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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Lopez-Alonso, J.P.' 1 ? primary 'Kaminishi, T.' 2 ? primary 'Kikuchi, T.' 3 ? primary 'Hirata, Y.' 4 ? primary 'Iturrioz, I.' 5 ? primary 'Dhimole, N.' 6 ? primary 'Schedlbauer, A.' 7 ? primary 'Hase, Y.' 8 ? primary 'Goto, S.' 9 ? primary 'Kurita, D.' 10 ? primary 'Muto, A.' 11 ? primary 'Zhou, S.' 12 ? primary 'Naoe, C.' 13 ? primary 'Mills, D.J.' 14 ? primary 'Gil-Carton, D.' 15 ? primary 'Takemoto, C.' 16 ? primary 'Himeno, H.' 17 ? primary 'Fucini, P.' 18 ? primary 'Connell, S.R.' 19 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat '16S ribosomal RNA' 497404.969 1 ? ? ? ? 2 polymer nat '30S ribosomal protein S3' 23078.785 1 ? ? ? ? 3 polymer nat '30S ribosomal protein S4' 23383.002 1 ? ? ? ? 4 polymer nat '30S ribosomal protein S5' 16361.878 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 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_entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polyribonucleotide no yes ;AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGA AGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGA AACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUG GGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGA ACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGC CGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUU GACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCG(PSU)GCCAGCAGCC(G7M)CGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUU AAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACU GCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGA 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NDAVIRSMVMRTKHAVTEASPMVKAK ; F ? 6 'polypeptide(L)' no no ;PRRRVIGQRKILPDPKFGSELLAKFVNILMVDGKKSTAESIVYSALETLAQRSGKSELEAFEVALENVRPTVEVKSRRVG GSTYQVPVEVRPVRRNALAMRWIVEAARKRGDKSMALRLANELSDAAENK ; ;PRRRVIGQRKILPDPKFGSELLAKFVNILMVDGKKSTAESIVYSALETLAQRSGKSELEAFEVALENVRPTVEVKSRRVG GSTYQVPVEVRPVRRNALAMRWIVEAARKRGDKSMALRLANELSDAAENK ; G ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SMQDPIADMLTRIRNGQAANKAAVTMPSSKLKVAIANVLKEEGFIEDFKVEGDTKPELELTLKYFQGKAVVESIQRVSRP GLRIYKRKDELPKVMAGLGIAVVSTSKGVMTDRAARQAGLGGEIICYVA ; ;SMQDPIADMLTRIRNGQAANKAAVTMPSSKLKVAIANVLKEEGFIEDFKVEGDTKPELELTLKYFQGKAVVESIQRVSRP GLRIYKRKDELPKVMAGLGIAVVSTSKGVMTDRAARQAGLGGEIICYVA ; H ? 8 'polypeptide(L)' no no ;NQYYGTGRRKSSAARVFIKPGNGKIVINQRSLEQYFGRETARMVVRQPLELVDMVEKLDLYITVKGGGISGQAGAIRHGI TRALMEYDESLRSELRKAGFVTRDARQVERKKVGLRKARRRPQFSKR ; ;NQYYGTGRRKSSAARVFIKPGNGKIVINQRSLEQYFGRETARMVVRQPLELVDMVEKLDLYITVKGGGISGQAGAIRHGI TRALMEYDESLRSELRKAGFVTRDARQVERKKVGLRKARRRPQFSKR ; I ? 9 'polypeptide(L)' no no 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;AKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLSR IKVREAAMRGEIPGLKKASW ; N ? 14 'polypeptide(L)' no no ;SLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQL IERLGLRR ; ;SLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQL IERLGLRR ; O ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNK AA ; ;MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNK AA ; P ? 16 'polypeptide(L)' no no KIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVEKAV KIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVEKAV Q ? 17 'polypeptide(L)' no no EIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRH EIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRH R ? 