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EMDB EMD-8661 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2017-09-13 2 'Structure model' 1 1 2017-09-27 3 'Structure model' 1 2 2017-10-11 4 'Structure model' 1 3 2018-07-18 5 'Structure model' 1 4 2019-12-11 6 'Structure model' 1 5 2024-03-13 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Author supporting evidence' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Database references' 4 4 'Structure model' 'Data collection' 5 5 'Structure model' 'Author supporting evidence' 6 6 'Structure model' 'Data collection' 7 6 'Structure model' 'Database references' 8 6 'Structure model' 'Derived calculations' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' pdbx_audit_support 3 3 'Structure model' citation 4 4 'Structure model' em_software 5 5 'Structure model' pdbx_audit_support 6 6 'Structure model' chem_comp_atom 7 6 'Structure model' chem_comp_bond 8 6 'Structure model' database_2 9 6 'Structure model' pdbx_struct_oper_list # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 2 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 3 2 'Structure model' '_citation.title' 4 2 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 5 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 3 'Structure model' '_citation.page_first' 7 3 'Structure model' '_citation.page_last' 8 4 'Structure model' '_em_software.name' 9 5 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 10 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 11 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 12 6 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.name' 13 6 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation' 14 6 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 5VF3 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2017-04-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Bacteriophage T4 isometric capsid' _pdbx_database_related.db_id EMD-8661 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Chen, Z.' 1 ? 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SKLTLNKGDLFKYNNIVYKVLEDTPFATIEESDLELALQIAIVLLKVRLFSDAASTSKFESSDSEIADARFQINKWQTAV KSRKLKTGITVELAQDLEANGFDAPNFLEDLLATEMADEINKDILQSLITVSKRYKVTGITDSGFIDLSYASAPEAGRSL YRMVCEMVSHIQKESTYTATFCVASARAAAILAASGWLKHKPEDDKYLSQNAYGFLANGLPLYCDTNSPLDYVIVGVVEN IGEKEIVGSIFYAPYTEGLDLDDPEHVGAFKVVVDPESLQPSIGLLVRYALSANPYTVAKDEKEARIIDGGDMDKMAGRS DLSVLLGVKLPKIIIDE ; a ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AEIGGDHGYNATNIAAGQTSGAVTQIGPAVMGMVRRAIPNLIAFDICGVQPMNSPTGQVFALRAVYGKDPVAAGAKEAFH PMYGPDAMFSGQGAAKKFPALAASTQTTVGDIYTHFFQETGTVYLQASVQVTIDAGATDAAKLDAEIKKQMEAGALVEIA EGMATSIAELQEGFNGSTDNPWNEMGFRIDKQVIEAKSRQLKAAYSIELTQDLRAVHGMDADAELSGILATEIMLEINRE VVDWINYSAQVGKSGMTLTPGSKAGVFDFQDPIDIRGARWAGESFKALLFQIDKEAVEIARQTGRGEGNFIIASRNVVNV LASVDTGISYAAQGLATGFSTDTTKSVFAGVLGGKYRVYIDQYAKQDYFTVGYKGPNEMDAGIYYAPYVALTPLRGSDPK NFQPVMGFKTRYGIGINPFAESAAQAPASRIQSGMPSILNSLGKNAYFRRVYVKGI ; ;AEIGGDHGYNATNIAAGQTSGAVTQIGPAVMGMVRRAIPNLIAFDICGVQPMNSPTGQVFALRAVYGKDPVAAGAKEAFH PMYGPDAMFSGQGAAKKFPALAASTQTTVGDIYTHFFQETGTVYLQASVQVTIDAGATDAAKLDAEIKKQMEAGALVEIA EGMATSIAELQEGFNGSTDNPWNEMGFRIDKQVIEAKSRQLKAAYSIELTQDLRAVHGMDADAELSGILATEIMLEINRE VVDWINYSAQVGKSGMTLTPGSKAGVFDFQDPIDIRGARWAGESFKALLFQIDKEAVEIARQTGRGEGNFIIASRNVVNV LASVDTGISYAAQGLATGFSTDTTKSVFAGVLGGKYRVYIDQYAKQDYFTVGYKGPNEMDAGIYYAPYVALTPLRGSDPK NFQPVMGFKTRYGIGINPFAESAAQAPASRIQSGMPSILNSLGKNAYFRRVYVKGI ; A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L ? 