HEADER TRANSFERASE 20-MAR-17 5NGY TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF LEUCONOSTOC CITREUM NRRL B-1299 DEXTRANSUCRASE TITLE 2 DSR-M COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: DSR-M GLUCANSUCRASE INACTIVE MUTANT E715Q; COMPND 3 CHAIN: A, B; COMPND 4 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: LEUCONOSTOC CITREUM; SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 33964; SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3); SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 469008 KEYWDS DEXTRANSUCRASE, DEXTRAN, SUGAR BINDING PROTEIN, TRANSFERASE EXPDTA X-RAY DIFFRACTION AUTHOR M.CLAVERIE,G.CIOCI,M.REMAUD-SIMEON,C.MOULIS,S.TRANIER,M.VUILLEMIN REVDAT 3 17-JAN-24 5NGY 1 HETSYN LINK REVDAT 2 29-JUL-20 5NGY 1 COMPND REMARK HETNAM LINK REVDAT 2 2 1 SITE ATOM REVDAT 1 01-NOV-17 5NGY 0 JRNL AUTH M.CLAVERIE,G.CIOCI,M.VUILLEMIN,N.MONTIES,P.ROBLIN,G.LIPPENS, JRNL AUTH 2 M.REMAUD-SIMEON,C.MOULIS JRNL TITL INVESTIGATIONS ON THE DETERMINANTS RESPONSIBLE FOR LOW MOLAR JRNL TITL 2 MASS DEXTRAN FORMATION BY DSR-M DEXTRANSUCRASE JRNL REF ACS CATALYSIS 2017 JRNL REFN ESSN 2155-5435 JRNL DOI 10.1021/ACSCATAL.7B02182 REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. 3.70 ANGSTROMS. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 PROGRAM : REFMAC 5.8.0073 REMARK 3 AUTHORS : MURSHUDOV,SKUBAK,LEBEDEV,PANNU,STEINER, REMARK 3 : NICHOLLS,WINN,LONG,VAGIN REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT TARGET : MAXIMUM LIKELIHOOD REMARK 3 REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 3.70 REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 50.00 REMARK 3 DATA CUTOFF (SIGMA(F)) : NULL REMARK 3 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 98.1 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 32648 REMARK 3 REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 CROSS-VALIDATION METHOD : THROUGHOUT REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SELECTION : RANDOM REMARK 3 R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.195 REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.192 REMARK 3 FREE R VALUE : 0.236 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : 4.900 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT : 1693 REMARK 3 REMARK 3 FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN. REMARK 3 TOTAL NUMBER OF BINS USED : 20 REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 3.70 REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE LOW (A) : 3.80 REMARK 3 REFLECTION IN BIN (WORKING SET) : 2375 REMARK 3 BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : 97.41 REMARK 3 BIN R VALUE (WORKING SET) : 0.2630 REMARK 3 BIN FREE R VALUE SET COUNT : 112 REMARK 3 BIN FREE R VALUE : 0.2840 REMARK 3 REMARK 3 NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. REMARK 3 PROTEIN ATOMS : 18805 REMARK 3 NUCLEIC ACID ATOMS : 0 REMARK 3 HETEROGEN ATOMS : 53 REMARK 3 SOLVENT ATOMS : 0 REMARK 3 REMARK 3 B VALUES. REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2) : 44.50 REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL, A**2) : 62.15 REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE. REMARK 3 B11 (A**2) : -5.87000 REMARK 3 B22 (A**2) : 0.14000 REMARK 3 B33 (A**2) : 5.74000 REMARK 3 B12 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 B13 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 B23 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 REMARK 3 ESTIMATED OVERALL COORDINATE ERROR. REMARK 3 ESU BASED ON R VALUE (A): NULL REMARK 3 ESU BASED ON FREE R VALUE (A): 