HEADER TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR 13-SEP-16 5TC0 TITLE STRUCTURE-BASED OPTIMIZATION OF 1H-IMIDAZOLE-2-CARBOXAMIDES AS AXL TITLE 2 KINASE INHIBITORS UTILIZING A MER MUTANT SURROGATE COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: TYROSINE-PROTEIN KINASE MER; COMPND 3 CHAIN: A, B; COMPND 4 FRAGMENT: UNP RESIDUES 570-864; COMPND 5 SYNONYM: PROTO-ONCOGENE C-MER,RECEPTOR TYROSINE KINASE MERTK; COMPND 6 EC: 2.7.10.1; COMPND 7 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS; SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: HUMAN; SOURCE 4 ORGANISM_TAXID: 9606; SOURCE 5 GENE: MERTK, MER; SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 469008; SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21(DE3); SOURCE 9 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PSX71 KEYWDS KINASE, INHIBITOR, SURROGATE, ONCOLOGY, TRANSFERASE-TRANSFERASE KEYWDS 2 INHIBITOR COMPLEX EXPDTA X-RAY DIFFRACTION AUTHOR I.D.HOFFMAN,J.D.LAWSON REVDAT 2 06-MAR-24 5TC0 1 REMARK REVDAT 1 25-JAN-17 5TC0 0 JRNL AUTH W.KEUNG,A.BOLOOR,J.BROWN,A.KIRYANOV,A.GANGLOFF,J.D.LAWSON, JRNL AUTH 2 R.SKENE,I.HOFFMAN,J.ATIENZA,J.KAHANA,R.DE JONG,P.FARRELL, JRNL AUTH 3 D.BALAKRISHNA,P.HALKOWYCZ JRNL TITL STRUCTURE-BASED OPTIMIZATION OF 1H-IMIDAZOLE-2-CARBOXAMIDES JRNL TITL 2 AS AXL KINASE INHIBITORS UTILIZING A MER MUTANT SURROGATE. JRNL REF BIOORG. MED. CHEM. LETT. V. 27 1099 2017 JRNL REFN ESSN 1464-3405 JRNL PMID 28082036 JRNL DOI 10.1016/J.BMCL.2016.12.024 REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. 2.24 ANGSTROMS. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 PROGRAM : REFMAC 5.8.0103 REMARK 3 AUTHORS : MURSHUDOV,SKUBAK,LEBEDEV,PANNU,STEINER, REMARK 3 : NICHOLLS,WINN,LONG,VAGIN REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT TARGET : NULL REMARK 3 REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.24 REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 30.00 REMARK 3 DATA CUTOFF (SIGMA(F)) : 0.000 REMARK 3 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 83.8 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 23911 REMARK 3 REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 CROSS-VALIDATION METHOD : THROUGHOUT REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SELECTION : RANDOM REMARK 3 R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.229 REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.228 REMARK 3 FREE R VALUE : 0.262 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : 4.900 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT : 1237 REMARK 3 REMARK 3 FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN. REMARK 3 TOTAL NUMBER OF BINS USED : 20 REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 2.24 REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE LOW (A) : 2.30 REMARK 3 REFLECTION IN BIN (WORKING SET) : 1081 REMARK 3 BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : 50.90 REMARK 3 BIN R VALUE (WORKING SET) : 0.3140 REMARK 3 BIN FREE R VALUE SET COUNT : 46 REMARK 3 BIN FREE R VALUE : 0.2890 REMARK 3 REMARK 3 NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. REMARK 3 PROTEIN ATOMS : 3939 REMARK 3 NUCLEIC ACID ATOMS : 0 REMARK 3 HETEROGEN ATOMS : 29 REMARK 3 SOLVENT ATOMS : 34 REMARK 3 REMARK 3 B VALUES. REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2) : NULL REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL, A**2) : 56.15 REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE. REMARK 3 B11 (A**2) : 6.24000 REMARK 3 B22 (A**2) : -1.71000 REMARK 3 B33 (A**2) : -2.91000 REMARK 3 B12 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 B13 (A**2) : -4.39000 REMARK 3 B23 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 REMARK 3 ESTIMATED OVERALL COORDINATE ERROR. REMARK 3 ESU BASED ON R VALUE (A): 0.391 REMARK 3 ESU BASED ON FREE R VALUE (A): 0.259 REMARK 3 ESU BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A): 0.283 REMARK 3 ESU FOR B VALUES BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A**2): 28.687 REMARK 3 REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENTS. REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENT FO-FC : 0.942 REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENT FO-FC FREE : 0.911 REMARK 3 REMARK 3 RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 BOND LENGTHS REFINED ATOMS (A): 4051 ; 0.008 ; 0.019 REMARK 3 BOND LENGTHS OTHERS (A): 3922 ; 0.003 ; 0.020 REMARK 3 BOND ANGLES REFINED ATOMS (DEGREES): 5471 ; 1.295 ; 1.990 REMARK 3 BOND ANGLES OTHERS (DEGREES): 9042 ; 1.067 ; 3.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 1 (DEGREES): 480 ; 5.916 ; 5.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 2 (DEGREES): 177 ;34.954 ;23.842 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 3 (DEGREES): 749 ;14.358 ;15.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 4 (DEGREES): 26 ;19.184 ;15.000 REMARK 3 CHIRAL-CENTER RESTRAINTS (A**3): 613 ; 0.074 ; 0.200 REMARK 3 GENERAL PLANES REFINED ATOMS (A): 4400 ; 0.005 ; 0.021 REMARK 3 GENERAL PLANES OTHERS (A): 877 ; 0.002 ; 0.020 REMARK 3 NON-BONDED CONTACTS REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED CONTACTS OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED TORSION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED TORSION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 H-BOND (X...Y) REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 H-BOND (X...Y) OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 POTENTIAL METAL-ION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 POTENTIAL METAL-ION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY VDW REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY VDW OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY H-BOND REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY H-BOND OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY METAL-ION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY METAL-ION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS. COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A**2): 1944 ; 2.298 ; 4.098 REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2): 1943 ; 2.299 ; 4.098 REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2): 2416 ; 3.784 ; 6.136 REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 LONG RANGE B REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 LONG RANGE B OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 ANISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS. COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 RIGID-BOND RESTRAINTS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SPHERICITY; FREE ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SPHERICITY; BONDED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 NCS RESTRAINTS STATISTICS REMARK 3 NCS TYPE: LOCAL REMARK 3 NUMBER OF DIFFERENT NCS PAIRS : 5 REMARK 3 