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"O4'" R DC 14 ? ? 1.36 24 1 CZ2 I TRP 145 ? ? CA N GLY 232 ? ? 1.36 25 1 NH1 M ARG 30 ? ? P T DA 7 ? ? 1.36 26 1 CA C PRO 29 ? ? NE2 C GLN 211 ? ? 1.38 27 1 NE2 I GLN 211 ? ? O J LEU 193 ? ? 1.40 28 1 CE1 D PHE 223 ? ? CA D PRO 274 ? ? 1.44 29 1 NH1 M ARG 30 ? ? "O5'" T DA 7 ? ? 1.44 30 1 ND2 I ASN 119 ? ? OP1 V DT 19 ? ? 1.44 31 1 NE2 A GLN 212 ? ? NZ D LYS 217 ? ? 1.45 32 1 OD1 I ASP 66 ? ? "O3'" V DG 20 ? ? 1.46 33 1 OG1 M THR 31 ? ? OP1 T DG 8 ? ? 1.47 34 1 CG I GLN 207 ? ? NH2 L ARG 222 ? ? 1.47 35 1 CA I GLN 238 ? ? N I GLY 239 ? ? 1.50 36 1 O A GLY 54 ? ? "C2'" S DT 3 ? ? 1.51 37 1 NZ A LYS 47 ? ? OP1 Q DA 9 ? ? 1.52 38 1 NZ L LYS 267 ? ? C4 Q DT 3 ? ? 1.52 39 1 CD A LYS 47 ? ? OP1 Q DA 9 ? ? 1.53 40 1 CG I GLN 212 ? ? CD L LYS 217 ? ? 1.55 41 1 O L ARG 222 ? ? CG2 L VAL 243 ? ? 1.56 42 1 NE2 A GLN 212 ? ? CE D LYS 217 ? ? 1.57 43 1 ND1 A HIS 233 ? ? "C4'" Q DT 20 ? ? 1.57 44 1 O I HIS 69 ? ? OP1 R DT 21 ? ? 1.57 45 1 NH2 A ARG 231 ? ? "C5'" Q DG 19 ? ? 1.59 46 1 O I GLU 154 ? ? "O4'" R DC 18 ? ? 1.59 47 1 CE1 C HIS 23 ? ? NE2 C GLN 207 ? ? 1.60 48 1 CE2 A TRP 15 ? ? CE2 J TYR 134 ? ? 1.61 49 1 CE A LYS 47 ? ? OP1 Q DA 9 ? ? 1.61 50 1 NE2 C HIS 23 ? ? NE2 C GLN 207 ? ? 1.61 51 1 CH2 I TRP 145 ? ? N N GLY 232 ? ? 1.62 52 1 CG I PRO 147 ? ? N3 R DA 19 ? ? 1.62 53 1 CG L PHE 223 ? ? O L THR 241 ? ? 1.62 54 1 OD2 I ASP 118 ? ? "O5'" V DG 20 ? ? 1.64 55 1 OG1 E THR 31 ? ? OP1 R DG 8 ? ? 1.65 56 1 CZ M ARG 30 ? ? P T DA 7 ? ? 1.65 57 1 NE2 A HIS 233 ? ? "O4'" Q DT 20 ? ? 1.66 58 1 CE1 A PHE 203 ? ? NZ D LYS 220 ? ? 1.67 59 1 CZ I PHE 203 ? ? CZ L ARG 222 ? ? 1.67 60 1 CD1 I TRP 145 ? ? CB N ARG 229 ? ? 1.69 61 1 CE2 L TYR 225 ? ? CD1 L ILE 272 ? ? 1.70 62 1 NE2 A HIS 233 ? ? "C4'" Q DT 20 ? ? 1.70 63 1 OD1 I ASN 146 ? ? OG I SER 149 ? ? 1.72 64 1 NH2 E ARG 30 ? ? OP1 R DA 7 ? ? 1.72 65 1 CZ E ARG 30 ? ? OP1 R DA 7 ? ? 1.72 66 1 CG I PRO 121 ? ? O2 T DC 28 ? ? 1.73 67 1 OH I TYR 67 ? ? CD1 I PHE 99 ? ? 1.73 68 1 CB I ARG 53 ? ? OP1 Q DG 4 ? ? 1.73 69 1 CZ E ARG 30 ? ? "O3'" R DG 6 ? ? 1.73 70 1 CB I GLN 212 ? ? NZ L LYS 217 ? ? 