18 'polypeptide(L)' no no RSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTYR RSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTYR S ? 19 'polypeptide(L)' no no ;ANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLTA QINKLA ; ;ANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLTA QINKLA ; T ? 20 'polypeptide(L)' no no ;NLFGEPDEGIVISRFGMHADVESADGDVHRCNIRRTIRSLVTGDRVVWRPGKPAAEGVNVKGIVEAVHERTSVLTRPDFY DGVKPIAANIDQIVIVSAILPELSLNIIDRYLVACETLQIEPIIVLNKIDLLDDEGMAFVNEQMDIYRNIGYRVLMVSSH TQDGLKPLEEALTGRISIFAGQSGVGKSSLLNALLGLQKEILTNDISDNSGLGQHTTTAARLYHFPHGGDVIDSPGVREF GLWHLEPEQITQGFVEFHDYLGLCKYRDCKHDTDPGCAIREAVEEGKIAETRFENYHRILESMAQVKTRKNFS ; ;NLFGEPDEGIVISRFGMHADVESADGDVHRCNIRRTIRSLVTGDRVVWRPGKPAAEGVNVKGIVEAVHERTSVLTRPDFY DGVKPIAANIDQIVIVSAILPELSLNIIDRYLVACETLQIEPIIVLNKIDLLDDEGMAFVNEQMDIYRNIGYRVLMVSSH TQDGLKPLEEALTGRISIFAGQSGVGKSSLLNALLGLQKEILTNDISDNSGLGQHTTTAARLYHFPHGGDVIDSPGVREF GLWHLEPEQITQGFVEFHDYLGLCKYRDCKHDTDPGCAIREAVEEGKIAETRFENYHRILESMAQVKTRKNFS ; Z ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 21 'MAGNESIUM ION' MG 22 'ZINC ION' ZN 23 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' GNP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 A n 1 2 A n 1 3 A n 1 4 U n 1 5 U n 1 6 G n 1 7 A n 1 8 A n 1 9 G n 1 10 A n 1 11 G n 1 12 U n 1 13 U n 1 14 U n 1 15 G n 1 16 A n 1 17 U n 1 18 C n 1 19 A n 1 20 U n 1 21 G n 1 22 G n 1 23 C n 1 24 U n 1 25 C n 1 26 A n 1 27 G n 1 28 A n 1 29 U n 1 30 U n 1 31 G n 1 32 A n 1 33 A n 1 34 C n 1 35 G n 1 36 C n 1 37 U n 1 38 G n 1 39 G n 1 40 C n 1 41 G n 1 42 G n 1 43 C n 1 44 A n 1 45 G n 1 46 G n 1 47 C n 1 48 C n 1 49 U n 1 50 A n 1 51 A n 1 52 C n 1 53 A n 1 54 C n 1 55 A n 1 56 U n 1 57 G n 1 58 C n 1 59 A n 1 60 A n 1 61 G n 1 62 U n 1 63 C n 1 64 G n 1 65 A n 1 66 A n 1 67 C n 1 68 G n 1 69 G n 1 70 U n 1 71 A n 1 72 A n 1 73 C n 1 74 A n 1 75 G n 1 76 G n 1 77 A n 1 78 A n 1 79 G n 1 80 A n 1 81 A n 1 82 G n 1 83 C n 1 84 U n 1 85 U n 1 86 G n 1 87 C n 1 88 U n 1 89 U n 1 90 C n 1 91 U n 1 92 U n 1 93 U n 1 94 G n 1 95 C n 1 96 U n 1 97 G n 1 98 A n 1 99 C n 1 100 G n 1 101 A n 1 102 G n 1 103 U n 1 104 G n 1 105 G n 1 106 C n 1 107 G n 1 108 G n 1 109 A n 1 110 C n 1 111 G n 1 112 G n 1 113 G n 1 114 U n 1 115 G n 1 116 A n 1 117 G n 1 118 U n 1 119 A n 1 120 A n 1 121 U n 1 122 G n 1 123 U n 1 124 C n 1 125 U n 1 126 G n 1 127 G n 1 128 G n 1 129 A n 1 130 A n 1 131 A n 1 132 C n 1 133 U n 1 134 G n 1 135 C n 1 136 C n 1 137 U n 1 138 G n 1 139 A n 1 140 U n 1 141 G n 1 142 G n 1 143 A n 1 144 G n 1 145 G n 1 146 G n 1 147 G n 1 148 G n 1 149 A n 1 150 U n 1 151 A n 1 152 A n 1 153 C n 1 154 U n 1 155 A n 1 156 C n 1 157 U n 1 158 G n 1 159 G n 1 160 A n 1 161 A n 1 162 A n 1 163 C n 1 164 G n 1 165 G n 1 166 U n 1 167 A n 1 168 G n 1 169 C n 1 170 U n 1 171 A n 1 172 A n 1 173 U n 1 174 A n 1 175 C n 1 176 C n 1 177 G n 1 178 C n 1 179 A n 1 180 U n 1 181 A n 1 182 A n 1 183 C n 1 184 G n 1 185 U n 1 186 C n 1 187 G n 1 188 C n 1 189 A n 1 190 A n 1 191 G n 1 192 A n 1 193 C n 1 194 C n 1 195 A n 1 196 A n 1 197 A n 1 198 G n 1 199 A n 1 200 G n 1 201 G n 1 202 G n 1 203 G n 1 204 G n 1 205 A n 1 206 C n 1 207 C n 1 208 U n 1 209 U n 1 210 C n 1 211 G n 1 212 G n 1 213 G n 1 214 C n 1 215 C n 1 216 U n 1 217 C n 1 218 U n 1 219 U n 1 220 G n 1 221 C n 1 222 C n 1 223 A n 1 224 U n 1 225 C n 1 226 G n 1 227 G n 1 228 A n 1 229 U n 1 230 G n 1 231 U n 1 232 G n 1 233 C n 1 234 C n 1 235 C n 1 236 A n 1 237 G n 1 238 A n 1 239 U n 1 240 G n 1 241 G n 1 242 G n 1 243 A n 1 244 U n 1 245 U n 1 246 A n 1 247 