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OE2 ? N GLU 128 OE2 5539 1 Y 1 J ILE 129 ? CB ? N ILE 129 CB 5540 1 Y 1 J ILE 129 ? CG1 ? N ILE 129 CG1 5541 1 Y 1 J ILE 129 ? CG2 ? N ILE 129 CG2 5542 1 Y 1 J ILE 129 ? CD1 ? N ILE 129 CD1 5543 1 Y 1 J TYR 130 ? CB ? N TYR 130 CB 5544 1 Y 1 J TYR 130 ? CG ? N TYR 130 CG 5545 1 Y 1 J TYR 130 ? CD1 ? N TYR 130 CD1 5546 1 Y 1 J TYR 130 ? CD2 ? N TYR 130 CD2 5547 1 Y 1 J TYR 130 ? CE1 ? N TYR 130 CE1 5548 1 Y 1 J TYR 130 ? CE2 ? N TYR 130 CE2 5549 1 Y 1 J TYR 130 ? CZ ? N TYR 130 CZ 5550 1 Y 1 J TYR 130 ? OH ? N TYR 130 OH 5551 1 Y 1 J LYS 131 ? CB ? N LYS 131 CB 5552 1 Y 1 J LYS 131 ? CG ? N LYS 131 CG 5553 1 Y 1 J LYS 131 ? CD ? N LYS 131 CD 5554 1 Y 1 J LYS 131 ? CE ? N LYS 131 CE 5555 1 Y 1 J LYS 131 ? NZ ? N LYS 131 NZ 5556 1 Y 1 J ARG 132 ? CB ? N ARG 132 CB 5557 1 Y 1 J ARG 132 ? CG ? N ARG 132 CG 5558 1 Y 1 J ARG 132 ? CD ? N ARG 132 CD 5559 1 Y 1 J ARG 132 ? NE ? N ARG 132 NE 5560 1 Y 1 J ARG 132 ? CZ ? N ARG 132 CZ 5561 1 Y 1 J ARG 132 ? NH1 ? 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N N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A0K0V8J8_9HIV1 A0A0K0V8J8 ? 1 TSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGV 141 2 UNP E9MJT0_9HIV1 E9MJT0 ? 2 ;PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEW DRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSP ; 123 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5MDG A 1 ? 74 ? 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E9MJT0 123 ? 269 ? 1 147 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 2 ? ILE A 6 ? SER A 149 ILE A 153 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 13 ? GLU A 28 ? PRO A 160 GLU A 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 31 ? ASN A 46 ? SER A 178 ASN A 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 48 ? LEU A 58 ? ASN A 195 LEU A 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 63 ? CYS A 71 ? THR A 210 CYS A 218 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 SER B 2 ? ILE B 6 ? SER B 149 ILE B 153 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO B 13 ? GLU B 28 ? PRO B 160 GLU B 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P8 AA8 SER B 31 ? ASN B 46 ? SER B 178 ASN B 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 AA9 ASN B 48 ? LEU B 58 ? ASN B 195 LEU B 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 THR B 63 ? CYS B 71 ? THR B 210 CYS B 218 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 AB2 SER C 2 ? ILE C 6 ? SER F 149 ILE F 153 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 PRO C 13 ? GLU C 28 ? PRO F 160 GLU F 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P13 AB4 SER C 31 ? ASN C 46 ? SER F 178 ASN F 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN C 48 ? LEU C 58 ? ASN F 195 LEU F 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 THR C 63 ? CYS C 71 ? 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PRO C 160 GLU C 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P44 AE8 SER H 31 ? ASN H 46 ? SER C 178 ASN C 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P45 AE9 ASN H 48 ? LEU H 58 ? ASN C 195 LEU C 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P46 AF1 THR H 63 ? CYS H 71 ? THR C 210 CYS C 218 1 ? 9 HELX_P HELX_P47 AF2 SER I 2 ? ILE I 6 ? SER D 149 ILE D 153 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 PRO I 13 ? GLU I 28 ? PRO D 160 GLU D 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P49 AF4 SER I 31 ? ASN I 46 ? SER D 178 ASN D 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN I 48 ? LEU I 58 ? ASN D 195 LEU D 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P51 AF6 THR I 63 ? CYS I 71 ? THR D 210 CYS D 218 1 ? 9 HELX_P HELX_P52 AF7 SER J 2 ? ILE J 6 ? SER E 149 ILE E 153 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 PRO J 13 ? GLU J 28 ? PRO E 160 GLU E 175 1 ? 16 HELX_P HELX_P54 AF9 SER J 31 ? ASN J 46 ? SER E 178 ASN E 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P55 AG1 ASN J 48 ? LEU J 58 ? ASN E 195 LEU E 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P56 AG2 THR J 63 ? CYS J 71 ? THR E 210 CYS E 218 1 ? 9 HELX_P HELX_P57 AG3 SER K 2 ? ILE K 6 ? 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THR I 48 THR I 58 1 ? 