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;MAAGGSDPRSGDVEEDASQLIFPKEFETAETLLNSEVHMLLEHRKQQNESAEDEQELSEVFMKTLNYTARFSRFKNRETI ASVRSLLLQKKLHKFELACLANLCPETAEESKALIPSLEGRFEDEELQQILDDIQTKRSFQY ; ;MAAGGSDPRSGDVEEDASQLIFPKEFETAETLLNSEVHMLLEHRKQQNESAEDEQELSEVFMKTLNYTARFSRFKNRETI ASVRSLLLQKKLHKFELACLANLCPETAEESKALIPSLEGRFEDEELQQILDDIQTKRSFQY ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MDDEEETYRLWKIRKTIMQLCHDRGYLVTQDGLDQTLEEFKAQFGGKPSEGRPRRTDLTVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEP KVGIKTIKVYCQRMQEENITRALIVVQQGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLQQELLINITEHELVPEHVVMTKEEVTELL ARYKLRENQLPRIQAGDPVARYFGIKRGQVVKIIRPSETAGRYITYRLVQ ; ;MDDEEETYRLWKIRKTIMQLCHDRGYLVTQDGLDQTLEEFKAQFGGKPSEGRPRRTDLTVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEP KVGIKTIKVYCQRMQEENITRALIVVQQGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLQQELLINITEHELVPEHVVMTKEEVTELL ARYKLRENQLPRIQAGDPVARYFGIKRGQVVKIIRPSETAGRYITYRLVQ ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSDNEDNFDGDDFDDVEEDEGLDDLENAEEEGQENVEILPSGERPQANQKRITTPYMTKYERARVLGTRALQIAMCAPVM VELEGETDPLLIAMKELKARKIPIIIRRYLPDGSYEDWGVDELIITD ; ;MSDNEDNFDGDDFDDVEEDEGLDDLENAEEEGQENVEILPSGERPQANQKRITTPYMTKYERARVLGTRALQIAMCAPVM 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polyribonucleotide no no UAACGAGAUCAUAACAUUUGAACAAGAAUAUAUAUACAUAAAGACCAGGC UAACGAGAUCAUAACAUUUGAACAAGAAUAUAUAUACAUAAAGACCAGGC P ? 15 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC) ; GATCAAGCTCAAGTACTTAAGCCTGGTCTATACTAGTACTGCC T ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MALETVPKDLRHLRACLLCSLVKTIDQFEYDGCDNCDAYLQMKGNREMVYDCTSSSFDGIIAMMSPEDSWVSKWQRVSNF KPGVYAVSVTGRLPQGIVRELKSRGVAYKSRDTAIKT ; ;MALETVPKDLRHLRACLLCSLVKTIDQFEYDGCDNCDAYLQMKGNREMVYDCTSSSFDGIIAMMSPEDSWVSKWQRVSNF KPGVYAVSVTGRLPQGIVRELKSRGVAYKSRDTAIKT ; Y ? 17 'polypeptide(L)' no no ;MSDSEDSNFSEEEDSERSSDGEEAEVDEERRSAAGSEKEEEPEDEEEEEEEEEYDEEEEEEDDDRPPKKPRHGGFILDEA DVDDEYEDEDQWEDGAEDILEKEEIEASNIDNVVLDEDRSGARRLQNLWRDQREEELGEYYMKKYAKSSVGETVYGGSDE LSDDITQQQLLPGVKDPNLWTVKCKIGEERATAISLMRKFIAYQFTDTPLQIKSVVAPEHVKGYIYVEAYKQTHVKQAIE 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8 ;MAGILFEDIFDVKDIDPEGKKFDRVSRLHCESESFKMDLILDVNIQIYPVDLGDKFRLVIASTLYEDGTLDDGEYNPTDD RPSRADQFEYVMYGKVYRIEGDETSTEAATRLSAYVSYGGLLMRLQGDANNLHGFEVDSRVYLLMKKLAF ; 1 9 UNP RPB9_BOVIN Q32P73 ? 