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'Saccharomyces cerevisiae S288C' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 16 1 sample 1 70 'Saccharomyces cerevisiae S288c' ? 559292 ? 17 1 sample 1 70 'Saccharomyces cerevisiae S288c' ? 559292 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RPA1_YEAST P10964 ? 1 ;MDISKPVGSEITSVDFGILTAKEIRNLSAKQITNPTVLDNLGHPVSGGLYDLALGAFLRNLCSTCGLDEKFCPGHQGHIE LPVPCYNPLFFNQLYIYLRASCLFCHHFRLKSVEVHRYACKLRLLQYGLIDESYKLDEITLGSLNSSMYTDDEAIEDNED EMDGEGSKQSKDISSTLLNELKSKRSEYVDMAIAKALSDGRTTERGSFTATVNDERKKLVHEFHKKLLSRGKCDNCGMFS PKFRKDGFTKIFETALNEKQITNNRVKGFIRQDMIKKQKQAKKLDGSNEASANDEESFDVGRNPTTRPKTGSTYILSTEV KNILDTVFRKEQCVLQYVFHSRPNLSRKLVKADSFFMDVLVVPPTRFRLPSKLGEEVHENSQNQLLSKVLTTSLLIRDLN DDLSKLQKDKVSLEDRRVIFSRLMNAFVTIQNDVNAFIDSTKAQGRTSGKVPIPGVKQALEKKEGLFRKHMMGKRVNYAA RSVISPDPNIETNEIGVPPVFAVKLTYPEPVTAYNIAELRQAVINGPDKWPGATQIQNEDGSLVSLIGMSVEQRKALANQ LLTPSSNVSTHTLNKKVYRHIKNRDVVLMNRQPTLHKASMMGHKVRVLPNEKTLRLHYANTGAYNADFDGDEMNMHFPQN ENARAEALNLANTDSQYLTPTSGSPVRGLIQDHISAGVWLTSKDSFFTREQYQQYIYGCIRPEDGHTTRSKIVTLPPTIF KPYPLWTGKQIITTVLLNVTPPDMPGINLISKNKIKNEYWGKGSLENEVLFKDGALLCGILDKSQYGASKYGIVHSLHEV YGPEVAAKVLSVLGRLFTNYITATAFTCGMDDLRLTAEGNKWRTDILKTSVDTGREAAAEVTNLDKDTPADDPELLKRLQ EILRDNNKSGILDAVTSSKVNAITSQVVSKCVPDGTMKKFPCNSMQAMALSGAKGSNVNVSQIMCLLGQQALEGRRVPVM VSGKTLPSFKPYETDAMAGGYVKGRFYSGIKPQEYYFHCMAGREGLIDTAVKTSRSGYLQRCLTKQLEGVHVSYDNSIRD ADGTLVQFMYGGDAIDITKESHMTQFEFCLDNYYALLKKYNPSALIEHLDVESALKYSKKTLKYRKKHSKEPHYKQSVKY DPVLAKYNPAKYLGSVSENFQDKLESFLDKNSKLFKSSDGVNEKKFRALMQLKYMRSLINPGEAVGIIASQSVGEPSTQM TLNTFHFAGHGAANVTLGIPRLREIVMTASAAIKTPQMTLPIWNDVSDEQADTFCKSISKVLLSEVIDKVIVTETTGTSN TAGGNAARSYVIHMRFFDNNEYSEEYDVSKEELQNVISNQFIHLLEAAIVKEIKKQKRTTGPDIGVAVPRLQTDVANSSS NSKRLEEDNDEEQSHKKTKQAVSYDEPDEDEIETMREAEKSSDEEGIDSDKESDSDSEDEDVDMNEQINKSIVEANNNMN KVQRDRQSAIISHHRFITKYNFDDESGKWCEFKLELAADTEKLLMVNIVEEICRKSIIRQIPHIDRCVHPEPENGKRVLV TEGVNFQAMWDQEAFIDVDGITSNDVAAVLKTYGVEAARNTIVNEINNVFSRYAISVSFRHLDLIADMMTRQGTYLAFNR QGMETSTSSFMKMSYETTCQFLTKAVLDNEREQLDSPSARIVVGKLNNVGTGSFDVLAKVPNAA ; 1 2 UNP RPA2_YEAST P22138 ? 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Due to the limited resolution, the sequence in several regions of Rrn6, Rrn7, and Rrn11 subunits is only tentatively assigned and may contain sequence register shifts. To account for these uncertainties, the coordinates of the Core Factor subunits Rrn6, Rrn7, and Rrn11 subunits in this entry only contain backbone atoms and unassigned helices located in the EM density are built as poly-alanines. For more details regarding the model and its limitations please refer to the publication (Sadian et al., EMBO J, 2017) associated with this entry. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 5OA1 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 38589 _em_3d_reconstruction.resolution 4.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 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'RNA polymerase I pre-initiation complex' RECOMBINANT COMPLEX '18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31' ? ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 5OA1 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK II' _em_vitrification.entry_id 5OA1 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 5OA1 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 CD2 B LEU 898 ? ? 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'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? ? ? ? 3 2 559292 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? ? ? ? 4 3 559292 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain _em_entity_assembly_recombinant.cell 4 1 562 'Escherichia coli' ? ? ? 3 2 32630 'synthetic construct' ? ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5OA1 'double helix' 5OA1 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 P DA 6 1_555 Q DT 65 1_555 -0.103 -0.157 0.075 0.017 -14.477 -0.961 1 S_DA6:DT65_T S 6 ? 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