3 'polypeptide(L)' no no MASARGYVNIKTFEQKLDGNKKIEGKEVSVAFPLYSDVHKISGAHYQTFPSEKAAYSTVYEENQRTEWIAANEDLWKVTG MASARGYVNIKTFEQKLDGNKKIEGKEVSVAFPLYSDVHKISGAHYQTFPSEKAAYSTVYEENQRTEWIAANEDLWKVTG O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTFTVDITPKTPTGVIDETKQFTATPSGQTGGGTITYAWSVDNVPQDGAEATFSYVLKGPAGQKTIKVVATNTLSEGGPE TAEATTTITVKNKTQTTTLAVTPASPAAGVIGTPVQFTAALASQPDGASATYQWYVDDSQVGGETNSTFSYTPTTSGVKR IKCVAQVTATDYDALSVTSNEVSLTVNKKTMNPQVTLTPPSINVQQDASATFTANVTGAPEEAQITYSWKKDSSPVEGST NVYTVDTSSVGSQTIEVTATVTAADYNPVTVTKTGNVTVTAKVAPEPEGELPYVHPLPHRSSAYIWCGWWVMDEIQKMTE EGKDWKTDDPDSKYYLHRYTLQKMMKDYPEVDVQESRNGYIIHKTALETGIIYTYP ; ;MTFTVDITPKTPTGVIDETKQFTATPSGQTGGGTITYAWSVDNVPQDGAEATFSYVLKGPAGQKTIKVVATNTLSEGGPE TAEATTTITVKNKTQTTTLAVTPASPAAGVIGTPVQFTAALASQPDGASATYQWYVDDSQVGGETNSTFSYTPTTSGVKR IKCVAQVTATDYDALSVTSNEVSLTVNKKTMNPQVTLTPPSINVQQDASATFTANVTGAPEEAQITYSWKKDSSPVEGST NVYTVDTSSVGSQTIEVTATVTAADYNPVTVTKTGNVTVTAKVAPEPEGELPYVHPLPHRSSAYIWCGWWVMDEIQKMTE EGKDWKTDDPDSKYYLHRYTLQKMMKDYPEVDVQESRNGYIIHKTALETGIIYTYP ; Z ? 5 'polypeptide(L)' no no '(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)' XXXXXXXXXXXXXXX z ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 SER n 1 2 THR n 1 3 THR n 1 4 THR n 1 5 ASN n 1 6 SER n 1 7 ASN n 1 8 SER n 1 9 ILE n 1 10 GLY n 1 11 ARG n 1 12 PRO n 1 13 ASN n 1 14 LEU n 1 15 VAL n 1 16 ALA n 1 17 LEU n 1 18 THR n 1 19 ARG n 1 20 ALA n 1 21 THR n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 LEU n 1 25 ILE n 1 26 TYR n 1 27 SER n 1 28 ASP n 1 29 ILE n 1 30 VAL n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLN n 1 34 ARG n 1 35 THR n 1 36 ASN 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Y LYS 326 NZ # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 5VF3 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 5VF3 _struct.title 'Bacteriophage T4 isometric capsid' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 5VF3 _struct_keywords.text ;Bacteriophage T4, isometric head, virus capsid assembly, triangulation numbers, size-determining mutations, capsid stabilization, capsid decoration proteins, VIRUS ; _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? V N N 3 ? W N N 3 ? X N N 3 ? Y N N 4 ? Z N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CAPSP_BPT4 P19896 ? 1 ;STTTNSNSIGRPNLVALTRATTKLIYSDIVATQRTNQPVAAFYGIKYLNPDNEFTFKTGATYAGEAGYVDREQITELTEE SKLTLNKGDLFKYNNIVYKVLEDTPFATIEESDLELALQIAIVLLKVRLFSDAASTSKFESSDSEIADARFQINKWQTAV KSRKLKTGITVELAQDLEANGFDAPNFLEDLLATEMADEINKDILQSLITVSKRYKVTGITDSGFIDLSYASAPEAGRSL YRMVCEMVSHIQKESTYTATFCVASARAAAILAASGWLKHKPEDDKYLSQNAYGFLANGLPLYCDTNSPLDYVIVGVVEN IGEKEIVGSIFYAPYTEGLDLDDPEHVGAFKVVVDPESLQPSIGLLVRYALSANPYTVAKDEKEARIIDGGDMDKMAGRS DLSVLLGVKLPKIIIDE ; 11 2 UNP CAPSH_BPT4 P04535 ? 2 ;AEIGGDHGYNATNIAAGQTSGAVTQIGPAVMGMVRRAIPNLIAFDICGVQPMNSPTGQVFALRAVYGKDPVAAGAKEAFH PMYGPDAMFSGQGAAKKFPALAASTQTTVGDIYTHFFQETGTVYLQASVQVTIDAGATDAAKLDAEIKKQMEAGALVEIA EGMATSIAELQEGFNGSTDNPWNEMGFRIDKQVIEAKSRQLKAAYSIELAQDLRAVHGMDADAELSGILATEIMLEINRE VVDWINYSAQVGKSGMTLTPGSKAGVFDFQDPIDIRGARWAGESFKALLFQIDKEAVEIARQTGRGEGNFIIASRNVVNV LASVDTGISYAAQGLATGFSTDTTKSVFAGVLGGKYRVYIDQYAKQDYFTVGYKGPNEMDAGIYYAPYVALTPLRGSDPK NFQPVMGFKTRYGIGINPFAESAAQAPASRIQSGMPSILNSLGKNAYFRRVYVKGI ; 66 3 UNP VSOC_BPT4 P03715 ? 