GROUP CHAIN1 RANGE CHAIN2 RANGE COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 1 A 578 592 B 578 592 1514 0.090 0.050 REMARK 3 2 A 600 619 B 600 619 1870 0.110 0.050 REMARK 3 3 A 641 656 B 641 656 1306 0.170 0.050 REMARK 3 4 A 666 741 B 666 741 8062 0.110 0.050 REMARK 3 5 A 778 860 B 778 860 9522 0.070 0.050 REMARK 3 REMARK 3 TLS DETAILS REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS : 1 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 1 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : A 578 A 1100 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 18.2682 -2.8269 15.8341 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.0941 T22: 0.0139 REMARK 3 T33: 0.0718 T12: -0.0032 REMARK 3 T13: 0.0393 T23: 0.0066 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.1074 L22: 1.7546 REMARK 3 L33: 1.1923 L12: -0.2869 REMARK 3 L13: -0.0360 L23: 0.6756 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0229 S12: -0.0128 S13: 0.0188 REMARK 3 S21: -0.0652 S22: -0.0012 S23: 0.1300 REMARK 3 S31: 0.0211 S32: -0.1127 S33: -0.0217 REMARK 3 REMARK 3 BULK SOLVENT MODELLING. REMARK 3 METHOD USED : NULL REMARK 3 PARAMETERS FOR MASK CALCULATION REMARK 3 VDW PROBE RADIUS : 1.20 REMARK 3 ION PROBE RADIUS : 0.80 REMARK 3 SHRINKAGE RADIUS : 0.80 REMARK 3 REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING REMARK 3 POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED REMARK 4 REMARK 4 5TC0 COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 20-SEP-16. REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1000224023. REMARK 200 REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 200 EXPERIMENT TYPE : X-RAY DIFFRACTION REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION : 27-MAY-10 REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN) : 100 REMARK 200 PH : 8.5 REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED : 1 REMARK 200 REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N) : Y REMARK 200 RADIATION SOURCE : ALS REMARK 200 BEAMLINE : 5.0.3 REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL : NULL REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE (M/L) : M REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A) : 0.9764848 REMARK 200 MONOCHROMATOR : ASYMMETRIC CUT SINGLE CRYSTAL REMARK 200 SI(220) REMARK 200 OPTICS : NULL REMARK 200 REMARK 200 DETECTOR TYPE : CCD REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER : ADSC QUANTUM 315R REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : HKL-2000 REMARK 200 DATA SCALING SOFTWARE : SCALEPACK REMARK 200 REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS : 25183 REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 2.240 REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A) : 50.000 REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I)) : NULL REMARK 200 REMARK 200 OVERALL. REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 84.0 REMARK 200 DATA REDUNDANCY : 4.100 REMARK 200 R MERGE (I) : 0.07300 REMARK 200 R SYM (I) : NULL REMARK 200 FOR THE DATA SET : 10.1000 REMARK 200 REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL. REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 2.24 REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW (A) : 2.28 REMARK 200 COMPLETENESS FOR SHELL (%) : 50.4 REMARK 200 DATA REDUNDANCY IN SHELL : 4.00 REMARK 200 R MERGE FOR SHELL (I) : 0.41800 REMARK 200 R SYM FOR SHELL (I) : NULL REMARK 200 FOR