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U.S.A.' _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 113 _citation.language ? _citation.page_first 12709 _citation.page_last 12714 _citation.title 'Structure of the mitochondrial ATP synthase fromPichia angustadetermined by electron cryo-microscopy.' _citation.year 2016 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.1615902113 _citation.pdbx_database_id_PubMed 27791192 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Vinothkumar, K.R.' 1 ? primary 'Montgomery, M.G.' 2 ? primary 'Liu, S.' 3 ? primary 'Walker, J.E.' 4 0000-0001-7929-2162 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 5LQZ _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.000 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.000 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.000 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5LQZ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATP synthase subunit f' 2571.161 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'ATP synthase subunit AAP1' 2145.636 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'ATP synthase subunit a' 1464.797 1 ? ? ? 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'Helices 2 and 3 of subunit a' 18 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 1 ? ? ? ? 19 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 5 ? ? ? ? 20 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 5 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 1 ? 2 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 2 ? 3 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXX 3 ? 4 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 4 ? 5 'polypeptide(L)' no no ;ATAKAAPTEVSSILESKIRGVSDEANLDETGRVLSVGDGIARVFGLNNCQAEELVEFASGVKGMALNLEPGQVGIVLFGS DREVKEGEIVKRTGKIVDVPIGPGMLGRVVDALGNPIDGKGPIEATGYAIAQLKAPGILPRRSVFEPMQTGLKAVDALVP IGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDTILNQKRWNDGNDESKKLYCVYVAVGQKRSTVAQLVQTLEQNDAMKYSIVVAATASE AAPLQYLAPFTACAIAEWFRDNGKHALIVYDDLSKQAVAYRQLSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMSDANGG GSLTALPVIETQGGDVSAYIPTNVISITDGQIFLEAELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQVKAMKQVAGSLKLFLAQYR EVAAFAQFGSDLDASTKQTLSRGERLTQLLKQKQYSPQASEEQVPVIYAGVNGFLDNIPIERIPEFEEQFIAYLKANEGD ILEAIRTKGELSSELLDKLKSATETFVATF ; ;ATAKAAPTEVSSILESKIRGVSDEANLDETGRVLSVGDGIARVFGLNNCQAEELVEFASGVKGMALNLEPGQVGIVLFGS DREVKEGEIVKRTGKIVDVPIGPGMLGRVVDALGNPIDGKGPIEATGYAIAQLKAPGILPRRSVFEPMQTGLKAVDALVP IGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDTILNQKRWNDGNDESKKLYCVYVAVGQKRSTVAQLVQTLEQNDAMKYSIVVAATASE AAPLQYLAPFTACAIAEWFRDNGKHALIVYDDLSKQAVAYRQLSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMSDANGG GSLTALPVIETQGGDVSAYIPTNVISITDGQIFLEAELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQVKAMKQVAGSLKLFLAQYR EVAAFAQFGSDLDASTKQTLSRGERLTQLLKQKQYSPQASEEQVPVIYAGVNGFLDNIPIERIPEFEEQFIAYLKANEGD ILEAIRTKGELSSELLDKLKSATETFVATF ; A,B,C ? 6 'polypeptide(L)' no no ;ATAGPASGKIRAVIGAVVDVQFEQGELPAILNALTIDQGNNQKLVLEVAQHLGENAVRAIAMDGTEGLVRGQTVVDTGAP ISVPVGRGTLGRIINVVGEPIDERGPIECKQRNPIHADPPSFVEQSTEAEVLETGIKVVDLLAPYARGGKIGLFGGAGVG KTVFIQELINNIAKAHGGFSVFTGVGERTREGNDLYREMKETGVINLEGESKVALVFGQMNEPPGARARVALTGLTIAEY FRDEEGQDVLLFVDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGLLQERITTTRKGSVTSVQAVYVPADDLTDPAP ATTFAHLDATTVLSRGISELGIYPAVDPLDSKSRLLDVSVVGQEHYDVATGVQQTLQAYKSLQDIIAILGMDELSEQDKL TVERARKIQRFLSQPFAVAEVFTGIEGKLVRLKDTIASFKAVLEGKYDHLPENAFYMVGGIEDVVAKAEKIAAEAN ; ;ATAGPASGKIRAVIGAVVDVQFEQGELPAILNALTIDQGNNQKLVLEVAQHLGENAVRAIAMDGTEGLVRGQTVVDTGAP ISVPVGRGTLGRIINVVGEPIDERGPIECKQRNPIHADPPSFVEQSTEAEVLETGIKVVDLLAPYARGGKIGLFGGAGVG 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;AEAVNPDVLKVSLVAPHQAIFTNKEVSQVNLPASSGEMGVLANHVPTVEELAPGVVEVIESSGTASKYFVSGGFASILPG SKLSISTVEAHPLDAFSSENIKSLLAEAQKNASSADETVAAEAAIEIEVLEALQAAVH ; ;AEAVNPDVLKVSLVAPHQAIFTNKEVSQVNLPASSGEMGVLANHVPTVEELAPGVVEVIESSGTASKYFVSGGFASILPG SKLSISTVEAHPLDAFSSENIKSLLAEAQKNASSADETVAAEAAIEIEVLEALQAAVH ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no SSWQKAGISFNKYLAIAARTVQRSLKNDLKVAAEKRYISDAKVQKLEKGNVVSTTDLASNKSA SSWQKAGISFNKYLAIAARTVQRSLKNDLKVAAEKRYISDAKVQKLEKGNVVSTTDLASNKSA I ? 10 'polypeptide(L)' no no GSESGDNVRSSAGAVRDAGGAFGKREQAEEERYFRARAKEQLAALKKHHENEISHHAKEIHHHHHH GSESGDNVRSSAGAVRDAGGAFGKREQAEEERYFRARAKEQLAALKKHHENEISHHAKEIHHHHHH J ? 11 'polypeptide(L)' no no MQLVLAAKYIGAAIATIGLTGAGIGIAIVFAALINGTSRNPSLRNTLFPFAILGFALSEATGLFCLMISFLLLYGV MQLVLAAKYIGAAIATIGLTGAGIGIAIVFAALINGTSRNPSLRNTLFPFAILGFALSEATGLFCLMISFLLLYGV K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T ? 12 'polypeptide(L)' no no ;ASAAPIKPPVQLFGLDGTYATALFSASAKDSSIEKTFQSVQKLSSTISKDAKVAQVLSNPALSLNSRKEVVSVLSKELKL EPVVSNLLTVLAENNRLSLFDSIAKQFSVLNDAYNGVVEATVVSAKPLDSKILNRLTKSITNSKYVGPGKTLKIKNEVDP EILGGLIVEVADKSVDLSLASKVNKLNKVLSETI ; ;ASAAPIKPPVQLFGLDGTYATALFSASAKDSSIEKTFQSVQKLSSTISKDAKVAQVLSNPALSLNSRKEVVSVLSKELKL EPVVSNLLTVLAENNRLSLFDSIAKQFSVLNDAYNGVVEATVVSAKPLDSKILNRLTKSITNSKYVGPGKTLKIKNEVDP EILGGLIVEVADKSVDLSLASKVNKLNKVLSETI ; U ? 