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'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 35942 ? t_ideal_dist_contact 4.00 SEMIHARMONIC # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.d_res_high 2.80 _refine_ls_shell.d_res_low 2.87 _refine_ls_shell.number_reflns_all 4336 _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 220 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 4116 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 97.86 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 5.07 _refine_ls_shell.R_factor_all 0.223 _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.287 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.000 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.220 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # _struct.entry_id 5MMS _struct.title 'Human cystathionine beta-synthase (CBS) p.P49L delta409-551 variant' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5MMS _struct_keywords.text 'cystathionine beta-synthase, hydrogen sulfide, transsulfuration, classical homocystinuria, Lyase' _struct_keywords.pdbx_keywords LYASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 2 ? N N N 3 ? O N N 4 ? P N N 2 ? Q N N 3 ? R N N 4 ? S N N 4 ? T N N 2 ? U N N 3 ? V N N 5 ? W N N 5 ? X N N 5 ? Y N N 5 ? Z N N 5 ? 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UNP P35520 PRO 49 'engineered mutation' 49 5 6 5MMS LEU F 49 ? UNP P35520 PRO 49 'engineered mutation' 49 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? dimeric 2 2 software_defined_assembly PISA dimeric 2 3 software_defined_assembly PISA dimeric 2 4 software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 2 'ABSA (A^2)' 7050 ? 2 MORE -59 ? 2 'SSA (A^2)' 26040 ? 3 'ABSA (A^2)' 7250 ? 3 MORE -73 ? 3 'SSA (A^2)' 26240 ? 4 'ABSA (A^2)' 7420 ? 4 MORE -85 ? 4 'SSA (A^2)' 26780 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 C,K,L,X 1 2 A,G,H,V 2 1 A,G,H,V 2 3 C,K,L,X 3 1 B,F,I,J,S,T,U,W,AA 4 1 D,E,M,N,O,P,Q,R,Y,Z # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 1_444 x-1,y-1,z-1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 -32.6918033162 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 -49.3392780067 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 -89.8668445442 3 'crystal symmetry operation' 1_666 x+1,y+1,z+1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 32.6918033162 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 49.3392780067 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 89.8668445442 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 59 ? SER A 63 ? PRO A 59 SER A 63 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 79 ? LYS A 83 ? ASP A 79 LYS A 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 94 ? PHE A 99 ? LYS A 94 PHE A 99 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 PHE A 111 ? ASN A 113 ? PHE A 111 ASN A 113 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 VAL A 118 ? ASP A 133 ? VAL A 118 ASP A 133 1 ? 16 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 148 ? GLY A 162 ? GLY A 148 GLY A 162 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 174 ? LEU A 184 ? SER A 174 LEU A 184 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 202 ? ILE A 214 ? SER A 202 ILE A 214 1 ? 13 HELX_P HELX_P9 AA9 ALA A 226 ? THR A 235 ? ALA A 226 THR A 235 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 AB1 THR A 235 ? CYS A 244 ? THR A 235 CYS A 244 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY A 258 ? CYS A 272 ? GLY A 258 CYS A 272 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 AB3 PRO A 290 ? ASN A 294 ? PRO A 290 ASN A 294 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP A 316 ? VAL A 320 ? ASP A 316 VAL A 320 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN A 327 ? GLY A 343 ? ASN A 327 GLY A 343 1 ? 17 HELX_P HELX_P15 AB6 GLY A 347 ? ALA A 361 ? GLY A 347 ALA A 361 1 ? 15 HELX_P HELX_P16 AB7 GLN A 362 ? LEU A 364 ? GLN A 362 LEU A 364 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 SER A 377 ? MET A 382 ? SER A 377 MET A 382 5 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 SER A 387 ? GLY A 395 ? SER A 387 GLY A 395 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 AC1 PRO B 59 ? SER B 63 ? PRO B 59 SER B 63 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP B 79 ? LYS B 83 ? ASP B 79 LYS B 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 LYS B 94 ? PHE B 99 ? LYS B 94 PHE B 99 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 PHE B 111 ? ASN B 113 ? PHE B 111 ASN B 113 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 VAL B 118 ? ASP B 133 ? VAL B 118 ASP B 133 1 ? 16 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY B 148 ? GLY B 162 ? GLY B 148 GLY B 162 1 ? 