SHELL : NULL REMARK 200 REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MOLECULAR REPLACEMENT REMARK 200 SOFTWARE USED: PHASER REMARK 200 STARTING MODEL: NULL REMARK 200 REMARK 200 REMARK: NULL REMARK 280 REMARK 280 CRYSTAL REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS (%): 44.03 REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.20 REMARK 280 REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 29% PEG 400, 0.2M MGCL2, 0,1M TRIS PH REMARK 280 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 1 21 1 REMARK 290 REMARK 290 SYMOP SYMMETRY REMARK 290 NNNMMM OPERATOR REMARK 290 1555 X,Y,Z REMARK 290 2555 -X,Y+1/2,-Z REMARK 290 REMARK 290 WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER REMARK 290 MMM -> TRANSLATION VECTOR REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY REMARK 290 RELATED MOLECULES. REMARK 290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 45.75150 REMARK 290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 290 REMARK 290 REMARK: NULL REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1, 2 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 2 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 465 REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 MET A 551 REMARK 465 GLY A 552 REMARK 465 SER A 553 REMARK 465 SER A 554 REMARK 465 HIS A 555 REMARK 465 HIS A 556 REMARK 465 HIS A 557 REMARK 465 HIS A 558 REMARK 465 HIS A 559 REMARK 465 HIS A 560 REMARK 465 SER A 561 REMARK 465 SER A 562 REMARK 465 GLY A 563 REMARK 465 LEU A 564 REMARK 465 VAL A 565 REMARK 465 PRO A 566 REMARK 465 ARG A 567 REMARK 465 GLY A 568 REMARK 465 SER A 569 REMARK 465 SER A 570 REMARK 465 GLU A 571 REMARK 465 GLU A 572 REMARK 465 LEU A 573 REMARK 465 GLN A 574 REMARK 465 ASN A 575 REMARK 465 LYS A 576 REMARK 465 LEU A 577 REMARK 465 MET A 621 REMARK 465 LYS A 622 REMARK 465 LEU A 623 REMARK 465 ASP A 624 REMARK 465 ASN A 625 REMARK 465 SER A 626 REMARK 465 SER A 627 REMARK 465 GLN A 628 REMARK 465 ARG A 629 REMARK 465 GLU A 630 REMARK 465 ILE A 631 REMARK 465 GLU A 632 REMARK 465 GLU A 633 REMARK 465 PHE A 634 REMARK 465 LEU A 635 REMARK 465 SER A 636 REMARK 465 GLU A 637 REMARK 465 ALA A 638 REMARK 465 ALA A 639 REMARK 465 CYS A 640 REMARK 465 GLY A 743 REMARK 465 LEU A 744 REMARK 465 SER A 745 REMARK 465 LYS A 746 REMARK 465 LYS A 747 REMARK 465 ILE A 748 REMARK 465 TYR A 749 REMARK 465 SER A 750 REMARK 465 GLY A 751 REMARK 465 ASP A 752 REMARK 465 TYR A 753 REMARK 465 TYR A 754 REMARK 465 ARG A 755 REMARK 465 GLN A 756 REMARK 465 GLY A 757 REMARK 465 ARG A 758 REMARK 465 ILE A 759 REMARK 465 ALA A 760 REMARK 465 LYS A 761 REMARK 465 SER A 771 REMARK 465 LEU A 772 REMARK 465 ALA A 773 REMARK 465 ASP A 774 REMARK 465 ARG A 775 REMARK 465 VAL A 776 REMARK 465 TYR A 777 REMARK 465 PRO A 862 REMARK 465 ASP A 863 REMARK 465 VAL A 864 REMARK 465 MET B 551 REMARK 465 GLY B 552 REMARK 465 SER B 553 REMARK 465 SER B 554 REMARK 465 HIS B 555 REMARK 465 HIS B 556 REMARK 465 HIS B 557 REMARK 465 HIS B 558 REMARK 465 HIS B 559 REMARK 465 HIS B 560 REMARK 465 SER B 561 REMARK 465 SER B 562 REMARK 465 GLY B 563 REMARK 465 LEU B 564 REMARK 465 VAL B 565 REMARK 465 PRO B 566 REMARK 465 ARG B 567 REMARK 465 GLY B 568 REMARK 465 SER B 569 REMARK 465 SER B 570 REMARK 465 GLU B 571 REMARK 465 GLU B 572 REMARK 465 LEU B 573 REMARK 465 GLN B 574 REMARK 465 ASN B 575 REMARK 465 LYS B 576 REMARK 465 LEU B 577 REMARK 465 GLY B 594 REMARK 465 GLU B 595 