1.73 71 1 OE1 A GLU 25 ? ? NZ J LYS 217 ? ? 1.73 72 1 NE2 A HIS 233 ? ? "C3'" Q DT 20 ? ? 1.73 73 1 CD1 I TRP 237 ? ? CG P PRO 275 ? ? 1.74 74 1 CD M ARG 30 ? ? "C5'" T DA 7 ? ? 1.74 75 1 CG2 N VAL 252 ? ? N2 Q DG 1 ? ? 1.75 76 1 O A LEU 24 ? ? CG J LYS 217 ? ? 1.75 77 1 OG I SER 149 ? ? OP1 Q DT 3 ? ? 1.76 78 1 CD2 I PHE 203 ? ? NH1 L ARG 222 ? ? 1.76 79 1 C I THR 95 ? ? OP1 T DC 29 ? ? 1.77 80 1 CB L LYS 230 ? ? CA L GLY 235 ? ? 1.77 81 1 O A SER 55 ? ? NH2 D ARG 227 ? ? 1.79 82 1 NH1 E ARG 30 ? ? "O5'" R DA 7 ? ? 1.80 83 1 CD2 A LEU 52 ? ? "C4'" R DC 14 ? ? 1.80 84 1 ND2 I ASN 119 ? ? P V DT 19 ? ? 1.81 85 1 NE1 I TRP 237 ? ? CB P PRO 275 ? ? 1.81 86 1 CE1 I PHE 203 ? ? NH1 L ARG 222 ? ? 1.81 87 1 CZ I PHE 203 ? ? CD L ARG 222 ? ? 1.81 88 1 NH1 E ARG 222 ? ? CE2 H PHE 203 ? ? 1.82 89 1 CB L PHE 223 ? ? O L THR 241 ? ? 1.82 90 1 NH2 I ARG 231 ? ? "O3'" S DG 19 ? ? 1.84 91 1 CB L ARG 231 ? ? "C5'" T DC 14 ? ? 1.85 92 1 CE1 A HIS 233 ? ? "C1'" Q DT 20 ? ? 1.86 93 1 OE1 I GLN 158 ? ? N9 R DG 17 ? ? 1.86 94 1 CZ I PHE 203 ? ? NE L ARG 222 ? ? 1.86 95 1 NZ C LYS 270 ? ? CD1 H TRP 145 ? ? 1.86 96 1 CE2 I PHE 203 ? ? CZ L ARG 222 ? ? 1.87 97 1 NZ L LYS 267 ? ? C2 Q DT 3 ? ? 1.87 98 1 CD E ARG 30 ? ? "C5'" R DA 7 ? ? 1.88 99 1 CG E ARG 30 ? ? "C5'" R DA 7 ? ? 1.89 100 1 CE1 O HIS 23 ? ? OE1 O GLN 207 ? ? 1.89 101 1 NE1 A TRP 15 ? ? CD2 J TYR 134 ? ? 1.91 102 1 C C PRO 29 ? ? NE2 C GLN 211 ? ? 1.91 103 1 CG O PRO 29 ? ? OE1 O GLN 211 ? ? 1.91 104 1 NE1 I TRP 145 ? ? CB N ARG 229 ? ? 1.91 105 1 CE L LYS 220 ? ? CG L ARG 222 ? ? 1.91 106 1 CB D CYS 224 ? ? O D LYS 270 ? ? 1.92 107 1 O L ARG 222 ? ? CB L VAL 243 ? ? 1.92 108 1 O I ASP 61 ? ? CD1 I TRP 63 ? ? 1.94 109 1 NE2 C HIS 23 ? ? CD C GLN 207 ? ? 1.94 110 1 CB I GLN 212 ? ? CE L LYS 217 ? ? 1.94 111 1 O I LYS 47 ? ? NZ N LYS 270 ? ? 1.95 112 1 CD K LYS 270 ? ? NE1 P TRP 145 ? ? 1.95 113 1 CG A PRO 147 ? ? N3 T DA 19 ? ? 1.95 114 1 OD2 I ASP 66 ? ? "C3'" V DG 20 ? ? 1.95 115 1 CG O PRO 29 ? ? CD O GLN 211 ? ? 1.95 116 1 CE1 A HIS 233 ? ? "C3'" Q DT 20 ? ? 1.95 117 1 O C GLN 208 ? ? CG C GLN 212 ? ? 1.96 118 1 CB L CYS 224 ? ? O L LYS 270 ? ? 