G n 1 248 C n 1 249 U n 1 250 A n 1 251 G n 1 252 U n 1 253 A n 1 254 G n 1 255 G n 1 256 U n 1 257 G n 1 258 G n 1 259 G n 1 260 G n 1 261 U n 1 262 A n 1 263 A n 1 264 C n 1 265 G n 1 266 G n 1 267 C n 1 268 U n 1 269 C n 1 270 A n 1 271 C n 1 272 C n 1 273 U n 1 274 A n 1 275 G n 1 276 G n 1 277 C n 1 278 G n 1 279 A n 1 280 C n 1 281 G n 1 282 A n 1 283 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C n 1 484 G n 1 485 U n 1 486 U n 1 487 A n 1 488 C n 1 489 C n 1 490 C n 1 491 G n 1 492 C n 1 493 A n 1 494 G n 1 495 A n 1 496 A n 1 497 G n 1 498 A n 1 499 A n 1 500 G n 1 501 C n 1 502 A n 1 503 C n 1 504 C n 1 505 G n 1 506 G n 1 507 C n 1 508 U n 1 509 A n 1 510 A n 1 511 C n 1 512 U n 1 513 C n 1 514 C n 1 515 G n 1 516 PSU n 1 517 G n 1 518 C n 1 519 C n 1 520 A n 1 521 G n 1 522 C n 1 523 A n 1 524 G n 1 525 C n 1 526 C n 1 527 G7M n 1 528 C n 1 529 G n 1 530 G n 1 531 U n 1 532 A n 1 533 A n 1 534 U n 1 535 A n 1 536 C n 1 537 G n 1 538 G n 1 539 A n 1 540 G n 1 541 G n 1 542 G n 1 543 U n 1 544 G n 1 545 C n 1 546 A n 1 547 A n 1 548 G n 1 549 C n 1 550 G n 1 551 U n 1 552 U n 1 553 A n 1 554 A n 1 555 U n 1 556 C n 1 557 G n 1 558 G n 1 559 A n 1 560 A n 1 561 U n 1 562 U n 1 563 A n 1 564 C n 1 565 U n 1 566 G n 1 567 G n 1 568 G n 1 569 C n 1 570 G n 1 571 U n 1 572 A n 1 573 A n 1 574 A n 1 575 G n 1 576 C n 1 577 G n 1 578 C n 1 579 A n 1 580 C n 1 581 G n 1 582 C n 1 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A 2MG 1516 A G 1517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? ? covale18 covale both ? A G 1517 "O3'" ? ? ? 1_555 A MA6 1518 P ? ? A G 1517 A MA6 1518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? ? covale19 covale both ? A MA6 1518 "O3'" ? ? ? 1_555 A MA6 1519 P ? ? A MA6 1518 A MA6 1519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? ? covale20 covale both ? A MA6 1519 "O3'" ? ? ? 1_555 A C 1520 P ? ? A MA6 1519 A C 1520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? ? metalc1 metalc ? ? A G 21 OP1 ? ? ? 1_555 SA MG . MG ? ? A G 21 A MG 1625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? ? metalc2 metalc ? ? A G 21 OP2 ? ? ? 1_555 SA MG . MG ? ? A G 21 A MG 1625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? ? metalc3 metalc ? ? A G 100 OP2 ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? A G 100 A MG 1626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? ? metalc4 metalc ? ? A G 113 OP1 ? ? ? 1_555 DA MG . MG ? ? A G 113 A MG 1610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? ? metalc5 metalc ? ? A U 114 OP1 ? ? ? 1_555 JA MG . MG ? ? A U 114 A MG 1616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? ? metalc6 metalc ? ? A U 114 OP2 ? ? ? 1_555 JA MG . MG ? ? A U 114 A MG 1616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? ? metalc7 metalc ? ? A A 116 OP2 ? ? ? 1_555 UA MG . MG ? ? A A 116 A MG 1627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? ? metalc8 metalc ? ? A G 117 OP2 ? ? ? 1_555 UA MG . MG ? ? A G 117 A MG 1627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? ? metalc9 metalc ? ? A G 145 O6 ? ? ? 1_555 BA MG . MG ? ? A G 145 A MG 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? ? metalc10 metalc ? ? A A 174 OP1 ? ? ? 1_555 AA MG . MG ? ? A A 174 A MG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? ? metalc11 metalc ? ? A C 175 OP2 ? ? ? 1_555 AA MG . MG ? ? A C 175 A MG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? ? metalc12 metalc ? ? A U 180 O4 ? ? ? 