REMARK 465 GLY B 596 REMARK 465 GLU B 597 REMARK 465 PHE B 598 REMARK 465 GLY B 599 REMARK 465 GLU B 658 REMARK 465 MET B 659 REMARK 465 SER B 660 REMARK 465 SER B 661 REMARK 465 GLN B 662 REMARK 465 GLY B 663 REMARK 465 ILE B 664 REMARK 465 PRO B 665 REMARK 465 GLY B 743 REMARK 465 LEU B 744 REMARK 465 SER B 745 REMARK 465 LYS B 746 REMARK 465 LYS B 747 REMARK 465 ILE B 748 REMARK 465 TYR B 749 REMARK 465 SER B 750 REMARK 465 GLY B 751 REMARK 465 ASP B 752 REMARK 465 TYR B 753 REMARK 465 TYR B 754 REMARK 465 ARG B 755 REMARK 465 GLN B 756 REMARK 465 GLY B 757 REMARK 465 ARG B 758 REMARK 465 ILE B 759 REMARK 465 ALA B 760 REMARK 465 LYS B 761 REMARK 465 MET B 762 REMARK 465 PRO B 862 REMARK 465 ASP B 863 REMARK 465 VAL B 864 REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES REMARK 500 REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI- REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI PSI PHI REMARK 500 HIS A 694 105.76 -43.50 REMARK 500 ASP A 723 41.37 -163.44 REMARK 500 ASP A 741 53.50 72.06 REMARK 500 TYR A 801 63.58 64.16 REMARK 500 GLU A 823 -71.68 -48.77 REMARK 500 HIS B 694 105.67 -43.67 REMARK 500 ASP B 723 40.81 -165.31 REMARK 500 VAL B 776 136.01 -33.81 REMARK 500 TYR B 801 63.85 63.27 REMARK 500 GLU B 823 -70.95 -48.68 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 800 REMARK 800 SITE REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1 REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: binding site for residue 79Y A 1100 DBREF 5TC0 A 570 864 UNP Q12866 MERTK_HUMAN 570 864 DBREF 5TC0 B 570 864 UNP Q12866 MERTK_HUMAN 570 864 SEQADV 5TC0 MET A 551 UNP Q12866 INITIATING METHIONINE SEQADV 5TC0 GLY A 552 UNP Q12866 EXPRESSION TAG SEQADV 5TC0 SER A 553 UNP Q12866 EXPRESSION TAG SEQADV 5TC0 SER A 554 UNP Q12866 EXPRESSION TAG SEQADV 5TC0 HIS A 555 UNP Q12866 EXPRESSION TAG SEQADV 5TC0 HIS A 556 UNP Q12866 EXPRESSION 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ANISOU 3869 C GLN B 853 6084 4062 4764 226 1211 -380 C ANISOU 3870 O GLN B 853 6051 4213 4975 215 1281 -453 O ANISOU 3871 CB GLN B 853 6663 4231 4918 170 1316 -288 C ANISOU 3872 CG GLN B 853 7136 4447 5146 159 1444 -277 C ANISOU 3873 CD GLN B 853 7341 4456 5144 125 1438 -213 C ANISOU 3874 OE1 GLN B 853 7396 4559 5221 116 1317 -169 O ANISOU 3875 NE2 GLN B 853 7635 4516 5225 109 1573 -210 N ANISOU 3876 N LEU B 854 5951 3929 4578 237 1063 -327 N ANISOU 3877 CA LEU B 854 5796 3974 4625 247 973 -348 C ANISOU 3878 C LEU B 854 5871 4168 4826 314 950 -420 C ANISOU 3879 O LEU B 854 5801 4290 4985 326 944 -482 O ANISOU 3880 CB LEU B 854 5725 3851 4447 239 838 -275 C ANISOU 3881 CG LEU B 854 5813 3876 4469 183 836 -216 C ANISOU 3882 CD1 LEU B 854 5957 3942 4486 179 711 -151 C ANISOU 3883 CD2 LEU B 854 5565 3792 4424 150 862 -239 C ANISOU 3884 N GLU B 855 6174 4350 4975 363 929 -416 N ANISOU 3885 CA GLU B 855 6642 4908 5540 441 904 -490 C ANISOU 3886 C GLU B 855 6429 4856 5562 450 1029 -590 C ANISOU 3887 O GLU B 855 6499 5114 5851 493 994 -666 O ANISOU 3888 CB GLU B 855 6997 5080 5665 492 872 -468 C ANISOU 3889 CG GLU B 855 7111 5087 5612 501 725 -402 C ANISOU 3890 CD GLU B 855 7607 5389 5874 548 688 -384 C ANISOU 3891 OE1 GLU B 855 8019 5748 6197 575 577 -364 O ANISOU 3892 OE2 GLU B 855 7796 5461 5950 556 772 -389 O ANISOU 3893 N LYS B 856 6459 4806 5546 405 1173 -592 N ANISOU 3894 CA LYS B 856 6660 5149 5974 394 1321 -689 C ANISOU 3895 C LYS B 856 6475 5183 6066 352 1325 -736 C ANISOU 