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no ;MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLS RIKVREAAMRGEIPGLKKASW ; ;MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLS RIKVREAAMRGEIPGLKKASW ; N ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQ LIERLGLRR ; ;MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQ LIERLGLRR ; O ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MTPDSVPRWGPVVLFTQEDVMVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHW VGQGATISDRVAALIKEVNKAA ; ;MTPDSVPRWGPVVLFTQEDVMVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHW VGQGATISDRVAALIKEVNKAA ; P ? 17 'polypeptide(L)' no no ;MTDKIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVE KAVL ; ;MTDKIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVE KAVL ; Q ? 18 'polypeptide(L)' no no MARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ MARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ R ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MPRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTY RGHAADKKAKKK ; ;MPRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTY RGHAADKKAKKK ; S ? 20 'polypeptide(L)' no no ;MANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLT AQINKLA ; ;MANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLT AQINKLA ; T ? 21 'polypeptide(L)' no no MPVIKVRENEPFDVALRRFKRSCEKAGVLAEVRRREFYEKPTTERKRAKASAVKRHAKKLARENARRTRLY MPVIKVRENEPFDVALRRFKRSCEKAGVLAEVRRREFYEKPTTERKRAKASAVKRHAKKLARENARRTRLY U ? 22 'polypeptide(L)' no no MAKEKDTIRTEGVVTEALPNATFRVKLDSGPEILAYISGKMRMHYIRILPGDRVVVEITPYDPTRGRIVYRK MAKEKDTIRTEGVVTEALPNATFRVKLDSGPEILAYISGKMRMHYIRILPGDRVVVEITPYDPTRGRIVYRK V ? 23 'polypeptide(L)' no no ;MTDVTIKTLAAERQTSVERLVQQFADAGIRKSADDSVSAQEKQTLIDHLNQKNSGPDKLTLQRKTRSTLNIPGTGGKSKS 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'Escherichia coli K-12' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB CP011320.1 817573384 ? 1 ;AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGA AGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGA AACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUG GGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGA ACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGC CGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUU GACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAA UUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGA UACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACC GGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGG UAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACC GCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAU UCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGU GAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCC UUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUC AUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGA CCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCA GAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGU AGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAAC CUGCGGUUGGAUCA ; 4163900 2 UNP RS2_ECOLI P0A7V0 ? 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23 ;MTDVTIKTLAAERQTSVERLVQQFADAGIRKSADDSVSAQEKQTLIDHLNQKNSGPDKLTLQRKTRSTLNIPGTGGKSKS VQIEVRKKRTFVKRDPQEAERLAAEEQAQREAEEQARREAEESAKREAQQKAEREAAEQAKREAAEQAKREAAEKDKVSN QQDDMTKNAQAEKARREQEAAELKRKAEEEARRKLEEEARRVAEEARRMAEENKWTDNAEPTEDSSDYHVTTSQHARQAE DESDREVEGGRGRGRNAKAARPKKGNKHAESKADREEARAAVRGGKGGKRKGSSLQQGFQKPAQAVNRDVVIGETITVGE LANKMAVKGSQVIKAMMKLGAMATINQVIDQETAQLVAEEMGHKVILRRENELEEAVMSDRDTGAAAEPRAPVVTIMGHV DHGKTSLLDYIRSTKVASGEAGGITQHIGAYHVETENGMITFLDTPGHAAFTSMRARGAQATDIVVLVVAADDGVMPQTI EAIQHAKAAQVPVVVAVNKIDKPEADPDRVKNELSQYGILPEEWGGESQFVHVSAKAGTGIDELLDAILLQAEVLELKAV RKGMASGAVIESFLDKGRGPVATVLVREGTLHKGDIVLCGFEYGRVRAMRNELGQEVLEAGPSIPVEILGLSGVPAAGDE VTVVRDEKKAREVALYRQGKFREVKLARQQKSKLENMFANMTEGEVHEVNIVLKADVQGSVEAISDSLLKLSTDEVKVKI IGSGVGGITETDATLAAASNAILVGFNVRADASARKVIEAESLDLRYYSVIYNLIDEVKAAMSGMLSPELKQQIIGLAEV RDVFKSPKFGAIAGCMVTEGVVKRHNPIRVLRDNVVIYEGELESLRRFKDDVNEVRNGMECGIGVKNYNDVRTGDVIEVF EIIEIQRTIA ; 1 24 UNP IF3_GEOSE P03000 ? 24 ;SKDFIINEQIRAREVRLIDQNGDQLGIKSKQEALEIAARRNLDLVLVAPNAKPPVCRIMDYGKFRFEQQKKEKEARKKQK VINVKEVRLSPTIEEHDFNTKLRNARKFLEKGDKVKATIRFKGRAITHKEIGQRVLDRLSEACADIAVVETAPKMDGRNM FLVLAPKNDNK ; 2 25 UNP IF3_ECOLI P0A707 ? 25 ;SLREALEKAEEAGVDLVEISPNAEPPVCRIMDYGKFLYEKSKSSKEQKKKQKVIQVKEIKFRPGTDEGDYQVKLRSLIRF LEEGDKAKITLRFRGREMAHQQIGMEVLNRVKDDLQELAVVESFPTKIEGRQMIMVLAPKKKQ ; 38 26 GB CP009789.1 731469900 ? 26 CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGAUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA 3303580 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5ME0 A 1 ? 1534 ? 817573384 4163900 ? 