3 ;MASTRGYVNIKTFEQKLDGNKKIEGKEISVAFPLYSDVHKISGAHYQTFPSEKAAYSTVYEENQRTEWIAANEDLWKVTG ; 1 4 UNP HOC_BPT4 P18056 ? 4 ;MTFTVDITPKTPTGVIDETKQFTATPSGQTGGGTITYAWSVDNVPQDGAEATFSYVLKGPAGQKTIKVVATNTLSEGGPE TAEATTTITVKNKTQTTTLAVTPASPAAGVIGTPVQFTAALASQPDGASATYQWYVDDSQVGGETNSTFSYTPTTSGVKR IKCVAQVTATDYDALSVTSNEVSLTVNKKTMNPQVTLTPPSINVQQDASATFTANVTGAPEEAQITYSWKKDSSPVEGST NVYTVDTSSVGSQTIEVTATVTAADYNPVTVTKTGNVTVTAKVAPEPEGELPYVHPLPHRSSAYIWCGWWVMDEIQKMTE EGKDWKTDDPDSKYYLHRYTLQKMMKDYPEVDVQESRNGYIIHKTALETGIIYTYP ; 1 5 PDB 5VF3 5VF3 ? 5 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 5VF3 a 1 ? 417 ? P19896 11 ? 427 ? 11 427 2 2 5VF3 A 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 3 2 5VF3 B 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 4 2 5VF3 C 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 5 2 5VF3 D 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 6 2 5VF3 E 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 7 2 5VF3 F 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 8 2 5VF3 G 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 9 2 5VF3 H 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 10 2 5VF3 I 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 11 2 5VF3 J 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 12 2 5VF3 K 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 13 2 5VF3 L 1 ? 456 ? P04535 66 ? 521 ? 66 521 14 3 5VF3 O 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 15 3 5VF3 P 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 16 3 5VF3 Q 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 17 3 5VF3 R 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 18 3 5VF3 S 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 19 3 5VF3 T 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 20 3 5VF3 U 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 21 3 5VF3 V 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 22 3 5VF3 W 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 23 3 5VF3 X 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 24 3 5VF3 Y 1 ? 80 ? P03715 1 ? 80 ? 1 80 25 4 5VF3 Z 1 ? 376 ? P18056 1 ? 376 ? 1 376 26 5 5VF3 z 1 ? 15 ? 5VF3 1000 ? 1014 ? 1000 1014 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 5VF3 THR A 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 1 3 5VF3 THR B 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 2 4 5VF3 THR C 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 3 5 5VF3 THR D 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 4 6 5VF3 THR E 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 5 7 5VF3 THR F 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 6 8 5VF3 THR G 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 7 9 5VF3 THR H 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 8 10 5VF3 THR I 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 9 11 5VF3 THR J 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 10 12 5VF3 THR K 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 11 13 5VF3 THR L 210 ? UNP P04535 ALA 275 conflict 275 12 14 5VF3 ALA O 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 