 A n 1 177 A n 1 178 C n 1 179 U n 2 1 U n 2 2 A n 2 3 A n 2 4 G n 2 5 U n 2 6 G n 2 7 A n 2 8 U n 2 9 C n 2 10 U n 2 11 A n 2 12 G n 2 13 A n 2 14 A n 2 15 A n 2 16 G n 3 1 G n 3 2 U n 3 3 A n 3 4 U n 3 5 G n 3 6 U n 3 7 C n 3 8 U n 3 9 A n 3 10 A n 3 11 A n 3 12 G n 3 13 U n 3 14 U n 3 15 A n 3 16 U n 3 17 G n 3 18 G n 3 19 C n 3 20 C n 3 21 A n 3 22 C n 3 23 G n 3 24 U n 3 25 U n 3 26 U n 3 27 C n 3 28 A n 3 29 A n 3 30 A n 3 31 U n 3 32 G n 3 33 C n 3 34 G n 3 35 U n 3 36 G n 3 37 C n 3 38 U n 3 39 U n 3 40 U n 3 41 U n 3 42 U n 3 43 U n 3 44 U n 3 45 U n 3 46 U n 3 47 A n 3 48 A n 3 49 A n 3 50 A n 3 51 C n 3 52 U n 3 53 U n 3 54 A n 3 55 U n 3 56 G n 3 57 C n 3 58 U n 3 59 C n 3 60 U n 3 61 U n 3 62 A n 3 63 U n 3 64 U n 3 65 U n 3 66 A n 3 67 C n 3 68 U n 3 69 A n 3 70 A n 3 71 C n 3 72 A n 3 73 A n 3 74 A n 3 75 A n 3 76 U n 4 1 A n 4 2 C n 4 3 G n 4 4 A n 4 5 A n 4 6 U n 4 7 C n 4 8 U n 4 9 C n 4 10 U n 4 11 U n 4 12 U n 4 13 G n 4 14 C n 4 15 C n 4 16 U n 4 17 U n 4 18 U n 4 19 U n 4 20 G n 4 21 G n 4 22 C n 4 23 U n 4 24 U n 4 25 A n 4 26 G n 4 27 A n 4 28 U n 4 29 C n 4 30 A n 4 31 A n 4 32 G n 4 33 U n 4 34 G n 4 35 U n 4 36 A n 4 37 G n 4 38 U n 4 39 A n 4 40 U n 4 41 C n 4 42 U n 4 43 G n 4 44 U n 4 45 U n 4 46 C n 4 47 U n 4 48 U n 4 49 U n 4 50 U n 4 51 C n 4 52 A n 4 53 G n 4 54 U n 4 55 G n 4 56 U n 4 57 A n 4 58 A n 4 59 C n 4 60 A n 4 61 A n 4 62 C n 4 63 U n 4 64 G n 4 65 A n 4 66 A n 4 67 A n 4 68 U n 4 69 G n 4 70 A n 4 71 C n 4 72 C n 4 73 U n 4 74 C n 4 75 A n 4 76 A n 4 77 U n 4 78 G n 4 79 A n 4 80 G n 4 81 G n 4 82 C n 4 83 U n 4 84 C n 4 85 A n 4 86 U n 4 87 U n 4 88 A n 4 89 C n 4 90 C n 4 91 U n 4 92 U n 4 93 U n 4 94 U n 4 95 A n 4 96 A n 4 97 U n 4 98 U n 4 99 U n 4 100 G n 4 101 U n 4 102 U n 4 103 A n 4 104 C n 4 105 A n 4 106 A n 4 107 U n 4 108 A n 4 109 C n 4 110 A n 4 111 C n 4 112 A n 4 113 U n 4 114 U n 4 115 U n 4 116 U n 4 117 U n 4 118 U n 4 119 G n 4 120 G n 4 121 C n 4 122 A n 4 123 C n 4 124 C n 4 125 C n 4 126 A n 4 127 A n 4 128 A n 4 129 A n 4 130 U n 4 131 A n 4 132 A n 4 133 U n 4 134 A n 4 135 A n 4 136 A n 4 137 A n 4 138 U n 4 139 G n 4 140 G n 4 141 A n 4 142 C n 4 143 G n 4 144 G n 4 145 G n 4 146 A n 4 147 A n 4 148 G n 4 149 A n 4 150 G n 4 151 A n 4 152 C n 4 153 U n 4 154 U n 4 155 U n 4 156 U n 4 157 U n 4 158 A n 4 159 A n 4 160 G n 4 161 C n 4 162 A n 4 163 A n 4 164 G n 4 165 U n 4 166 U n 4 167 G n 4 168 U n 4 169 U n 4 170 U n 4 171 U n 4 172 C n 4 173 C n 4 174 G n 4 175 C n 4 176 U n 4 177 A n 4 178 A n 4 179 U n 4 180 G n 4 181 U n 4 182 C n 4 183 A n 4 184 G n 4 185 G n 4 186 U n 4 187 C n 4 188 U n 4 189 C n 4 190 A n 4 191 C n 4 192 U n 4 193 A n 4 194 C n 4 195 U n 4 196 U n 4 197 U n 4 198 U n 4 199 U n 4 200 G n 4 201 C n 4 202 U n 4 203 G n 4 204 C n 4 205 U n 4 206 A n 4 207 U n 4 208 U n 4 209 U n 4 210 U n 4 211 U n 4 212 C n 4 213 U n 4 214 U n 4 215 C n 4 216 G n 4 217 C n 4 218 U n 4 219 C n 4 220 A n 4 221 U n 4 222 G n 4 223 G n 4 224 U n 4 225 U n 4 226 U n 4 227 C n 4 228 U n 4 229 U n 4 230 C n 4 231 A n 4 232 U n 4 233 A n 4 234 A n 4 235 G n 4 236 G n 4 237 C n 4 238 G n 4 239 U n 4 240 U n 4 241 U n 4 242 U n 4 243 U n 4 244 A n 4 245 U n 4 246 G n 4 247 A n 4 248 U n 4 249 G n 4 250 G n 4 251 U n 4 252 U n 4 253 U n 4 254 U n 4 255 U n 4 256 C n 4 257 G n 4 258 A n 4 259 A n 4 260 A n 4 261 U n 4 262 U n 4 263 G n 4 264 G n 4 265 U n 4 266 U n 4 267 U n 4 268 U n 4 269 U n 4 270 G n 4 271 A n 4 272 G n 4 273 A n 4 274 C n 4 275 G n 4 276 A n 4 277 C n 4 278 G n 4 279 G n 4 280 U n 4 281 U n 4 282 G n 4 283 C n 4 284 U n 4 285 C n 4 286 A n 4 287 A n 4 288 G n 4 289 G n 4 290 U n 4 291 U n 4 292 A n 4 293 U n 4 294 U n 4 295 G n 4 296 U n 4 297 U n 4 298 U n 4 299 U n 4 300 U n 4 301 G n 4 302 U n 4 303 U n 4 304 