9 ;MEPDGTYEPGIVGIRFCQECNNMLYPKEDKENRILLYACRNCDYQQEADNSCIYVNKITHEVDELTQIIADVSQDPTLPR TEDHPCQKCGHKEAVFFQSHSARAEDAMRLYYVCTAPHCGHRWTE ; 1 10 UNP RPAB5_BOVIN Q32P78 ? 10 MIIPVRCFTCGKIVGNKWEAYLGLLQAEYTEGDALDALGLKRYCCRRMLLAHVDLIEKLLNYAPLEK 1 11 UNP RPB11_BOVIN Q32P79 ? 11 ;MNAPPAFESFLLFEGEKKITINKDTKVPNACLFTINKEDHTLGNIIKSQLLKDPQVLFAGYKVPHPLEHKIIIRVQTTPD YSPQEAFTNAITDLISELSLLEERFRVAIKDKQEGIE ; 1 12 UNP RPAB4_BOVIN Q3ZBC0 ? 12 MDTQKDVQPPKQQPMIYICGECHTENEIKSRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR 1 13 PDB 5OIK 5OIK ? 13 ? 1 14 PDB 5OIK 5OIK ? 14 ? 1 15 PDB 5OIK 5OIK ? 15 ? 1 16 UNP SPT4H_HUMAN P63272 ? 16 ;MALETVPKDLRHLRACLLCSLVKTIDQFEYDGCDNCDAYLQMKGNREMVYDCTSSSFDGIIAMMSPEDSWVSKWQRVSNF KPGVYAVSVTGRLPQGIVRELKSRGVAYKSRDTAIKT ; 1 17 UNP SPT5H_HUMAN O00267 ? 17 ;MSDSEDSNFSEEEDSERSSDGEEAEVDEERRSAAGSEKEEEPEDEEEEEEEEEYDEEEEEEDDDRPPKKPRHGGFILDEA DVDDEYEDEDQWEDGAEDILEKEEIEASNIDNVVLDEDRSGARRLQNLWRDQREEELGEYYMKKYAKSSVGETVYGGSDE LSDDITQQQLLPGVKDPNLWTVKCKIGEERATAISLMRKFIAYQFTDTPLQIKSVVAPEHVKGYIYVEAYKQTHVKQAIE GVGNLRLGYWNQQMVPIKEMTDVLKVVKEVANLKPKSWVRLKRGIYKDDIAQVDYVEPSQNTISLKMIPRIDYDRIKARM SLKDWFAKRKKFKRPPQRLFDAEKIRSLGGDVASDGDFLIFEGNRYSRKGFLFKSFAMSAVITEGVKPTLSELEKFEDQP EGIDLEVVTESTGKEREHNFQPGDNVEVCEGELINLQGKILSVDGNKITIMPKHEDLKDMLEFPAQELRKYFKMGDHVKV IAGRFEGDTGLIVRVEENFVILFSDLTMHELKVLPRDLQLCSETASGVDVGGQHEWGELVQLDPQTVGVIVRLERETFQV LNMYGKVVTVRHQAVTRKKDNRFAVALDSEQNNIHVKDIVKVIDGPHSGREGEIRHLFRSFAFLHCKKLVENGGMFVCKT RHLVLAGGSKPRDVTNFTVGGFAPMSPRISSPMHPSAGGQRGGFGSPGGGSGGMSRGRGRRDNELIGQTVRISQGPYKGY IGVVKDATESTARVELHSTCQTISVDRQRLTTVGSRRPGGMTSTYGRTPMYGSQTPMYGSGSRTPMYGSQTPLQDGSRTP HYGSQTPLHDGSRTPAQSGAWDPNNPNTPSRAEEEYEYAFDDEPTPSPQAYGGTPNPQTPGYPDPSSPQVNPQYNPQTPG TPAMYNTDQFSPYAAPSPQGSYQPSPSPQSYHQVAPSPAGYQNTHSPASYHPTPSPMAYQASPSPSPVGYSPMTPGAPSP GGYNPHTPGSGIEQNSSDWVTTDIQVKVRDTYLDTQVVGQTGVIRSVTGGMCSVYLKDSEKVVSISSEHLEPITPTKNNK VKVILGEDREATGVLLSIDGEDGIVRMDLDEQLKILNLRFLGKLLEA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5OIK A 1 ? 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WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 461 A . ? GLN 461 A PRO 462 A ? PRO 462 A 1 -1.81 2 LYS 581 A . ? LYS 581 A PRO 582 A ? 