13 14 5VF3 VAL O 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 14 15 5VF3 ALA P 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 15 15 5VF3 VAL P 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 16 16 5VF3 ALA Q 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 17 16 5VF3 VAL Q 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 18 17 5VF3 ALA R 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 19 17 5VF3 VAL R 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 20 18 5VF3 ALA S 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 21 18 5VF3 VAL S 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 22 19 5VF3 ALA T 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 23 19 5VF3 VAL T 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 24 20 5VF3 ALA U 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 25 20 5VF3 VAL U 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 26 21 5VF3 ALA V 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 27 21 5VF3 VAL V 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 28 22 5VF3 ALA W 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 29 22 5VF3 VAL W 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 30 23 5VF3 ALA X 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 31 23 5VF3 VAL X 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 32 24 5VF3 ALA Y 4 ? UNP P03715 THR 4 conflict 4 33 24 5VF3 VAL Y 28 ? UNP P03715 ILE 28 conflict 28 34 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 1560-meric 1560 2 'icosahedral asymmetric unit' ? 26-meric 26 3 'icosahedral pentamer' ? 130-meric 130 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 156-meric 156 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? 26-meric 26 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;The 60 rotation matrices correspond to the icosahedral symmetry operators. The center of the particle is at 0 0 0. The EMAN standard orientation was used. ; # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000001 0.00000 -0.85065080 0.00000000 0.52573112 0.00000 0.52573112 -0.00000001 0.85065080 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 -0.95105652 0.00000000 0.00000 0.95105651 0.30901699 -0.00000002 0.00000 0.00000002 0.00000000 1.00000000 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.58778525 0.00000001 0.00000 0.58778525 -0.80901700 -0.00000002 0.00000 0.00000003 0.00000000 1.00000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901700 0.58778525 0.00000003 0.00000 -0.58778525 -0.80901699 -0.00000001 0.00000 0.00000002 -0.00000002 1.00000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.95105652 0.00000002 0.00000 -0.95105651 0.30901700 0.00000000 0.00000 0.00000000 -0.00000002 1.00000000 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.44721358 -0.00000001 0.89442720 0.00000 0.00000000 -1.00000000 -0.00000001 0.00000 0.89442720 -0.00000002 0.44721358 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? -0.13819659 0.42532539 0.89442720 0.00000 -0.95105652 -0.30901698 0.00000000 0.00000 0.27639320 -0.85065082 0.44721357 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.36180340 0.26286555 0.89442719 0.00000 -0.58778524 0.80901700 0.00000001 0.00000 -0.72360680 -0.52573111 0.44721359 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.36180340 -0.26286556 0.89442719 0.00000 0.58778526 0.80901699 0.00000000 0.00000 -0.72360679 0.52573112 0.44721360 0.00000 10 'point symmetry operation' ? 