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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 24 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 42 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'Thermus thermophilus' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 274 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB AP008226.1 55771382 ? 1 ;UUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGU UUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUC GGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAU CAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUG AGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCU UGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUA AUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGG GCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGAC GGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCC ACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAA CGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAG GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; 131300 2 UNP RS2_THET8 P80371 ? 2 ;MPVEITVKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDI VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; 1 3 UNP RS3_THET8 P80372 ? 3 ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; 1 4 UNP RS4_THET8 P80373 ? 4 ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR ; 1 5 UNP RS5_THET8 Q5SHQ5 ? 5 ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; 1 6 UNP RS6_THET8 Q5SLP8 ? 6 ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; 1 7 UNP RS7_THET8 P17291 ? 7 ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; 1 8 UNP RS8_THET8 Q5SHQ2 ? 8 ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; 1 9 UNP RS9_THET8 P80374 ? 9 ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; 1 10 UNP RS10_THET8 Q5SHN7 ? 10 ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; 1 11 UNP RS11_THET8 P80376 ? 11 ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; 1 12 UNP RS12_THET8 Q5SHN3 ? 12 ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; 1 13 UNP RS13_THET8 P80377 ? 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ASN E 127 LEU E 142 1 ? 16 HELX_P HELX_P30 AD3 THR E 144 ? ARG E 152 ? THR E 144 ARG E 152 1 ? 9 HELX_P HELX_P31 AD4 GLN F 16 ? TYR F 33 ? GLN F 16 TYR F 33 1 ? 18 HELX_P HELX_P32 AD5 PRO F 68 ? ASP F 70 ? PRO F 68 ASP F 70 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 AD6 ARG F 71 ? ARG F 82 ? ARG F 71 ARG F 82 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP G 20 ? MET G 31 ? ASP G 20 MET G 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 LYS G 35 ? THR G 54 ? LYS G 35 THR G 54 1 ? 20 HELX_P HELX_P36 AD9 LEU G 59 ? LYS G 70 ? LEU G 59 LYS G 70 1 ? 12 HELX_P HELX_P37 AE1 SER G 92 ? GLN G 110 ? SER G 92 GLN G 110 1 ? 19 HELX_P HELX_P38 AE2 ARG G 115 ? GLY G 130 ? ARG G 115 GLY G 130 1 ? 