11 HELX_P HELX_P72 AH9 HIS M 62 ? HIS M 84 ? HIS I 62 HIS I 84 1 ? 23 HELX_P HELX_P73 AI1 ARG M 100 ? ALA M 105 ? ARG I 100 ALA I 105 1 ? 6 HELX_P HELX_P74 AI2 THR M 110 ? HIS M 120 ? THR I 110 HIS I 120 1 ? 11 HELX_P HELX_P75 AI3 PRO M 125 ? SER M 146 ? PRO I 125 SER I 146 1 ? 22 HELX_P HELX_P76 AI4 SER N 16 ? ALA N 31 ? SER J 16 ALA J 31 1 ? 16 HELX_P HELX_P77 AI5 GLU N 35 ? SER N 44 ? GLU J 35 SER J 44 1 ? 10 HELX_P HELX_P78 AI6 THR N 48 ? THR N 58 ? THR J 48 THR J 58 1 ? 11 HELX_P HELX_P79 AI7 HIS N 62 ? HIS N 84 ? HIS J 62 HIS J 84 1 ? 23 HELX_P HELX_P80 AI8 ARG N 100 ? ALA N 105 ? ARG J 100 ALA J 105 1 ? 6 HELX_P HELX_P81 AI9 THR N 110 ? HIS N 120 ? THR J 110 HIS J 120 1 ? 11 HELX_P HELX_P82 AJ1 PRO N 125 ? SER N 146 ? PRO J 125 SER J 146 1 ? 22 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 121 E . ? ASN 121 a PRO 122 E ? PRO 122 a 1 -8.18 2 ASN 121 F . ? ASN 121 b PRO 122 F ? PRO 122 b 1 -8.08 3 ASN 121 G . ? ASN 121 f PRO 122 G ? PRO 122 f 1 -8.20 4 ASN 121 L . ? ASN 121 H PRO 122 L ? PRO 122 H 1 -8.17 5 ASN 121 M . ? ASN 121 I PRO 122 M ? PRO 122 I 1 -8.17 6 ASN 121 N . ? ASN 121 J PRO 122 N ? PRO 122 J 1 -8.25 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE E 2 ? GLN E 4 ? ILE a 2 GLN a 4 AA1 2 MET E 10 ? HIS E 12 ? MET a 10 HIS a 12 AA2 1 ILE F 2 ? 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MET J 10 HIS J 12 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL E 3 ? N VAL a 3 O VAL E 11 ? O VAL a 11 AA2 1 2 N VAL F 3 ? N VAL b 3 O VAL F 11 ? O VAL b 11 AA3 1 2 N VAL G 3 ? N VAL f 3 O VAL G 11 ? O VAL f 11 AA4 1 2 N VAL L 3 ? N VAL H 3 O VAL L 11 ? O VAL H 11 AA5 1 2 N VAL M 3 ? N VAL I 3 O VAL M 11 ? O VAL I 11 AA6 1 2 N VAL N 3 ? N VAL J 3 O VAL N 11 ? O VAL J 11 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N B THR 148 ? ? 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This reconstruction has hexamer-hexamer curvature parameters: tilt=29, twist=0. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 7445 _em_3d_reconstruction.resolution 8.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'HIV-1 particles were produced by infection of MT-4 cells with HIV-1 strain NL43 by coculture.' _em_entity_assembly.name 'Human immunodeficiency virus 1' 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N N N 158 ILE CA C N S 159 ILE C C N N 160 ILE O O N N 161 ILE CB C N S 162 ILE CG1 C N N 163 ILE CG2 C N N 164 ILE CD1 C N N 165 ILE OXT O N N 166 ILE H H N N 167 ILE H2 H N N 168 ILE HA H N N 169 ILE HB H N N 170 ILE HG12 H N N 171 ILE HG13 H N N 172 ILE HG21 H N N 173 ILE HG22 H N N 174 ILE HG23 H N N 175 ILE HD11 H N N 176 ILE HD12 H N N 177 ILE HD13 H N N 178 ILE HXT H N N 179 LEU N N N N 180 LEU CA C N S 181 LEU C C N N 182 LEU O O N N 183 LEU CB C N N 184 LEU CG C N N 185 LEU CD1 C N N 186 LEU CD2 C N N 187 LEU OXT O N N 188 LEU H H N N 189 LEU H2 H N N 190 LEU HA H N N 191 LEU HB2 H N N 192 LEU HB3 H N N 193 LEU HG H N N 194 LEU HD11 H N N 195 LEU HD12 H N N 196 LEU HD13 H N N 197 LEU HD21 H N N 198 LEU HD22 H N N 199 LEU HD23 H N N 200 LEU HXT H N N 201 LYS N N N N 202 LYS CA C N S 203 LYS C C N N 204 LYS O O N N 205 LYS CB C N N 206 LYS CG C N N 207 LYS CD C N N 208 LYS CE C N N 209 LYS NZ N N N 210 LYS OXT O N N 211 LYS H H N N 212 LYS H2 H N N 213 LYS HA H N N 214 LYS HB2 H 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387 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal ALA N CA sing N N 1 ALA N H sing N N 2 ALA N H2 sing N N 3 ALA CA C sing N N 4 ALA CA CB sing N N 5 ALA CA HA sing N N 6 ALA C O doub N N 7 ALA C OXT sing N N 8 ALA CB HB1 sing N N 9 ALA CB HB2 sing N N 10 ALA CB HB3 sing N N 11 ALA OXT HXT sing N N 12 ARG N CA sing N N 13 ARG N H sing N N 14 ARG N H2 sing N N 15 ARG CA C sing N N 16 ARG CA CB sing N N 17 ARG CA HA sing N N 18 ARG C O doub N N 19 ARG C OXT sing N N 20 ARG CB CG sing N N 21 ARG CB HB2 sing N N 22 ARG CB HB3 sing N N 23 ARG CG CD sing N N 24 ARG CG HG2 sing N N 25 ARG CG HG3 sing N N 26 ARG CD NE sing N N 27 ARG CD HD2 sing N N 28 ARG CD HD3 sing N N 29 ARG NE CZ sing N N 30 ARG NE HE sing N N 31 ARG CZ NH1 sing N N 32 ARG CZ NH2 doub N N 33 ARG NH1 HH11 sing N N 34 ARG NH1 HH12 sing N N 35 ARG NH2 HH21 sing N 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