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F LEU 6 F TRP 356 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ? 10 ? 11 ? 12 ? 13 ? 14 ? 15 ? # _struct.entry_id 5V3B _struct.title 'Human A20 OTU domain (WT) with acetamidylated C103' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5V3B _struct_keywords.text 'OTU domain, acetamidylation, ubiquitin editing, HYDROLASE, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE,LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 9 ? SER A 13 ? ALA A 9 SER A 13 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 14 ? ILE A 29 ? ASN A 14 ILE A 29 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 42 ? TYR A 46 ? THR A 42 TYR A 46 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 CYS A 57 ? ILE A 69 ? CYS A 57 ILE A 69 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 70 ? GLN A 80 ? ASP A 70 GLN A 80 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 102 ? GLY A 114 ? 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THR D 42 TYR D 46 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 AF4 CYS D 57 ? ILE D 69 ? CYS D 57 ILE D 69 1 ? 13 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP D 70 ? GLN D 80 ? ASP D 70 GLN D 80 1 ? 11 HELX_P HELX_P51 AF6 ASN D 102 ? GLY D 114 ? ASN D 102 GLY D 114 1 ? 13 HELX_P HELX_P52 AF7 LEU D 120 ? THR D 133 ? LEU D 120 THR D 133 1 ? 14 HELX_P HELX_P53 AF8 THR D 135 ? SER D 149 ? THR D 135 SER D 149 1 ? 15 HELX_P HELX_P54 AF9 TRP D 164 ? SER D 176 ? TRP D 164 SER D 176 1 ? 13 HELX_P HELX_P55 AG1 GLU D 192 ? ARG D 204 ? GLU D 192 ARG D 204 1 ? 13 HELX_P HELX_P56 AG2 PRO D 239 ? CYS D 243 ? PRO D 239 CYS D 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P57 AG3 THR D 292 ? MET D 298 ? THR D 292 MET D 298 1 ? 7 HELX_P HELX_P58 AG4 MET D 298 ? LEU D 307 ? MET D 298 LEU D 307 1 ? 10 HELX_P HELX_P59 AG5 PRO D 336 ? ILE D 339 ? PRO D 336 ILE D 339 5 ? 4 HELX_P HELX_P60 AG6 ASN D 340 ? GLU D 358 ? ASN D 340 GLU D 358 1 ? 19 HELX_P HELX_P61 AG7 ALA E 9 ? SER E 13 ? ALA E 9 SER E 13 5 ? 5 HELX_P HELX_P62 AG8 ASN E 14 ? ILE E 29 ? ASN E 14 ILE E 29 1 ? 16 HELX_P HELX_P63 AG9 THR E 42 ? TYR E 46 ? THR E 42 TYR E 46 5 ? 5 HELX_P HELX_P64 AH1 CYS E 57 ? ILE E 69 ? CYS E 57 ILE E 69 1 ? 13 HELX_P HELX_P65 AH2 ASP E 70 ? GLN E 80 ? ASP E 70 GLN E 80 1 ? 11 HELX_P HELX_P66 AH3 ASN E 102 ? GLY E 114 ? ASN E 102 GLY E 114 1 ? 13 HELX_P HELX_P67 AH4 LEU E 120 ? THR E 133 ? LEU E 120 THR E 133 1 ? 14 HELX_P HELX_P68 AH5 THR E 135 ? GLN E 150 ? THR E 135 GLN E 150 1 ? 16 HELX_P HELX_P69 AH6 ARG E 162 ? SER E 176 ? ARG E 162 SER E 176 1 ? 15 HELX_P HELX_P70 AH7 GLU E 192 ? ARG E 204 ? GLU E 192 ARG E 204 1 ? 13 HELX_P HELX_P71 AH8 PRO E 239 ? CYS E 243 ? PRO E 239 CYS E 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P72 AH9 THR E 292 ? MET E 298 ? THR E 292 MET E 298 1 ? 7 HELX_P HELX_P73 AI1 MET E 298 ? LEU E 307 ? MET E 298 LEU E 307 1 ? 10 HELX_P HELX_P74 AI2 PRO E 336 ? ILE E 339 ? PRO E 336 ILE E 339 5 ? 