16 HELX_P HELX_P39 AE3 GLY G 133 ? ALA G 145 ? GLY G 133 ALA G 145 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN G 148 ? ALA G 152 ? ASN G 148 ALA G 152 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP H 4 ? TYR H 20 ? ASP H 4 TYR H 20 1 ? 17 HELX_P HELX_P42 AE6 SER H 29 ? GLY H 43 ? SER H 29 GLY H 43 1 ? 15 HELX_P HELX_P43 AE7 ARG H 102 ? GLY H 106 ? 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Z OMC 32 Z U 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.626 ? covale5 covale both ? Y G 46 "O3'" ? ? ? 1_555 Y G7M 47 P ? ? Z G 45 Z G7M 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.618 ? covale6 covale both ? Y G7M 47 "O3'" ? ? ? 1_555 Y U 48 P ? ? Z G7M 46 Z U 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.614 ? covale7 covale both ? Y G 54 "O3'" ? ? ? 1_555 Y 5MU 55 P ? ? Z G 53 Z 5MU 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.612 ? covale8 covale both ? Y 5MU 55 "O3'" ? ? ? 1_555 Y PSU 56 P ? ? Z 5MU 54 Z PSU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.619 ? hydrog1 hydrog ? ? A G 8 N2 ? ? ? 1_555 A U 544 O4 ? ? A G 7 A U 560 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 10 N1 ? ? ? 1_555 A C 26 N3 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 10 N2 ? ? ? 1_555 A C 26 O2 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 10 O6 ? ? ? 1_555 A C 26 N4 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog5 hydrog ? ? A A 11 N1 ? ? ? 1_555 A U 25 N3 ? ? A A 10 A U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog6 hydrog ? ? A A 11 N6 ? ? ? 1_555 A U 25 O4 ? ? A A 10 A U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog7 hydrog ? ? A G 12 N1 ? ? ? 1_555 A C 24 N3 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog8 hydrog ? ? A G 12 N2 ? ? ? 1_555 A C 24 O2 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog9 hydrog ? ? A G 12 O6 ? ? ? 1_555 A C 24 N4 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog10 hydrog ? ? A U 13 N3 ? ? ? 1_555 A G 23 O6 ? ? A U 12 A G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog11 hydrog ? ? A U 13 O2 ? ? ? 1_555 A G 23 N1 ? ? A U 12 A G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog12 hydrog ? ? A U 14 O4 ? ? ? 1_555 A U 21 N3 ? ? A U 13 A U 20 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? hydrog13 hydrog ? ? A U 14 N3 ? ? ? 1_555 A A 893 N7 ? ? A U 13 A A 915 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? hydrog14 hydrog ? ? A U 14 O4 ? ? ? 1_555 A A 893 N6 ? ? A U 13 A A 915 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? hydrog15 hydrog ? ? A G 16 N1 ? ? ? 1_555 A U 898 O2 ? ? A G 15 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog16 hydrog ? ? A G 16 O6 ? ? ? 1_555 A U 898 N3 ? ? A G 15 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog17 hydrog ? ? A G 16 N1 ? ? ? 1_555 A U 899 O2 ? ? A G 15 A U 921 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog18 hydrog ? ? A G 16 O6 ? ? ? 1_555 A U 899 N3 ? ? A G 15 A U 921 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog19 hydrog ? ? A A 17 N6 ? ? ? 1_555 A A 897 N1 ? ? A A 16 A A 919 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? hydrog20 hydrog ? ? A A 17 N1 ? ? ? 