13 'polypeptide(L)' no no ;STPVDPKTKANALIDSLPGNSFLSKTGILATTAAASVYAISSELYVVNDESILLVTFLGFIALISKTVAPLYGEMAKNRT DHVVGLLNQARADHVNAVKTRIDQVSNLKDVVSTTKALFEMSKETAALEAEAFELKQKVAVASEAKSVLDSWVRYEAQVR QHEQEQLASTVISKVQSELQNAKFQDKVLAQAVEEVERLFAKEK ; ;STPVDPKTKANALIDSLPGNSFLSKTGILATTAAASVYAISSELYVVNDESILLVTFLGFIALISKTVAPLYGEMAKNRT DHVVGLLNQARADHVNAVKTRIDQVSNLKDVVSTTKALFEMSKETAALEAEAFELKQKVAVASEAKSVLDSWVRYEAQVR QHEQEQLASTVISKVQSELQNAKFQDKVLAQAVEEVERLFAKEK ; V ? 14 'polypeptide(L)' no no ;SSVAKSTANKLDWTKIVSKLGLSGQTAAALTSFKKRNDEAKRILFELKQQPSNVDFAFYKSTLKNTAIVDKIQSDVSKFT PSKANLSKQLNLIESFEAKALENAKETESVVLAELTDLEKTLENIES(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; ;SSVAKSTANKLDWTKIVSKLGLSGQTAAALTSFKKRNDEAKRILFELKQQPSNVDFAFYKSTLKNTAIVDKIQSDVSKFT PSKANLSKQLNLIESFEAKALENAKETESVVLAELTDLEKTLENIESXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ; W ? 15 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX X ? 16 'polypeptide(L)' no no ;SPLDQFIINNLLEINSPFLNLSTLNFSTFSLYTLFVVLVISLTFILSIGGESNNLVKGSNWLIAIEAIFDTILNMVKGQI GGSVYGRYVPLVYTLFTFILVANLIGMVPYNFALSASLIYIIGISVSLWIGLTILGLFLNKAVFFSLFVPSGTPLPLVPV LVLIELLSYTARAISLGLRLAANTLSGHLLMSILGNLVKNLMSINYFTFIFGLIPLAGIFAIVILEFAIACIQAYVFAIL TSSYLKDSIYLH ; ;SPLDQFIINNLLEINSPFLNLSTLNFSTFSLYTLFVVLVISLTFILSIGGESNNLVKGSNWLIAIEAIFDTILNMVKGQI GGSVYGRYVPLVYTLFTFILVANLIGMVPYNFALSASLIYIIGISVSLWIGLTILGLFLNKAVFFSLFVPSGTPLPLVPV LVLIELLSYTARAISLGLRLAANTLSGHLLMSILGNLVKNLMSINYFTFIFGLIPLAGIFAIVILEFAIACIQAYVFAIL TSSYLKDSIYLH ; Y ? 17 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX Z ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 UNK n 1 2 UNK n 1 3 UNK n 1 4 UNK n 1 5 UNK n 1 6 UNK n 1 7 UNK n 1 8 UNK n 1 9 UNK n 1 10 UNK n 1 11 UNK n 1 12 UNK n 1 13 UNK n 1 14 UNK n 1 15 UNK n 1 16 UNK n 1 17 UNK n 1 18 UNK n 1 19 UNK n 1 20 UNK n 1 21 UNK n 1 22 UNK n 1 23 UNK n 1 24 UNK n 1 25 UNK n 1 26 UNK n 1 27 UNK n 1 28 UNK n 1 29 UNK n 1 30 UNK n 2 1 UNK n 2 2 UNK n 2 3 UNK n 2 4 UNK n 2 5 UNK n 2 6 UNK n 2 7 UNK n 2 8 UNK n 2 9 UNK n 2 10 UNK n 2 11 UNK n 2 12 UNK n 2 13 UNK n 2 14 UNK n 2 15 UNK n 2 16 UNK n 2 17 UNK n 2 18 UNK n 2 19 UNK n 2 20 UNK n 2 21 UNK n 2 22 UNK n 2 23 UNK n 2 24 UNK n 2 25 UNK n 3 1 UNK n 3 2 UNK n 3 3 UNK n 3 4 UNK n 3 5 UNK n 3 6 UNK n 3 7 UNK n 3 8 UNK n 3 9 UNK n 3 10 UNK n 3 11 UNK n 3 12 UNK n 3 13 UNK n 3 14 UNK n 3 15 UNK n 3 16 UNK n 3 17 UNK n 4 1 UNK n 4 2 UNK n 4 3 UNK n 4 4 UNK n 4 5 UNK n 4 6 UNK n 4 7 UNK n 4 8 UNK n 4 9 UNK n 4 10 UNK n 4 11 UNK n 4 12 UNK n 4 13 UNK n 4 14 UNK n 4 15 UNK n 4 16 UNK n 4 17 