1.96 119 1 CZ2 A TRP 15 ? ? CE2 J TYR 134 ? ? 1.96 120 1 NZ A LYS 14 ? ? CA J TYR 134 ? ? 1.96 121 1 NE2 O HIS 23 ? ? OE1 O GLN 207 ? ? 1.96 122 1 CZ E ARG 30 ? ? P R DA 7 ? ? 1.96 123 1 ND2 I ASN 119 ? ? "O5'" V DT 19 ? ? 1.97 124 1 CB A GLN 212 ? ? CD D LYS 217 ? ? 1.97 125 1 CZ3 I TRP 145 ? ? CA N GLY 232 ? ? 1.97 126 1 CD K LYS 270 ? ? CE2 P TRP 145 ? ? 1.98 127 1 CD A GLN 212 ? ? CE D LYS 217 ? ? 1.98 128 1 OE1 A GLU 25 ? ? CE J LYS 217 ? ? 1.98 129 1 OG I SER 50 ? ? "O4'" S DA 9 ? ? 1.99 130 1 CB C PRO 29 ? ? NE2 C GLN 211 ? ? 2.00 131 1 O H LEU 152 ? ? OG1 H THR 156 ? ? 2.00 132 1 NE1 A TRP 15 ? ? CE2 J TYR 134 ? ? 2.00 133 1 CB I LYS 47 ? ? OP1 S DA 9 ? ? 2.00 134 1 OG1 F THR 159 ? ? SD G MET 48 ? ? 2.00 135 1 CA N PRO 29 ? ? OE1 N GLN 211 ? ? 2.00 136 1 CE1 B HIS 23 ? ? OE1 B GLN 207 ? ? 2.00 137 1 CE2 A TRP 15 ? ? CD2 J TYR 134 ? ? 2.00 138 1 NH2 M ARG 30 ? ? P T DA 7 ? ? 2.01 139 1 CA I GLY 96 ? ? OP1 T DC 29 ? ? 2.01 140 1 NH2 A ARG 231 ? ? "C3'" Q DG 19 ? ? 2.01 141 1 OD2 N ASP 61 ? ? NZ N LYS 205 ? ? 2.01 142 1 CD2 A LEU 52 ? ? "C1'" R DC 14 ? ? 2.01 143 1 O I GLY 54 ? ? "C3'" Q DT 3 ? ? 2.01 144 1 N C ARG 30 ? ? NE2 C GLN 211 ? ? 2.01 145 1 OE1 I GLN 158 ? ? "C2'" R DG 17 ? ? 2.02 146 1 CB A GLN 212 ? ? CE D LYS 217 ? ? 2.02 147 1 O L ARG 229 ? ? O L HIS 233 ? ? 2.02 148 1 CE1 I PHE 203 ? ? NE2 I GLN 207 ? ? 2.02 149 1 CB I TRP 145 ? ? CD N ARG 229 ? ? 2.02 150 1 CG I GLN 207 ? ? CZ L ARG 222 ? ? 2.03 151 1 C I PRO 121 ? ? "C4'" T DC 29 ? ? 2.03 152 1 NH2 A ARG 155 ? ? C8 S DA 7 ? ? 2.03 153 1 CE2 I TRP 145 ? ? CA N GLY 232 ? ? 2.03 154 1 CZ L ARG 227 ? ? OP1 Q DC 5 ? ? 2.03 155 1 O D ARG 231 ? ? "C4'" Q DC 11 ? ? 2.03 156 1 CZ A PHE 203 ? ? CD D ARG 222 ? ? 2.03 157 1 NH2 F ARG 231 ? ? N4 R DC 25 ? ? 2.04 158 1 NE2 B HIS 23 ? ? OE1 B GLN 207 ? ? 2.04 159 1 ND1 A HIS 69 ? ? "O4'" T DG 20 ? ? 2.04 160 1 CZ N PHE 203 ? ? NE2 N GLN 207 ? ? 2.05 161 1 CB I PRO 121 ? ? "C4'" T DC 29 ? ? 2.05 162 1 CZ2 A TRP 15 ? ? CD2 J TYR 134 ? ? 2.05 163 1 CD L LYS 267 ? ? O4 Q DT 3 ? ? 2.05 164 1 CG I LYS 47 ? ? OP1 S DA 9 ? ? 2.05 165 1 NE M ARG 30 ? ? OP1 T DA 7 ? ? 2.06 166 1 O I GLU 154 ? ? "C1'" R DC 18 ? ? 