0.681 REMARK 3 ESU BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A): 0.517 REMARK 3 ESU FOR B VALUES BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A**2): 80.890 REMARK 3 REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENTS. REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENT FO-FC : 0.911 REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENT FO-FC FREE : 0.866 REMARK 3 REMARK 3 RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 BOND LENGTHS REFINED ATOMS (A): 19264 ; 0.007 ; 0.020 REMARK 3 BOND LENGTHS OTHERS (A): 17262 ; 0.003 ; 0.020 REMARK 3 BOND ANGLES REFINED ATOMS (DEGREES): 26188 ; 1.098 ; 1.933 REMARK 3 BOND ANGLES OTHERS (DEGREES): 39636 ; 0.830 ; 3.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 1 (DEGREES): 2405 ; 5.845 ; 5.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 2 (DEGREES): 993 ;35.562 ;25.619 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 3 (DEGREES): 3027 ;13.266 ;15.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 4 (DEGREES): 62 ;14.208 ;15.000 REMARK 3 CHIRAL-CENTER RESTRAINTS (A**3): 2828 ; 0.069 ; 0.200 REMARK 3 GENERAL PLANES REFINED ATOMS (A): 22765 ; 0.004 ; 0.020 REMARK 3 GENERAL PLANES OTHERS (A): 4671 ; 0.002 ; 0.020 REMARK 3 NON-BONDED CONTACTS REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED CONTACTS OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED TORSION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED TORSION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 H-BOND (X...Y) REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 H-BOND (X...Y) OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 POTENTIAL METAL-ION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 POTENTIAL METAL-ION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY VDW REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY VDW OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY H-BOND REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY H-BOND OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY METAL-ION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY METAL-ION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS. COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A**2): 9628 ; 1.346 ; 4.799 REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2): 9627 ; 1.346 ; 4.799 REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2): 12025 ; 2.267 ; 7.200 REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2): 12026 ; 2.267 ; 7.200 REMARK 3 SIDE-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A**2): 9636 ; 1.288 ; 4.881 REMARK 3 SIDE-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2): 9636 ; 1.288 ; 4.881 REMARK 3 SIDE-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2): 14164 ; 2.242 ; 7.284 REMARK 3 LONG RANGE B REFINED ATOMS (A**2): 21414 ; 3.476 ;38.110 REMARK 3 LONG RANGE B OTHER ATOMS (A**2): 21415 ; 3.476 ;38.112 REMARK 3 REMARK 3 ANISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS. COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 RIGID-BOND RESTRAINTS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SPHERICITY; FREE ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SPHERICITY; BONDED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 NCS RESTRAINTS STATISTICS REMARK 3 NCS TYPE: LOCAL REMARK 3 NUMBER OF DIFFERENT NCS PAIRS : 2 REMARK 3 GROUP CHAIN1 RANGE CHAIN2 RANGE COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 1 A 290 494 B 290 494 9357 0.12 0.05 REMARK 3 2 A 496 1434 B 496 1434 54255 0.07 0.05 REMARK 3 REMARK 3 TLS DETAILS REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS : 2 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 1 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : A 171 A 1501 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -34.5609 16.8137 -26.6144 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.1113 T22: 0.0360 REMARK 3 T33: 0.0232 T12: 0.0037 REMARK 3 T13: -0.0216 T23: -0.0028 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.8361 L22: 0.1629 REMARK 3 L33: 0.2295 L12: -0.0324 REMARK 3 L13: -0.2043 L23: 0.0417 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0101 S12: 0.1443 S13: 0.0415 REMARK 3 S21: -0.0918 S22: -0.0188 S23: 0.0516 REMARK 3 S31: -0.0852 S32: -0.0637 S33: 0.0087 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 2 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : B 290 B 1501 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -23.8901 -14.4564 28.0412 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.1479 T22: 0.0474 REMARK 3 T33: 0.0422 T12: 0.0412 REMARK 3 T13: -0.0298 T23: 0.0015 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.5182 L22: 0.3880 REMARK 3 L33: 0.7111 L12: -0.0439 REMARK 3 L13: -0.3879 L23: -0.1235 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.0342 S12: 0.0286 S13: 0.0093 REMARK 3 S21: 0.0923 S22: 0.0050 S23: -0.1268 REMARK 3 S31: -0.0532 S32: -0.1379 S33: 0.0292 REMARK 3 REMARK 3 BULK SOLVENT MODELLING. REMARK 3 METHOD USED : MASK REMARK 3 PARAMETERS FOR MASK CALCULATION REMARK 3 VDW PROBE RADIUS : 1.20 REMARK 3 ION PROBE RADIUS : 0.80 REMARK 3 SHRINKAGE RADIUS : 0.80 REMARK 3 REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING REMARK 3 POSITIONS REMARK 4 REMARK 4 5NGY COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBE ON 21-MAR-17. REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1200002038. REMARK 200 REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 200 EXPERIMENT TYPE : X-RAY DIFFRACTION REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION : 15-FEB-16 REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN) : 100 REMARK 200 PH : 6.5 REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED : 1 REMARK 200 REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N) : Y REMARK 200 RADIATION SOURCE : ESRF REMARK 200 BEAMLINE : ID23-2 REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL : NULL REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE (M/L) : M REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A) : 0.8729 REMARK 200 MONOCHROMATOR : NULL REMARK 200 OPTICS : MIRRORS REMARK 200 REMARK 200 DETECTOR TYPE : PIXEL REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER : DECTRIS PILATUS3 2M REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : XDS REMARK 200 DATA SCALING SOFTWARE : SCALA, SCALA REMARK 200 REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS : 34388 REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 3.700 REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A) : 50.000 REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I)) : NULL REMARK 200 REMARK 200 OVERALL. REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 98.3 REMARK 200 DATA REDUNDANCY : 4.300 REMARK 200 R MERGE (I) : 0.19500 REMARK 200 R SYM (I) : NULL REMARK 200 FOR THE DATA SET : 3.6000 REMARK 200 REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL. REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 3.70 REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW (A) : 3.90 REMARK 200 COMPLETENESS FOR SHELL (%) : 97.3 REMARK 200 DATA REDUNDANCY IN SHELL : 4.00 