U n 4 305 U n 4 306 C n 4 307 U n 4 308 U n 4 309 C n 4 310 U n 4 311 G n 4 312 G n 4 313 U n 4 314 U n 4 315 G n 4 316 U n 4 317 U n 4 318 U n 4 319 U n 4 320 C n 4 321 U n 4 322 A n 4 323 U n 4 324 U n 4 325 U n 4 326 U n 4 327 C n 4 328 U n 4 329 U n 4 330 U n 4 331 U n 4 332 U n 4 333 U n 4 334 U n 4 335 U n 4 336 A n 4 337 G n 4 338 C n 4 339 U n 4 340 U n 4 341 U n 4 342 C n 4 343 U n 4 344 G n 4 345 U n 4 346 U n 4 347 U n 4 348 C n 4 349 U n 4 350 C n 4 351 C n 4 352 C n 4 353 U n 4 354 U n 4 355 A n 4 356 G n 4 357 U n 4 358 U n 4 359 U n 4 360 G n 4 361 G n 4 362 C n 4 363 U n 4 364 U n 4 365 U n 4 366 U n 4 367 U n 4 368 G n 4 369 C n 4 370 U n 4 371 U n 4 372 C n 4 373 A n 4 374 U n 4 375 A n 4 376 C n 4 377 U n 4 378 C n 4 379 U n 4 380 U n 4 381 C n 4 382 C n 4 383 C n 4 384 U n 4 385 G n 4 386 U n 4 387 C n 4 388 U n 4 389 U n 4 390 U n 4 391 C n 4 392 C n 4 393 G n 4 394 A n 4 395 G n 4 396 C n 4 397 C n 4 398 G n 4 399 U n 4 400 U n 4 401 U n 4 402 A n 4 403 U n 4 404 G n 4 405 U n 4 406 C n 4 407 C n 4 408 A n 4 409 A n 4 410 C n 4 411 G n 4 412 C n 4 413 G n 4 414 G n 4 415 G n 4 416 A n 4 417 U n 4 418 U n 4 419 U 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23 ;MTMNGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKN APLFKKNSSRPMPPIRGPKRR ; 1 24 UNP RUXE_YEAST Q12330 ? 24 ;MSNKVKTKAMVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSADGKEDVEKGTPLGKI LLKGDNITLITSAD ; 1 25 UNP RUXF_YEAST P54999 ? 25 ;MSESSDISAMQPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLY IRELPN ; 1 26 UNP RUXG_YEAST P40204 ? 26 MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINGEDPANNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDAI 1 27 UNP SMD1_YEAST Q02260 ? 27 ;MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPQPRLNKLNSNGIAMASLYLTGGQQPTASDNIA SLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVDQKQLNSLRRSGQIANDPSKKRRRDFGAPANKRPRRGL ; 1 28 UNP SMD2_YEAST Q06217 ? 28 ;MSSQIIDRPKHELSRAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKK GKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTPVE ; 1 29 UNP RU2A_YEAST Q08963 ? 29 ;MKFTPSIVIDAPQYYVDHFNGKYNVDKCVILRDLQLETDSESMPSSLKHLTKPTHILDLTNNDLIMIPDLSRRDDIHTLL LGRNNIVEVDGRLLPMNVQNLTLSNNSIRRFEDLQRLRRAPRTLKNLTLIGNQVCHLANYREHVLRLVPHLETLDFQNVT AEERKSAMSFPRQADGDTLGPVNTAIRDNGSRDKTMEIMNLVVSKMTVERRNELKKQLAEATSLEEIARLEKLLSGGV ; 1 30 UNP MSL1_YEAST P40567 ? 30 ;MVEPARKKQRIDRDTHHTVAEPVTEAKNTLYVSQLNEKINMQRLRVNLFLLFATFGEVLKVSMNFKKQRGQAFITMRTID QASLAQISLNGERFFGKPLKVEFSKSETKTL ; 1 31 PDB 5LJ3 5LJ3 ? 31 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5LJ3 U 1 ? 179 ? 1039022920 939669 ? 939491 ? 1 179 2 2 5LJ3 E 1 ? 16 ? 5LJ3 -16 ? -1 ? -16 -1 3 3 5LJ3 I 1 ? 76 ? 4718 594 ? 669 ? 1 76 4 4 5LJ3 Z 1 ? 1175 ? 536627 2641 ? 1467 ? 1 1175 5 5 5LJ3 V 1 ? 112 ? 1039022925 365627 ? 365738 ? 1 112 6 6 5LJ3 A 1 ? 2413 ? P33334 1 ? 2413 ? 1 2413 7 7 5LJ3 D 1 ? 278 ? P28320 1 ? 278 ? 1 278 8 8 5LJ3 F 1 ? 179 ? P53854 1 ? 179 ? 1 179 9 9 5LJ3 C 1 ? 1008 ? P36048 1 ? 1008 ? 1 1008 10 10 5LJ3 G 1 ? 235 ? A0A165UGV0 1 ? 235 ? 1 235 11 11 5LJ3 H 1 ? 591 ? A0A162ERE7 1 ? 591 ? 1 591 12 12 5LJ3 J 1 ? 451 ? A0A162HKW4 1 ? 451 ? 1 451 13 13 5LJ3 K 1 ? 379 ? P28004 1 ? 379 ? 1 379 14 14 5LJ3 L 1 ? 157 ? P25337 1 ? 157 ? 1 157 15 15 5LJ3 M 1 ? 339 ? A0A162HWE4 1 ? 339 ? 1 339 16 16 5LJ3 N 1 ? 364 ? P38241 1 ? 364 ? 1 364 17 17 5LJ3 O 1 ? 590 ? A0A165TLN2 1 ? 590 ? 1 590 18 18 5LJ3 P 1 ? 175 ? A0A162GIZ3 1 ? 175 ? 1 175 19 19 5LJ3 R 1 ? 135 ? Q03375 1 ? 135 ? 1 135 20 20 5LJ3 S 1 ? 687 ? A0A165TU20 1 ? 687 ? 1 687 21 21 5LJ3 T 1 ? 859 ? A0A165VVY6 1 ? 859 ? 1 859 22 22 5LJ3 b 1 ? 196 ? P40018 1 ? 196 ? 1 196 23 23 5LJ3 d 1 ? 101 ? P43321 1 ? 101 ? 1 101 24 24 5LJ3 e 1 ? 94 ? Q12330 1 ? 94 ? 1 94 25 25 5LJ3 f 1 ? 86 ? P54999 1 ? 86 ? 1 86 26 26 5LJ3 g 1 ? 