3896 O LYS B 856 6870 5786 6735 376 1358 -842 O ANISOU 3897 CB LYS B 856 6884 5195 6043 340 1489 -670 C ANISOU 3898 CG LYS B 856 7245 5638 6563 351 1653 -774 C ANISOU 3899 CD LYS B 856 7635 5978 6869 445 1624 -803 C ANISOU 3900 CE LYS B 856 8082 6409 7361 451 1816 -881 C ANISOU 3901 NZ LYS B 856 8025 6653 7696 477 1874 -1020 N ANISOU 3902 N LEU B 857 6414 5074 5939 291 1289 -663 N ANISOU 3903 CA LEU B 857 6306 5149 6065 250 1285 -699 C ANISOU 3904 C LEU B 857 6152 5175 6083 317 1147 -751 C ANISOU 3905 O LEU B 857 5978 5203 6179 322 1162 -843 O ANISOU 3906 CB LEU B 857 6323 5060 5946 185 1256 -605 C ANISOU 3907 CG LEU B 857 6283 5169 6108 133 1267 -633 C ANISOU 3908 CD1 LEU B 857 6378 5324 6362 74 1439 -707 C ANISOU 3909 CD2 LEU B 857 6230 4999 5894 91 1213 -534 C ANISOU 3910 N LEU B 858 6215 5148 5978 370 1013 -695 N ANISOU 3911 CA LEU B 858 6156 5201 6014 442 877 -734 C ANISOU 3912 C LEU B 858 6260 5450 6313 519 893 -855 C ANISOU 3913 O LEU B 858 6481 5850 6754 555 840 -936 O ANISOU 3914 CB LEU B 858 6134 5015 5740 477 753 -652 C ANISOU 3915 CG LEU B 858 6058 4982 5680 556 612 -679 C ANISOU 3916 CD1 LEU B 858 5950 5025 5753 544 568 -711 C ANISOU 3917 CD2 LEU B 858 6020 4751 5372 560 520 -587 C ANISOU 3918 N GLU B 859 6419 5532 6394 549 964 -873 N ANISOU 3919 CA GLU B 859 6740 5990 6900 632 983 -993 C ANISOU 3920 C GLU B 859 6548 6033 7054 599 1092 -1109 C ANISOU 3921 O GLU B 859 6449 6116 7187 675 1064 -1228 O ANISOU 3922 CB GLU B 859 7216 6319 7206 665 1055 -985 C ANISOU 3923 CG GLU B 859 7649 6527 7317 712 943 -896 C ANISOU 3924 CD GLU B 859 7957 6854 7601 788 765 -898 C ANISOU 3925 OE1 GLU B 859 7687 6672 7434 891 711 -989 O ANISOU 3926 OE2 GLU B 859 8598 7410 8110 747 682 -812 O ANISOU 3927 N SER B 860 6561 6040 7103 490 1211 -1081 N ANISOU 3928 CA SER B 860 6706 6394 7571 438 1324 -1188 C ANISOU 3929 C SER B 860 6580 6465 7680 442 1218 -1243 C ANISOU 3930 O SER B 860 6962 7017 8332 387 1305 -1329 O ANISOU 3931 CB SER B 860 6934 6500 7711 316 1499 -1135 C ANISOU 3932 OG SER B 860 6868 6359 7538 252 1450 -1045 O ANISOU 3933 N LEU B 861 6469 6319 7460 503 1039 -1197 N ANISOU 3934 CA LEU B 861 6451 6448 7615 515 930 -1241 C ANISOU 3935 C LEU B 861 6511 6655 7837 642 793 -1353 C ANISOU 3936 O LEU B 861 6553 6833 8051 664 701 -1415 O ANISOU 3937 CB LEU B 861 6545 6387 7465 492 831 -1113 C ANISOU 3938 CG LEU B 861 6564 6265 7326 380 931 -1006 C ANISOU 3939 CD1 LEU B 861 6633 6212 7189 375 816 -897 C ANISOU 3940 CD2 LEU B 861 6354 6175 7333 290 1052 -1059 C TER 3941 LEU B 861 HETATM 3942 C6 79Y A1100 10.596 13.807 18.764 1.00 53.08 C ANISOU 3942 C6 79Y A1100 7115 6179 6871 674 346 -56 C HETATM 3943 C7 79Y A1100 10.339 13.646 17.260 1.00 52.90 C ANISOU 3943 C7 79Y A1100 7135 6133 6832 707 263 -60 C HETATM 3944 C13 79Y A1100 14.191 13.231 15.609 1.00 47.51 C ANISOU 3944 C13 79Y A1100 6728 5308 6016 510 358 18 C HETATM 3945 C15 79Y A1100 15.485 15.139 14.673 1.00 48.20 C ANISOU 3945 C15 79Y A1100 7073 5245 5995 507 407 33 C HETATM 3946 C17 79Y A1100 16.442 16.059 14.023 1.00 45.57 C ANISOU 3946 C17 79Y A1100 6896 4816 5599 479 458 41 C HETATM 3947 C20 79Y A1100 18.278 17.756 12.784 1.00 44.36 C ANISOU 3947 C20 79Y A1100 7048 4471 5334 400 585 50 C HETATM 3948 C21 79Y A1100 17.422 18.246 13.774 1.00 45.32 C ANISOU 3948 C21 79Y A1100 7111 4632 5477 465 540 41 C HETATM 3949 C22 79Y A1100 16.481 17.414 14.406 1.00 44.20 C ANISOU 3949 C22 79Y A1100 6814 4588 5392 507 479 36 C HETATM 