1_555 VA MG . MG ? ? A U 180 A MG 1628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? ? metalc13 metalc ? ? A C 194 "O5'" ? ? ? 1_555 VA MG . MG ? ? A C 194 A MG 1628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.670 ? ? metalc14 metalc ? ? A A 195 OP2 ? ? ? 1_555 VA MG . MG ? ? A A 195 A MG 1628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc15 metalc ? ? A A 197 OP2 ? ? ? 1_555 BA MG . MG ? ? A A 197 A MG 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? ? metalc16 metalc ? ? A G 289 OP2 ? ? ? 1_555 UA MG . MG ? ? A G 289 A MG 1627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.150 ? ? metalc17 metalc ? ? A C 328 OP1 ? ? ? 1_555 HA MG . MG ? ? A C 328 A MG 1614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc18 metalc ? ? A A 329 OP2 ? ? ? 1_555 XA MG . MG ? ? A A 329 A MG 1630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? ? metalc19 metalc ? ? A C 352 OP2 ? ? ? 1_555 ZA MG . MG ? ? A C 352 A MG 1632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? ? metalc20 metalc ? ? A C 355 OP1 ? ? ? 1_555 KA MG . MG ? ? A C 355 A MG 1617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? ? metalc21 metalc ? ? A C 355 OP2 ? ? ? 1_555 KA MG . MG ? ? A C 355 A MG 1617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? ? metalc22 metalc ? ? A A 356 OP2 ? ? ? 1_555 KA MG . MG ? ? A A 356 A MG 1617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? ? metalc23 metalc ? ? A G 361 OP2 ? ? ? 1_555 AB MG . MG ? ? A G 361 A MG 1633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? ? metalc24 metalc ? ? A G 361 "O5'" ? ? ? 1_555 AB MG . MG ? ? A G 361 A MG 1633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? ? metalc25 metalc ? ? A G 362 OP2 ? ? ? 1_555 AB MG . MG ? ? A G 362 A MG 1633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? ? metalc26 metalc ? ? A C 440 "O5'" ? ? ? 1_555 CA MG . MG ? ? A C 440 A MG 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? ? metalc27 metalc ? ? A A 441 OP2 ? ? ? 1_555 CA MG . MG ? ? A A 441 A MG 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? ? metalc28 metalc ? ? A A 509 OP2 ? ? ? 1_555 CB MG . MG ? ? A A 509 A MG 1635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? ? metalc29 metalc ? ? A A 510 OP2 ? ? ? 1_555 CB MG . MG ? ? A A 510 A MG 1635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? ? metalc30 metalc ? ? A PSU 516 O2 ? ? ? 1_555 DB MG . MG ? ? A PSU 516 A MG 1636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.170 ? ? metalc31 metalc ? ? A G 517 O6 ? ? ? 1_555 DB MG . MG ? ? A G 517 A MG 1636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? ? metalc32 metalc ? ? A A 532 "O3'" ? ? ? 1_555 DB MG . MG ? ? A A 532 A MG 1636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? ? metalc33 metalc ? ? A A 533 OP1 ? ? ? 1_555 DB MG . MG ? ? A A 533 A MG 1636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc34 metalc ? ? A A 547 OP1 ? ? ? 1_555 FB MG . MG ? ? A A 547 A MG 1638 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.180 ? ? metalc35 metalc ? ? A G 548 OP1 ? ? ? 1_555 FB MG . MG ? ? A G 548 A MG 1638 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? ? metalc36 metalc ? ? A A 554 OP2 ? ? ? 1_555 FA MG . MG ? ? A A 554 A MG 1612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? ? metalc37 metalc ? ? A A 560 OP2 ? ? ? 1_555 GB MG . MG ? ? A A 560 A MG 1639 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? ? metalc38 metalc ? ? A U 562 OP1 ? ? ? 