REMARK 200 R MERGE FOR SHELL (I) : 0.52800 REMARK 200 R SYM FOR SHELL (I) : NULL REMARK 200 FOR SHELL : 1.400 REMARK 200 REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MOLECULAR REPLACEMENT REMARK 200 SOFTWARE USED: PHASER REMARK 200 STARTING MODEL: 5LFC REMARK 200 REMARK 200 REMARK: THIN ROD REMARK 280 REMARK 280 CRYSTAL REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS (%): 55.70 REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.78 REMARK 280 REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1 REMARK 280 PR(III)ACETATE, BIS-TRIS PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, REMARK 280 TEMPERATURE 285K REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 21 21 21 REMARK 290 REMARK 290 SYMOP SYMMETRY REMARK 290 NNNMMM OPERATOR REMARK 290 1555 X,Y,Z REMARK 290 2555 -X+1/2,-Y,Z+1/2 REMARK 290 3555 -X,Y+1/2,-Z+1/2 REMARK 290 4555 X+1/2,-Y+1/2,-Z REMARK 290 REMARK 290 WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER REMARK 290 MMM -> TRANSLATION VECTOR REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY REMARK 290 RELATED MOLECULES. REMARK 290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 52.93450 REMARK 290 SMTRY2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 117.25900 REMARK 290 SMTRY1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 64.40500 REMARK 290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 -1.000000 117.25900 REMARK 290 SMTRY1 4 1.000000 0.000000 0.000000 52.93450 REMARK 290 SMTRY2 4 0.000000 -1.000000 0.000000 64.40500 REMARK 290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 290 REMARK 290 REMARK: NULL REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1, 2 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, C REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 2 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 465 REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 PHE A 164 REMARK 465 GLU A 165 REMARK 465 LYS A 166 REMARK 465 ALA A 167 REMARK 465 PRO A 168 REMARK 465 ASP A 169 REMARK 465 SER A 170 REMARK 465 GLY A 1436 REMARK 465 ARG A 1437 REMARK 465 ALA A 1438 REMARK 465 ASP A 1439 REMARK 465 PRO A 1440 REMARK 465 ALA A 1441 REMARK 465 PHE A 1442 REMARK 465 LEU A 1443 REMARK 465 TYR A 1444 REMARK 465 LYS A 1445 REMARK 465 VAL A 1446 REMARK 465 VAL A 1447 REMARK 465 HIS A 1448 REMARK 465 HIS A 1449 REMARK 465 HIS A 1450 REMARK 465 HIS A 1451 REMARK 465 HIS A 1452 REMARK 465 HIS A 1453 REMARK 465 PHE B 164 REMARK 465 GLU B 165 REMARK 465 LYS B 166 REMARK 465 ALA B 167 REMARK 465 PRO B 168 REMARK 465 ASP B 169 REMARK 465 SER B 170 REMARK 465 VAL B 171 REMARK 465 PRO B 172 REMARK 465 GLU B 173 REMARK 465 THR B 174 REMARK 465 ILE B 175 REMARK 465 THR B 176 REMARK 465 GLY B 177 REMARK 465 GLY B 178 REMARK 465 ARG B 179 REMARK 465 TYR B 180 REMARK 465 SER B 181 REMARK 465 LEU B 182 REMARK 465 LYS B 183 REMARK 465 ASP B 184 REMARK 465 GLY B 185 REMARK 465 TYR B 186 REMARK 465 TYR B 187 REMARK 465 VAL B 188 REMARK 465 TYR B 189 REMARK 465 LEU B 190 REMARK 465 ASP B 191 REMARK 465 LYS B 192 REMARK 465 GLN B 193 REMARK 465 GLY B 194 REMARK 465 LYS B 195 REMARK 465 GLN B 196 REMARK 465 VAL B 197 REMARK 465 VAL B 198 REMARK 465 GLY B 199 REMARK 465 PRO B 200 REMARK 465 LYS B 201 REMARK 465 ASN B 202 REMARK 465 ILE B 203 REMARK 465 ASP B 204 REMARK 465 ASN B 205 REMARK 465 HIS B 206 REMARK 465 LEU B 207 REMARK 465 GLN B 208 REMARK 465 TYR B 209 REMARK 465 PHE B 210 REMARK 465 ASP B 211 REMARK 465 GLU B 212 REMARK 465 THR B 213 REMARK 465 THR B 214 REMARK 465 GLY B 215 REMARK 465 LYS B 216 REMARK 465 