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E . n E 1 2421 ALA 2421 2421 ? ? ? E . n E 1 2422 LEU 2422 2422 ? ? ? E . n E 1 2423 LEU 2423 2423 ? ? ? E . n E 1 2424 GLY 2424 2424 ? ? ? E . n E 1 2425 PRO 2425 2425 ? ? ? E . n E 1 2426 TYR 2426 2426 ? ? ? E . n E 1 2427 GLN 2427 2427 ? ? ? E . n E 1 2428 ASP 2428 2428 ? ? ? E . n E 1 2429 VAL 2429 2429 ? ? ? E . n E 1 2430 GLN 2430 2430 ? ? ? E . n E 1 2431 ALA 2431 2431 ? ? ? E . n E 1 2432 ILE 2432 2432 ? ? ? E . n E 1 2433 LEU 2433 2433 ? ? ? E . n E 1 2434 SER 2434 2434 ? ? ? E . n E 1 2435 TYR 2435 2435 ? ? ? E . n E 1 2436 GLY 2436 2436 ? ? ? E . n E 1 2437 ASP 2437 2437 ? ? ? E . n E 1 2438 LYS 2438 2438 ? ? ? E . n E 1 2439 ALA 2439 2439 ? ? ? E . n E 1 2440 GLY 2440 2440 ? ? ? E . n E 1 2441 LEU 2441 2441 ? ? ? E . n E 1 2442 ALA 2442 2442 ? ? ? E . n E 1 2443 ASN 2443 2443 ? ? ? E . n E 1 2444 GLY 2444 2444 ? ? ? E . n E 1 2445 CYS 2445 2445 ? ? ? E . n E 1 2446 GLU 2446 2446 ? ? ? E . n E 1 2447 ALA 2447 2447 ? ? ? E . n E 1 2448 LEU 2448 2448 ? ? ? E . n E 1 2449 ALA 2449 2449 ? ? ? E . n E 1 2450 VAL 2450 2450 ? ? ? E . n E 1 2451 SER 2451 2451 ? ? ? E . n E 1 2452 HIS 2452 2452 ? ? ? E . n E 1 2453 GLY 2453 2453 ? ? ? E . n E 1 2454 MET 2454 2454 ? ? ? E . n E 1 2455 ASN 2455 2455 ? ? ? E . n E 1 2456 ASP 2456 2456 ? ? ? E . n E 1 2457 SER 2457 2457 ? ? ? E . n E 1 2458 GLY 2458 2458 ? ? ? E . n E 1 2459 GLN 2459 2459 ? ? ? E . n E 1 2460 PHE 2460 2460 ? ? ? E . n E 1 2461 GLN 2461 2461 ? ? ? E . n E 1 2462 LEU 2462 2462 ? ? ? E . n E 1 2463 ASP 2463 2463 ? ? ? E . n E 1 2464 PHE 2464 2464 ? ? ? E . n E 1 2465 ASN 2465 2465 ? ? ? E . n E 1 2466 ASP 2466 2466 ? ? ? E . n E 1 2467 GLY 2467 2467 ? ? ? E . n E 1 2468 LYS 2468 2468 ? ? ? E . n E 1 2469 PHE 2469 2469 ? ? ? E . n E 1 2470 LEU 2470 2470 ? ? ? E . n E 1 2471 PRO 2471 2471 ? ? ? E . n E 1 2472 PHE 2472 2472 ? ? ? E . n E 1 2473 GLU 2473 2473 ? ? ? E . n E 1 2474 GLY 2474 2474 ? ? ? E . n E 1 2475 ILE 2475 2475 ? ? ? E . n E 1 2476 ALA 2476 2476 ? ? ? E . n E 1 2477 ILE 2477 2477 ? ? ? E . n E 1 2478 ASP 2478 2478 ? ? ? E . n E 1 2479 GLN 2479 2479 ? ? ? E . n E 1 2480 GLY 2480 2480 ? ? ? E . n E 1 2481 THR 2481 2481 ? ? ? E . n E 1 2482 LEU 2482 2482 ? ? ? E . n E 1 2483 THR 2483 2483 ? ? ? E . n E 1 2484 LEU 2484 2484 ? ? ? E . n E 1 2485 SER 2485 2485 ? ? ? E . n E 1 2486 PHE 2486 2486 ? ? ? E . n E 1 2487 PRO 2487 2487 ? ? ? E . n E 1 2488 ASN 2488 2488 ? ? ? E . n E 1 2489 ALA 2489 2489 ? ? ? E . n E 1 2490 SER 2490 2490 ? ? ? E . n E 1 2491 MET 2491 2491 ? ? ? E . n E 1 2492 PRO 2492 2492 ? ? ? E . n E 1 2493 GLU 2493 2493 ? ? ? E . n E 1 2494 LYS 2494 2494 ? ? ? E . n E 1 2495 GLY 2495 2495 ? ? ? E . n E 1 2496 LYS 2496 2496 ? ? ? E . n E 1 2497 GLN 2497 2497 ? ? ? E . n E 1 2498 ALA 2498 2498 ? ? ? E . n E 1 2499 THR 2499 2499 ? ? ? E . n E 1 2500 MET 2500 2500 ? ? ? E . n E 1 2501 LEU 2501 2501 ? ? ? E . n E 1 2502 LYS 2502 2502 ? ? ? E . n E 1 2503 THR 2503 2503 ? ? ? E . n E 1 2504 LEU 2504 2504 ? ? ? E . n E 1 2505 ASN 2505 2505 ? ? ? E . n E 1 2506 ASP 2506 2506 ? ? ? E . n E 1 2507 ILE 2507 2507 ? ? ? E . n E 1 2508 ILE 2508 2508 ? ? ? E . n E 1 2509 LEU 2509 2509 ? ? ? E . n E 1 2510 HIS 2510 2510 ? ? ? E . n E 1 2511 ILE 2511 2511 ? ? ? E . n E 1 2512 ARG 2512 2512 ? ? ? E . n E 1 2513 TYR 2513 2513 ? ? ? E . n E 1 2514 THR 2514 2514 ? ? ? E . n E 1 2515 ILE 2515 2515 ? ? ? E . n E 1 2516 LYS 2516 2516 ? ? ? E . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 0 ? 1 MORE 0 ? 1 'SSA (A^2)' 233500 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2016-08-31 2 'Structure model' 1 1 2016-09-07 3 'Structure model' 1 2 2016-10-19 4 'Structure model' 1 3 2017-08-02 5 'Structure model' 1 4 2019-10-23 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 4 'Structure model' 'Experimental preparation' 5 5 'Structure model' 'Data collection' 6 5 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' em_sample_support 2 4 'Structure model' em_software 3 5 'Structure model' cell # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_em_sample_support.grid_type' 2 4 'Structure model' '_em_software.name' 3 4 'Structure model' '_em_software.version' 4 5 'Structure model' '_cell.Z_PDB' # _em_3d_fitting.entry_id 5LKH _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details 'Pseudoatomic model was obtained by flexible fitting after initial rigid body fitting of individual domains in Chimera.' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5LKH _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;The density was filtered to its local resolution using localfilt (SPARX) and Remap. Although the density map has an average resolution of 3.46 A, the present rough model was obtained by flexible fitting within local densities of <9 A resolution. ; _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 13000 _em_3d_reconstruction.resolution 3.46 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 11 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodiscs' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5LKH _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 7 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5LKH _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details 'Cs corrected microscope' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification 59000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type C-flat-2/1 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.instrument 'GATAN CRYOPLUNGE 3' _em_vitrification.entry_id 5LKH _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5LKH _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5LKH _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C5 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CB A LEU 670 ? ? 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