2.06 167 1 CD2 L PHE 223 ? ? O L THR 241 ? ? 2.06 168 1 O B GLY 191 ? ? OG1 B THR 195 ? ? 2.06 169 1 O H LEU 115 ? ? OG1 H THR 140 ? ? 2.06 170 1 CD2 A HIS 233 ? ? "C2'" Q DT 20 ? ? 2.07 171 1 CG A GLN 212 ? ? CE D LYS 217 ? ? 2.07 172 1 CD E ARG 222 ? ? CZ H PHE 203 ? ? 2.07 173 1 N2 S DG 6 ? ? O2 T DC 16 ? ? 2.07 174 1 O E LEU 178 ? ? OG1 E THR 181 ? ? 2.07 175 1 NE1 A TRP 15 ? ? O J TYR 134 ? ? 2.08 176 1 CG2 D ILE 221 ? ? OE1 D GLN 242 ? ? 2.08 177 1 CB A ILE 60 ? ? NE2 A GLN 208 ? ? 2.08 178 1 O C LEU 152 ? ? OG1 C THR 156 ? ? 2.08 179 1 NH2 A ARG 155 ? ? "O4'" S DA 7 ? ? 2.08 180 1 CG A PRO 147 ? ? C2 T DA 19 ? ? 2.08 181 1 CA I ALA 125 ? ? OP1 T DC 30 ? ? 2.09 182 1 O6 R DG 23 ? ? N4 T DC 22 ? ? 2.09 183 1 NZ K LYS 270 ? ? CD1 P TRP 145 ? ? 2.09 184 1 NH2 N ARG 231 ? ? N4 T DC 25 ? ? 2.10 185 1 CE1 I PHE 223 ? ? CG I GLN 242 ? ? 2.10 186 1 CD I GLN 158 ? ? "C1'" R DG 17 ? ? 2.10 187 1 CE1 D PHE 223 ? ? N D PRO 274 ? ? 2.10 188 1 O E GLN 213 ? ? OG E SER 216 ? ? 2.10 189 1 CE1 A HIS 233 ? ? "C5'" Q DT 20 ? ? 2.10 190 1 CB I GLN 207 ? ? NH2 L ARG 222 ? ? 2.10 191 1 CG2 C VAL 65 ? ? CE3 C TRP 78 ? ? 2.12 192 1 NH1 E ARG 30 ? ? OP1 R DA 7 ? ? 2.12 193 1 O M GLN 213 ? ? OG M SER 216 ? ? 2.12 194 1 O M LEU 115 ? ? OG1 M THR 140 ? ? 2.12 195 1 O E LEU 160 ? ? OG1 E THR 163 ? ? 2.12 196 1 CD I LYS 47 ? ? OP1 S DA 9 ? ? 2.12 197 1 CG G PRO 29 ? ? CD G GLN 211 ? ? 2.12 198 1 O P GLN 207 ? ? NE2 P GLN 212 ? ? 2.12 199 1 O E THR 181 ? ? OG1 E THR 184 ? ? 2.12 200 1 NZ L LYS 267 ? ? C5 Q DT 3 ? ? 2.12 201 1 O J LEU 160 ? ? OG1 J THR 163 ? ? 2.12 202 1 CB A GLN 207 ? ? NH1 D ARG 222 ? ? 2.13 203 1 O B THR 181 ? ? OG1 B THR 184 ? ? 2.13 204 1 NH1 M ARG 30 ? ? "C5'" T DA 7 ? ? 2.13 205 1 O C ALA 173 ? ? OG C SER 176 ? ? 2.13 206 1 OD2 F ASP 61 ? ? NZ F LYS 205 ? ? 2.13 207 1 O M ALA 173 ? ? OG M SER 176 ? ? 2.13 208 1 O D ARG 231 ? ? "O4'" Q DC 11 ? ? 2.13 209 1 CD I GLN 207 ? ? NH2 L ARG 222 ? ? 2.13 210 1 CG I TRP 145 ? ? CD N ARG 229 ? ? 2.13 211 1 CZ A ARG 231 ? ? "C4'" Q DG 19 ? ? 2.13 212 1 OG I SER 149 ? ? P Q DT 3 ? ? 2.14 213 1 O I PRO 273 ? ? OH P TYR 225 ? ? 