1_555 GB MG . MG ? ? A U 562 A MG 1639 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc39 metalc ? ? A A 572 OP1 ? ? ? 1_555 HB MG . MG ? ? A A 572 A MG 1640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? ? metalc40 metalc ? ? A A 572 OP2 ? ? ? 1_555 HB MG . MG ? ? A A 572 A MG 1640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? ? metalc41 metalc ? ? A A 572 "O5'" ? ? ? 1_555 HB MG . MG ? ? A A 572 A MG 1640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? ? metalc42 metalc ? ? A A 573 OP1 ? ? ? 1_555 HB MG . MG ? ? A A 573 A MG 1640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? ? metalc43 metalc ? ? A A 573 OP2 ? ? ? 1_555 HB MG . MG ? ? A A 573 A MG 1640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? ? metalc44 metalc ? ? A A 574 OP2 ? ? ? 1_555 HB MG . MG ? ? A A 574 A MG 1640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? ? metalc45 metalc ? ? A G 577 "O3'" ? ? ? 1_555 IB MG . MG ? ? A G 577 A MG 1641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? ? metalc46 metalc ? ? A C 578 OP1 ? ? ? 1_555 IB MG . MG ? ? A C 578 A MG 1641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? ? metalc47 metalc ? ? A A 608 OP2 ? ? ? 1_555 KB MG . MG ? ? A A 608 A MG 1643 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? ? metalc48 metalc ? ? A A 608 "O5'" ? ? ? 1_555 KB MG . MG ? ? A A 608 A MG 1643 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? ? metalc49 metalc ? ? A A 609 OP1 ? ? ? 1_555 PA MG . MG ? ? A A 609 A MG 1622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc50 metalc ? ? A A 609 OP2 ? ? ? 1_555 PA MG . MG ? ? A A 609 A MG 1622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? ? metalc51 metalc ? ? A U 610 OP2 ? ? ? 1_555 QA MG . MG ? ? A U 610 A MG 1623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? metalc52 metalc ? ? A C 620 "O3'" ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? A C 620 A MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? ? metalc53 metalc ? ? A A 621 OP1 ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? A A 621 A MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? ? metalc54 metalc ? ? A U 677 O4 ? ? ? 1_555 W MG . MG ? ? A U 677 A MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc55 metalc ? ? A C 770 OP1 ? ? ? 1_555 OA MG . MG ? ? A C 770 A MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? ? metalc56 metalc ? ? A C 770 "O5'" ? ? ? 1_555 OA MG . MG ? ? A C 770 A MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? ? metalc57 metalc ? ? A C 770 "O3'" ? ? ? 1_555 OA MG . MG ? ? A C 770 A MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? ? metalc58 metalc ? ? A G 771 OP2 ? ? ? 1_555 OA MG . MG ? ? A G 771 A MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.200 ? ? metalc59 metalc ? ? A C 795 OP2 ? ? ? 1_555 MB MG . MG ? ? A C 795 A MG 1645 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? ? metalc60 metalc ? ? A A 814 OP1 ? ? ? 1_555 NB MG . MG ? ? A A 814 A MG 1646 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? ? metalc61 metalc ? ? A A 814 OP2 ? ? ? 1_555 NB MG . MG ? ? A A 814 A MG 1646 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc62 metalc ? ? A C 817 OP2 ? ? ? 1_555 IB MG . MG ? ? A C 817 A MG 1641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? ? metalc63 metalc ? ? A A 819 OP1 ? ? ? 1_555 MA MG . MG ? ? A A 819 A MG 1619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? ? metalc64 metalc ? ? A A 819 OP2 ? ? ? 