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? 85.56 -9.16 117 1 ALA C 143 ? ? -74.56 -71.14 118 1 PHE C 154 ? ? -129.80 -59.84 119 1 ASP C 199 ? ? 65.07 82.34 120 1 THR C 203 ? ? -123.35 -60.19 121 1 GLU C 237 ? ? 61.65 71.95 122 1 ILE C 254 ? ? 59.31 78.41 123 1 GLN C 265 ? ? 177.45 158.26 124 1 ALA C 268 ? ? -135.38 -67.14 125 1 ALA C 269 ? ? 63.57 69.11 126 1 TYR C 270 ? ? -78.04 -168.92 127 1 ALA C 286 ? ? 70.19 -5.83 128 1 ASP C 287 ? ? -101.05 -65.93 129 1 PRO C 325 ? ? -47.95 -19.69 130 1 ALA C 329 ? ? 59.31 76.24 131 1 TRP C 345 ? ? 46.51 -138.73 132 1 ALA C 346 ? ? -107.31 -65.21 133 1 ARG C 370 ? ? -106.51 -62.72 134 1 TYR C 395 ? ? 32.28 -134.31 135 1 THR C 402 ? ? -130.21 -70.46 136 1 THR C 409 ? ? -138.44 -60.76 137 1 LYS C 420 ? ? -128.45 -64.50 138 1 GLN C 431 ? ? -122.51 -80.50 139 1 ASP C 432 ? ? 176.35 156.02 140 1 TYR C 433 ? ? 174.40 175.13 141 1 ALA C 446 ? ? -136.39 -64.15 142 1 PHE C 467 ? ? 64.57 -3.80 143 1 TYR C 477 ? ? -131.96 -70.84 144 1 PHE C 484 ? ? 83.57 1.13 145 1 SER C 494 ? ? 79.01 -13.75 146 1 ARG C 495 ? ? 72.09 -24.12 147 1 TYR D 74 ? ? 69.41 -2.56 148 1 PRO D 93 ? ? -85.09 49.24 149 1 ALA D 94 ? ? 50.16 -147.45 150 1 ALA D 108 ? ? 50.13 -160.77 151 1 VAL D 114 ? ? -128.75 -71.22 152 1 GLN D 115 ? ? 53.54 74.85 153 1 THR D 121 ? ? 62.46 74.33 154 1 LYS D 133 ? ? 83.25 -12.76 155 1 ALA D 143 ? ? -73.72 -70.47 156 1 MET D 147 ? ? -54.80 -74.08 157 1 PHE D 154 ? ? -130.68 -60.72 158 1 THR D 185 ? ? 57.89 70.04 159 1 ASP D 199 ? ? 63.40 76.91 160 1 GLU D 237 ? ? 60.59 71.23 161 1 ARG D 253 ? ? -122.83 -60.99 162 1 ILE D 254 ? ? 65.78 79.24 163 1 GLN D 265 ? ? 178.30 155.52 164 1 ALA D 268 ? ? -134.12 -67.32 165 1 ALA D 269 ? ? 62.05 68.17 166 1 ALA D 286 ? ? 68.03 -13.23 167 1 ASP D 287 ? ? -107.06 -60.22 168 1 PRO D 325 ? ? -49.39 -19.85 169 1 ALA D 329 ? ? 59.70 73.30 170 1 TRP D 345 ? ? 45.35 -137.52 171 1 ALA D 346 ? ? -106.78 -63.52 172 1 ARG D 370 ? ? -90.63 -61.12 173 1 TYR D 395 ? ? 33.52 -133.14 174 1 THR D 402 ? ? -131.89 -65.26 175 1 THR D 409 ? ? -137.68 -59.94 176 1 LYS D 410 ? ? -45.36 -70.38 177 1 LYS D 420 ? ? -129.09 -67.18 178 1 GLN D 431 ? ? -124.00 -82.55 179 1 ASP D 432 ? ? 174.85 155.45 180 1 TYR D 433 ? ? 172.80 174.60 181 1 ALA D 446 ? ? -136.95 -63.07 182 1 TYR D 453 ? ? -131.04 -65.11 183 1 TYR D 477 ? ? -130.92 -71.95 184 1 PHE D 484 ? ? 86.30 2.81 185 1 SER D 487 ? ? 63.34 -9.71 186 1 SER D 494 ? ? 76.15 -18.88 187 1 ARG D 495 ? ? 65.13 -10.17 188 1 TYR E 74 ? ? 75.16 -2.15 189 1 PRO E 93 ? ? -86.34 48.00 190 1 ALA E 94 ? ? 49.13 -147.02 191 1 ALA E 108 ? ? 50.42 -164.52 192 1 VAL E 114 ? ? -83.14 -70.76 193 1 GLN E 115 ? ? 57.78 75.57 194 1 THR E 121 ? ? 61.46 74.54 195 1 LYS E 133 ? ? 83.18 -12.87 196 1 ALA E 137 ? ? 178.91 177.27 197 1 MET E 147 ? ? -52.34 -72.67 198 1 PHE E 154 ? ? -134.20 -61.49 199 1 THR E 185 ? ? 60.55 62.91 200 1 ASP E 199 ? ? 62.91 81.93 201 1 GLU E 237 ? ? 61.26 71.98 202 1 ASN E 245 ? ? -113.92 79.80 203 1 ILE E 254 ? ? 63.73 76.83 204 1 GLN E 265 ? ? 178.68 155.98 205 1 ALA E 268 ? ? -134.35 -68.95 206 1 ALA E 269 ? ? 