1_555 A U 898 N3 ? ? A A 16 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? hydrog21 hydrog ? ? A U 18 N3 ? ? ? 1_555 A A 896 N1 ? ? A U 17 A A 918 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog22 hydrog ? ? A U 18 O4 ? ? ? 1_555 A A 896 N6 ? ? A U 17 A A 918 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog23 hydrog ? ? A U 18 N3 ? ? ? 1_555 A A 897 N1 ? ? A U 17 A A 919 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog24 hydrog ? ? A U 18 O4 ? ? ? 1_555 A A 897 N6 ? ? A U 17 A A 919 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog25 hydrog ? ? A U 18 O2 ? ? ? 1_555 A G 1062 N2 ? ? A U 17 A G 1079 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog26 hydrog ? ? A C 19 N3 ? ? ? 1_555 A G 895 N1 ? ? A C 18 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog27 hydrog ? ? A C 19 N4 ? ? ? 1_555 A G 895 O6 ? ? A C 18 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog28 hydrog ? ? A C 19 O2 ? ? ? 1_555 A G 895 N2 ? ? A C 18 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog29 hydrog ? ? A C 20 N3 ? ? ? 1_555 A G 894 N1 ? ? A C 19 A G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog30 hydrog ? ? A C 20 N4 ? ? ? 1_555 A G 894 O6 ? ? A C 19 A G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog31 hydrog ? ? A C 20 O2 ? ? ? 1_555 A G 894 N2 ? ? A C 19 A G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog32 hydrog ? ? A C 20 N3 ? ? ? 1_555 A G 895 N1 ? ? A C 19 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog33 hydrog ? ? A C 20 N4 ? ? ? 1_555 A G 895 O6 ? ? A C 19 A G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? 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N TYR B 33 O ILE B 41 ? O ILE B 41 AA2 1 2 O VAL B 93 ? O VAL B 93 N PHE B 70 ? N PHE B 70 AA2 2 3 N VAL B 71 ? N VAL B 71 O PHE B 163 ? O PHE B 163 AA2 3 4 N VAL B 164 ? N VAL B 164 O ILE B 185 ? O ILE B 185 AA2 4 5 N ALA B 186 ? N ALA B 186 O TYR B 199 ? O TYR B 199 AA3 1 2 N ARG C 21 ? N ARG C 21 O ILE C 57 ? O ILE C 57 AA3 2 3 N ARG C 54 ? N ARG C 54 O HIS C 69 ? O HIS C 69 AA3 3 4 N VAL C 68 ? N VAL C 68 O ASN C 102 ? O ASN C 102 AA4 1 2 O GLU C 166 ? O GLU C 166 N VAL C 153 ? N VAL C 153 AA4 2 3 N ALA C 149 ? N ALA C 149 O GLN C 170 ? O GLN C 170 AA5 1 2 O GLU C 166 ? O GLU C 166 N VAL C 153 ? N VAL C 153 AA5 2 3 N ILE C 152 ? N ILE C 152 O LYS C 199 ? O LYS C 199 AA5 3 4 O VAL C 198 ? O VAL C 198 N ALA C 187 ? N ALA C 187 AA6 1 2 O ARG D 131 ? O ARG D 131 N VAL D 128 ? N VAL D 128 AA6 2 3 N THR D 127 ? N THR D 127 O ALA D 147 ? O ALA D 147 AA7 1 2 N ASP D 177 ? N ASP D 177 O LYS D 182 ? O LYS D 182 AA8 1 2 N LYS E 9 ? N LYS E 9 O VAL E 33 ? O VAL E 33 AA8 2 3 N VAL E 32 ? N VAL E 32 O GLY E 44 ? O GLY E 44 AA9 1 2 N ILE E 80 ? N ILE E 80 O LEU E 91 ? O LEU E 91 AA9 2 3 N LYS E 92 ? N LYS E 92 O LEU E 119 ? O LEU E 119 AA9 3 4 O ILE E 118 ? O ILE E 118 N ILE E 101 ? N ILE E 101 AB1 1 2 N GLU F 41 ? N GLU F 41 O TRP F 62 ? O TRP F 62 AB1 2 3 O TYR F 63 ? O TYR F 63 