1_555 MA MG . MG ? ? A A 819 A MG 1619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? ? metalc65 metalc ? ? A G 858 O6 ? ? ? 1_555 OB MG . MG ? ? A G 858 A MG 1647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? ? metalc66 metalc ? ? A G 859 OP1 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? A G 859 A MG 1611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? ? metalc67 metalc ? ? A G 859 "O5'" ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? A G 859 A MG 1611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.200 ? ? metalc68 metalc ? ? A A 860 OP2 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? A A 860 A MG 1611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? ? metalc69 metalc ? ? A G 888 O6 ? ? ? 1_555 LA MG . MG ? ? A G 888 A MG 1618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.880 ? ? metalc70 metalc ? ? A U 891 OP1 ? ? ? 1_555 PB MG . MG ? ? A U 891 A MG 1648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? ? metalc71 metalc ? ? A U 891 OP2 ? ? ? 1_555 PB MG . MG ? ? A U 891 A MG 1648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc72 metalc ? ? A U 891 "O5'" ? ? ? 1_555 PB MG . MG ? ? A U 891 A MG 1648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? ? metalc73 metalc ? ? A C 934 OP1 ? ? ? 1_555 XB MG . MG ? ? A C 934 A MG 1656 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? ? metalc74 metalc ? ? A G 944 OP1 ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? A G 944 A MG 1654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? ? metalc75 metalc ? ? A G 944 "O5'" ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? A G 944 A MG 1654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? ? metalc76 metalc ? ? A G 945 OP2 ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? A G 945 A MG 1654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? ? metalc77 metalc ? ? A C 980 OP2 ? ? ? 1_555 FC MG . MG ? ? A C 980 A MG 1664 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? ? metalc78 metalc ? ? A U 981 O4 ? ? ? 1_555 FC MG . MG ? ? A U 981 A MG 1664 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? ? metalc79 metalc ? ? A U 1095 OP2 ? ? ? 1_555 DC MG . MG ? ? A U 1095 A MG 1662 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.170 ? ? metalc80 metalc ? ? A G 1108 O6 ? ? ? 1_555 DC MG . MG ? ? A G 1108 A MG 1662 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? ? metalc81 metalc ? ? A A 1110 OP2 ? ? ? 1_555 EC MG . MG ? ? A A 1110 A MG 1663 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? metalc82 metalc ? ? A A 1110 "O5'" ? ? ? 1_555 EC MG . MG ? ? A A 1110 A MG 1663 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.578 ? ? metalc83 metalc ? ? A A 1197 OP1 ? ? ? 1_555 BC MG . MG ? ? A A 1197 A MG 1660 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? ? metalc84 metalc ? ? A G 1198 OP1 ? ? ? 1_555 BC MG . MG ? ? A G 1198 A MG 1660 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? ? metalc85 metalc ? ? A G 1198 OP2 ? ? ? 1_555 BC MG . MG ? ? A G 1198 A MG 1660 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? ? metalc86 metalc ? ? A G 1222 O6 ? ? ? 1_555 FC MG . MG ? ? A G 1222 A MG 1664 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? ? metalc87 metalc ? ? A C 1303 OP1 ? ? ? 1_555 GC MG . MG ? ? A C 1303 A MG 1665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? ? metalc88 metalc ? ? A G 1304 OP2 ? ? ? 1_555 GC MG . MG ? ? A G 1304 A MG 1665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? ? metalc89 metalc ? ? A U 1330 OP1 ? ? ? 