63.89 66.45 207 1 ALA E 286 ? ? 66.55 -7.16 208 1 ASP E 287 ? ? -108.97 -60.41 209 1 ALA E 329 ? ? 59.12 74.72 210 1 TRP E 345 ? ? 45.11 -136.39 211 1 ALA E 346 ? ? -105.50 -66.59 212 1 ARG E 370 ? ? -91.65 -62.41 213 1 TYR E 395 ? ? 33.62 -135.63 214 1 THR E 402 ? ? -129.97 -65.18 215 1 THR E 409 ? ? -137.22 -60.83 216 1 GLN E 431 ? ? -121.83 -77.75 217 1 TYR E 433 ? ? 174.17 175.75 218 1 ALA E 446 ? ? -135.63 -61.86 219 1 TYR E 453 ? ? -130.53 -65.89 220 1 TYR E 477 ? ? -131.00 -73.71 221 1 SER E 487 ? ? 57.78 18.51 222 1 SER E 494 ? ? 77.70 -17.87 223 1 ARG E 495 ? ? 63.43 -10.48 224 1 LEU E 504 ? ? -57.38 -71.15 225 1 TYR F 74 ? ? 70.05 -5.37 226 1 PRO F 93 ? ? -88.79 44.97 227 1 ALA F 94 ? ? 47.39 -148.01 228 1 ALA F 108 ? ? 50.23 -163.01 229 1 VAL F 114 ? ? -98.16 -71.05 230 1 GLN F 115 ? ? 57.70 72.51 231 1 THR F 121 ? ? 62.94 74.36 232 1 LYS F 133 ? ? 86.48 -10.21 233 1 ALA F 143 ? ? -73.42 -70.13 234 1 MET F 147 ? ? -55.68 -72.71 235 1 PHE F 154 ? ? -128.47 -59.95 236 1 ASP F 199 ? ? 65.16 81.00 237 1 GLU F 237 ? ? 61.62 71.72 238 1 ILE F 254 ? ? 59.31 76.28 239 1 GLN F 265 ? ? 177.74 157.23 240 1 ALA F 268 ? ? -132.11 -62.87 241 1 ALA F 269 ? ? 64.07 66.79 242 1 ALA F 286 ? ? 59.34 -101.07 243 1 ALA F 329 ? ? 59.50 75.08 244 1 TRP F 345 ? ? 47.69 -142.68 245 1 ALA F 346 ? ? -102.50 -60.92 246 1 TYR F 395 ? ? 33.16 -133.16 247 1 THR F 402 ? ? -129.82 -66.17 248 1 THR F 409 ? ? -139.50 -62.62 249 1 LYS F 420 ? ? -109.69 -75.32 250 1 GLN F 431 ? ? -101.84 -79.28 251 1 ASP F 432 ? ? 175.18 157.23 252 1 TYR F 433 ? ? 175.63 175.07 253 1 ALA F 446 ? ? -137.82 -63.12 254 1 TYR F 453 ? ? -127.38 -68.86 255 1 TYR F 477 ? ? -131.32 -71.21 256 1 PHE F 484 ? ? 88.28 -6.58 257 1 SER F 487 ? ? 68.43 -16.74 258 1 SER F 494 ? ? 77.64 -14.06 259 1 ARG F 495 ? ? 70.20 -16.65 260 1 TYR G 74 ? ? 73.57 -10.05 261 1 ALA G 94 ? ? 59.48 -142.52 262 1 ALA G 108 ? ? 49.63 -164.46 263 1 VAL G 114 ? ? -80.86 -72.01 264 1 GLN G 115 ? ? 57.32 73.79 265 1 THR G 121 ? ? 61.97 69.46 266 1 LYS G 133 ? ? 77.38 -14.36 267 1 MET G 147 ? ? -48.38 -70.15 268 1 PHE G 154 ? ? -133.02 -59.30 269 1 ASP G 199 ? ? 65.39 82.10 270 1 THR G 203 ? ? -109.16 -60.13 271 1 GLU G 237 ? ? 59.71 74.02 272 1 ASN G 245 ? ? -114.06 79.15 273 1 ILE G 254 ? ? 58.11 76.85 274 1 ARG G 264 ? ? 178.63 154.81 275 1 GLN G 265 ? ? 178.81 156.16 276 1 ALA G 268 ? ? -132.05 -71.61 277 1 ALA G 269 ? ? 60.59 70.92 278 1 ALA G 286 ? ? 66.94 -9.41 279 1 ASP G 287 ? ? -102.75 -66.57 280 1 ALA G 329 ? ? 61.77 76.23 281 1 TRP G 345 ? ? 45.15 -136.43 282 1 ALA G 346 ? ? -103.55 -70.50 283 1 ARG G 370 ? ? -93.46 -61.30 284 1 TYR G 395 ? ? 33.05 -132.92 285 1 THR G 402 ? ? -130.89 -67.47 286 1 THR G 409 ? ? -138.73 -61.79 287 1 GLN G 431 ? ? -117.07 -80.95 288 1 ASP G 432 ? ? 174.27 156.37 289 1 TYR G 433 ? ? 174.26 178.17 290 1 ALA G 446 ? ? -137.94 -63.99 291 1 LEU G 456 ? ? 41.36 71.78 292 1 PHE G 467 ? ? 58.72 19.77 293 1 TYR G 477 ? ? -125.57 -74.51 294 1 PHE G 484 ? ? 73.93 -1.28 295 1 SER G 487 ? ? 56.10 19.74 296 1 SER G 494 ? 