3950 C24 79Y A1100 15.621 18.959 16.164 1.00 44.91 C ANISOU 3950 C24 79Y A1100 6884 4687 5490 592 471 15 C HETATM 3951 C26 79Y A1100 14.659 19.107 17.258 1.00 47.44 C ANISOU 3951 C26 79Y A1100 7109 5067 5848 655 444 1 C HETATM 3952 C28 79Y A1100 13.038 18.719 18.629 1.00 47.78 C ANISOU 3952 C28 79Y A1100 6965 5222 5964 740 408 -23 C HETATM 3953 C1 79Y A1100 13.116 13.966 21.317 1.00 59.81 C ANISOU 3953 C1 79Y A1100 8036 7004 7683 528 512 -21 C HETATM 3954 S2 79Y A1100 11.999 15.203 20.623 1.00 58.88 S ANISOU 3954 S2 79Y A1100 7957 6861 7551 639 458 -38 S HETATM 3955 O3 79Y A1100 10.732 15.150 21.266 1.00 58.47 O ANISOU 3955 O3 79Y A1100 7808 6861 7545 694 460 -63 O HETATM 3956 O4 79Y A1100 12.722 16.421 20.545 1.00 62.03 O ANISOU 3956 O4 79Y A1100 8482 7190 7894 649 467 -31 O HETATM 3957 N5 79Y A1100 11.798 14.618 19.080 1.00 54.92 N ANISOU 3957 N5 79Y A1100 7462 6354 7048 643 392 -34 N HETATM 3958 O8 79Y A1100 11.582 13.544 16.542 1.00 53.11 O ANISOU 3958 O8 79Y A1100 7270 6104 6802 649 279 -28 O HETATM 3959 C9 79Y A1100 12.446 14.684 16.628 1.00 51.87 C ANISOU 3959 C9 79Y A1100 7240 5881 6587 647 317 -14 C HETATM 3960 C11 79Y A1100 12.867 14.893 18.086 1.00 53.33 C ANISOU 3960 C11 79Y A1100 7383 6087 6792 610 387 -13 C HETATM 3961 C12 79Y A1100 13.705 14.456 15.834 1.00 50.29 C ANISOU 3961 C12 79Y A1100 7133 5629 6345 577 345 9 C HETATM 3962 S14 79Y A1100 15.686 13.398 14.678 1.00 53.19 S ANISOU 3962 S14 79Y A1100 7577 5950 6680 444 406 37 S HETATM 3963 N16 79Y A1100 14.402 15.454 15.337 1.00 47.63 N ANISOU 3963 N16 79Y A1100 6937 5211 5947 577 368 18 N HETATM 3964 C18 79Y A1100 17.309 15.570 13.027 1.00 43.76 C ANISOU 3964 C18 79Y A1100 6731 4549 5345 420 492 52 C HETATM 3965 C19 79Y A1100 18.219 16.413 12.413 1.00 44.55 C ANISOU 3965 C19 79Y A1100 6980 4555 5391 382 559 55 C HETATM 3966 N23 79Y A1100 15.612 17.811 15.444 1.00 42.81 N ANISOU 3966 N23 79Y A1100 6566 4455 5243 568 449 23 N HETATM 3967 O25 79Y A1100 16.380 19.881 15.952 1.00 41.75 O ANISOU 3967 O25 79Y A1100 6611 4206 5045 562 517 18 O HETATM 3968 N27 79Y A1100 13.689 18.266 17.557 1.00 47.88 N ANISOU 3968 N27 79Y A1100 7030 5204 5955 692 404 -8 N HETATM 3969 C29 79Y A1100 13.621 19.880 19.026 1.00 50.08 C ANISOU 3969 C29 79Y A1100 7365 5450 6213 738 444 -22 C HETATM 3970 N30 79Y A1100 14.659 20.125 18.176 1.00 49.45 N ANISOU 3970 N30 79Y A1100 7400 5299 6090 678 468 -8 N HETATM 3971 O HOH A1201 21.047 20.871 24.499 1.00 44.51 O ANISOU 3971 O HOH A1201 6675 4637 5598 261 694 -136 O HETATM 3972 O HOH A1202 11.426 -2.635 31.392 1.00 34.86 O ANISOU 3972 O HOH A1202 4999 3836 4410 -121 1233 34 O HETATM 3973 O HOH A1203 22.964 -2.035 17.285 1.00 42.15 O ANISOU 3973 O HOH A1203 5719 4852 5444 -2 455 -9 O HETATM 3974 O HOH A1204 18.079 -3.665 33.634 1.00 30.36 O ANISOU 3974 O HOH A1204 5027 3057 3450 147 819 17 O HETATM 3975 O HOH A1205 5.663 28.324 6.470 1.00 53.65 O ANISOU 3975 O HOH A1205 9807 4913 5664 2351 -798 -219 O HETATM 3976 O HOH A1206 19.847 29.791 12.507 1.00 52.86 O ANISOU 3976 O HOH A1206 9663 4591 5829 453 934 27 O HETATM 3977 O HOH A1207 16.282 5.213 22.610 1.00 35.45 O ANISOU 3977 O HOH A1207 4761 4052 4654 155 585 20 O HETATM 3978 O HOH A1208 14.004 -2.053 31.756 1.00 37.85 O ANISOU 3978 O HOH A1208 5539 4173 4669 -6 1056 45 O HETATM 3979 O HOH A1209 22.160 19.727 37.436 1.00 42.35 O ANISOU 3979 O HOH A1209 6643 4333 5114 543 464 -342 O HETATM 3980 O HOH A1210 20.618 8.623 46.569 1.00 36.67 O ANISOU 