4165433 ? 1 1534 2 2 5ME0 B 1 ? 241 ? 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'C11 H18 N3 O8 P' 351.250 4SU 'RNA linking' n "4-THIOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O8 P S' 340.247 5MC 'RNA linking' n "5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N3 O8 P' 337.223 5MU 'RNA linking' n ;5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ; ? 'C10 H15 N2 O9 P' 338.208 A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 D2T 'L-peptide linking' n '(3R)-3-(methylsulfanyl)-L-aspartic acid' ? 'C5 H9 N O4 S' 179.194 FME 'L-peptide linking' n N-FORMYLMETHIONINE ? 'C6 H11 N O3 S' 177.221 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 G7M 'RNA linking' n "N7-METHYL-GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C11 H17 N5 O8 P 1' 378.255 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 H2U 'RNA linking' n "5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H15 N2 O9 P' 326.197 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MA6 'RNA linking' n "6N-DIMETHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSHATE" ? 'C12 H18 N5 O7 P' 375.274 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PSU 'RNA linking' n "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 UR3 'RNA linking' n "3-METHYLURIDINE-5'-MONOPHOSHATE" ? 'C10 H15 N2 O9 P' 338.208 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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GLY E 108 GLY E 119 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN E 132 ? MET E 147 ? ASN E 132 MET E 147 1 ? 16 HELX_P HELX_P32 AD5 SER E 149 ? GLY E 158 ? SER E 149 GLY E 158 1 ? 10 HELX_P HELX_P33 AD6 PRO F 12 ? GLU F 16 ? PRO F 12 GLU F 16 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 GLN F 17 ? ALA F 32 ? GLN F 17 ALA F 32 1 ? 16 HELX_P HELX_P35 AD8 PRO F 67 ? ASN F 81 ? PRO F 67 ASN F 81 1 ? 15 HELX_P HELX_P36 AD9 SER F 100 ? LYS F 106 ? SER F 100 LYS F 106 1 ? 7 HELX_P HELX_P37 AE1 SER G 20 ? MET G 31 ? SER G 20 MET G 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P38 AE2 LYS G 35 ? ARG G 53 ? LYS G 35 ARG G 53 1 ? 19 HELX_P HELX_P39 AE3 SER G 57 ? ARG G 70 ? SER G 57 ARG G 70 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 ARG G 92 ? LYS G 110 ? ARG G 92 LYS G 110 1 ? 19 HELX_P HELX_P41 AE5 SER G 115 ? GLU G 129 ? SER G 115 GLU G 129 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY G 132 ? ASN G 148 ? GLY G 132 ASN G 148 1 ? 17 HELX_P HELX_P43 AE7 LYS G 149 ? ALA G 152 ? LYS G 149 ALA G 152 5 ? 4 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP H 5 ? ALA H 20 ? ASP H 5 ALA H 20 1 ? 16 HELX_P HELX_P45 AE9 SER H 30 ? GLU H 43 ? SER H 30 GLU H 43 1 ? 14 HELX_P HELX_P46 AF1 ARG H 88 ? LEU H 92 ? ARG H 88 LEU H 92 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 LYS H 94 ? LEU H 99 ? LYS H 94 LEU H 99 5 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP H 113 ? ALA H 119 ? ASP H 113 ALA H 119 1 ? 7 HELX_P HELX_P49 AF4 LEU I 35 ? PHE I 39 ? LEU I 35 PHE I 39 1 ? 5 HELX_P HELX_P50 AF5 ARG I 41 ? GLN I 50 ? ARG I 41 GLN I 50 1 ? 10 HELX_P HELX_P51 AF6 GLY I 71 ? ASP I 91 ? GLY I 71 ASP I 91 1 ? 21 HELX_P HELX_P52 AF7 LEU I 94 ? GLY I 102 ? LEU I 94 GLY I 102 1 ? 9 HELX_P HELX_P53 AF8 ASP J 14 ? THR J 32 ? ASP J 14 THR J 32 1 ? 19 HELX_P HELX_P54 AF9 THR J 80 ? MET J 88 ? THR J 80 MET J 88 1 ? 9 HELX_P HELX_P55 AG1 ARG K 53 ? SER K 58 ? ARG K 53 SER K 58 1 ? 6 HELX_P HELX_P56 AG2 THR K 59 ? ALA K 71 ? THR K 59 ALA K 71 1 ? 13 HELX_P HELX_P57 AG3 GLU K 94 ? ALA K 103 ? GLU K 94 ALA K 103 1 ? 10 HELX_P HELX_P58 AG4 THR L 2 ? LYS L 9 ? THR L 3 LYS L 10 1 ? 8 HELX_P HELX_P59 AG5 VAL L 20 ? 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ASP W 751 GLU W 761 1 ? 11 HELX_P HELX_P103 AL4 VAL W 770 ? LEU W 786 ? VAL W 770 LEU W 786 1 ? 17 HELX_P HELX_P104 AL5 ILE X 6 ? ILE X 10 ? ILE Y 7 ILE Y 11 5 ? 5 HELX_P HELX_P105 AL6 LYS X 30 ? ARG X 40 ? LYS Y 31 ARG Y 41 1 ? 11 HELX_P HELX_P106 AL7 ASP X 60 ? ALA X 75 ? ASP Y 61 ALA Y 76 1 ? 16 HELX_P HELX_P107 AL8 ASP Y 67 ? GLN Y 72 ? ASP Z 103 GLN Z 108 1 ? 6 HELX_P HELX_P108 AL9 GLN Y 72 ? GLU Y 84 ? GLN Z 108 GLU Z 120 1 ? 13 HELX_P HELX_P109 AM1 GLN Y 103 ? GLN Y 117 ? 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A UR3 1498 A A 1499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.600 ? covale18 covale both ? A G 1515 "O3'" ? ? ? 1_555 A 2MG 1516 P ? ? A G 1515 A 2MG 1516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? covale19 covale both ? A 2MG 1516 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 1517 P ? ? A 2MG 1516 A G 1517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.609 ? covale20 covale both ? A G 1517 "O3'" ? ? ? 