77 ? P40204 1 ? 77 ? 1 77 27 27 5LJ3 h 1 ? 146 ? Q02260 1 ? 146 ? 1 146 28 28 5LJ3 j 1 ? 110 ? Q06217 1 ? 110 ? 1 110 29 29 5LJ3 W 1 ? 238 ? Q08963 1 ? 238 ? 1 238 30 30 5LJ3 Y 1 ? 111 ? P40567 1 ? 111 ? 1 111 31 22 5LJ3 k 1 ? 196 ? P40018 1 ? 196 ? 1 196 32 27 5LJ3 l 1 ? 146 ? Q02260 1 ? 146 ? 1 146 33 28 5LJ3 m 1 ? 110 ? Q06217 1 ? 110 ? 1 110 34 23 5LJ3 n 1 ? 101 ? P43321 1 ? 101 ? 1 101 35 24 5LJ3 p 1 ? 94 ? Q12330 1 ? 94 ? 1 94 36 25 5LJ3 q 1 ? 86 ? P54999 1 ? 86 ? 1 86 37 26 5LJ3 r 1 ? 77 ? P40204 1 ? 77 ? 1 77 38 31 5LJ3 x 1 ? 132 ? 5LJ3 1 ? 132 ? 1 132 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5LJ3 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 5LJ3 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 592776 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 274.56 _refine.ls_d_res_high 3.80 _refine.ls_percent_reflns_obs 100.00 _refine.ls_R_factor_obs 0.31901 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.31901 _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.954 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 180.100 _refine.aniso_B[1][1] 1.84 _refine.aniso_B[2][2] -1.95 _refine.aniso_B[3][3] 0.11 _refine.aniso_B[1][2] 1.69 _refine.aniso_B[1][3] -1.19 _refine.aniso_B[2][3] -1.26 _refine.solvent_model_details 'PARAMETERS FOR MASK CACLULATION' _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.522 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.398 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 27.594 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id 1 _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand ? _refine_hist.number_atoms_solvent ? _refine_hist.number_atoms_total 63166 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.007 0.018 ? 65428 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_bond_other_d 0.002 0.020 ? 53593 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_angle_refined_deg 1.252 1.832 ? 90631 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_angle_other_deg 1.020 3.000 ? 122463 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_dihedral_angle_1_deg 9.412 5.241 ? 7501 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_dihedral_angle_2_deg 36.163 23.668 ? 1963 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_dihedral_angle_3_deg 18.101 15.000 ? 7986 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_dihedral_angle_4_deg 13.285 15.000 ? 310 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_chiral_restr 0.089 0.203 ? 10628 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_gen_planes_refined 0.005 0.020 ? 68092 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_gen_planes_other 0.002 0.020 ? 14494 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_nbd_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_nbd_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_nbtor_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_nbtor_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_xyhbond_nbd_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_metal_ion_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_metal_ion_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_vdw_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_vdw_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_hbond_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_hbond_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_mcbond_it 4.931 20.957 ? 29635 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_mcbond_other 4.930 20.957 ? 29634 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_mcangle_it 8.839 31.347 ? 36846 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_mcangle_other 8.839 31.348 ? 36847 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_scbond_it 5.329 20.042 ? 