GLN B 217 REMARK 465 VAL B 218 REMARK 465 LYS B 219 REMARK 465 GLY B 220 REMARK 465 ASP B 221 REMARK 465 PHE B 222 REMARK 465 ARG B 223 REMARK 465 SER B 224 REMARK 465 VAL B 225 REMARK 465 ASN B 226 REMARK 465 GLY B 227 REMARK 465 LYS B 228 REMARK 465 ARG B 229 REMARK 465 ILE B 230 REMARK 465 TYR B 231 REMARK 465 PHE B 232 REMARK 465 ASN B 233 REMARK 465 ALA B 234 REMARK 465 ASN B 235 REMARK 465 LEU B 236 REMARK 465 GLY B 237 REMARK 465 TYR B 238 REMARK 465 ALA B 239 REMARK 465 ASP B 240 REMARK 465 ASP B 241 REMARK 465 TYR B 242 REMARK 465 THR B 243 REMARK 465 THR B 244 REMARK 465 ASP B 245 REMARK 465 VAL B 246 REMARK 465 ALA B 247 REMARK 465 GLY B 248 REMARK 465 LYS B 249 REMARK 465 LEU B 250 REMARK 465 VAL B 251 REMARK 465 GLY B 252 REMARK 465 TYR B 253 REMARK 465 ASP B 254 REMARK 465 SER B 255 REMARK 465 ASN B 256 REMARK 465 GLY B 257 REMARK 465 ASN B 258 REMARK 465 GLN B 259 REMARK 465 VAL B 260 REMARK 465 LYS B 261 REMARK 465 ALA B 262 REMARK 465 GLY B 263 REMARK 465 TYR B 264 REMARK 465 VAL B 265 REMARK 465 THR B 266 REMARK 465 ASN B 267 REMARK 465 SER B 268 REMARK 465 GLN B 269 REMARK 465 GLY B 270 REMARK 465 LYS B 271 REMARK 465 THR B 272 REMARK 465 TYR B 273 REMARK 465 TYR B 274 REMARK 465 PHE B 275 REMARK 465 ASN B 276 REMARK 465 ASN B 277 REMARK 465 GLN B 278 REMARK 465 GLY B 279 REMARK 465 GLU B 280 REMARK 465 ALA B 281 REMARK 465 ILE B 282 REMARK 465 ILE B 283 REMARK 465 GLY B 284 REMARK 465 LEU B 285 REMARK 465 LYS B 286 REMARK 465 THR B 287 REMARK 465 ASP B 288 REMARK 465 ASN B 289 REMARK 465 ASN B 310 REMARK 465 GLY B 311 REMARK 465 GLY B 1436 REMARK 465 ARG B 1437 REMARK 465 ALA B 1438 REMARK 465 ASP B 1439 REMARK 465 PRO B 1440 REMARK 465 ALA B 1441 REMARK 465 PHE B 1442 REMARK 465 LEU B 1443 REMARK 465 TYR B 1444 REMARK 465 LYS B 1445 REMARK 465 VAL B 1446 REMARK 465 VAL B 1447 REMARK 465 HIS B 1448 REMARK 465 HIS B 1449 REMARK 465 HIS B 1450 REMARK 465 HIS B 1451 REMARK 465 HIS B 1452 REMARK 465 HIS B 1453 REMARK 470 REMARK 470 MISSING ATOM REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS (M=MODEL NUMBER; REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; REMARK 470 I=INSERTION CODE): REMARK 470 M RES CSSEQI ATOMS REMARK 470 ARG A 179 CG CD NE CZ NH1 NH2 REMARK 470 LYS A 183 CG CD CE NZ REMARK 470 GLU A 212 CG CD OE1 OE2 REMARK 470 VAL A 225 CG1 CG2 REMARK 470 ASN A 226 CG OD1 ND2 REMARK 470 ARG A 229 CG CD NE CZ NH1 NH2 REMARK 470 ASP A 245 CG OD1 OD2 REMARK 470 VAL A 246 CG1 CG2 REMARK 470 LYS A 249 CG CD CE NZ REMARK 470 LEU A 250 CG CD1 CD2 REMARK 470 ASP A 254 CG OD1 OD2 REMARK 470 LYS A 261 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS A 271 CG CD CE NZ REMARK 470 GLN A 278 CG CD OE1 NE2 REMARK 470 LYS A 286 CG CD CE NZ REMARK 470 ASP A 288 CG OD1 OD2 REMARK 470 ASN A 289 CG OD1 ND2 REMARK 470 LYS A 291 CG CD CE NZ REMARK 470 ASP A 331 CG OD1 OD2 REMARK 470 LYS A 335 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS A 345 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS A 364 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS A 463 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS A 550 CG CD CE NZ REMARK 470 GLN A 553 CG CD OE1 NE2 REMARK 470 GLU A 595 CG CD OE1 OE2 REMARK 470 THR A 811 OG1 CG2 REMARK 470 ASP A 813 CG OD1 OD2 REMARK 470 LYS A 814 CG CD CE NZ REMARK 470 LEU A 817 CG CD1 CD2 REMARK 470 LYS A 910 CG CD CE NZ REMARK 470 ARG A1389 O REMARK 470 GLN A1394 O REMARK 470 LEU B 330 CG CD1 CD2 REMARK 470 ASP B 331 CG OD1 OD2 REMARK 470 LYS B 335 CG CD CE NZ REMARK 470 SER B 346 OG REMARK 470 LYS B 819 CG CD CE NZ REMARK 470 