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_chem_comp_bond.pdbx_ordinal ALA N CA sing N N 1 ALA N H sing N N 2 ALA N H2 sing N N 3 ALA CA C sing N N 4 ALA CA CB sing N N 5 ALA CA HA sing N N 6 ALA C O doub N N 7 ALA C OXT sing N N 8 ALA CB HB1 sing N N 9 ALA CB HB2 sing N N 10 ALA CB HB3 sing N N 11 ALA OXT HXT sing N N 12 ARG N CA sing N N 13 ARG N H sing N N 14 ARG N H2 sing N N 15 ARG CA C sing N N 16 ARG CA CB sing N N 17 ARG CA HA sing N N 18 ARG C O doub N N 19 ARG C OXT sing N N 20 ARG CB CG sing N N 21 ARG CB HB2 sing N N 22 ARG CB HB3 sing N N 23 ARG CG CD sing N N 24 ARG CG HG2 sing N N 25 ARG CG HG3 sing N N 26 ARG CD NE sing N N 27 ARG CD HD2 sing N N 28 ARG CD HD3 sing N N 29 ARG NE CZ sing N N 30 ARG NE HE sing N N 31 ARG CZ NH1 sing N N 32 ARG CZ NH2 doub N N 33 ARG NH1 HH11 sing N N 34 ARG NH1 HH12 sing N N 35 ARG NH2 HH21 sing N N 36 ARG NH2 HH22 sing N N 37 ARG OXT HXT sing N N 38 ASN N CA sing N N 39 ASN N H sing N N 40 ASN N H2 sing N N 41 ASN CA C sing N N 42 ASN CA CB sing N N 43 ASN CA HA sing N N 44 ASN 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sing N N 90 GLN CB CG sing N N 91 GLN CB HB2 sing N N 92 GLN CB HB3 sing N N 93 GLN CG CD sing N N 94 GLN CG HG2 sing N N 95 GLN CG HG3 sing N N 96 GLN CD OE1 doub N N 97 GLN CD NE2 sing N N 98 GLN NE2 HE21 sing N N 99 GLN NE2 HE22 sing N N 100 GLN OXT HXT sing N N 101 GLU N CA sing N N 102 GLU N H sing N N 103 GLU N H2 sing N N 104 GLU CA C sing N N 105 GLU CA CB sing N N 106 GLU CA HA sing N N 107 GLU C O doub N N 108 GLU C OXT sing N N 109 GLU CB CG sing N N 110 GLU CB HB2 sing N N 111 GLU CB HB3 sing N N 112 GLU CG CD sing N N 113 GLU CG HG2 sing N N 114 GLU CG HG3 sing N N 115 GLU CD OE1 doub N N 116 GLU CD OE2 sing N N 117 GLU OE2 HE2 sing N N 118 GLU OXT HXT sing N N 119 GLY N CA sing N N 120 GLY N H sing N N 121 GLY N H2 sing N N 122 GLY CA C sing N N 123 GLY CA HA2 sing N N 124 GLY CA HA3 sing N N 125 GLY C O doub N N 126 GLY C OXT sing N N 127 GLY OXT HXT sing N N 128 HIS N CA sing N N 129 HIS N H sing N N 130 HIS N H2 sing N N 131 HIS CA C sing N N 132 HIS CA CB sing N N 133 HIS CA HA sing N N 134 HIS C O doub N N 135 HIS C OXT sing N N 136 HIS CB CG sing N N 137 HIS CB HB2 sing N N 138 HIS CB HB3 sing N N 139 HIS CG ND1 sing Y N 140 HIS CG CD2 doub Y N 141 HIS ND1 CE1 doub Y N 142 HIS ND1 HD1 sing N N 143 HIS CD2 NE2 sing Y N 144 HIS CD2 HD2 sing N N 145 HIS CE1 NE2 sing Y N 146 HIS CE1 HE1 sing N N 147 HIS NE2 HE2 sing N N 148 HIS OXT HXT sing N N 149 ILE N CA sing N N 150 ILE N H sing N N 151 ILE N H2 sing N N 152 ILE CA C sing N N 153 ILE CA CB sing N N 154 ILE CA HA sing N N 155 ILE C O doub N N 156 ILE C OXT sing N N 157 ILE CB CG1 sing N N 158 ILE CB CG2 sing N N 159 ILE CB HB sing N N 160 ILE CG1 CD1 sing N N 161 ILE CG1 HG12 sing N N 162 ILE CG1 HG13 sing N N 163 ILE CG2 HG21 sing N N 164 ILE CG2 HG22 sing N N 165 ILE CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 175 LEU CA HA sing N N 176 LEU C O doub N N 177 LEU C OXT sing N N 178 LEU CB CG sing N N 179 LEU CB HB2 sing N N 180 LEU CB HB3 sing N N 181 LEU CG CD1 sing N N 182 LEU CG CD2 sing N N 183 LEU CG HG sing N N 184 LEU CD1 HD11 sing N N 185 LEU CD1 HD12 sing N N 186 LEU CD1 HD13 sing N N 187 LEU CD2 HD21 sing N N 188 LEU CD2 HD22 sing N N 189 LEU CD2 HD23 sing N N 190 LEU OXT HXT sing N N 191 LYS N CA sing N N 192 LYS N H sing N N 193 LYS N H2 sing N N 194 LYS CA C sing N N 195 LYS CA CB sing N N 196 LYS CA HA sing N N 197 LYS C O doub