35793 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_scbond_other 5.329 20.042 ? 35794 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_scangle_it ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_scangle_other 9.208 30.547 ? 53786 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_long_range_B_refined 19.477 . ? 137799 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_long_range_B_other 19.477 . ? 137800 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_rigid_bond_restr ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_sphericity_free ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_sphericity_bonded ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.800 _refine_ls_shell.d_res_low 3.899 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 44142 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.563 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.R_factor_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _struct.entry_id 5LJ3 _struct.title 'Structure of the core of the yeast spliceosome immediately after branching' _struct.pdbx_descriptor ;Pre-mRNA-splicing factor 8, Protein CWC16, Pre-mRNA-splicing factor CWC25, Pre-mRNA-splicing factor SNU114, ISY1, CWC22, PRP46, Pre-mRNA-processing protein 45, Pre-mRNA-splicing factor BUD31, CWC2, Pre-mRNA-splicing factor SLT11, CEF1, CWC15, Pre-mRNA-splicing factor CWC21, CLF1, SYF1, Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3, Small nuclear ribonucleoprotein E, Small nuclear ribonucleoprotein F, Small nuclear ribonucleoprotein G, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2, U2 small nuclear ribonucleoprotein A', U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', unknown/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5LJ3 _struct_keywords.text 'spliceosome, snRNP, pre-mRNA splicing, trans-esterification, lariat intermediate, complex C, splicing' _struct_keywords.pdbx_keywords SPLICING # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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AF4 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? parallel AB3 3 4 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC4 6 7 ? anti-parallel AC4 7 8 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AD9 6 7 ? anti-parallel AD9 7 8 ? anti-parallel AD9 8 9 ? anti-parallel AD9 9 10 ? anti-parallel AD9 10 11 ? anti-parallel AD9 11 12 ? anti-parallel AD9 12 13 ? anti-parallel AD9 13 14 ? anti-parallel AD9 14 15 ? anti-parallel AD9 15 16 ? anti-parallel AD9 16 17 ? anti-parallel AD9 17 18 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE1 6 7 ? anti-parallel AE1 7 8 ? anti-parallel AE1 8 9 ? anti-parallel AE1 9 10 ? anti-parallel AE1 10 11 ? anti-parallel AE1 11 12 ? anti-parallel AE1 12 13 ? anti-parallel AE1 13 14 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AE9 4 5 ? anti-parallel AE9 5 6 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF2 4 5 ? anti-parallel AF2 5 6 ? anti-parallel AF2 6 7 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR F 200 ? VAL F 202 ? THR A 200 VAL A 202 AA1 2 GLU F 188 ? HIS F 194 ? GLU A 188 HIS A 194 AA1 3 PHE F 557 ? ASP F 563 ? PHE A 557 ASP A 563 AA2 1 ARG F 207 ? VAL F 208 ? ARG A 207 VAL A 208 AA2 2 VAL F 494 ? ARG F 495 ? VAL A 494 ARG A 495 AA3 1 LYS F 300 ? SER F 302 ? LYS A 300 SER A 302 AA3 2 LYS F 490 ? LYS F 492 ? LYS A 490 LYS A 492 AA4 1 LEU F 591 ? LEU F 593 ? LEU A 591 LEU A 593 AA4 2 LEU F 599 ? PRO F 601 ? LEU A 599 PRO A 601 AA5 1 SER F 979 ? SER F 983 ? SER A 979 SER A 983 AA5 2 VAL F 967 ? MET F 972 ? VAL A 967 MET A 972 AA5 3 VAL F 1089 ? PHE F 1092 ? VAL A 1089 PHE A 1092 AA5 4 MET F 1095 ? VAL F 1098 ? MET A 1095 VAL A 1098 AA6 1 ILE F 1158 ? ARG F 1163 ? ILE A 1158 ARG A 1163 AA6 2 ARG F 1167 ? HIS F 1173 ? ARG A 1167 HIS A 1173 AA6 3 ALA F 1047 ? THR F 1053 ? ALA A 1047 THR A 1053 AA6 4 PHE F 1247 ? TYR F 1251 ? PHE A 1247 TYR A 1251 AA7 1 LEU F 1258 ? MET F 1262 ? LEU A 1258 MET A 1262 AA7 2 PHE F 1265 ? PRO F 1271 ? PHE A 1265 PRO A 1271 AA7 3 ALA F 1298 ? VAL F 1304 ? ALA A 1298 VAL A 1304 AA7 4 TRP F 1286 ? LEU F 1288 ? TRP A 1286 LEU A 1288 AA8 1 PHE F 1425 ? ARG F 1426 ? PHE A 1425 ARG A 1426 AA8 2 VAL S 20 ? GLN S 21 ? VAL R 20 GLN R 21 AA9 1 PHE F 1574 ? TRP F 1575 ? PHE A 1574 TRP A 1575 AA9 2 ILE F 1825 ? TYR F 1826 ? ILE A 1825 TYR A 1826 AB1 1 LEU F 1624 ? GLN F 1626 ? LEU A 1624 GLN A 1626 AB1 2 PHE F 1633 ? HIS F 1635 ? PHE A 1633 HIS A 1635 AB2 1 ILE F 1678 ? LYS F 1683 ? ILE A 1678 LYS A 1683 AB2 2 ILE F 1701 ? VAL F 1711 ? ILE A 1701 VAL A 1711 AB2 3 LEU F 1727 ? ARG F 1739 ? LEU A 1727 ARG A 1739 AB2 4 VAL F 1773 ? ASP F 1778 ? VAL A 1773 ASP A 1778 AB2 5 TYR F 1784 ? GLY F 1788 ? TYR A 1784 GLY A 1788 AB2 6 SER F 1715 ? LEU F 1716 ? SER A 1715 LEU A 1716 AB3 1 THR F 1881 ? LEU F 1882 ? THR A 1881 LEU A 1882 AB3 2 LYS F 1849 ? VAL F 1852 ? LYS A 1849 VAL A 1852 AB3 3 GLN F 1932 ? VAL F 1935 ? GLN A 1932 VAL A 1935 AB3 4 ALA F 1955 ? ARG F 1957 ? ALA A 1955 ARG A 1957 AB4 1 ARG F 1859 ? THR F 1861 ? ARG A 1859 THR A 1861 AB4 2 LYS F 1873 ? ILE F 1875 ? LYS A 1873 ILE A 1875 AB5 1 GLY F 1877 ? ILE F 1879 ? GLY A 1877 ILE A 1879 AB5 2 HIS F 1888 ? ILE F 1894 ? HIS A 1888 ILE A 1894 AB5 3 GLN F 1985 ? ASN F 1990 ? GLN A 1985 ASN A 1990 AB6 1 ALA G 39 ? MET G 44 ? ALA D 39 MET D 44 AB6 2 LYS G 63 ? LEU G 70 ? LYS D 63 LEU D 70 AB6 3 TYR G 82 ? SER G 87 ? TYR D 82 SER D 87 AB6 4 SER G 94 ? ILE G 95 ? SER D 94 ILE D 95 AB7 1 TYR G 57 ? ILE G 58 ? TYR D 57 ILE D 58 AB7 2 MET G 49 ? CYS G 51 ? MET D 49 CYS D 51 AB7 3 GLY G 112 ? ARG G 114 ? GLY D 112 ARG D 114 AB8 1 PHE G 97 ? ARG G 98 ? PHE D 97 ARG D 98 AB8 2 VAL G 107 ? MET G 108 ? VAL D 107 MET D 108 AB9 1 GLU I 79 ? THR I 80 ? GLU C 79 THR C 80 AB9 2 LYS L 130 ? VAL L 134 ? LYS J 130 VAL J 134 AB9 3 SER L 422 ? LYS L 427 ? SER J 422 LYS J 427 AB9 4 LEU L 414 ? GLU L 418 ? LEU J 414 GLU J 418 AB9 5 VAL L 402 ? PHE L 407 ? VAL J 402 PHE J 407 AC1 1 ILE I 133 ? ASN I 135 ? ILE C 133 ASN C 135 AC1 2 SER I 207 ? PHE I 212 ? 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An in vitro transcribed yeast UBC4 pre-mRNA substrate (with 2 x MS2 bacteriophage coat protein-binding stem loops at the 5' end and with the 3'-splice site sequence UAGAG mutated to UACAC) was pre-bound to an MS2-maltose binding protein fusion protein. This substrate-protein complex was added to the splicing extract. The splicing reaction proceeded through the first step but the second step was blocked by the 3' splice site mutation. Substrate-bound spliceosomes from the splicing extract were purified on amylose resin and eluted with maltose. Subsequently the spliceosomes were captured on anti-HA-agarose (for Prp18-HA-tagged) or streptactin resin (for Slu7-TAPS tagged) and eluted with HA peptide or desthiobiotin, respectively. Purified spliceosomes were then dialysed against 20 mM HEPES KOH pH 7.8, 75 mM KCl, 0.25 mM EDTA ; _em_entity_assembly.name 'Spliceosome immediately after branching' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5LJ3 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 20 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-20 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5LJ3 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification 35714 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 4000 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.entry_id 5LJ3 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5LJ3 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5LJ3 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 SG N CYS 34 ? ? 