ARG B 970 CG CD NE CZ NH1 NH2 REMARK 470 ASN B1045 CG OD1 ND2 REMARK 470 LYS B1075 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS B1096 CG CD CE NZ REMARK 470 LYS B1245 CG CD CE NZ REMARK 470 GLU B1365 CG CD OE1 OE2 REMARK 470 ARG B1389 O REMARK 470 GLN B1394 O REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS IN SAME ASYMMETRIC UNIT REMARK 500 REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS ARE IN CLOSE CONTACT. REMARK 500 REMARK 500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SSEQI DISTANCE REMARK 500 O LYS A 261 O ASN A 276 2.05 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND LENGTHS REMARK 500 REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,2(A3,1X,A1,I4,A1,1X,A4,3X),1X,F6.3) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999 REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI ATM1 RES CSSEQI ATM2 DEVIATION REMARK 500 ALA A 495 C LEU A 496 N 0.156 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES REMARK 500 REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI- REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI PSI PHI REMARK 500 LEU A 236 -22.79 80.74 REMARK 500 ASN A 256 31.11 -95.56 REMARK 500 ASN A 258 163.43 65.21 REMARK 500 ALA A 262 92.88 -161.31 REMARK 500 ASP A 288 -168.57 -79.80 REMARK 500 LYS A 291 91.47 -161.82 REMARK 500 ASP A 298 13.38 80.74 REMARK 500 ASN A 310 50.17 -158.69 REMARK 500 ASP A 331 36.48 70.84 REMARK 500 SER A 362 32.14 79.46 REMARK 500 THR A 436 -35.61 -36.75 REMARK 500 LEU A 496 1.55 -56.98 REMARK 500 LYS A 502 146.33 -170.28 REMARK 500 GLU A 568 48.49 -96.16 REMARK 500 HIS A 574 149.93 -171.48 REMARK 500 ASN A 577 16.91 59.26 REMARK 500 SER A 585 137.52 178.66 REMARK 500 GLN A 606 41.08 -107.29 REMARK 500 SER A 616 -147.40 -91.80 REMARK 500 LEU A 629 -61.24 -104.48 REMARK 500 ALA A 669 30.58 -93.57 REMARK 500 GLN A 715 73.31 -100.01 REMARK 500 ASN A 731 44.12 -146.42 REMARK 500 ALA A 772 59.73 -157.39 REMARK 500 VAL A 793 -66.79 -124.59 REMARK 500 SER A 905 118.64 -162.96 REMARK 500 ASP A 912 50.26 70.59 REMARK 500 ASN A 952 -121.93 66.69 REMARK 500 SER A1008 -8.46 -59.40 REMARK 500 THR A1015 -157.50 -104.91 REMARK 500 ASN A1076 44.02 -100.50 REMARK 500 VAL A1123 -61.84 -107.43 REMARK 500 ILE A1210 66.02 -114.66 REMARK 500 ASP A1395 173.50 -57.38 REMARK 500 LYS A1434 -169.65 -120.87 REMARK 500 PRO B 297 65.25 -68.84 REMARK 500 ASP B 298 154.06 173.88 REMARK 500 ASN B 313 71.94 49.70 REMARK 500 ASP B 331 -128.51 68.54 REMARK 500 THR B 333 -6.26 87.00 REMARK 500 LYS B 345 77.33 43.55 REMARK 500 SER B 346 17.48 85.52 REMARK 500 SER B 362 31.28 79.58 REMARK 500 THR B 436 -34.26 -36.08 REMARK 500 LYS B 502 147.84 -170.14 REMARK 500 GLU B 568 48.19 -95.88 REMARK 500 ASN B 577 16.70 59.94 REMARK 500 SER B 585 137.92 178.61 REMARK 500 GLN B 606 41.46 -106.39 REMARK 500 LEU B 629 -60.74 -104.27 REMARK 500 REMARK 500 THIS ENTRY HAS 68 RAMACHANDRAN OUTLIERS. REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 620 REMARK 620 METAL COORDINATION REMARK 620 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 620 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE): REMARK 620 REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR: M RES CSSEQI METAL REMARK 620 CA A1501 CA REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM REMARK 620 1 GLU A 627 O REMARK 620 2 GLU A 627 OE2 87.5 REMARK 620 3 ASP A 633 OD1 66.7 133.9 REMARK 620 4 ASP A 633 OD2 80.9 89.8 50.3 REMARK 620 5 ASN A 681 O 78.3 79.2 127.3 156.9 REMARK 620 6 ASP A1182 OD1 95.5 157.5 66.7 112.7 79.5 REMARK 620 N 1 2 3 4 5 REMARK 620 REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR: M RES CSSEQI METAL REMARK 620 CA B1501 CA REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM REMARK 620 1 GLU B 627 O REMARK 620 2 GLU B 627 OE2 92.1 REMARK 620 3 ASP B 633 OD1 70.1 136.1 REMARK 620 4 ASP B 633 OD2 84.3 89.3 50.4 REMARK 620 5 ASN B 681 O 83.7 80.4 133.6 163.8 REMARK 620 6 ASP B1182 OD1 101.0 155.9 67.9 112.0 81.0 REMARK 620 N 1 2 3 4 5 DBREF 5NGY A 164 1453 PDB 5NGY 5NGY 164 1453 DBREF 5NGY B 164 1453 PDB 5NGY 5NGY 164 1453 SEQRES 1 A 1290 PHE GLU LYS ALA PRO ASP SER VAL PRO GLU THR ILE THR SEQRES 2 A 1290 GLY GLY ARG TYR SER LEU LYS ASP GLY TYR TYR VAL TYR SEQRES 3 A 1290 LEU ASP LYS GLN GLY LYS GLN VAL VAL GLY PRO LYS ASN SEQRES 4 A 1290 ILE ASP ASN HIS LEU GLN TYR PHE ASP GLU THR THR GLY SEQRES 5 A 1290 LYS GLN VAL LYS GLY ASP PHE ARG SER VAL ASN GLY LYS SEQRES 6 A 1290 ARG ILE TYR PHE ASN ALA ASN LEU GLY TYR ALA ASP ASP SEQRES 7 A 1290 TYR THR THR ASP VAL ALA GLY LYS LEU VAL GLY TYR ASP SEQRES 8 A 1290 SER ASN GLY ASN GLN VAL LYS ALA GLY TYR VAL THR ASN SEQRES 9 A 1290 SER GLN GLY LYS THR TYR TYR PHE ASN ASN GLN GLY GLU SEQRES 10 A 1290 ALA ILE ILE GLY LEU LYS THR ASP ASN ASN LYS THR GLN SEQRES 11 A 1290 TYR PHE GLY PRO ASP GLY ALA GLN VAL LYS GLY ALA PHE SEQRES 12 A 1290 GLN GLN VAL ASN GLY LYS ASN ILE TYR PHE ASP ALA GLN SEQRES 13 A 1290 THR GLY TYR ALA ARG GLN ASN VAL GLY PHE LEU ASP GLY SEQRES 14 A 1290 THR ALA LYS GLY PHE ASP GLU GLN GLY ASN GLN ILE LYS SEQRES 15 A 1290 SER GLY ILE ALA THR ASP LEU SER GLY ASN VAL TYR TYR SEQRES 16 A 1290 PHE ASP ALA SER GLY LYS MET LEU THR GLY VAL GLN ASN SEQRES 17 A 1290 ILE ASP GLY LYS LYS TYR TYR PHE ASP GLU GLN GLY HIS SEQRES 18 A 1290 ARG ARG ARG ASN TYR ALA GLY VAL PHE ASN ASN GLU PHE SEQRES 19 A 1290 ILE TYR PHE GLY LEU ASP GLY VAL GLY GLN SER ALA ILE SEQRES 20 A 1290 GLU TYR GLN PHE GLU LYS GLY LEU THR SER GLN ASN SER SEQRES 21 A 1290 VAL ALA THR SER HIS ASN ALA ALA LYS SER TYR ASP THR SEQRES 22 A 1290 LYS SER PHE THR ASN VAL ASP GLY PHE LEU THR ALA ASN SEQRES 23 A 1290 SER TRP TYR ARG PRO THR ASP ILE LEU ARG ASN GLY THR SEQRES 24 A 1290 LYS TRP GLU PRO SER THR GLU THR ASP PHE ARG PRO LEU SEQRES 25 A 1290 LEU MET THR TRP TRP PRO ASP LYS GLU VAL GLN ALA ASN SEQRES 26 A 1290 TYR LEU ASN TYR MET SER ALA LEU GLY LEU GLY ASP GLN SEQRES 27 A 1290 LYS ILE TYR THR GLY ALA SER SER GLN LEU ASP LEU ASN SEQRES 28 A 1290 ASN ALA ALA LEU ILE VAL GLN GLU ALA ILE GLU LYS LYS SEQRES 29 A 1290 ILE SER LEU 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ANISOU12165 CA LEU B 587 7514 6476 7270 88 626 -43 C ANISOU12166 C LEU B 587 7594 6523 7298 54 629 -82 C ANISOU12167 O LEU B 587 7461 6308 7194 48 670 -86 O ANISOU12168 CB LEU B 587 7338 6284 7198 130 570 13 C ANISOU12169 CG LEU B 587 7365 6302 7315 161 587 57 C ANISOU12170 CD1 LEU B 587 7373 6379 7292 173 574 68 C ANISOU12171 CD2 LEU B 587 7332 6236 7395 190 544 105 C ANISOU12172 N VAL B 588 7859 6854 7489 33 589 -108 N ANISOU12173 CA VAL B 588 8044 7018 7623 -1 588 -144 C ANISOU12174 C VAL B 588 8150 7202 7617 -51 605 -202 C ANISOU12175 O VAL B 588 8136 7273 7560 -54 556 -208 O ANISOU12176 CB VAL B 588 8020 7001 7623 21 516 -117 C ANISOU12177 CG1 VAL B 588 8100 7040 7664 -10 525 -147 C ANISOU12178 CG2 VAL B 588 8038 6968 7750 68 488 -60 C ANISOU12179 N PRO B 589 8268 7295 7689 -92 675 -247 N ANISOU12180 CA PRO B 589 8294 7411 7611 -142 692 -303 C ANISOU12181 C PRO B 589 8323 7472 7578 -189 676 -345 C ANISOU12182 O PRO B 589 8165 7428 7348 -220 659 -378 O ANISOU12183 CB PRO B 589 8518 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