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MET L 44 TYR L 45 AC9 6 ILE L 16 ? CYS L 19 ? ILE L 16 CYS L 19 AC9 7 GLU L 25 ? GLU L 27 ? GLU L 25 GLU L 27 AD1 1 VAL B 759 ? THR B 760 ? VAL B 759 THR B 760 AD1 2 GLY B 997 ? ASP B 998 ? GLY B 997 ASP B 998 AD2 1 ASN B 1025 ? GLU B 1026 ? ASN B 1025 GLU B 1026 AD2 2 ILE B 1041 ? ARG B 1050 ? ILE B 1041 ARG B 1050 AD2 3 LYS B 934 ? SER B 937 ? LYS B 934 SER B 937 AD2 4 LYS B 942 ? TYR B 949 ? LYS B 942 TYR B 949 AD2 5 VAL B 794 ? ASN B 797 ? VAL B 794 ASN B 797 AD2 6 ILE B 965 ? ILE B 967 ? ILE B 965 ILE B 967 AD2 7 ILE B 776 ? ILE B 782 ? ILE B 776 ILE B 782 AD2 8 ILE B 1041 ? ARG B 1050 ? ILE B 1041 ARG B 1050 AD3 1 GLU B 827 ? PHE B 829 ? GLU B 827 PHE B 829 AD3 2 LYS B 869 ? THR B 872 ? LYS B 869 THR B 872 AD3 3 LYS B 889 ? ASP B 891 ? LYS B 889 ASP B 891 AD4 1 VAL B 865 ? ILE B 867 ? VAL B 865 ILE B 867 AD4 2 THR B 894 ? PHE B 895 ? THR B 894 PHE B 895 AD5 1 PHE B 956 ? THR B 957 ? PHE B 956 THR B 957 AD5 2 LEU B 1028 ? TYR B 1029 ? LEU B 1028 TYR B 1029 AD6 1 GLN B 1115 ? 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'RNA polymerase II-DSIF elongation complex' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17' ? ? 2 1 ? 'RNA polymerase II' NATURAL COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12' ? ? 3 1 ? DSIF RECOMBINANT COMPLEX '16, 17' ? ? 4 1 ? 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Q CYS 1012 1234 1 Y 1 Z SER 1013 ? Q SER 1013 1235 1 Y 1 Z VAL 1014 ? Q VAL 1014 1236 1 Y 1 Z TYR 1015 ? Q TYR 1015 1237 1 Y 1 Z LEU 1016 ? Q LEU 1016 1238 1 Y 1 Z LYS 1017 ? Q LYS 1017 1239 1 Y 1 Z ASP 1018 ? Q ASP 1018 1240 1 Y 1 Z SER 1019 ? Q SER 1019 1241 1 Y 1 Z GLU 1020 ? Q GLU 1020 1242 1 Y 1 Z LYS 1021 ? Q LYS 1021 1243 1 Y 1 Z VAL 1022 ? Q VAL 1022 1244 1 Y 1 Z VAL 1023 ? Q VAL 1023 1245 1 Y 1 Z SER 1024 ? Q SER 1024 1246 1 Y 1 Z ILE 1025 ? Q ILE 1025 1247 1 Y 1 Z SER 1026 ? Q SER 1026 1248 1 Y 1 Z SER 1027 ? Q SER 1027 1249 1 Y 1 Z GLU 1028 ? Q GLU 1028 1250 1 Y 1 Z HIS 1029 ? Q HIS 1029 1251 1 Y 1 Z LEU 1030 ? Q LEU 1030 1252 1 Y 1 Z GLU 1031 ? Q GLU 1031 1253 1 Y 1 Z PRO 1032 ? Q PRO 1032 1254 1 Y 1 Z ILE 1033 ? Q ILE 1033 1255 1 Y 1 Z THR 1034 ? Q THR 1034 1256 1 Y 1 Z PRO 1035 ? Q PRO 1035 1257 1 Y 1 Z THR 1036 ? Q THR 1036 1258 1 Y 1 Z LYS 1037 ? Q LYS 1037 1259 1 Y 1 Z ASN 1038 ? Q ASN 1038 1260 1 Y 1 Z ASN 1039 ? Q ASN 1039 1261 1 Y 1 Z LYS 1040 ? Q LYS 1040 1262 1 Y 1 Z VAL 1041 ? Q VAL 1041 1263 1 Y 1 Z LYS 1042 ? Q LYS 1042 1264 1 Y 1 Z VAL 1043 ? Q VAL 1043 1265 1 Y 1 Z ILE 1044 ? Q ILE 1044 1266 1 Y 1 Z LEU 1045 ? Q LEU 1045 1267 1 Y 1 Z