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? -39.29 -36.10 22 1 ASN A 692 ? ? -101.78 52.57 23 1 LYS A 693 ? ? -76.28 -77.96 24 1 PHE A 703 ? ? 63.47 60.02 25 1 ARG A 737 ? ? 17.33 140.90 26 1 SER A 738 ? ? -98.82 -64.35 27 1 ARG A 749 ? ? 68.44 -6.44 28 1 ILE A 774 ? ? 60.88 72.30 29 1 ASN A 796 ? ? 67.20 60.92 30 1 THR A 904 ? ? -92.91 47.82 31 1 GLN A 961 ? ? -59.95 106.72 32 1 LYS A 1093 ? ? 45.57 -102.41 33 1 ARG A 1167 ? ? -153.10 87.16 34 1 PHE A 1195 ? ? 65.57 70.60 35 1 VAL A 1278 ? ? 36.49 55.58 36 1 SER A 1323 ? ? -149.15 29.43 37 1 THR A 1327 ? ? -30.35 116.24 38 1 SER A 1377 ? ? -140.83 -85.78 39 1 ASP A 1411 ? ? -68.87 95.13 40 1 THR A 1418 ? ? 50.91 -115.37 41 1 HIS A 1424 ? ? 48.41 100.58 42 1 ASP A 1433 ? ? -98.30 46.03 43 1 ASN A 1472 ? ? 64.77 74.85 44 1 SER A 1483 ? ? -108.92 46.66 45 1 ASP A 1485 ? ? -103.43 54.93 46 1 ILE A 1491 ? ? -28.89 -51.79 47 1 ASP A 1498 ? ? -158.67 48.29 48 1 GLU A 1520 ? ? -69.45 -77.91 49 1 PHE A 1525 ? ? -113.38 50.58 50 1 LEU A 1550 ? ? -78.06 39.97 51 1 GLU A 1576 ? ? 34.33 52.59 52 1 ALA A 1578 ? ? 60.69 -168.07 53 1 GLU A 1582 ? ? -131.88 -42.93 54 1 SER A 1584 ? ? -102.05 48.07 55 1 LEU A 1590 ? ? 37.56 50.82 56 1 HIS A 1592 ? ? 63.57 61.64 57 1 ALA A 1593 ? ? 58.56 -72.34 58 1 ILE A 1601 ? ? 53.63 70.37 59 1 PRO A 1639 ? ? -79.23 -71.79 60 1 PHE A 1649 ? ? -96.77 45.76 61 1 GLU A 1672 ? ? -113.37 56.70 62 1 GLN A 1677 ? ? 60.77 67.11 63 1 HIS A 1718 ? ? -107.58 78.88 64 1 PHE A 1724 ? ? -103.48 42.79 65 1 ASP A 1742 ? ? -170.39 149.41 66 1 ASN A 1763 ? ? 35.52 -94.80 67 1 SER A 1765 ? ? -108.75 45.69 68 1 MET A 1766 ? ? 38.26 45.71 69 1 GLN A 1824 ? ? 70.50 31.57 70 1 ASN A 1839 ? ? -98.71 51.69 71 1 ALA A 1939 ? ? -94.77 44.32 72 1 MET A 1948 ? ? -98.56 41.33 73 1 PHE A 1951 ? ? -116.58 77.55 74 1 ALA A 1967 ? ? -92.37 34.89 75 1 ASP A 1994 ? ? -158.53 39.07 76 1 ASN A 2018 ? ? -161.13 116.95 77 1 LEU A 2027 ? ? -106.24 58.68 78 1 ASN A 2068 ? ? 38.48 43.68 79 1 LYS D 5 ? ? -92.34 43.87 80 1 MET D 27 ? ? -96.08 38.43 81 1 MET D 34 ? ? 86.21 -41.59 82 1 SER D 48 ? ? 62.80 85.90 83 1 LEU D 76 ? ? 53.25 -88.51 84 1 ASP D 77 ? ? -145.79 -70.18 85 1 ARG D 90 ? ? -72.63 -72.63 86 1 ALA D 92 ? ? -88.75 44.01 87 1 ASN F 7 ? ? -38.44 -35.63 88 1 LEU F 9 ? ? -108.68 48.52 89 1 VAL C 76 ? ? 66.70 -140.61 90 1 LEU C 100 ? ? 72.86 134.58 91 1 THR C 107 ? ? -135.36 -158.78 92 1 LYS C 111 ? ? -89.93 49.49 93 1 ASN C 112 ? ? -118.98 59.97 94 1 GLU C 131 ? ? 75.76 -24.25 95 1 LYS C 159 ? ? -83.12 -72.89 96 1 SER C 165 ? ? -70.30 -163.72 97 1 TRP C 172 ? ? -29.52 -80.07 98 1 ILE C 185 ? ? -68.29 -74.79 99 1 ASP C 202 ? ? -107.87 -169.54 100 1 LYS C 269 ? ? 89.98 36.99 101 1 ASP C 308 ? ? 84.92 -12.07 102 1 LYS C 369 ? ? -91.41 -63.43 103 1 PRO C 371 ? ? -58.77 177.65 104 1 ILE C 377 ? ? -135.69 -66.82 105 1 TYR C 415 ? ? -49.78 160.10 106 1 GLN C 431 ? ? -37.26 123.23 107 1 GLN C 432 ? ? -56.86 86.73 108 1 SER C 457 ? ? -111.09 -103.41 109 1 PRO C 459 ? ? -49.36 101.14 110 1 ASP C 477 ? ? -111.18 67.57 111 1 SER C 507 ? ? -120.63 -54.42 112 1 ASP C 532 ? ? -105.89 64.48 113 1 LEU C 545 ? ? -64.95 93.95 114 1 ALA C 556 ? ? -164.80 114.20 115 1 ILE C 572 ? ? -107.71 -64.85 116 1 SER C 574 ? ? 55.27 98.54 117 1 GLU C 614 ? ? -102.38 49.87 118 1 ALA C 661 ? ? -122.95 -70.78 119 1 ALA C 664 ? ? -157.30 -62.89 120 1 LYS C 665 ? ? 70.35 61.31 121 1 SER C 767 ? ? -166.32 87.51 122 1 TYR C 791 ? ? 64.91 82.71 123 1 ALA C 853 ? ? -78.71 20.56 124 1 ILE C 854 ? ? 58.20 74.99 125 1 HIS C 869 ? ? -57.76 171.07 126 1 ARG C 884 ? ? -69.18 -80.15 127 1 SER C 886 ? ? -176.33 143.06 128 1 GLU C 901 ? ? -47.83 96.54 129 1 LEU C 945 ? ? 74.66 52.72 130 1 ALA C 949 ? ? 60.35 -108.61 131 1 ILE C 951 ? ? -95.87 -60.27 132 1 GLU C 990 ? ? 70.65 36.70 133 1 ASN G 4 ? ? 