N VAL F 6 ? N VAL F 6 AB1 3 4 N VAL F 9 ? N VAL F 9 O ARG F 87 ? O ARG F 87 AB2 1 2 N ALA F 99 ? N ALA F 99 O PHE R 29 ? O PHE R 29 AB3 1 2 N GLU G 74 ? N GLU G 74 O MET G 89 ? O MET G 89 AB4 1 2 N THR H 24 ? N THR H 24 O VAL H 61 ? O VAL H 61 AB4 2 3 O TYR H 62 ? O TYR H 62 N GLY H 47 ? N GLY H 47 AB5 1 2 N ARG H 84 ? N ARG H 84 O GLU H 136 ? O GLU H 136 AB5 2 3 O GLY H 131 ? O GLY H 131 N VAL H 95 ? N VAL H 95 AB6 1 2 N ARG H 84 ? N ARG H 84 O GLU H 136 ? O GLU H 136 AB6 2 3 O VAL H 137 ? O VAL H 137 N ILE H 109 ? N ILE H 109 AB6 3 4 N THR H 114 ? N THR H 114 O GLY H 117 ? O GLY H 117 AB7 1 2 N TYR I 4 ? N TYR I 4 O LEU I 19 ? O LEU I 19 AB7 2 3 O ALA I 13 ? O ALA I 13 N ARG I 10 ? N ARG I 10 AB8 1 2 N TYR I 4 ? N TYR I 4 O LEU I 19 ? O LEU I 19 AB8 2 3 N VAL I 14 ? N VAL I 14 O ARG I 66 ? O ARG I 66 AB8 3 4 O ILE I 63 ? O ILE I 63 N THR I 27 ? N THR I 27 AB8 4 5 N VAL I 28 ? N VAL I 28 O GLN I 31 ? O GLN I 31 AB9 1 2 O ARG J 70 ? O ARG J 70 N LEU J 8 ? N LEU J 8 AB9 2 3 N ILE J 4 ? N ILE J 4 O ILE J 74 ? O ILE J 74 AC1 1 2 O ARG J 70 ? O ARG J 70 N LEU J 8 ? N LEU J 8 AC1 2 3 N ARG J 5 ? N ARG J 5 O LYS J 99 ? O LYS J 99 AC2 1 2 N PHE J 47 ? N PHE J 47 O PHE J 63 ? O PHE J 63 AC2 2 3 N GLU J 64 ? N GLU J 64 O ARG N 57 ? O ARG N 57 AC3 1 2 O ILE K 40 ? O ILE K 40 N ILE K 32 ? N ILE K 32 AC3 2 3 O THR K 31 ? O THR K 31 N TYR K 20 ? N TYR K 20 AC3 3 4 N ALA K 23 ? N ALA K 23 O ARG K 85 ? O ARG K 85 AC3 4 5 N VAL K 80 ? N VAL K 80 O LYS K 106 ? O LYS K 106 AC3 5 6 N ASP K 110 ? N ASP K 110 O LEU R 85 ? O LEU R 85 AC4 1 2 O VAL L 63 ? O VAL L 66 N VAL L 55 ? N VAL L 58 AC4 2 3 O ARG L 50 ? O ARG L 53 N VAL L 40 ? N VAL L 43 AC4 3 4 N ARG L 30 ? 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A . n A 1 6 U 6 5 5 U U A . n A 1 7 G 7 6 6 G G A . n A 1 8 G 8 7 7 G G A . n A 1 9 A 9 8 8 A A A . n A 1 10 G 10 9 9 G G A . n A 1 11 A 11 10 10 A A A . n A 1 12 G 12 11 11 G G A . n A 1 13 U 13 12 12 U U A . n A 1 14 U 14 13 13 U U A . n A 1 15 U 15 14 14 U U A . n A 1 16 G 16 15 15 G G A . n A 1 17 A 17 16 16 A A A . n A 1 18 U 18 17 17 U U A . n A 1 19 C 19 18 18 C C A . n A 1 20 C 20 19 19 C C A . n A 1 21 U 21 20 20 U U A . n A 1 22 G 22 21 21 G G A . n A 1 23 G 23 22 22 G G A . n A 1 24 C 24 23 23 C C A . n A 1 25 U 25 24 24 U U A . n A 1 26 C 26 25 25 C C A . n A 1 27 A 27 26 26 A A A . n A 1 28 G 28 27 27 G G A . n A 1 29 G 29 28 28 G G A . n A 1 30 G 30 29 29 G G A . n A 1 31 U 31 30 30 U U A . n A 1 32 G 32 31 31 G G A . n A 1 33 A 33 32 32 A A A . n A 1 34 A 34 33 33 A A A . n A 1 35 C 35 34 34 C C A . n A 1 36 G 36 35 35 G G A . n A 1 37 C 37 36 36 C C A . n A 1 38 U 38 37 37 U U A . n A 1 39 G 39 38 38 G G A . n A 1 40 G 40 39 39 G G A . n A 1 41 C 41 40 40 C C A . n A 1 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M LYS 120 106 1 Y 1 M LYS 121 ? M LYS 121 107 1 Y 1 M LYS 122 ? M LYS 122 108 1 Y 1 M ALA 123 ? M ALA 123 109 1 Y 1 M PRO 124 ? M PRO 124 110 1 Y 1 M ARG 125 ? M ARG 125 111 1 Y 1 M LYS 126 ? M LYS 126 112 1 Y 1 N MET 1 ? N