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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 24 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 42 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'Thermus thermophilus HB8' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 300852 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB AP008226.1 55771382 ? 1 ;UUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGU UUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUC GGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAU CAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUG AGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCU UGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUA AUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGG GCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGAC GGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCC ACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAA CGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAG GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; 131300 2 UNP RS2_THET8 P80371 ? 2 ;MPVEITVKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDI VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; 1 3 UNP RS3_THET8 P80372 ? 3 ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; 1 4 UNP RS4_THET8 P80373 ? 4 ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR ; 1 5 UNP RS5_THET8 Q5SHQ5 ? 5 ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; 1 6 UNP RS6_THET8 Q5SLP8 ? 6 ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; 1 7 UNP RS7_THET8 P17291 ? 7 ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; 1 8 UNP RS8_THET8 Q5SHQ2 ? 8 ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; 1 9 UNP RS9_THET8 P80374 ? 9 ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; 1 10 UNP RS10_THET8 Q5SHN7 ? 10 ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; 1 11 UNP RS11_THET8 P80376 ? 11 ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; 1 12 UNP RS12_THET8 Q5SHN3 ? 12 ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; 1 13 UNP RS13_THET8 P80377 ? 13 ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; 1 14 UNP RS14Z_THET8 Q5SHQ1 ? 14 MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW 1 15 UNP RS15_THET8 Q5SJ76 ? 15 ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; 1 16 UNP RS16_THET8 Q5SJH3 ? 16 ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; 1 17 UNP RS17_THET8 Q5SHP7 ? 17 ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYESLSKRGGKA ; 1 18 UNP RS18_THET8 Q5SLQ0 ? 18 ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; 1 19 UNP RS19_THET8 Q5SHP2 ? 19 ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; 1 20 UNP RS20_THET8 P80380 ? 20 ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; 1 21 UNP RSHX_THET8 Q5SIH3 ? 21 MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK 1 22 UNP IF1_THET8 Q5SHR1 ? 22 MAKEKDTIRTEGVVTEALPNATFRVKLDSGPEILAYISGKMRMHYIRILPGDRVVVEITPYDPTRGRIVYRK 1 23 UNP IF3_THET8 Q5SKU2 ? 23 ;MKEYLTNERIRAKQVRVVGPDGKQLGIMDTREALRLAQEMDLDLVLVGPNADPPVARIMDYSKWRYEQQMAEKEARKKAK RTEVKSIKFRVKIDEHDYQTKLGHIKRFLQEGHKVKVTIMFRGREVAHPELGERILNRVTEDLKDLAVVEMKPEMLGRDM NMLLAPVKVSA ; 1 24 PDB 5LMV 5LMV ? 24 ? 1 25 PDB 5LMV 5LMV ? 25 ? 1 26 UNP IF2_THET8 P48515 ? 26 ;MAKVRIYQLAKELGMETQELLELLDQMGVAYKSHASTLEEKDAEAVRELVKEQRGLQEKLAEEERRKSLPRRPPVVVIMG HVDHGKTTLLDYLRKSRIAEKEAGGITQHVGAFEVKTPQGTVVFIDTPGHEAFTTIRQRGAKVADIAVIVIAADDGIMPQ TEEAIAHAKAAGAKLIFAINKIDLPQADPEKVKRQLMERGFVPEEYGGDAIVIPISAKTGQGVQDLLEMILLLAELEDYR ADPNAEPRGVILESKLDKQAGIIANMLVQEGTFRVGDYVVAGEAYGRIRAMMDADGNQRKEAGPGSAVQVLGFQELPHAG DVVEWVPDLEAAKEIAEERKEERKAREEEEKARRPRTMAELLRAMQEEGRKELNLILRADTQGSLEAIQHILARESTEDV KINILLAQVGAPTESDVLLAQTANAAILAFGVNPPGSVKKKAEEKGVLLKTFRIIYDLVDEVRNMVKGQREPQYKEEVLG QAEVRAIFRLPTGKQVAGCMVTQGRIPRNAEVRVLRDGQVIWQGRIASLKRFKEDVREVAQGYECGIGLDGFDDFREGDV IEAFQMVEVPA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5LMV A 1 ? 1522 ? 55771382 131300 ? 132821 ? 0 1544 2 2 5LMV B 1 ? 256 ? 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Q5SKU2 1 ? 171 ? 2 172 24 24 5LMV Y 1 ? 42 ? 5LMV 1 ? 42 ? 1 42 25 25 5LMV Z 1 ? 77 ? 5LMV 1 ? 76 ? 1 76 26 26 5LMV a 1 ? 571 ? P48515 1 ? 571 ? 1 571 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 4SU 'RNA linking' n "4-THIOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O8 P S' 340.247 5MU 'RNA linking' n ;5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ; ? 'C10 H15 N2 O9 P' 338.208 A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FME 'L-peptide linking' n N-FORMYLMETHIONINE ? 'C6 H11 N O3 S' 177.221 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 G7M 'RNA linking' n "N7-METHYL-GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C11 H17 N5 O8 P 1' 378.255 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 OMC 'RNA linking' n "O2'-METHYLYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N3 O8 P' 337.223 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PSU 'RNA linking' n "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5LMV _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5LMV _struct.title 'Structure of bacterial 30S-IF1-IF2-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex(state-III)' _struct.pdbx_descriptor ;30S ribosomal protein S2, 30S ribosomal protein S3, 30S ribosomal protein S4, 30S ribosomal protein S5, 30S ribosomal protein S6, 30S ribosomal protein S7, 30S ribosomal protein S8, 30S ribosomal protein S9, 30S ribosomal protein S10, 30S ribosomal protein S11, 30S ribosomal protein S12, 30S ribosomal protein S13, 30S ribosomal protein S14 type Z, 30S ribosomal protein S15, 30S ribosomal protein S16, 30S ribosomal protein S17, 30S ribosomal protein S18, 30S ribosomal protein S19, 30S ribosomal protein S20, 30S ribosomal protein Thx, Translation initiation factor IF-1, Translation initiation factor IF-3, Translation initiation factor IF-2/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5LMV _struct_keywords.text 'ribosome, translation, initiation factors, 30S, IF1, IF2, IF3, tRNAi, PIC, Thermus thermophilus' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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A U 14 O4 ? ? ? 1_555 A A 893 N6 ? ? A U 13 A A 915 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? hydrog15 hydrog ? ? A G 16 N1 ? ? ? 1_555 A U 898 O2 ? ? A G 15 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog16 hydrog ? ? A G 16 O6 ? ? ? 1_555 A U 898 N3 ? ? A G 15 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog17 hydrog ? ? A G 16 N1 ? ? ? 1_555 A U 899 O2 ? ? A G 15 A U 921 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog18 hydrog ? ? A G 16 O6 ? ? ? 1_555 A U 899 N3 ? ? A G 15 A U 921 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog19 hydrog ? ? A A 17 N6 ? ? ? 1_555 A A 897 N1 ? ? A A 16 A A 919 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? hydrog20 hydrog ? ? A A 17 N1 ? ? ? 1_555 A U 898 N3 ? ? A A 16 A U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? hydrog21 hydrog ? ? A U 18 N3 ? ? ? 1_555 A A 896 N1 ? ? A U 17 A A 918 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog22 hydrog ? ? A U 18 O4 ? ? ? 1_555 A A 896 N6 ? ? A U 17 A A 918 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog23 hydrog ? ? A U 18 O2 ? ? ? 1_555 A G 1062 N2 ? ? 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