2.14 214 1 OG1 N THR 159 ? ? CE O MET 48 ? ? 2.14 215 1 CB L LYS 230 ? ? N L GLY 235 ? ? 2.14 216 1 CG2 M THR 31 ? ? "O3'" T DA 7 ? ? 2.14 217 1 O2 S DC 17 ? ? N2 T DG 5 ? ? 2.14 218 1 NZ E LYS 220 ? ? CE1 H PHE 203 ? ? 2.14 219 1 OD1 I ASN 146 ? ? N I SER 149 ? ? 2.14 220 1 O A LYS 47 ? ? NZ F LYS 270 ? ? 2.14 221 1 O O GLN 211 ? ? 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'synthetic construct' ? ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain _em_entity_assembly_recombinant.cell 2 1 562 'Escherichia coli' ? ? ? 3 2 32630 'synthetic construct' ? ? ? 4 3 32630 'synthetic construct' ? ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 1.47 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 722 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 37021 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 1.4 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? RELION 1.4 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5M0R 'double helix' 5M0R 'a-form double helix' 5M0R 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 Q DG 4 1_555 R DC 20 1_555 -0.488 -0.085 0.667 -1.006 6.372 5.684 1 Q_DG4:DC18_R Q 4 ? R 18 ? 19 1 1 Q DC 5 1_555 R DG 19 1_555 -0.216 0.028 0.463 1.422 9.896 6.886 2 Q_DC5:DG17_R Q 5 ? R 17 ? 19 1 1 Q DG 6 1_555 R DC 18 1_555 -0.202 -0.234 0.743 -3.149 2.730 2.061 3 Q_DG6:DC16_R Q 6 ? R 16 ? 19 1 1 Q DA 7 1_555 R DT 17 1_555 0.115 -0.210 0.750 -1.188 3.403 -0.642 4 Q_DA7:DT15_R Q 7 ? R 15 ? 20 1 1 Q DG 8 1_555 R DC 16 1_555 -0.196 -0.210 0.699 0.635 4.497 1.622 5 Q_DG8:DC14_R Q 8 ? R 14 ? 19 1 1 Q DA 9 1_555 R DT 15 1_555 0.161 -0.302 1.171 4.086 2.080 -0.614 6 Q_DA9:DT13_R Q 9 ? R 13 ? 20 1 1 Q DT 10 1_555 R DA 14 1_555 -0.119 -0.308 0.982 4.035 0.524 0.507 7 Q_DT10:DA12_R Q 10 ? R 12 ? 20 1 1 Q DC 11 1_555 R DG 13 1_555 0.166 -0.265 0.853 1.466 -1.839 -0.215 8 Q_DC11:DG11_R Q 11 ? R 11 ? 19 1 1 Q DC 12 1_555 R DG 12 1_555 0.175 -0.221 0.745 0.334 -1.657 -0.192 9 Q_DC12:DG10_R Q 12 ? R 10 ? 19 1 1 Q DG 13 1_555 R DC 11 1_555 -0.182 -0.236 0.798 -0.288 0.269 0.687 10 Q_DG13:DC9_R Q 13 ? 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