1_555 IC MG . MG ? ? A U 1330 A MG 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.170 ? ? metalc90 metalc ? ? A A 1394 OP1 ? ? ? 1_555 NA MG . MG ? ? A A 1394 A MG 1620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? ? metalc91 metalc ? ? A A 1394 OP2 ? ? ? 1_555 NA MG . MG ? ? A A 1394 A MG 1620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? ? metalc92 metalc ? ? A G 1416 O6 ? ? ? 1_555 RB MG . MG ? ? A G 1416 A MG 1650 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? ? metalc93 metalc ? ? A G 1417 O6 ? ? ? 1_555 RB MG . MG ? ? A G 1417 A MG 1650 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? ? metalc94 metalc ? ? A UR3 1498 "O3'" ? ? ? 1_555 SB MG . MG ? ? A UR3 1498 A MG 1651 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? ? metalc95 metalc ? ? A A 1499 OP2 ? ? ? 1_555 SB MG . MG ? ? A A 1499 A MG 1651 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.780 ? ? metalc96 metalc ? ? A A 1499 "O5'" ? ? ? 1_555 SB MG . MG ? ? A A 1499 A MG 1651 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? ? metalc97 metalc ? ? A A 1500 OP2 ? ? ? 1_555 SB MG . MG ? ? A A 1500 A MG 1651 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? ? metalc98 metalc ? ? A A 1500 OP1 ? ? ? 1_555 TB MG . MG ? ? A A 1500 A MG 1652 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? ? metalc99 metalc ? ? A G 1505 OP1 ? ? ? 1_555 TB MG . MG ? ? A G 1505 A MG 1652 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? ? metalc100 metalc ? ? A A 1508 OP1 ? ? ? 1_555 TB MG . MG ? ? A A 1508 A MG 1652 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? ? metalc101 metalc ? ? A G 1526 O6 ? ? ? 1_555 UB MG . MG ? ? A G 1526 A MG 1653 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? ? metalc102 metalc ? ? A U 1527 O4 ? ? ? 1_555 UB MG . MG ? ? A U 1527 A MG 1653 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? ? metalc103 metalc ? ? IC MG . MG ? ? ? 1_555 L THR 19 O ? ? A MG 1667 M THR 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? ? metalc104 metalc ? ? IC MG . MG ? ? ? 1_555 L ILE 21 O ? ? A MG 1667 M ILE 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? ? metalc105 metalc ? ? IC MG . MG ? ? ? 1_555 L VAL 24 O ? ? A MG 1667 M VAL 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? ? metalc106 metalc ? ? S ASN 77 OD1 ? ? ? 1_555 LC MG . MG ? ? T ASN 78 T MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? ? metalc107 metalc ? ? T SER 188 OG ? ? ? 1_555 OC MG . MG ? ? Z SER 221 Z MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? ? metalc108 metalc ? ? T THR 217 OG1 ? ? ? 1_555 OC MG . MG ? ? Z THR 250 Z MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? ? metalc109 metalc ? ? T CYS 264 SG ? ? ? 1_555 MC ZN . ZN ? ? Z CYS 297 Z ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? ? metalc110 metalc ? ? T CYS 269 SG ? ? ? 1_555 MC ZN . ZN ? ? Z CYS 302 Z ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? ? metalc111 metalc ? ? T HIS 271 ND1 ? ? ? 1_555 MC ZN . ZN ? ? Z HIS 304 Z ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? ? metalc112 metalc ? ? T CYS 277 SG ? ? ? 1_555 MC ZN . ZN ? ? Z CYS 310 Z ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? ? metalc113 metalc ? ? NC GNP . O1G ? ? ? 1_555 OC MG . MG ? ? Z GNP 402 Z MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? ? metalc114 metalc ? ? NC GNP . O1B ? ? ? 1_555 OC MG . MG ? ? Z GNP 402 Z MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.100 ? ? hydrog1 hydrog ? ? A A 3 N3 ? ? ? 