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ASN 121 H PRO 122 L ? PRO 122 H 1 -8.15 5 ASN 121 M . ? ASN 121 I PRO 122 M ? PRO 122 I 1 -8.12 6 ASN 121 N . ? ASN 121 J PRO 122 N ? PRO 122 J 1 -8.29 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? 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N VAL a 3 O VAL E 11 ? O VAL a 11 AA2 1 2 N VAL F 3 ? N VAL b 3 O VAL F 11 ? O VAL b 11 AA3 1 2 N VAL G 3 ? N VAL f 3 O VAL G 11 ? O VAL f 11 AA4 1 2 N VAL L 3 ? N VAL H 3 O VAL L 11 ? O VAL H 11 AA5 1 2 N VAL M 3 ? N VAL I 3 O VAL M 11 ? O VAL I 11 AA6 1 2 N VAL N 3 ? N VAL J 3 O VAL N 11 ? 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_pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 THR 1 148 148 THR THR A . n A 1 2 SER 2 149 149 SER SER A . n A 1 3 ILE 3 150 150 ILE ILE A . n A 1 4 LEU 4 151 151 LEU LEU A . n A 1 5 ASP 5 152 152 ASP ASP A . n A 1 6 ILE 6 153 153 ILE ILE A . n A 1 7 ARG 7 154 154 ARG ARG A . n A 1 8 GLN 8 155 155 GLN GLN A . n A 1 9 GLY 9 156 156 GLY GLY A . n A 1 10 PRO 10 157 157 PRO PRO A . n A 1 11 LYS 11 158 158 LYS LYS A . n A 1 12 GLU 12 159 159 GLU GLU A . n A 1 13 PRO 13 160 160 PRO PRO A . n A 1 14 PHE 14 161 161 PHE PHE A . n A 1 15 ARG 15 162 162 ARG ARG A . n A 1 16 ASP 16 163 163 ASP ASP A . n A 1 17 TYR 17 164 164 TYR TYR A . n A 1 18 VAL 18 165 165 VAL VAL A . n A 1 19 ASP 19 166 166 ASP ASP A . n A 1 20 ARG 20 167 167 ARG ARG A . n A 1 21 PHE 21 168 168 PHE PHE A . n A 1 22 TYR 22 169 169 TYR TYR A . n A 1 23 LYS 23 170 170 LYS LYS A . n A 1 24 THR 24 171 171 THR THR A . n A 1 25 LEU 25 172 172 LEU LEU A . n A 1 26 ARG 26 173 173 ARG ARG A . n A 1 27 ALA 27 174 174 ALA ALA A . n A 1 28 GLU 28 175 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_em_3d_fitting.entry_id 5MD2 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5MD2 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has hexamer-hexamer curvature parameters: tilt=5, twist=-6. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 12987 _em_3d_reconstruction.resolution 8.6 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'HIV-1 particles were produced by infection of MT-4 cells with HIV-1 strain NL43 by coculture.' _em_entity_assembly.name 'Human immunodeficiency virus 1' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 5MD2 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 3838 _em_image_scans.dimension_width 3710 _em_image_scans.frames_per_image 5 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5MD2 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'ZEMLIN TABLEAU' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details Nanoprobe _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 6500 _em_imaging.nominal_defocus_min 2000 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type C-flat _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped YES _em_virus_entity.virus_isolate STRAIN _em_virus_entity.virus_type VIRION _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 292 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK II' _em_vitrification.entry_id 5MD2 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5MD2 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SUBTOMOGRAM AVERAGING' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 5MD2 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N B THR 148 ? ? 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O I PRO 147 ? ? 2.12 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 CA a GLY 60 ? ? C a GLY 60 ? ? 1.409 1.514 -0.105 0.016 N 2 1 N a GLY 127 ? ? CA a GLY 127 ? ? 1.550 1.456 0.094 0.015 N 3 1 CA b GLY 60 ? ? C b GLY 60 ? ? 1.410 1.514 -0.104 0.016 N 4 1 N b GLY 127 ? ? 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A PHE 14 CD2 54 1 Y 1 A PHE 161 ? CE1 ? A PHE 14 CE1 55 1 Y 1 A PHE 161 ? CE2 ? A PHE 14 CE2 56 1 Y 1 A PHE 161 ? CZ ? A PHE 14 CZ 57 1 Y 1 A ARG 162 ? CB ? A ARG 15 CB 58 1 Y 1 A ARG 162 ? CG ? A ARG 15 CG 59 1 Y 1 A ARG 162 ? CD ? A ARG 15 CD 60 1 Y 1 A ARG 162 ? NE ? A ARG 15 NE 61 1 Y 1 A ARG 162 ? CZ ? A ARG 15 CZ 62 1 Y 1 A ARG 162 ? NH1 ? A ARG 15 NH1 63 1 Y 1 A ARG 162 ? NH2 ? A ARG 15 NH2 64 1 Y 1 A ASP 163 ? CB ? A ASP 16 CB 65 1 Y 1 A ASP 163 ? CG ? A ASP 16 CG 66 1 Y 1 A ASP 163 ? OD1 ? A ASP 16 OD1 67 1 Y 1 A ASP 163 ? OD2 ? A ASP 16 OD2 68 1 Y 1 A TYR 164 ? CB ? A TYR 17 CB 69 1 Y 1 A TYR 164 ? CG ? A TYR 17 CG 70 1 Y 1 A TYR 164 ? CD1 ? A TYR 17 CD1 71 1 Y 1 A TYR 164 ? CD2 ? A TYR 17 CD2 72 1 Y 1 A TYR 164 ? CE1 ? A TYR 17 CE1 73 1 Y 1 A TYR 164 ? CE2 ? A TYR 17 CE2 74 1 Y 1 A TYR 164 ? CZ ? A TYR 17 CZ 75 1 Y 1 A TYR 164 ? OH ? A TYR 17 OH 76 1 Y 1 A VAL 165 ? CB ? A VAL 18 CB 77 1 Y 1 A VAL 165 ? CG1 ? A VAL 18 CG1 78 1 Y 1 A VAL 165 ? CG2 ? 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