4 HELX_P HELX_P75 AI3 ASN E 340 ? TRP E 356 ? ASN E 340 TRP E 356 1 ? 17 HELX_P HELX_P76 AI4 ALA F 9 ? SER F 13 ? ALA F 9 SER F 13 5 ? 5 HELX_P HELX_P77 AI5 ASN F 14 ? ILE F 29 ? ASN F 14 ILE F 29 1 ? 16 HELX_P HELX_P78 AI6 THR F 42 ? TYR F 46 ? THR F 42 TYR F 46 5 ? 5 HELX_P HELX_P79 AI7 CYS F 57 ? ILE F 69 ? CYS F 57 ILE F 69 1 ? 13 HELX_P HELX_P80 AI8 ASP F 70 ? GLN F 80 ? ASP F 70 GLN F 80 1 ? 11 HELX_P HELX_P81 AI9 ASN F 102 ? GLY F 114 ? ASN F 102 GLY F 114 1 ? 13 HELX_P HELX_P82 AJ1 LEU F 120 ? GLU F 132 ? LEU F 120 GLU F 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P83 AJ2 THR F 135 ? SER F 149 ? THR F 135 SER F 149 1 ? 15 HELX_P HELX_P84 AJ3 ASN F 163 ? SER F 176 ? ASN F 163 SER F 176 1 ? 14 HELX_P HELX_P85 AJ4 GLU F 192 ? ARG F 204 ? GLU F 192 ARG F 204 1 ? 13 HELX_P HELX_P86 AJ5 PRO F 239 ? CYS F 243 ? PRO F 239 CYS F 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P87 AJ6 THR F 292 ? MET F 298 ? THR F 292 MET F 298 1 ? 7 HELX_P HELX_P88 AJ7 MET F 298 ? LEU F 307 ? MET F 298 LEU F 307 1 ? 10 HELX_P HELX_P89 AJ8 PRO F 336 ? ILE F 339 ? PRO F 336 ILE F 339 5 ? 4 HELX_P HELX_P90 AJ9 ASN F 340 ? GLU F 358 ? ASN F 340 GLU F 358 1 ? 19 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? A ASN 102 C ? ? ? 1_555 A YCM 103 N ? ? A ASN 102 A YCM 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale2 covale both ? A YCM 103 C ? ? ? 1_555 A LEU 104 N ? ? A YCM 103 A LEU 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale3 covale both ? B ASN 102 C ? ? ? 1_555 B YCM 103 N ? ? B ASN 102 B YCM 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? ? covale4 covale both ? B YCM 103 C ? ? ? 1_555 B LEU 104 N ? ? B YCM 103 B LEU 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale5 covale both ? C ASN 102 C ? ? ? 1_555 C YCM 103 N ? ? C ASN 102 C YCM 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale6 covale both ? C YCM 103 C ? ? ? 1_555 C LEU 104 N ? ? C YCM 103 C LEU 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale7 covale both ? D ASN 102 C ? ? ? 1_555 D YCM 103 N ? ? D ASN 102 D YCM 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale8 covale both ? D YCM 103 C ? ? ? 1_555 D LEU 104 N ? ? D YCM 103 D LEU 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale9 covale both ? E ASN 102 C ? ? ? 1_555 E YCM 103 N ? ? E ASN 102 E YCM 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? ? covale10 covale both ? E YCM 103 C ? ? ? 1_555 E LEU 104 N ? ? E YCM 103 E LEU 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale11 covale both ? F ASN 102 C ? ? ? 1_555 F YCM 103 N ? ? F ASN 102 F YCM 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale12 covale both ? F YCM 103 C ? ? ? 