N N 198 LYS C OXT sing N N 199 LYS CB CG sing N N 200 LYS CB HB2 sing N N 201 LYS CB HB3 sing N N 202 LYS CG CD sing N N 203 LYS CG HG2 sing N N 204 LYS CG HG3 sing N N 205 LYS CD CE sing N N 206 LYS CD HD2 sing N N 207 LYS CD HD3 sing N N 208 LYS CE NZ sing N N 209 LYS CE HE2 sing N N 210 LYS CE HE3 sing N N 211 LYS NZ HZ1 sing N N 212 LYS NZ HZ2 sing N N 213 LYS NZ HZ3 sing N N 214 LYS OXT HXT sing N N 215 MET N CA sing N N 216 MET N H sing N N 217 MET N H2 sing N N 218 MET CA C sing N N 219 MET CA CB sing N N 220 MET CA HA sing N N 221 MET C O doub N N 222 MET C OXT sing N N 223 MET CB CG sing N N 224 MET CB HB2 sing N N 225 MET CB HB3 sing N N 226 MET CG SD sing N N 227 MET CG HG2 sing N N 228 MET CG HG3 sing N N 229 MET SD CE sing N N 230 MET CE HE1 sing N N 231 MET CE HE2 sing N N 232 MET CE HE3 sing N N 233 MET OXT HXT sing N N 234 PHE N CA sing N N 235 PHE N H sing N N 236 PHE N H2 sing N N 237 PHE CA C sing N N 238 PHE CA CB sing N N 239 PHE CA HA sing N N 240 PHE C O doub N N 241 PHE C OXT sing N N 242 PHE CB CG sing N N 243 PHE CB HB2 sing N N 244 PHE CB HB3 sing N N 245 PHE CG CD1 doub Y N 246 PHE CG CD2 sing Y N 247 PHE CD1 CE1 sing Y N 248 PHE CD1 HD1 sing N N 249 PHE CD2 CE2 doub Y N 250 PHE CD2 HD2 sing N N 251 PHE CE1 CZ doub Y N 252 PHE CE1 HE1 sing N N 253 PHE CE2 CZ sing Y N 254 PHE CE2 HE2 sing N N 255 PHE CZ HZ sing N N 256 PHE OXT HXT sing N N 257 PRO N CA sing N N 258 PRO N CD sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N 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sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY' _em_ctf_correction.details 'CTF amplitude correction was performed during 3D reconstruction.' # _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 10665 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Enterobacteria phage T4' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The selected images were gain-normalized.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 26 _em_image_recording.average_exposure_time 9 _em_image_recording.details 'Images were collected in super-resolution mode at 40 frames per second.' _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 3000 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Approximately 1000 manually-picked particles were used for 2D classification. Templates were then generated from these 2D classes and used for automated particle picking. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 19000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 'EMAN, JSPR' ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details 'High-purity sample, volume = 50 uL, 10^12 particles' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 562 _em_virus_natural_host.organism 'Escherichia coli' _em_virus_natural_host.strain ? # _em_virus_shell.id 1 _em_virus_shell.entity_assembly_id 1 _em_virus_shell.diameter 860 _em_virus_shell.name gp23*-gp24*-Soc-Hoc _em_virus_shell.triangulation 13 # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' AI081726 1 'National Institutes of Health/Office of the Director' 'United States' 'S10 OD012372' 2 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' 'P01 GM098412-S1' 3 # _atom_sites.entry_id 5VF3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_