GLY 1046 ? Q GLY 1046 1268 1 Y 1 Z GLU 1047 ? Q GLU 1047 1269 1 Y 1 Z ASP 1048 ? Q ASP 1048 1270 1 Y 1 Z ARG 1049 ? Q ARG 1049 1271 1 Y 1 Z GLU 1050 ? Q GLU 1050 1272 1 Y 1 Z ALA 1051 ? Q ALA 1051 1273 1 Y 1 Z THR 1052 ? Q THR 1052 1274 1 Y 1 Z GLY 1053 ? Q GLY 1053 1275 1 Y 1 Z VAL 1054 ? Q VAL 1054 1276 1 Y 1 Z LEU 1055 ? Q LEU 1055 1277 1 Y 1 Z LEU 1056 ? Q LEU 1056 1278 1 Y 1 Z SER 1057 ? Q SER 1057 1279 1 Y 1 Z ILE 1058 ? Q ILE 1058 1280 1 Y 1 Z ASP 1059 ? Q ASP 1059 1281 1 Y 1 Z GLY 1060 ? Q GLY 1060 1282 1 Y 1 Z GLU 1061 ? Q GLU 1061 1283 1 Y 1 Z ASP 1062 ? Q ASP 1062 1284 1 Y 1 Z GLY 1063 ? Q GLY 1063 1285 1 Y 1 Z ILE 1064 ? Q ILE 1064 1286 1 Y 1 Z VAL 1065 ? Q VAL 1065 1287 1 Y 1 Z ARG 1066 ? Q ARG 1066 1288 1 Y 1 Z MET 1067 ? Q MET 1067 1289 1 Y 1 Z ASP 1068 ? 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'Bos taurus' ? ? 3 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 4 4 ? ? 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 3 ? 469008 'Escherichia coli' ? 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PHENIX 1.10 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.25 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 5OIK 'double helix' 5OIK 'a-form double helix' 5OIK 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 M DG 1 1_555 O DC 43 1_555 0.172 0.105 -0.097 -2.038 -11.512 1.469 1 N_DG1:DC43_T N 1 ? T 43 ? 19 1 1 M DG 2 1_555 O DC 42 1_555 -0.431 0.107 -0.041 -1.486 -17.675 4.650 2 N_DG2:DC42_T N 2 ? T 42 ? 19 1 1 M DC 3 1_555 O DG 41 1_555 0.171 0.074 0.071 2.374 -14.466 0.644 3 N_DC3:DG41_T N 3 ? T 41 ? 19 1 1 M DA 4 1_555 O DT 40 1_555 0.174 -0.104 -0.556 2.176 -16.285 -0.341 4 N_DA4:DT40_T N 4 ? T 40 ? 20 1 1 M DG 5 1_555 O DC 39 1_555 -0.259 -0.078 -0.284 0.430 -13.743 1.523 5 N_DG5:DC39_T N 5 ? T 39 ? 19 1 1 M DT 6 1_555 O DA 38 1_555 0.105 0.129 -0.171 2.561 -14.228 1.041 6 N_DT6:DA38_T N 6 ? T 38 ? 20 1 1 M DA 7 1_555 O DT 37 1_555 -0.136 0.065 -0.346 0.961 -15.509 0.208 7 N_DA7:DT37_T N 7 ? T 37 ? 20 1 1 M DC 8 1_555 O DG 36 1_555 0.227 0.063 -0.445 0.348 -14.031 1.871 8 N_DC8:DG36_T N 8 ? T 36 ? 19 1 1 M DT 9 1_555 O DA 35 1_555 0.089 -0.010 -0.347 -1.036 -14.771 -1.397 9 N_DT9:DA35_T N 9 ? T 35 ? 20 1 1 M DA 10 1_555 O DT 34 1_555 0.110 0.002 -0.104 -3.537 -15.980 1.076 10 N_DA10:DT34_T N 10 ? 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