1_555 A MA6 1518 P ? ? A G 1517 A MA6 1518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.616 ? covale21 covale both ? A MA6 1518 "O3'" ? ? ? 1_555 A MA6 1519 P ? ? A MA6 1518 A MA6 1519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale22 covale both ? A MA6 1519 "O3'" ? ? ? 1_555 A C 1520 P ? ? A MA6 1519 A C 1520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale23 covale one ? L LYS 87 C ? ? ? 1_555 L D2T 88 N ? ? L LYS 88 L D2T 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale24 covale both ? L D2T 88 C ? ? ? 1_555 L LEU 89 N ? ? L D2T 89 L LEU 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale25 covale both ? Z G 7 "O3'" ? ? ? 1_555 Z 4SU 8 P ? ? X G 7 X 4SU 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? covale26 covale both ? 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WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 38 J . ? GLY 38 J PRO 39 J ? PRO 39 J 1 7.00 2 LYS 43 L . ? LYS 44 L PRO 44 L ? PRO 45 L 1 0.60 3 GLU 436 W . ? GLU 436 W ASN 437 W ? ASN 437 W 1 0.57 4 GLY 540 W . ? 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n A 1 200 G 200 200 200 G G A . n A 1 201 G 201 201 201 G G A . n A 1 202 G 202 202 202 G G A . n A 1 203 G 203 203 203 G G A . n A 1 204 G 204 204 204 G G A . n A 1 205 A 205 205 205 A A A . n A 1 206 C 206 206 206 C C A . n A 1 207 C 207 207 207 C C A . n A 1 208 U 208 208 208 U U A . n A 1 209 U 209 209 209 U U A . n A 1 210 C 210 210 210 C C A . n A 1 211 G 211 211 211 G G A . n A 1 212 G 212 212 212 G G A . n A 1 213 G 213 213 213 G G A . n A 1 214 C 214 214 214 C C A . n A 1 215 C 215 215 215 C C A . n A 1 216 U 216 216 216 U U A . n A 1 217 C 217 217 217 C C A . n A 1 218 U 218 218 218 U U A . n A 1 219 U 219 219 219 U U A . n A 1 220 G 220 220 220 G G A . n A 1 221 C 221 221 221 C C A . n A 1 222 C 222 222 222 C C A . n A 1 223 A 223 223 223 A A A . n A 1 224 U 224 224 224 U U A . n A 1 225 C 225 225 225 C C A . n A 1 226 G 226 226 226 G G A . n A 1 227 G 227 227 227 G G A . n A 1 228 A 228 228 228 A A A . n A 1 229 U 229 229 229 U U A . n A 1 230 G 230 230 230 G G A . n A 1 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H2U 21 20 20 H2U H2U X . n Z 26 22 A 22 21 21 A A X . n Z 26 23 G 23 22 22 G G X . n Z 26 24 C 24 23 23 C C X . n Z 26 25 U 25 24 24 U U X . n Z 26 26 C 26 25 25 C C X . n Z 26 27 G 27 26 26 G G X . n Z 26 28 U 28 27 27 U U X . n Z 26 29 C 29 28 28 C C X . n Z 26 30 G 30 29 29 G G X . n Z 26 31 G 31 30 30 G G X . n Z 26 32 G 32 31 31 G G X . n Z 26 33 C 33 32 32 C C X . n Z 26 34 U 34 33 33 U U X . n Z 26 35 C 35 34 34 C C X . n Z 26 36 A 36 35 35 A A X . n Z 26 37 U 37 36 36 U U X . n Z 26 38 A 38 37 37 A A X . n Z 26 39 A 39 38 38 A A X . n Z 26 40 C 40 39 39 C C X . n Z 26 41 C 41 40 40 C C X . n Z 26 42 C 42 41 41 C C X . n Z 26 43 G 43 42 42 G G X . n Z 26 44 A 44 43 43 A A X . n Z 26 45 A 45 44 44 A A X . n Z 26 46 G 46 45 45 G G X . n Z 26 47 A 47 46 46 A A X . n Z 26 48 U 48 47 47 U U X . n Z 26 49 C 49 48 48 C C X . n Z 26 50 G 50 49 49 G G X . n Z 26 51 U 51 50 50 U U X . n Z 26 52 C 52 51 51 C C X . n Z 26 53 G 53 52 52 G G X . n Z 26 54 G 54 53 53 G G X . n Z 26 55 5MU 55 54 54 5MU 5MU X . n Z 26 56 PSU 56 55 55 PSU PSU X . n Z 26 57 C 57 56 56 C C X . n Z 26 58 A 58 57 57 A A X . n Z 26 59 A 59 58 58 A A X . n Z 26 60 A 60 59 59 A A X . n Z 26 61 U 61 60 60 U U X . n Z 26 62 C 62 61 61 C C X . n Z 26 63 C 63 62 62 C C X . n Z 26 64 G 64 63 63 G G X . n Z 26 65 G 65 64 64 G G X . n Z 26 66 C 66 65 65 C C X . n Z 26 67 C 67 66 66 C C X . n Z 26 68 C 68 67 67 C C X . n Z 26 69 C 69 68 68 C C X . n Z 26 70 C 70 69 69 C C X . n Z 26 71 G 71 70 70 G G X . n Z 26 72 C 72 71 71 C C X . n Z 26 73 A 73 72 72 A A X . n Z 26 74 A 74 73 73 A A X . n Z 26 75 C 75 74 74 C C X . n Z 26 76 C 76 75 75 C C X . n Z 26 77 A 77 76 76 A A X . n # _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id AA _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 27 _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id FME _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 101 _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 101 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id FME _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id FME _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id X _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code . # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 A PSU 516 A PSU 516 ? U 'modified residue' 2 A G7M 527 A G7M 527 ? G 'modified residue' 3 A 2MG 966 A 2MG 966 ? G 'modified residue' 4 A 5MC 967 A 5MC 967 ? C 'modified residue' 5 A 2MG 1207 A 2MG 1207 ? G 'modified residue' 6 A 4OC 1402 A 4OC 1402 ? C 'modified residue' 7 A 5MC 1407 A 5MC 1407 ? C 