UNK n 4 18 UNK n 4 19 UNK n 4 20 UNK n 4 21 UNK n 4 22 UNK n 4 23 UNK n 4 24 UNK n 4 25 UNK n 4 26 UNK n 4 27 UNK n 5 1 ALA n 5 2 THR n 5 3 ALA n 5 4 LYS n 5 5 ALA n 5 6 ALA n 5 7 PRO n 5 8 THR n 5 9 GLU n 5 10 VAL n 5 11 SER n 5 12 SER n 5 13 ILE n 5 14 LEU n 5 15 GLU n 5 16 SER n 5 17 LYS n 5 18 ILE n 5 19 ARG n 5 20 GLY n 5 21 VAL n 5 22 SER n 5 23 ASP n 5 24 GLU n 5 25 ALA n 5 26 ASN n 5 27 LEU n 5 28 ASP n 5 29 GLU n 5 30 THR n 5 31 GLY n 5 32 ARG n 5 33 VAL n 5 34 LEU n 5 35 SER n 5 36 VAL n 5 37 GLY n 5 38 ASP n 5 39 GLY n 5 40 ILE n 5 41 ALA n 5 42 ARG n 5 43 VAL n 5 44 PHE n 5 45 GLY n 5 46 LEU n 5 47 ASN n 5 48 ASN n 5 49 CYS n 5 50 GLN n 5 51 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A16 ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 5LQZ 5LQZ ? 1 ? 1 2 PDB 5LQZ 5LQZ ? 2 ? 1 3 PDB 5LQZ 5LQZ ? 3 ? 1 4 PDB 5LQZ 5LQZ ? 4 ? 1 5 PDB 5LQZ 5LQZ ? 5 ? 1 6 PDB 5LQZ 5LQZ ? 6 ? 1 7 PDB 5LQZ 5LQZ ? 7 ? 1 8 PDB 5LQZ 5LQZ ? 8 ? 1 9 PDB 5LQZ 5LQZ ? 9 ? 1 10 PDB 5LQZ 5LQZ ? 10 ? 1 11 PDB 5LQZ 5LQZ ? 11 ? 1 12 PDB 5LQZ 5LQZ ? 12 ? 1 13 PDB 5LQZ 5LQZ ? 13 ? 1 14 PDB 5LQZ 5LQZ ? 14 ? 1 15 PDB 5LQZ 5LQZ ? 15 ? 1 16 PDB 5LQZ 5LQZ ? 16 ? 1 17 PDB 5LQZ 5LQZ ? 17 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5LQZ 1 1 ? 30 ? 5LQZ 1001 ? 1030 ? 1001 1030 2 2 5LQZ 2 1 ? 25 ? 5LQZ 1001 ? 1025 ? 1001 1025 3 3 5LQZ 3 1 ? 17 ? 5LQZ 1001 ? 1017 ? 1001 1017 4 4 5LQZ 4 1 ? 27 ? 5LQZ 1001 ? 1027 ? 1001 1027 5 5 5LQZ A 1 ? 510 ? 5LQZ 1 ? 510 ? 1 510 6 5 5LQZ B 1 ? 510 ? 5LQZ 1 ? 510 ? 1 510 7 5 5LQZ C 1 ? 510 ? 5LQZ 1 ? 510 ? 1 510 8 6 5LQZ D 1 ? 476 ? 5LQZ 4 ? 479 ? 4 479 9 6 5LQZ E 1 ? 476 ? 5LQZ 4 ? 479 ? 4 479 10 6 5LQZ F 1 ? 476 ? 5LQZ 4 ? 479 ? 4 479 11 7 5LQZ G 1 ? 269 ? 5LQZ 1 ? 269 ? 1 269 12 8 5LQZ H 1 ? 138 ? 5LQZ 2 ? 139 ? 2 139 13 9 5LQZ I 1 ? 63 ? 5LQZ 1 ? 63 ? 1 63 14 10 5LQZ J 1 ? 66 ? 5LQZ 1 ? 66 ? 1 66 15 11 5LQZ K 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 16 11 5LQZ L 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 17 11 5LQZ M 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 18 11 5LQZ N 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 19 11 5LQZ O 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 20 11 5LQZ P 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 21 11 5LQZ Q 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 22 11 5LQZ R 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 23 11 5LQZ S 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 24 11 5LQZ T 1 ? 76 ? 5LQZ 1 ? 76 ? 1 76 25 12 5LQZ U 1 ? 