1_555 F LEU 104 N ? ? F YCM 103 F LEU 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 92 ? ALA A 94 ? LEU A 92 ALA A 94 AA1 2 HIS A 256 ? THR A 262 ? HIS A 256 THR A 262 AA1 3 ILE A 248 ? ASP A 253 ? ILE A 248 ASP A 253 AA1 4 ILE A 207 ? ILE A 210 ? ILE A 207 ILE A 210 AA1 5 GLY A 231 ? TYR A 233 ? GLY A 231 TYR A 233 AA2 1 ALA A 272 ? PRO A 274 ? ALA A 272 PRO A 274 AA2 2 HIS A 323 ? LYS A 329 ? HIS A 323 LYS A 329 AA2 3 VAL A 309 ? VAL A 314 ? VAL A 309 VAL A 314 AA3 1 ILE B 29 ? PHE B 30 ? ILE B 29 PHE B 30 AA3 2 HIS B 39 ? PHE B 40 ? HIS B 39 PHE B 40 AA4 1 LEU B 92 ? ALA B 94 ? LEU B 92 ALA B 94 AA4 2 HIS B 256 ? THR B 262 ? HIS B 256 THR B 262 AA4 3 ILE B 248 ? ASP B 253 ? ILE B 248 ASP B 253 AA4 4 ILE B 207 ? ILE B 210 ? ILE B 207 ILE B 210 AA4 5 GLY B 231 ? TYR B 233 ? GLY B 231 TYR B 233 AA5 1 ALA B 272 ? PRO B 274 ? ALA B 272 PRO B 274 AA5 2 HIS B 323 ? LYS B 329 ? HIS B 323 LYS B 329 AA5 3 VAL B 309 ? VAL B 314 ? VAL B 309 VAL B 314 AA6 1 VAL B 276 ? ASP B 279 ? VAL B 276 ASP B 279 AA6 2 ARG B 282 ? ASP B 285 ? ARG B 282 ASP B 285 AA7 1 LEU C 92 ? ALA C 94 ? LEU C 92 ALA C 94 AA7 2 HIS C 256 ? THR C 262 ? HIS C 256 THR C 262 AA7 3 ILE C 248 ? ASP C 253 ? ILE C 248 ASP C 253 AA7 4 ILE C 207 ? SER C 211 ? ILE C 207 SER C 211 AA7 5 GLY C 231 ? TYR C 233 ? GLY C 231 TYR C 233 AA8 1 ALA C 272 ? PRO C 274 ? ALA C 272 PRO C 274 AA8 2 ILE C 325 ? LYS C 329 ? ILE C 325 LYS C 329 AA8 3 VAL C 309 ? ILE C 312 ? VAL C 309 ILE C 312 AA9 1 VAL C 276 ? ASP C 279 ? VAL C 276 ASP C 279 AA9 2 ARG C 282 ? ASP C 285 ? ARG C 282 ASP C 285 AB1 1 LEU D 92 ? ALA D 94 ? LEU D 92 ALA D 94 AB1 2 HIS D 256 ? THR D 262 ? HIS D 256 THR D 262 AB1 3 ILE D 248 ? ASP D 253 ? ILE D 248 ASP D 253 AB1 4 ILE D 207 ? ILE D 210 ? ILE D 207 ILE D 210 AB1 5 GLY D 231 ? TYR D 233 ? GLY D 231 TYR D 233 AB2 1 ALA D 272 ? PRO D 274 ? ALA D 272 PRO D 274 AB2 2 THR D 322 ? LYS D 329 ? THR D 322 LYS D 329 AB2 3 VAL D 309 ? GLN D 315 ? VAL D 309 GLN D 315 AB3 1 VAL D 276 ? ASN D 277 ? VAL D 276 ASN D 277 AB3 2 GLU D 284 ? ASP D 285 ? GLU D 284 ASP D 285 AB4 1 LEU E 92 ? ALA E 94 ? LEU E 92 ALA E 94 AB4 2 HIS E 256 ? THR E 262 ? HIS E 256 THR E 262 AB4 3 ILE E 248 ? ASP E 253 ? ILE E 248 ASP E 253 AB4 4 ILE E 207 ? ILE E 210 ? ILE E 207 ILE E 210 AB4 5 GLY E 231 ? TYR E 233 ? GLY E 231 TYR E 233 AB5 1 ALA E 272 ? PRO E 274 ? ALA E 272 PRO E 274 AB5 2 HIS E 323 ? LYS E 329 ? HIS E 323 LYS E 329 AB5 3 VAL E 309 ? VAL E 314 ? VAL E 309 VAL E 314 AB6 1 VAL E 276 ? ASN E 277 ? VAL E 276 ASN E 277 AB6 2 GLU E 284 ? ASP E 285 ? GLU E 284 ASP E 285 AB7 1 LEU F 92 ? ALA F 94 ? LEU F 92 ALA F 94 AB7 2 HIS F 256 ? THR F 262 ? HIS F 256 THR F 262 AB7 3 ILE F 248 ? ASP F 253 ? ILE F 248 ASP F 253 AB7 4 ILE F 207 ? VAL F 209 ? ILE F 207 VAL F 209 AB7 5 GLY F 231 ? TYR F 233 ? GLY F 231 TYR F 233 AB8 1 ALA F 272 ? PRO F 274 ? ALA F 272 PRO F 274 AB8 2 HIS F 323 ? LYS F 329 ? HIS F 323 LYS F 329 AB8 3 VAL F 309 ? VAL F 314 ? VAL F 309 VAL F 314 AB9 1 VAL F 276 ? ASN F 277 ? VAL F 276 ASN F 277 AB9 2 GLU F 284 ? ASP F 285 ? 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'Multi-angle light scattering post gel filtration is consistent with a dimer existing in solution.' #