'modified residue' 8 A UR3 1498 A UR3 1498 ? U 'modified residue' 9 A 2MG 1516 A 2MG 1516 ? G 'modified residue' 10 A MA6 1518 A MA6 1518 ? A 'modified residue' 11 A MA6 1519 A MA6 1519 ? A 'modified residue' 12 L D2T 88 L D2T 89 ? ASP 'modified residue' 13 Z 4SU 8 X 4SU 8 ? U 'modified residue' 14 Z H2U 21 X H2U 20 ? U 'modified residue' 15 Z 5MU 55 X 5MU 54 ? U 'modified residue' 16 Z PSU 56 X PSU 55 ? U 'modified residue' # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 26-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 26 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2017-01-11 2 'Structure model' 1 1 2017-05-03 3 'Structure model' 1 2 2017-08-30 4 'Structure model' 1 3 2017-09-13 5 'Structure model' 1 4 2018-10-24 6 'Structure model' 1 5 2018-11-21 7 'Structure model' 1 6 2019-10-23 8 'Structure model' 1 7 2019-11-13 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' Advisory 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Derived calculations' 5 4 'Structure model' 'Author supporting evidence' 6 5 'Structure model' Advisory 7 5 'Structure model' 'Data collection' 8 5 'Structure model' 'Derived calculations' 9 6 'Structure model' Advisory 10 6 'Structure model' 'Data collection' 11 6 'Structure model' 'Derived calculations' 12 7 'Structure model' 'Data collection' 13 7 'Structure model' Other 14 8 'Structure model' 'Data collection' 15 8 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 3 'Structure model' em_imaging_optics 2 3 'Structure model' em_software 3 3 'Structure model' pdbx_validate_polymer_linkage 4 3 'Structure model' struct_conn 5 4 'Structure model' pdbx_audit_support 6 5 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 7 5 'Structure model' pdbx_validate_polymer_linkage 8 5 'Structure model' struct_conn 9 6 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 10 6 'Structure model' struct_conn 11 7 'Structure model' atom_sites 12 7 'Structure model' cell 13 8 'Structure model' symmetry # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_em_imaging_optics.energyfilter_name' 2 3 'Structure model' '_em_software.name' 3 4 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 4 7 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 5 7 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 6 7 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 7 7 'Structure model' '_cell.Z_PDB' 8 8 'Structure model' '_symmetry.Int_Tables_number' 9 8 'Structure model' '_symmetry.space_group_name_H-M' # _em_3d_fitting.entry_id 5ME0 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;The fitting of the model to the EM volume was performed through rigid body fitting. The head and the body of the 30S were treated as independent bodies. Due to the low resolution of the volume, the conformation of the linking bases was not minimized. In addition, some of the clashes of the model are produced by flexible loops or protein side chains that were not refined. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 4YBB 1 2 ? v ? 3JCN 1 3 ? b ? 3JCN 1 4 ? W ? 1HR0 1 5 ? A 90-180 2IFE 1 6 ? 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"C3'" A G 1079 ? ? 1.49 204 1 "C5'" A C 1112 ? ? N B LYS 131 ? ? 1.49 205 1 "C5'" A A 864 ? ? OP1 A U 1078 ? ? 1.49 206 1 "O5'" A C 18 ? ? "C4'" A G 1079 ? ? 1.49 207 1 "O4'" A A 8 ? ? C E ALA 107 ? ? 1.49 208 1 CA Z ILE 91 ? ? C2 X G 12 ? ? 1.49 209 1 NE2 Z GLN 92 ? ? O2 X C 23 ? ? 1.49 210 1 N3 A C 18 ? ? C2 A G 1079 ? ? 1.50 211 1 "O4'" A A 1493 ? ? N V ALA 20 ? ? 1.50 212 1 N Z GLN 180 ? ? "C1'" X C 68 ? ? 1.50 213 1 OP1 A G 1104 ? ? OG B SER 147 ? ? 1.50 214 1 C W LYS 791 ? ? OE1 W GLN 792 ? ? 1.50 215 1 N3 A U 17 ? ? C2 A A 1080 ? ? 1.51 216 1 OP1 A G 1072 ? ? O E LYS 52 ? ? 1.51 217 1 "O3'" A U 701 ? ? CG Y ASP 61 ? ? 1.51 218 1 "O4'" A A 1111 ? ? CA B LYS 132 ? ? 1.51 219 1 OP1 A C 519 ? ? CD V ARG 66 ? ? 1.51 220 1 "C4'" A U 17 ? ? "O5'" A A 1080 ? ? 1.51 221 1 CA E ARG 157 ? ? O H GLU 43 ? ? 1.51 222 1 C2 A A 1493 ? ? CB V THR 21 ? ? 1.51 223 1 C2 A A 7 ? ? CE2 E PHE 95 ? ? 1.51 224 1 N Z GLN 92 ? ? N2 X G 12 ? ? 1.52 225 1 "C2'" A G 1104 ? ? OG B SER 110 ? ? 1.52 226 1 "C5'" A A 1493 ? ? CA V ASN 19 ? ? 1.52 227 1 "C2'" A A 1493 ? ? N V ALA 20 ? ? 1.52 228 1 CA Z GLN 92 ? ? O2 X U 24 ? ? 1.53 229 1 C2 A G 1072 ? ? CG2 B THR 106 ? ? 1.53 230 1 N9 A A 1111 ? ? CD B LYS 132 ? ? 1.53 231 1 N1 A A 7 ? ? CZ E PHE 95 ? ? 1.54 232 1 "C3'" A U 701 ? ? OD1 Y ASP 61 ? ? 1.54 233 1 OP2 A G 1074 ? ? CE E LYS 66 ? ? 1.54 234 1 "O2'" A C 1496 ? ? NH2 Z ARG 99 ? ? 1.54 235 1 C Z LYS 179 ? ? "C2'" X C 68 ? ? 1.54 236 1 "O4'" A U 1073 ? ? OG1 B THR 106 ? ? 1.55 237 1 N1 A U 1073 ? ? OG1 B THR 106 ? ? 1.55 238 1 "O4'" A A 1111 ? ? CG B LYS 132 ? ? 