83.42 -43.07 134 1 VAL G 41 ? ? -155.50 83.47 135 1 GLN G 93 ? ? -74.88 41.00 136 1 LEU H 32 ? ? -25.86 114.16 137 1 ILE H 49 ? ? -148.04 36.93 138 1 LEU H 72 ? ? -99.15 46.87 139 1 VAL H 129 ? ? -92.86 -61.35 140 1 VAL H 165 ? ? -85.38 -73.69 141 1 THR H 183 ? ? -87.23 38.64 142 1 ASP H 204 ? ? 70.09 49.95 143 1 TYR H 205 ? ? 59.88 78.09 144 1 SER H 301 ? ? -101.60 59.90 145 1 LEU H 303 ? ? -69.34 -80.72 146 1 ASN H 368 ? ? -56.73 -74.08 147 1 TYR H 394 ? ? -124.30 -64.93 148 1 PRO H 398 ? ? -65.46 88.75 149 1 CYS H 413 ? ? -158.17 78.07 150 1 PRO H 414 ? ? -131.96 -96.18 151 1 LEU H 445 ? ? 30.61 82.76 152 1 LEU H 472 ? ? 78.04 -25.56 153 1 PRO J 128 ? ? -69.81 -177.75 154 1 SER J 132 ? ? -120.95 -62.65 155 1 LEU J 139 ? ? -111.90 57.21 156 1 ASP J 151 ? ? -146.81 -38.47 157 1 THR J 162 ? ? 100.40 -32.34 158 1 PRO J 195 ? ? -94.99 45.99 159 1 ASP J 203 ? ? -64.70 2.83 160 1 ILE J 217 ? ? -132.10 -69.17 161 1 ASP J 237 ? ? -106.00 66.26 162 1 ASP J 245 ? ? -30.12 -37.05 163 1 SER J 246 ? ? 79.51 30.54 164 1 ARG J 256 ? ? 36.36 48.27 165 1 ASN J 270 ? ? -92.17 -126.66 166 1 VAL J 277 ? ? -89.80 -141.81 167 1 PRO J 279 ? ? -60.73 66.64 168 1 SER J 284 ? ? -173.55 108.74 169 1 ALA J 288 ? ? 79.40 -2.31 170 1 SER J 310 ? ? -35.05 105.64 171 1 THR J 328 ? ? -34.69 -31.33 172 1 ASP J 329 ? ? -138.27 -68.24 173 1 LEU J 356 ? ? -153.53 45.77 174 1 ASP J 361 ? ? -94.48 33.93 175 1 LEU J 373 ? ? -56.42 107.57 176 1 LYS J 379 ? ? 70.48 -48.77 177 1 ARG J 400 ? ? -27.14 112.25 178 1 SER J 401 ? ? -171.04 127.65 179 1 ALA J 419 ? ? -69.62 1.78 180 1 TRP J 442 ? ? -66.22 -84.85 181 1 ASN J 443 ? ? 53.64 90.32 182 1 PRO J 444 ? ? -77.64 -152.64 183 1 ASN K 108 ? ? 64.63 -135.40 184 1 PHE K 126 ? ? -108.08 74.69 185 1 LYS K 130 ? ? -146.20 30.71 186 1 VAL K 146 ? ? 25.65 49.29 187 1 ALA L 12 ? ? -175.18 146.61 188 1 PRO L 13 ? ? -66.52 -171.86 189 1 GLN L 34 ? ? -66.60 75.44 190 1 SER L 38 ? ? -62.78 82.03 191 1 LYS L 40 ? ? 57.82 17.46 192 1 LEU L 41 ? ? -175.86 139.70 193 1 TYR L 68 ? ? -99.17 -60.16 194 1 TYR L 86 ? ? -45.82 -70.17 195 1 ALA L 154 ? ? -49.19 157.83 196 1 TRP M 4 ? ? -34.16 -36.97 197 1 VAL M 11 ? ? -141.14 -69.30 198 1 GLN M 12 ? ? 40.23 73.48 199 1 SER M 20 ? ? -173.81 146.94 200 1 GLN M 25 ? ? -68.50 98.53 201 1 THR M 45 ? ? 76.84 -55.04 202 1 MET M 80 ? ? -164.15 39.48 203 1 PRO M 94 ? ? -53.94 105.63 204 1 ASP M 110 ? ? -68.58 -177.31 205 1 ILE M 127 ? ? 24.75 92.79 206 1 GLN N 30 ? ? 20.67 71.82 207 1 THR N 48 ? ? 44.89 -111.27 208 1 ASN N 54 ? ? 66.61 122.70 209 1 ASN N 69 ? ? 60.17 61.29 210 1 LEU N 120 ? ? 13.09 -79.28 211 1 TYR O 28 ? ? -91.39 -92.57 212 1 THR O 30 ? ? -60.28 1.16 213 1 GLN O 32 ? ? -151.92 68.64 214 1 LEU O 80 ? ? -143.81 59.49 215 1 PRO O 81 ? ? -24.61 95.67 216 1 ALA O 92 ? ? 89.58 10.93 217 1 LEU O 191 ? ? -97.05 44.74 218 1 LYS O 205 ? ? -151.64 83.30 219 1 LYS O 206 ? ? 35.59 80.05 220 1 TYR O 213 ? ? 76.37 -42.68 221 1 ASN O 214 ? ? 100.59 2.31 222 1 GLU O 215 ? ? 57.92 177.89 223 1 ASP O 216 ? ? -62.11 92.91 224 1 GLN O 221 ? ? 71.46 94.66 225 1 ALA O 222 ? ? -56.25 108.15 226 1 LEU P 9 ? ? -54.57 92.00 227 1 ALA P 11 ? ? -75.72 -161.04 228 1 ALA P 15 ? ? -85.57 -132.64 229 1 ALA P 17 ? ? -161.99 93.45 230 1 TYR R 3 ? ? -101.02 -111.49 231 1 SER R 14 ? ? 2.25 -52.32 232 1 SER R 15 ? ? 73.87 39.00 233 1 LYS R 47 ? ? -111.41 52.33 234 1 GLU R 88 ? ? 58.35 74.98 235 1 THR R 89 ? ? -161.05 56.00 236 1 ARG S 60 ? ? -70.95 -78.02 237 1 ASP S 64 ? ? -123.90 -62.51 238 1 MET S 65 ? ? 88.44 -19.15 239 1 VAL S 112 ? ? -76.27 27.40 240 1 CYS S 114 ? ? -106.83 73.09 241 1 LEU S 162 ? ? -88.83 33.56 242 1 GLU S 163 ? ? 35.93 53.14 243 1 PRO S 197 ? ? -63.69 88.47 244 1 TRP S 238 ? ? -32.88 146.19 245 1 PHE T 68 ? ? -114.45 -70.72 246 1 SER T 103 ? ? 