MET 1 113 1 Y 1 O MET 1 ? O MET 1 114 1 Y 1 P ALA 84 ? P ALA 84 115 1 Y 1 P ARG 85 ? P ARG 85 116 1 Y 1 P GLU 86 ? P GLU 86 117 1 Y 1 P GLY 87 ? P GLY 87 118 1 Y 1 P ALA 88 ? P ALA 88 119 1 Y 1 Q MET 1 ? Q MET 1 120 1 Y 1 Q ARG 101 ? Q ARG 101 121 1 Y 1 Q GLY 102 ? Q GLY 102 122 1 Y 1 Q GLY 103 ? Q GLY 103 123 1 Y 1 Q LYS 104 ? Q LYS 104 124 1 Y 1 Q ALA 105 ? Q ALA 105 125 1 Y 1 R MET 1 ? R MET 1 126 1 Y 1 R SER 2 ? R SER 2 127 1 Y 1 R THR 3 ? R THR 3 128 1 Y 1 R LYS 4 ? R LYS 4 129 1 Y 1 R ASN 5 ? R ASN 5 130 1 Y 1 R ALA 6 ? R ALA 6 131 1 Y 1 R LYS 7 ? R LYS 7 132 1 Y 1 R PRO 8 ? R PRO 8 133 1 Y 1 R LYS 9 ? R LYS 9 134 1 Y 1 R LYS 10 ? R LYS 10 135 1 Y 1 R GLU 11 ? R GLU 11 136 1 Y 1 R ALA 12 ? R ALA 12 137 1 Y 1 R GLN 13 ? R GLN 13 138 1 Y 1 R ARG 14 ? R ARG 14 139 1 Y 1 R ARG 15 ? R ARG 15 140 1 Y 1 S MET 1 ? S MET 1 141 1 Y 1 S GLY 82 ? S GLY 82 142 1 Y 1 S HIS 83 ? S HIS 83 143 1 Y 1 S GLY 84 ? S GLY 84 144 1 Y 1 S LYS 85 ? S LYS 85 145 1 Y 1 S GLU 86 ? S GLU 86 146 1 Y 1 S ALA 87 ? S ALA 87 147 1 Y 1 S LYS 88 ? S LYS 88 148 1 Y 1 S ALA 89 ? S ALA 89 149 1 Y 1 S THR 90 ? S THR 90 150 1 Y 1 S LYS 91 ? S LYS 91 151 1 Y 1 S LYS 92 ? S LYS 92 152 1 Y 1 S LYS 93 ? S LYS 93 153 1 Y 1 T MET 1 ? T MET 1 154 1 Y 1 T ALA 2 ? T ALA 2 155 1 Y 1 T GLN 3 ? T GLN 3 156 1 Y 1 T LYS 4 ? T LYS 4 157 1 Y 1 T LYS 5 ? T LYS 5 158 1 Y 1 T PRO 6 ? T PRO 6 159 1 Y 1 T LYS 7 ? T LYS 7 160 1 Y 1 V MET 1 ? U MET 1 161 1 Y 1 V LYS 26 ? U LYS 26 162 1 Y 1 V LYS 27 ? U LYS 27 163 1 Y 1 W MET 0 ? V MET 1 164 1 Y 1 X MET 2 ? W MET 1 165 1 Y 1 X LYS 79 ? W LYS 78 166 1 Y 1 X ALA 80 ? W ALA 79 167 1 Y 1 X LYS 81 ? W LYS 80 168 1 Y 1 X ARG 82 ? W ARG 81 169 1 Y 1 X SER 171 ? W SER 170 170 1 Y 1 X ALA 172 ? W ALA 171 171 1 Y 1 Y G 1 ? X G 1 172 1 Y 1 Y C 2 ? X C 2 173 1 Y 1 Y U 3 ? X U 3 174 1 Y 1 Y C 4 ? X C 4 175 1 Y 1 Y U 5 ? X U 5 176 1 Y 1 Y U 6 ? X U 6 177 1 Y 1 Y U 7 ? X U 7 178 1 Y 1 Y U 8 ? X U 8 179 1 Y 1 Y A 9 ? X A 9 180 1 Y 1 Y A 10 ? X A 10 181 1 Y 1 Y C 11 ? X C 11 182 1 Y 1 Y A 12 ? X A 12 183 1 Y 1 Y A 13 ? X A 13 184 1 Y 1 Y U 14 ? X U 14 185 1 Y 1 Y U 15 ? X U 15 186 1 Y 1 Y U 16 ? X U 16 187 1 Y 1 Y A 17 ? X A 17 188 1 Y 1 Y U 18 ? X U 18 189 1 Y 1 Y C 19 ? X C 19 190 1 Y 1 Y U 40 ? X U 40 191 1 Y 1 Y C 41 ? X C 41 192 1 Y 1 Y A 42 ? X A 42 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 5 mM ? Hepes-K 1 2 10 mM ? 'Magnessium acetate' 1 3 50 mM ? 'Potassium chloride' 1 4 10 mM ? 'Ammonium chloride' 1 5 6 mM ? 'Beta mercaptoethanol' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.8497 # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'FEI Falcon III' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 30 _em_image_recording.average_exposure_time 1.1 _em_image_recording.details ;Recorded in a FEI Falcon III direct electron detector. Images were collected in movie-mode at 32 frames per second ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model OTHER _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 5 _em_image_recording.num_real_images 4400 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 666610 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 1.4 1 ? ? 