1.55 239 1 "O4'" A U 17 ? ? "C3'" A A 1080 ? ? 1.55 240 1 "C2'" A U 1390 ? ? N1 A U 1391 ? ? 1.56 241 1 CB Z GLN 92 ? ? N1 X U 24 ? ? 1.56 242 1 "C4'" A C 18 ? ? "C4'" A G 1079 ? ? 1.56 243 1 "O2'" A U 1078 ? ? ND2 E ASN 135 ? ? 1.56 244 1 N3 A G 1072 ? ? CG2 B THR 106 ? ? 1.57 245 1 CD E LYS 159 ? ? OE2 H GLU 43 ? ? 1.57 246 1 CA Z ILE 91 ? ? C5 X G 12 ? ? 1.57 247 1 N Z ILE 91 ? ? C6 X G 12 ? ? 1.57 248 1 "C4'" A G 926 ? ? P A G 927 ? ? 1.57 249 1 "O3'" A C 1496 ? ? CZ Z ARG 99 ? ? 1.57 250 1 C8 A A 1111 ? ? CG B LYS 132 ? ? 1.57 251 1 O6 A G 925 ? ? O6 A G 927 ? ? 1.57 252 1 "C4'" A U 1073 ? ? CE B LYS 105 ? ? 1.58 253 1 C Z VAL 90 ? ? C2 X C 13 ? ? 1.58 254 1 "O3'" A C 1103 ? ? CB B LEU 97 ? ? 1.58 255 1 CA Z GLN 180 ? ? "O4'" X C 68 ? ? 1.58 256 1 O Z VAL 90 ? ? N1 X C 13 ? ? 1.59 257 1 "C4'" A C 1112 ? ? N B THR 130 ? ? 1.59 258 1 CG1 Z VAL 90 ? ? N4 X C 13 ? ? 1.59 259 1 "C1'" A C 1112 ? ? N B THR 130 ? ? 1.59 260 1 "O2'" A U 920 ? ? "O3'" A A 1081 ? ? 1.59 261 1 "C1'" A C 18 ? ? C8 A G 1079 ? ? 1.59 262 1 C4 A U 1390 ? ? O4 A U 1391 ? ? 1.59 263 1 "C5'" A A 790 ? ? "O2'" X A 38 ? ? 1.60 264 1 CA Z ILE 91 ? ? N1 X G 12 ? ? 1.60 265 1 "C4'" A U 17 ? ? "O4'" A A 1080 ? ? 1.60 266 1 C5 X 4SU 8 ? ? N6 X A 14 ? ? 1.60 267 1 "C5'" A C 18 ? ? "C5'" A G 1079 ? ? 1.60 268 1 O2 A C 1112 ? ? OG1 B THR 130 ? ? 1.60 269 1 "C1'" A U 1078 ? ? CG2 E THR 90 ? ? 1.61 270 1 O Z LYS 179 ? ? "C1'" X C 68 ? ? 1.61 271 1 "O5'" A G 926 ? ? "O5'" A G 927 ? ? 1.61 272 1 O Z ILE 91 ? ? N1 X G 12 ? ? 1.61 273 1 "C1'" A U 17 ? ? C8 A A 1080 ? ? 1.61 274 1 "O3'" A A 864 ? ? P A U 1078 ? ? 1.61 275 1 "C4'" A A 1493 ? ? CA V ASN 19 ? ? 1.61 276 1 CD Z GLN 92 ? ? O2 X C 23 ? ? 1.62 277 1 O L CYS 104 ? ? NH1 W ARG 662 ? ? 1.62 278 1 OP1 A A 865 ? ? "O3'" A G 1077 ? ? 1.62 279 1 "C4'" A C 1112 ? ? CA B THR 130 ? ? 1.62 280 1 N3 A C 18 ? ? N3 A G 1079 ? ? 1.62 281 1 N9 A A 1493 ? ? O V ASN 19 ? ? 1.63 282 1 NE E ARG 157 ? ? CG2 H ILE 101 ? ? 1.63 283 1 "O4'" A C 1112 ? ? C B THR 130 ? ? 1.63 284 1 CG2 E VAL 153 ? ? C H LEU 99 ? ? 1.64 285 1 "C2'" A G 1494 ? ? O V ALA 16 ? ? 1.64 286 1 C8 A A 1493 ? ? O V PRO 18 ? ? 1.64 287 1 OP1 A G 1106 ? ? CZ B ARG 113 ? ? 1.64 288 1 C Z GLN 180 ? ? "C1'" X C 68 ? ? 1.64 289 1 "C1'" A A 1493 ? ? N V ALA 20 ? ? 1.64 290 1 "C4'" A A 1111 ? ? CB B LYS 132 ? ? 1.65 291 1 C6 A C 1112 ? ? CB B THR 130 ? ? 1.65 292 1 C Z ILE 91 ? ? C6 X G 12 ? ? 1.65 293 1 CG Z GLN 180 ? ? "C5'" X C 68 ? ? 1.65 294 1 "O4'" A C 18 ? ? "O4'" A G 1079 ? ? 1.65 295 1 CA E SER 149 ? ? CD1 H LEU 99 ? ? 1.65 296 1 "C4'" A C 1103 ? ? CB B LEU 97 ? ? 1.65 297 1 O Z VAL 93 ? ? "C4'" X C 25 ? ? 1.66 298 1 "O4'" A A 1493 ? ? CA V ASN 19 ? ? 1.66 299 1 P A C 18 ? ? "O2'" A G 1079 ? ? 1.66 300 1 C Z LYS 179 ? ? "C1'" X C 68 ? ? 1.66 301 1 O W LYS 791 ? ? OE1 W GLN 792 ? ? 1.66 302 1 "C2'" A U 701 ? ? N Y GLY 63 ? ? 1.67 303 1 "O5'" A C 1112 ? ? C B THR 130 ? ? 1.67 304 1 CB Z LYS 179 ? ? O2 X C 68 ? ? 1.67 305 1 "O2'" A U 1390 ? ? "C4'" A U 1391 ? ? 1.67 306 1 CB Z GLN 92 ? ? O2 X U 24 ? ? 1.67 307 1 "O2'" A A 864 ? ? C5 A U 1078 ? ? 1.67 308 1 N Z VAL 90 ? ? N1 X G 22 ? ? 1.67 309 1 CA Z VAL 93 ? ? N1 X C 25 ? ? 1.68 310 1 CD Z LYS 94 ? ? "O2'" X U 24 ? ? 1.68 311 1 C2 A C 18 ? ? C4 A G 1079 ? ? 1.68 312 1 "O5'" A G 1072 ? ? NZ E LYS 62 ? ? 1.68 313 1 "C5'" A G 1494 ? ? O V LEU 17 ? ? 1.68 314 1 NZ Z LYS 125 ? ? "C4'" X G 26 ? ? 1.68 315 1 "C4'" A G 926 ? ? OP2 A G 927 ? ? 1.69 316 1 "O2'" A G 1494 ? ? O V ALA 16 ? ? 1.69 317 1 NH1 Y ARG 77 ? ? N4 X C 16 ? ? 1.69 318 1 N Z VAL 90 ? ? C4 X C 13 ? ? 1.69 319 1 OXT Z GLN 180 ? ? "O4'" X C 68 ? ? 1.69 320 1 "C3'" A G 1494 ? ? O V ALA 16 ? ? 1.69 321 1 "C4'" A A 864 ? ? OP1 A U 1078 ? ? 1.69 322 1 CB Z VAL 93 ? ? "C2'" X C 25 ? ? 1.70 323 1 "C4'" A U 1390 ? ? "O5'" A U 1391 ? ? 1.70 324 1 P A A 865 ? ? P A U 1078 ? ? 1.70 325 1 OXT Z GLN 180 ? ? C6 X C 68 ? ? 1.70 326 1 "O4'" A A 8 ? ? N E GLY 108 ? ? 1.70 327 1 C Z ILE 91 ? ? N3 X G 12 ? ? 1.70 328 1 N1 A U 17 ? ? C4 A A 1080 ? ? 1.70 329 1 N1 A C 18 ? ? N9 A G 1079 ? ? 1.71 330 1 C8 A A 1111 ? ? CE B LYS 132 ? ? 1.71 331 1 "O3'" A U 358 ? ? CA W GLY 579 ? ? 1.71 332 1 CA Z VAL 93 ? ? "O4'" X C 25 ? ? 1.71 333 1 C2 A A 1493 ? ? CA V THR 21 ? ? 1.71 334 1 N E PRO 150 ? ? CD2 H LEU 99 ? ? 1.71 335 1 N2 A G 917 ? ? O4 A U 1078 ? ? 1.71 336 1 NE2 Z GLN 92 ? ? N3 X C 23 ? ? 1.71 337 1 "O4'" A G 1494 ? ? O V ALA 16 ? ? 1.71 338 1 C6 A U 17 ? ? "C1'" A A 1080 ? ? 1.71 339 1 "C5'" A A 19 ? ? "C1'" A U 1078 ? ? 1.72 340 1 C2 A G 6 ? ? CG2 E THR 103 ? ? 1.72 341 1 OP1 A G 1497 ? ? NH1 Z ARG 99 ? ? 1.72 342 1 C6 A A 7 ? ? OE1 E GLN 97 ? ? 1.72 343 1 O2 A C 18 ? ? N3 A G 1079 ? ? 1.72 344 1 "C2'" A U 1390 ? ? "C1'" A U 1391 ? ? 