67.70 86.07 247 1 CYS T 104 ? ? -165.35 99.46 248 1 HIS T 144 ? ? -98.87 42.59 249 1 LEU T 391 ? ? -72.00 24.52 250 1 ALA T 462 ? ? -96.48 -68.15 251 1 VAL T 476 ? ? 80.60 169.69 252 1 PRO T 479 ? ? -102.24 56.13 253 1 ILE T 481 ? ? 67.87 157.66 254 1 GLU T 482 ? ? 61.25 -155.05 255 1 ASP T 483 ? ? 77.33 -55.84 256 1 PHE T 615 ? ? 58.68 108.38 257 1 PRO T 616 ? ? -174.37 -158.63 258 1 LEU T 655 ? ? -110.77 72.54 259 1 ASP T 661 ? ? 79.62 30.28 260 1 LEU b 15 ? ? -106.68 42.54 261 1 PRO b 101 ? ? -67.83 -174.41 262 1 GLN d 15 ? ? -28.89 124.39 263 1 ASP d 60 ? ? -78.12 -75.54 264 1 LYS d 70 ? ? -92.75 -60.51 265 1 PHE d 84 ? ? -68.49 -72.59 266 1 GLN e 34 ? ? -163.89 101.44 267 1 THR e 88 ? ? -124.24 -62.45 268 1 LYS f 32 ? ? -85.91 -79.46 269 1 SER f 64 ? ? -68.67 98.68 270 1 LEU g 59 ? ? -101.23 -60.53 271 1 GLN h 35 ? ? -108.96 41.37 272 1 LEU h 101 ? ? -161.06 118.65 273 1 ARG j 41 ? ? 49.42 74.18 274 1 ASN j 50 ? ? -95.86 31.29 275 1 ASN j 51 ? ? 60.05 71.61 276 1 LYS j 59 ? ? -125.04 -58.34 277 1 THR j 77 ? ? -150.35 89.13 278 1 PRO W 12 ? ? -68.43 96.93 279 1 GLN W 13 ? ? -108.94 44.32 280 1 TYR W 23 ? ? 63.73 79.99 281 1 CYS W 28 ? ? 68.77 -162.35 282 1 ASP W 33 ? ? 72.96 44.83 283 1 GLN W 35 ? ? 71.30 52.09 284 1 SER W 40 ? ? -67.79 82.35 285 1 ILE W 56 ? ? 70.81 59.67 286 1 LEU W 59 ? ? -100.12 53.79 287 1 LEU W 70 ? ? -162.58 80.41 288 1 ILE W 76 ? ? -164.63 64.81 289 1 THR W 78 ? ? -104.70 45.68 290 1 LEU W 81 ? ? -117.38 54.45 291 1 ASN W 85 ? ? -111.56 52.80 292 1 VAL W 98 ? ? -64.57 90.72 293 1 LEU W 103 ? ? -109.01 50.32 294 1 ARG W 122 ? ? 117.51 -34.97 295 1 LEU W 127 ? ? -172.48 142.35 296 1 THR W 128 ? ? -105.99 -78.80 297 1 LEU W 129 ? ? 68.39 123.78 298 1 LEU W 151 ? ? -65.10 97.31 299 1 PHE W 156 ? ? 82.77 -30.81 300 1 GLN Y 34 ? ? 63.08 71.59 301 1 GLN Y 68 ? ? 70.33 -173.48 302 1 GLN Y 71 ? ? -65.06 96.89 303 1 VAL k 6 ? ? -166.49 108.99 304 1 LEU k 15 ? ? -99.86 33.24 305 1 GLU k 47 ? ? -162.23 102.62 306 1 VAL k 81 ? ? -162.50 80.50 307 1 LEU k 84 ? ? -108.21 69.52 308 1 LEU k 93 ? ? -93.86 -61.22 309 1 VAL l 25 ? ? -160.13 89.46 310 1 GLN l 30 ? ? 67.25 -112.32 311 1 ALA l 80 ? ? -150.98 63.80 312 1 GLN l 83 ? ? -74.42 -81.24 313 1 PRO l 98 ? ? -131.27 -48.75 314 1 LEU l 103 ? ? -158.28 83.97 315 1 ARG m 41 ? ? -44.26 108.67 316 1 LYS m 59 ? ? -135.44 -63.24 317 1 GLU m 78 ? ? -140.12 58.04 318 1 ILE m 102 ? ? -91.69 -60.40 319 1 ARG n 30 ? ? -162.57 101.51 320 1 THR n 50 ? ? -119.40 76.23 321 1 ALA n 55 ? ? -63.39 92.27 322 1 ASN n 80 ? ? -91.99 -62.19 323 1 VAL p 44 ? ? -142.84 -63.37 324 1 GLU p 56 ? ? 61.51 62.67 325 1 ASN q 34 ? ? 60.28 82.64 326 1 SER r 22 ? ? 59.65 83.20 327 1 LEU r 57 ? ? -161.25 79.23 328 1 LEU r 59 ? ? -76.80 -76.62 329 1 THR r 61 ? 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EDTA 1 4 ? ? ? ? 1 5 ? ? ? ? # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 2 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 4932 _em_entity_assembly_naturalsource.organ . _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Saccharomyces cerevisiae' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2 _em_image_recording.average_exposure_time 0.8 _em_image_recording.details 'Total dose: 40 electrons/Angstrom^2 over 16 seconds. 20 movie frames collected at 1.25 frames per second.' _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 2213 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 248000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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V 75 ? ? 6 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 A C 4 1_555 A G 144 1_555 A A 5 1_555 A U 143 1_555 -0.991 -1.574 3.831 -2.502 1.714 28.021 -3.702 1.351 3.802 3.527 5.147 28.181 1 UU_C4A5:U143G144_UU U 4 ? 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