1_555 A G 628 N2 ? ? A A 3 A G 628 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 9 N1 ? ? ? 1_555 A C 25 N3 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 9 N2 ? ? ? 1_555 A C 25 O2 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 9 O6 ? ? ? 1_555 A C 25 N4 ? ? A G 9 A C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A A 10 N1 ? ? ? 1_555 A U 24 N3 ? ? A A 10 A U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A A 10 N6 ? ? ? 1_555 A U 24 O4 ? ? A A 10 A U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A G 11 N1 ? ? ? 1_555 A C 23 N3 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A G 11 N2 ? ? ? 1_555 A C 23 O2 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A G 11 O6 ? ? ? 1_555 A C 23 N4 ? ? A G 11 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? 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'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? A U 37 O2 ? ? ? 1_555 A A 397 N6 ? ? A U 37 A A 397 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? A G 39 N1 ? ? ? 1_555 A C 403 N3 ? ? A G 39 A C 403 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? A G 39 N2 ? ? ? 1_555 A C 403 O2 ? ? A G 39 A C 403 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? A G 39 O6 ? ? ? 1_555 A C 403 N4 ? ? A G 39 A C 403 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? A C 40 N3 ? ? ? 1_555 A G 402 N1 ? ? A C 40 A G 402 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? A C 40 N4 ? ? ? 1_555 A G 402 O6 ? ? A C 40 A G 402 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? A C 40 O2 ? ? ? 1_555 A G 402 N2 ? ? A C 40 A G 402 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? A G 41 N1 ? ? ? 1_555 A C 401 N3 ? ? A G 41 A C 401 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? A G 41 N2 ? ? ? 1_555 A C 401 O2 ? ? 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A G 945 ? 1_555 81.6 ? 65 OP2 ? A C 980 ? A C 980 ? 1_555 MG ? FC MG . ? A MG 1664 ? 1_555 O4 ? A U 981 ? A U 981 ? 1_555 101.0 ? 66 OP2 ? A C 980 ? A C 980 ? 1_555 MG ? FC MG . ? A MG 1664 ? 1_555 O6 ? A G 1222 ? A G 1222 ? 1_555 104.8 ? 67 O4 ? A U 981 ? A U 981 ? 1_555 MG ? FC MG . ? A MG 1664 ? 1_555 O6 ? A G 1222 ? A G 1222 ? 1_555 89.4 ? 68 OP2 ? A U 1095 ? A U 1095 ? 1_555 MG ? DC MG . ? A MG 1662 ? 1_555 O6 ? A G 1108 ? A G 1108 ? 1_555 87.1 ? 69 OP2 ? A A 1110 ? A A 1110 ? 1_555 MG ? EC MG . ? A MG 1663 ? 1_555 "O5'" ? A A 1110 ? A A 1110 ? 1_555 61.0 ? 70 OP1 ? A A 1197 ? A A 1197 ? 1_555 MG ? BC MG . ? A MG 1660 ? 1_555 OP1 ? A G 1198 ? A G 1198 ? 1_555 120.6 ? 71 OP1 ? A A 1197 ? A A 1197 ? 1_555 MG ? BC MG . ? A MG 1660 ? 1_555 OP2 ? A G 1198 ? A G 1198 ? 1_555 71.5 ? 72 OP1 ? A G 1198 ? A G 1198 ? 1_555 MG ? BC MG . ? A MG 1660 ? 1_555 OP2 ? A G 1198 ? A G 1198 ? 1_555 61.6 ? 73 OP1 ? A C 1303 ? A C 1303 ? 1_555 MG ? GC MG . ? A MG 1665 ? 1_555 OP2 ? A G 1304 ? 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PHENIX dev-2621-000 ? 1 ? 15 'MODEL REFINEMENT' 'initial jelly body' REFMAC 5.8.0155 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5NO4 'double helix' 5NO4 'a-form double helix' 5NO4 'parallel strands' 5NO4 'hairpin loop' 5NO4 tetraloop 5NO4 'bulge loop' 5NO4 'mismatched base pair' 5NO4 'internal loop' 5NO4 'triple helix' 5NO4 'quadruple helix' 5NO4 'three-way junction' 5NO4 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A U 13 1_555 A A 915 1_555 -0.317 2.898 -0.722 4.313 -16.253 -70.481 1 A_U13:A915_A A 13 ? 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