1.72 345 1 N E PRO 150 ? ? CD1 H LEU 99 ? ? 1.72 346 1 C Z GLN 92 ? ? C2 X U 24 ? ? 1.73 347 1 "C4'" A C 18 ? ? "C1'" A G 1079 ? ? 1.73 348 1 CE E LYS 159 ? ? OE1 H GLU 43 ? ? 1.73 349 1 N6 A A 702 ? ? CD Y GLU 68 ? ? 1.73 350 1 C2 A A 1111 ? ? CD B GLU 133 ? ? 1.73 351 1 OP1 A A 865 ? ? P A U 1078 ? ? 1.73 352 1 N1 A A 1111 ? ? OE1 B GLU 133 ? ? 1.73 353 1 "C1'" A C 1112 ? ? OG1 B THR 130 ? ? 1.74 354 1 "O3'" A U 17 ? ? "O2'" A G 1079 ? ? 1.74 355 1 "C5'" A A 19 ? ? O2 A U 1078 ? ? 1.74 356 1 "O5'" A C 18 ? ? "O2'" A G 1079 ? ? 1.74 357 1 N3 A A 1493 ? ? OG1 V THR 21 ? ? 1.75 358 1 "O3'" A C 1496 ? ? NH1 Z ARG 99 ? ? 1.75 359 1 "O2'" A A 1493 ? ? C V ALA 20 ? ? 1.75 360 1 P A C 1103 ? ? NH2 B ARG 95 ? ? 1.75 361 1 C4 A A 16 ? ? "O2'" A A 1080 ? ? 1.75 362 1 "C4'" A C 395 ? ? OE2 W GLU 647 ? ? 1.75 363 1 CA Z ILE 91 ? ? C6 X G 12 ? ? 1.75 364 1 "C2'" A A 1493 ? ? N V THR 21 ? ? 1.75 365 1 CD E LYS 156 ? ? OXT H ALA 130 ? ? 1.76 366 1 P A A 1493 ? ? CB V ASN 19 ? ? 1.76 367 1 O E ARG 157 ? ? N H GLY 44 ? ? 1.76 368 1 O E SER 149 ? ? CD1 H LEU 99 ? ? 1.76 369 1 "C2'" A U 701 ? ? OD1 Y ASP 61 ? ? 1.76 370 1 NE2 Z GLN 92 ? ? C2 X C 23 ? ? 1.76 371 1 C Z LYS 179 ? ? "O2'" X C 68 ? ? 1.76 372 1 P A C 519 ? ? NE V ARG 66 ? ? 1.76 373 1 "C1'" A A 1111 ? ? CA B LYS 132 ? ? 1.76 374 1 NH2 Y ARG 77 ? ? C5 X C 16 ? ? 1.77 375 1 "C4'" A C 1112 ? ? C B THR 130 ? ? 1.77 376 1 "C1'" A C 1112 ? ? CB B THR 130 ? ? 1.77 377 1 C Z VAL 90 ? ? N3 X C 13 ? ? 1.77 378 1 N Z ILE 91 ? ? N1 X G 12 ? ? 1.77 379 1 N2 A G 1072 ? ? CG2 B THR 106 ? ? 1.77 380 1 CA Z GLN 180 ? ? "C4'" X C 68 ? ? 1.77 381 1 N3 A A 919 ? ? N1 A A 1080 ? ? 1.78 382 1 N Z GLN 92 ? ? N3 X G 12 ? ? 1.78 383 1 "O4'" A A 8 ? ? CA E ALA 107 ? ? 1.78 384 1 "O5'" A G 1104 ? ? CD1 B LEU 97 ? ? 1.78 385 1 "C5'" A A 19 ? ? N1 A U 1078 ? ? 1.78 386 1 "O4'" A U 17 ? ? "C2'" A A 1080 ? ? 1.78 387 1 "C3'" A U 17 ? ? "O2'" A G 1079 ? ? 1.79 388 1 N1 A U 1390 ? ? C5 A U 1391 ? ? 1.79 389 1 "C3'" A U 17 ? ? "C5'" A A 1080 ? ? 1.79 390 1 CB Z VAL 93 ? ? C2 X C 25 ? ? 1.79 391 1 "C5'" A A 19 ? ? C2 A U 1078 ? ? 1.79 392 1 "C4'" A G 1494 ? ? O V LEU 17 ? ? 1.80 393 1 "C1'" A A 1493 ? ? C V ALA 20 ? ? 1.80 394 1 OP1 A G 1106 ? ? NH2 B ARG 113 ? ? 1.80 395 1 "C1'" A A 19 ? ? N3 A U 1078 ? ? 1.80 396 1 "C4'" A A 19 ? ? C2 A U 1078 ? ? 1.80 397 1 CB Z ILE 91 ? ? C8 X G 12 ? ? 1.80 398 1 "O2'" A U 701 ? ? OD1 Y ASP 61 ? ? 1.80 399 1 "O5'" A A 19 ? ? C2 A U 1078 ? ? 1.80 400 1 "O4'" A G 1494 ? ? CA V LEU 17 ? ? 1.81 401 1 CB E VAL 153 ? ? C H LEU 99 ? ? 1.81 402 1 "O5'" A C 519 ? ? NE V ARG 66 ? ? 1.81 403 1 "C5'" A C 519 ? ? NH2 V ARG 66 ? ? 1.81 404 1 P A A 702 ? ? CB Y LYS 64 ? ? 1.81 405 1 "O3'" A G 357 ? ? NE W ARG 607 ? ? 1.81 406 1 "O2'" A U 701 ? ? N Y TYR 62 ? ? 1.81 407 1 C5 A A 1493 ? ? CB V THR 21 ? ? 1.81 408 1 "O2'" X A 76 ? ? O1 X FME 101 ? ? 1.82 409 1 "C4'" A U 1078 ? ? OG1 E THR 90 ? ? 1.82 410 1 N7 A A 1111 ? ? CD B LYS 132 ? ? 1.82 411 1 CA E GLU 163 ? ? NH2 H ARG 114 ? ? 1.83 412 1 "O5'" A C 18 ? ? "O4'" A G 1079 ? ? 1.83 413 1 OP1 A A 1105 ? ? CD2 B LEU 144 ? ? 1.83 414 1 "C3'" A A 1111 ? ? N B LYS 132 ? ? 1.83 415 1 OP2 A A 1111 ? ? NZ B LYS 132 ? ? 1.83 416 1 OP1 A U 358 ? ? CZ W ARG 607 ? ? 1.84 417 1 P A C 1112 ? ? O B THR 130 ? ? 1.84 418 1 C Z GLN 180 ? ? "O4'" X C 68 ? ? 1.84 419 1 "O4'" A A 19 ? ? C4 A U 1078 ? ? 1.84 420 1 CA Z GLN 180 ? ? N1 X C 68 ? ? 1.84 421 1 C Z VAL 93 ? ? "C1'" X C 25 ? ? 1.84 422 1 N6 X A 21 ? ? OP1 X C 48 ? ? 1.84 423 1 "C3'" A A 864 ? ? OP1 A U 1078 ? ? 1.84 424 1 "C1'" A A 864 ? ? C5 A U 1078 ? ? 1.84 425 1 O E LYS 156 ? ? O H GLY 44 ? ? 1.84 426 1 OP2 A A 1493 ? ? OD1 V ASN 19 ? ? 1.85 427 1 CB Y ALA 49 ? ? O6 X G 19 ? ? 1.85 428 1 CG1 Z VAL 90 ? ? O6 X G 22 ? ? 1.85 429 1 O6 A G 6 ? ? CA E SER 100 ? ? 1.85 430 1 O2 A C 18 ? ? C4 A G 1079 ? ? 1.85 431 1 CG Z PRO 176 ? ? "O3'" X G 12 ? ? 1.85 432 1 O2 A C 18 ? ? C6 A G 1079 ? ? 1.85 433 1 C2 A A 919 ? ? C2 A A 1080 ? ? 1.85 434 1 "O4'" A C 1112 ? ? CB B THR 130 ? ? 1.86 435 1 OP1 A A 865 ? ? "C3'" A G 1077 ? ? 1.86 436 1 OP1 A G 1104 ? ? CD1 B LEU 97 ? ? 1.86 437 1 O Z VAL 93 ? ? "C5'" X C 25 ? ? 1.86 438 1 "O2'" A A 1493 ? ? N V THR 21 ? ? 1.86 439 1 "C1'" A C 18 ? ? "C1'" A G 1079 ? ? 1.86 440 1 "O4'" A G 359 ? ? O W LYS 576 ? ? 1.86 441 1 "C2'" A A 16 ? ? "O2'" A A 1080 ? ? 1.86 442 1 "C1'" A U 920 ? ? "O2'" A A 1081 ? ? 1.86 443 1 "O2'" A G 1104 ? ? CB B SER 110 ? ? 1.86 444 1 "C5'" A G 1072 ? ? CE E LYS 62 ? ? 1.86 445 1 N9 A A 16 ? ? "O2'" A A 1080 ? ? 1.87 446 1 N7 A A 1493 ? ? OG1 V THR 21 ? ? 1.87 447 1 "O2'" A A 7 ? ? N E ALA 125 ? ? 1.87 448 1 C2 A A 918 ? ? N1 A G 1079 ? ? 1.87 449 1 O L LEU 102 ? ? CD W ARG 662 ? ? 1.87 450 1 OP1 A G 1106 ? ? NE B ARG 113 ? ? 