194 ? 5LQZ 1 ? 194 ? 1 194 26 13 5LQZ V 1 ? 204 ? 5LQZ 1 ? 204 ? 1 204 27 14 5LQZ W 1 ? 155 ? 5LQZ 1 ? 1028 ? 1 1028 28 15 5LQZ X 1 ? 21 ? 5LQZ 1001 ? 1021 ? 1001 1021 29 16 5LQZ Y 1 ? 252 ? 5LQZ 1 ? 252 ? 1 252 30 17 5LQZ Z 1 ? 44 ? 5LQZ 1001 ? 1044 ? 1001 1044 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 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'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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OA N N 19 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 UNK A 1 ? UNK A 30 ? UNK 1 1001 UNK 1 1030 1 ? 30 HELX_P HELX_P2 AA2 UNK B 2 ? UNK B 25 ? UNK 2 1002 UNK 2 1025 1 ? 24 HELX_P HELX_P3 AA3 UNK C 2 ? UNK C 16 ? UNK 3 1002 UNK 3 1016 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 AA4 UNK D 2 ? UNK D 26 ? UNK 4 1002 UNK 4 1026 1 ? 25 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY E 102 ? LEU E 106 ? GLY A 102 LEU A 106 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS E 177 ? 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O GLY B 63 N VAL F 55 ? N VAL B 55 AA5 5 6 N GLU F 56 ? N GLU B 56 O LYS F 91 ? O LYS B 91 AA5 6 7 O VAL F 90 ? O VAL B 90 N GLY F 31 ? N GLY B 31 AA6 1 2 N VAL F 99 ? N VAL B 99 O ALA F 129 ? O ALA B 129 AA7 1 2 N VAL F 110 ? N VAL B 110 O ALA F 235 ? O ALA B 235 AA7 2 3 O VAL F 234 ? O VAL B 234 N TYR F 205 ? N TYR B 205 AA7 3 4 N TYR F 202 ? N TYR B 202 O LEU F 267 ? O LEU B 267 AA7 4 5 N ILE F 268 ? N ILE B 268 O THR F 324 ? O THR B 324 AA7 5 6 O PRO F 327 ? O PRO B 327 N ILE F 169 ? N ILE B 169 AA8 1 2 N MET F 148 ? N MET B 148 O ILE F 161 ? O ILE B 161 AA9 1 2 N GLN F 351 ? N GLN B 351 O VAL F 373 ? O VAL B 373 AB1 1 2 N ARG G 32 ? N ARG C 32 O PHE G 44 ? O PHE C 44 AB1 2 3 N ALA G 41 ? N ALA C 41 O ILE G 75 ? O ILE C 75 AB1 3 4 O VAL G 76 ? O VAL C 76 N MET G 64 ? N MET C 64 AB1 4 5 O GLY G 63 ? O GLY C 63 N VAL G 55 ? N VAL C 55 AB1 5 6 N GLU G 56 ? N GLU C 56 O LYS G 91 ? O LYS C 91 AB2 1 2 N VAL G 99 ? N VAL C 99 O ALA G 129 ? O ALA C 129 AB3 1 2 N VAL G 110 ? N VAL C 110 O ALA G 235 ? O ALA C 235 AB3 2 3 O VAL G 234 ? O VAL C 234 N TYR G 205 ? N TYR C 205 AB3 3 4 N VAL G 208 ? N VAL C 208 O ASP G 271 ? O ASP C 271 AB3 4 5 N ILE G 268 ? N ILE C 268 O THR G 324 ? O THR C 324 AB3 5 6 O PRO G 327 ? O PRO C 327 N ILE G 169 ? N ILE C 169 AB4 1 2 N GLN G 351 ? N GLN C 351 O VAL G 373 ? O VAL C 373 AB5 1 2 N LYS H 9 ? N LYS D 12 O GLN H 21 ? O GLN D 24 AB5 2 3 N VAL H 18 ? N VAL D 21 O ALA H 59 ? O ALA D 62 AB5 3 4 O ILE H 