2 'PARTICLE SELECTION' ? EMAN ? 1 ? ? 3 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 3 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.1 ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8 ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC 5.8 ? 1 ? 12 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 13 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 14 CLASSIFICATION ? RELION 1.4 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.08 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5LMS 'double helix' 5LMS 'a-form double helix' 5LMS 'parallel strands' 5LMS 'hairpin loop' 5LMS tetraloop 5LMS 'bulge loop' 5LMS 'mismatched base pair' 5LMS 'internal loop' 5LMS 'triple helix' 5LMS 'quadruple helix' 5LMS 'three-way junction' 5LMS 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 8 1_555 A U 544 1_555 5.198 2.606 1.150 20.041 0.462 -61.730 1 A_G7:U560_A A 7 ? A 560 ? ? ? 1 A G 295 1_555 A G 550 1_555 1.966 2.786 -1.611 23.703 6.652 -101.298 2 A_G299:G566_A A 299 ? A 566 ? 6 3 1 A A 296 1_555 A U 549 1_555 3.166 0.586 -1.110 11.520 40.456 92.882 3 A_A300:U565_A A 300 ? A 565 ? ? 5 1 A G 542 1_555 A A 27 1_555 7.071 -4.513 -0.840 -15.813 7.570 -7.524 4 A_G558:A26_A A 558 ? A 26 ? 11 10 1 A G 10 1_555 A C 26 1_555 -0.227 -0.110 0.188 -3.827 4.402 -0.951 5 A_G9:C25_A A 9 ? A 25 ? 19 1 1 A A 11 1_555 A U 25 1_555 -0.254 -0.303 -0.968 -2.423 1.194 0.066 6 A_A10:U24_A A 10 ? A 24 ? 20 1 1 A G 12 1_555 A C 24 1_555 0.630 -0.061 -0.299 -5.716 -2.146 -1.403 7 A_G11:C23_A A 11 ? A 23 ? 19 1 1 A U 13 1_555 A G 23 1_555 2.073 -0.727 0.380 6.108 8.057 -11.414 8 A_U12:G22_A A 12 ? A 22 ? 28 1 1 A A 892 1_555 A G 22 1_555 -6.730 -3.439 -0.387 20.231 14.957 -12.317 9 A_A914:G21_A A 914 ? A 21 ? 11 10 1 A U 14 1_555 A U 21 1_555 -2.861 -0.748 0.185 7.638 16.387 -68.950 10 A_U13:U20_A A 13 ? A 20 ? ? 3 1 A G 894 1_555 A C 20 1_555 0.344 -0.029 -0.485 -16.479 -14.120 0.524 11 A_G916:C19_A A 916 ? A 19 ? 19 1 1 A G 895 1_555 A C 19 1_555 -0.569 -0.260 -0.661 -0.361 -5.421 0.317 12 A_G917:C18_A A 917 ? A 18 ? 19 1 1 A A 896 1_555 A U 18 1_555 0.519 -0.369 -1.148 6.084 6.175 -1.589 13 A_A918:U17_A A 918 ? A 17 ? 20 1 1 A A 897 1_555 A A 17 1_555 1.823 1.658 -1.632 -0.822 10.114 3.992 14 A_A919:A16_A A 919 ? A 16 ? ? 1 1 A U 898 1_555 A G 16 1_555 2.987 -0.780 -0.792 3.223 10.955 -6.913 15 A_U920:G15_A A 920 ? A 15 ? 28 1 1 A U 899 1_555 A A 1379 1_555 -0.361 -0.168 -0.854 10.159 -12.669 2.749 16 A_U921:A1396_A A 921 ? A 1396 ? 20 1 1 A G 900 1_555 A C 1378 1_555 0.484 -0.043 -0.394 -11.596 -10.525 -0.140 17 A_G922:C1395_A A 922 ? A 1395 ? 19 1 1 A A 901 1_555 A U 1376 1_555 -0.372 -0.264 0.551 -6.024 -14.177 -2.756 18 A_A923:U1393_A A 923 ? A 1393 ? 20 1 1 A C 902 1_555 A G 1375 1_555 0.189 -0.157 0.578 -3.600 -13.284 -2.684 19 A_C924:G1392_A A 924 ? 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