1.87 451 1 "C3'" A C 1103 ? ? CB B LEU 97 ? ? 1.88 452 1 CB Y ALA 49 ? ? C6 X G 19 ? ? 1.88 453 1 "C3'" A U 17 ? ? "O5'" A A 1080 ? ? 1.88 454 1 CB Z ILE 91 ? ? N7 X G 12 ? ? 1.88 455 1 OXT Z GLN 180 ? ? N1 X C 68 ? ? 1.88 456 1 N3 A A 16 ? ? "O2'" A A 1080 ? ? 1.88 457 1 CG2 Z VAL 93 ? ? N1 X C 25 ? ? 1.89 458 1 CA Z VAL 90 ? ? N4 X C 13 ? ? 1.89 459 1 N1 A C 1112 ? ? CG2 B THR 130 ? ? 1.89 460 1 C Z ILE 91 ? ? C4 X G 12 ? ? 1.89 461 1 "O4'" A U 358 ? ? O W GLY 577 ? ? 1.89 462 1 C2 A U 17 ? ? N9 A A 1080 ? ? 1.89 463 1 "O5'" A U 17 ? ? "C4'" A A 1080 ? ? 1.90 464 1 "C2'" A A 1493 ? ? CA V ALA 20 ? ? 1.90 465 1 OP2 A A 10 ? ? OG1 E THR 131 ? ? 1.90 466 1 "C3'" A A 7 ? ? CD1 E ILE 106 ? ? 1.90 467 1 CD E LYS 159 ? ? CD H GLU 43 ? ? 1.90 468 1 "C2'" A U 17 ? ? "C2'" A G 1079 ? ? 1.90 469 1 NE2 L GLN 75 ? ? CD W GLN 669 ? ? 1.90 470 1 O2 A U 1073 ? ? CG B ASN 103 ? ? 1.90 471 1 "O2'" A U 1073 ? ? OD1 B ASN 103 ? ? 1.90 472 1 OP2 A C 18 ? ? "O2'" A G 1079 ? ? 1.90 473 1 "C5'" A U 358 ? ? NH1 W ARG 607 ? ? 1.90 474 1 "C4'" A A 1111 ? ? CA B LYS 132 ? ? 1.90 475 1 CD1 Z ILE 91 ? ? "O4'" X C 13 ? ? 1.90 476 1 O Z GLN 180 ? ? C4 X C 68 ? ? 1.91 477 1 "C5'" A U 921 ? ? OP1 A A 1082 ? ? 1.91 478 1 C8 A A 1493 ? ? OG1 V THR 21 ? ? 1.91 479 1 N7 A G 1494 ? ? CB V PRO 18 ? ? 1.91 480 1 NZ E LYS 159 ? ? OE1 H GLU 43 ? ? 1.91 481 1 N3 A A 1493 ? ? N V THR 21 ? ? 1.91 482 1 "C4'" A U 1078 ? ? CG2 E THR 90 ? ? 1.91 483 1 N Z LYS 94 ? ? "O4'" X C 25 ? ? 1.91 484 1 N Z VAL 90 ? ? C2 X C 13 ? ? 1.91 485 1 O W LYS 791 ? ? CE1 W PHE 880 ? ? 1.92 486 1 OP2 A A 559 ? ? NZ E LYS 126 ? ? 1.92 487 1 CG2 Z ILE 91 ? ? N3 X G 12 ? ? 1.92 488 1 C4 A U 17 ? ? N3 A A 1080 ? ? 1.92 489 1 OP1 A A 702 ? ? CA Y LYS 64 ? ? 1.92 490 1 OG1 L THR 39 ? ? OD2 V ASP 61 ? ? 1.92 491 1 "C1'" A G 1494 ? ? O V ALA 16 ? ? 1.92 492 1 O B LEU 129 ? ? NH2 C ARG 179 ? ? 1.92 493 1 "O5'" A C 18 ? ? "C2'" A G 1079 ? ? 1.92 494 1 CG2 E VAL 153 ? ? CA H LEU 99 ? ? 1.92 495 1 "O5'" A A 790 ? ? "O2'" X A 38 ? ? 1.92 496 1 "O3'" A A 1111 ? ? CB B LYS 131 ? ? 1.92 497 1 N1 A C 1112 ? ? CA B THR 130 ? ? 1.93 498 1 CB Z GLN 92 ? ? "C1'" X U 24 ? ? 1.93 499 1 C6 A C 18 ? ? "C1'" A G 1079 ? ? 1.93 500 1 C2 A A 1111 ? ? CG B GLU 133 ? ? 1.93 501 1 "O2'" A C 18 ? ? N1 A U 1078 ? ? 1.94 502 1 CG L ASN 73 ? ? CD W GLN 670 ? ? 1.94 503 1 P A G 1497 ? ? NH1 Z ARG 99 ? ? 1.94 504 1 "O2'" A C 18 ? ? C6 A U 1078 ? ? 1.94 505 1 OP2 A A 1493 ? ? ND2 V ASN 19 ? ? 1.94 506 1 O2 A U 17 ? ? C6 A A 1080 ? ? 1.94 507 1 "O3'" A A 864 ? ? OP1 A U 1078 ? ? 1.94 508 1 "C3'" A U 17 ? ? "O4'" A A 1080 ? ? 1.94 509 1 "C5'" A C 1112 ? ? O B THR 130 ? ? 1.95 510 1 C Z ILE 91 ? ? C5 X G 12 ? ? 1.95 511 1 "O4'" A U 920 ? ? "O2'" A A 1081 ? ? 1.95 512 1 C2 A A 919 ? ? N1 A A 1080 ? ? 1.95 513 1 N Z GLN 92 ? ? N1 X G 12 ? ? 1.95 514 1 CB E PRO 150 ? ? CD2 H LEU 99 ? ? 1.95 515 1 O6 A G 925 ? ? C6 A G 927 ? ? 1.96 516 1 "O2'" A U 701 ? ? C Y ASP 61 ? ? 1.96 517 1 N3 A A 16 ? ? "C2'" A A 1080 ? ? 1.96 518 1 NZ Z LYS 125 ? ? "C5'" X G 26 ? ? 1.96 519 1 CB L ASN 73 ? ? NE2 W GLN 670 ? ? 1.96 520 1 O Z GLN 180 ? ? C2 X C 68 ? ? 1.96 521 1 "O3'" A U 920 ? ? "C5'" A A 1082 ? ? 1.96 522 1 "O3'" A C 18 ? ? "O2'" A U 1078 ? ? 1.97 523 1 "C3'" A U 701 ? ? N Y LYS 64 ? ? 1.97 524 1 CZ E ARG 157 ? ? CB H ILE 101 ? ? 1.97 525 1 C Z VAL 90 ? ? N1 X C 13 ? ? 1.97 526 1 O2 A C 18 ? ? C5 A G 1079 ? ? 1.97 527 1 C E ARG 157 ? ? C H GLU 43 ? ? 1.97 528 1 "O5'" A C 18 ? ? "C3'" A G 1079 ? ? 1.97 529 1 "O2'" A U 1495 ? ? CA Z GLY 101 ? ? 1.97 530 1 C6 A G 6 ? ? C E ALA 99 ? ? 1.97 531 1 "O5'" A A 865 ? ? "O3'" A G 1077 ? ? 1.97 532 1 N Z GLN 180 ? ? "O2'" X C 68 ? ? 1.98 533 1 N Z VAL 93 ? ? C2 X U 24 ? ? 1.98 534 1 "O3'" A C 1103 ? ? CD2 B LEU 97 ? ? 1.98 535 1 N1 A U 17 ? ? "O4'" A A 1080 ? ? 1.98 536 1 O6 A G 6 ? ? CA E ALA 99 ? ? 1.98 537 1 OE1 Y GLU 73 ? ? O2 X U 17 A ? 1.98 538 1 O2 A U 17 ? ? N7 A A 1080 ? ? 1.99 539 1 "O2'" A U 920 ? ? "O2'" A A 1081 ? ? 2.00 540 1 C2 A U 17 ? ? C5 A A 1080 ? ? 2.00 541 1 P A G 1104 ? ? CG B LEU 97 ? ? 2.00 542 1 "C4'" A U 1073 ? ? CD B LYS 105 ? ? 2.00 543 1 O B LEU 129 ? ? NE C ARG 179 ? ? 2.00 544 1 "C3'" A A 1493 ? ? C V ASN 19 ? ? 2.00 545 1 "O3'" A G 357 ? ? CD W ARG 607 ? ? 2.00 546 1 "C1'" A A 1111 ? ? N B LYS 132 ? ? 2.00 547 1 "O5'" A A 702 ? ? CB Y LYS 64 ? ? 2.01 548 1 "O2'" A A 1493 ? ? N V ALA 20 ? ? 2.01 549 1 O Z ILE 91 ? ? C5 X G 12 ? ? 2.01 550 1 N Z GLN 180 ? ? "C3'" X C 68 ? ? 2.01 551 1 OP2 A A 790 ? ? "C4'" X C 39 ? ? 2.01 552 1 C4 A A 1493 ? ? CA V THR 21 ? ? 2.01 553 1 CB Z ILE 91 ? ? N3 X G 12 ? ? 2.01 554 1 CA Z VAL 90 ? ? C2 X C 13 ? ? 2.02 555 1 CD Z GLN 92 ? ? C6 X U 24 ? ? 2.02 556 1 NH2 E ARG 157 ? ? 