15 HELX_P HELX_P25 AC7 SER B 174 ? LEU B 184 ? SER B 174 LEU B 184 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 AC8 SER B 202 ? ILE B 214 ? SER B 202 ILE B 214 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 AC9 ALA B 226 ? THR B 235 ? ALA B 226 THR B 235 1 ? 10 HELX_P HELX_P28 AD1 THR B 235 ? CYS B 244 ? THR B 235 CYS B 244 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY B 258 ? CYS B 272 ? GLY B 258 CYS B 272 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO B 290 ? ASN B 294 ? PRO B 290 ASN B 294 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN B 327 ? GLY B 343 ? ASN B 327 GLY B 343 1 ? 17 HELX_P HELX_P32 AD5 GLY B 347 ? ALA B 361 ? GLY B 347 ALA B 361 1 ? 15 HELX_P HELX_P33 AD6 GLN B 362 ? LEU B 364 ? GLN B 362 LEU B 364 5 ? 3 HELX_P HELX_P34 AD7 SER B 377 ? MET B 382 ? SER B 377 MET B 382 5 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 SER B 387 ? LYS B 394 ? SER B 387 LYS B 394 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO C 59 ? SER C 63 ? PRO C 59 SER C 63 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP C 79 ? LYS C 83 ? ASP C 79 LYS C 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 LYS C 94 ? PHE C 99 ? LYS C 94 PHE C 99 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 PHE C 111 ? ASN C 113 ? PHE C 111 ASN C 113 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 AE4 VAL C 118 ? ASP C 133 ? VAL C 118 ASP C 133 1 ? 16 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY C 148 ? GLY C 162 ? GLY C 148 GLY C 162 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 AE6 SER C 175 ? LEU C 184 ? SER C 175 LEU C 184 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 SER C 202 ? ILE C 214 ? 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K HEM . ? C HEM 1001 ? 1_555 NE2 ? C HIS 65 ? C HIS 65 ? 1_555 87.3 ? 46 SG ? D CYS 52 ? D CYS 52 ? 1_555 FE ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 NA ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 85.8 ? 47 SG ? D CYS 52 ? D CYS 52 ? 1_555 FE ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 NB ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 85.5 ? 48 NA ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 FE ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 NB ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 86.2 ? 49 SG ? D CYS 52 ? D CYS 52 ? 1_555 FE ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 NC ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 90.0 ? 50 NA ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 FE ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 NC ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 175.8 ? 51 NB ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 FE ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 NC ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 93.3 ? 52 SG ? D CYS 52 ? D CYS 52 ? 1_555 FE ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 ND ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 87.0 ? 53 NA ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 FE ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 ND ? M HEM . ? D HEM 1001 ? 1_555 89.8 ? 54 NB ? M HEM . ? 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ILE C 92 ? MET C 89 ILE C 92 AA5 2 GLU C 104 ? CYS C 109 ? GLU C 104 CYS C 109 AA5 3 ARG C 369 ? LEU C 374 ? ARG C 369 LEU C 374 AA5 4 MET C 250 ? SER C 254 ? MET C 250 SER C 254 AA5 5 ARG C 276 ? PRO C 282 ? ARG C 276 PRO C 282 AA5 6 LYS C 322 ? SER C 326 ? LYS C 322 SER C 326 AA6 1 GLU C 187 ? ARG C 190 ? GLU C 187 ARG C 190 AA6 2 ARG C 164 ? MET C 169 ? ARG C 164 MET C 169 AA6 3 THR C 141 ? PRO C 145 ? THR C 141 PRO C 145 AA6 4 SER C 217 ? ILE C 219 ? SER C 217 ILE C 219 AA7 1 MET D 89 ? ILE D 92 ? MET D 89 ILE D 92 AA7 2 GLU D 104 ? CYS D 109 ? GLU D 104 CYS D 109 AA7 3 ARG D 369 ? LEU D 374 ? ARG D 369 LEU D 374 AA7 4 MET D 250 ? SER D 254 ? MET D 250 SER D 254 AA7 5 ARG D 276 ? PRO D 282 ? ARG D 276 PRO D 282 AA7 6 LYS D 322 ? SER D 326 ? LYS D 322 SER D 326 AA8 1 GLU D 187 ? THR D 191 ? GLU D 187 THR D 191 AA8 2 ARG D 164 ? PRO D 170 ? ARG D 164 PRO D 170 AA8 3 THR D 141 ? PRO D 145 ? THR D 141 PRO D 145 AA8 4 SER D 217 ? ILE D 219 ? SER D 217 ILE D 219 AA9 1 MET E 89 ? 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Superior' Portugal 'iNOVA4Health Research Unit - LISBOA-01-0145-FEDER-007344' 8 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1JBQ _pdbx_initial_refinement_model.details ? # _atom_sites.entry_id 5MMS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011604 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004499 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.004436 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012359 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.004342 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011128 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C FE N NA O P S # loop_