60 ? O ILE D 63 N GLU H 47 ? N GLU D 50 AB5 4 5 O LEU H 46 ? O LEU D 49 N LEU H 34 ? N LEU D 37 AB5 5 6 N THR H 35 ? N THR D 38 O VAL H 75 ? O VAL D 78 AB5 6 7 O VAL H 74 ? O VAL D 77 N GLY H 8 ? N GLY D 11 AB6 1 2 N VAL H 83 ? N VAL D 86 O ASN H 113 ? O ASN D 116 AB7 1 2 N ILE H 94 ? N ILE D 97 O LEU H 215 ? O LEU D 218 AB7 2 3 O VAL H 216 ? O VAL D 219 N PHE H 182 ? N PHE D 185 AB7 3 4 N VAL H 181 ? N VAL D 184 O PHE H 252 ? O PHE D 255 AB7 4 5 N LEU H 251 ? N LEU D 254 O VAL H 305 ? O VAL D 308 AB7 5 6 O SER H 304 ? 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AA ALA 4 207 1 Y 1 W LYS 5 ? AA LYS 5 208 1 Y 1 W SER 6 ? AA SER 6 209 1 Y 1 W THR 7 ? AA THR 7 210 1 Y 1 W ALA 8 ? AA ALA 8 211 1 Y 1 W ASN 9 ? AA ASN 9 212 1 Y 1 W LYS 10 ? AA LYS 10 213 1 Y 1 Y SER 1 ? CA SER 1 214 1 Y 1 Y PRO 2 ? CA PRO 2 215 1 Y 1 Y LEU 3 ? CA LEU 3 216 1 Y 1 Y ASP 4 ? CA ASP 4 217 1 Y 1 Y GLN 5 ? CA GLN 5 218 1 Y 1 Y PHE 6 ? CA PHE 6 219 1 Y 1 Y ILE 7 ? CA ILE 7 220 1 Y 1 Y ILE 8 ? CA ILE 8 221 1 Y 1 Y ASN 9 ? CA ASN 9 222 1 Y 1 Y ASN 10 ? CA ASN 10 223 1 Y 1 Y LEU 11 ? CA LEU 11 224 1 Y 1 Y LEU 12 ? CA LEU 12 225 1 Y 1 Y GLU 13 ? CA GLU 13 226 1 Y 1 Y ILE 14 ? CA ILE 14 227 1 Y 1 Y ASN 15 ? CA ASN 15 228 1 Y 1 Y SER 16 ? CA SER 16 229 1 Y 1 Y PRO 17 ? CA PRO 17 230 1 Y 1 Y PHE 18 ? CA PHE 18 231 1 Y 1 Y LEU 19 ? CA LEU 19 232 1 Y 1 Y ASN 20 ? CA ASN 20 233 1 Y 1 Y LEU 21 ? CA LEU 21 234 1 Y 1 Y SER 22 ? CA SER 22 235 1 Y 1 Y THR 23 ? CA THR 23 236 1 Y 1 Y LEU 24 ? CA LEU 24 237 1 Y 1 Y ASN 25 ? CA ASN 25 238 1 Y 1 Y PHE 26 ? CA PHE 26 239 1 Y 1 Y SER 27 ? CA SER 27 240 1 Y 1 Y THR 28 ? CA THR 28 241 1 Y 1 Y PHE 29 ? CA PHE 29 242 1 Y 1 Y SER 30 ? CA SER 30 243 1 Y 1 Y LEU 31 ? CA LEU 31 244 1 Y 1 Y TYR 32 ? CA TYR 32 245 1 Y 1 Y THR 33 ? CA THR 33 246 1 Y 1 Y LEU 34 ? CA LEU 34 247 1 Y 1 Y PHE 35 ? CA PHE 35 248 1 Y 1 Y VAL 36 ? CA VAL 36 249 1 Y 1 Y VAL 37 ? CA VAL 37 250 1 Y 1 Y LEU 38 ? CA LEU 38 251 1 Y 1 Y VAL 39 ? CA VAL 39 252 1 Y 1 Y ILE 40 ? CA ILE 40 253 1 Y 1 Y SER 41 ? CA SER 41 254 1 Y 1 Y LEU 42 ? CA LEU 42 255 1 Y 1 Y THR 43 ? CA THR 43 256 1 Y 1 Y PHE 44 ? CA PHE 44 257 1 Y 1 Y ILE 45 ? CA ILE 45 258 1 Y 1 Y LEU 46 ? CA LEU 46 259 1 Y 1 Y SER 47 ? CA SER 47 260 1 Y 1 Y ILE 48 ? CA ILE 48 261 1 Y 1 Y GLY 49 ? CA GLY 49 262 1 Y 1 Y GLY 50 ? CA GLY 50 263 1 Y 1 Y GLU 51 ? CA GLU 51 264 1 Y 1 Y SER 52 ? CA SER 52 265 1 Y 1 Y ASN 53 ? CA ASN 53 266 1 Y 1 Y ASN 54 ? CA ASN 54 267 1 Y 1 Y LEU 55 ? CA LEU 55 268 1 Y 1 Y VAL 56 ? CA VAL 56 269 1 Y 1 Y LYS 57 ? CA LYS 57 270 1 Y 1 Y GLY 58 ? CA GLY 58 271 1 Y 1 Y SER 59 ? CA SER 59 272 1 Y 1 Y ASN 60 ? CA ASN 60 273 1 Y 1 Y TRP 61 ? CA TRP 61 274 1 Y 1 Y LEU 62 ? CA LEU 62 275 1 Y 1 Y ILE 63 ? CA ILE 63 276 1 Y 1 Y ALA 64 ? CA ALA 64 277 1 Y 1 Y ILE 65 ? CA ILE 65 278 1 Y 1 Y GLU 66 ? CA GLU 66 279 1 Y 1 Y ALA 67 ? CA ALA 67 280 1 Y 1 Y ILE 68 ? CA ILE 68 281 1 Y 1 Y PHE 69 ? CA PHE 69 282 1 Y 1 Y ASP 70 ? CA ASP 70 283 1 Y 1 Y THR 71 ? CA THR 71 284 1 Y 1 Y ILE 72 ? CA ILE 72 285 1 Y 1 Y LEU 73 ? CA LEU 73 286 1 Y 1 Y ASN 74 ? CA ASN 74 287 1 Y 1 Y MET 75 ? CA MET 75 288 1 Y 1 Y VAL 76 ? CA VAL 76 289 1 Y 1 Y LYS 77 ? CA LYS 77 290 1 Y 1 Y GLY 78 ? CA GLY 78 291 1 Y 1 Y GLN 79 ? CA GLN 79 292 1 Y 1 Y ILE 80 ? CA ILE 80 293 1 Y 1 Y GLY 81 ? CA GLY 81 294 1 Y 1 Y GLY 82 ? CA GLY 82 295 1 Y 1 Y SER 83 ? CA SER 83 296 1 Y 1 Y VAL 84 ? CA VAL 84 297 1 Y 1 Y TYR 85 ? CA TYR 85 298 1 Y 1 Y GLY 86 ? CA GLY 86 299 1 Y 1 Y ARG 87 ? CA ARG 87 300 1 Y 1 Y TYR 88 ? CA TYR 88 301 1 Y 1 Y VAL 89 ? CA VAL 89 302 1 Y 1 Y PRO 90 ? CA PRO 90 303 1 Y 1 Y LEU 91 ? CA LEU 91 304 1 Y 1 Y VAL 92 ? CA VAL 92 305 1 Y 1 Y TYR 93 ? CA TYR 93 306 1 Y 1 Y THR 94 ? CA THR 94 307 1 Y 1 Y LEU 95 ? CA LEU 95 308 1 Y 1 Y PHE 96 ? CA PHE 96 309 1 Y 1 Y THR 97 ? CA THR 97 310 1 Y 1 Y PHE 98 ? CA PHE 98 311 1 Y 1 Y ILE 99 ? CA ILE 99 312 1 Y 1 Y LEU 100 ? CA LEU 100 313 1 Y 1 Y VAL 101 ? CA VAL 101 314 1 Y 1 Y ALA 102 ? CA ALA 102 315 1 Y 1 Y ASN 103 ? CA ASN 103 316 1 Y 1 Y LEU 104 ? CA LEU 104 317 1 Y 1 Y ILE 105 ? CA ILE 105 318 1 Y 1 Y GLY 106 ? CA GLY 106 319 1 Y 1 Y MET 107 ? CA MET 107 320 1 Y 1 Y VAL 108 ? CA VAL 108 321 1 Y 1 Y PRO 109 ? CA PRO 109 322 1 Y 1 Y TYR 110 ? CA TYR 110 323 1 Y 1 Y ASN 111 ? CA ASN 111 324 1 Y 1 Y PHE 112 ? CA PHE 112 325 1 Y 1 Y ALA 113 ? CA ALA 113 326 1 Y 1 Y LEU 114 ? CA LEU 114 327 1 Y 1 Y SER 115 ? CA SER 115 328 1 Y 1 Y ALA 116 ? CA ALA 116 329 1 Y 1 Y SER 117 ? CA SER 117 330 1 Y 1 Y LEU 118 ? CA LEU 118 331 1 Y 1 Y ASN 200 ? CA ASN 200 332 1 Y 1 Y LEU 201 ? CA LEU 201 333 1 Y 1 Y MET 202 ? CA MET 202 334 1 Y 1 Y SER 203 ? CA SER 203 335 1 Y 1 Y ILE 204 ? CA ILE 204 336 1 Y 1 Y ASN 205 ? CA ASN 205 337 1 Y 1 Y TYR 206 ? CA TYR 206 338 1 Y 1 Y PHE 207 ? CA PHE 207 339 1 Y 1 Y THR 208 ? CA THR 208 340 1 Y 1 Y PHE 209 ? CA PHE 209 341 1 Y 1 Y LEU 251 ? CA LEU 251 342 1 Y 1 Y HIS 252 ? CA HIS 252 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? Tris-HCl 1 2 100 mM ? 'sodium chloride' 1 3 2 mM ? 