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Y ALA 13 685 1 Y 1 Z GLY 50 ? Y GLY 14 686 1 Y 1 Z VAL 51 ? Y VAL 15 687 1 Y 1 Z ASP 52 ? Y ASP 16 688 1 Y 1 Z LEU 53 ? Y LEU 17 689 1 Y 1 Z VAL 54 ? Y VAL 18 690 1 Y 1 Z GLU 55 ? Y GLU 19 691 1 Y 1 Z ILE 56 ? Y ILE 20 692 1 Y 1 Z SER 57 ? Y SER 21 693 1 Y 1 Z PRO 58 ? Y PRO 22 694 1 Y 1 Z ASN 59 ? Y ASN 23 695 1 Y 1 Z ALA 60 ? Y ALA 24 696 1 Y 1 Z GLU 61 ? Y GLU 25 697 1 Y 1 Z PRO 62 ? Y PRO 26 698 1 Y 1 Z PRO 63 ? Y PRO 27 699 1 Y 1 Z VAL 64 ? Y VAL 28 700 1 Y 1 Z CYS 65 ? Y CYS 29 701 1 Y 1 Z ARG 66 ? Y ARG 30 702 1 Y 1 Z ILE 67 ? Y ILE 31 703 1 Y 1 Z MET 68 ? Y MET 32 704 1 Y 1 Z ASP 69 ? Y ASP 33 705 1 Y 1 Z TYR 70 ? Y TYR 34 706 1 Y 1 Z GLY 71 ? Y GLY 35 707 1 Y 1 Z LYS 72 ? Y LYS 36 708 1 Y 1 Z PHE 73 ? Y PHE 37 709 1 Y 1 Z LEU 74 ? Y LEU 38 710 1 Y 1 Z TYR 75 ? Y TYR 39 711 1 Y 1 Z GLU 76 ? Y GLU 40 712 1 Y 1 Z LYS 77 ? Y LYS 41 713 1 Y 1 Z SER 78 ? Y SER 42 714 1 Y 1 Z LYS 79 ? Y LYS 43 715 1 Y 1 Z SER 80 ? Y SER 44 716 1 Y 1 Z SER 81 ? Y SER 45 717 1 Y 1 Z LYS 82 ? Y LYS 46 718 1 Y 1 Z GLU 83 ? Y GLU 47 719 1 Y 1 Z GLN 84 ? Y GLN 48 720 1 Y 1 Z LYS 85 ? Y LYS 49 721 1 Y 1 Z LYS 86 ? Y LYS 50 722 1 Y 1 Z LYS 87 ? Y LYS 51 723 1 Y 1 Z GLN 88 ? Y GLN 52 724 1 Y 1 Z LYS 89 ? Y LYS 53 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 10 mM TrisHCl Tris 1 2 7 mM MgCl2 'Magnesium chloride' 1 3 60 mM CH3CO2NH4 'Ammonium acetate' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 17 _em_image_recording.average_exposure_time 0.3 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 261 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'In-column Omega Filter' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 174142 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 1.4 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? DigitalMicrograph ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Situs ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.4 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 1.4 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 1.4 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ;For minimizing the conformation of the linking residues of ligands that were fitted as multiple independent bodies i.e. domains G2-C1 and C2 of IF2, and residues 1-72 and 73-76 of the mRNA. ; Coot 0.8.3 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5ME0 'double helix' 5ME0 'a-form double helix' 5ME0 'parallel strands' 5ME0 'hairpin loop' 5ME0 tetraloop 5ME0 'bulge loop' 5ME0 'mismatched base pair' 5ME0 'internal loop' 5ME0 'triple helix' 5ME0 'quadruple helix' 5ME0 'three-way junction' 5ME0 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 1068 1_555 A C 1107 1_555 -0.236 -0.204 -0.278 -11.358 -3.600 -0.647 1 A_G1068:C1107_A A 1068 ? A 1107 ? 19 1 1 A C 1069 1_555 A G 1106 1_555 -0.055 0.183 0.457 -8.877 3.282 3.821 2 A_C1069:G1106_A A 1069 ? A 1106 ? 19 1 1 A U 1070 1_555 A A 1105 1_555 0.248 -0.283 0.316 0.156 -5.759 -4.507 3 A_U1070:A1105_A A 1070 ? A 1105 ? 20 1 1 A C 1071 1_555 A G 1104 1_555 -0.317 0.060 0.213 1.299 -4.080 3.208 4 A_C1071:G1104_A A 1071 ? A 1104 ? 19 1 1 A G 1072 1_555 A C 1103 1_555 -0.364 -0.112 -0.087 7.941 -20.291 5.509 5 A_G1072:C1103_A A 1072 ? A 1103 ? 19 1 1 A U 1073 1_555 A A 1102 1_555 -0.189 -0.282 -0.082 11.924 -11.476 1.084 6 A_U1073:A1102_A A 1073 ? A 1102 ? 20 1 1 A G 1074 1_555 A U 1083 1_555 -2.195 -0.628 0.348 -1.970 -14.232 -0.848 7 A_G1074:U1083_A A 1074 ? A 1083 ? 28 1 1 A U 1075 1_555 A A 1082 1_555 -0.005 -0.094 0.212 10.281 -18.424 8.427 8 A_U1075:A1082_A A 1075 ? A 1082 ? 20 1 1 A U 1076 1_555 A A 1081 1_555 0.136 0.147 -0.370 13.347 -10.871 2.264 9 A_U1076:A1081_A A 1076 ? A 1081 ? 20 1 1 A G 1077 1_555 A A 1080 1_555 7.963 -5.255 0.564 5.003 -19.475 -48.916 10 A_G1077:A1080_A A 1077 ? A 1080 ? ? ? 1 A A 918 1_555 A U 17 1_555 0.292 -0.087 0.104 5.285 -15.853 0.153 11 A_A918:U17_A A 918 ? A 17 ? 20 1 1 A G 917 1_555 A C 18 1_555 -0.039 -0.162 -0.369 -12.140 -19.334 4.302 12 A_G917:C18_A A 917 ? A 18 ? 19 1 1 A U 916 1_555 A A 19 1_555 -0.104 0.155 -0.315 3.996 -9.097 3.542 13 A_U916:A19_A A 916 ? A 19 ? 20 1 1 A U 13 1_555 A A 915 1_555 -0.482 3.460 -0.648 10.027 -7.314 -66.692 14 A_U13:A915_A A 13 ? A 915 ? 23 3 1 A G 21 1_555 A A 914 1_555 6.971 -4.343 -0.201 -0.502 0.216 -1.971 15 A_G21:A914_A A 21 ? A 914 ? 11 10 1 A G 22 1_555 A U 12 1_555 -2.463 -0.639 -0.036 10.277 -2.974 -7.881 16 A_G22:U12_A A 22 ? A 12 ? 28 1 1 A C 23 1_555 A G 11 1_555 -0.161 -0.189 -0.460 9.829 -9.638 -3.931 17 A_C23:G11_A A 23 ? A 11 ? 19 1 1 A U 24 1_555 A A 10 1_555 0.012 -0.031 0.159 0.428 -8.035 8.186 18 A_U24:A10_A A 24 ? 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