3980 O HOH A1210 7021 3317 3594 910 582 -261 O HETATM 3981 O HOH A1211 28.858 7.887 45.702 1.00 54.20 O ANISOU 3981 O HOH A1211 8974 5550 6068 1075 -449 -718 O HETATM 3982 O HOH A1212 16.520 12.214 41.853 1.00 47.31 O ANISOU 3982 O HOH A1212 7540 5020 5414 698 952 -138 O HETATM 3983 O HOH A1213 17.607 23.758 24.502 1.00 46.37 O ANISOU 3983 O HOH A1213 7133 4794 5691 544 659 -88 O HETATM 3984 O HOH A1214 13.469 -14.853 29.042 1.00 48.55 O ANISOU 3984 O HOH A1214 7495 5168 5783 -511 1156 120 O HETATM 3985 O HOH A1215 20.348 -4.108 18.920 1.00 35.30 O ANISOU 3985 O HOH A1215 4863 4002 4545 -30 440 38 O HETATM 3986 O HOH A1216 21.173 -7.615 28.379 1.00 25.13 O ANISOU 3986 O HOH A1216 4173 2482 2894 101 504 -2 O HETATM 3987 O HOH A1217 16.551 -2.218 51.373 1.00 64.20 O ANISOU 3987 O HOH A1217 12127 6114 6152 803 1489 -5 O HETATM 3988 O HOH A1218 17.820 8.138 47.623 1.00 52.07 O ANISOU 3988 O HOH A1218 9130 5218 5433 881 969 -162 O HETATM 3989 O HOH A1219 -5.312 32.861 31.922 1.00 65.30 O ANISOU 3989 O HOH A1219 8542 7744 8525 2954 700 -890 O HETATM 3990 O HOH B 901 18.523 -10.311 10.897 1.00 38.97 O ANISOU 3990 O HOH B 901 5532 4357 4915 -135 201 87 O HETATM 3991 O HOH B 902 32.450 2.024 18.436 1.00 50.14 O ANISOU 3991 O HOH B 902 6412 5831 6806 -64 586 -461 O HETATM 3992 O HOH B 903 21.589 -28.423 19.330 1.00 35.39 O ANISOU 3992 O HOH B 903 6859 3067 3520 -184 223 105 O HETATM 3993 O HOH B 904 23.122 -1.386 0.571 1.00 37.17 O ANISOU 3993 O HOH B 904 6230 3635 4256 106 542 118 O HETATM 3994 O HOH B 905 30.744 -27.045 -0.313 1.00 40.24 O ANISOU 3994 O HOH B 905 7139 3921 4227 473 157 -110 O HETATM 3995 O HOH B 906 30.802 4.022 3.558 1.00 47.16 O ANISOU 3995 O HOH B 906 7174 4860 5882 -286 1387 -124 O HETATM 3996 O HOH B 907 15.886 -25.040 14.344 1.00 55.36 O ANISOU 3996 O HOH B 907 8478 5920 6637 -657 273 97 O HETATM 3997 O HOH B 908 21.594 -30.320 4.583 1.00 53.39 O ANISOU 3997 O HOH B 908 8938 5421 5923 -180 -214 71 O HETATM 3998 O HOH B 909 20.686 -29.599 9.474 1.00 41.86 O ANISOU 3998 O HOH B 909 7357 4003 4542 -302 -53 90 O HETATM 3999 O HOH B 910 19.773 -20.197 22.249 1.00 42.63 O ANISOU 3999 O HOH B 910 6952 4387 4856 -231 445 104 O HETATM 4000 O HOH B 911 24.109 2.597 6.408 1.00 31.10 O ANISOU 4000 O HOH B 911 4961 3062 3790 -8 694 55 O HETATM 4001 O HOH B 912 9.164 -38.249 20.735 1.00 66.75 O ANISOU 4001 O HOH B 912 11735 6063 7562 -2005 1315 51 O HETATM 4002 O HOH B 913 26.262 0.737 -7.105 1.00 61.53 O ANISOU 4002 O HOH B 913 10593 6048 6736 152 1102 157 O HETATM 4003 O HOH B 914 16.148 -23.792 16.844 1.00 43.36 O ANISOU 4003 O HOH B 914 6944 4426 5105 -618 397 111 O HETATM 4004 O HOH B 915 23.487 -22.438 24.941 1.00 47.78 O ANISOU 4004 O HOH B 915 8168 4826 5160 124 239 33 O CONECT 3942 3943 3957 CONECT 3943 3942 3958 CONECT 3944 3961 3962 CONECT 3945 3946 3962 3963 CONECT 3946 3945 3949 3964 CONECT 3947 3948 3965 CONECT 3948 3947 3949 CONECT 3949 3946 3948 3966 CONECT 3950 3951 3966 3967 CONECT 3951 3950 3968 3970 CONECT 3952 3968 3969 CONECT 3953 3954 CONECT 3954 3953 3955 3956 3957 CONECT 3955 3954 CONECT 3956 3954 CONECT 3957 3942 3954 3960 CONECT 3958 3943 3959 CONECT 3959 3958 3960 3961 CONECT 3960 3957 3959 CONECT 3961 3944 3959 3963 CONECT 3962 3944 3945 CONECT 3963 3945 3961 CONECT 3964 3946 3965 CONECT 3965 3947 3964 CONECT 3966 3949 3950 CONECT 3967 3950 CONECT 3968 3951 3952 CONECT 3969 3952 3970 CONECT 3970 3951 3969 MASTER 442 0 1 24 14 0 3 6 4002 2 29 50 END