'Magnesium sulphate' 1 4 1 mM ? ATP 1 5 0.05 % ? Cymal-7 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type NONE _em_ctf_correction.details ;CTF was estimated using the whole micrograph using all the frames. CTF was corrected per particle in RELION. ; # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.55 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 870730 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Ogataea angusta' _em_entity_assembly_naturalsource.strain A16 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;The total exposure was 4 seconds resulting in 69 frames and a total dose of 64 e/A2. Frames were captured with an in-house protocol. For processing frames 1-32 were used. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 64 _em_image_recording.average_exposure_time 4 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON II (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;After 2D classification, the number of particles used for orientation determination and reconstruction was 100724 particles followed by per-particle motion correction and B-factor weighting. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 123683 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ;Using template generated with a subset of data, particles were automatically picked, followed by manual inspection and deletion of aggregates and non-particles. ; RELION 1.4 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' 'One image was collected for each hole' EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'CTF was corrected per particle in RELION' CTFFIND 3 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.3 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 1.4 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? 13 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 14 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 15 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 18 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 19 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 3.5 _em_specimen.details 'The enzyme with bound inhibitor protein extracted and purified in Cymal-7.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/M009858/1 1 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_U105663150 2 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_U105184322 3 # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 18 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 19 'MAGNESIUM ION' MG 20 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP #